单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-09-02	Spatiotemporal R-loop accumulation orchestrates microenvironmental remodeling after spinal cord injury 2025-Oct-01, Neurobiology of disease IF:5.1Q1 DOI:10.1016/j.nbd.2025.107055 PMID:40789519	研究论文	本研究首次报道脊髓损伤后R-loop积累通过神经炎症驱动神经退行性变，并揭示其与微环境重塑的关联	首次发现R-loop在神经损伤背景下的积累现象及其通过神经炎症介导神经退行性变的机制	研究基于动物模型（夹挫伤模型），结果向人类临床应用的转化需进一步验证	探究脊髓损伤后R-loop积累的时空动态及其对微环境重塑的影响	脊髓损伤模型中的新鲜脊髓组织（包括灰质和白质）	神经科学	脊髓损伤	空间转录组学、免疫荧光染色、单细胞分析、HE/LFB染色、细胞反卷积计算	NA	基因表达数据、空间转录组数据、单细胞数据、组织图像数据	损伤腔组织（50-100mg），在损伤后0、1、3、7、14天多个时间点采集
2	2025-09-02	Heterogeneity in Osteosarcoma Revealed by scRNA Sequencing: CLU+ Endothelial Cells as Key Players in Tumor Progression 2025-Sep, Cancer science IF:4.5Q1 DOI:10.1111/cas.70138 PMID:40623412	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示骨肉瘤的空间异质性，发现CLU+内皮细胞在肿瘤进展中的关键作用	首次在骨肉瘤中鉴定出CLU+内皮细胞亚群，并阐明其通过ITGB1介导的肿瘤细胞互作和Nectin2-TIGIT通路诱导T细胞耗竭的双重促癌机制	样本量较小（仅6例患者），未进行功能验证实验	探究骨肉瘤瘤内异质性及其在肿瘤进展中的作用机制	骨肉瘤患者的肿瘤组织（中心区与周边区配对样本）	单细胞组学	骨肉瘤	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	单细胞转录组数据	6例骨肉瘤患者的配对肿瘤样本
3	2025-09-02	Unveiling the role of TAM-derived extracellular vesicles in glioma progression through Treg polarization and immune suppression 2025-Sep, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-025-03497-8 PMID:40681801	研究论文	本研究揭示了肿瘤相关巨噬细胞（TAM）来源的细胞外囊泡（EVs）通过诱导调节性T细胞（Treg）分化和免疫抑制促进胶质瘤进展的机制	首次发现TAM EVs通过下调BPI蛋白诱导Treg分化，并证实其在体内促进胶质瘤生长和免疫抑制	NA	阐明TAM来源EVs在胶质瘤进展中的作用机制	胶质瘤肿瘤微环境中的TAMs和Tregs	肿瘤免疫学	胶质瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	小鼠胶质瘤模型
4	2025-09-02	Natural small molecule bergapten ameliorates rheumatoid arthritis by targeting STAT3 2025-Sep, Pharmacological research IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.phrs.2025.107878 PMID:40714303	研究论文	研究发现天然小分子佛手柑素通过靶向STAT3改善类风湿性关节炎	首次报道佛手柑素作为STAT3抑制剂治疗RA，并利用scRNA-seq揭示其调控炎症细胞互作的机制	机制研究部分依赖动物模型，尚未进行临床验证	探索天然小分子治疗类风湿性关节炎的疗效与机制	胶原诱导关节炎大鼠模型及滑膜组织细胞	生物医学	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	动物疾病模型	基因表达数据	胶原诱导关节炎大鼠
5	2025-09-02	From molecular chaos to precision medicine in the treatment of cardiac hypertrophy: A rational use of natural products by integrating artificial intelligence and multi-omics data 2025-Sep, Pharmacological research IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.phrs.2025.107898 PMID:40754044	综述	本文综述了结合天然产物、人工智能和多组学技术治疗心脏肥大的创新策略	整合AI与多组学数据，提出天然产物在精准医疗中的理性应用新范式	NA	探索心脏肥大的精准药物治疗策略，实现从症状管理向疾病逆转的转变	心脏肥大（CH）的分子机制与治疗靶点	精准医疗	心血管疾病	多组学技术、单细胞空间转录组学、AI驱动方法	机器学习算法	多组学数据	NA
6	2025-09-02	Global Pangenome Analysis Highlights the Critical Role of Structural Variants in Cattle Improvement and Identifies a Unique Event as a Novel Enhancer in IGFBP7+ Cells 2025-Sep-01, Molecular biology and evolution IF:11.0Q1 DOI:10.1093/molbev/msaf205 PMID:40828965	研究论文	基于泛基因组图谱平台分析全球牛群中结构变异（SVs）和单核苷酸多态性（SNPs）对种群结构和表型形成的影响	揭示了约40.14%的SVs未被附近SNPs标记，这些“孤儿”SVs可能代表新的遗传信号，并发现一个特定的SV作为IGFBP7基因增强子调控脂肪沉积	NA	探究结构变异在牛遗传多样性和经济性状形成中的作用	全球82个品种的2,409头牛	基因组学	NA	泛基因组图谱分析、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、RNA测序数据	2,409头个体来自82个品种
7	2025-09-02	Immunoregulatory Endothelial Cells Interact With T Cells After Myocardial Infarction 2025-Aug-29, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.125.326145 PMID:40735785	研究论文	本研究揭示了心肌梗死后心脏内皮细胞的一种新型免疫调节功能，通过单细胞RNA测序和空间转录组学鉴定出一种免疫调节内皮细胞表型	首次发现并表征了心肌梗死后出现的CD45+CD11b+Cdh5+免疫调节内皮细胞表型(IMEC)，并阐明其通过IFN-γ信号通路诱导T细胞活化的机制	研究主要基于小鼠模型，人类中的相关性和临床转化价值需要进一步验证	探究心肌梗死后内皮细胞的免疫调节功能及其分子机制	小鼠心肌梗死模型中的内皮细胞和T细胞	免疫学	心血管疾病	单细胞RNA测序, 空间转录组学, 骨髓移植, 谱系追踪实验	NA	基因表达数据, 空间定位数据	小鼠模型（具体数量未明确说明）
8	2025-09-02	Bacterial Infections Shape Cardiac Macrophages' Response to Ischemia 2025-Aug-29, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.325147 PMID:40735767	研究论文	研究细菌感染如何通过改变心脏巨噬细胞特性加剧后续心肌缺血损伤	首次发现细菌感染后心脏巨噬细胞形成两个新亚群，并揭示其通过代谢活性和趋化特性放大缺血后炎症的机制	NA	探究细菌感染对心脏髓系细胞的长期影响及其在后续心肌缺血中的作用	心脏免疫细胞、外周白细胞、骨髓和脾脏中的造血干细胞与祖细胞	免疫学	心血管疾病	流式细胞术、单细胞RNA测序、纳米颗粒介导的RNA干扰	NA	单细胞转录组数据、流式细胞数据	NA
9	2025-09-02	Cholinergic neuronal activity promotes diffuse midline glioma growth through muscarinic signaling 2025-Aug-21, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2025.05.031 PMID:40541184	研究论文	本研究揭示了中脑胆碱能神经元通过毒蕈碱信号通路促进弥漫性中线胶质瘤生长的机制	首次发现胆碱能神经元活动通过M1/M3受体依赖方式促进DMG增殖，并证明其与健康OPC增殖存在平行效应	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证	探究胆碱能神经元活动对弥漫性中线胶质瘤生长的调控作用	弥漫性中线胶质瘤（DMG）细胞和少突胶质前体细胞（OPCs）	神经肿瘤学	脑胶质瘤	光遗传学刺激、单细胞RNA测序、药理学阻断	动物模型（小鼠）	基因表达数据、细胞增殖数据	DMG荷瘤小鼠模型及原代DMG样本
10	2025-09-02	CART-GPT: A T Cell-Informed AI Linguistic Framework for Interpreting Neurotoxicity and Therapeutic Outcomes in CAR-T Therapy 2025-Aug-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.08.669387 PMID:40832178	研究论文	开发基于Transformer的AI模型CART-GPT，利用单细胞RNA测序数据预测CAR-T细胞疗法的疗效和神经毒性风险	首个针对CAR-T疗法同时预测治疗反应和ICANS神经毒性风险的AI模型，采用新型细胞聚合策略将单细胞预测与患者层面指标关联	NA	提高CAR-T细胞疗法疗效预测精度并解析神经毒性机制	CAR-T细胞单细胞转录组数据及临床结局	机器学习	血液系统恶性肿瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	Transformer	基因表达数据	112万个注释临床结局的CAR-T单细胞RNA测序样本
11	2025-09-02	Translating the Transcriptome: A Connectomics Approach for Gene-Network Mapping and Clinical Application 2025-Aug-12, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2025.08.08.25333301 PMID:40832435	研究论文	提出一种结合空间转录组学和规范功能连接性的基因网络映射框架，用于识别与基因表达相关的脑网络	开发了基因网络映射方法，能够捕获单个基因的分布式连接模式，并聚合形成疾病网络图谱	NA	研究基因表达如何影响大脑功能连接组，并开发用于精准医学的网络信息诊断和治疗工具	基因表达、大脑功能连接组、脑部疾病相关基因	神经科学	脑部疾病	空间转录组学、规范功能连接性分析、深部脑刺激（DBS）	NA	基因表达数据、功能连接数据、临床结果数据	NA
12	2025-09-02	Regulating the cell differentiation trajectory of progenitor cells in adipose tissue fibrosis 2025-Aug-06, Molecular metabolism IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.molmet.2025.102231 PMID:40780446	研究论文	本研究探讨了基质Gla蛋白（MGP）在白色脂肪组织纤维化中对祖细胞分化轨迹的调控作用	发现MGP缺失导致脂肪祖细胞从成脂分化转向纤维化分化，并鉴定出两个新的脂肪源性干细胞群体ASC1和ASC4	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性尚需进一步验证	阐明MGP在白色脂肪组织纤维化中的作用机制	小鼠脂肪祖细胞（APCs）	细胞生物学	代谢性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），信号通路研究	基因敲除小鼠模型	基因表达数据，表型数据	使用全局和Pdgfra-Cre介导的Mgp缺失小鼠模型
13	2025-09-02	Epithelial cell dynamics: Key drivers of type 2 inflammation in eosinophilic chronic rhinosinusitis 2025-Aug, Auris, nasus, larynx DOI:10.1016/j.anl.2025.05.009 PMID:40424830	综述	本文探讨了鼻窦黏膜上皮细胞作为2型炎症关键驱动因子在嗜酸性慢性鼻窦炎中的作用机制	强调上皮细胞（而非传统认知的免疫细胞）在疾病发病机制中的核心作用，并引入单细胞转录组学等新技术揭示上皮细胞亚群的异质性	指出疾病发病机制存在患者群体异质性，导致通用疗法开发困难	研究上皮细胞在嗜酸性慢性鼻窦炎2型炎症中的驱动机制及靶向治疗策略	鼻窦黏膜上皮细胞（包括基底细胞、簇细胞等亚群）及其与免疫细胞的相互作用	免疫病理学	慢性鼻窦炎	单细胞转录组学、空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
14	2025-09-02	Paracrine Orchestration of Tumor Microenvironment Remodeling Induced by GLO1 Potentiates Lymph Node Metastasis in Breast Cancer 2025-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202500722 PMID:40492378	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析乳腺癌淋巴结转移的肿瘤微环境，揭示GLO1在促进转移和免疫抑制中的作用	首次利用单细胞RNA测序绘制乳腺癌淋巴结转移的生态系统全景，发现GLO1通过调控GSH/ROS平衡和淋巴管生成促进转移的新机制	样本量较小（23名患者的28个淋巴结样本），需进一步扩大验证	探究乳腺癌淋巴结转移中肿瘤微环境重塑的分子机制	乳腺癌患者的淋巴结样本及肿瘤微环境中的细胞亚群	肿瘤微环境研究	乳腺癌	单细胞RNA测序，多组学分析	NA	RNA测序数据	23名患者的28个淋巴结样本
15	2025-09-02	β-Mangostin Attenuates TET2-Mediated DNA Demethylation of Prkcg in the Prevention of Intervertebral Disc Degeneration 2025-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202505077 PMID:40558107	研究论文	本研究探讨β-芒果苷通过调控TET2介导的Prkcg基因DNA去甲基化来延缓椎间盘退变的作用机制	首次揭示β-芒果苷通过TET2-Prkcg轴调控DNA甲基化状态，同时靶向炎症失调和基质稳态的双重治疗策略	NA	开发椎间盘退变的疾病修饰疗法	髓核细胞和巨噬细胞	分子生物学	椎间盘退变	单细胞测序分析	NA	基因组学数据	NA
16	2025-09-02	Advances in Single-Cell Sequencing for Infectious Diseases: Progress and Perspectives 2025-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202415678 PMID:40613694	综述	回顾单细胞测序技术在传染病研究中的进展与应用，旨在推动精准医疗发展	系统总结真核、原核及双单细胞测序技术（如MATQ-seq、BacDrop、PatH-Cap）在解析宿主-病原体互作机制中的创新应用	NA	促进传染病精准诊断和治疗策略的开发	传染病病原体与宿主细胞互作机制	基因组学	传染病	单细胞测序（MATQ-seq, BacDrop, PatH-Cap）	NA	基因组数据	NA
17	2025-09-02	Single-Cell RNA Sequencing Identifies MMP11+ Cancer-Associated Fibroblasts as Drivers of Angiogenesis and Bladder Cancer Progression 2025-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202502774 PMID:40552583	研究论文	通过单细胞RNA测序识别MMP11+癌症相关成纤维细胞作为膀胱癌血管生成和进展的驱动因素	发现了一种新型CAF亚群MMP11 mCAF，揭示了其通过WNT5A-MCAM信号轴调控血管生成的新机制，并证实其跨癌种存在	NA	探究癌症相关成纤维细胞（CAFs）的异质性及其在肿瘤进展中的作用机制	膀胱癌组织中的细胞亚群，特别是MMP11+癌症相关成纤维细胞和内皮细胞	单细胞生物学	膀胱癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	NA
18	2025-09-02	Identification of Schwann Cells in Human Intracranial Arteries: Potential Regulatory Role in Atherosclerotic Plaque Progression 2025-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202503033 PMID:40574459	研究论文	本研究通过多模态分析揭示了人类颅内动脉中雪旺细胞的存在及其在动脉粥样硬化斑块进展中的潜在调控作用	首次在人类颅内动脉中鉴定雪旺细胞，并发现其与血管平滑肌细胞的增强互作及SPP1-ITGB1信号通路的潜在介导作用	样本量较小（n=16），且依赖尸检样本，可能限制临床直接推广	探究雪旺细胞在颅内动脉粥样硬化病理生物学中的作用及神经血管调控机制	人类颅内动脉样本（含斑块与非斑块区域）及雪旺细胞	神经血管生物学	脑血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、超微结构定量评估、细胞间通信分析	NA	组织样本、基因表达数据、超微结构图像	16例尸检捐赠者的颅内动脉样本
19	2025-09-02	Leveraging RNA-seq deconvolution to improve complex in vitro model characterization 2025-Jul-21, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2025.110510 PMID:40701251	研究论文	本文评估RNA-seq反卷积方法在复杂体外模型细胞组成分析中的应用与优化	利用公开scRNA-seq数据集通过反卷积方法预测复杂体外模型的细胞比例，并评估不同插补方法对反卷积准确性的提升	反卷积方法的准确性存在显著差异，需依赖不断增长的单细胞数据资源	开发复杂体外模型的表征方法以支持毒理学和药物研发	基于干细胞的人肠道类器官模型和新生啮齿动物睾丸模型	计算生物学	NA	RNA-seq, scRNA-seq, 反卷积分析	NA	bulk RNA-seq数据, 单细胞RNA-seq数据	两种复杂体外模型系统
20	2025-09-02	WNT signaling in human pluripotent stem cells promotes HDAC2-dependent epigenetic programs and development of retinoic acid-responsive mesoderm 2025-Jun-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.06.657928 PMID:40661576	研究论文	本研究揭示了WNT信号通过HDAC2依赖的表观遗传程序促进人多能干细胞向视黄酸响应性中胚层分化的机制	发现WNT信号通过HDAC2（而非E-box转录因子）调控视黄酸响应性中胚层发育，并证实组蛋白去乙酰化酶抑制可抑制该过程	E-box因子操作未显示明显效果，其具体作用机制仍需进一步探索	探究WNT信号在人多能干细胞向造血中间体分化过程中的调控机制	人多能干细胞(hPSCs)及其中胚层祖细胞	干细胞生物学	NA	scRNA-seq, ATAC-seq, 基因调控网络建模, 基因敲除/过表达, 化学筛选	NA	单细胞转录组数据, 表观基因组数据	NA