单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
181	2025-07-12	CAF-derived GLUT1 and its role in modulating ovarian cancer progression: a multi-dimensional analysis of the tumor microenvironment 2025-Jul-08, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08380-6 PMID:40629043	研究论文	本研究通过多维分析揭示了癌症相关成纤维细胞（CAFs）中GLUT1在卵巢癌微环境中的作用及其对肿瘤进展的影响	首次发现GLUT1在CAFs中的高表达并通过TGF-β1/p38/MMP2/MMP9通路促进卵巢癌细胞增殖和迁移，同时利用单细胞RNA测序和3D生物打印模型验证了这一机制	研究主要基于体外模型和生物信息学分析，缺乏临床样本的验证	探究CAFs中葡萄糖代谢重编程在卵巢癌进展中的作用机制	卵巢癌微环境中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）	肿瘤微环境研究	卵巢癌	单细胞RNA测序、生物信息学分析、3D生物打印	3D生物打印模型	RNA测序数据、生物信息学数据	NA
182	2025-07-12	Single-cell analysis links DCUN1D5 to immune remodeling and cisplatin resistance in recurrent osteosarcoma 2025-Jul-08, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08409-w PMID:40629059	研究论文	通过单细胞分析揭示了DCUN1D5在复发性骨肉瘤中的免疫重塑和顺铂耐药性中的作用	首次将DCUN1D5基因与骨肉瘤的免疫微环境重塑和顺铂耐药性联系起来，并发现其通过外泌体影响破骨细胞前体成熟	研究主要基于单细胞RNA测序数据，需要进一步的体内实验验证	探究骨肉瘤复发和顺铂耐药的机制，特别是从肿瘤微环境的角度	复发性骨肉瘤及其微环境	肿瘤生物学	骨肉瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 批量RNA测序(bulk RNA-seq)	NA	RNA测序数据	整合了多个单细胞RNA测序数据集（具体样本量未明确说明）
183	2025-07-12	Integrating single-cell and spatial transcriptomics reveals the cellular heterogeneity of vestibular schwannoma 2025-Jul-08, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-01028-y PMID:40629113	研究论文	通过整合单细胞和空间转录组学技术，揭示了前庭神经鞘瘤的细胞异质性	发现了一种富含VEGFA的施万细胞亚型，并通过空间转录组学验证了其存在，同时构建了前庭神经鞘瘤组织的初步细胞图谱	样本量较小（3个单细胞RNA测序样本和2个空间转录组样本），可能影响结果的普遍性	探索前庭神经鞘瘤的发展和空间异质性机制	前庭神经鞘瘤组织	数字病理学	前庭神经鞘瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学	NA	转录组数据	3个单细胞RNA测序样本（VS1-3）和2个空间转录组样本（VS_S1-2）
184	2025-07-12	Mechanistic study of CTHRC1 in promoting Wilms' tumor progression by regulating M2-type tumor-associated macrophages polarization 2025-Jul-08, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06752-4 PMID:40629408	研究论文	本研究探讨了CTHRC1在Wilms瘤进展中的作用及其通过调节M2型肿瘤相关巨噬细胞极化的分子机制	揭示了CTHRC1通过TNFSF9-TNFRSF9轴调控M2-TAMs极化的新机制，并发现M2-TAMs通过激活PI3K/Akt通路促进Wilms瘤进展	未明确说明样本量大小及具体实验条件限制	探究CTHRC1在Wilms瘤进展中的作用机制	Wilms瘤组织和M2型肿瘤相关巨噬细胞	肿瘤生物学	Wilms瘤	单细胞测序、RT-qPCR、Western blot、免疫组化、免疫荧光、转录组测序	异种移植模型	基因表达数据、蛋白质数据、组织切片图像	NA
185	2025-07-12	Horizontal gene transfer-mediated enhancement of gut antifungal defense facilitates host plant adaptation in an invasive pest 2025-Jul-08, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115970 PMID:40638393	研究论文	该研究揭示了入侵性害虫通过水平基因转移获取几丁质酶基因以增强肠道抗真菌防御，从而适应新寄主植物的机制	首次发现入侵性害虫通过水平基因转移获取细菌来源的几丁质酶基因，并证实该基因在肠道抗真菌免疫和寄主适应性中的关键作用	研究仅针对一种入侵性害虫和特定寄主植物，其他物种或寄主系统中的普适性尚未验证	探究水平基因转移在入侵性害虫适应新寄主植物过程中的作用机制	入侵性害虫美国白蛾(Hyphantria cunea)及其五种寄主植物	进化生物学	NA	比较转录组学、单细胞转录组学、系统发育分析、RNA干扰、重组蛋白功能验证	NA	转录组数据、蛋白活性数据	五种寄主植物和人工饲料饲养的幼虫样本
186	2025-07-12	Global transcriptome characterization of peripheral blood mononuclear cells in individuals with chronic HIV infection 2025-Jul-08, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2025.111082 PMID:40639496	研究论文	本研究通过RNA-seq技术探索了不同HIV感染群体外周血单核细胞（PBMCs）的免疫代谢差异	首次在不同HIV感染群体（IRs、INRs、TPs和ECs）中系统比较了PBMCs的免疫代谢特征差异，并发现CD8+ T细胞亚群的代谢通路特异性变化	样本量较小（仅18例），且未验证代谢变化与临床结局的因果关系	揭示HIV感染不同进展阶段的免疫代谢特征差异	HIV感染者的外周血单核细胞（包括4例IRs、5例INRs、5例TPs和4例ECs）	免疫代谢组学	HIV感染/艾滋病	RNA-seq单细胞测序	NA	转录组数据	18例HIV感染者PBMCs样本（4IRs+5INRs+5TPs+4ECs）
187	2025-07-12	Smpd3 regulates odontoblast differentiation through the Shh-Gli1 pathway 2025-Jul-08, Bone IF:3.5Q2 DOI:10.1016/j.bone.2025.117587 PMID:40639673	研究论文	本研究探讨了Smpd3通过Shh-Gli1通路调控成牙本质细胞分化的分子机制	首次发现Smpd3在成牙本质细胞分化中的关键作用，并揭示其通过Shh-Gli1通路调控牙本质形成的分子机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类细胞中进行验证	探索牙本质形成过程中成牙本质细胞分化的分子调控机制	小鼠牙乳头细胞(mDPCs)和牙胚	发育生物学	牙科疾病	单细胞RNA测序、siRNA敲低、RNA测序、体外培养	NA	RNA测序数据、分子标记数据	小鼠牙乳头细胞和牙胚样本
188	2025-07-12	SUMO-activating enzyme subunit 1 (SAE1) promotes non-small cell lung cancer metastasis by promoting the epithelial-mesenchymal transition through the SUMOylation of N-cadherin 2025-Jul-08, Science China. Life sciences DOI:10.1007/s11427-023-2662-y PMID:40643801	研究论文	本研究揭示了SUMO激活酶亚基1（SAE1）通过SUMO化N-钙黏蛋白促进非小细胞肺癌转移的机制	首次发现SAE1通过SUMO化N-钙黏蛋白促进上皮-间质转化（EMT），从而推动非小细胞肺癌的转移	未明确SAE1在其他类型癌症中的作用，临床样本量有限	探究SAE1在非小细胞肺癌转移中的作用机制	非小细胞肺癌细胞及患者痰液样本	癌症生物学	非小细胞肺癌	蛋白表达谱分析、单细胞测序、痰液薄片技术	NA	蛋白质组数据、单细胞测序数据、临床样本数据	非小细胞肺癌组织样本及患者痰液样本（数量未明确）
189	2025-07-12	Identification of biomarkers and exploration of mechanisms for atopic dermatitis based on transcriptome and scRNA-seq data analysis 2025-Jul-04, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000042291 PMID:40629565	research paper	本研究通过生物信息学方法识别特应性皮炎的生物标志物并探索其机制	结合转录组和单细胞RNA测序数据分析，识别出7个关键基因作为AD的潜在生物标志物，并通过伪时间分析探索了角质形成细胞在AD发病机制中的作用	研究依赖于公开数据集，未进行实验验证	识别特应性皮炎的生物标志物并探索其发病机制	特应性皮炎(AD)	生物信息学	特应性皮炎	转录组测序, scRNA-seq	NA	基因表达数据	两个转录组数据集(GSE16161和GSE32924)和一个scRNA-seq数据集(GSE180885)
190	2025-07-12	Large-Scale Production of Expandable Hepatoblast Organoids and Polarised Hepatocyte Organoids From hESCs Under 3D Static and Dynamic Suspension Conditions 2025-Jul, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.70001 PMID:39921573	研究论文	开发了一种新的培养系统，用于在3D静态和动态悬浮条件下从人类胚胎干细胞(hESCs)大规模生产可扩展的肝母细胞类器官(HB-orgs)和成熟的极化肝细胞类器官(P-hep-orgs)	使用低浓度Matrigel支持的3D悬浮条件，开发了新的培养系统，能够大规模生产功能性的肝细胞类器官	NA	开发大规模生产功能性hESC衍生肝细胞的方法，用于细胞治疗、疾病建模、药理学和毒理学研究	人类胚胎干细胞(hESCs)	细胞生物学	NA	scRNA-seq	NA	NA	NA
191	2025-07-12	Klotho Regulates Club Cell Senescence and Differentiation in Chronic Obstructive Pulmonary Disease 2025-Jul, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.70000 PMID:39930762	研究论文	探讨Klotho（KL）在慢性阻塞性肺疾病（COPD）中调节俱乐部细胞衰老和分化的作用	首次揭示了KL通过调节hnRNPA2/B1和neddylation影响俱乐部细胞衰老的机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类样本验证有限	阐明KL在COPD炎症和俱乐部细胞衰老中的作用机制	COPD患者肺组织和香烟烟雾诱导的COPD小鼠模型	呼吸系统疾病研究	慢性阻塞性肺疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），SA-β-gal染色	KL基因敲除小鼠模型	基因表达数据，组织病理学数据	未明确说明具体样本数量，涉及人类COPD肺组织和小鼠模型
192	2025-07-12	Single-Cell Analysis Clarifies Pathological Heterogeneity in Tenosynovial Giant Cell Tumor and Identifies Biomarkers for Predicting Disease Recurrence 2025-Jul, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202415835 PMID:40126353	研究论文	通过单细胞RNA测序分析弥漫型和局限型腱鞘巨细胞瘤的转录差异，揭示病理异质性并鉴定预测疾病复发的生物标志物	发现D-TGCT中独特的肿瘤细胞簇及其通过COL6A3-(ITGAV+ITGB8)相互作用调控成纤维细胞分化的机制，并鉴定出预测复发的生物标志物ROR1和PRKD1	样本来源和数量未明确说明，机制验证实验需进一步开展	阐明弥漫型腱鞘巨细胞瘤侵袭性行为的分子机制并寻找治疗靶点	人类弥漫型(D-TGCT)和局限型(L-TGCT)腱鞘巨细胞瘤病变组织	单细胞组学	腱鞘巨细胞瘤	scRNA-seq(单细胞RNA测序)	NA	单细胞转录组数据	NA
193	2025-07-12	CeiTEA: Adaptive Hierarchy of Single Cells with Topological Entropy 2025-Jul, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202503539 PMID:40245302	研究论文	介绍了一种基于拓扑熵的自适应层次聚类算法CeiTEA，用于分析单细胞RNA测序数据中的细胞类型和亚型复杂层次结构	提出了一种结合自底向上和自顶向下策略的新算法，通过最小化拓扑熵构建多叉分割树，优化细胞类型关系和多样性的表示	未提及算法在大规模数据集上的计算效率或内存消耗问题	解决现有聚类方法难以捕捉细胞类型复杂层次结构的问题	单细胞RNA测序数据中的细胞类型和亚型	生物信息学	肿瘤异质性	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	自适应层次聚类算法	基因表达数据	模拟和真实世界的scRNA-seq数据集（具体数量未提及）
194	2025-07-12	CellNEST reveals cell-cell relay networks using attention mechanisms on spatial transcriptomics 2025-Jul, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-025-02721-3 PMID:40481363	research paper	介绍了一种名为CellNEST的新方法，用于在空间转录组学中检测细胞间通讯网络	提出了一种新的中继网络通讯检测方法，能够识别配体-受体-配体-受体的通讯模式	未明确提及具体局限性	解决当前单细胞RNA测序和空间转录组学方法在检测细胞间通讯时的高假阳性率和局限性	人类淋巴结中的T细胞归巢信号、肺腺癌和结直肠癌中的侵袭性癌症通讯、胰腺癌中的中继网络通讯	空间转录组学	癌症、糖尿病	单细胞RNA测序、空间转录组学	注意力机制	空间转录组数据	NA
195	2025-07-12	MatriCom, a single-cell RNA-sequencing data mining tool to infer cell-extracellular matrix interactions 2025-Jul-01, Journal of cell science IF:3.3Q3 DOI:10.1242/jcs.263927 PMID:40501363	研究论文	介绍了一个名为MatriCom的网络应用和R包，用于从单细胞RNA测序数据推断细胞外基质（ECM）成分之间以及不同细胞群体与ECM之间的通讯	开发了MatriCom工具，利用独特的MatriComDB数据库和超过25,000个经过筛选的相互作用来推断ECM通讯，首次构建了人类肾脏基质通讯网络	NA	推断细胞外基质（ECM）成分之间以及细胞与ECM之间的通讯，以揭示ECM组装和细胞-ECM相互作用的保守和多样化机制	单细胞RNA测序数据集中的细胞外基质（ECM）成分和细胞群体	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	单细胞RNA测序数据	46个健康成人组织的scRNA-Seq数据集
196	2025-07-12	Understanding disease-associated metabolic changes in human colonic epithelial cells using the iColonEpithelium metabolic reconstruction 2025-Jul, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1013253 PMID:40609069	研究论文	本研究通过构建首个特定细胞类型的人类结肠上皮细胞基因组尺度代谢模型iColonEpithelium，探索了结肠上皮细胞在健康和疾病状态下的代谢特征	首次构建了人类结肠上皮细胞特异性基因组尺度代谢模型iColonEpithelium，并包含独特的运输反应区室以模拟与肠道微生物组的代谢相互作用	研究仅初步验证了模型在探索宿主与肠道菌群代谢相互作用中的应用潜力	解析人类结肠上皮细胞的详细代谢活动及其在炎症性肠病中的变化	人类结肠上皮细胞及其在克罗恩病和溃疡性结肠炎中的代谢特征	代谢组学	炎症性肠病	基因组尺度代谢模型(GEM), 单细胞RNA测序	iColonEpithelium代谢网络模型	单细胞RNA测序数据	克罗恩病和溃疡性结肠炎样本的scRNA-seq数据
197	2025-07-12	IGF2BP2 binding to CPSF6 facilitates m6A-mediated alternative polyadenylation of PUM2 and promotes malignant progression in ovarian cancer 2025-Jul, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70388 PMID:40629911	研究论文	本研究揭示了m6A通过IGF2BP2和CPSF6的相互作用调控卵巢癌中PUM2的选择性多聚腺苷酸化，从而促进恶性肿瘤进展的新机制	首次发现m6A通过IGF2BP2与CPSF6的相互作用调控APA加工，揭示了PUM2通过m6A甲基化和APA处理促进卵巢癌恶性进展的机制	研究主要基于体外实验和公共数据库分析，临床样本验证有限	探究m6A依赖性APA调控在卵巢癌中的作用机制	卵巢癌细胞和临床样本	分子生物学	卵巢癌	RNA甲基化测序、单细胞测序、RNA pull-down、免疫沉淀、质谱分析、PAS-seq、eCLIP-seq、RIP-seq、meRIP-seq等	NA	RNA测序数据、蛋白质相互作用数据	公共数据库中的临床样本和实验室培养的卵巢癌细胞
198	2025-07-12	Underlining the Molecular Mechanism of Nonalcoholic Fatty Liver Disease and Coronary Artery Disease in Lipid Metabolism by Combining Multiple Sets of Data Sets 2025-Jul, IUBMB life IF:3.7Q2 DOI:10.1002/iub.70040 PMID:40631874	研究论文	本研究通过整合多组数据集，揭示了非酒精性脂肪肝病（NAFLD）和冠状动脉疾病（CAD）在脂质代谢中的共享遗传特征和分子机制	确定了GPD1、MVK和PIK3R2作为NAFLD和CAD在脂质代谢中的关键基因，并发现它们与相关调控基因的显著相关性	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	阐明NAFLD和CAD在脂质代谢中的共享分子机制	非酒精性脂肪肝病（NAFLD）和冠状动脉疾病（CAD）患者	生物信息学	非酒精性脂肪肝病和冠状动脉疾病	单细胞测序分析	NA	基因表达数据	NA
199	2025-07-12	Single-Cell Transcriptome Analysis Uncovers La Ribonucleoprotein 6 (LARP6) as a Dual Regulator of Proliferation and Immune Infiltration in Triple-Negative Breast Cancer 2025-Jul, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70709 PMID:40635123	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示La核糖核蛋白6（LARP6）在三阴性乳腺癌中作为增殖和免疫浸润的双重调节因子	首次发现LARP6在三阴性乳腺癌中显著上调，并揭示其在细胞增殖和免疫浸润中的双重作用	研究主要基于已有数据集，缺乏实验验证	识别三阴性乳腺癌特异性标记物以推进治疗方法开发	三阴性乳腺癌（TNBC）细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	超过260,000个细胞，来自ER阳性、HER2阳性和TNBC样本
200	2025-07-12	Investigating the dynamic signaling pathways involved in the specialization and differentiation of epiblast cells in early human embryos 2025-Jun-26, Developmental biology IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.ydbio.2025.05.014 PMID:40581241	研究论文	研究人类胚胎早期外胚层细胞特化和分化过程中涉及的动态信号通路	通过单细胞RNA测序数据分析了胚胎植入前、植入后、原肠胚形成前和早期原肠胚形成阶段的信号通路，揭示了外胚层细胞发育的潜在调控机制	需要进一步的蛋白质水平和功能验证	探究胚胎外组织如何影响外胚层(EPI)的发育	人类胚胎早期发育阶段的外胚层细胞	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	涵盖人类胚胎的多个发育阶段