单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-05-25	NR2F2 and its contribution to lymph node metastasis in oral squamous cell carcinoma 2025-Aug, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111814 PMID:40262715	研究论文	探讨NR2F2在口腔鳞状细胞癌淋巴结转移中的作用及其与肿瘤干细胞特性的关系	首次将NR2F2与口腔鳞状细胞癌的淋巴结转移联系起来，并揭示其在肿瘤干细胞亚群中的关键作用	研究主要基于细胞和动物模型，临床样本验证仍需进一步扩大	研究NR2F2在口腔鳞状细胞癌淋巴结转移中的分子机制	口腔鳞状细胞癌患者样本、肿瘤细胞系和动物模型	肿瘤生物学	口腔鳞状细胞癌	单细胞RNA测序、免疫组化、免疫荧光、Western blot、功能实验、体内实验	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据、影像数据	未明确说明患者样本数量，包含细胞系和动物模型
2	2025-05-25	Atlas of temporal molecular pathological alterations after traumatic brain injury based on RNA-Seq 2025-Aug, Experimental neurology IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.expneurol.2025.115270 PMID:40268159	研究论文	该研究通过RNA测序技术，系统描绘了创伤性脑损伤（TBI）后不同时间点的分子病理变化图谱	首次利用RNA-seq和WGCNA方法，全面揭示了TBI进展过程中时间依赖性的分子病理变化，并重点分析了细胞焦亡在神经炎症过程中的关键作用	研究仅使用了C57/BL6小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步研究	揭示创伤性脑损伤后时间依赖性的分子病理变化机制	C57/BL6小鼠脑组织	生物信息学	创伤性脑损伤	RNA-seq, WGCNA, RT-qPCR, Western blot, 免疫荧光	WGCNA, Mfuzz	RNA测序数据	C57/BL6小鼠在10个时间点（0h至7d）的脑组织样本
3	2025-05-25	Unraveling the immune activation mechanisms of DAMPs in coronary artery disease through transcriptomic and single-cell analyses 2025-Jul, Cytokine IF:3.7Q2 DOI:10.1016/j.cyto.2025.156952 PMID:40306092	研究论文	本研究通过转录组学和单细胞分析探讨了损伤相关分子模式（DAMPs）在冠状动脉疾病（CAD）中触发免疫激活的机制	揭示了P2RY14和IFIH1基因在CAD中的显著表达差异及其在免疫反应和炎症过程中的潜在作用，以及单细胞分析中免疫细胞的独特聚类模式	NA	探究DAMPs在CAD中触发免疫激活的机制	冠状动脉疾病（CAD）患者	生物信息学	心血管疾病	RNA-seq, 单细胞RNA-seq	NA	转录组数据, 单细胞数据	来自GSE202625、GSE242046和GSE159677数据集的RNA-seq和单细胞RNA-seq数据
4	2025-05-25	Unveiling the spatiotemporal strategies of plants in response to biotic and abiotic stresses:A comprehensive review 2025-Jul, Plant physiology and biochemistry : PPB IF:6.1Q1 DOI:10.1016/j.plaphy.2025.109967 PMID:40315636	review	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学（ST）技术在研究植物应对生物和非生物胁迫的细胞水平响应中的应用	首次全面探讨了scRNA-seq和ST技术在植物环境胁迫响应研究中的应用，填补了先前综述的空白	植物组织解离的挑战限制了单细胞技术在植物研究中的广泛应用	揭示植物在细胞水平上应对环境胁迫的时空策略	植物细胞和组织	植物生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）, 空间转录组学（ST）	NA	基因表达数据, 空间转录组数据	NA
5	2025-05-25	Apocrine Gland Damage and the Release of Specific Keratins in Early Stage Indicate the Crucial Involvement of Apocrine Glands in Hidradenitis Suppurativa 2025-Jun, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2024.09.021 PMID:39547394	research paper	本研究探讨了顶泌汗腺在化脓性汗腺炎（HS）发病机制中的潜在作用，通过免疫组织化学和单细胞测序技术分析了HS患者和健康对照组的非病变皮肤和早期病变皮肤	首次报道了顶泌汗腺在HS早期病变中的损伤及释放特定角蛋白的现象，揭示了顶泌汗腺在HS发病机制中的关键作用	样本量较小（HS患者n=12，健康对照n=8），且仅针对早期病变进行研究	探讨顶泌汗腺在化脓性汗腺炎发病机制中的作用	化脓性汗腺炎患者和健康对照组的非病变皮肤和早期病变皮肤	皮肤病学	化脓性汗腺炎	免疫组织化学，单细胞测序	NA	组织样本，血清样本	HS患者n=12（组织样本），n=20（血清样本）；健康对照n=8
6	2025-05-25	Single-cell RNA sequencing-derived signatures define response patterns to atezolizumab + bevacizumab in advanced hepatocellular carcinoma 2025-Jun, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2024.12.016 PMID:39709141	研究论文	通过单细胞RNA测序技术揭示晚期肝细胞癌患者对atezolizumab联合bevacizumab治疗的两种不同反应模式	首次利用单细胞RNA测序技术定义了晚期肝细胞癌对atezo+bev治疗的两种分子亚型（免疫活性型和血管生成驱动型）以及耐药性的主要特征	研究样本量相对有限（共422例），且为回顾性分析	探索atezo+bev联合治疗晚期肝细胞癌的临床获益与耐药性的细胞学机制	晚期肝细胞癌患者	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	422例RNA测序样本（其中atezo+bev治疗组317例，atezolizumab单药组47例，sorafenib组58例）
7	2025-01-07	Single-Cell RNA Sequencing Reveals Age-Related Changes in Epidermal Cell Populations and Interactions 2025-Jun, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2024.12.013 PMID:39756533	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
8	2025-05-25	Transcriptional reprogramming triggered by neonatal UV radiation or Lkb1 loss prevents BRAFV600E-induced growth arrest in melanocytes 2025-Jun, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-025-03339-7 PMID:40057604	研究论文	该研究揭示了新生儿UV辐射或Lkb1缺失通过触发转录重编程阻止BRAFV600E诱导的生长停滞，从而促进黑色素瘤发展的机制	发现了独立于痣进展的BRAF突变黑色素瘤发展新机制，并识别出潜在治疗靶点	研究主要基于小鼠模型，人类临床验证仍需进一步研究	阐明UVB引发的新生儿特异性黑色素瘤与BRAF相关的生长停滞机制	黑色素细胞和黑色素瘤	肿瘤生物学	黑色素瘤	单细胞转录组学、基因组分析	小鼠模型	基因组数据、转录组数据、临床数据	未明确说明具体样本数量（包含小鼠模型和人类临床数据）
9	2025-05-25	Single-cell multiome reveals root hair-specific responses to salt stress 2025-Jun, The New phytologist DOI:10.1111/nph.70160 PMID:40269556	研究论文	利用单细胞测序技术，研究非结球白菜根尖在盐胁迫下的转录和染色质可及性变化，揭示盐胁迫对根毛分化和铁转运的影响	首次构建了非结球白菜根尖在正常和盐胁迫条件下的单细胞转录和染色质可及性图谱，揭示了盐胁迫如何影响根毛分化和铁转运	研究仅针对非结球白菜，未验证其他作物中的普适性	探究植物对盐胁迫的响应机制，为培育耐盐作物提供理论依据	非结球白菜根尖细胞	植物生物学	NA	单细胞测序	NA	单细胞转录组和染色质可及性数据	未明确说明样本数量，但涉及正常和盐胁迫条件下的非结球白菜根尖细胞
10	2025-05-25	GeneDX-PBMC: An adversarial autoencoder framework for unlocking Alzheimer's disease biomarkers using blood single-cell RNA sequencing data 2025-Jun, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110283 PMID:40311462	研究论文	通过结合单细胞RNA测序数据和深度学习技术，识别阿尔茨海默病的血液生物标志物和治疗靶点	开发了一个结合自编码器、分类器和判别器的深度学习框架，分析免疫细胞中的基因表达，包括传统方法常忽略的细微遗传变异	研究主要关注外周血单个核细胞，可能未涵盖所有相关细胞类型或组织	识别阿尔茨海默病的血液生物标志物和治疗靶点	阿尔茨海默病患者和认知正常对照者的外周血单个核细胞	数字病理学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	对抗自编码器(AAE)	基因表达数据	NA
11	2025-05-25	An engineered viral protein activates STAT5 to prevent T cell suppression 2025-May-23, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adn9633 PMID:40408430	research paper	该研究通过工程化病毒蛋白激活STAT5，以增强T细胞功能并防止其耗竭	利用工程化的疱疹病毒蛋白TIP招募LCK激酶直接激活STAT蛋白，实现细胞因子非依赖的T细胞功能维持	研究主要针对STAT5激活，未全面评估其他STAT蛋白的影响	探索通过重编程信号通路增强T细胞在实体瘤中的持久性和功能	T细胞（特别是CD8+ T细胞）和STAT5信号通路	免疫治疗	肿瘤	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	未明确样本数量（体外和体内T细胞实验）
12	2025-05-25	Single-cell profiling demonstrates the combined effect of wheeze phenotype and infant viral infection on airway epithelial development 2025-May-23, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adr9995 PMID:40408478	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，探讨了喘息表型和婴儿期病毒感染对气道上皮发育的联合影响	首次在喘息儿童中揭示了气道上皮细胞的异常分化、发育途径的激活、前体细胞分化的可塑性、成熟延迟、RSV受体多样性增加以及对RSV感染的抗病毒免疫反应减弱	研究样本仅限于2至3岁儿童，且仅针对RSV感染，未考虑其他呼吸道病毒的影响	阐明喘息表型和婴儿期RSV感染对气道上皮发育的影响	2至3岁儿童的鼻腔气道上皮细胞（NAECs）	单细胞测序	哮喘	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	来自四个互斥组的儿童（喘息/非喘息和RSV感染/未感染）
13	2025-05-25	PTMA controls cardiomyocyte proliferation and cardiac repair by enhancing STAT3 acetylation 2025-May-23, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adt9446 PMID:40408476	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术鉴定出促胸腺素α（PTMA）是驱动心肌细胞增殖的关键因子，并探讨了其在心脏再生中的潜在治疗应用	首次发现PTMA通过抑制MBD3/HDAC1 NuRD复合物的去乙酰化活性，增强STAT3乙酰化，从而促进心肌细胞增殖和心脏再生	研究主要基于小鼠和大鼠模型，人类iPSC来源的心肌细胞实验结果需进一步验证	探究心肌细胞增殖的分子机制及其在心脏再生治疗中的应用潜力	小鼠、大鼠和人类iPSC来源的心肌细胞	心脏再生医学	缺血性心肌损伤	单细胞RNA测序	条件性基因敲除小鼠模型、AAV9介导的基因过表达模型	RNA测序数据、细胞增殖数据	胚胎心脏单细胞RNA测序数据、原代小鼠/大鼠心肌细胞、人类iPSC来源心肌细胞
14	2025-05-25	M-band wavelet-based multi-view clustering of cells 2025-May-23, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1013060 PMID:40408513	研究论文	本文提出了一种基于M波段小波的单细胞RNA测序数据多视图聚类方法（WMC）	首次将M波段小波分析与UMAP结合应用于scRNA-seq数据，能够发现稀有细胞类型并进行缺失细胞类型的可视化	方法在scRNA-seq数据中的应用尚未广为人知，可能缺乏与其他方法的广泛比较	开发新的单细胞RNA测序数据分析方法以提高细胞类型鉴别的分辨率	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, M-band小波分析, UMAP	多视图聚类	基因表达数据	一组单细胞测序数据集（具体数量未提及）
15	2025-05-25	Oligodendrocyte-astrocyte crosstalk in Parkinson's disease mediates neuronal ferroptosis via the FGF signaling pathway 2025-May-23, NPJ Parkinson's disease DOI:10.1038/s41531-025-00995-0 PMID:40410211	research paper	本文研究了帕金森病中少突胶质细胞与星形胶质细胞的相互作用如何通过FGF信号通路介导神经元铁死亡	首次揭示了少突胶质细胞与星形胶质细胞在帕金森病中的交互作用及其通过FGF信号通路诱导神经元铁死亡的机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证不足	探究帕金森病中少突胶质细胞与星形胶质细胞的相互作用及其对神经元铁死亡的影响	少突胶质细胞、星形胶质细胞、多巴胺神经元	神经科学	帕金森病	单核测序、空间转录组学	NA	基因表达数据	帕金森病小鼠模型
16	2025-05-25	Association of DNA damage response signals and oxidative stress status with nivolumab efficacy in patients with Head and Neck Squamous Cell Carcinoma 2025-May-23, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-025-03032-2 PMID:40410274	research paper	研究DNA损伤反应信号和氧化应激状态与头颈鳞状细胞癌患者对nivolumab疗效的关联	首次在头颈鳞状细胞癌患者中，通过外周血单核细胞检测DNA损伤反应信号和氧化应激状态，探索其与免疫检查点抑制剂疗效的相关性	样本量较小（50例患者），需要进一步验证	探索DNA损伤反应信号和氧化应激状态作为预测头颈鳞状细胞癌患者对nivolumab疗效的生物标志物	头颈鳞状细胞癌患者	肿瘤免疫学	头颈鳞状细胞癌	空间转录组学	NA	RNA测序数据	26名健康对照和50名复发/转移性头颈鳞状细胞癌患者
17	2025-05-25	Angiopoietin-TIE2 feedforward circuit promotes PIK3CA-driven venous malformations 2025-May-23, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-025-00655-9 PMID:40410415	研究论文	本文揭示了静脉畸形（VMs）中PI3Kα-TIE2信号环路的作用机制及其作为治疗靶点的潜力	发现了PI3K-FOXO1-ANGPT-TIE2信号环路在PIK3CA相关静脉畸形中的核心驱动作用，并验证了TIE2作为治疗靶点的有效性	mTOR阻断对晚期静脉畸形的治疗效果有限	探究PIK3CA突变导致的静脉畸形的发病机制并寻找潜在治疗靶点	PIK3CA突变导致的静脉畸形	血管生物学	静脉畸形	单细胞转录组学、谱系追踪	小鼠模型	基因表达数据	小鼠和人类静脉畸形样本
18	2025-05-25	Confronting the challenge of cell segmentation in spatial transcriptomics 2025-May-23, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-025-02717-z PMID:40410420	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
19	2025-05-25	Metabolic modeling elucidates phenformin and atpenin A5 as broad-spectrum antiviral drugs against RNA viruses 2025-May-23, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08148-y PMID:40410544	研究论文	该研究通过代谢建模揭示了phenformin和atpenin A5作为抗RNA病毒的广谱抗病毒药物	开发了一种利用scRNA-Seq数据评估病毒感染期间细胞代谢的计算工作流程，并预测了细胞维持SARS-CoV-2病毒粒子生产的能力	研究主要基于计算模型和体外实验，体内实验仅在叙利亚仓鼠模型中进行	寻找广谱抗病毒治疗方法	SARS-CoV-2、甲型流感病毒和登革热病毒	计算生物学	病毒感染	scRNA-Seq	代谢模型	单细胞RNA测序数据	NA
20	2025-05-25	Machine learning explores the prognostic and immuno-oncological impact of mitochondrial unfolded protein response in CESC 2025-May-23, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02723-9 PMID:40410615	research paper	该研究利用机器学习分析线粒体未折叠蛋白反应（UPRmt）基因在宫颈鳞状细胞癌和宫颈内膜腺癌（CESC）中的作用，揭示了ATF5作为预后标志物和免疫调节因子的重要性	首次将ATF5确立为CESC的有利预后标志物和关键免疫反应调节因子，揭示了UPRmt通过调控P-stalk核糖体功能影响肿瘤免疫微环境的新机制	研究基于TCGA数据库的回顾性分析，需要进一步实验验证ATF5的具体作用机制	探索线粒体未折叠蛋白反应在CESC中的预后价值和免疫肿瘤学影响	宫颈鳞状细胞癌和宫颈内膜腺癌（CESC）患者	machine learning	cervical cancer	multi-omics数据分析、单细胞RNA测序、基因集富集分析	machine learning	multi-omics数据	TCGA数据库中的CESC样本