单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
181	2025-07-05	Type 2 diabetes alters quiescent pancreatic stellate cells to tumor-prone state 2025-Jun-23, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.187424 PMID:40548381	research paper	该研究探讨了2型糖尿病如何改变静止的胰腺星状细胞，使其转变为易发肿瘤的状态	揭示了2型糖尿病中静止胰腺星状细胞亚群的变化，并发现了一种可能促进肿瘤免疫和血管生成的新亚群tapPafs	研究样本主要来自小鼠模型，人类样本的应用和验证可能有限	研究2型糖尿病对胰腺星状细胞亚群的影响及其与胰腺导管腺癌的关系	胰腺星状细胞和胰腺导管腺癌细胞	digital pathology	pancreatic ductal adenocarcinoma	single-cell RNA-seq	NA	RNA-seq数据	C57BL/6J小鼠和糖尿病db/db小鼠的胰腺星状细胞
182	2025-07-05	Elucidating brain transport pathways and cell type-dependent gene silencing of a durable lipid-siRNA conjugate administered into cerebrospinal fluid 2025-Jun-20, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf600 PMID:40598893	研究论文	本文研究了一种脂质-siRNA共轭物（L2-siRNA）在脑脊液中注射后在大脑中的传输途径及细胞类型依赖性基因沉默效果	开发了一种新型脂质-siRNA共轭物（L2-siRNA），能够在脑脊液中有效传输并在大脑特定区域和细胞类型中实现长期基因沉默	研究主要基于小鼠和大鼠模型，人类应用效果尚需进一步验证	探索脂质-siRNA共轭物在大脑中的传输机制和基因沉默效果，为中枢神经系统疾病治疗提供新方法	小鼠和大鼠的大脑组织及细胞	神经科学	中枢神经系统疾病	单细胞RNA测序	动物模型（小鼠和大鼠）	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，但涉及小鼠和大鼠实验
183	2025-07-05	Multi-omics Analysis Reveals Molecular Subtype of Mitochondrial Oxidative Stress and Prognostic Model Development in Sepsis 2025-Jun-20, Frontiers in bioscience (Landmark edition) DOI:10.31083/FBL38957 PMID:40613299	研究论文	该研究通过多组学分析揭示了线粒体氧化应激的分子亚型，并开发了脓毒症的预后模型	识别了三个与脓毒症相关的线粒体氧化应激关键基因（RNASE2、CX3CR1和EPHX2），并通过单细胞RNA测序和体外实验验证了RNASE2在调节线粒体氧化应激中的关键作用	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到样本量和数据质量的限制	探索脓毒症的分子机制并开发预后模型	脓毒症患者和正常样本	生物信息学	脓毒症	加权基因共表达网络分析（WGCNA）、差异表达分析、LASSO分析、单细胞RNA测序	预后风险模型	基因表达数据	来自GEO数据库的多个数据集（GSE54514、GSE65682和GSE95233）
184	2025-07-05	The Spatial Atlas of Human Anatomy (SAHA): A Multimodal Subcellular-Resolution Reference Across Human Organs 2025-Jun-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.16.658716 PMID:40611896	research paper	介绍了一个名为SAHA的多模态亚细胞分辨率的人类解剖空间图谱，涵盖多个器官系统	首次创建了一个多模态、亚细胞分辨率的健康成人组织参考图谱，整合了空间转录组学、蛋白质组学和组织学特征	NA	建立一个全面的人类组织图谱，为空间诊断和下一代精准医学提供基础框架	健康成人组织，特别是胃肠道和免疫组织	digital pathology	colorectal cancer, inflammatory bowel disease	CosMx SMI, 10x Xenium, RNAscope, GeoMx DSP, single-nucleus RNA-seq	NA	spatial transcriptomics, proteomics, histological features	超过15 million个细胞，来自100多位捐赠者
185	2025-07-05	Decoding Cellular Landscapes: Unravelling Periodontitis and Periapical Periodontitis at the Single-Cell Frontier 2025-Jun-18, International dental journal IF:3.2Q1 DOI:10.1016/j.identj.2025.100851 PMID:40554261	研究论文	通过分析单细胞RNA测序数据，揭示牙周炎和根尖周炎在关键基因表达和细胞异质性方面的差异	首次在单细胞水平上比较牙周炎和根尖周炎的关键基因表达及细胞异质性，并识别出疾病特异性关键基因和关键细胞类型	研究仅基于公开数据库的测序数据，未进行更大规模的独立验证	阐明牙周炎和根尖周炎在分子和细胞水平的差异	牙周炎和根尖周炎患者的牙槽骨组织	单细胞组学	牙周疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 定量实时聚合酶链反应(qRT-PCR)	SingleR(细胞类型注释工具)	基因表达数据	来自GEO数据库的两个数据集(GSE171213和GSE181688)
186	2025-07-05	Single-cell transcriptome analysis reveals abnormal angiogenesis and placentation by loss of imprinted glutaminyl-peptide cyclotransferase 2025-Jun-15, Journal of Zhejiang University. Science. B DOI:10.1631/jzus.B2400099 PMID:40571662	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示了母源印记基因谷氨酰肽环转移酶缺失导致的小鼠胎盘和胚胎异常血管生成和胎盘形成	首次鉴定谷氨酰肽环转移酶为调控小鼠胎盘形成的新型抗血管生成因子，并利用单细胞转录组技术揭示了其缺失导致的促血管生成基因全局上调机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类胎盘组织验证	探究印记基因谷氨酰肽环转移酶在胎盘血管生成和胚胎发育中的调控作用	谷氨酰肽环转移酶基因敲除小鼠及其胎盘组织	发育生物学	胎盘功能障碍	CRISPR/Cas9基因编辑、单核RNA测序(snRNA-seq)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、免疫组织化学	基因敲除小鼠模型	单细胞转录组数据	32,309个细胞（来自野生型和敲除型小鼠胎盘）
187	2025-07-05	Single-cell transcriptomics reveal differences between chorionic and basal plate cytotrophoblasts and trophoblast stem cells 2025-Jun-11, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6797967/v1 PMID:40585209	研究论文	本研究通过单细胞转录组学揭示了早期和晚期妊娠绒毛细胞滋养层细胞（vCTB）与滋养层干细胞（TSC）之间的转录多样性差异	首次在妊娠早期胎盘的不同区域（基底板和绒毛膜板）发现细胞滋养层细胞（CTB）存在不同的状态，并确定了TSC与EVT前体细胞的相似性	研究仅基于6-14周妊娠的胎盘样本，未涵盖更广泛的妊娠期	探究早期妊娠胎盘绒毛细胞滋养层细胞的转录多样性与滋养层干细胞的起源关系	早期和晚期妊娠胎盘的绒毛细胞滋养层细胞（vCTB）及滋养层干细胞（TSC）	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、GeoMx空间转录组学、流式细胞术	NA	单细胞转录组数据、空间转录组数据	早期（6-8周）和晚期（12-14周）妊娠胎盘绒毛组织、三个TSC细胞系
188	2025-07-05	Fibroblasts-The emerging therapeutic target of the cardiovascular system? 2025-Jun-05, Pharmacological reviews IF:19.3Q1 DOI:10.1016/j.pharmr.2025.100072 PMID:40609323	综述	本文综述了成纤维细胞在心血管系统中的异质性和可塑性，及其在健康和疾病状态下的多样作用	揭示了成纤维细胞亚群的异质性及其在心血管系统中的治疗潜力	缺乏对成纤维细胞亚型的共识命名法，且血管干预研究有限	探讨成纤维细胞在心血管系统中的多样性和治疗潜力	成纤维细胞在心血管系统中的异质性和功能	心血管疾病	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
189	2025-07-05	Gene spatial integration: enhancing spatial transcriptomics analysis via deep learning and batch effect mitigation 2025-Jun-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf350 PMID:40511994	研究论文	本文提出了一种名为基因空间整合（GSI）的深度学习方法，用于增强空间转录组学分析，并解决批次效应问题	利用表示学习方法提取基因的空间分布特征，并将其与基因表达特征整合到同一特征空间，同时解决了批次效应问题	方法仅在人类背外侧前额叶皮层数据集上进行了验证，尚未在其他组织或疾病中广泛应用	提升空间转录组学数据分析的准确性和整合能力	空间转录组学数据	数字病理学	NA	空间转录组学（ST）	自编码器网络	基因表达数据和空间分布数据	人类背外侧前额叶皮层数据集（样本151673和151672）
190	2025-07-05	SeuratIntegrate: an R package to facilitate the use of integration methods with Seurat 2025-Jun-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf358 PMID:40581358	research paper	介绍了一个名为SeuratIntegrate的R包，旨在扩展Seurat用户可用的集成方法，包括基于Python的方法，并在R环境中操作	提供了更广泛的集成方法选择，包括Python方法，并引入了自动化Python环境管理、跨语言对象转换以及评分处理和可视化工具	未提及具体的性能比较结果或在实际数据集上的应用效果	提高单细胞RNA测序数据分析中数据集集成的有效性和灵活性	单细胞RNA测序数据集	生物信息学	NA	scRNA-seq分析	NA	单细胞RNA测序数据	NA
191	2025-07-05	Temporal single-cell sequencing analysis reveals that GPNMB-expressing macrophages potentiate muscle regeneration 2025-Jun, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-025-01467-4 PMID:40490493	研究论文	通过单细胞RNA测序分析揭示了表达GPNMB的巨噬细胞在肌肉再生中的关键作用	发现了一种表达高水平Gpnmb的巨噬细胞亚群，其在巨噬细胞介导的肌肉再生中发挥关键作用	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证	探究巨噬细胞在骨骼肌修复中的表型多样性和作用机制	骨骼肌中的巨噬细胞	单细胞测序	肌肉损伤	单细胞RNA测序	基因敲除小鼠模型	RNA测序数据	不同时间点的骨骼肌单细胞样本
192	2025-07-05	Safety and feasibility of 4-1BB co-stimulated CD19-specific CAR-NK cell therapy in refractory/relapsed large B cell lymphoma: a phase 1 trial 2025-May, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-025-00940-3 PMID:40251398	research paper	该研究评估了4-1BB共刺激的CD19特异性CAR-NK细胞疗法在难治性/复发性大B细胞淋巴瘤患者中的安全性和可行性	首次在临床试验中使用4-1BB和CD3ζ信号内域的CD19特异性CAR-NK细胞治疗B细胞淋巴瘤，并展示了其安全性和治疗效果	样本量较小（8名患者），且未达到最大耐受剂量	评估CD19-BBz CAR-NK细胞疗法在难治性/复发性大B细胞淋巴瘤患者中的安全性和治疗效果	难治性/复发性大B细胞淋巴瘤患者	癌症免疫治疗	大B细胞淋巴瘤	单细胞RNA测序分析	CAR-NK细胞疗法	临床数据	8名患者
193	2025-07-05	Tumor-associated macrophage-based predictive and prognostic model for hepatocellular carcinoma 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0325120 PMID:40601653	研究论文	该研究通过整合单细胞RNA测序数据和批量测序数据，构建了一个基于肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）特征的肝细胞癌（HCC）预后模型	整合单细胞RNA测序和批量测序数据，构建了一个新的HCC预后模型，并揭示了TAMs在HCC肿瘤微环境中的作用	需要在更大规模的前瞻性研究中验证结果，并进一步研究TAMs在HCC进展中的功能影响	研究肝细胞癌（HCC）的预后机制，并开发一个基于TAMs特征的预后模型	肝细胞癌（HCC）患者	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序（scRNAseq）、批量测序、生物信息学分析（差异基因表达分析、Cox回归、逻辑回归建模）	Cox回归模型、逻辑回归模型	RNA测序数据	多个HCC队列的数据
194	2025-07-05	Identification of three T cell-related genes as diagnostic and prognostic biomarkers for triple-negative breast cancer and exploration of potential mechanisms 2025, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2025.1584334 PMID:40606662	研究论文	本研究通过分析TCGA-BRCA数据集和GEO数据库的单细胞RNA测序数据，识别了三个与T细胞相关的基因（CACNA1H、KCNJ11和S100B）作为三阴性乳腺癌（TNBC）的诊断和预后生物标志物	首次将T细胞相关基因与TNBC的诊断和预后联系起来，并构建了基于这三个基因的逻辑回归模型，其诊断TNBC的AUC达到0.917	研究依赖于公共数据库的数据，未进行实验验证，且样本量可能不足以覆盖所有TNBC亚型	识别TNBC的诊断和预后生物标志物，探索其潜在的免疫相关机制	三阴性乳腺癌（TNBC）患者	生物信息学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、机器学习算法	逻辑回归（LR）模型	转录组数据、临床数据	TCGA-BRCA数据集和GEO数据库中的样本
195	2025-07-05	Comprehensive bioinformatics analysis of the common mechanism of atherosclerosis and atrial fibrillation: emphasizing mitochondrial metabolic disorder and immune inflammation 2025, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fmolb.2025.1595048 PMID:40607061	研究论文	通过综合生物信息学分析揭示动脉粥样硬化和心房颤动的共同机制，重点关注线粒体代谢紊乱和免疫炎症	首次提出MRPS23作为连接线粒体功能障碍和免疫失调的新型生物标志物，并探索其在动脉粥样硬化和心房颤动共病中的潜在作用	需要进一步的临床前模型和临床队列验证以转化为诊断或治疗应用	揭示动脉粥样硬化和心房颤动的共同分子通路，并识别诊断生物标志物	动脉粥样硬化(AS)和心房颤动(AF)的转录组数据集	生物信息学	心血管疾病	GO和KEGG富集分析、WGCNA、LASSO、SVM、随机森林、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	LASSO、SVM、随机森林	转录组数据	NA
196	2025-07-05	Interferon Regulatory Factor 4 Recruits Immature B Cells to Signal Tertiary Lymphoid Structure Immaturity and Progression of Clear Cell Renal Cell Carcinoma 2025, International journal of biological sciences IF:8.2Q1 DOI:10.7150/ijbs.113737 PMID:40607252	research paper	该研究通过整合转录组和临床数据，构建了一个与三级淋巴结构（TLS）相关的预后风险评分，并揭示了干扰素调节因子4（IRF4）在促进TLS不成熟和免疫功能障碍中的机制作用	构建了TLS相关的预后风险评分，揭示了IRF4在TLS不成熟和免疫功能障碍中的新机制	研究主要基于ccRCC患者数据，结果可能不适用于其他类型的癌症	探究TLS在透明细胞肾细胞癌（ccRCC）中的预后相关性及其调控机制	928名ccRCC患者的转录组和临床数据，以及786-O和769-P ccRCC细胞系	肿瘤免疫学	透明细胞肾细胞癌	转录组分析、免疫组化、多重免疫荧光分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学	机器学习算法	转录组数据、临床数据、图像数据	928名ccRCC患者
197	2025-07-05	Integrative multi-omics analysis of IFNγ-induced macrophages and atherosclerotic plaques reveals macrophage-dependent STAT1-driven transcription in atherosclerosis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1590953 PMID:40607379	research paper	该研究通过整合多组学分析，揭示了IFNγ诱导的巨噬细胞和动脉粥样硬化斑块中STAT1驱动的转录机制在动脉粥样硬化中的作用	发现了STAT1与PU.1在巨噬细胞特异性IFNγ激活转录反应中的协同作用，并鉴定了新的生物标志物和治疗靶点	研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，可能无法完全反映人类动脉粥样硬化的复杂性	探究巨噬细胞STAT1介导的信号在动脉粥样硬化进展中的作用	IFNγ诱导的巨噬细胞和人类及小鼠的动脉粥样硬化病变	digital pathology	cardiovascular disease	ATAC-seq, ChIP-seq, RNA-seq, scRNA-seq	NA	genomic data, transcriptomic data	人类颈动脉和冠状动脉粥样硬化病变样本，以及LDLr-/-和ApoE-/-高脂饮食小鼠模型的主动脉病变样本
198	2025-07-05	Integrative analysis of T cell-associated markers in Ewing sarcoma reveals prognostic signatures and immune dynamics 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1586544 PMID:40607387	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA-seq分析，探讨了尤文肉瘤中T细胞相关标志物的预后特征和免疫动态	识别了CLEC11A、BDP1和ID3作为关键的T细胞相关预后标志物，并构建了一个预测模型，揭示了ID3在免疫逃逸和肿瘤增殖中的作用	研究样本量较小，且仅基于RNA-seq数据，未考虑其他分子层面的影响	探索尤文肉瘤中T细胞相关标志物的预后特征和免疫动态，以改善预后评估和免疫治疗策略	尤文肉瘤患者样本和细胞系	数字病理学	尤文肉瘤	单细胞RNA测序、批量RNA-seq、WGCNA、CIBERSORT算法	Cox回归模型	RNA-seq数据	未明确提及具体样本数量，但使用了外部数据集进行验证
199	2025-07-05	Single-cell analysis of peripheral blood and pleural effusion reveals functional diversity of γδ T cells in tuberculosis infection 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1605827 PMID:40607390	研究论文	通过单细胞测序分析结核病患者外周血和胸水中的γδ T细胞亚群，揭示其在结核感染中的功能多样性	首次在单细胞水平上鉴定出结核病患者外周血和胸水中的7个γδ T细胞亚群，并发现具有强效应功能的Vδ2细胞亚群	研究样本量有限，且仅关注了γδ T细胞，未涉及其他免疫细胞类型的相互作用	探究γδ T细胞在结核病免疫应答中的具体作用和分化机制	结核病患者的外周血单个核细胞(PBMC)和结核性胸水细胞(TPE)	免疫学	结核病	单细胞测序	NA	单细胞转录组数据	未明确说明样本数量，仅提及结核病患者的外周血和胸水样本
200	2025-07-05	Decoding neuroinflammation in Alzheimer's disease: a multi-omics and AI-driven perspective for precision medicine 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1616899 PMID:40607399	research paper	本文探讨了利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和AI驱动的多组学平台解码阿尔茨海默病（AD）中复杂的免疫炎症网络，以实现精准医疗	结合scRNA-seq和AI驱动的多组学分析，突破了传统大规模组织分析中的信号平均化限制，发现了与疾病相关的新的细胞亚群和关键分子标志物	尽管技术先进，但有效的治疗选择仍然有限	解码AD中的神经炎症，实现精准医疗	阿尔茨海默病（AD）患者脑组织	精准医疗	阿尔茨海默病	scRNA-seq, AI-driven analytics, multi-omics platforms	AI-driven analytics	RNA-seq数据, 多组学数据	NA