单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
181	2025-08-30	Drosophila Voltage-Gated Sodium Channels Are Only Expressed in Active Neurons and Are Localized to Distal Axonal Initial Segment-like Domains 2020-10-14, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience DOI:10.1523/JNEUROSCI.0142-20.2020 PMID:32928889	研究论文	本研究通过基因标记和单细胞转录组分析，揭示了果蝇电压门控钠通道Para仅在活跃神经元中表达，并定位于轴突远端起始段样结构	首次在无脊椎动物神经元中发现远端轴突段（DAS）作为动作电位起始位点，并证明Para钠通道的表达与神经元活性状态相关	研究主要基于果蝇模型，结论在其它无脊椎动物中的普适性需进一步验证	探究无脊椎动物神经元中动作电位的起始位点和钠通道的表达模式	果蝇（Drosophila）胚胎期、幼虫期和成年期中枢神经系统神经元	神经科学	NA	intronic-Mediated Integration Cassette基因标记、单细胞RNA测序、全细胞膜片钳电生理记录	NA	基因表达数据、转录组数据、电生理数据	果蝇胚胎期、幼虫期和成年期中枢神经系统神经元（具体数量未明确说明，但包含不同发育阶段）
182	2025-08-30	A revised airway epithelial hierarchy includes CFTR-expressing ionocytes 2018-08, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-018-0393-7 PMID:30069044	研究论文	通过单细胞RNA测序和谱系追踪技术，修订了小鼠气管上皮的细胞组成和层级结构，发现并鉴定了一种罕见细胞类型——Foxi1肺离子细胞	识别了新的罕见细胞类型（离子细胞），开发了结合scRNA-seq和谱系追踪的'pulse-seq'方法，并证实离子细胞是囊性纤维化跨膜传导调节因子（CFTR）的主要转录来源	研究主要基于小鼠模型，人类相关性需进一步验证	探究气道疾病的细胞基础，特别是囊性纤维化和哮喘相关的细胞类型与功能	小鼠气管上皮细胞	单细胞生物学	囊性纤维化	scRNA-seq, in vivo lineage tracing, pulse-seq	NA	单细胞转录组数据	NA
183	2025-08-29	Lamin A/C Expression in Hematopoietic Cells Declines During Human Aging and Constrains Atherosclerosis in Mice 2025-Sep, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.124.322893 PMID:40605747	研究论文	本研究探讨了人类衰老过程中造血细胞lamin A/C表达下降及其对小鼠动脉粥样硬化的调控作用	首次揭示血液白细胞中lamin A/C表达随年龄下降的现象，并创建首个lamin A功能增益体内模型证明其调控动脉粥样硬化	研究主要基于小鼠模型，人类数据仅为相关性分析，需进一步验证机制	探究衰老过程中造血细胞lamin A/C表达变化对动脉粥样硬化的影响机制	人类循环白细胞和基因修饰小鼠模型	分子生物学	心血管疾病	流式细胞术、骨髓移植、活体显微镜、单细胞RNA测序	NA	流式细胞数据、显微成像数据、基因表达数据	人类白细胞样本及Ldlr-/-缺陷小鼠模型
184	2025-08-29	Tricuspid Aortic Valve Regurgitation Associates With Ascending Aortic Aneurysm Through Endothelial Activation and Lipoprotein Infiltration 2025-Sep, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.125.323112 PMID:40740135	研究论文	本研究探讨三尖瓣主动脉瓣反流通过内皮细胞激活和脂蛋白浸润促进升主动脉瘤形成的机制	首次揭示主动脉反流（非狭窄）通过双向血流介导的内皮间充质激活和脂蛋白相关免疫细胞浸润驱动动脉瘤起始的新机制	研究主要基于三尖瓣主动脉瓣患者，结果可能不适用于其他瓣膜类型；样本来源和规模可能存在限制	研究主动脉反流与血管激活及炎症的关系，以阐明升主动脉瘤的起始机制	接受择期开胸手术的三尖瓣主动脉瓣患者及器官捐献者的主动脉组织样本	心血管疾病研究	心血管疾病	空间转录组学、免疫组织化学、超声心动图	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据、影像数据	人类主动脉标本（来自手术患者和器官捐献者）及Wistar大鼠实验数据
185	2025-08-29	Integrated multi-omics analysis reveals diagnostic biomarkers and therapeutic targets for systemic lupus erythematosus 2025-Aug-15, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000042290 PMID:40826785	研究论文	通过整合多组学分析识别系统性红斑狼疮的诊断生物标志物和治疗靶点	发现载脂蛋白A2、MANSC结构域包含蛋白1和蛋白酶体亚基β5作为关键基因，并构建高精度诊断列线图模型（AUC=0.968）	NA	探究血浆蛋白与系统性红斑狼疮的因果关系并寻找诊断与治疗靶点	系统性红斑狼疮相关基因组数据及血浆蛋白	生物信息学	系统性红斑狼疮	全基因组关联研究、双样本孟德尔随机化分析、单细胞RNA测序、分子对接模拟	列线图诊断模型	基因组数据、蛋白质组数据、单细胞转录组数据	NA
186	2025-08-29	RESCUE: recovery of idiosyncratic expression patterns in spatial transcriptomics 2025-Aug-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.11.669542 PMID:40832184	研究论文	提出一种名为RESCUE的计算方法，用于恢复空间转录组学中被现有分析方法遗漏的特殊表达模式	能够捕获脆弱细胞类型、亚细胞结构（如神经突）和细胞外表达等传统方法易忽略的空间表达模式	NA	提升空间转录组数据分析的鲁棒性和完整性，避免有偏分析和错误生物学解释	空间转录组数据，特别是蜜蜂大脑MERFISH数据及其他复杂组织数据集	生物信息学	NA	空间转录组学（ST），MERFISH	计算方法（未指定具体模型）	基因表达空间数据	多个ST数据集，包括蜜蜂大脑MERFISH数据
187	2025-08-29	Improving reproducibility of differentially expressed genes in single-cell transcriptomic studies of neurodegenerative diseases through meta-analysis 2025-Aug-12, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-62579-z PMID:40796563	研究论文	通过开发一种非参数元分析方法SumRank，提高神经退行性疾病单细胞转录组研究中差异表达基因的可重复性	提出基于跨数据集相对差异表达排名可重复性的SumRank方法，显著提升差异表达基因的预测能力和生物学可解释性	未明确说明样本规模或数据来源的具体限制，可能受原始数据集质量和异质性影响	提高单细胞RNA测序研究中差异表达基因检测的可重复性和可靠性	帕金森病(PD)、亨廷顿病(HD)、阿尔茨海默病(AD)、精神分裂症(SCZ)和COVID-19的单细胞转录组数据	生物信息学	神经退行性疾病	scRNA-seq, 元分析	非参数统计方法(SumRank)	基因表达数据	NA
188	2025-08-29	A clonally expanded nodal T-cell population diagnosed as T-cell lymphoma after CAR-T therapy 2025-Aug-12, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-62709-7 PMID:40796743	研究论文	报道一例CAR-T治疗后出现T细胞淋巴瘤样克隆性淋巴结病的病例，并通过多组学分析揭示其生物学特征	首次结合基因组测序和单细胞空间转录组学技术，深入解析CAR-T治疗后出现的T细胞克隆增殖现象，并发现其自发消退的独特临床过程	单病例报告，样本量有限，需要更大规模研究验证发现	探讨CAR-T治疗后继发T细胞淋巴增殖性疾病的分子机制和临床管理策略	弥漫性大B细胞淋巴瘤患者接受CAR-T治疗后出现的淋巴结病变	肿瘤学	淋巴瘤	基因组测序，单细胞空间转录组学	NA	基因组数据，转录组数据，空间转录组数据	1例患者
189	2025-08-29	Galectin-9 inhibition of the MIF-CD74/CD44 pathway suppresses chronic arthritis 2025-Aug-11, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2025.08.016 PMID:40798883	研究论文	研究galectin-9通过抑制MIF-CD74/CD44通路来抑制慢性关节炎的机制	发现MIF亚群并通过sGal-9作为新型抗MIF剂有效抑制RA-FLSs的破坏性表型	NA	探索治疗类风湿关节炎的新靶点和治疗策略	类风湿关节炎成纤维样滑膜细胞(RA-FLSs)和小鼠关节炎模型	NA	类风湿关节炎	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
190	2025-08-29	Concurrent genetic and non-genetic resistance mechanisms to KRAS inhibition in CRC 2025-Aug-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.05.668666 PMID:40799551	研究论文	本研究通过多组学分析揭示结直肠癌中KRAS抑制剂耐药的双重机制，包括遗传和非遗传适应性反应	首次结合靶向外显子测序和单细胞空间转录组学分析患者匹配样本，发现TBK1作为克服早期炎症适应性耐药的新靶点	样本量有限，耐药机制的长期演化需要进一步验证	探究KRAS抑制剂在结直肠癌中的急性反应和耐药机制	结直肠癌患者活检样本及人源/鼠源类器官模型	癌症生物学	结直肠癌	靶向外显子测序, 单细胞空间转录组学	类器官模型	基因组数据, 转录组数据, 空间转录组数据	多名患者的匹配治疗前、治疗中和进展期活检样本
191	2025-08-29	Impact of intercellular adhesion molecule 1-positive dental pulp stem cells in deep caries progression 2025-08, International endodontic journal IF:5.4Q1 DOI:10.1111/iej.14248 PMID:40343788	研究论文	本研究探讨了ICAM1阳性牙髓干细胞在深龋进展中的免疫调节作用及其机制	首次在深龋牙髓组织中鉴定出ICAM1+ DPSCs亚群，并揭示其通过分泌促炎因子增强巨噬细胞炎症活性的新机制	研究主要基于体外实验和动物模型，人类体内验证尚需进一步开展	阐明深龋病变中ICAM1+ DPSCs的免疫调控功能并开发治疗策略	人及小鼠的深龋牙髓组织、牙髓干细胞（DPSCs）和THP-1单核细胞系	干细胞生物学	牙科疾病	单细胞测序、免疫荧光/流式细胞术、RT-qPCR、Western Blot、ELISA、SCENIC、RNA-seq	NA	单细胞转录组数据、蛋白质表达数据、细胞成像数据	人及小鼠的深龋与健康牙髓组织样本（具体数量未明确说明）
192	2025-08-29	Astrocytic AEG-1 drives neuroinflammation and enhances seizure susceptibility 2025-08, Neurobiology of disease IF:5.1Q1 DOI:10.1016/j.nbd.2025.106957 PMID:40383165	研究论文	本研究探讨星形胶质细胞中AEG-1基因在神经炎症和癫痫易感性中的作用及其机制	首次通过单细胞RNA测序揭示表达AEG-1的星形胶质细胞亚群与炎症反应相关，并证实AEG-1通过NF-κB信号通路介导神经炎症和癫痫效应	研究主要基于LPS诱导的小鼠模型和体外培养模型，人类临床相关性尚需进一步验证	探究星形胶质细胞AEG-1在神经炎症和癫痫易感性中的功能及作用机制	小鼠模型和体外星形胶质细胞培养模型	神经科学	神经炎症性疾病	单细胞RNA测序，体外细胞培养	NA	基因表达数据	小鼠模型和体外培养细胞（具体数量未明确说明）
193	2025-08-29	Multi-omics characterization of oncosis in spinal cord injury 2025-08, Neurobiology of disease IF:5.1Q1 DOI:10.1016/j.nbd.2025.106982 PMID:40467009	研究论文	本研究通过多组学方法首次系统描绘了脊髓损伤后oncosis（胀亡）相关基因的时空表达动态和细胞定位	首次在脊髓损伤背景下揭示oncosis的时空基因调控图谱，并发现Trp53、Casp3等关键基因的细胞特异性表达模式	研究主要基于大鼠模型和体外细胞实验，人类临床相关性仍需进一步验证	探究脊髓损伤后oncosis的分子机制和潜在治疗靶点	大鼠脊髓损伤模型和LPS处理的PC12细胞系	生物信息学	脊髓损伤	RNA-seq, 单细胞RNA测序, 空间转录组学, qRT-PCR, 免疫荧光, 透射电镜(TEM)	NA	基因表达数据, 空间转录组数据, 显微镜图像	大鼠脊髓损伤模型（具体数量未明确说明）和PC12细胞系
194	2025-08-29	Emerging molecular Therapeutic targets in breast Cancer: Pathologic identification and clinical implications 2025-Aug, Human pathology IF:2.7Q2 DOI:10.1016/j.humpath.2025.105881 PMID:40759284	综述	本文总结乳腺癌当前及新兴分子生物标志物及其在精准肿瘤学中的应用前景	涵盖液体活检、空间转录组学等新技术发现的生物标志物，并强调肿瘤微环境在治疗调控中的作用	标准化、可重复性及临床验证方面仍存在挑战	推进乳腺癌精准诊断、预后评估及治疗决策	乳腺癌分子生物标志物及肿瘤微环境	数字病理	乳腺癌	NGS, 液体活检, 空间转录组学, 多重免疫荧光	NA	基因组数据, 液体活检样本, 肿瘤微环境数据	NA
195	2025-08-29	MEBOCOST maps metabolite-mediated intercellular communications using single-cell RNA-seq 2025-Jun-20, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf569 PMID:40568942	研究论文	开发了一种基于单细胞RNA测序和代谢通量平衡分析的算法MEBOCOST，用于检测代谢物介导的细胞间通讯	首个专门针对代谢物介导细胞通讯（mCCC）的计算工具，填补了蛋白质导向方法在此领域的空白	NA	检测和解析代谢物介导的细胞间通讯机制	人类白色脂肪组织和小鼠棕色脂肪组织的单细胞	生物信息学	肥胖症	单细胞RNA测序（scRNA-seq），代谢通量平衡分析，CRISPR筛选	算法模型	单细胞RNA测序数据，空间数据，临床患者数据	人类肥胖患者和小鼠的脂肪组织样本
196	2025-08-29	Differences in transcriptome characteristics and drug repositioning of Alzheimer's disease according to sex 2025-06-15, Neurobiology of disease IF:5.1Q1 DOI:10.1016/j.nbd.2025.106909 PMID:40220916	研究论文	本研究通过分析阿尔茨海默病（AD）患者外周血和前额叶皮层组织的转录组数据，探索性别差异对疾病转录特征及药物重定位的影响	首次系统比较AD患者性别相关的转录组差异，结合单细胞RNA测序分析细胞类型分布及通讯，并预测性别特异性治疗药物	样本量较小（总计54例外周血样本），且部分数据依赖公共数据库（GEO），需进一步扩大验证	探究AD中性别相关的转录组差异及潜在性别分层治疗策略	阿尔茨海默病患者（AD）、轻度认知障碍患者（MCI）及健康对照者的外周血和前额叶皮层组织	生物信息学	阿尔茨海默病	RNA-seq, snRNA-seq, 转录组分析, Connectivity Map (CMap)	差异表达基因分析, 细胞通讯分析	RNA测序数据, 单细胞转录组数据	54例外周血样本（AD男性15例/女性10例，MCI男性7例/女性11例，健康男性6例/女性5例），另使用GEO数据库前额叶皮层单细胞数据
197	2025-08-29	Comprehensive profiling of migratory primordial germ cells reveals niche-specific differences in non-canonical Wnt and Nodal-Lefty signaling in anterior vs posterior migrants 2025-Jun-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.29.610420 PMID:39257761	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序全面分析小鼠迁移性原始生殖细胞（PGCs）的转录异质性，揭示前后位置迁移细胞在非经典Wnt和Nodal-Lefty信号通路的差异	首次基于位置和时间点对迁移中PGCs进行高分辨率转录组图谱绘制，发现前后迁移细胞在ncWNT信号和Nodal-Lefty信号通路的生态位特异性差异，并验证人类中的保守性	研究主要基于小鼠模型，人类数据仅为重新分析已发表数据集，实验验证仅限于E10.5时间点	解析迁移过程中原始生殖细胞的转录异质性及其与体细胞生态位的相互作用机制	小鼠胚胎E9.5-E11.5时期的原始生殖细胞及周围体细胞	发育生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），全胚胎免疫荧光染色	NA	单细胞转录组数据，免疫荧光图像数据	13,262个小鼠PGCs和7,868个体细胞
198	2025-08-29	New insights into the effects of PFOS exposure on rat lung development: morphological, functional, and single-cell sequencing analysis 2025-06, Archives of toxicology IF:4.8Q1 DOI:10.1007/s00204-025-04014-2 PMID:40128328	研究论文	本研究通过形态学、功能学和单细胞测序分析，探讨了产前PFOS暴露对子代大鼠肺发育的影响	首次结合单细胞RNA测序揭示PFOS暴露引起肺细胞组成变化和免疫应答转变，并识别出Fam111a上调和Stk35下调等关键基因变化	研究仅基于大鼠模型，结果外推至人类需谨慎；剂量设置虽覆盖环境与职业暴露水平，但长期效应仍需进一步验证	阐明PFOS暴露对肺发育的细胞与分子机制	子代大鼠肺组织	毒理学与环境健康	肺疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、形态学数据、生理功能数据	孕鼠暴露于0, 0.01, 0.1, 和1 mg/kg/day PFOS（妊娠11-20天），子代大鼠在出生后0、4、14、21和60天取样
199	2025-08-29	Molecular mechanism of PANoptosis and programmed cell death in neurological diseases 2025-06-01, Neurobiology of disease IF:5.1Q1 DOI:10.1016/j.nbd.2025.106907 PMID:40204169	综述	本文系统解析PANoptosis的分子机制及其在神经疾病中的作用，并探讨靶向治疗策略	提出PANoptosis作为炎症性程序性细胞死亡的新范式，整合焦亡、凋亡和坏死性凋亡途径，揭示其在神经炎症疾病中的空间转录组特征及治疗潜力	NA	阐明PANoptosis的分子机制及其在神经疾病中的病理作用，推动精准神经治疗策略发展	PANoptosome复合体、程序性细胞死亡通路、神经炎症性疾病（如阿尔茨海默病、多发性硬化）	分子神经生物学	神经退行性疾病	单细胞转录组学	NA	分子机制分析、转录组数据	NA
200	2025-08-29	CD200-based cell sorting results in homogeneous transplantable striatal neuroblasts for human cell therapy for Huntington's disease 2025-06-01, Neurobiology of disease IF:5.1Q1 DOI:10.1016/j.nbd.2025.106905 PMID:40220917	研究论文	本文开发了一种基于CD200标记的细胞分选方法，用于富集人类纹状体神经母细胞，以提升亨廷顿病细胞治疗的移植效果	首次识别CD200作为人类纹状体神经母细胞的表面标记，并建立基于该标记的高效分选流程，减少细胞异质性	研究仅在成年小鼠体内进行移植验证，尚未开展人类临床试验	开发减少人类多能干细胞分化产物异质性的方法，优化神经退行性疾病的细胞治疗策略	人类多能干细胞分化的纹状体神经母细胞	细胞治疗	亨廷顿病	大规模单细胞RNA测序，免疫磁珠分选	NA	单细胞RNA测序数据	NA