单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
181	2025-05-28	An overview of computational methods in single-cell transcriptomic cell type annotation 2025-May-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf207 PMID:40347979	review	本文系统综述了单细胞转录组数据中细胞类型注释的计算方法	全面比较和分类了基于转录组特异性基因表达谱的注释方法，并探讨了深度学习技术在开放世界框架中识别新细胞类型的潜力	主要挑战在于数据不平衡导致的罕见细胞类型的长尾分布问题	提高单细胞RNA测序数据中细胞类型注释的准确性和效率	单细胞RNA测序数据中的细胞类型	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	深度学习	基因表达数据	NA
182	2025-05-28	Decoupled GNNs based on multi-view contrastive learning for scRNA-seq data clustering 2025-May-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf198 PMID:40366859	研究论文	提出了一种基于多视角对比学习的解耦图神经网络（scDeGNN）方法，用于单细胞RNA测序数据的聚类	通过解耦图神经网络和多视角对比学习，解决了高维度和复杂性数据处理的挑战，提高了聚类效率和准确性	未提及具体计算资源需求或在大规模数据集上的性能表现	提高单细胞RNA测序数据聚类的准确性和效率	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	解耦图神经网络（GNNs）、多层感知机（MLP）	基因表达数据	九个来自不同生物体和组织的真实scRNA-seq数据集
183	2025-05-28	Feedback regulation of VISTA and Treg by TNF-α controls T cell responses in drug allergy 2025-May, Allergy IF:12.6Q1 DOI:10.1111/all.16393 PMID:39526799	研究论文	本研究通过单细胞测序和临床分析，揭示了TNF-α通过调控VISTA和Treg细胞在药物过敏中的反馈调节机制	发现了TNF-α在药物特异性T细胞反应不同阶段对VISTA和Treg细胞的反馈调节作用，并提出了针对进行性SCARs患者的潜在治疗策略	研究样本量有限，且免疫病理机制复杂多变	阐明SCARs的精确发病机制并优化治疗方案	药物过敏患者和相关的免疫细胞	免疫学	药物过敏	单细胞测序	NA	测序数据和临床数据	未明确说明患者数量
184	2025-05-28	Spatially resolved transcriptomic profiling for glomerular and tubulointerstitial gene expression in C3 glomerulopathy 2025-May, Clinical kidney journal IF:3.9Q1 DOI:10.1093/ckj/sfaf139 PMID:40416397	研究论文	本研究利用空间转录组学技术探究了C3肾小球病的肾小球和肾小管间质基因表达特征	首次在C3肾小球病中应用空间转录组学技术进行亚结构特异性基因表达分析	样本量较小（3例C3G病例），且仅使用体外实验进行验证	揭示C3肾小球病的转录组特征及其病理机制	C3肾小球病患者的肾脏活检样本	数字病理学	肾脏疾病	空间转录组学（GeoMx Digital Spatial Profiler）	NA	转录组数据	3例C3G病例、7例对照样本和41例其他肾小球肾炎样本
185	2025-05-28	Data standards for single-cell RNA-sequencing of paediatric cancer 2025-May, Clinical & translational immunology IF:4.6Q2 DOI:10.1002/cti2.70033 PMID:40416408	研究论文	本文系统评估了公开可用的儿科癌症单细胞RNA测序数据集，提出了改进数据存储实践的建议框架	首次系统评估儿科癌症scRNA-seq数据的存储现状，并提出标准化建议框架	仅关注儿科癌症领域，未涉及其他疾病类型的scRNA-seq数据	改善儿科癌症研究中单细胞RNA测序数据的存储标准和使用效率	公开可用的儿科癌症单细胞RNA测序数据集	基因组学	儿科癌症	scRNA-seq	NA	基因表达数据	488个临床样本，超过130万个细胞
186	2025-05-28	Revolutionizing cancer treatment: Navigating the intricate landscape of cellular signaling networks 2025-May, Advances in clinical and experimental medicine : official organ Wroclaw Medical University IF:2.1Q3 DOI:10.17219/acem/205024 PMID:40418208	research paper	探讨癌症治疗中细胞信号网络的动态重编程及其对治疗抵抗的影响	利用单细胞多组学、空间转录组学和AI驱动的网络建模等创新技术解析癌症的适应性机制	未提及具体研究样本大小或数据类型的限制	通过整合系统生物学与计算和实验方法，设计能够克服癌症进化抵抗力的适应性疗法	肿瘤细胞、非编码基因组和微环境之间的动态交互作用	systems biology	cancer	single-cell multi-omics, spatial transcriptomics, AI-powered network modeling	AI-powered network modeling	multi-omics data, spatial transcriptomics data	NA
187	2025-05-28	Scleraxis-expressing progenitor cells are critical for the maturation of the annulus fibrosus and demonstrate therapeutic potential 2025-May, Journal of orthopaedic translation IF:5.9Q1 DOI:10.1016/j.jot.2025.04.009 PMID:40421145	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序等方法，揭示了表达Scleraxis的祖细胞在纤维环成熟和修复中的关键作用及其治疗潜力	首次发现并鉴定了纤维环中表达Scleraxis的祖细胞群体，并证实其在纤维环成熟和损伤修复中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索纤维环祖细胞的特性及其在纤维环成熟和修复中的作用	小鼠椎间盘中的纤维环祖细胞	干细胞生物学	椎间盘退行性疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、遗传谱系追踪、体外干细胞实验、消融模型和细胞移植	NA	RNA测序数据	小鼠椎间盘组织
188	2025-05-28	Endothelial Changes at Different Stages After Ischemic Stroke Contribute to the Regulation of Immune Cell Infiltration 2025-May, CNS neuroscience & therapeutics IF:4.8Q1 DOI:10.1111/cns.70456 PMID:40421577	research paper	本研究通过单细胞RNA测序等技术，探讨了缺血性中风后不同阶段内皮细胞的功能差异及其对免疫细胞浸润的调控作用	揭示了缺血性中风后不同阶段静脉内皮细胞的动态变化及其通过不同信号通路调控免疫细胞浸润的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证	探究缺血性中风后不同阶段内皮细胞功能差异对免疫细胞浸润的调控机制	小鼠模型中的外周免疫细胞和内皮细胞	脑血管疾病研究	缺血性中风	单细胞RNA测序、流式细胞术、免疫荧光染色	MCAO小鼠模型	RNA测序数据、流式细胞数据、图像数据	Sham组和MCAO组小鼠在术后3天和14天的样本
189	2025-05-28	Suppression of NOX2-Derived Reactive Oxygen Species (ROS) Reduces Epithelial-to-MesEnchymal Transition Through Blocking SiO2-Regulated JNK Activation 2025-Apr-30, Toxics IF:3.9Q1 DOI:10.3390/toxics13050365 PMID:40423444	研究论文	本研究探讨了NOX2和JNK信号通路在二氧化硅诱导的肺纤维化中的作用及其相互调控机制	揭示了JNK和NOX2信号通路之间的正反馈循环机制，这一机制在二氧化硅诱导的上皮-间质转化(EMT)中起关键作用	研究主要基于体外细胞实验和小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	阐明二氧化硅诱导肺纤维化的分子机制，寻找潜在治疗靶点	人类上皮细胞和二氧化硅诱导的矽肺病小鼠模型	分子病理学	矽肺病	单细胞测序	NA	分子生物学数据	NA
190	2025-05-28	An integrated machine learning model of transcriptomic genes in multi-center chronic obstructive pulmonary disease reveals the causal role of TIMP4 in airway epithelial cell 2025-Apr-23, Respiratory research IF:4.7Q1 DOI:10.1186/s12931-025-03238-1 PMID:40269868	研究论文	本研究通过整合多中心慢性阻塞性肺疾病(COPD)的转录组数据，利用机器学习方法识别了13个潜在致病基因，并验证了TIMP4在COPD发病机制中的关键作用	首次整合多中心COPD数据构建13基因模型，并发现TIMP4作为核心致病基因在纤毛细胞中的作用机制	研究样本来自两个中心，可能需要更大规模验证；体外功能验证仍需进一步深入	识别COPD发病机制中独立于患者变异性的核心基因集	COPD患者的肺组织样本	机器学习	慢性阻塞性肺疾病	加权基因共表达网络分析(WGCNA)，单细胞测序，孟德尔随机化	机器学习模型	转录组数据	来自两个中心的COPD患者肺组织样本
191	2025-05-28	Integrating Dynamical Systems Modeling with Spatiotemporal scRNA-Seq Data Analysis 2025-Apr-22, Entropy (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/e27050453 PMID:40422408	review	该综述讨论了如何利用动态系统方法与时空分辨的单细胞RNA测序数据相结合，以建模和推断细胞动态	结合了时空分辨的单细胞RNA测序数据与动态系统建模方法，如马尔可夫链、随机微分方程和生成模型，以重建细胞动态轨迹和命运决定	NA	探讨如何利用计算框架和时空分辨的单细胞RNA测序数据来研究细胞动态行为	细胞动态行为、发育过程和疾病进展	生物信息学	NA	scRNA-seq, 空间转录组学(ST), 时间序列空间转录组学(temporal-ST)	马尔可夫链, 随机微分方程(SDEs), 最优传输, 薛定谔桥	单细胞RNA测序数据, 时空数据	NA
192	2025-05-28	Piezo1-Mediated Calcium Flux Transfers Mechanosignal to Yes-Associated Protein to Stimulate Matrix Production in Keloid 2025-Apr-18, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2025.03.039 PMID:40254148	研究论文	该研究揭示了Piezo1介导的钙流通过Yes相关蛋白（YAP）刺激瘢痕疙瘩中基质产生的机制	首次发现Piezo1和YAP在瘢痕疙瘩成纤维细胞中的相关性，并证实它们作为促粘连信号环的上游信号	研究主要基于体外和动物模型，尚未在人体临床试验中验证	探索机械力诱导的促粘连信号通路在瘢痕疙瘩形成中的作用	人类瘢痕疙瘩成纤维细胞和患者来源的瘢痕疙瘩异种移植模型	细胞生物学	瘢痕疙瘩	单细胞转录组分析、原子力显微镜、钙离子敏感荧光指示剂Fluo-3/AM、双标记免疫荧光染色	NA	转录组数据、显微镜图像数据	人类瘢痕疙瘩成纤维细胞和患者来源的异种移植模型
193	2025-05-28	Multiparametric Profiling of Circulating Immune Cells Identifies an Expansion of CD25high Switched Memory B Cells in Osteoarthritis 2025-Apr-14, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/art.43186 PMID:40229860	research paper	该研究通过单细胞分辨率的多参数分析，识别出骨关节炎患者循环免疫细胞中的CD25高表达转换记忆B细胞扩增	首次在骨关节炎患者中鉴定出CD25高表达转换记忆B细胞亚群作为潜在的细胞生物标志物	样本量较小（21名健康供体，17名OA患者，10名DMT患者），且仅分析了外周血单个核细胞	寻找骨关节炎的新型生物标志物	骨关节炎患者的循环免疫细胞	免疫学	骨关节炎	质谱流式细胞术（CyTOF），单细胞RNA测序	NA	单细胞蛋白质组数据，单细胞转录组数据	48人（21名健康供体，17名OA患者，10名DMT患者）
194	2025-05-28	A Phase I Clinical Trial Adding OX40 Agonism to In Situ Therapeutic Cancer Vaccination in Patients with Low-Grade B-cell Lymphoma Highlights Challenges in Translation from Mouse to Human Studies 2025-Mar-03, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-2770 PMID:39745391	research paper	该研究是一项I期临床试验，评估在低级别B细胞淋巴瘤患者中，将OX40激动剂与SD101原位疫苗联合使用的效果	首次在人体临床试验中测试OX40激动剂与TLR9激动剂SD101联合使用的效果，探索从小鼠模型到人类研究的转化挑战	临床结果与临床前小鼠模型结果存在显著差异，治疗效果不如单独使用TLR9激动剂和低剂量放疗	评估OX40激动剂与SD101联合治疗低级别B细胞淋巴瘤的安全性和有效性	14名低级别B细胞淋巴瘤患者	癌症免疫治疗	B细胞淋巴瘤	流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	临床数据、分子生物学数据	14名患者
195	2025-05-28	A single-cell RNA sequencing dataset of peripheral blood cells in long COVID patients on herbal therapy 2025-Jan-30, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-025-04510-1 PMID:39885244	research paper	该研究提供了一个关于长期COVID患者在接受草药治疗后外周血细胞的单细胞RNA测序数据集	首次提供了针对长期COVID患者使用草药治疗后的单细胞RNA测序数据，为理解草药在长期COVID管理中的作用提供了新资源	对草药治疗长期COVID的有效性和安全性的理解仍然有限	研究草药治疗对长期COVID患者免疫细胞群的影响	长期COVID患者的外周血细胞	digital pathology	COVID-19	scRNA-seq	NA	RNA sequencing data	181,205个通过质量控制的外周血细胞
196	2025-05-28	A quantitative prediction method utilizing whole omics data for biosensing 2025-01-27, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-84323-1 PMID:39870652	research paper	本文介绍了一种名为OmicSense的定量预测方法，利用全组学数据进行生物传感	OmicSense采用高斯混合模型作为概率分布，能够准确且稳健地预测生物标志物，避免过拟合，并在单细胞转录组、代谢组和微生物组数据中表现出高预测性能	未明确提及具体局限性	开发一种能够充分利用组学数据进行生物标志物预测的方法	组学数据（转录组、代谢组、微生物组）	生物信息学	NA	加权基因共表达网络分析	高斯混合模型	组学数据（转录组、代谢组、微生物组）	未明确提及具体样本数量
197	2025-05-28	Highly multiplexed spatial transcriptomics in bacteria 2025-Jan-24, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adr0932 PMID:39847624	research paper	该论文介绍了一种名为bacterial-MERFISH的新方法，用于在细菌中实现高通量、空间分辨的转录组分析	结合1000倍体积扩展与MERFISH技术，解决了细菌信使RNA高密度带来的技术难题，实现了对单个细菌内数千个操纵子的空间解析	NA	研究细菌在复杂环境中的单细胞决策行为	细菌（特别是肠道共生菌）	spatial transcriptomics	NA	multiplexed error-robust fluorescence in situ hybridization (MERFISH)	NA	spatial transcriptomic data	NA
198	2025-05-28	Regionalized cell and gene signatures govern esophageal epithelial homeostasis 2025-01-20, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.09.025 PMID:39426382	研究论文	本文通过区域解析的Smart-seq3单细胞测序技术，构建了成年小鼠食管的全面细胞图谱，揭示了食管上皮细胞、成纤维细胞和免疫细胞的非均匀分布及其区域化特征	首次使用区域解析的单细胞测序技术揭示食管细胞和基因特征的区域化差异，并验证了WNT、BMP、IGF和NRG信号通路在食管轴上的差异性参与	研究仅针对小鼠模型，人类食管可能存在差异	理解食管区域化的细胞和转录框架，为上皮疾病易感性提供功能基础	成年小鼠食管上皮细胞、成纤维细胞和免疫细胞	单细胞测序	食管疾病	Smart-seq3单细胞测序	NA	单细胞转录组数据	成年小鼠食管组织
199	2025-05-28	Elucidating the role of pyrimidine metabolism in prostate cancer and its therapeutic implications 2025-01-15, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-86052-5 PMID:39814835	研究论文	本研究探讨了嘧啶代谢在前列腺癌中的作用及其与免疫微环境、药物敏感性和肿瘤突变负荷的关联	揭示了嘧啶代谢相关基因在前列腺癌P2亚组中的显著上调，以及其与免疫细胞调节和药物敏感性的潜在联系	研究主要基于转录组和单细胞RNA测序分析，缺乏体内实验验证	阐明嘧啶代谢在前列腺癌中的作用及其治疗意义	前列腺癌样本	肿瘤代谢	前列腺癌	转录组分析, 单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	未明确说明样本数量
200	2025-05-28	Integrated bioinformatics analysis identified cuproptosis-related hub gene Mpeg1 as potential biomarker in spinal cord injury 2025-01-15, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-86170-0 PMID:39814871	研究论文	本研究通过整合生物信息学分析，确定了铜死亡相关枢纽基因Mpeg1作为脊髓损伤的潜在生物标志物	首次揭示了铜死亡在脊髓损伤中的作用，并鉴定了Mpeg1作为关键基因	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分相对有限	探索铜死亡在脊髓损伤中的作用机制并寻找潜在治疗靶点	脊髓损伤样本和铜死亡相关基因	生物信息学	脊髓损伤	RNA测序、ssGSEA、WGCNA、单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	GEO数据库中的1、3、7天脊髓损伤样本