单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 30729 篇文献，本页显示第 181 - 200 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 181 | 2025-09-06 |
The osteosarcoma immune microenvironment in progression: PLEK as a prognostic biomarker and therapeutic target
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1651858
PMID:40895569
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研究论文 | 本研究通过多组学分析发现PLEK是骨肉瘤中与免疫浸润和代谢重编程相关的关键预后生物标志物和潜在治疗靶点 | 首次将PLEK鉴定为骨肉瘤免疫微环境中的核心调控枢纽，并揭示其在连接免疫应答与代谢重编程中的双重功能 | 研究主要基于回顾性数据分析，实验验证仅限于体外模型，缺乏体内功能验证和临床前瞻性研究 | 识别骨肉瘤中的免疫代谢生物标志物，并探讨PLEK在肿瘤微环境中的调控作用 | 骨肉瘤组织样本、肿瘤浸润免疫细胞（特别是巨噬细胞）、TCGA/GTEx数据库转录组数据 | 肿瘤免疫学 | 骨肉瘤 | RNA-seq、单细胞RNA-seq、qRT-PCR、Western blot、siRNA敲低、细胞共培养 | 蛋白相互作用网络分析、GO/KEGG富集分析、CytoHubba算法 | 转录组数据、单细胞测序数据、蛋白质表达数据 | 多个骨肉瘤转录组数据集（含TCGA/GTEx数据）和单细胞RNA-seq数据集（GSE162454），实验验证使用临床OS样本 |
| 182 | 2025-09-06 |
Targeting macrophages and ion homeostasis in T2D: new genes and therapeutic pathways identified
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1514243
PMID:40895573
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和机器学习探索2型糖尿病中巨噬细胞特异性基因表达与异常血单价无机阳离子浓度相关基因的交叉作用，识别关键基因和潜在治疗靶点 | 整合scRNA-seq与机器学习方法，首次系统鉴定巨噬细胞与离子稳态相关基因（ABRGs）在T2D中的交叉作用网络，并揭示STAT3和特定miRNA的核心调控作用 | 样本量有限（44例患者），且仅为观察性研究，需进一步实验验证机制 | 识别2型糖尿病的新型基因标志物和治疗靶点 | 2型糖尿病患者的胰岛细胞（27例非糖尿病患者和17例T2D患者） | 生物信息学 | 2型糖尿病 | scRNA-seq, 机器学习, ssGSEA, 免疫反应富集分析（IREA） | GBM（梯度提升机） | 单细胞RNA测序数据 | 44例人类胰岛样本（27 ND + 17 T2D） |
| 183 | 2025-09-06 |
Transcriptomic features of immune inflammation and neural plasticity associated with early neurological improvement in acute ischemic stroke patients with large vessel occlusion
2025, Frontiers in neuroscience
IF:3.2Q2
DOI:10.3389/fnins.2025.1581758
PMID:40896336
|
研究论文 | 本研究通过转录组分析探讨大血管闭塞性急性缺血性卒中患者早期神经功能改善的外周血mRNA特征及机制 | 首次揭示ENI组存在免疫激活与神经可塑性抑制的动态平衡，发现NOD样受体/Toll样受体等新型信号通路关联 | 样本量较小（仅20例患者），回顾性研究设计可能存在选择偏倚 | 探究血管内取栓后早期神经功能改善的分子机制以指导个体化治疗 | 大血管闭塞性急性缺血性卒中患者 | 生物信息学 | 脑血管疾病 | mRNA转录组测序、生物信息分析、蛋白质互作网络分析 | NA | 转录组数据 | 20例患者（13例ENI组，7例非ENI组） |
| 184 | 2025-09-06 |
Marker genes reveal dynamic features of cell evolving processes
2025, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbaf185
PMID:40896714
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研究论文 | 通过分析单细胞RNA测序数据揭示细胞演化过程中标记基因的动态特征 | 发现关键基因在分支点前后呈现不同的统计特征和表达模式，并揭示调控强度、爆发大小和频率沿伪时间轨迹的变化规律 | NA | 揭示细胞命运决定过程中动态特征并补充现有标记基因筛选方法 | 小鼠胚胎细胞、小鼠胚胎成纤维细胞、人类骨髓和肠道类器官 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 机器学习 | 基因表达数据 | 四个单细胞RNA测序数据集 |
| 185 | 2025-09-06 |
Natural killer cell subpopulations in the peripheral blood of single ventricle/hypoplastic left heart syndrome patients via single-cell RNA sequencing
2025, Experimental biology and medicine (Maywood, N.J.)
DOI:10.3389/ebm.2025.10524
PMID:40893145
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析单心室/左心发育不全综合征患者外周血中的自然杀伤细胞亚群 | 发现两个新的NK细胞亚群，这些亚群无法通过传统scRNA-seq流程或流式细胞术检测，并揭示了与免疫应答异质性和应激适应相关的独特基因表达谱 | 样本量较小（仅3例患者和3例健康对照），且使用去标识化样本可能限制临床相关性分析 | 探究SV/HLHS患者NK细胞的免疫学特征及其在疾病并发症中的作用 | 单心室/左心发育不全综合征患者和健康对照者的外周血单个核细胞中的自然杀伤细胞 | 免疫学 | 心血管疾病 | scRNA-seq（单细胞RNA测序） | NA | 单细胞转录组数据 | 3例SV/HLHS患者和3例健康对照的PBMC样本 |
| 186 | 2025-09-06 |
Silencing RPL11 attenuates acute kidney injury by suppressing tubular apoptosis and macrophage-driven inflammation
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1642446
PMID:40895534
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研究论文 | 本研究通过多组学分析和实验验证，揭示核糖体蛋白RPL11在急性肾损伤（AKI）中的关键作用及其机制 | 首次发现RPL11作为AKI核心调控因子，并开发了肾脏靶向纳米干预技术沉默RPL11 | 研究主要基于小鼠模型和细胞实验，临床转化需进一步验证 | 探究RPL11在急性肾损伤发病机制中的作用并开发治疗策略 | 小鼠肾脏组织、HK-2人肾小管上皮细胞系 | 分子病理学 | 急性肾损伤 | scRNA-seq, RNA-seq, siRNA转染, Western blotting, qPCR, 流式细胞术 | NA | 基因组数据、蛋白质数据、细胞成像数据 | 小鼠AKI模型和HK-2细胞模型（具体数量未明确说明） |
| 187 | 2025-09-06 |
Dysregulated Immune Responses in Sepsis: Insights From Treg-Related Gene Expression
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S523019
PMID:40896540
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和机器学习方法，探索了脓毒症中调节性T细胞（Treg）的动态变化及CD82基因的新作用，并开发了一个高精度的诊断基因标志物 | 首次发现CD82在脓毒症Treg细胞中的上调表达及其免疫调节作用，并利用多数据集整合机器学习构建了七基因诊断模型 | CD82的具体作用机制尚需进一步实验验证，研究样本量有限且主要依赖公共数据库 | 阐明脓毒症中Treg细胞的免疫调节机制并寻找新的诊断标志物 | 脓毒症患者外周血样本和CLP小鼠模型 | 生物信息学 | 脓毒症 | scRNA-seq, 流式细胞术, RT-qPCR, 机器学习（SVM, LASSO, random forest） | 集成学习模型 | 基因表达数据 | 380个样本（来自三个GEO数据集）加患者和小鼠实验样本 |
| 188 | 2025-09-06 |
Identification of sepsis biomarkers through glutamine metabolism-mediated immune regulation: a comprehensive analysis employing mendelian randomization, multi-omics integration, and machine learning
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1640425
PMID:40909263
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研究论文 | 通过整合孟德尔随机化、多组学分析和机器学习方法，识别与谷氨酰胺代谢介导的免疫调节相关的脓毒症生物标志物 | 首次结合孟德尔随机化、单细胞RNA测序和多种机器学习算法，揭示谷氨酰胺代谢通过HLA-DR+ NK细胞影响脓毒症风险的因果机制，并鉴定出四个新型生物标志物 | 研究依赖于公共数据库数据，需进一步实验验证机制；机器学习模型性能存在差异（NGBoost AUC仅0.62） | 识别脓毒症的早期诊断生物标志物并探索其免疫代谢机制 | 脓毒症患者和健康对照者的外周血单核细胞及相关组学数据 | 生物信息学 | 脓毒症 | 孟德尔随机化(MR), scRNA-seq, RT-qPCR, 机器学习算法(CatBoost/XGBoost/NGBoost) | CatBoost, XGBoost, NGBoost | 基因组数据, 转录组数据, 代谢组数据, 临床数据 | 使用多个公共数据集(GSE167363/GSE236713/GSE28750)，包含1400种血浆代谢物、731种免疫细胞表型和脓毒症GWAS数据 |
| 189 | 2025-09-06 |
Identification of cuproptosis-related genes in chronic apical periodontitis based on bulk and single-cell RNA sequencing analyses and experimental validation
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1559220
PMID:40909264
|
研究论文 | 本研究通过整合bulk和单细胞RNA测序分析，结合实验验证，识别了慢性根尖周炎中与铜死亡相关的基因 | 首次在慢性根尖周炎中系统研究铜死亡相关基因，并发现COL4A1-Fibro和APOE-Macro细胞间互作可能促进铜死亡过程 | 样本量较小（CAP n=3, HC n=3），需要更大规模研究验证 | 探究铜死亡相关基因在慢性根尖周炎发病机制中的作用 | 人类慢性根尖周炎组织样本和健康对照组织 | 生物信息学 | 口腔炎症疾病 | RNA-seq, scRNA-seq, qRT-PCR, IHC | ROC曲线分析 | 基因表达数据 | 6个临床样本（3个CAP，3个HC）用于scRNA-seq，另有人类CAP数据集GSE237398和HC数据集GSE223924 |
| 190 | 2025-09-06 |
Correction: Single-cell and spatial transcriptomics reveal a stress-induced EMT-like epithelial subset driving immune activation in silica-injured lung
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1671133
PMID:40909286
|
correction | 对先前发表的关于矽肺损伤肺中应激诱导EMT样上皮亚群驱动免疫激活的单细胞与空间转录组学研究进行更正 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 191 | 2025-09-06 |
Programmed cell death-driven remodeling of the melanoma microenvironment enables prognostic stratification and therapeutic prediction
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1612217
PMID:40909289
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研究论文 | 本研究通过单细胞和批量RNA测序数据全面分析黑色素瘤中程序性细胞死亡（PCD）的异质性及其与肿瘤微环境、预后和免疫治疗反应的关联 | 首次在黑色素瘤中系统评估多种PCD模式的细胞类型特异性活性，并开发基于15基因特征的预后模型，能够有效预测免疫治疗反应 | 研究主要基于回顾性数据分析，需要前瞻性临床验证 | 全面表征黑色素瘤中PCD相关特征及其与肿瘤异质性、预后和免疫治疗结局的关联 | 黑色素瘤患者（皮肤和肢端亚型）的单细胞和批量RNA测序数据 | 计算生物学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序，批量RNA测序，机器学习模型（LASSO，Ridge，XGBoost） | 集成机器学习模型 | RNA测序数据 | 多个黑色素瘤队列数据（具体样本数未在摘要中明确说明） |
| 192 | 2025-09-06 |
Developing a prognostic model of glutamine metabolism-related genes associated with clinical features and immune status in melanoma
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1485006
PMID:40909968
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研究论文 | 本研究通过生物信息学分析构建了与黑色素瘤临床特征和免疫状态相关的谷氨酰胺代谢相关基因预后模型 | 首次识别了八个关键谷氨酰胺代谢相关基因并构建风险模型，揭示了其与免疫细胞浸润和免疫检查点表达的关联 | 研究部分依赖生物信息学预测，实验验证仅通过A375细胞系进行RT-PCR验证，样本代表性有限 | 开发黑色素瘤的预后预测模型并探索谷氨酰胺代谢与免疫状态的关系 | 黑色素瘤患者基因表达数据和临床特征 | 生物信息学 | 黑色素瘤 | 生物信息学分析、scRNA-seq数据处理、RT-PCR验证 | Cox回归风险模型、列线图(nomogram) | 基因表达数据、临床数据 | 来自GEO和TCGA-SKCM数据库的黑色素瘤患者数据 |
| 193 | 2025-09-06 |
Csf1+ AD-MSCs promote stroke repair by activating the resident microglia
2025, Experimental biology and medicine (Maywood, N.J.)
DOI:10.3389/ebm.2025.10611
PMID:40910104
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研究论文 | 本研究探讨了Csf1+ AD-MSCs通过激活常驻小胶质细胞促进脑出血后脑组织修复的机制 | 首次揭示Csf1亚群AD-MSCs通过抑制单核细胞浸润和激活常驻小胶质细胞实现治疗作用的特异性机制 | 研究基于大鼠模型，临床转化需进一步验证；样本量未明确说明 | 探究脂肪来源间充质基质细胞治疗脑出血的作用机制 | 脑出血大鼠模型 | 神经科学 | 脑出血 | 单细胞转录组测序，组织病理学技术 | NA | 转录组数据，组织学数据 | NA |
| 194 | 2025-09-06 |
An integrated single-nucleus and spatial transcriptomics atlas reveals the molecular landscape of the human hippocampus
2024-Dec-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.26.590643
PMID:38712198
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研究论文 | 通过整合单核RNA测序和空间转录组数据，构建了人类海马体的分子图谱 | 首次结合snRNA-seq和SRT技术，在保留细胞结构组织的同时解析海马体细胞类型的分子特征和空间分布 | 研究仅基于10名神经典型成年捐赠者的样本，样本量相对有限 | 揭示人类海马体的细胞类型分子特征和空间组织结构 | 人类前海马体组织 | 空间转录组学 | NA | 单核RNA测序(snRNA-seq), 空间转录组学(SRT), 非负矩阵分解(NMF) | NMF | 空间转录组数据, 单细胞RNA测序数据 | 10名成年神经典型捐赠者的海马体组织切片 |
| 195 | 2025-09-06 |
Shear stress is uncoupled from atheroprotective KLK10 in atherosclerotic plaques
2024-Nov, Atherosclerosis
IF:4.9Q1
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研究论文 | 本研究通过比较健康与动脉粥样硬化条件下内皮细胞对生理剪切力的转录组响应，揭示动脉粥样斑块中保护性因子KLK10与剪切力信号解耦的机制 | 首次发现动脉粥样硬化病变中生理剪切力与保护性因子KLK10的表达解耦，并鉴定出疾病状态下内皮细胞亚群的炎症和凋亡特征 | 研究基于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证；单细胞测序样本量有限 | 探究动脉粥样硬化动脉对生理剪切力保护性效应的响应机制 | 小鼠动脉内皮细胞（健康C57BL/6、轻度病变Apoe-/-正常饮食、重度病变Apoe-/-高脂饮食模型） | 心血管生物学 | 心血管疾病 | 3D光片成像、计算流体动力学、单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据、成像数据 | 三组小鼠模型（具体数量未明确说明） |
| 196 | 2025-09-06 |
Identification of Disulfidptosis-Related Genes in Ischemic Stroke by Combining Single-Cell Sequencing, Machine Learning Algorithms, and In Vitro Experiments
2024-09-15, Neuromolecular medicine
IF:3.3Q2
DOI:10.1007/s12017-024-08804-2
PMID:39278970
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研究论文 | 本研究结合单细胞测序、机器学习算法和体外实验，探索二硫键死亡相关基因在缺血性脑卒中中的作用机制及其与免疫病理特征的相关性 | 首次将二硫键死亡（disulfidptosis）机制与缺血性脑卒中研究结合，并利用多算法机器学习模型和单细胞通讯网络分析揭示基因与免疫微环境的相互作用 | 研究主要基于公共数据库和体外模型，缺乏大规模临床样本验证 | 探究二硫键死亡相关基因在缺血性脑卒中发病机制中的作用及免疫关联 | 缺血性脑卒中患者外周血样本、体外氧糖剥夺（OGD）模型小胶质细胞 | 生物信息学与计算生物学 | 缺血性脑卒中 | 单细胞测序、机器学习算法（LASSO/随机森林/SVM-RFE）、氧糖剥夺模型 | LASSO, Random Forest, SVM-RFE, 诺莫图预测模型 | 基因表达数据、单细胞测序数据 | GEO数据库中缺血性脑卒中患者外周血样本（未明确数量）及体外细胞模型 |
| 197 | 2025-09-06 |
Osr1-mediated mesothelial transition of liver mesenchymal cells exacerbates fibrotic liver damage
2024-Sep-04, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.ymthe.2024.02.024
PMID:38414241
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和谱系追踪揭示肝星状细胞在损伤后向间皮细胞样状态逆转的过程，并发现靶向Osr1可减轻肝纤维化 | 首次发现肝星状细胞在损伤后发生间质-间皮转化（MMT），并鉴定出关键转录因子Osr1调控这一过程 | 研究主要基于小鼠NASH模型，人类临床相关性需进一步验证 | 探究慢性肝病中肝纤维化的形成机制并寻找治疗靶点 | 肝星状细胞（HSCs）及其转化产生的损伤相关中间细胞（DIHMs） | 数字病理学 | 肝纤维化/肝硬化 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），体内谱系追踪，双重组酶系统 | NA | 基因表达数据 | NASH模型小鼠（具体数量未在摘要中说明） |
| 198 | 2025-09-06 |
Discovery of optimal cell type classification marker genes from single cell RNA sequencing data
2024, BMC methods
DOI:10.1186/s44330-024-00015-2
PMID:40893796
|
研究论文 | 介绍NS-Forest v4.0算法及其Python包，用于从单细胞RNA测序数据中发现最优细胞类型分类标记基因 | 提出模块化决策树步骤和On-Target Fraction指标，显著提升紧密相关细胞类型的标记基因选择性能 | NA | 开发可扩展的数据驱动方法，以最小必要且充分的标记基因组合实现细胞类型身份的最大分类精度 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | random forest | 基因表达数据 | 包含数百万细胞的大规模scRNA-seq图谱数据集（人脑、肾脏和肺） |
| 199 | 2025-09-06 |
A high-throughput single-cell RNA expression profiling method identifies human pericyte markers
2023-12, Neuropathology and applied neurobiology
IF:4.0Q1
DOI:10.1111/nan.12942
PMID:37812061
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研究论文 | 本研究通过高通量单细胞RNA测序技术鉴定人脑周细胞的特异性标志物 | 首次使用EasySci单细胞转录组测序方法发现SLC6A12和SLC19A1作为人脑周细胞的新标志物，并验证其抗体在FFPE组织中的适用性 | 在其他人体器官（肾、肺、肝、肌肉）的探索性样本中免疫组化未显示相同的周细胞样染色模式 | 鉴定和优化人脑周细胞的通用组织学标志物 | 人和小鼠脑部不同区域的单细胞RNA表达谱及FFPE人脑组织 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序（EasySci）、免疫印迹、免疫组化 | NA | 单细胞转录组数据、蛋白质数据、图像数据 | 人和小鼠多个脑区域样本及多器官（脑、肾、肺、肝、肌肉）FFPE组织样本 |
| 200 | 2025-09-06 |
Graph deep learning for the characterization of tumour microenvironments from spatial protein profiles in tissue specimens
2022-12, Nature biomedical engineering
IF:26.8Q1
DOI:10.1038/s41551-022-00951-w
PMID:36357512
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研究论文 | 利用图神经网络分析组织样本中的空间蛋白质谱以表征肿瘤微环境 | 提出基于局部子图的图神经网络方法，捕捉与临床结果相关的独特细胞相互作用，相比基于细胞类型局部组成的深度学习方法显著提升预测准确性 | NA | 识别与癌症复发和患者生存相关的空间模式 | 人类头颈癌和结直肠癌组织样本 | 数字病理 | 癌症 | 40-plex免疫荧光成像 | 图神经网络（GNN） | 空间蛋白质谱图像数据 | NA |