单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
181	2025-06-15	Inonotus obliquus (chaga) ameliorates folic acid-induced renal fibrosis in mice: the crosstalk analysis among PT cells, macrophages and T cells based on single-cell sequencing 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1556739 PMID:40160460	research paper	研究探讨了桦褐孔菌（Chaga）对叶酸诱导的小鼠肾纤维化的改善作用，并通过单细胞测序技术分析了近端小管细胞、巨噬细胞和T细胞之间的相互作用	首次使用单细胞RNA测序技术研究Chaga在肾纤维化治疗中的作用，揭示了其通过调节免疫和纤维化途径减轻肾纤维化的潜在机制	需要进一步的实验验证以确定其临床应用	探讨Chaga对肾纤维化的治疗作用及其分子机制	小鼠模型中的肾纤维化	digital pathology	renal fibrosis	UPLC-MS, single-cell RNA sequencing, spatial transcriptomics	mouse model	RNA sequencing data, histological images	82,496个肾脏细胞
182	2025-06-15	From spots to cells: Cell segmentation in spatial transcriptomics with BOMS 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0311458 PMID:40504785	研究论文	本文提出了一种基于均值漂移的新方法BOMS，用于空间转录组学中的细胞分割，无需辅助图像	BOMS方法仅基于mRNA点的空间位置和基因标签进行细胞分割，无需辅助图像，简化了实现过程并显著提高了执行速度	未提及方法在特定组织类型或复杂组织中的性能表现	改进空间转录组学中的细胞分割准确性	空间转录组学数据中的细胞	数字病理学	NA	空间转录组学	均值漂移	空间转录组数据	多个公开数据集
183	2025-06-15	Single-cell transcriptomics for immune profiling of cerebrospinal fluid in neurological diseases 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1599303 PMID:40510352	综述	本文全面回顾了单细胞转录组学在脑脊液（CSF）中用于理解神经系统疾病的研究	整合了scRNA-seq、scTCR-seq和scBCR-seq技术，探索神经系统疾病的免疫细胞角色和相互作用	当前单细胞转录组学在CSF和神经系统疾病中的应用仍存在局限性	理解神经系统疾病的免疫学机制并探索新的治疗靶点	脑脊液中的免疫细胞	单细胞转录组学	神经系统疾病（多发性硬化症、阿尔茨海默病、帕金森病等）	scRNA-seq、scTCR-seq、scBCR-seq	NA	单细胞转录组数据	NA
184	2025-06-15	ReSort enhances reference-based cell type deconvolution for spatial transcriptomics through regional information integration 2025, Bioinformatics advances IF:2.4Q2 DOI:10.1093/bioadv/vbaf091 PMID:40510374	research paper	提出了一种名为ReSort的方法，通过整合区域信息增强基于参考的空间转录组细胞类型去卷积	ReSort利用空间转录组的区域级数据减少对参考数据的依赖，缓解批次/平台差异带来的技术问题	NA	提高空间转录组细胞类型去卷积的准确性	空间转录组数据	digital pathology	breast cancer	spatial transcriptomics	NA	gene expression data	mouse breast cancer model
185	2025-06-15	Integrative Analysis of Shared Pathogenic Genes and Potential Mechanisms in Gardnerella vaginalis and Persistent HPV16 Infection 2025, Mediators of inflammation IF:4.4Q2 DOI:10.1155/mi/2582989 PMID:40510586	研究论文	通过整合加德纳菌和持续性HPV16感染的转录组数据，揭示了共享的致病机制和潜在生物标志物	首次鉴定出RSAD2和IFIT1作为HPV相关宫颈病变的潜在生物标志物和治疗靶点，并建立了ceRNA网络	研究主要基于体外实验和公共数据集，需要进一步临床验证	阐明加德纳菌和HPV16持续性感染的共同致病机制	加德纳菌和HPV16感染的转录组数据	生物信息学	宫颈癌	转录组分析、单细胞转录组学、孟德尔随机化分析	Random Forest (RF)	转录组数据	GEO数据集GSE75132和体外感染实验数据
186	2025-06-15	Randomized Spatial PCA (RASP): a computationally efficient method for dimensionality reduction of high-resolution spatial transcriptomics data 2024-Dec-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.20.629785 PMID:39763720	研究论文	提出了一种名为RASP的计算高效降维方法，用于处理高分辨率空间转录组数据	RASP是一种新型的空间感知降维方法，比现有技术快几个数量级，能够扩展到数十万个位置的空间转录组数据，并支持非转录组协变量的灵活整合	NA	开发一种计算高效的方法来降低高分辨率空间转录组数据的维度	空间转录组数据	空间转录组学	NA	随机两阶段主成分分析(PCA)	PCA	空间转录组数据	四个公开可用的空间转录组数据集（10x Visium, Stereo-Seq, MERFISH, 10x Xenium）
187	2025-06-15	Cell Simulation as Cell Segmentation 2024-Jul-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.25.591218 PMID:38712065	研究论文	本文提出了一种基于细胞模拟的细胞分割方法，以提高单细胞空间转录组学数据的准确性	采用从头细胞模拟方法快速推断形态学上合理的细胞边界，保持细胞类型异质性	NA	提高单细胞空间转录组学数据中细胞分割的准确性	单细胞空间转录组学数据中的细胞边界	数字病理学	肾细胞癌	单细胞空间转录组学	NA	转录组数据	三个商业平台生成的数据集
188	2025-06-15	Defining and targeting macrophage heterogeneity in the mammary gland and breast cancer 2024-02, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.7053 PMID:38426622	review	本文综述了乳腺和乳腺癌中巨噬细胞的异质性及其在正常发育和癌症进展中的作用	利用单细胞RNA测序技术揭示乳腺和乳腺癌中巨噬细胞亚群的异质性及其功能差异	NA	探讨乳腺和乳腺癌中巨噬细胞的异质性及其在疾病进展中的作用	乳腺组织中的组织驻留巨噬细胞和乳腺癌中的肿瘤相关巨噬细胞	NA	breast cancer	single-cell RNA sequencing	NA	RNA-seq data	NA
189	2025-06-15	Type 1 immunity enables neonatal thymic ILC1 production 2024-01-19, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adh5520 PMID:38232171	研究论文	该研究探讨了1型免疫对新生儿胸腺内固有淋巴细胞（ILCs）的影响，特别是1型ILCs（ILC1s）的扩增和外周归巢	揭示了新生儿胸腺内1型ILCs的独特性和未成熟性，以及1型免疫如何促进这些细胞的扩增和外周归巢	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚待验证	研究1型免疫对新生儿胸腺内固有淋巴细胞的影响	新生儿胸腺内的1型固有淋巴细胞（ILC1s）	免疫学	NA	单细胞RNA测序，活体成像	NA	RNA测序数据，成像数据	小鼠新生儿胸腺组织
190	2025-06-15	Tenascin-C expressing touch dome keratinocytes exhibit characteristics of all epidermal lineages 2024-01-19, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adi5791 PMID:38241368	研究论文	本研究探讨了触觉圆顶（TD）角质形成细胞的特性及其在皮肤稳态中的作用	发现TD角质形成细胞具有多种表皮谱系的分子特征，并能在损伤后产生Merkel细胞	未明确TD角质形成细胞维持稳态的具体分子机制	研究TD角质形成细胞在皮肤稳态中的维持机制及其多谱系特性	触觉圆顶（TD）角质形成细胞	细胞生物学	NA	scRNA-seq, 谱系追踪	NA	单细胞RNA测序数据	NA
191	2025-06-14	Anti-tumor effects on tumor-infiltrating natural killer cells by localized ablative immunotherapy and immune checkpoint inhibitors: An integrated and comparative study using scRNAseq analysis 2025-Sep-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217825 PMID:40436260	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析局部消融免疫疗法（LAIT）和免疫检查点抑制剂（ICI）对肿瘤浸润自然杀伤细胞（TINK）的影响，并评估其临床相关性	揭示了LAIT和ICI通过不同但互补的机制增强NK细胞介导的抗肿瘤反应，并构建了基于基因特征的预后模型	研究主要基于小鼠乳腺癌模型，临床相关性需进一步验证	探究LAIT和ICI对肿瘤微环境中NK细胞的调控机制及其临床意义	肿瘤浸润自然杀伤细胞（TINK）	肿瘤免疫学	乳腺癌	scRNAseq, 单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠乳腺癌模型及TCGA数据库中的患者数据
192	2025-06-14	New insights into cancer immune checkpoints landscape from single-cell RNA sequencing 2025-07, Biochimica et biophysica acta. Reviews on cancer DOI:10.1016/j.bbcan.2025.189298 PMID:40088992	review	本文通过单细胞RNA测序技术深入探讨了癌症免疫检查点的异质性及其在免疫检查点阻断疗法中的作用	利用单细胞RNA测序技术高分辨率地描绘了免疫检查点之间以前未被认识的功能性相互作用，并识别了新的免疫检查点作为癌症免疫治疗的潜在靶点	未提及具体样本量或实验设计的局限性	探讨免疫检查点阻断疗法中肿瘤微环境的异质性及其对治疗效果的影响	肿瘤微环境中的免疫细胞和肿瘤细胞	肿瘤免疫学	癌症	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	NA
193	2025-06-14	Snail1 as a key prognostic biomarker of cancer-associated fibroblasts in breast tumors 2025-07, Biochimica et biophysica acta. Reviews on cancer DOI:10.1016/j.bbcan.2025.189316 PMID:40222423	综述	本文总结了乳腺癌患者样本和小鼠模型中癌症相关成纤维细胞（CAFs）的最新研究发现，重点关注通过单细胞RNA测序鉴定的CAF亚型及其对癌症预后的预测价值	揭示了Snail1在CAFs中的表达与恶性肿瘤的关联，并发现了一个新的与Snail1相关的基因特征，具有乳腺癌和其他实体瘤的预后潜力	主要基于现有研究的总结，缺乏新的实验数据验证	探讨CAFs在肿瘤进展中的作用及其作为预后生物标志物的潜力	乳腺癌患者样本和小鼠模型中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
194	2025-06-14	Patient phenotyping for molecular profiling of neck and low back pain - Study protocol 2025 Jul-Dec, Neurobiology of pain (Cambridge, Mass.) DOI:10.1016/j.ynpai.2025.100186 PMID:40501484	研究论文	本文概述了用于分子剖析颈部和腰部疼痛的患者表型研究的方案	应用批量、单细胞和空间转录组学技术研究颈部和腰部疼痛的分子神经生物学和神经免疫学机制	研究依赖于手术获取的组织样本，可能限制了样本的多样性和数量	通过分子剖析揭示颈部和腰部疼痛的机制，以发现治疗靶点	颈部和腰部疼痛患者的手术组织样本及器官捐赠者的对照组织	分子神经生物学	颈部和腰部疼痛	批量、单细胞和空间转录组学	NA	组织样本	颈部和腰部疼痛患者的手术组织样本及器官捐赠者的对照组织
195	2025-06-14	Single-cell RNA sequencing reveals altered placental microenvironment due to maternal high-fat diet 2025-Jun-26, Placenta IF:3.0Q2 DOI:10.1016/j.placenta.2025.04.011 PMID:40381453	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术揭示了母体高脂饮食对胎盘微环境的改变	首次使用单细胞RNA测序技术详细分析了母体高脂饮食对胎盘细胞组成和功能的影响	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探究母体高脂饮食对胎盘微环境的影响及其与子代代谢疾病的关联	C57BL/6J小鼠的胎盘组织	基因组学	代谢疾病	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	高脂饮食组和对照组小鼠的胎盘组织
196	2025-06-14	New insights into the pharmacological mechanisms of Jinqi Jiangtang Tablets in the treatment of type 2 diabetes mellitus: A multi-omics approach combined with experimental validation 2025-Jun-26, Journal of ethnopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.jep.2025.120020 PMID:40449695	research paper	本研究采用多组学方法结合实验验证，探讨了金芪降糖片治疗2型糖尿病的药理机制	首次结合多组学方法和实验验证，全面解析金芪降糖片的药理活性成分及其在2型糖尿病中的多靶点、多通路作用机制	研究虽然发现了多个潜在靶点和通路，但具体分子机制仍需进一步实验验证	阐明金芪降糖片在2型糖尿病治疗中的药理活性成分和作用机制	金芪降糖片及其在2型糖尿病治疗中的作用	药理学	2型糖尿病	LC-MS, 网络药理学, 单细胞RNA测序, 分子对接, 分子动力学模拟, 代谢组学, 16S rDNA测序	NA	化学分析数据, 基因表达数据, 代谢组数据, 微生物组数据	161种化合物被鉴定, 56种差异代谢物被发现
197	2025-06-14	The Dynamically Evolving Cell States and Ecosystem from Benign Nevi to Melanoma 2025-Jun-13, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-2971 PMID:40094420	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术，揭示了从良性痣到黑色素瘤的动态演变过程中黑色素细胞亚群的四种不同状态及其功能和调控通路的动态变化	首次在单细胞水平上描绘了从痣到黑色素瘤的恶性转化图谱，并识别了关键调控因子和免疫逃逸机制	样本量较小（仅5例患者），且仅针对先天性黑色素细胞痣来源的黑色素瘤	探究从良性痣到黑色素瘤恶性转化的动态变化机制	先天性黑色素细胞痣发展为黑色素瘤的患者组织样本	数字病理学	黑色素瘤	单细胞转录组测序	恶性进展预测模型	RNA测序数据	5例患者的多个配对组织位点
198	2025-06-14	Cambridge Neoadjuvant Cancer of the Prostate (CANCAP03): A Window Study into the Effects of Olaparib ± Degarelix in Primary Prostate Cancer 2025-Jun-13, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-1304 PMID:40358364	研究论文	本研究探讨了PARP抑制剂和雄激素抑制联合治疗在原发性前列腺癌中的作用及其生物学机制	在缺乏同源重组修复通路突变的情况下，研究了PARP抑制剂和雄激素抑制联合治疗的临床效果及其生物学机制	样本量较小，且仅针对原发性前列腺癌患者	研究PARP抑制剂和雄激素抑制联合治疗在原发性前列腺癌中的作用及其生物学机制	原发性前列腺癌患者	肿瘤学	前列腺癌	IHC、肿瘤基因测序、突变分析、RNA-seq（包括bulk和single-cell RNA-seq）	NA	组织样本、基因测序数据	参与者接受奥拉帕尼治疗2周后进行前列腺切除术，随机分配或不分配地加瑞克（1:1）
199	2025-06-14	Targeted single cell expression profiling identifies integrators of sleep and metabolic state 2025-Jun-13, G3 (Bethesda, Md.) DOI:10.1093/g3journal/jkaf079 PMID:40509864	研究论文	本研究通过单细胞测序技术识别了果蝇中调控睡眠与代谢状态整合的神经元及其转录响应	首次在单神经元水平解析了饥饿状态下调控睡眠的转录变化，并鉴定出多个功能验证的新基因	研究仅针对果蝇的LHLK神经元，哺乳动物系统的普适性有待验证	探究神经元如何整合睡眠与代谢状态的分子机制	果蝇(Drosophila melanogaster)的Lateral Horn Leucokinin (LHLK)神经元	神经生物学	NA	单细胞CEL-Seq测序	NA	单细胞转录组数据	比较喂食与24小时饥饿处理的果蝇LHLK神经元
200	2025-06-14	Plasma Proteomics Reveals Dysregulated Pathways Across the Spectrum LMNA Cardiomyopathy 2025-Jun-13, Circulation. Genomic and precision medicine DOI:10.1161/CIRCGEN.124.004924 PMID:40509996	research paper	通过血浆蛋白质组学研究揭示了LMNA心肌病发展过程中的失调通路	发现了与LMNA DCM相关的多个新蛋白质，并揭示了这些蛋白质在心肌细胞中的差异基因表达	样本量相对较小，且研究结果需要在更大规模的队列中验证	探索LMNA DCM的发病机制和进展过程	LMNA DCM患者、肌节蛋白DCM患者及表型阴性个体	蛋白质组学	心血管疾病	OLINK平台蛋白质组学分析、单细胞测序	NA	血浆蛋白质组数据、RNA表达数据	LMNA DCM患者41例、肌节蛋白DCM患者18例、表型阴性个体55例