单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-07-10	Gut microbial Nordihydroguaiaretic acid suppresses macrophage pyroptosis to regulate epithelial homeostasis and inflammation 2025-Dec, Gut microbes IF:12.2Q1 DOI:10.1080/19490976.2025.2518338 PMID:40596758	研究论文	研究探讨了衰老相关的肠道菌群失调如何通过减少Nordihydroguaiaretic acid (NDGA)的产生加剧炎症性肠病(IBD)，并发现NDGA通过下调GSDMD/NR4A1/NLRP3轴介导的巨噬细胞焦亡来缓解结肠炎	揭示了肠道微生物NDGA在调节巨噬细胞焦亡中的新作用，并提出了其作为老年相关IBD治疗靶点的潜力	研究主要基于小鼠模型，人类样本数据有限，需要进一步验证NDGA在人类IBD中的治疗效果	探究衰老相关肠道菌群失调对结肠炎发展的影响及其机制	野生型和IL-10缺陷小鼠、IBD患者和老年人	肠道微生物组学	炎症性肠病(IBD)	粪便微生物移植(FMT)、16S rDNA测序、代谢组学、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	小鼠结肠炎模型	微生物组数据、代谢组数据、单细胞转录组数据	未明确说明具体样本数量，涉及小鼠模型、IBD患者和老年人样本
2	2025-07-10	Comparison of single-cell long-read and short-read transcriptome sequencing via cDNA molecule matching: quality evaluation of the MAS-ISO-seq approach 2025-Sep, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqaf089 PMID:40630932	研究论文	比较单细胞长读长和短读长转录组测序方法，评估MAS-ISO-seq方法的质量	通过cDNA分子匹配比较长读长和短读长测序方法，揭示两种方法在转录本恢复和基因表达分析中的偏差	平台依赖的cDNA文库处理步骤和数据分析步骤引入偏差	评估长读长和短读长单细胞RNA测序方法的数据可比性	单细胞转录组	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），长读长测序（Pacific Biosciences），短读长测序（Illumina）	NA	转录组数据	相同10x Genomics 3' cDNA样本
3	2025-05-12	RETRACTION: Single-Cell Transcriptome Analysis Reveals Intratumoral Heterogeneity in Lung Adenocarcinoma 2025-Aug, Environmental toxicology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/tox.24531 PMID:40346999	撤稿声明	该文章因同行评审过程存在问题而被撤稿	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
4	2025-07-10	Tracing Early Migratory Neurons in the Developing Nose Using Contactin-2 (Cntn2) CreERT2 2025-Aug, Genesis (New York, N.Y. : 2000) DOI:10.1002/dvg.70021 PMID:40580015	研究论文	本研究通过生成可诱导的Cntn2CreERT2小鼠系，追踪了发育中嗅觉系统中Cntn2的表达，以研究早期迁移神经元	利用Cntn2CreERT2小鼠系作为时间控制的工具，特异性操纵感兴趣的神经元群体	可用的分子标记数量有限，可能限制了研究的广泛性	研究发育中嗅觉系统的神经元迁移过程	早期迁移神经元，特别是起源于嗅觉区域的神经元	神经科学	NA	单细胞RNA测序，可诱导的CreERT2系统	Cntn2CreERT2小鼠模型	基因表达数据	NA
5	2025-07-10	Cellular heterogeneity and patterning strategies as revealed by upper respiratory epithelium single cell atlas 2025-Jul-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112845 PMID:40612507	research paper	通过单细胞RNA测序和空间验证，生成了小鼠上呼吸道上皮细胞的分子图谱，揭示了18种上皮细胞类型及其空间分布	首次生成了上呼吸道上皮的单细胞和分子图谱，揭示了细胞类型的空间分布和多样性	研究仅基于小鼠模型，未涉及人类样本	解析上呼吸道上皮细胞的异质性和空间分布模式	小鼠上呼吸道上皮细胞	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠上呼吸道上皮细胞样本
6	2025-07-10	Single-Cell RNA Sequencing Highlights a Contribution of Human Amniotic Mesenchymal Stem Cells-Derived Exosomes to Androgenetic Alopecia 2025-Jul-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202500853R PMID:40622121	研究论文	本研究探讨了人羊膜间充质干细胞来源的外泌体（hAMSC-exo）对雄激素性脱发（AGA）的治疗效果及其分子机制	首次在单细胞水平揭示了hAMSC-exo通过Wnt/β-catenin信号通路减轻DHT诱导的毛乳头细胞（DPC）损伤，并促进毛囊再生的分子机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体临床试验中验证	探索hAMSC-exo对AGA的治疗潜力及其作用机制	雄激素性脱发（AGA）小鼠模型及人羊膜间充质干细胞来源的外泌体（hAMSC-exo）	干细胞治疗	雄激素性脱发	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠模型	单细胞转录组数据	未明确提及具体样本数量，但涉及小鼠背部皮肤的多种细胞类型
7	2025-07-10	Advancements in single-cell techniques for examining the HIV reservoir: pathways to a cure 2025-Jul-09, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mbio.00655-25 PMID:40488537	综述	本文综述了单细胞技术在研究HIV病毒库中的应用及其在治愈HIV中的潜力	强调了单细胞测序、染色质可及性测定和多组学技术在揭示HIV病毒库异质性和弹性中的创新应用	未具体提及研究的样本量或实验设计的局限性	探讨单细胞技术在理解HIV病毒库特性及开发新型治疗策略中的应用	HIV病毒库中的静息CD4 T细胞和其他长寿细胞如巨噬细胞	生物医学研究	HIV感染	单细胞测序、染色质可及性测定、多组学技术	NA	单细胞基因表达数据、染色质可及性数据	NA
8	2025-07-10	Targeted single cell expression profiling identifies integrators of sleep and metabolic state 2025-Jul-09, G3 (Bethesda, Md.) DOI:10.1093/g3journal/jkaf079 PMID:40509864	research paper	该研究通过单细胞测序技术识别了果蝇中调节睡眠与代谢状态交互作用的神经元及其转录响应	首次在单个神经元水平上鉴定了饥饿状态下调节睡眠与代谢交互作用的关键基因	研究仅限于果蝇模型，尚未在高等生物中验证	探究睡眠与代谢状态交互作用的细胞分子机制	果蝇(Drosophila melanogaster)的LHLK神经元	神经科学	NA	单细胞CEL-Seq测序	NA	RNA测序数据	喂食与24小时饥饿处理的果蝇LHLK神经元
9	2025-07-10	Antiviral Monocytes Increase Prior to Detectable HIV-1 Rebound Viremia 2025-Jul-09, The Journal of infectious diseases IF:5.0Q1 DOI:10.1093/infdis/jiaf367 PMID:40628395	研究论文	研究探讨了HIV-1治疗停止后病毒反弹前的免疫反应特征	发现了病毒反弹前CD16++单核细胞的显著增加及其抗病毒基因表达增强的独特转录特征	研究仅基于外周血单个核细胞(PBMCs)和血浆蛋白质组学分析，未涉及其他组织样本	识别治疗停止后即将发生病毒反弹的早期信号，以延长病毒反弹时间并治愈HIV-1	HIV-1感染者	免疫学	HIV-1感染	单细胞转录组学、血浆蛋白质组学	NA	蛋白质组数据、转录组数据	未明确说明样本数量，研究对象为外周血单个核细胞(PBMCs)和血浆样本
10	2025-07-10	Sjögren's syndrome is associated with a reduction in the surface area of the right caudal anterior cingulate gyrus 2025-Jul-09, BMC medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1186/s12916-025-04205-9 PMID:40629343	研究论文	该研究通过孟德尔随机化分析和脑部MRI扫描，探讨了干燥综合征（SS）与大脑皮层结构变化之间的遗传因果关系	首次发现SS与右尾侧前扣带回表面积减少之间的遗传因果关系，并鉴定了相关基因和细胞类型	样本量有限，且仅针对治疗初期的SS患者	探究干燥综合征对大脑皮层结构的影响机制	干燥综合征患者的大脑皮层结构	神经科学	干燥综合征	孟德尔随机化分析（MR）、全基因组关联研究（GWAS）、转录组关联研究（TWAS）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	线性模型	基因组数据、RNA测序数据、MRI图像数据	未明确说明具体样本量，包括GWAS数据和一组治疗初期的SS患者MRI数据
11	2025-07-10	Myeloid-specific deficiency of ribosomal protein L13a alters macrophage polarity and diversity during differentiation from bone marrow 2025-Jul-09, Journal of leukocyte biology IF:3.6Q2 DOI:10.1093/jleuko/qiaf102 PMID:40631353	研究论文	本文揭示了核糖体蛋白L13a在骨髓来源巨噬细胞分化和极化过程中的新作用	发现了L13a在调节巨噬细胞极化中的新角色，超越了传统的M1-M2二分法概念	研究主要基于体外骨髓来源巨噬细胞分化模型，体内验证有待进一步研究	探究核糖体蛋白L13a在巨噬细胞分化和极化过程中的调控机制	骨髓来源巨噬细胞和CD4+ T细胞	免疫学	NA	RNA测序（bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq）	基因敲除小鼠模型（L13aflox/flox LysMCre+）	基因表达数据	对照小鼠和L13a敲除小鼠的骨髓来源细胞
12	2025-07-10	Impact of IKCa Channels on CD34+ Cells in Arteriole Remodeling in Angiotensin II-Induced Hypertension Model Mice 2025-Jul-09, Hypertension (Dallas, Tex. : 1979) DOI:10.1161/HYPERTENSIONAHA.124.24537 PMID:40631680	研究论文	本研究探讨了IKCa通道在Ang II诱导的高血压模型中CD34+细胞介导的内皮修复中的作用	揭示了非骨髓来源的CD34+细胞在高血压条件下通过IKCa通道激活ERK/P38信号通路促进内皮修复的新机制	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	阐明高血压条件下内皮修复的分子机制	Ang II诱导的高血压模型小鼠中的CD34+细胞	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞RNA测序、免疫荧光、跨孔迁移实验、膜片钳技术	Cd34-CreERT2; R26-tdTomato谱系示踪模型	基因表达数据、细胞迁移数据、电生理数据	未明确说明具体样本数量，使用高血压模型小鼠进行研究
13	2025-07-10	Shared Lineage, Distinct Outcomes: Yap and Taz Loss Differentially Impact Schwann and Olfactory Ensheathing Cell Development Without Disrupting GnRH-1 Migration 2025-Jul-09, Glia IF:5.4Q1 DOI:10.1002/glia.70057 PMID:40631762	research paper	该研究探讨了Yap和Taz缺失对嗅鞘细胞（OECs）和施万细胞发育的不同影响，及其对GnRH-1神经元迁移的影响	揭示了Yap和Taz在OECs和施万细胞发育中的不同作用，以及这些变化对嗅觉上皮发育的间接影响	研究仅基于小鼠模型，未涉及人类或其他哺乳动物	研究Hippo信号通路在OECs和施万细胞发育中的作用	小鼠胚胎鼻组织中的OECs、施万细胞和GnRH-1神经元	神经科学	NA	单细胞RNA测序	Sox10-Cre小鼠模型	基因表达数据	小鼠胚胎鼻组织样本
14	2025-07-10	Identification of a novel ferroptosis-induced immunogenic cell death related signature based on a machine learning framework in colorectal cancer 2025-Jul-09, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03147-1 PMID:40632358	研究论文	本研究基于机器学习框架，在结直肠癌中鉴定了一种新型的铁死亡诱导的免疫原性细胞死亡相关特征	首次结合铁死亡和免疫原性细胞死亡（F-ICD）的调控效应，开发了一个预测模型，并鉴定了七个关键基因作为潜在治疗靶点	研究依赖于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	探索铁死亡和免疫原性细胞死亡在结直肠癌中的联合调控效应及其预后预测价值	结直肠癌患者样本	机器学习	结直肠癌	单细胞转录组学分析、WGCNA分析、DESeq2差异分析	RSF算法	转录组数据	三个数据集（具体样本数量未明确说明）
15	2025-07-10	Leveraging machine learning models to evaluate immune infiltration in the ovarian cancer microenvironment: a single-cell analysis approach 2025-Jul-09, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03018-9 PMID:40632369	研究论文	本研究利用机器学习和单细胞RNA测序数据，建立了一种评估卵巢癌微环境中免疫浸润的客观模型	首次在单细胞水平上结合机器学习模型评估卵巢癌免疫浸润状态，并发现与免疫浸润相关的关键基因特征	研究未进行临床试验验证，且依赖公共数据库数据	为卵巢癌个体化免疫治疗提供客观评估工具	卵巢癌微环境中的免疫细胞	机器学习	卵巢癌	单细胞RNA测序	RandomForest, SVM	基因表达数据	来自多个公共数据库的卵巢癌样本数据
16	2025-07-10	Single-cell transcriptome analysis reveals the malignant characteristics of tumour cells and the immunosuppressive landscape in HER2-positive inflammatory breast cancer 2025-Jul-08, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-025-03454-z PMID:40624675	research paper	通过单细胞转录组技术分析HER2阳性炎症性乳腺癌肿瘤细胞的恶性特征及免疫抑制微环境	揭示了HER2阳性炎症性乳腺癌肿瘤细胞中PTN分子高表达与其高侵袭性特征及高度免疫抑制微环境的强相关性，并提出了PTN-TNF分子轴作为潜在治疗靶点	样本量较小（仅3例患者），且依赖于公共数据库中的非炎症性乳腺癌数据进行对比	探究HER2阳性炎症性乳腺癌肿瘤微环境的分子特征及免疫抑制机制	HER2阳性炎症性乳腺癌患者的肿瘤组织细胞	digital pathology	breast cancer	scRNA-seq	NA	single-cell transcriptome data	15,832个细胞（来自3例HER2阳性炎症性乳腺癌患者）
17	2025-07-10	Proneural-Mesenchymal hybrid glioblastoma cells are resistant to therapy and dependent on nuclear import 2025-Jul-08, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noaf160 PMID:40627673	研究论文	该研究揭示了胶质母细胞瘤中具有混合表型的细胞对常规治疗具有抗性，并依赖于核输入机制	首次发现并表征了同时表达前神经和间充质标记的胶质母细胞瘤混合细胞群，揭示了其通过核转运机制介导治疗抗性的新机制	研究主要基于体外细胞系和小鼠模型，需要进一步在人类患者组织中验证	探究胶质母细胞瘤细胞可塑性及治疗抗性的分子机制	胶质母细胞瘤患者来源的细胞系和肿瘤组织	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、单细胞ChIP测序、核蛋白质组学、高分辨率成像	NA	基因组数据、蛋白质组数据、影像数据	多个患者来源的细胞系和临床数据集
18	2025-07-10	Chronic cerebral hypoperfusion induces venous dysfunction via EPAS1 regulation in mice 2025-Jul-08, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61614-3 PMID:40628749	研究论文	研究慢性脑低灌注通过EPAS1调控诱导小鼠静脉功能障碍的机制	揭示了EPAS1在静脉细胞中的特异性信号传导及其在脑血管异常中的作用，提出EPAS1作为潜在治疗靶点	研究主要基于小鼠模型和人类细胞模型，人类临床数据有限	探讨脑血管损伤的进展机制及潜在治疗靶点	小鼠和人类静脉细胞	脑血管疾病研究	血管性痴呆	单细胞转录组学、成像技术	小鼠双侧颈总动脉狭窄模型、人类细胞模型	影像数据、转录组数据	小鼠模型及人类细胞样本，具体数量未明确说明
19	2025-07-10	Identifying propionate metabolism-related genes as biomarkers of sepsis development and therapeutic targets 2025-Jul-08, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-06463-2 PMID:40628770	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析脓毒症患者和健康对照者外周血单个核细胞中丙酸代谢的差异，探索丙酸代谢在脓毒症中的作用，并构建诊断模型	首次将丙酸代谢相关基因作为脓毒症发展的生物标志物和治疗靶点进行研究，并通过单细胞RNA测序和机器学习方法构建诊断模型	研究样本量未明确说明，且体外实验验证部分未详细描述	探索丙酸代谢在脓毒症发病机制中的作用，并寻找诊断和治疗靶点	脓毒症患者和健康对照者的外周血单个核细胞	生物信息学	脓毒症	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 批量RNA测序(bulk RNA-seq)	LASSO, XGBoost, CatBoost, NGBoost	RNA测序数据	NA
20	2025-07-10	Metabolic alterations driven by LDHA in CD8 + T cells promote immune evasion and therapy resistance in NSCLC 2025-Jul-08, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-87361-5 PMID:40629035	研究论文	本研究通过多模态数据分析揭示了CD8+T细胞在非小细胞肺癌中的代谢重编程及其对免疫逃逸和治疗抵抗的影响	发现了LTB+LDHA+CD8+T细胞的独特代谢和免疫表型，及其在促进肿瘤细胞迁移和侵袭中的关键作用，同时识别了LDHA作为影响免疫治疗结果的关键基因	研究样本量相对有限（89名患者），且未进行实验验证关键基因的功能机制	探究CD8+T细胞代谢重编程在非小细胞肺癌免疫逃逸和治疗抵抗中的作用	非小细胞肺癌患者的CD8+T细胞	数字病理学	肺癌	单细胞转录组学、空间转录组学、蛋白质组学	StepCox[forward]+Lasso等117种机器学习模型	转录组数据、蛋白质组数据	89名NSCLC患者的单细胞数据集