单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
181	2025-09-21	Machine learning-based integration develops an immune-derived signature for diagnosing high-altitude pulmonary hypertension 2025, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2025.1603140 PMID:40963580	研究论文	本研究通过多组学整合与机器学习方法开发了一种基于免疫特征的诊断模型，用于高原性肺动脉高压（HAPH）的诊断	首次结合单细胞转录组、批量RNA测序和蛋白质组学数据，利用机器学习整合筛选出六基因标志物并构建高精度诊断模型	外部验证队列的AUC较低（0.773），样本量有限且来自回顾性分析	开发一种适用于高原地区的微创血液诊断方法，解决HAPH诊断中的实施难题	高原性肺动脉高压（HAPH）患者及对照组的血液样本	machine learning	cardiovascular disease	scRNA-seq, bulk RNA-seq, proteomic profiling, Quantitative PCR	random forest (RF)	omics data	scRNA-seq n=10, bulk RNA-seq n=126, proteomic n=42, 训练队列n=55, 外部验证队列n=71
182	2025-09-21	A machine learning-derived immune-related prognostic model identifies PLXNA3 as a functional risk gene in colorectal cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1653794 PMID:40963600	研究论文	本研究通过机器学习构建了一个免疫相关预后模型，识别PLXNA3作为结直肠癌的功能性风险基因	整合超过100种机器学习算法构建预后模型，首次发现PLXNA3作为结直肠癌的新型免疫相关生物标志物，并阐明其在肿瘤进展中的多面作用	NA	开发结直肠癌的预后生物标志物模型并验证PLXNA3的临床意义	结直肠癌患者	机器学习	结直肠癌	转录组测序，空间转录组学，单细胞转录组学，免疫组化	LASSO, CoxBoost, StepCox	转录组数据，临床数据	TCGA和GEO队列的样本
183	2025-09-21	Decoding paraneoplastic neuromyelitis optica: a multi-omics investigation of tumor-driven T and B cell dynamics 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1665688 PMID:40963604	综述	本文探讨多组学技术在研究副肿瘤性视神经脊髓炎谱系障碍（NMOSD）中T细胞和B细胞功能动态的应用	整合多组学技术（包括单细胞RNA测序）全面解析肿瘤驱动的自身免疫反应机制，揭示T细胞和B细胞克隆扩增与分子模拟现象	将多组学发现转化为临床实践面临挑战，缺乏可靠的分子标志物区分副肿瘤性与特发性NMOSD，需进一步功能验证和纵向样本分析	阐明肿瘤如何通过免疫机制引发副肿瘤性NMOSD，以改善早期诊断和患者预后	副肿瘤性NMOSD患者的T细胞和B细胞，特别是针对AQP4的自身免疫反应	神经免疫学	视神经脊髓炎谱系障碍	多组学技术（基因组学、表观基因组学、转录组学-scRNA-seq、蛋白质组学、代谢组学）、高通量TCR/BCR测序	AI和机器学习（用于数据整合分析）	多组学数据（基因、表观遗传、转录、蛋白、代谢数据）	NA（综述文章未指定具体样本量）
184	2025-09-21	Topological data analysis in single cell biology 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1615278 PMID:40963635	综述	探讨拓扑数据分析在单细胞生物学中的应用及其对揭示细胞异质性和动态过程的价值	利用拓扑数据分析（如持续同调和Mapper算法）捕捉高维单细胞数据中的非线性结构和多尺度模式，补充传统方法难以发现的稀有细胞群和过渡状态	NA	提升单细胞数据解析能力，揭示发育、疾病和免疫响应中的细胞动态与异质性	单细胞转录组、蛋白质组和空间生物学数据	生物信息学	NA	拓扑数据分析（TDA）、持续同调、Mapper算法	NA	单细胞多组学数据（转录组、蛋白质组、空间数据）	NA
185	2025-09-21	The prognostic model based on tumor-associated neutrophils contributes to the stromal landscape and influences metabolic reprogramming in colorectal cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1587947 PMID:40963631	研究论文	基于肿瘤相关中性粒细胞构建结直肠癌预后模型，并分析其对肿瘤微环境和代谢重编程的影响	首次基于单细胞RNA测序数据识别18个TAN相关基因构建预后风险评分，并系统揭示其与基质景观、代谢重编程和化疗反应的关系	回顾性研究，需进一步实验验证基因功能机制	开发结直肠癌预后分层标志物并探索其生物学意义	结直肠癌患者	数字病理	结直肠癌	scRNA-seq, RNA-seq, LASSO回归	预后风险评分模型，列线图	基因表达数据	TCGA和GEO数据库中的结直肠癌样本
186	2025-09-21	Integrating scRNA-seq and GWAS data reveals potentially critical endothelial cells in large artery atherosclerotic stroke 2025, Frontiers in neuroscience IF:3.2Q2 DOI:10.3389/fnins.2025.1646993 PMID:40963808	研究论文	整合scRNA-seq和GWAS数据揭示大动脉粥样硬化性卒中中潜在关键内皮细胞的作用	首次整合脑血管单细胞转录组数据与多类型卒中GWAS数据，通过遗传力分区分析识别卒中风险SNP在细胞类型中的富集，并发现两种特定内皮细胞亚型在疾病中的关键作用	未明确说明样本量及数据来源的具体限制，可能受限于现有单细胞和GWAS数据库的覆盖范围和精度	探究卒中发病的分子机制，识别关键致病细胞类型	脑血管细胞（包括内皮细胞、平滑肌细胞、周细胞等）	生物信息学	脑血管疾病	scRNA-seq, GWAS, CELLEX, GSEA, Monocle2, SCENIC	遗传力分区分析、伪时间轨迹模型、基因调控网络分析	单细胞RNA测序数据、全基因组关联研究数据	NA
187	2025-09-21	Integrated single-cell and bulk RNA-seq analysis reveals prognostic stemness genes in leiomyosarcoma 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1604413 PMID:40963856	研究论文	通过整合单细胞和批量RNA测序数据，识别平滑肌肉瘤中的预后干性基因	结合scRNA-seq和bulk RNA-seq数据，利用机器学习识别恶性细胞并计算干性指数，发现六个新的预后标志物	NA	识别平滑肌肉瘤的可靠预后标志物和治疗靶点	平滑肌肉瘤（LMS）患者及其肿瘤细胞	生物信息学	平滑肌肉瘤	scRNA-seq, bulk RNA-seq, 机器学习	Cox回归, Lasso回归	RNA测序数据，临床数据	来自GEO和TCGA数据库的平滑肌肉瘤样本
188	2025-09-21	Case Report: A large granular cell tumor of the cervical esophagus with single cell RNA sequencing analysis 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1580121 PMID:40963874	病例报告	本文报告一例罕见的大型食管颗粒细胞瘤病例，并首次应用单细胞RNA测序技术分析其细胞特征	首次对食管颗粒细胞瘤进行单细胞RNA测序分析，发现神经样细胞亚群富集及X染色体区域显著拷贝数变异	NA	探索食管颗粒细胞瘤的恶性潜能标志物并评估大型食管缺损修复方法的有效性	一例患有大型颈段食管颗粒细胞瘤的患者	数字病理学	食管肿瘤	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	单细胞转录组数据	1例患者（包含肿瘤及癌旁组织样本）
189	2025-09-21	Integrated Single-Cell and Spatial Transcriptomic Analysis Reveals a Pathological Niche Formed by FAP+ Fibroblasts, Immune, and Endothelial Cells in Psoriatic Lesions 2025, Clinical, cosmetic and investigational dermatology DOI:10.2147/CCID.S541106 PMID:40963886	研究论文	通过整合单细胞和空间转录组分析，揭示银屑病病变中由FAP+成纤维细胞、免疫细胞和内皮细胞形成的病理微环境	首次发现银屑病病变特异性CD4+组织驻留记忆T细胞亚群和Venous endo2内皮细胞亚群，并揭示它们与FAP+成纤维细胞的空间共定位形成类似三级淋巴结构的致病微环境	NA	阐明银屑病发病机制的细胞和分子机制	银屑病患者的病变皮肤组织	生物信息学	银屑病	scRNA-seq, spatial transcriptomics, bulk RNA-seq	NA	转录组数据	NA
190	2025-09-21	Nociceptive Neurons Promote Myeloid-Derived Suppressor Cell Mobilization to Alleviate Post-Stroke Neuroinflammation 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.119474 PMID:40963921	研究论文	本研究探讨了伤害性神经元通过释放CGRP调控骨髓免疫反应以缓解脑梗死后神经炎症的机制	首次揭示伤害性神经元在脑梗死后通过CGRP信号促进髓系偏向造血和MDSC动员的抗炎作用，并开发靶向纳米颗粒递送系统以克服CGRP的降压副作用	研究主要基于小鼠MCAO模型和有限人类样本，临床转化需进一步验证	探究伤害性神经元在脑梗死后免疫调控中的作用及治疗策略	MCAO小鼠模型和脑卒中患者颅骨骨髓样本	神经免疫学	脑卒中	流式细胞术、免疫荧光、单细胞RNA测序、受体敲除、纳米颗粒靶向递送	NA	分子生物学数据、细胞学数据	小鼠模型及人类卒中患者骨髓样本（具体数量未明确说明）
191	2025-09-21	Dimeric CCK2R radiotheranostic tracers synergize with mTOR inhibition for enhanced tumor therapy 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.117021 PMID:40963930	研究论文	本研究开发了一种新型二聚体CCK2R靶向放射性示踪剂，并探索其与mTOR抑制剂联用增强肿瘤治疗的协同效应	首次设计并评估二聚体CCK2R靶向放射性药物，结合mTOR抑制和单细胞RNA测序揭示放射增敏机制，发现GSTK1为关键调控因子	研究主要聚焦于临床前模型，尚未进行人体试验验证	开发高效靶向CCK2R的放射性诊疗药物并提升肿瘤放疗敏感性	神经内分泌肿瘤，特别是甲状腺髓样癌(MTC)和小细胞肺癌(SCLC)	放射医学与分子影像	神经内分泌肿瘤	PET成像、放射性核素治疗、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	分子影像数据、基因表达数据	临床前动物模型（具体样本量未明确说明）
192	2025-09-21	Bioinformatics Analysis and Experimental Validation of Lactylation Related Genes in Lung Adenocarcinoma 2025, Cancer management and research IF:2.5Q3 DOI:10.2147/CMAR.S533289 PMID:40964497	研究论文	本研究通过生物信息学分析和实验验证探讨乳酸化修饰在肺腺癌中的作用及其相关基因	首次系统研究乳酸化修饰在肺腺癌中的水平及其作为预后标志物和治疗靶点的双重定位	样本量有限（TCGA n=365），且主要依赖公共数据库和体外实验验证	探究乳酸化修饰在肺腺癌中的表达水平及其临床意义	肺腺癌组织及细胞系（如H1299）	生物信息学	肺癌	免疫组化、免疫荧光、Western blot、RNA测序、KEGG通路分析、COX回归分析	NA	多组学数据（包括基因表达和蛋白质修饰数据）	TCGA数据库365例样本，GEO数据库单细胞RNA测序数据
193	2025-09-21	Research Progress of Natural Killer Cells in Hashimoto's Thyroiditis 2025, ImmunoTargets and therapy IF:6.2Q1 DOI:10.2147/ITT.S545646 PMID:40964505	综述	本文综述了自然杀伤细胞在桥本甲状腺炎发病机制中的双重作用及其潜在治疗靶点价值	通过单细胞RNA测序技术揭示NK细胞功能异质性，并发现NLRP3炎症小体异常激活驱动NK细胞介导的甲状腺滤泡细胞焦亡新机制	NA	探讨自然杀伤细胞在桥本甲状腺炎免疫失衡中的作用机制	桥本甲状腺炎患者及自然杀伤细胞	免疫学	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
194	2025-09-21	Randomized Spatial PCA (RASP): a computationally efficient method for dimensionality reduction of high-resolution spatial transcriptomics data 2024-Dec-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.20.629785 PMID:39763720	研究论文	提出一种名为RASP的计算高效降维方法，用于处理高分辨率空间转录组数据	基于随机化两阶段PCA框架，结合稀疏矩阵运算和可配置空间平滑，计算速度比现有方法快数个数量级	NA	开发高效降维方法以识别组织中的空间域并理解组织结构和生物过程机制	人类和小鼠组织的空间转录组数据	空间转录组学	NA	空间转录组技术（包括10x Visium, Stereo-Seq, MERFISH, 10x Xenium）	随机化主成分分析（PCA）	空间基因表达数据	四个公开ST数据集，包含数十万个位置
195	2025-09-21	An integrated single-nucleus and spatial transcriptomics atlas reveals the molecular landscape of the human hippocampus 2024-Dec-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.26.590643 PMID:38712198	研究论文	本研究通过整合单核RNA测序和空间转录组学数据，构建了人类海马体的分子图谱	首次结合snRNA-seq和SRT技术，在保留细胞结构组织的同时解析海马体细胞类型的分子特征和空间分布	样本仅来自10名神经典型成人捐赠者，可能限制结果的普适性	定义海马体细胞类型和空间域的分子特征	人类前海马体组织	空间转录组学	NA	单核RNA测序(snRNA-seq), 空间转录组学(SRT), 非负矩阵分解(NMF)	NMF	空间转录组数据, 单细胞RNA测序数据	10名成人神经典型捐赠者的海马体组织切片
196	2025-09-21	Addressing the mean-variance relationship in spatially resolved transcriptomics data with spoon 2024-Nov-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.04.621867 PMID:39574747	研究论文	提出一种名为spoon的统计框架，用于消除空间转录组数据中的均值-方差关系偏差，以更准确地识别空间可变基因	首次在空间转录组数据中证明均值-方差关系存在，并采用Empirical Bayes技术开发偏差校正方法	NA	改进空间转录组数据分析中空间可变基因（SVGs）的识别准确性	空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组学，Empirical Bayes	统计模型	空间转录组数据	模拟数据和真实数据（具体数量未说明）
197	2025-09-21	Shear stress is uncoupled from atheroprotective KLK10 in atherosclerotic plaques 2024-11, Atherosclerosis IF:4.9Q1 DOI:10.1016/j.atherosclerosis.2024.118622 PMID:39413592	研究论文	本研究通过比较健康和动脉粥样硬化条件下内皮细胞对生理剪切应激的转录组反应，揭示了动脉粥样硬化斑块中生理剪切应激与保护性因子KLK10的解耦现象	发现动脉粥样硬化病变中Nos3高表达内皮细胞出现炎症和凋亡基因富集，且保护性因子KLK10表达显著降低，解释了剪切应激在疾病进展中的矛盾作用	研究基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需进一步验证；单细胞RNA测序样本量有限	探究动脉粥样硬化条件下内皮细胞对生理剪切应激的反应机制	小鼠动脉内皮细胞（健康C57BL/6、轻度病变Apoe-/-正常饮食、重度病变Apoe-/-高脂饮食）	心血管生物学	心血管疾病	3D光片成像、计算流体动力学、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、成像数据	三组小鼠模型（具体数量未明确说明）
198	2025-09-21	Glutathione accelerates the cell cycle and cellular reprogramming in plant regeneration 2024-Oct-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.28.569014 PMID:38168452	研究论文	本研究揭示了谷胱甘肽通过加速细胞周期G1期进程促进植物再生过程中的细胞重编程	首次发现损伤部位附近细胞通过缩短G1期加速分裂，并证实谷胱甘肽在G1期向S期转变中的关键调控作用	研究局限于拟南芥根系模型，尚未在其他植物体系或创伤类型中验证	探究细胞周期动态在植物细胞重编程过程中的作用机制	拟南芥根系细胞	植物分子生物学	NA	单细胞RNA测序、活体成像	NA	基因表达数据、影像数据	拟南芥根系细胞（具体数量未明确说明）
199	2025-09-21	SPACE: Spatially variable gene clustering adjusting for cell type effect for improved spatial domain detection 2024-Aug-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.23.609477 PMID:39229093	研究论文	提出SPACE框架，通过调整细胞类型混杂效应改进空间可变基因聚类以提升空间域检测精度	无需预先设定基因簇数量、空间模式或细胞类型信息即可实现SVG聚类，并有效消除细胞类型共享造成的混杂效应	未明确说明方法对低质量数据或极端噪声场景的鲁棒性	改进空间转录组学中的空间域检测精度	空间可变基因（SVGs）	空间转录组学	NA	空间转录组学分析	聚类框架（无监督学习）	空间基因表达数据	基于综合模拟和真实数据分析（未明确样本数量）
200	2025-09-21	SpotSweeper: spatially-aware quality control for spatial transcriptomics 2024-Jun-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.06.597765 PMID:38895212	研究论文	提出一种名为SpotSweeper的空间转录组学数据质量控制方法，专注于识别局部异常和区域伪影	首次针对空间转录组学设计空间感知的质量控制方法，能够区分生物异质性和技术伪影，并检测特有的组织学伪影	NA	开发专门用于空间转录组学数据的质量控制工具，提高数据可靠性	空间转录组学数据中的单个位点和区域	生物信息学	NA	空间转录组学（SRT），单核RNA测序（snRNA-seq）	多尺度分析方法	空间转录组数据	使用公开可用的Visium数据，具体样本量未明确说明