单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-09-11	Construction of a gene-metabolite-microbiome regulatory network reveals novel therapeutic targets in bladder cancer through multi-omics analysis 2025-Dec, Annals of medicine IF:4.9Q1 DOI:10.1080/07853890.2025.2553220 PMID:40908816	研究论文	通过多组学分析构建膀胱癌中基因-代谢物-微生物调控网络，揭示新的治疗靶点	整合转录组、外显子组、代谢组和微生物组数据，首次构建基因-代谢物-微生物调控网络并鉴定关键分子	NA	阐明膀胱癌的潜在机制并识别治疗靶点	膀胱癌患者的肿瘤及癌旁组织	多组学分析	膀胱癌	转录组测序、全外显子组测序、代谢组分析、微生物组分析、单细胞测序	NA	基因组、转录组、代谢组、微生物组数据	膀胱癌患者组织样本（未明确数量）及公共数据集
2	2025-09-11	Early-life gut microbiome maturity regulates blood-brain barrier and cognitive development 2025-Dec, Gut microbes IF:12.2Q1 DOI:10.1080/19490976.2025.2551879 PMID:40886152	研究论文	本研究通过将人类足月或早产婴儿肠道菌群定植于无菌孕鼠，探究早期肠道菌群成熟度对血脑屏障完整性及认知发育的影响	首次揭示肠道菌群成熟度通过调节血脑屏障转录程序影响认知发育，并鉴定出相关代谢物变化	研究基于小鼠模型，人类适用性需进一步验证	探究早期肠道菌群对血脑屏障和大脑发育的调控机制	无菌孕鼠及其后代幼鼠	微生物组学与神经发育	神经发育障碍	宏基因组学、代谢组学、单细胞RNA测序	动物模型（小鼠）	基因组数据、代谢组数据、转录组数据	使用人类足月及早产婴儿肠道菌群定植的多组无菌孕鼠后代
3	2025-09-11	KAT6A Promotes Macrophage Inflammation and Periodontitis 2025-Oct, Journal of clinical periodontology IF:5.8Q1 DOI:10.1111/jcpe.14203 PMID:40635126	研究论文	本研究揭示了KAT6A在巨噬细胞炎症和牙周炎进展中的关键作用	首次发现KAT6A在牙周炎患者巨噬细胞中上调表达，并通过基因敲除小鼠模型证实其调控炎症反应的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需要进一步验证	探究KAT6A在牙周炎发病机制中的作用	巨噬细胞、牙周炎小鼠模型、人类牙周组织样本	表观遗传学	牙周炎	单细胞RNA测序、qRT-PCR、RNA-seq、流式细胞术、Cut&tag技术	基因敲除小鼠模型	基因表达数据、表观遗传数据	牙周炎患者组织样本和基因敲除小鼠模型
4	2025-09-11	Complete Response to BET Inhibitor in Primary Pulmonary NUT Carcinoma With Single-Cell Sequencing-Based Analysis: A Case Report 2025-Oct, JTO clinical and research reports IF:3.0Q2 DOI:10.1016/j.jtocrr.2025.100885 PMID:40926997	病例报告	一例原发性肺NUT癌患者通过BET抑制剂NHWD-870单药治疗实现完全缓解，并利用单细胞测序揭示其免疫微环境机制	首次报道BET抑制剂单药治疗实现NUT癌完全缓解，并通过单细胞RNA测序发现该药物可激活肿瘤微环境中CD8+ T细胞等免疫细胞	NA	探讨BET抑制剂在NUT癌治疗中的疗效及作用机制	36岁IIIB期原发性肺NUT癌患者	肿瘤学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	测序数据	1例患者肿瘤组织
5	2025-09-11	Integrated 'omics analysis reveals human milk oligosaccharide biosynthesis programs in human lactocytes 2025-Sep-19, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.113269 PMID:40894860	研究论文	通过整合单细胞RNA测序数据和HMO浓度测量，揭示人类乳腺上皮细胞中母乳低聚糖生物合成的基因调控程序	首次在单细胞水平鉴定HMO合成基因的表达模式，发现新的候选基因和转录因子，并提出HMO合成可能通过细胞亚型特化实现	研究基于相关性分析，需要进一步功能实验验证候选基因的具体作用	解析人类母乳低聚糖在乳腺中的生物合成途径和调控机制	人类乳腺上皮细胞（泌乳细胞）	单细胞组学	NA	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	基因表达数据、浓度测量数据	未明确样本数量（基于单细胞测序数据集）
6	2025-09-11	Adaptive individualized gene pair signatures distinguishing melanoma and predicting response to immune checkpoint blockade 2025-Sep-19, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.113329 PMID:40917881	研究论文	提出一种自适应个体化基因对特征方法（AIGPS），用于区分黑色素瘤亚型并预测免疫检查点阻断治疗反应	采用自适应量化基因对逆转模式，基于相对表达水平而非绝对水平，提升跨数据集的鲁棒性和可迁移性	NA	改进癌症亚型区分和免疫治疗反应预测的精准性	黑色素瘤患者样本	生物信息学	黑色素瘤	RNA-seq（包括bulk和单细胞）	机器学习	基因表达数据	850个样本（24个队列）用于分类，252个样本（7个队列）用于预测
7	2025-09-11	TREM-1 as a novel immunotherapeutic target to treat pancreatic ductal adenocarcinoma 2025-Sep-18, Molecular therapy. Oncology DOI:10.1016/j.omton.2025.201034 PMID:40917508	研究论文	本研究探讨TREM-1激活作为免疫治疗新靶点在胰腺导管腺癌治疗中的潜力	首次揭示TREM-1激活可重编程免疫抑制性肿瘤微环境，将TAMs和TANs转向促炎状态	研究主要基于小鼠模型（Pan02），人类组织数据仅为初步发现	探索TREM-1激活对胰腺导管腺癌肿瘤微环境的调控作用及治疗潜力	胰腺导管腺癌（PDAC）的肿瘤微环境和免疫细胞	肿瘤免疫学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	Pan02小鼠模型及人类PDAC组织样本
8	2025-09-11	Sorting nexin 3 promotes ischemic retinopathy through RIP1- and RIP3-mediated myeloid cell necroptosis and mitochondrial fission 2025-Sep-16, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2426578122 PMID:40924459	研究论文	本研究揭示了分选连接蛋白3（SNX3）通过RIP1和RIP3介导的髓系细胞坏死性凋亡和线粒体分裂促进缺血性视网膜病变的分子机制	首次发现SNX3在髓系细胞中通过调控RIP1/3信号通路促进坏死性凋亡和线粒体分裂，并鉴定出小分子抑制剂W1122	研究主要基于小鼠氧诱导视网膜病变模型，人类临床相关性需进一步验证	探究免疫细胞介导的视网膜血管生成的分子机制	小鼠视网膜髓系细胞（小胶质细胞/巨噬细胞）	病理学	视网膜病变	单细胞RNA测序，免疫染色，GST pull-down，免疫共沉淀，免疫荧光染色	NA	基因表达数据，蛋白质相互作用数据，影像数据	使用氧诱导视网膜病变（OIR）小鼠模型进行研究
9	2025-09-11	Paired single-cell and spatial transcriptional profiling reveals a central osteopontin macrophage response mediating tuberculous granuloma formation 2025-Sep-10, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mbio.01559-25 PMID:40772762	研究论文	本研究通过配对单细胞和空间转录组分析，揭示了骨桥蛋白巨噬细胞在结核性肉芽肿形成中的核心调控作用	首次结合空间和单细胞RNA测序技术解析人类结核肉芽肿的细胞组成、空间结构及关键调控基因SPP1的功能	研究主要基于人类活检样本和斑马鱼模型，临床样本数量有限且可能存在个体差异	阐明结核性肉芽肿的细胞构成、空间组织及分子调控机制	结核病患者肉芽肿活检样本及斑马鱼感染模型	空间转录组学	结核病	单细胞RNA测序, 空间转录组测序, 轨迹分析, 空间反卷积	NA	RNA测序数据, 空间转录数据	人类结核肉芽肿活检样本（具体数量未明确说明）及斑马鱼模型
10	2025-09-11	Defining the host dependencies and the transcriptional landscape of RSV infection 2025-Sep-10, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mbio.01010-25 PMID:40815167	研究论文	利用全基因组CRISPR敲除筛选和单细胞RNA测序技术研究RSV感染的宿主依赖性和转录组特征	首次结合CRISPR筛选和单细胞测序揭示RSV感染细胞与旁观者细胞的差异转录模式，并系统比较了17种其他病毒的宿主因子需求	研究主要基于体外实验，未涉及动物模型或临床试验验证	阐明RSV感染的宿主决定因素和宿主应答机制	RSV病毒感染的人类细胞及未感染的旁观者细胞	功能基因组学	呼吸道感染疾病	全基因组CRISPR敲除筛选、单细胞RNA测序	NA	转录组数据	涉及29个已发表筛选数据集和17种其他病毒的对比分析
11	2025-09-11	AP2X-1 is a negative regulator of Toxoplasma gondii sexual commitment 2025-Sep-10, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mbio.00052-25 PMID:40823841	研究论文	本研究鉴定AP2X-1作为弓形虫有性发育的关键负调控因子	首次发现AP2X-1通过调控HDAC3/MORC复合物功能抑制弓形虫有性发育和缓殖子分化	调控机制的具体分子细节仍需进一步验证	探究弓形虫生命周期转换的调控机制	弓形虫(Toxoplasma gondii)及其发育阶段	寄生虫学	寄生虫感染	单细胞测序、CUT&Tag、ATAC-seq	基因敲除模型	基因组学数据	NA
12	2025-09-11	Efficacious suppression of primary and metastasized liver tumors by polyIC-loaded lipid nanoparticles 2025-Sep-10, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001514 PMID:40928035	研究论文	本研究开发了一种负载polyIC的脂质纳米颗粒，用于有效抑制原发性和转移性肝肿瘤	意外发现polyIC-LNPs可作为单药疗法有效治疗肝癌，无需联合免疫检查点抑制剂	目前研究仅限于小鼠模型，尚未进行临床试验	开发肝靶向策略以降低polyIC的系统毒性并增强抗肿瘤效果	小鼠肝肿瘤模型（原发性和转移性）	肿瘤免疫治疗	肝癌	单细胞RNA测序、流式细胞术	NA	基因表达数据、细胞表型数据	多个小鼠肝肿瘤模型
13	2025-09-11	Integrative analysis identifies FERMT3 as a key regulator of metabolic reprogramming in keloid scarring and metabolic syndrome 2025-Sep-10, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-025-01705-y PMID:40928556	研究论文	通过整合分析发现FERMT3是瘢痕疙瘩和代谢综合征中代谢重编程的关键调控因子	首次通过多组学整合分析揭示瘢痕疙瘩与代谢综合征的共同转录组特征，并发现FERMT3在代谢和炎症表型中的核心调控作用	研究主要基于公共数据库和体外实验，需要进一步体内实验验证	识别瘢痕疙瘩和代谢综合征的共同调控基因并探索其治疗靶点潜力	瘢痕疙瘩和代谢综合征患者组织样本及体外培养的巨噬细胞和成纤维细胞	生物信息学	代谢综合征/皮肤疾病	微阵列数据分析、WGCNA、LASSO回归、机器学习、scRNA-seq、体外细胞实验	机器学习诊断模型	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	公共微阵列数据集（具体样本数未明确说明）和独立验证数据集
14	2025-09-11	Restoring mitochondrial quantity and quality to reverse the Warburg effect and drive neuroblastoma differentiation 2025-Sep-09, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2502483122 PMID:40911595	研究论文	本研究通过联合使用视黄酸和线粒体解偶联剂恢复线粒体功能，诱导神经母细胞瘤分化并抑制增殖	首次提出以线粒体为核心的治疗策略，通过协同增强线粒体生物合成和呼吸作用来驱动肿瘤分化	研究主要基于神经母细胞瘤模型，在其他肿瘤类型中的适用性尚需验证	探索恢复肿瘤线粒体数量和质量的方法及其对肿瘤分化的影响	神经母细胞瘤	肿瘤生物学	神经母细胞瘤	U-C-葡萄糖/谷氨酰胺同位素示踪、单细胞RNA测序、正交异种移植模型	NA	基因表达数据、代谢数据	正交异种移植模型（具体样本数量未明确说明）
15	2025-09-11	Bcl6 reactivity is associated with a distinct immune landscape and spatial transcriptome in COVID-19 2025-Sep-09, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.189134 PMID:40924502	研究论文	本研究通过多重成像和空间转录组学分析COVID-19尸检肺引流淋巴结，揭示Bcl6反应性与免疫景观和空间转录组的关联	首次在COVID-19急性病毒感染期人类淋巴结中发现Bcl6表达水平与滤泡免疫反应性的异质性关联，并鉴定出部位特异的分子靶点和通路	研究基于尸检样本，可能无法完全反映活体动态过程；样本来源受限，未涉及长期随访或治疗干预对比	探究人类淋巴结中滤泡和生发中心免疫反应性的调控机制，特别是在COVID-19急性病毒感染期间的免疫动态	COVID-19尸检患者的肺引流淋巴结和膈下淋巴结	免疫学	COVID-19	多重成像，空间转录组学	NA	图像，转录组数据	COVID-19尸检捐赠者的淋巴结样本（具体数量未明确说明）
16	2025-09-11	ZEB1 promotes chemo-immune resistance in pancreatic cancer models by downregulating chromatin acetylation of CXCL16 2025-Sep-09, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI195970 PMID:40924501	研究论文	本研究揭示转录因子ZEB1通过下调CXCL16的染色质乙酰化驱动胰腺癌化疗免疫抵抗	首次发现ZEB1通过表观遗传机制调控CXCL16表达，并揭示其通过招募GZMA+CD8+ T细胞和减少SPP1分泌双重机制影响免疫微环境	研究主要基于临床前模型（类器官、异种移植等），人类临床应用效果仍需验证	探究胰腺癌化疗免疫抵抗的表观遗传调控机制	胰腺癌模型（包括患者来源类器官、异种移植模型和原位模型）	肿瘤免疫学	胰腺癌	单细胞转录组测序、空间转录组学、表观遗传学分析	NA	转录组数据、表观遗传数据	患者来源模型（具体数量未明确说明）
17	2025-09-11	Tumor microenvironment differences between diagnostic and relapsed classic Hodgkin lymphoma revealed by scRNA-seq 2025-Sep-09, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2025017107 PMID:40924921	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示经典霍奇金淋巴瘤诊断与复发阶段肿瘤微环境的差异，特别是早期复发中幼稚B细胞的作用	首次发现早期复发CHL中富含表达免疫抑制基因LGALS9的幼稚B细胞，并揭示其与Tregs的相互作用在免疫抑制微环境形成中的关键作用	样本量有限，需进一步验证功能性机制	探究经典霍奇金淋巴瘤复发过程中肿瘤微环境的变化机制	配对的诊断和复发经典霍奇金淋巴瘤样本	肿瘤免疫学	经典霍奇金淋巴瘤	scRNA-seq, 成像质谱流式技术, 免疫组织化学	NA	单细胞转录组数据, 空间蛋白表达数据	配对诊断与复发样本（具体数量未明确说明），含独立验证队列
18	2025-09-11	Type 1 regulatory cells suppress T-cell cytotoxicity to alleviate liver injury during acute hepatitis B virus infection in mice 2025-Sep-09, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.1093/jimmun/vkaf229 PMID:40925590	研究论文	本研究通过小鼠模型揭示1型调节性细胞（Tr1）在急性HBV感染中通过调节T细胞毒性减轻肝脏免疫病理损伤的作用机制	首次发现Tr1细胞通过IL-10依赖机制抑制T细胞毒性，在清除病毒的同时保护肝脏免受免疫损伤	研究基于小鼠模型，人体适用性需进一步验证	阐明急性HBV感染期间调节T细胞反应以避免免疫病理损伤的机制	HBV感染小鼠模型的肝脏免疫细胞	免疫学	病毒性肝炎	单细胞RNA测序、流式细胞术、细胞因子中和实验	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据	HBV感染小鼠模型（具体数量未明确说明）
19	2025-09-11	Computational pathology annotation enhances the resolution and interpretation of breast cancer spatial transcriptomics data 2025-Sep-09, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-01104-3 PMID:40925915	研究论文	提出一种计算病理学图像分析流程，通过机器学习算法提升乳腺癌空间转录组数据的注释分辨率和解释能力	开发计算组织注释（CTA）流程，首次将机器学习应用于Visium平台数据，实现单细胞分辨率水平的肿瘤微环境空间解析	研究样本量较小（仅4名患者的23个肿瘤切片），需更大队列验证普适性	提升空间转录组数据的分辨率和可解释性，以更好地解析乳腺癌肿瘤内异质性	乳腺癌肿瘤组织切片	数字病理学	乳腺癌	空间转录组学（Visium平台），H&E染色成像，RNA测序	机器学习算法	图像，转录组数据	4名患者的23个乳腺癌肿瘤切片
20	2025-09-11	Cancer-associated fibroblast marker signatures and stromal composition in usual interstitial pneumonia-associated lung adenocarcinoma: an analysis using a proteomic-immunohistochemical approach 2025-Sep-09, Virchows Archiv : an international journal of pathology IF:3.4Q1 DOI:10.1007/s00428-025-04254-8 PMID:40926109	研究论文	本研究通过蛋白质组学和免疫组化方法分析UIP相关肺腺癌的癌症相关成纤维细胞标志物和基质组成	首次在UIP相关肺腺癌中发现ACAN和HAPLN1等新型基质蛋白的表达特征，并结合单细胞RNA测序数据进行验证	样本量较小（仅32例），且为回顾性研究	表征UIP相关肺腺癌的肿瘤微环境特征，重点关注癌症相关成纤维细胞和基质组成	肺腺癌患者组织样本（16例伴UIP，16例不伴UIP）	数字病理学	肺癌	免疫组化、蛋白质组学分析、激光显微切割、单细胞RNA测序	NA	组织图像、蛋白质组数据、RNA测序数据	32例肺腺癌样本（16例伴UIP，16例不伴UIP）