单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-06-13	Loss of Plxdc2 exacerbates microglia-mediated neuroinflammation and ischemic brain injury 2025-Sep, Experimental neurology IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.expneurol.2025.115302 PMID:40345569	研究论文	本研究探讨了Plxdc2在调节小胶质细胞活化和缺血性脑损伤中的作用	首次揭示了Plxdc2在小胶质细胞稳态维持和缺血性脑损伤中的保护作用，并发现其通过调节NF-κB p65信号和脂质代谢发挥作用	研究主要基于动物模型，尚未在人类患者中进行验证	探究Plxdc2在小胶质细胞功能和缺血性脑损伤中的作用	小胶质细胞和缺血性脑损伤	神经科学	缺血性脑卒中	scRNA-seq, 转录组分析, AAV和慢病毒载体技术	动物模型	基因表达数据	NA
2	2025-06-13	Microglial colonization routes and their impacts on cellular diversity 2025-Jul, Neuroscience research IF:2.4Q3 DOI:10.1016/j.neures.2025.04.004 PMID:40288616	review	本文探讨小胶质细胞在脑发育过程中的多样性形成机制，重点关注其不同的定植路线	综述了小胶质细胞多样性的两种可能形成机制，特别强调了不同定植路线的影响	主要关注理论假设，缺乏实验验证数据	探索小胶质细胞多样性形成的机制	小胶质细胞	神经科学	NA	单细胞转录组学	NA	NA	NA
3	2025-06-13	Biomarkers Related to Interferon-γ Pathway in Myocardial Ischemia-Reperfusion Injury and the Potential Molecular Mechanisms 2025-Jul, Cardiovascular toxicology IF:3.4Q2 DOI:10.1007/s12012-025-09999-x PMID:40346414	研究论文	本研究通过挖掘转录组和单细胞测序数据，探讨了干扰素-γ通路在心肌缺血再灌注损伤（MIRI）中的分子机制	首次筛选出与干扰素-γ通路相关的两个生物标志物Myd88和Trp53，并揭示了它们在MIRI中的潜在作用机制	研究主要基于生物信息学分析，缺乏实验验证	阐明干扰素-γ通路对心肌缺血再灌注损伤的影响机制	心肌缺血再灌注损伤（MIRI）	生物信息学	心血管疾病	转录组测序, 单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	三个数据集（GSE160516、GSE83472和GSE227088）
4	2025-06-13	Insights into Keratinocyte and Immunologic Landscape in Cutaneous Graft-Versus-Host Disease through Single-Cell Transcriptomics 2025-Jul, JID innovations : skin science from molecules to population health DOI:10.1016/j.xjidi.2025.100373 PMID:40492027	研究论文	通过单细胞转录组学揭示皮肤移植物抗宿主病（GVHD）中角质形成细胞和免疫细胞的复杂反应	首次使用单细胞RNA测序技术比较慢性GVHD与健康对照样本的转录组，揭示了角质形成细胞和免疫细胞的非免疫和免疫学变化	研究样本量未明确说明，可能限制结果的普遍性	探讨皮肤GVHD的发病机制，特别是角质形成细胞和其他皮肤结构细胞的作用	慢性GVHD患者的表皮和真皮样本与健康对照样本	单细胞转录组学	皮肤移植物抗宿主病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
5	2025-06-13	Patient phenotyping for molecular profiling of neck and low back pain - Study protocol 2025 Jul-Dec, Neurobiology of pain (Cambridge, Mass.) DOI:10.1016/j.ynpai.2025.100186 PMID:40501484	研究论文	本文概述了用于分子分析颈部和下背部疼痛的患者表型研究方案	应用批量、单细胞和空间转录组学技术研究颈部和下背部疼痛的分子神经生物学和神经免疫学机制	NA	通过表型分析促进慢性颈部和下背部疼痛的表型特异性转录特征的识别	颈部和下背部疼痛患者	分子生物学	慢性疼痛	批量、单细胞和空间转录组学	NA	组织样本	颈部和下背部疼痛患者及器官捐赠者的对照组织
6	2025-06-13	Spatial transcriptomics of progression gene signature and tumor microenvironment leading to progression in mycosis fungoides 2025-Jun-24, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2024014495 PMID:40163757	研究论文	本研究通过空间转录组学分析了蕈样肉芽肿（MF）进展过程中的基因特征和肿瘤微环境变化	首次利用CD3、CD4和CD30形态标记进行空间分辨转录组分析，揭示了MF从斑片期到斑块期再到肿瘤期进展过程中的关键基因表达变化和肿瘤微环境特征	样本量相对有限，且仅针对MF这一特定类型的皮肤T细胞淋巴瘤进行研究	探索MF进展过程中的转录组表达变化和肿瘤微环境特征，以识别早期MF患者进展的风险因素	蕈样肉芽肿（MF）患者	数字病理学	皮肤T细胞淋巴瘤	空间转录组学分析，免疫组织化学染色	NA	转录组数据，免疫组织化学数据	未明确说明具体样本数量，但包括不同阶段的MF患者样本
7	2025-06-13	SOAR elucidates biological insights and empowers drug discovery through spatial transcriptomics 2025-Jun-13, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adt7450 PMID:40498826	研究论文	介绍了一个名为SOAR的空间转录组学平台，该平台整合了3461个样本的数据，用于生物发现和药物研发	SOAR平台首次系统地整合了多种空间转录组学技术的数据，揭示了巨噬细胞极性在肿瘤微环境中的作用，并发现了潜在的抗癌药物	未明确提及样本的多样性是否足够覆盖所有相关疾病类型或技术平台	通过空间转录组学数据促进生物发现和药物研发	3461个样本，涵盖13个物种、42种组织类型和19种空间转录组学技术	空间转录组学	肿瘤和溃疡性结肠炎	空间转录组学技术	NA	基因表达和位置数据	3461个样本
8	2025-06-13	Endothelial CLEC5A drives barrier dysfunction and vascular leakage responsible for lung injury in bacterial pneumonia and sepsis 2025-Jun-13, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adt7589 PMID:40498836	研究论文	本文研究了内皮细胞中的CLEC5A在细菌性肺炎和败血症中驱动屏障功能障碍和血管渗漏导致肺损伤的作用	揭示了CLEC5A在调节内皮屏障功能中的重要性，并提出了内皮CLEC5A作为肺炎或败血症细菌感染的治疗靶点	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探讨内皮CLEC5A在细菌性肺炎和败血症中的作用机制	小鼠模型和体外培养的内皮细胞	生物医学	肺炎, 败血症	单细胞RNA测序, cecal ligation and puncture (CLP)模型, LPS诱导的内毒素血症模型	小鼠基因敲除模型	基因表达数据, 生存率数据, 炎症反应数据	未明确提及具体样本数量，但涉及基因敲除小鼠和体外细胞实验
9	2025-06-13	Current concepts in the pathogenesis and clinical management of lymphangioleiomyomatosis 2025-Jun-13, Current opinion in pulmonary medicine IF:2.8Q2 DOI:10.1097/MCP.0000000000001185 PMID:40501369	review	本文综述了淋巴管平滑肌瘤病（LAM）的发病机制和临床管理的最新进展，包括病理机制的理解、新型治疗方法以及未来诊断和治疗方向	探讨了激素途径、免疫系统相互作用、mTOR信号抑制及LAM微环境在联合治疗中的作用，以及单细胞RNA测序和空间转录组学等新技术在LAM研究中的应用	NA	总结LAM研究的最新进展，推动从基础研究到靶向治疗的转化	淋巴管平滑肌瘤病（LAM）及其相关病理机制和治疗方法	NA	淋巴管平滑肌瘤病	单细胞RNA测序、空间转录组学、人工智能	NA	NA	NA
10	2025-06-13	NOTCH1 dimeric signaling is essential for T-cell leukemogenesis and leukemia maintenance 2025-Jun-12, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024027020 PMID:40009499	research paper	该研究揭示了NOTCH1二聚体信号在T细胞急性淋巴细胞白血病（T-ALL）发生和维持中的关键作用	发现了NOTCH1二聚体信号依赖的基因特征，包括HES4转录因子，并揭示了其在T-ALL细胞中的抗凋亡机制	研究主要基于合成模型和患者来源的异种移植模型，临床样本的直接验证有限	探究NOTCH1二聚体信号在T-ALL发生和维持中的作用机制	人类造血干细胞/祖细胞（HSPCs）和T-ALL细胞	肿瘤生物学	T细胞急性淋巴细胞白血病	RNA/染色质免疫沉淀测序、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、测序数据	脐带血来源的HSPCs和患者来源的T-ALL异种移植模型
11	2025-06-13	Early differentiation of committed erythroid cells defined by miR-144/451 expression 2025-Jun-12, Journal of molecular cell biology IF:5.3Q2 DOI:10.1093/jmcb/mjae057 PMID:39777529	研究论文	该研究通过miR-144/451-eGFP敲入小鼠模型，定义了骨髓中共同髓系祖细胞（CMPs）内miR-144/451表达对红细胞早期分化的标记作用	首次发现miR-144/451表达可作为红细胞早期分化的特异性标记，并揭示CD53表达缺失与红细胞谱系定向分化的关联	研究局限于小鼠模型，人类红细胞发育的分子机制仍需进一步验证	阐明红细胞早期分化的分子标记及其发育调控机制	miR-144/451+祖细胞及其向红细胞谱系的分化过程	发育生物学	红细胞发育相关疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、基因敲入小鼠模型	miR-144/451-eGFP敲入小鼠	基因表达数据	NA
12	2025-06-13	Triggering Mechanisms of Hepatocyte Repopulation during liver Regeneration 2025-Jun-12, Biomolecules & therapeutics IF:3.0Q2 DOI:10.4062/biomolther.2025.035 PMID:40500106	review	本文综述了肝再生过程中肝细胞再生的触发机制及其分子和细胞机制	总结了利用谱系追踪和空间转录组学等先进技术研究肝细胞再生来源的最新发现	再生肝细胞的确切来源仍存在争议	阐明肝再生过程中肝细胞增殖的触发机制及新生肝细胞的来源	肝细胞再生过程	NA	NA	谱系追踪, 空间转录组学	NA	NA	NA
13	2025-06-13	MatriCom: a scRNA-Seq data mining tool to infer ECM-ECM and cell-ECM communication systems 2025-Jun-12, Journal of cell science IF:3.3Q3 DOI:10.1242/jcs.263927 PMID:40501363	研究论文	介绍了一个名为MatriCom的网络应用和R包，用于从单细胞RNA测序数据推断ECM组分之间以及不同细胞群与ECM之间的通讯系统	开发了MatriCom工具，利用独特的MatriComDB数据库，包含超过25,000个经过筛选的相互作用，从表达数据中推断相互作用，并考虑了ECM蛋白相互作用的特定规则	NA	推断ECM组分之间以及细胞与ECM之间的通讯系统，以揭示ECM组装和细胞/ECM相互作用的保守和多样化机制	ECM组分和细胞群	生物信息学	NA	scRNA-Seq	NA	单细胞RNA测序数据	46个健康成人组织的scRNA-Seq数据集
14	2025-06-13	Disruption of Morrbid alleviates autoinflammatory osteomyelitis in Pstpip2-deficient mice 2025-Jun-12, Disease models & mechanisms IF:4.0Q1 DOI:10.1242/dmm.052176 PMID:40503910	研究论文	本研究探讨了Morrbid基因在Pstpip2缺陷小鼠中缓解自身炎症性骨髓炎的作用	发现Morrbid与Pstpip2在成熟髓系细胞中共表达，并证实Morrbid缺失能显著抑制CRMO症状的起始和进展	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探究Morrbid基因在慢性复发性多灶性骨髓炎(CRMO)中的致病机制及潜在治疗靶点	Pstpip2缺陷小鼠模型	免疫学	骨髓炎	单细胞转录组分析	小鼠基因敲除模型	基因表达数据	Pstpip2-/-和Pstpip2-/-Morrbid-/-复合突变小鼠
15	2025-06-13	Exploring the molecular mechanisms of lactylation-related biological functions and immune regulation in sepsis-associated acute kidney injury 2025-Jun-12, Clinical and experimental medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s10238-025-01745-5 PMID:40504273	研究论文	本研究探讨了乳酸化修饰在脓毒症相关急性肾损伤（SA-AKI）中的分子机制及其与免疫调控的关系	首次系统分析了乳酸化相关基因（LRGs）在SA-AKI中的表达模式及功能作用，并鉴定了关键基因PECR和TP53I3	研究基于公共数据集GSE232404的转录组数据，缺乏实验验证	阐明乳酸化修饰在SA-AKI发病机制中的作用	脓毒症相关急性肾损伤（SA-AKI）患者样本	生物信息学	急性肾损伤	转录组测序（RNA-seq）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Lasso回归、随机森林算法	基因表达数据	GSE232404数据集中的SA-AKI样本（具体数量未明确说明）
16	2025-06-13	Comprehensive analysis of SELPLG as a potential immunotherapy target and prognostic biomarker in oncology 2025-Jun-12, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02934-0 PMID:40504320	研究论文	本文通过生物信息学分析，全面评估了SELPLG作为潜在免疫治疗靶点和预后生物标志物在肿瘤学中的作用	首次全面分析SELPLG在多种癌症类型和阶段的表达模式，揭示其预后、治疗和免疫学作用	研究主要基于生物信息学分析，缺乏实验验证	评估SELPLG作为癌症预后生物标志物和免疫治疗靶点的潜力	多种癌症类型中的SELPLG表达模式	生物信息学	多种癌症	生物信息学分析，包括TIMER2、Sangerbox 3.0、单细胞测序、GSEA	Cox比例风险回归模型	mRNA表达数据、单细胞测序数据、突变数据	多种癌症类型的肿瘤和正常组织样本
17	2025-06-13	How single-cell transcriptomics of Hydractinia is informing the evolution of cnidarian sensory systems 2025-Jun-12, Integrative and comparative biology IF:2.2Q1 DOI:10.1093/icb/icaf090 PMID:40504553	研究论文	本文探讨了利用单细胞转录组学技术研究水螅（Hydractinia）感觉系统的进化	更新了水螅成虫的单细胞转录组图谱，探索了细胞生物学和细胞类型表达谱，并验证了细胞类型特异性标记的空间表达模式	NA	深入了解水螅感觉系统的进化及其细胞生物学	水螅（Hydractinia）的细胞类型和感觉系统	生物信息学	NA	单细胞转录组学、CRISPR/Cas9基因敲除、shRNA敲低、合成RNA过表达	NA	转录组数据	两种水螅物种（H. symbiolongicarpus和H. echinata）的实验室克隆系
18	2025-06-13	Machine learning-driven construction and validation of an intra-tumoral heterogeneity-associated prognostic model for bladder urothelial carcinoma 2025-Jun-11, Computer methods in biomechanics and biomedical engineering IF:1.7Q3 DOI:10.1080/10255842.2025.2516767 PMID:40500142	研究论文	本研究基于肿瘤内异质性相关基因构建了膀胱尿路上皮癌的预后模型	结合LASSO和随机生存森林算法开发了14基因预后特征，并在多个独立验证队列中表现出强预测性能	研究主要依赖公共队列数据，缺乏前瞻性临床验证	构建膀胱尿路上皮癌的预后预测模型	膀胱尿路上皮癌患者	机器学习	膀胱癌	转录组测序、单细胞RNA测序	LASSO、随机生存森林	转录组数据、临床数据	多个公共队列数据集
19	2025-06-13	Spatial organization, chromatin accessibility and gene-regulatory programs defining mouse sensory neurons 2025-Jun-11, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08315-1 PMID:40500276	研究论文	该研究通过整合高质量单细胞RNA测序数据集和重新测序背根神经节，构建了一个包含超过44,000个神经元的综合图谱，揭示了感觉神经元异质性的调控机制	使用MERSCOPE空间转录组学确认了原位细胞类型，包括先前未被识别的神经元类型，以及神经元和非神经元细胞的空间分区，并提出了细胞类型特异性开放染色质图谱	研究主要集中在小鼠感觉神经元，可能不完全适用于其他物种或组织	揭示感觉神经元异质性的调控机制和基因调控网络	小鼠背根神经节中的感觉神经元	基因组学	NA	scRNA-seq, MERSCOPE空间转录组学	NA	转录组数据, 空间转录组数据	超过44,000个神经元
20	2025-06-13	Loss of LAPTM4A inhibits M2 polarization of tumor-associated macrophages in glioblastoma, promoting immune activation and enhancing anti-PD1 therapy 2025-Jun-11, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08147-z PMID:40500284	research paper	本研究探讨了LAPTM4A缺失对肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）极化的影响及其在调节抗肿瘤免疫中的作用	发现LAPTM4A促进TAMs的M2极化，而LAPTM4A缺失则导致M1巨噬细胞表型，增强免疫激活和对PD-1治疗的敏感性	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	探索LAPTM4A在调节TAM极化和抗肿瘤免疫中的作用，以改善胶质母细胞瘤的治疗	C57BL/6雄性小鼠的胶质瘤模型	肿瘤免疫学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、流式细胞术、体外共培养系统、体内抗PD-1治疗实验	NA	RNA测序数据、流式细胞数据	C57BL/6雄性小鼠的胶质瘤模型