单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
181	2025-04-27	Mouse Bladder Smooth Muscle Lack the Functional Active NMDAR 2025-Feb, Neurourology and urodynamics IF:1.8Q3 DOI:10.1002/nau.25631 PMID:39552551	研究论文	本研究探讨了N-甲基-D-天冬氨酸受体（NMDARs）在膀胱平滑肌（BSM）功能中的作用及其作为治疗膀胱过度活动症潜在靶点的可能性	首次通过多方法验证了膀胱平滑肌中缺乏功能性NMDARs，挑战了现有关于NMDAR抑制治疗膀胱过度活动症的作用机制	研究主要基于小鼠模型，人类膀胱平滑肌的发现需要进一步验证	探究NMDARs在膀胱平滑肌功能中的作用及其治疗潜力	小鼠和人类的膀胱平滑肌	NA	膀胱过度活动症	肌动描记术、钙成像、单细胞RNA测序、免疫荧光染色	NA	生理数据、基因表达数据、影像数据	未明确说明样本数量，涉及小鼠和人类膀胱组织
182	2025-04-27	PD-L1 promotes tumor metastasis by regulating the infiltration of FGFBP2(+)Tm cells in colorectal cancer 2025-Feb, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-024-03223-w PMID:39558101	研究论文	本研究探讨了PD-L1通过调节FGFBP2(+)Tm细胞的浸润促进结直肠癌肿瘤转移的机制	首次揭示了PD-L1通过减少CXCL9和CXCL10的分泌抑制记忆T细胞浸润，并发现FGFBP2(+)Tm细胞在肿瘤转移中的作用	研究主要基于小鼠模型和临床样本，人类样本的验证仍需进一步扩大	探究PD-L1在结直肠癌转移中的作用机制	结直肠癌患者和小鼠模型	肿瘤免疫学	结直肠癌	单细胞测序、小鼠转移模型	小鼠转移模型	临床样本数据、实验数据	包括外周血、淋巴结、结肠息肉、原发肿瘤和肝转移样本
183	2025-04-27	E2F1 Promotes the Occurrence of Head and Neck Squamous Cell Carcinoma and Serves as a Prognostic Biomarker 2025-Feb, Applied biochemistry and biotechnology IF:3.1Q2 DOI:10.1007/s12010-024-05097-w PMID:39565537	research paper	本研究探讨了E2F转录因子1（E2F1）在头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中的生物学功能及预后价值	通过结合转录组和单细胞测序数据，构建了基于E2F1表达水平的风险模型，并探索了高表达细胞群与其他细胞群的相互作用通路	研究主要依赖于公共数据库数据，缺乏独立验证队列	探索E2F1在HNSCC中的生物学功能及其作为预后生物标志物的潜力	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）患者	生物信息学	头颈部鳞状细胞癌	转录组测序，单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Lasso-Cox回归模型，nomogram模型	基因表达数据，单细胞数据	TCGA和GEO数据库中的HNSCC患者样本
184	2025-04-27	The critical role of endoplasmic reticulum stress and the stimulator of interferon genes (STING) pathway in kidney fibrosis 2025-Feb, Kidney international IF:14.8Q1 DOI:10.1016/j.kint.2024.10.021 PMID:39566842	研究论文	本研究探讨了内质网应激和STING通路在肾脏纤维化中的关键作用	发现STING是肾小管细胞内质网应激的重要上游激活因子，并揭示了STING与PERK的物理相互作用	研究主要基于小鼠模型，人类数据有限	阐明内质网应激在肾脏疾病中的激活机制和作用	慢性肾脏病患者和小鼠模型的肾脏组织	肾脏病学	肾脏疾病	转录组学分析	小鼠模型	转录组数据	慢性肾脏病患者样本和多种小鼠模型（顺铂、单侧输尿管梗阻、叶酸和TFAM敲除小鼠）
185	2025-04-27	Integrated analysis and systematic characterization of the regulatory network for human germline development 2025-Feb, Journal of genetics and genomics = Yi chuan xue bao DOI:10.1016/j.jgg.2024.11.005 PMID:39571792	研究论文	通过整合多组学数据，研究人类原始生殖细胞（PGCs）发育的调控网络	构建了人类PGC数据库（hPGCdb），鉴定了调控生殖细胞命运的关键转录因子和调控网络，并验证了部分关键因子在生殖细胞发育中的重要作用	由于人类PGC发育过程的复杂性，部分调控机制仍未被完全揭示	揭示人类原始生殖细胞发育的调控机制	人类原始生殖细胞（PGCs）	生物信息学	NA	RNA-seq, ATAC-seq, ChIP-seq, 单细胞RNA-seq, CRISPRi敲低	NA	多组学数据	581个RNA-seq样本、54个ATAC-seq样本、45个ChIP-seq样本和69个单细胞RNA-seq样本
186	2025-04-27	TRAIL induces podocyte PANoptosis via death receptor 5 in diabetic kidney disease 2025-Feb, Kidney international IF:14.8Q1 DOI:10.1016/j.kint.2024.10.026 PMID:39571905	研究论文	该研究揭示了TRAIL通过死亡受体5（DR5）诱导足细胞PANoptosis（凋亡、焦亡和坏死性凋亡）在糖尿病肾病（DKD）中的作用机制	首次发现TRAIL/DR5信号通路在DKD足细胞PANoptosis中的关键自分泌作用，并验证了DR5抑制剂在缓解DKD中的潜在治疗价值	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，人类临床样本数量有限（仅3例正常和3例DKD样本）	探究TRAIL/DR5信号通路在糖尿病肾病足细胞损伤中的作用机制	糖尿病肾病患者的足细胞、培养的人足细胞、高脂饮食和链脲佐菌素诱导的肥胖糖尿病小鼠	肾脏病学	糖尿病肾病	scRNA-seq（单细胞RNA测序）、siRNA沉默、重组蛋白处理、基因过表达	动物模型（小鼠）和细胞模型	基因表达数据、病理学数据	3例正常人肾脏样本和3例DKD患者肾脏样本（人类）；未明确说明小鼠数量
187	2025-04-27	A Study on the Inflammatory Response of the Brain in Neurosyphilis 2025-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202406971 PMID:39574316	研究论文	本研究通过蛋白质组学和单细胞转录组学的整合分析，揭示了神经梅毒中Toll样/NF-κB信号通路在CNS损伤中的作用	首次发现单核细胞来源的巨噬细胞是神经梅毒患者CNS中对Tp炎症反应的关键细胞，并验证了外周血炎症细胞可能通过破坏血脑屏障导致神经损伤	研究样本量未明确说明，体外脑类器官模型的临床相关性有待进一步验证	探究梅毒螺旋体诱导的神经梅毒中炎症介导脑损伤的机制	神经梅毒患者的CNS组织、外周血及体外培养的脑类器官	神经免疫学	神经梅毒	蛋白质组学、单细胞转录组学	体外脑类器官模型	蛋白质组数据、转录组数据	NA
188	2025-04-27	High CD44 expression and enhanced E-selectin binding identified as biomarkers of chemoresistant leukemic cells in human T-ALL 2025-Feb, Leukemia IF:12.8Q1 DOI:10.1038/s41375-024-02473-7 PMID:39580584	研究论文	本文研究了T细胞急性淋巴细胞白血病（T-ALL）中化疗耐药细胞的生物标志物，重点关注CD44高表达和E-选择素结合增强的特性	首次在人类T-ALL中鉴定出Ki67CD44化疗耐药白血病细胞（CLCs），并发现其与E-选择素结合的关联	样本量相对较小（39例人类T-ALL样本），需要更大规模研究验证	探索T-ALL化疗耐药机制，寻找预后分层和治疗新靶点	人类T-ALL细胞，特别是化疗耐药的白血病细胞（CLCs）	血液肿瘤学	白血病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	39例人类T-ALL样本
189	2025-04-27	Comparison of CD30L and OX40L Reveals CD30L as a Promising Therapeutic Target in Atopic Dermatitis 2025-Feb, Allergy IF:12.6Q1 DOI:10.1111/all.16412 PMID:39589186	research paper	比较CD30L和OX40L在特应性皮炎治疗中的潜力，发现CD30L是一个有前景的治疗靶点	首次提出靶向CD30-CD30L轴可能是治疗特应性皮炎的新策略，并与已知的OX40-OX40L轴进行了比较	研究主要基于小鼠模型，人类治疗效果尚需进一步验证	探索CD30L作为特应性皮炎新治疗靶点的潜力	特应性皮炎患者皮肤病变的单细胞RNA-seq数据和小鼠模型	免疫学	特应性皮炎	单细胞RNA-seq	小鼠AD模型	RNA-seq数据	多个特应性皮炎患者皮肤病变的scRNA-seq数据集和小鼠模型
190	2025-04-27	In silico integrative scRNA analysis of human colonic epithelium indicates four tuft cell subtypes 2025-Feb-01, American journal of physiology. Gastrointestinal and liver physiology DOI:10.1152/ajpgi.00182.2024 PMID:39589317	研究论文	本研究整合并分析了人类结肠上皮细胞的单细胞RNA测序数据，揭示了结肠中簇细胞异质性的复杂景观，并识别出四种簇细胞亚型	通过整合多个公开可用的单细胞RNA测序数据集，发现了四种具有独特基因表达谱的簇细胞亚型，这些亚型在健康个体和炎症性肠病患者之间存在差异	研究主要基于计算分析，需要后续的生理学实验验证	探索人类结肠簇细胞的异质性及其在肠道健康和疾病中的潜在作用	人类结肠上皮细胞	生物信息学	炎症性肠病(IBD)	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	四个公开可用的数据集
191	2025-04-27	Dynamic Reprogramming of Stromal Pdgfra-expressing cells during WNT-Mediated Transformation of the Intestinal Epithelium 2025-Jan-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.22.634326 PMID:39896606	研究论文	研究揭示了在WNT驱动的肿瘤发生过程中，表达Pdgfra的成纤维细胞如何动态重编程以促进肠道上皮的再生状态和肿瘤形成	首次揭示了Pdgfra成纤维细胞在WNT介导的肿瘤发生中的动态重编程作用及其通过TGFB信号促进上皮再生状态的机制	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性尚需进一步验证	探究WNT驱动肿瘤发生过程中基质细胞与上皮细胞的相互作用机制	肠道基质成纤维细胞和上皮细胞	肿瘤生物学	肠道肿瘤	单细胞RNA测序(RNA-seq)	小鼠肿瘤模型	基因表达数据	NA
192	2025-04-27	Fibroblastic reticular cells generate protective intratumoral T cell environments in lung cancer 2025-Jan-23, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2024.10.042 PMID:39566495	研究论文	本研究揭示了在人类非小细胞肺癌中，表达CCL19的纤维网状细胞（FRCs）如何生成相互连接的T细胞环境（TEs），并探讨了这些环境对肿瘤浸润T细胞的影响	首次展示了FRCs在肿瘤微环境中如何通过特定的分子网络调控T细胞激活途径，并证实了FRCs在肿瘤免疫治疗中的关键作用	研究主要基于小鼠模型和人类非小细胞肺癌样本，可能不适用于其他类型的癌症	探讨肿瘤微环境中纤维网状细胞（FRCs）对T细胞活性和抗肿瘤免疫的影响	人类非小细胞肺癌和小鼠模型中的纤维网状细胞（FRCs）及T细胞	肿瘤免疫学	肺癌	单细胞转录组学、细胞命运图谱分析	NA	转录组数据、免疫组织化学数据	人类非小细胞肺癌样本和小鼠模型
193	2025-04-27	A deconvolution framework that uses single-cell sequencing plus a small benchmark data set for accurate analysis of cell type ratios in complex tissue samples 2025-Jan-22, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.278822.123 PMID:39586714	研究论文	本文提出了一种名为DeMixSC的去卷积框架，利用单细胞测序和小型基准数据集准确分析复杂组织样本中的细胞类型比例	DeMixSC基于新型加权非负最小二乘框架，识别并调整具有高技术差异的基因，并将基准数据与大型患者队列对齐，以提高去卷积准确性	需要依赖良好匹配的基准数据集才能实现准确的去卷积分析	解决跨测序平台技术差异导致的去卷积准确性问题	复杂生物样本中的细胞类型比例	生物信息学	年龄相关性黄斑变性和卵巢癌	单细胞/核RNA测序	加权非负最小二乘框架	RNA测序数据	453名年龄相关性黄斑变性患者和30名卵巢癌患者
194	2025-04-27	Divergent Clinical and Immunologic Outcomes Based on STK11 Co-mutation Status in Resectable KRAS-Mutant Lung Cancers Following Neoadjuvant Immune Checkpoint Blockade 2025-Jan-17, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-2983 PMID:39545922	研究论文	本研究探讨了在可切除KRAS突变非小细胞肺癌（NSCLC）中，STK11共突变状态对新辅助免疫检查点阻断（ICB）治疗临床和免疫学结果的影响	揭示了KRAS和STK11共突变与ICB治疗抵抗的关联，并首次在单细胞水平描述了相关T细胞的转录特征	样本量较小（仅13个肿瘤样本），且机制研究仍需进一步验证	探究KRAS/STK11共突变对NSCLC新辅助ICB治疗响应的影响机制	可切除的KRAS突变NSCLC肿瘤（含/不含STK11共突变）	肿瘤免疫学	肺癌	单细胞转录组测序	NA	基因表达数据	7例KRASmut/STK11wt肿瘤和6例KRASmut/STK11mut肿瘤
195	2025-04-27	Aberrant Activation of Wound-Healing Programs within the Metastatic Niche Facilitates Lung Colonization by Osteosarcoma Cells 2025-Jan-17, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-0049 PMID:39540841	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序等方法，揭示了骨肉瘤细胞如何通过激活肺微环境中的伤口愈合程序促进肺转移，并评估了抗纤维化药物nintedanib在抑制转移中的作用	首次发现骨肉瘤细胞通过诱导肺泡上皮损伤和慢性伤口愈合表型促进肺转移，并验证了抗纤维化药物nintedanib的治疗潜力	研究主要基于小鼠模型和患者样本，临床转化效果需要进一步验证	阐明骨肉瘤肺转移微环境形成的细胞和分子机制，并寻找治疗靶点	骨肉瘤细胞和肺转移微环境	肿瘤生物学	骨肉瘤	单细胞RNA测序、多参数免疫荧光、空间转录组学	免疫活性小鼠模型和免疫缺陷人源异种移植模型	转录组数据、蛋白表达数据、空间关系数据	免疫活性小鼠模型、免疫缺陷人源异种移植模型和患者样本
196	2025-04-27	Application of computational algorithms for single-cell RNA-seq and ATAC-seq in neurodegenerative diseases 2025-Jan-15, Briefings in functional genomics IF:2.5Q3 DOI:10.1093/bfgp/elae044 PMID:39500613	review	本文综述了整合scRNA-seq和scATAC-seq数据的计算工具和机器学习方法，以促进转录组数据与染色质可及性图谱的比对	整合scRNA-seq和scATAC-seq数据，揭示染色质可及性和基因表达变化在神经退行性疾病中的作用	面临数据稀疏性和计算需求等挑战	促进神经退行性疾病的研究和临床诊断	神经退行性疾病（如阿尔茨海默病和帕金森病）	计算生物学	神经退行性疾病	scRNA-seq, scATAC-seq	机器学习	单细胞测序数据	NA
197	2025-04-27	Spatial and Single-Cell Analyses Reveal Heterogeneity of DNAM-1 Receptor-Ligand Interactions That Instructs Intratumoral γδT-cell Activity 2025-Jan-15, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-1509 PMID:39514370	研究论文	本研究探讨了肿瘤细胞配体CD112和CD155与γδT细胞上激活受体DNAM-1的相互作用如何调节γδT细胞的激活，揭示了肿瘤微环境中肿瘤细胞与γδT细胞动态互作的复杂性	揭示了CD112和CD155表达比例对γδT细胞介导的细胞毒性的影响，以及CD155通过E3泛素连接酶介导的DNAM-1降解机制	研究主要聚焦于神经母细胞瘤，结果在其他肿瘤类型中的普适性需要进一步验证	探究肿瘤微环境中肿瘤细胞与γδT细胞的相互作用机制及其对免疫治疗的影响	神经母细胞瘤肿瘤细胞和γδT细胞	肿瘤免疫学	神经母细胞瘤	空间转录组测序、单细胞RNA测序、空间代谢组分析	NA	RNA测序数据、代谢组数据	NA
198	2025-04-27	Single-cell RNA sequencing reveals common interactions between follicle immune cells and granulosa cells in premature ovarian insufficiency patients† 2025-Jan-14, Biology of reproduction IF:3.1Q2 DOI:10.1093/biolre/ioae157 PMID:39513542	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了早发性卵巢功能不全(POI)、正常卵巢储备和高级母亲年龄(AMA)患者的卵泡微环境特征，并识别潜在的治疗靶点	首次在POI和AMA患者中揭示了单核细胞与颗粒细胞之间VEGFA-FLT1相互作用的缺失，以及内质网和核糖体相关通路的富集可能驱动过度炎症反应	样本量较小(每组仅3例)，且仅分析了不含卵丘细胞的首次穿刺卵泡	探索POI的发病机制并寻找潜在治疗靶点	POI患者、正常卵巢储备女性和AMA女性的卵泡微环境	单细胞测序	早发性卵巢功能不全	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	9名女性(3名POI/3名正常/3名AMA)，共87,323个细胞
199	2025-04-27	MobiChIP: a compatible library construction method of single-cell ChIP-seq based droplets 2025-Jan-13, Molecular omics IF:3.0Q3 DOI:10.1039/d4mo00111g PMID:39513632	research paper	介绍了一种基于液滴的单细胞ChIP-seq文库构建方法MobiChIP，用于表观遗传异质性研究	开发了MobiChIP方法，兼容现有测序平台，可高效捕获不同物种的片段并允许不同组织或物种的样本混合	未提及具体的技术限制或应用范围限制	开发一种方便且准确的单细胞ChIP-seq工具，用于表观遗传异质性研究	外周血单个核细胞(PBMCs)及其染色质调控景观	表观遗传学	NA	单细胞ChIP-seq (scChIP-seq), ATAC-seq, scRNA-seq	NA	基因组数据	未提及具体样本数量
200	2025-04-27	Efficient Predictor for Immunotherapy Efficacy: Detecting Pan-Clones Effector Tumor Antigen-Specific T Cells in Blood by Nanoparticles Loading Whole Tumor Antigens 2025-Jan, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202409913 PMID:39498880	研究论文	本文提出了一种通过纳米颗粒负载全肿瘤抗原来检测血液中泛克隆效应肿瘤抗原特异性T细胞（ETASTs）的方法，用于预测免疫治疗的疗效	利用纳米颗粒负载全肿瘤抗原来激活和检测血液中的泛克隆ETASTs，提供了一种高准确度、特异性、非侵入性的生物标志物	NA	开发一种高效预测免疫治疗疗效的方法	肿瘤抗原特异性T细胞（ETASTs）	肿瘤免疫学	肺癌	纳米颗粒负载全肿瘤抗原、单细胞测序	NA	血液样本	肺癌患者、健康个体和良性肺结节患者