单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-05-09	The pancreatic tumor microenvironment of treatment-naïve patients causes a functional shift in γδ T cells, impairing their anti-tumoral defense 2025-Dec, Oncoimmunology IF:6.5Q1 DOI:10.1080/2162402X.2025.2466301 PMID:39945298	研究论文	本研究探讨了胰腺导管腺癌（PDAC）微环境如何通过阻断细胞毒性功能阻碍γδ T细胞的抗肿瘤能力	揭示了PDAC微环境对γδ T细胞功能的抑制作用，并利用患者来源的类器官条件培养基验证了这一现象	研究仅针对未接受治疗的PDAC患者，可能无法反映治疗后的微环境变化	探索PDAC微环境对γδ T细胞抗肿瘤功能的影响	胰腺导管腺癌（PDAC）患者和健康个体的γδ T细胞	肿瘤免疫学	胰腺癌	流式细胞术、scRNA-seq分析	NA	流式细胞数据、scRNA-seq数据	未接受治疗的PDAC患者和健康个体的γδ T细胞
2	2025-05-09	Key RNA-binding proteins in renal fibrosis: a comprehensive bioinformatics and machine learning framework for diagnostic and therapeutic insights 2025-Dec, Renal failure IF:3.0Q1 DOI:10.1080/0886022X.2025.2463560 PMID:39957043	研究论文	本研究通过生物信息学和机器学习方法识别并验证了与肾纤维化相关的关键RNA结合蛋白，为诊断和治疗提供了新的生物标志物和治疗靶点	首次整合生物信息学和机器学习方法识别肾纤维化中的关键RNA结合蛋白，并通过单细胞RNA测序和动物模型验证其功能	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分仅限于小鼠模型，需要进一步临床验证	探索肾纤维化的诊断和治疗新靶点	肾纤维化患者和小鼠模型	生物信息学	慢性肾病	RNA测序、单细胞RNA测序	lasso回归、logistic回归	基因表达数据	175例肾纤维化样本和99例正常肾脏样本
3	2025-05-09	Identification of KANK1 as a tumor suppressor gene in pancreatic ductal adenocarcinoma 2025-Jun-20, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2025.151885 PMID:40288262	研究论文	通过整合mRNA-蛋白质丰度相关性分析，识别KANK1作为胰腺导管腺癌（PDAC）中的新型肿瘤抑制基因	首次将KANK1鉴定为PDAC中的肿瘤抑制基因，并揭示了其通过拷贝数缺失和肿瘤缺氧下调的机制	未涉及KANK1在PDAC中的具体作用机制及其作为治疗靶点的临床前研究	识别胰腺导管腺癌中的关键肿瘤抑制基因，为开发有效治疗策略提供依据	胰腺导管腺癌（PDAC）	肿瘤学	胰腺癌	mRNA-蛋白质丰度相关性分析、单细胞RNA测序、免疫印迹分析	NA	mRNA和蛋白质表达数据、单细胞RNA测序数据	多个数据集（包括TCGA和CCLE数据库）中的胰腺肿瘤和正常组织样本
4	2025-05-09	The integration of scRNA-seq with microarray and in-vivo experiments facilitates a comprehensive elucidation of the molecular mechanisms underlying endothelial cell involvement in myocardial infarction 2025-Jun-20, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2025.151820 PMID:40288264	研究论文	该研究通过整合scRNA-seq、微阵列数据和体内实验，揭示了内皮细胞在心肌梗死中的分子机制	首次结合scRNA-seq、微阵列数据和体内实验，鉴定出内皮细胞中与心肌梗死进展相关的关键基因DBP、NR1D1和TEF	研究结果主要基于生物信息学分析，体内实验验证的样本量可能有限	阐明内皮细胞在心肌梗死进展中的分子机制	内皮细胞及其与成纤维细胞的相互作用	生物信息学	心血管疾病	scRNA-seq, 微阵列, WB, qPCR, 免疫荧光	hdWGCNA, scCODE, FindMarkers, PPI分析	基因表达数据	16个不同的细胞簇（包含7种独特细胞类型），内皮细胞分为8个亚群
5	2025-05-09	A Case-Driven Multi-Omics Analysis for Longitudinal Ibrutinib Response Evaluation of Patients With Chronic Lymphocytic Leukemia 2025-Jun, European journal of haematology IF:2.3Q2 DOI:10.1111/ejh.14397 PMID:39988467	研究论文	通过多组学方法评估慢性淋巴细胞白血病患者对伊布替尼治疗的纵向反应	利用单细胞转录组学等多组学方法，首次建立了评估伊布替尼治疗反应的全面框架	研究样本量较小，仅包含两名患者	探索慢性淋巴细胞白血病患者在伊布替尼治疗期间的分子和临床动态变化	两名接受伊布替尼单药治疗的慢性淋巴细胞白血病患者	数字病理学	慢性淋巴细胞白血病	单细胞转录组学	NA	DNA和RNA数据	两名患者的血液样本
6	2025-05-09	USP7 - A novel target for controlling periodontal inflammation through modulation of macrophage polarization 2025-Jun, Immunology letters IF:3.3Q3 DOI:10.1016/j.imlet.2025.106981 PMID:39946796	研究论文	研究USP7及其抑制剂P5091在牙周炎中调控巨噬细胞极化的作用	首次揭示USP7在牙周炎巨噬细胞极化中的调控作用，并发现其抑制剂P5091可能有助于预防牙周炎	研究主要基于小鼠模型和细胞实验，尚未进行人体临床试验	探究USP7在牙周炎中调控巨噬细胞极化的机制及其治疗潜力	牙周炎组织、RAW264.7细胞和小鼠模型	免疫学	牙周炎	单细胞RNA测序、qRT-PCR、Western blot	小鼠实验性牙周炎模型	基因表达数据、蛋白质数据	未明确说明样本数量
7	2025-05-09	Knockdown TNF family prognosis index crucial gene PDE4B promoted PANoptosis of ovarian carcinoma cell:Based in vitro and in vivo experiments 2025-Jun, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102333 PMID:40245751	研究论文	通过体外和体内实验，研究PDE4B基因在卵巢癌细胞PANoptosis中的作用及其预后意义	首次构建了一个包含14个基因的预后模型，并验证了其在卵巢癌诊断和预后中的有效性	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制	阐明卵巢癌的发病机制并开发新的预后和治疗策略	卵巢癌组织和正常卵巢组织	生物信息学	卵巢癌	转录组数据分析、单细胞测序、GSVA、WGCNA、GO富集分析、多变量Cox回归、LASSO分析	预后模型	转录组数据、单细胞测序数据	未明确说明具体样本数量，但使用了公开数据库中的大量数据
8	2025-05-09	PINK1 link mitochondria-ER contacts controls deposition of intramuscular fat in pigs 2025-05-20, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2025.151672 PMID:40138759	研究论文	本研究探讨了PINK1如何通过调节线粒体-内质网相互作用来调控猪肌肉内脂肪（IMF）沉积	首次揭示了PINK1通过调控线粒体-内质网接触点来控制猪肌肉内脂肪沉积的分子机制	研究主要基于猪模型，结果在人类或其他物种中的适用性尚需验证	探究PINK1在调控猪肌肉内脂肪沉积中的作用机制	猪的肌肉内脂肪沉积过程	分子生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多个猪品种的肌肉组织样本
9	2025-05-09	Loss of ADAP1/CentA1 Protects Against Autoimmune Demyelination 2025-May-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202403078R PMID:40326762	research paper	该研究揭示了ADAP1/CentA1在中枢神经系统自身免疫中的新功能，并发现其缺失可部分抵抗实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）的发展	首次发现ADAP1/CentA1在中枢神经系统自身免疫中的机制作用，并阐明其在调节性T细胞、单核细胞和自然杀伤细胞功能中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类多发性硬化症（MS）中的具体机制仍需进一步验证	探究ADAP1/CentA1在中枢神经系统自身免疫疾病中的作用机制	ADAP1/CentA1缺陷小鼠及其实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）模型	神经免疫学	多发性硬化症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠EAE模型	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，使用ADAP1/CentA1缺陷小鼠进行研究
10	2025-05-09	Hdac1 as an early determinant of intermediate-exhausted CD8+ T cell fate in chronic viral infection 2025-May-13, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2502256122 PMID:40333757	research paper	该研究探讨了组蛋白去乙酰化酶1（Hdac1）在慢性病毒感染中作为中间耗竭CD8+ T细胞命运早期决定因素的作用	揭示了Hdac1在抗原特异性T-int细胞形成中的特异性需求，以及其在调节T-int特征基因和防止过度激活耗竭程序中的双重功能	研究仅关注了Hdac1在慢性病毒感染中的作用，未涉及其他可能的疾病模型或条件	理解慢性病毒感染中CD8+ T细胞耗竭的分子机制	CD8+ T细胞在慢性病毒感染中的不同亚群	免疫学	慢性病毒感染	单细胞转录组学、染色质可及性分析	NA	转录组数据、染色质可及性数据	NA
11	2025-05-09	Interferon-induced activation of dendritic cells and monocytes by yellow fever vaccination correlates with early antibody responses 2025-May-13, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2422236122 PMID:40333758	研究论文	研究黄热病疫苗接种后树突状细胞和单核细胞的干扰素诱导激活与早期抗体反应的关系	首次通过单细胞RNA测序揭示了黄热病疫苗接种后树突状细胞和单核细胞的激活状态及其与早期抗体反应的关联	研究仅关注了疫苗接种后的早期免疫反应，未涉及长期免疫保护机制	阐明黄热病疫苗接种后早期先天免疫事件与快速产生保护性免疫的关系	人类血液中的树突状细胞和单核细胞亚群	免疫学	黄热病	转录组分析、单细胞RNA测序、流式细胞术	NA	RNA测序数据、流式细胞数据	大量疫苗接种者的血液样本
12	2025-05-09	Allometry of cell types in planarians by single-cell transcriptomics 2025-May-09, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adm7042 PMID:40333969	研究论文	通过单细胞转录组学研究了涡虫细胞类型的异速生长关系	首次利用单细胞RNA测序技术研究细胞类型的异速生长关系，揭示了涡虫中不同大小个体细胞类型比例的变化及其分子机制	研究仅针对无性生殖的涡虫，结果可能不适用于其他生物	探索细胞类型异速生长的分子和细胞机制	不同大小的无性生殖涡虫	单细胞生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	不同大小的无性生殖涡虫样本
13	2025-05-09	A single cell atlas of the mouse seminal vesicle 2025-May-08, G3 (Bethesda, Md.) DOI:10.1093/g3journal/jkaf045 PMID:40036847	研究论文	本文报道了首个小鼠精囊的单细胞RNA-seq图谱，揭示了精囊中分泌细胞和免疫细胞的转录组特征	首次构建小鼠精囊的单细胞转录组图谱，明确了负责产生精液的上皮细胞群体和免疫细胞组成	研究仅基于小鼠模型，结果向人类延伸需要进一步验证	解析精囊这一研究不足的生殖器官的细胞组成和功能	小鼠精囊组织	单细胞组学	NA	单细胞RNA-seq	NA	单细胞转录组数据	23只不同年龄和饮食条件的小鼠
14	2025-05-09	IFN-γ and donor leukocyte infusions for relapsed myeloblastic malignancies after allogeneic hematopoietic stem cell transplantation 2025-May-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.190655 PMID:40131369	research paper	该研究探讨了IFN-γ联合供体白细胞输注(DLI)在异基因造血干细胞移植后复发的髓系恶性肿瘤中的安全性和初步疗效	首次在临床试验中评估IFN-γ联合DLI治疗异基因造血干细胞移植后复发的髓系恶性肿瘤，并采用单细胞RNA测序技术分析IFN-γ对恶性髓系细胞的体内作用	样本量较小(n=7)，需要更大规模的研究来验证疗效	评估IFN-γ联合DLI治疗异基因造血干细胞移植后复发的髓系恶性肿瘤的安全性和初步疗效	异基因造血干细胞移植后复发的急性髓系白血病或骨髓增生异常综合征患者	血液肿瘤学	急性髓系白血病, 骨髓增生异常综合征	单细胞RNA测序(scRNA-Seq)	NA	临床数据, 单细胞转录组数据	7名患者
15	2025-05-09	Klf9 promotes the repair of myocardial infarction by regulating macrophage recruitment and polarization 2025-May-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.187072 PMID:40198141	研究论文	该研究揭示了Klf9通过调节巨噬细胞的招募和极化，促进心肌梗死后修复的机制	首次发现Klf9通过调控IFN-γ/STAT1信号通路影响巨噬细胞表型和功能，从而影响心肌梗死后修复	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探究Klf9在心肌梗死后巨噬细胞表型和功能调控中的作用	心肌梗死小鼠模型中的巨噬细胞	心血管疾病	心肌梗死	单细胞RNA测序、流式细胞术	Klf9基因敲除小鼠模型	基因表达数据、细胞表型数据	野生型和Klf9敲除小鼠的心肌组织样本
16	2025-05-09	Defining pathogenic IL-17 and CSF-1 gene expression signatures in chronic graft-versus-host disease 2025-May-08, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024025337 PMID:39977705	研究论文	该研究通过单细胞测序技术在小鼠血液中定义了与慢性移植物抗宿主病（cGVHD）相关的IL-17和CSF-1基因表达特征，并验证了这些特征在患者中的适用性	首次在小鼠血液单核细胞中定义了非直观的IL-17和CSF-1特征，并验证了这些特征在cGVHD患者中的存在	研究结果需要在临床研究中进一步前瞻性验证，且样本量有限（70%的诊断患者和50%的后续发展患者）	开发能够识别cGVHD患者中可药物干预的免疫失调的生物标志物	慢性移植物抗宿主病（cGVHD）患者和小鼠模型	免疫学	慢性移植物抗宿主病	单细胞测序	NA	基因表达数据	70%的cGVHD诊断患者和50%的后续发展患者
17	2025-05-09	The brain-body circuit mediates acute stress-induced antiinflammatory reflex in bacterial cystitis by suppressing ILC2 activation 2025-May-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.189362 PMID:40100274	research paper	该研究揭示了急性应激通过脑-体回路抑制ILC2细胞激活，从而在细菌性膀胱炎中产生抗炎反射的机制	首次发现急性应激通过PVN脑区神经元激活抑制ILC2细胞的促炎因子表达，阐明了脑-体回路在UTI治疗中的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类临床验证	探索心理应激与膀胱感染免疫调节的神经机制	小鼠UTI模型中的PVN脑区神经元和ILC2免疫细胞	神经免疫学	尿路感染	单细胞RNA测序	动物模型	基因表达数据	未明确说明小鼠数量
18	2025-05-09	Cerulenin Partially Corrects the Disrupted Developmental Transcriptomic Signature in Huntington's Disease Striatal Medium Spiny Neurons 2025-May-08, Stem cells (Dayton, Ohio) DOI:10.1093/stmcls/sxaf029 PMID:40336225	研究论文	本研究探讨了亨廷顿病(HD)中突变HTT蛋白对纹状体中型多棘神经元(MSNs)发育的影响，并发现Cerulenin部分恢复了HD MSNs的DARPP-32水平和电活动	首次使用HD诱导多能干细胞(iPSC)模型模拟人类胎儿纹状体神经元发育轨迹，并发现Cerulenin对HD MSNs的潜在治疗作用	研究仅使用体外细胞模型，未进行动物或临床试验验证	探究突变HTT蛋白对MSN发育的影响并寻找潜在治疗分子	亨廷顿病(HD)患者的诱导多能干细胞(iPSC)分化的MSNs	神经退行性疾病研究	亨廷顿病	单细胞RNA测序	iPSC分化模型	基因表达数据	未明确说明样本数量，使用HD iPSC和同基因对照
19	2025-05-09	Hepatic stellate cell heterogeneity: Functional aspects and therapeutic implications 2025-May-08, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001386 PMID:40338161	review	本文综述了肝星状细胞（HSCs）在健康和疾病肝脏中的异质性及其在纤维化、肝分区、功能、再生和癌症中的作用	整合单细胞测序、空间转录组学、临床前和临床数据，更新了对HSC异质性在肝脏稳态和疾病中作用的理解	NA	探讨HSC异质性在肝脏稳态和疾病中的作用及其治疗潜力	肝星状细胞（HSCs）及其与肝细胞、内皮细胞、巨噬细胞/单核细胞、T细胞和肿瘤细胞的相互作用	NA	肝病	单细胞测序、空间转录组学	NA	临床前数据、临床数据	NA
20	2025-05-09	Single-cell and bulk transcriptome sequencing identifies circadian rhythm disruption and cluster-specific clinical insights in colorectal tumorigenesis 2025-May-08, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02521-3 PMID:40338428	research paper	通过单细胞和批量转录组测序研究结直肠癌中昼夜节律紊乱及其与临床特征的关系	构建了昼夜节律亚型分类器，开发了昼夜节律评分系统（CRS）用于预测患者生存期，并识别了影响预后的潜在基因靶点	研究样本量未明确说明，且需要进一步实验验证基因靶点的功能	探索昼夜节律紊乱与结直肠癌发生发展的关系及其临床应用价值	结直肠癌患者及其肿瘤组织	digital pathology	colorectal cancer	bulk and single-cell RNA sequencing	machine learning-based CRS model	transcriptome data	NA