单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-09-18	Targeting CLK1/SRSF7 axis-dependent alternative splicing sensitizes pancreatic ductal adenocarcinoma to chemotherapy and immunotherapy 2025-Nov, Drug resistance updates : reviews and commentaries in antimicrobial and anticancer chemotherapy IF:15.8Q1 DOI:10.1016/j.drup.2025.101292 PMID:40840404	研究论文	本研究揭示了环状RNA cALG8通过调控选择性剪接促进胰腺导管腺癌化疗耐药和免疫抑制的分子机制	首次发现cALG8作为蛋白支架促进CLK1磷酸化SRSF7，从而形成ATM203变体增强DNA损伤修复能力	研究主要基于临床前模型，尚未进行人体临床试验验证	阐明胰腺导管腺癌吉西他滨耐药机制并开发靶向治疗策略	胰腺导管腺癌细胞系、患者来源类器官(PDO)和异种移植模型(PDX)	肿瘤生物学	胰腺癌	环状RNA测序、液相色谱-质谱联用(LC-MS)、单细胞测序、反义寡核苷酸(ASO)	NA	基因组数据、蛋白质组数据、单细胞数据	化疗敏感与耐药肿瘤样本、PDO/PDX模型
2	2025-09-18	IV Immunoglobulin Is Associated With Epigenetic, Ribosomal, and Immune Changes in Pediatric Acute-Onset Neuropsychiatric Syndrome 2025-Nov, Neurology(R) neuroimmunology & neuroinflammation DOI:10.1212/NXI.0000000000200467 PMID:40953324	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析IV免疫球蛋白对儿童急性发作神经精神综合征（PANS）患者外周免疫细胞基因表达的影响	首次在单细胞水平揭示IVIg治疗可逆转PANS患者的免疫和核糖体通路异常，并下调组蛋白修饰通路	样本量较小（5例患者和4例对照），且为开放标签设计	探究IV免疫球蛋白对PANS患者细胞特异性基因表达的影响	5名PANS儿童患者和4名健康对照儿童	免疫学	神经精神疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	5名PANS患者（治疗前后配对样本）和4名健康对照，共分析144,470个细胞
3	2025-09-18	Environmental nano-particulates induced pre-implantation embryonic toxicity in pluripotent stem cell-derived blastoids 2025-Oct-15, Environmental pollution (Barking, Essex : 1987) DOI:10.1016/j.envpol.2025.126809 PMID:40645264	研究论文	本研究利用多能干细胞衍生的胚状体评估环境纳米颗粒污染物对早期胚胎发育的毒性作用	首次建立灵长类多能干细胞来源的胚状体平台，构建了多层面、多维度的早期胚胎暴露组数据集，并发现与暴露剂量线性相关的滋养层细胞群和分子事件	研究基于体外胚状体模型，与体内真实胚胎发育环境存在差异	评估环境纳米颗粒污染物对早期胚胎发育的毒性效应	灵长类多能干细胞衍生的胚状体	发育生物学	生殖发育疾病	10X scRNA-seq, DIA-MS	胚状体模型	单细胞转录组数据、蛋白质组数据	未明确说明具体样本数量，但采用高通量研究模型
4	2025-09-18	Single-cell transcriptomics combined with spatial transcriptomics reveals a fibrotic microenvironment in hyperuricemic nephropathy 2025-Oct-15, European journal of pharmacology IF:4.2Q1 DOI:10.1016/j.ejphar.2025.178062 PMID:40816527	研究论文	结合单细胞转录组和空间转录组技术揭示高尿酸血症肾病中纤维化微环境的关键细胞和分子机制	首次整合单细胞RNA测序与空间转录组分析高尿酸血症肾病模型，发现巨噬细胞/单核细胞与受损近端小管细胞的关键作用及CCL4-CCR5等趋化因子信号通路在纤维化中的重要性	研究基于大鼠模型，人类临床适用性需进一步验证；样本量较小可能影响统计效力	探究高尿酸血症肾病肾纤维化的细胞组成和分子机制	高尿酸血症肾病大鼠模型肾组织	数字病理学	肾病	单细胞RNA测序, 空间转录组, 差异基因表达分析, 伪时序分析, 基因富集分析, 转录因子网络分析, 体内外基因敲低实验	NA	转录组数据, 空间基因表达数据	高尿酸血症肾病大鼠及对照组肾组织样本（具体数量未明确说明）
5	2025-09-18	IGF2BP2 alleviates ulcerative colitis by inhibiting MEK1/2 and ERK1/2 signaling pathways in intestinal epithelial cells via m6A-dependent stabilization of LGI4 mRNA 2025-Oct-10, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.115206 PMID:40663812	研究论文	本研究探讨m6A阅读蛋白IGF2BP2通过稳定LGI4 mRNA抑制MEK1/2-ERK1/2信号通路，从而缓解溃疡性结肠炎的机制	首次揭示IGF2BP2通过m6A依赖性方式稳定LGI4 mRNA，并抑制MEK1/2-ERK1/2信号通路在UC中的保护作用	研究主要基于动物模型和细胞实验，人类临床转化仍需进一步验证	阐明IGF2BP2在溃疡性结肠炎发病机制中的作用及分子机制	肠道上皮细胞、UC患者组织样本、UC细胞模型和DSS诱导的UC小鼠模型	分子生物学	溃疡性结肠炎	单细胞测序、IHC、Western blot、IF、RT-qPCR、meRIP-qPCR、RNA pulldown、RIP、mRNA稳定性检测	NA	测序数据、蛋白质数据、RNA数据	人类组织样本、细胞模型和多组小鼠模型（包括基因敲除和过表达救援实验）
6	2025-09-18	Lonidamine alleviates inflammation and tissue remodeling in a mouse model of eosinophilic chronic sinusitis: A single-cell transcriptomics study 2025-Oct-10, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.115258 PMID:40700828	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析，探讨了己糖激酶2抑制剂lonidamine在嗜酸性慢性鼻窦炎小鼠模型中的抗炎和抗组织重塑作用	首次在单细胞水平揭示HK2在ECRS中的表达模式，并发现lonidamine通过抑制Cxcl1-Cxcr2和Ptn-Ncl信号通路发挥治疗作用	研究主要基于小鼠模型，人类临床适用性仍需进一步验证	探究HK2抑制剂lonidamine对嗜酸性慢性鼻窦炎的治疗机制	ECRS小鼠模型和体外培养的人鼻上皮细胞	单细胞转录组学	嗜酸性慢性鼻窦炎	scRNA-seq, 体外细胞模型	小鼠疾病模型	基因表达数据	ECRS小鼠模型和体外细胞实验
7	2025-09-18	Immunoglobin attenuates fulminant myocarditis by inhibiting overactivated innate immune response 2025-Oct, British journal of pharmacology IF:6.8Q1 DOI:10.1111/bph.17372 PMID:39442535	研究论文	本研究探讨免疫球蛋白通过抑制过度激活的先天免疫反应来减轻暴发性心肌炎的作用机制	首次利用单细胞RNA测序技术揭示免疫球蛋白靶向Plac8+单核细胞和S100a8+中性粒细胞，调控Bst2-ILT7配体-受体介导的细胞互作	研究仅基于小鼠模型，尚未进行人体临床试验验证	评估免疫调节药物对暴发性心肌炎的治疗效果及作用机制	A/JGpt小鼠模型中的暴发性心肌炎	免疫学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、超声心动图、心导管检查	NA	基因表达数据、生理功能数据	NA
8	2025-09-18	Microglial Regulation of Neural Networks in Neuropsychiatric Disorders 2025-Oct, The Neuroscientist : a review journal bringing neurobiology, neurology and psychiatry DOI:10.1177/10738584251316558 PMID:39932233	综述	本文探讨小胶质细胞在神经精神疾病中对神经网络的调控作用及其潜在治疗意义	结合单细胞测序技术揭示小胶质细胞亚型多样性及其与神经网络的复杂互作机制	NA	深入理解小胶质细胞在神经系统疾病发病机制中的作用并探索新型治疗策略	小胶质细胞及其与神经网络的相互作用	神经科学	神经精神疾病与神经退行性疾病	单细胞测序技术	NA	NA	NA
9	2025-09-18	Single-Cell and Bulk RNA Sequencing Reveal Tumor Cell Characteristics and Communication Features of Primary and Lymphatic Metastatic Hypopharyngeal Squamous Cell Carcinoma 2025-Oct, Head & neck DOI:10.1002/hed.28195 PMID:40395022	研究论文	通过单细胞和批量RNA测序揭示下咽鳞状细胞癌原发灶和淋巴结转移灶的肿瘤细胞特征及细胞通讯模式	首次结合单细胞和批量RNA测序数据构建配体-受体对模型，用于预测下咽鳞癌患者预后和淋巴结转移状态	NA	识别下咽鳞癌淋巴结转移的关键驱动因素和潜在治疗靶点	下咽鳞状细胞癌（HPSCC）原发灶和淋巴结转移灶的恶性上皮细胞	生物信息学	下咽鳞状细胞癌	单细胞RNA测序，批量RNA测序	配体-受体对（LRs）模型	RNA测序数据	多个下咽鳞癌患者队列（训练集、测试集和整体队列）
10	2025-09-18	Functional defects in FOXG1 variants predict the severity of brain anomalies in FOXG1 syndrome 2025-Oct, Molecular psychiatry IF:9.6Q1 DOI:10.1038/s41380-025-03077-y PMID:40524015	研究论文	本研究通过分析FOXG1变异的功能缺陷与脑异常严重性的关联，建立了预测FOXG1综合征严重程度的患者分层方法	结合蛋白表达、COUP-TFI抑制能力和神经元迁移实验，首次开发出可预测FOXG1综合征严重性的分层范式，准确率达92.3%	样本量较小（仅14例），且主要依赖体外和小鼠模型验证，人类直接证据有限	探究FOXG1基因变异如何影响脑发育异常严重程度，并建立临床预测模型	14名携带FOXG1变异的个体及小鼠胚胎脑模型	神经发育疾病研究	神经发育障碍	荧光素酶报告实验、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、子宫内电穿孔（IUE）	NA	基因测序数据、蛋白表达数据、脑成像数据	14名FOXG1变异个体
11	2025-09-18	Spatial transcriptomics exploration of the primary neuroblastoma microenvironment in archived FFPE samples unveils novel paracrine interactions 2025-Oct, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.6457 PMID:40778592	研究论文	利用空间转录组学技术探索存档FFPE样本中的原发性神经母细胞瘤微环境，揭示新型旁分泌相互作用	首次在存档FFPE样本中应用空间转录组学，识别出先前未知的空间信号轴（如CCL18-PITPNM3和ALKAL2-ALK/RET相互作用）	仅基于两名患者的样本，样本量较小	解析高风险神经母细胞瘤的肿瘤微环境空间异质性和局部信号动态	未经治疗和化疗治疗的高风险神经母细胞瘤FFPE组织样本	数字病理学	神经母细胞瘤	空间转录组学	NA	空间转录组数据	两名患者的存档FFPE组织样本
12	2025-09-18	Preterm Birth Conditions Alter Muscle Stem Cells and Their Niche, Causing Lasting Impairments in Muscle Regeneration and Function 2025-Oct, Journal of cachexia, sarcopenia and muscle DOI:10.1002/jcsm.70058 PMID:40955870	研究论文	研究早产相关条件通过炎症微环境损害肌肉干细胞功能，导致肌肉再生和功能持久障碍的机制	首次揭示TNF-α/NF-κB信号通路在早产相关肌肉干细胞损伤中的核心作用，并证明早期抗炎干预可恢复干细胞功能	人类样本数据趋势性结果需更大样本验证，动物模型与人类病理的完全等效性需进一步确认	探究早产相关条件对骨骼肌干细胞及其微环境的影响机制	啮齿类动物模型和早产/足月人类婴儿肌肉样本	发育生物学	早产相关并发症	单细胞转录组测序、体外细胞培养、离体肌肉收缩特性检测、体内损伤模型	NA	基因表达数据、细胞形态数据、生理功能数据	啮齿类动物模型及人类早产/足月婴儿肌肉样本（具体数量未明确说明）
13	2025-09-18	Single-cell RNA sequencing reveals systemic and placental immune landscape in preeclampsia 2025-Oct, Placenta IF:3.0Q2 DOI:10.1016/j.placenta.2025.08.325 PMID:40803063	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示先兆子痫患者外周血和胎盘区域的系统性及胎盘免疫景观	发现了EPE患者外周血中新型CD8+初始T细胞亚群和基底板中新的dNK4细胞亚群，并揭示了早发型与晚发型先兆子痫的免疫学差异	需要进一步研究胎盘不同区域的空间差异及疾病亚型	理解先兆子痫的系统性和胎盘免疫微环境	先兆子痫患者及正常妊娠对照的外周血和胎盘分区免疫细胞	单细胞组学	先兆子痫	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	早发型和晚发型先兆子痫患者及正常对照的外周血和胎盘样本
14	2025-09-18	Immune cell transcriptional profiles from pre-vaccination peripheral blood predict immune response to preventative MUC1 cancer vaccine 2025-Oct-01, European journal of cancer (Oxford, England : 1990) DOI:10.1016/j.ejca.2025.115685 PMID:40815873	研究论文	本研究通过分析疫苗接种前外周血单细胞转录组数据，预测个体对MUC1癌症预防疫苗的免疫反应	首次利用scRNA-seq数据结合机器学习方法，发现CD4+ naïve T细胞等特定免疫细胞特征与疫苗反应相关，并识别出潜在生物标志物	样本量较小（32例），且研究对象仅限于有晚期结肠腺瘤病史的个体	预测癌症预防疫苗的免疫反应并探索相关免疫机制	既往有晚期结肠腺瘤的个体	生物信息学	结肠癌	scRNA-seq, 生物信息学分析, 机器学习	贝叶斯图分析	单细胞RNA测序数据	32例（16名应答者和16名无应答者）
15	2025-09-18	The immune landscape of pediatric (extra)cranial solid tumors: A systematic review and integration of immunohistochemistry and single-cell RNA sequencing data 2025-Oct-01, European journal of cancer (Oxford, England : 1990) DOI:10.1016/j.ejca.2025.115708 PMID:40857838	系统综述	通过整合免疫组化和单细胞RNA测序数据，系统分析儿童颅内外实体瘤的免疫微环境特征	首次系统整合IHC和sc/snSeq数据，构建儿童肿瘤免疫图谱并开发公开可用的交互式热图工具	分析方法存在异质性，部分肿瘤类型样本量有限	揭示儿童实体瘤的独特免疫景观以指导免疫治疗策略开发	儿童颅内外实体瘤（35种肿瘤类型）	肿瘤免疫学	儿童实体瘤	免疫组化(IHC), 单细胞/单核RNA测序(sc/snSeq)	NA	组学数据，蛋白质表达数据	47项IHC研究（2187个肿瘤样本），26项sc/snSeq研究（272个肿瘤样本）
16	2025-09-18	Single-Cell Transcriptomic Atlas of Peripheral Blood Reveals B-Cell-Driven Signature Predictive of Acute Pancreatitis Severity 2025-Oct, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.70350 PMID:40959459	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了外周血中B细胞驱动的特征可预测急性胰腺炎的严重程度	发现了MZB1表达浆细胞的扩张与疾病严重程度相关，并建立了九基因B细胞转录组特征模型	初始队列样本量较小（n=7），需要更大规模研究验证	开发早期预测急性胰腺炎严重程度的免疫学生物标志物	急性胰腺炎患者的外周血单核细胞	单细胞组学	急性胰腺炎	单细胞RNA测序，T细胞和B细胞受体分析	基因特征预测模型	转录组数据，血清蛋白数据	发现队列7例，验证队列14例，内部验证114例，外部验证AP患者87例，AP合并脓毒症174例
17	2025-09-18	Decoding functional and developmental trajectories of tissue-resident uterine dendritic cells through integrative omics 2025-Sep-19, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.113351 PMID:40949104	研究论文	通过整合多组学方法解析子宫组织驻留树突状细胞的功能与发育轨迹	首次利用单细胞RNA测序和CITE-seq技术揭示人类子宫内膜中uDC亚型的发育路径及功能特异性	研究主要基于特定月经周期和早孕期的样本，未涵盖全部生理状态	探究子宫树突状细胞的起源、分化及其在胚胎植入前后的功能作用	人类子宫内膜组织样本	生物信息学	生殖系统疾病	scRNA-seq, CITE-seq	NA	单细胞转录组数据、表面蛋白表达数据	不同月经周期阶段和早孕期采集的子宫组织样本
18	2025-09-18	Differentially expressed fusogens specify myocyte states to drive myogenesis 2025-Sep-17, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.204771 PMID:40959964	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了小鼠原代肌生成过程中两种不同的肌细胞群体及其调控机制	发现了表达不同fusogen（Mymk和Mymx）的两种意外肌细胞群体，挑战了脊椎肌肉前体细胞同质性的传统观点	研究局限于小鼠胚胎E9.5-11.5阶段的体节，未涉及更广泛发育时期或其他物种	探究肌细胞融合启动机制及肌生成过程中的细胞状态分化	小鼠胚胎体节中的肌细胞	发育生物学	NA	单细胞RNA测序，荧光原位杂交，谱系追踪，荧光素酶报告基因检测	NA	RNA测序数据，图像数据	E9.5-11.5小鼠胚胎体节
19	2025-09-18	A novel mouse model for LAMA2-related muscular dystrophy with analysis of molecular pathogenesis and clinical phenotype 2025-Sep-17, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.94288 PMID:40960171	研究论文	本研究通过CRISPR-Cas9技术构建了一种新型LAMA2相关肌营养不良症小鼠模型，并分析了其分子发病机制和临床表型	基于人类LAMA2-MD突变热点区域创建了新型dy/dy基因敲除小鼠模型，并首次结合scRNA-seq和bulk RNA-seq技术进行转录组学分析	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	深入理解LAMA2相关肌营养不良症的分子发病机制	LAMA2基因敲除小鼠(dy/dy)模型	分子病理学	肌营养不良症	CRISPR-Cas9, scRNA-seq, bulk RNA-seq, 免疫荧光	基因敲除小鼠模型	转录组数据, 表型数据, 神经病理学数据	新型dy/dy小鼠模型及相关野生型对照
20	2025-09-18	Spatial transcriptomic analysis reveals lack of response to PD-1 blockade in recurrent glioblastoma 2025-Sep-17, Acta neuropathologica IF:9.3Q1 DOI:10.1007/s00401-025-02937-9 PMID:40960500	研究论文	本研究利用空间转录组学分析复发性胶质母细胞瘤对PD-1阻断疗法的无响应机制	首次在匹配的原发和复发胶质母细胞瘤样本中应用空间转录组技术（Digital Spatial Profiling）分析肿瘤细胞和肿瘤相关巨噬细胞对PD-1阻断的分子响应	样本量较小（26例患者），仅基于转录组层面分析而未整合蛋白组或功能验证数据	探究PD-1阻断疗法在复发性胶质母细胞瘤中无效的分子机制	IDH野生型胶质母细胞瘤患者（26例）的肿瘤组织样本，重点分析SOX2⁺肿瘤细胞和IBA1⁺肿瘤相关巨噬细胞	数字病理学	胶质母细胞瘤	Digital Spatial Profiling (GeoMx, NanoString)，空间转录组学	NA	空间转录组数据，FFPE组织切片	26例匹配的原发与复发胶质母细胞瘤患者（其中16例接受纳武利尤单抗新辅助治疗）