单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-06-16	Mechanism of Dihydroartemisinin in activating macrophages to enhance host resistance to malaria 2025-Jul-25, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.156913 PMID:40450979	research paper	本研究探讨了双氢青蒿素（DHA）在治疗疟疾过程中促进巨噬细胞向M1表型极化的分子机制	首次揭示了DHA通过上调NLRP12表达促进巨噬细胞M1极化的分子机制，并发现NLRP12缺失会抑制炎症相关细胞因子的分泌	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人体中进行验证	阐明DHA激活巨噬细胞增强宿主抗疟疾抵抗力的分子机制	巨噬细胞（小鼠RAW 264.7细胞系和小鼠原代巨噬细胞）	免疫学	疟疾	流式细胞术、单细胞RNA测序、无标记定量蛋白质组学分析	小鼠疟疾模型	基因表达数据、蛋白质组数据	小鼠巨噬细胞系和原代巨噬细胞
2	2025-06-16	Pro-Inflammatory Immune Microenvironment and THBS1-Positive Monocytes as Drivers of Osteoclastogenesis in Postmenopausal Osteoporosis 2025-Jun-14, Journal of bone and mineral research : the official journal of the American Society for Bone and Mineral Research IF:5.1Q1 DOI:10.1093/jbmr/zjaf083 PMID:40515615	research paper	该研究通过单细胞RNA测序分析了绝经后骨质疏松症(PMOP)患者骨髓微环境的细胞景观，并确定了关键的破骨细胞生成通路	首次提供了PMOP患者骨髓微环境的单细胞转录组数据，并鉴定了具有破骨细胞生成潜力的单细胞亚群(THBS1+)	样本量相对较小(10例PMOP患者和10例对照)	阐明绝经后骨质疏松症的发病机制并寻找潜在治疗靶点	绝经后骨质疏松症患者的骨髓细胞	单细胞转录组学	骨质疏松症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	20例样本(10例PMOP患者和10例对照)，共93,867个细胞
3	2025-06-16	CXCL6 Is a Novel Biliary Marker and a Downstream Target of MMP7 in Biliary Atresia 2025-Jun-14, Hepatology research : the official journal of the Japan Society of Hepatology IF:3.9Q1 DOI:10.1111/hepr.14217 PMID:40515742	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序等技术，揭示了CXCL6作为MMP7的下游靶标在胆道闭锁中的新型胆道标志物作用	首次发现CXCL6是MMP7的下游靶标，并确认其作为胆道闭锁的新型胆道标志物	未明确MMP7-CXCL6通路在胆道闭锁发病机制中的具体分子机制	探究MMP7在胆道闭锁发病中的下游信号通路	胆道闭锁患者的肝脏组织和血清样本	分子病理学	胆道闭锁	scRNA-seq, QRT-PCR, 免疫组化, western blot, ELISA, 免疫荧光	NA	RNA测序数据, 蛋白质表达数据	胆道闭锁患者与非胆道闭锁胆汁淤积患者及正常对照的肝脏和血清样本
4	2025-06-16	CDKN1A as a potential target for Eltrombopag treatment in ITP and its regulation of the communication between macrophages and transitional B cells in ITP 2025-Jun-14, Annals of hematology IF:3.0Q2 DOI:10.1007/s00277-025-06436-5 PMID:40515824	研究论文	本研究旨在识别与免疫性血小板减少症（ITP）患者对Eltrombopag反应相关的新生物标志物，并探讨巨噬细胞和过渡B细胞在ITP发病机制中的作用	首次将CDKN1A识别为影响ITP患者对Eltrombopag治疗反应的关键基因，并揭示了CDKN1A通过TGFβ信号通路与过渡B细胞相互作用促进疾病进展的新机制	研究主要基于体外实验和生物信息学分析，缺乏在体实验验证	探索ITP的发病机制及Eltrombopag治疗反应的分子基础	免疫性血小板减少症（ITP）患者及RAW264.7巨噬细胞系	免疫学	免疫性血小板减少症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、加权基因共表达网络分析（WGCNA）、分子对接	NA	基因表达数据、单细胞测序数据	使用GSE112278和GSE196676两个公共数据集的数据，具体样本数量未明确说明
5	2025-06-16	Single-cell transcriptomics identify a chemotherapy-resistance related cluster overexpressed CLIC3 in ovarian cancer 2025-Jun-14, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02882-9 PMID:40515890	研究论文	通过单细胞转录组学技术识别卵巢癌中与化疗耐药相关的细胞亚群及其关键基因CLIC3	发现了一个与化疗耐药和不良预后密切相关的上皮细胞亚群c3，并确定CLIC3为该亚群的关键标志基因，揭示了CLIC3通过促进整合素β1重分布和PI3K-AKT通路增加卵巢癌对顺铂耐药的新机制	样本量较小（仅5个卵巢癌样本），需要更大规模的验证	探索卵巢癌化疗耐药机制并寻找潜在治疗靶点	卵巢癌患者样本（3例耐药和2例敏感）	数字病理学	卵巢癌	单细胞测序	NA	基因表达数据	5例卵巢癌样本（3耐药+2敏感）
6	2025-06-16	Single-cell and bulk RNA analysis identifies EMT-associated CAF signatures and prognostic model in lung adenocarcinoma 2025-Jun-14, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02951-z PMID:40517220	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量转录组数据，识别与上皮-间质转化（EMT）相关的癌症相关成纤维细胞（CAFs）特征基因，并构建肺腺癌（LUAD）的预后模型	整合单细胞和批量转录组数据识别EMT-CAF相关基因，构建具有临床价值的预后风险评分模型	需要进一步研究验证这些发现的临床适用性和生物学机制	理解CAFs在LUAD中的分子机制及其临床意义	肺腺癌（LUAD）患者	数字病理	肺癌	单细胞RNA测序，批量转录组测序	LASSO回归，Cox回归	RNA测序数据，临床信息	来自TCGA和GEO数据库的LUAD患者数据
7	2025-06-16	Enhanced cytotoxicity of aging associated NKG2C + CD8 + T cells in ankylosing spondylitis via HLA-B27 2025-Jun-14, Arthritis research & therapy IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s13075-025-03585-w PMID:40517268	研究论文	本研究探讨了衰老与强直性脊柱炎(AS)发病机制之间的共同机制，并确定了潜在的治疗靶点	发现HLA-B27通过激活PI3K‒Akt信号通路驱动衰老相关的NKG2C+CD8+T细胞的细胞毒性，提出靶向抑制NKG2C可能是AS的新治疗策略	研究样本量相对较小(87例AS患者)，且部分机制验证依赖于小鼠模型	探索衰老与强直性脊柱炎发病机制的关联及潜在治疗靶点	强直性脊柱炎患者外周血免疫特征及T细胞亚群	免疫学	强直性脊柱炎	多维流式细胞术、单细胞RNA测序、RNA测序	HLA-B27转基因小鼠模型、胶原诱导性关节炎小鼠模型	流式细胞数据、RNA测序数据	87例AS患者及匹配对照
8	2025-06-16	Novel Transcriptomic Signatures in Fibrostenotic Crohn's Disease: Dysregulated Pathways, Promising Biomarkers, and Putative Therapeutic Targets 2025-Jun-13, Inflammatory bowel diseases IF:4.5Q1 DOI:10.1093/ibd/izaf021 PMID:39977234	研究论文	本研究通过转录组学分析探索了克罗恩病纤维狭窄性回肠的生物学和细胞机制，鉴定了差异表达基因和潜在的治疗靶点	首次全面描述了克罗恩病纤维狭窄性回肠的转录组特征，并利用机器学习分析比较了狭窄与非狭窄边缘的基因表达模式	样本量较小（9名患者），且仅针对手术切除样本进行研究	探索克罗恩病纤维狭窄性回肠的转录组特征，以了解肠道纤维化的生物学和细胞机制	克罗恩病患者的纤维狭窄性回肠组织	转录组学	克罗恩病	RNA-seq, scRNA-seq, qPCR	随机森林模型	RNA序列数据	9名克罗恩病患者的纤维狭窄性回肠组织样本
9	2025-06-16	Integrated Metabolomics and Spatial Transcriptomics of Cystic Pancreatic Cancer Precursors Reveals Dysregulated Polyamine Metabolism as a Biomarker of Progression 2025-Jun-13, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-2931 PMID:40184234	研究论文	通过代谢组学和空间细胞转录组学分析囊性胰腺癌前体，揭示多胺代谢失调作为进展的生物标志物	首次整合代谢组学和空间转录组学技术，识别出多胺代谢途径的紊乱与胰腺癌前体恶性风险相关	样本量相对有限（125例患者），且未涉及长期随访数据验证生物标志物的临床效用	鉴定可用于评估胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤（IPMN）恶性风险的代谢标志物	125例低级别（LG）或高级别（HG）异型增生IPMN患者的囊液及组织样本	癌症代谢组学	胰腺癌	非靶向代谢组学、空间转录组学、单细胞转录组学	NA	代谢组数据、转录组数据	125例患者囊液样本（含LG/HG异型增生及IPMN/PDAC病例）
10	2025-06-16	Single-Cell Transcriptomic Landscape Deciphers Intratumoral Heterogeneity and Subtypes of Acral and Mucosal Melanomas 2025-Jun-13, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-3164 PMID:40192737	研究论文	通过单细胞转录组和基因组分析，揭示了肢端黑色素瘤和黏膜黑色素瘤的瘤内异质性、微环境特征及亚型特异性治疗策略	首次全面比较了肢端黑色素瘤和黏膜黑色素瘤的单细胞转录组特征，发现了亚型特异性的基质-免疫互作模式和分子程序，并提出了精准治疗靶点	样本量相对有限（42例），且未涵盖所有黑色素瘤亚型	解析肢端黑色素瘤和黏膜黑色素瘤的瘤内异质性及微环境特征，探索亚型特异性治疗策略	42例黑色素瘤样本（28例肢端型，11例黏膜型，3例非肢端皮肤型）	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序、全外显子组测序、体外功能实验（迁移实验、共培养系统）和体内异种移植模型	NA	单细胞转录组数据、基因组数据	42例黑色素瘤样本（28 AM, 11 MM, 3非肢端皮肤型）
11	2025-06-16	Azacitidine, Venetoclax, and Magrolimab in Newly Diagnosed and Relapsed Refractory Acute Myeloid Leukemia: Phase Ib/II Study and Correlative Analysis 2025-Jun-13, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-25-0229 PMID:40198272	研究论文	评估阿扎胞苷、维奈托克和magrolimab三联疗法在新诊断和复发难治性急性髓系白血病中的安全性和有效性	首次在临床中评估了magrolimab与阿扎胞苷-维奈托克联合使用的效果，并进行了相关分析	研究样本量有限，且生存结果未达预期	评估三联疗法在急性髓系白血病患者中的疗效和安全性	新诊断和复发难治性急性髓系白血病成年患者	临床医学	急性髓系白血病	单细胞RNA测序	NA	临床数据	一线队列54名患者，复发难治队列52名患者
12	2025-06-16	Artificial intelligence approaches for tumor phenotype stratification from single-cell transcriptomic data 2025-Jun-13, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.98469 PMID:40511682	研究论文	介绍了一种名为SCellBOW的单细胞RNA测序分析框架，用于识别和可视化肿瘤中的细胞亚群，并进行风险分层	SCellBOW是一种受自然语言处理文档嵌入技术启发的创新计算方法，能够有效识别和高质量可视化单细胞亚群，并估计与每个细胞簇相关的相对风险	由于癌症表型空间的复杂性和缺乏与肿瘤scRNA-seq研究相关的临床注释，评估单个细胞亚群的风险具有挑战性	开发一种计算框架，用于从单细胞转录组数据中识别和分层肿瘤表型	肿瘤中的恶性与非恶性细胞亚群	自然语言处理	前列腺癌	scRNA-seq	SCellBOW	单细胞转录组数据	包括内部生成的人类脾细胞和匹配的外周血单个核细胞(PBMC)数据集在内的多个scRNA-seq数据集
13	2025-06-16	EZH2 inhibition and 5-azacytidine enhance antitumor immunity in PTEN-deficient glioblastoma by activation viral mimicry response 2025-Jun-13, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2025-011650 PMID:40514071	研究论文	本研究探讨了PTEN缺陷型胶质母细胞瘤(GBM)通过抑制ERV-MAVS-IFN轴逃避免疫监视的机制，并发现EZH2抑制剂与5-氮杂胞苷联合治疗可通过表观遗传重新激活病毒模拟反应增强抗肿瘤免疫	首次揭示了PTEN缺陷型GBM通过抑制ERV-MAVS-IFN轴逃避免疫监视的机制，并开发了EZH2i与5-AZA联合治疗新策略	研究仅针对PTEN缺陷型GBM，其他类型GBM是否适用尚不清楚	探索PTEN缺陷型GBM免疫逃逸机制并开发新的治疗策略	PTEN缺陷型胶质母细胞瘤	肿瘤免疫治疗	胶质母细胞瘤	流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、表观遗传数据	NA
14	2025-06-16	Exercise alters transcriptional profiles of senescence and gut barrier integrity in intestinal crypts of aging mice 2025-Jun-13, npj aging IF:4.1Q2 DOI:10.1038/s41514-025-00242-z PMID:40514364	研究论文	本研究探讨了运动如何通过改变衰老小鼠肠道隐窝中衰老和肠道屏障完整性的转录谱来影响肠道功能	首次使用单细胞RNA测序技术揭示运动对衰老小鼠肠道干细胞（ISCs）转录组的影响，并发现运动能上调DNA复制和细胞周期进程相关基因的表达	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探究运动对衰老过程中肠道干细胞功能的影响	衰老小鼠的肠道隐窝和肠道干细胞	生物医学	衰老相关疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
15	2025-06-16	Resolving spatial subclonal genomic heterogeneity of loss of heterozygosity and extrachromosomal DNA in gliomas 2025-Jun-13, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59805-z PMID:40514380	研究论文	本文描述了一个整合空间转录组学、肿瘤/正常DNA测序和批量RNA测序的框架，用于解析胶质瘤中DNA水平体细胞拷贝数变化的空间组织	提出了一个整合多种测序技术的框架，用于解析胶质瘤中空间亚克隆基因组异质性，特别是染色体外DNA(ecDNA)和杂合性缺失(LOH)的空间分布	样本量相对较小(初始队列11例胶质瘤，验证队列6例胶质母细胞瘤)，可能限制结果的普遍性	解析胶质瘤中DNA水平体细胞拷贝数变化的空间组织及其与肿瘤发病机制的关系	胶质瘤(包括不同病理类型的初始队列11例和高级别胶质母细胞瘤验证队列6例)	基因组学	胶质瘤/胶质母细胞瘤	空间转录组学、肿瘤/正常DNA测序、批量RNA测序	NA	基因组数据、转录组数据	初始队列11例胶质瘤，验证队列6例高级别胶质母细胞瘤
16	2025-06-16	Gαi3: a crucial biomarker and therapeutic target in bladder cancer 2025-Jun-13, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-00989-4 PMID:40514424	研究论文	本研究探讨了Gαi3在膀胱癌中的表达、功能及机制，揭示了其作为关键生物标志物和治疗靶点的重要性	首次系统性地揭示了Gαi3在膀胱癌中的过表达及其通过Akt-mTOR通路促进癌症进展的分子机制，并验证了GATA4转录因子对Gαi3表达的调控作用	研究主要基于细胞和小鼠模型，尚未在临床患者中进行验证	探究Gαi3在膀胱癌发生发展中的作用机制并验证其治疗靶点潜力	膀胱癌细胞系、患者组织样本和裸鼠移植瘤模型	癌症生物学	膀胱癌	生物信息学分析、单细胞测序、shRNA沉默、CRISPR/Cas9基因敲除、免疫印迹	NA	基因表达数据、蛋白质印迹数据、测序数据	多种膀胱癌细胞系、患者组织样本和裸鼠移植瘤模型
17	2025-06-16	Using proteomics and single-cell sequencing to analyze the pathogenesis of recurrent implantation failure associated with uterine natural killer cells 2025-Jun-13, Archives of gynecology and obstetrics IF:2.1Q2 DOI:10.1007/s00404-025-08074-8 PMID:40514455	研究论文	通过蛋白质组学和单细胞测序技术分析复发性植入失败（RIF）与子宫自然杀伤细胞（NK细胞）相关的发病机制	首次整合蛋白质组学和单细胞测序数据，鉴定出与RIF相关的三个关键基因（AMPD3、H6PD和PAK2）以及HR转录因子对PAK2的调控作用	样本量较小（6例RIF患者和6例对照），需要更大规模的研究验证结果	探究复发性植入失败的分子机制，特别是NK细胞在其中的作用	复发性植入失败患者的子宫内膜组织和NK细胞	生殖医学	不孕症	蛋白质组学、单细胞测序	NA	蛋白质组数据、单细胞测序数据	6例RIF患者和6例对照的子宫内膜组织
18	2025-06-16	Identification of biomarkers associated with exhausted CD8 + T cells in the tumor microenvironment of intrahepatic cholangiocarcinoma based on Mendelian randomization and bioinformatics analysis 2025-Jun-13, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02970-w PMID:40514625	研究论文	本研究利用多种生物信息学方法分析肝内胆管癌肿瘤微环境，识别与耗竭CD8+T细胞相关的生物标志物	整合BayesPrism去卷积、WGCNA和SMR方法，结合单细胞RNA测序数据，首次在iCCA中系统分析Tex细胞的基因特征	研究结果需要进一步实验验证，样本来源和数量未明确说明	寻找肝内胆管癌诊断生物标志物和治疗靶点	肝内胆管癌肿瘤微环境中的耗竭CD8+T细胞	生物信息学	肝内胆管癌	scRNA-seq, WGCNA, SMR, BayesPrism去卷积	NA	基因表达数据	NA
19	2025-06-16	Development of a circadian-related prognostic signature highlights RBM17 as a stemness regulator in liver cancer 2025-Jun-13, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-025-03843-6 PMID:40514677	研究论文	本研究旨在阐明昼夜节律失调如何影响肝癌进展的分子机制，并开发一个预测肝癌预后和治疗反应的模型	通过多组学分析识别出四个关键的失调肝脏昼夜节律基因，并发现RBM17通过促进癌症干细胞表型来推动肝癌进展和顺铂耐药	NA	阐明昼夜节律失调影响肝癌进展的分子机制，并开发预后和治疗反应预测模型	肝癌	生物医学	肝癌	多组学分析、单细胞转录组、批量转录组、空间转录组	机器学习算法	转录组数据	NA
20	2025-06-16	Macrophage heterogeneity in autoimmune diseases 2025-Jun-13, Cellular immunology IF:3.7Q2 DOI:10.1016/j.cellimm.2025.104993 PMID:40516246	review	本文综述了自身免疫性疾病中巨噬细胞的异质性及其潜在治疗靶点	利用单细胞RNA测序技术揭示了巨噬细胞的显著异质性，为理解其发育、表型多样性和功能可塑性提供了新视角	NA	探讨自身免疫性疾病中巨噬细胞的异质性及其在精准治疗中的潜在应用	巨噬细胞	生命科学	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA