单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-07-29	Exploring the comorbidity mechanisms of ITGB2 in rheumatoid arthritis and membranous nephropathy through integrated bioinformatics analysis 2025-Dec, Renal failure IF:3.0Q1 DOI:10.1080/0886022X.2025.2536730 PMID:40697036	研究论文	通过整合生物信息学分析探索ITGB2在类风湿性关节炎和膜性肾病中的共病机制	首次发现ITGB2是RA和MN的共同致病基因，并揭示了其在M1巨噬细胞极化和B细胞成熟分化中的作用	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	探索类风湿性关节炎和膜性肾病的共同发病机制	类风湿性关节炎和膜性肾病患者	生物信息学	类风湿性关节炎, 膜性肾病	RNA测序, 单细胞RNA测序, 分子对接	随机森林算法, Monocle3, CellChat	基因表达数据	从Gene Expression Omnibus和ImmPort数据库获取的批量及单细胞RNA测序数据集
2	2025-07-29	Potential regulatory mechanism of overexpression of phosphatidylinositol glycan anchor biosynthesis class U on the glycolytic pathway in hepatocellular carcinoma 2025-Sep-05, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2025.149603 PMID:40473062	研究论文	探讨磷脂酰肌醇聚糖锚定生物合成U类（PIGU）在肝细胞癌（HCC）糖酵解中的潜在分子调控机制	首次综合运用多种组学数据（包括RNA测序、蛋白质组学和单细胞RNA测序）结合CRISPR敲除筛选分析，揭示了PIGU在HCC糖酵解途径中的调控作用	研究主要基于体外细胞实验和生物信息学分析，缺乏体内动物模型验证	阐明PIGU在HCC糖酵解途径中的分子调控机制	肝细胞癌细胞系（SMMC-7721和Huh7）及临床样本	癌症生物学	肝细胞癌	RNA测序（bulk RNA-seq和scRNA-seq）、CRISPR敲除筛选、免疫组化（IHC）、蛋白质组学	NA	组学数据（转录组、蛋白质组）、细胞实验数据	3773例HCC样本（RNA数据）、234例HCC样本（IHC和蛋白质组数据）、22861个HCC细胞（单细胞RNA测序）
3	2025-07-29	Single-cell RNA sequencing reveals the role of heat shock protein 90AA1 in Müller cell proliferation via the Necroptosis/MAPK pathway in diabetic retinopathy 2025-Sep, Experimental eye research IF:3.0Q1 DOI:10.1016/j.exer.2025.110508 PMID:40617280	研究论文	本研究探讨了热休克蛋白90AA1（HSP90AA1）在糖尿病视网膜病变（DR）中Müller细胞（MCs）增殖中的作用	通过单细胞RNA测序揭示了HSP90AA1在糖尿病视网膜病变中通过坏死性凋亡/MAPK通路调控Müller细胞增殖的新机制	样本量较小（4名糖尿病患者和2名非糖尿病患者）	研究糖尿病视网膜病变的细胞和分子机制	Müller细胞（MCs）和热休克蛋白90AA1（HSP90AA1）	数字病理学	糖尿病视网膜病变	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列数据	4名糖尿病患者和2名非糖尿病患者的视网膜样本
4	2025-07-29	Identification of inflammation-related biomarkers and therapeutic targets for neurogenic bladder fibrosis via multi-omics analysis 2025-Sep, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110721 PMID:40618693	研究论文	通过多组学分析识别炎症相关生物标志物和治疗靶点，用于神经源性膀胱纤维化的诊断和治疗	首次通过单细胞和批量RNA测序结合机器学习方法，识别出HIF-1α、IL-1β、CD40和IL10RA作为神经源性膀胱纤维化的诊断标志物，并发现MEK抑制剂PD-0325901作为潜在治疗药物	研究主要基于大鼠模型，临床转化需进一步验证	识别神经源性膀胱纤维化的炎症相关生物标志物并探索潜在治疗药物	神经源性膀胱纤维化大鼠模型和患者组织样本	生物医学	神经源性膀胱纤维化	单细胞RNA测序、批量RNA测序、WGCNA、机器学习、分子对接模拟	机器学习	RNA测序数据	大鼠模型和患者组织样本
5	2025-07-29	Leveraging machine learning and single-cell RNA sequencing strategies to develop a risk prognosis scoring based on liquid-liquid phase separation feature genes in pediatric hepatoblastoma 2025-Sep, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110685 PMID:40618698	研究论文	本研究结合机器学习和单细胞RNA测序技术，分析肝母细胞瘤中液-液相分离相关基因的分子特征，并建立首个基于液-液相分离的预后预测模型	首次在肝母细胞瘤中探索液-液相分离的作用，并开发基于机器学习的风险评分模型和可视化诊断工具	研究依赖于公开数据库的RNA-seq数据，未进行实验验证	探索液-液相分离在肝母细胞瘤中的作用并开发预后预测模型	肝母细胞瘤患者	机器学习	肝母细胞瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	Random Forest, SVM-RFE, Lasso回归	RNA-seq数据	多个GEO数据集(GSE133039, GSE75271, GSE81928, GSE132037, GSE186975)
6	2025-07-29	PANoptosis-driven molecular stratification in esophageal squamous cell carcinoma: A multi-omics prognostic model and FGFR-Targeted therapeutic validation 2025-Sep, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110688 PMID:40628169	研究论文	本研究通过多组学分析构建了一个基于PANoptosis的食管鳞状细胞癌预后模型，并验证了FGFR抑制剂AZD4547的治疗潜力	首次基于PANoptosis构建了食管鳞状细胞癌的预后模型，并发现FGFR抑制剂通过抑制EMT和调控MYC/E2F通路具有治疗潜力	研究结果需要在更大规模的临床队列中进一步验证	探索PANoptosis在食管鳞状细胞癌预后和治疗中的作用	食管鳞状细胞癌患者	数字病理	食管癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 基因集富集分析(GSEA)	LASSO Cox回归模型	RNA-seq数据, 微阵列数据	一个外部微阵列队列和一个独立RNA-seq队列
7	2025-07-29	Single-cell transcriptional landscape of peripheral myeloid cells in autoimmune diseases 2025-Aug-15, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.113026 PMID:40703454	研究论文	通过单细胞RNA测序分析自身免疫性疾病中外周髓系细胞的转录组景观	首次在14种自身免疫性疾病中大规模分析髓系细胞的单细胞转录组，并鉴定出13个具有独特免疫学特征的髓系细胞亚群	研究仅关注外周髓系细胞，未涉及其他免疫细胞类型或组织特异性髓系细胞	揭示自身免疫性疾病中髓系细胞的异质性和功能失调	375个单细胞RNA测序样本中的351,905个髓系细胞	单细胞转录组学	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	伪时间分析(pseudotime analysis)	单细胞转录组数据	375个样本(涵盖14种自身免疫性疾病)中的351,905个髓系细胞
8	2025-07-29	Single-cell sequencing and spatial transcriptomics reveal FAS+ T cell and autophagy-related signatures predicting chemoimmunotherapy response in diffuse large B-cell lymphoma patients 2025-Aug, Science China. Life sciences DOI:10.1007/s11427-024-2849-2 PMID:40374987	研究论文	本研究通过单细胞测序和空间转录组学技术，揭示了FAS阳性T细胞和自噬相关特征在预测弥漫大B细胞淋巴瘤患者对化疗免疫治疗反应中的作用	首次构建了基于自噬相关基因的预后模型，并鉴定FAS作为预后生物标志物，揭示了FAS阳性T细胞与良好预后的关联	样本量相对有限，特别是单细胞测序数据仅来自4例患者	探索自噬相关基因在弥漫大B细胞淋巴瘤中的预后价值	弥漫大B细胞淋巴瘤患者和健康对照	数字病理学	弥漫大B细胞淋巴瘤	单细胞测序, 空间转录组学, 抗体阵列	自噬相关预后模型	转录组数据, 蛋白质组数据	1,409例DLBCL患者, 531例健康对照, 4例单细胞测序数据, 10例空间转录组数据, 110例本地队列蛋白质组数据
9	2025-07-29	METAB-HTX: prospective, longitudinal cohort study evaluating cardiac and systemic metabolism after heart transplantation 2025-Aug, ESC heart failure IF:3.2Q2 DOI:10.1002/ehf2.15330 PMID:40375600	研究论文	METAB-HTX是一项前瞻性、纵向队列研究，旨在评估心脏移植后的心脏和全身代谢情况	该研究首次全面评估心脏移植后代谢恶化与心脏功能及生存率的关系，并采用多种先进技术进行深度表型分析	样本量相对有限（400例），且为单中心研究	改善心脏移植患者的长期生存率	心脏移植患者	心血管疾病	心血管疾病	心脏磁共振成像和光谱学(cMRI/MRS)、第三代和第四代测序(短读长和长读长测序)、单细胞测序	NA	临床数据、影像数据、基因组数据	400名心脏移植术后患者
10	2025-07-29	Embryonic mast cells arise from the Cpa3-expressing precursors but not granulocyte-monocyte progenitors 2025-Aug, Science China. Life sciences DOI:10.1007/s11427-024-2891-1 PMID:40419842	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和新的遗传命运图谱模型，揭示了胚胎中皮肤肥大细胞的独特发育路径	识别了Cpa3表达的前体细胞群作为胚胎皮肤肥大细胞的来源，而非粒细胞-单核细胞前体	研究主要关注胚胎期肥大细胞的发育，对成年期肥大细胞的来源和功能未做深入探讨	阐明胚胎肥大细胞的起源和发育过程	胚胎肥大细胞及其前体细胞	免疫学	过敏性疾病	单细胞RNA测序、遗传命运图谱模型	NA	基因表达数据	小鼠胚胎期11.5至14.5天的组织样本
11	2025-07-29	CCR5-mediated dynamic maintenance of resident memory T cells in the respiratory tract 2025-Aug, Science China. Life sciences DOI:10.1007/s11427-024-2920-y PMID:40459692	研究论文	本研究通过条形码谱系追踪和单细胞转录组分析，揭示了CCR5介导的呼吸道驻留记忆T细胞动态维持机制	首次发现肺组织与引流淋巴结之间存在T细胞的逆向迁移现象，并鉴定CCR5-CCL5轴在这一过程中的关键作用	研究主要聚焦于流感病毒感染模型，在其他病原体感染中的普适性需要进一步验证	探究呼吸道驻留记忆T细胞的维持机制	病毒特异性CD8 T细胞	免疫学	流感	条形码谱系追踪、单细胞转录组分析	NA	基因表达数据	NA
12	2025-07-29	Adverse effects of progestin-primed ovarian stimulation: combination of clinical study and single-cell analysis 2025-Aug, Reproductive biomedicine online IF:3.7Q1 DOI:10.1016/j.rbmo.2025.104833 PMID:40467355	研究论文	本研究通过临床研究和单细胞分析探讨了孕激素引发的卵巢刺激（PPOS）对生殖结果的负面影响	结合临床数据和单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析，首次揭示了PPOS与线粒体DNA基因表达增加及卵母细胞质量下降的关联	研究为回顾性队列设计，样本量有限，且单细胞分析仅基于16名患者的数据	比较PPOS与GnRH拮抗剂方案在体外受精（IVF）中的生殖结局差异	907名卵巢储备正常的IVF患者（PPOS组299人，GnRH拮抗剂组608人）及16名患者的卵泡壁颗粒细胞（mGC）	生殖医学	不孕症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、逆概率处理加权（IPTW）	NA	临床数据、单细胞基因表达数据	临床研究907人（PPOS组299人，GnRH拮抗剂组608人），单细胞分析16人（每组8人）
13	2025-07-29	Combined angiogenic and hypertrophic gene therapy enhances skeletal muscle growth 2025-Aug-01, American journal of physiology. Cell physiology DOI:10.1152/ajpcell.00966.2024 PMID:40622896	研究论文	本研究探讨了联合血管生成和肌肉肥大基因疗法对促进骨骼肌生理性生长和改善肌肉功能的效果	联合使用myostatin前肽(Pro-MSTN)和血管内皮生长因子B(VEGF-B)基因疗法，克服了当前肌肉肥大治疗的局限性	研究主要在健康和小鼠糖尿病模型中进行，人类应用效果尚需验证	探索联合诱导血管生成和肌肉肥大是否能促进生理性肌肉生长并改善肌肉功能	健康小鼠和糖尿病小鼠的骨骼肌	基因治疗	肌肉萎缩	腺相关病毒载体(AAV)基因递送、单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	健康小鼠和糖尿病小鼠
14	2025-07-29	Comprehensive Insights into APOBEC Mutations in Thyroid Cancer: Prognostic and Therapeutic Discoveries 2025-Jul-26, Biological procedures online IF:3.7Q1 DOI:10.1186/s12575-025-00288-z PMID:40713522	研究论文	本研究全面探讨了APOBEC家族突变在甲状腺癌中的分布、临床意义及其作为预后和治疗靶点的潜力	首次系统性地描述了APOBEC突变在甲状腺癌中的特征，开发了基于机器学习的预后模型，并通过实验验证了APOBEC2抑制的治疗效果	研究主要聚焦于甲状腺癌，其他癌症类型的数据可能不够全面	探究APOBEC家族成员在多种癌症中的分布和临床意义，特别关注甲状腺癌	甲状腺癌(THCA)患者样本和动物模型	生物信息学	甲状腺癌	全外显子测序(WES)、靶向NGS、RNA-seq、scRNA-seq、Western blot、药物敏感性分析	机器学习模型	基因组数据、转录组数据、蛋白质数据	多个甲状腺癌队列(具体数量未明确说明)
15	2025-07-29	Spatial mutual nearest neighbors for spatial transcriptomics data 2025-Jul-26, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf403 PMID:40713795	research paper	该论文提出了一种名为spatialMNN的算法，用于整合多个空间转录组样本并识别空间域	spatialMNN算法首次在互近邻（MNN）方法中整合了2D空间信息，改进了传统MNN在空间转录组学中的应用	未明确提及算法的局限性	开发一种能够整合空间转录组数据并识别空间域的算法	空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组学	k-Nearest Neighbors (kNN), Louvain算法	空间转录组数据	31个10x Genomics Visium样本
16	2025-07-29	Extracellular vesicles from ovarian cancer cells induce senescent lipid-laden macrophages to facilitate omental metastasis 2025-Jul-26, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s12951-025-03612-7 PMID:40713812	研究论文	本研究揭示了卵巢癌细胞通过细胞外囊泡（EVs）诱导脂肪富集的巨噬细胞衰老，从而促进网膜转移的机制	首次发现卵巢癌细胞通过EVs调控巨噬细胞和脂肪细胞的相互作用，促进网膜转移，并提出了针对CD36和衰老细胞的治疗策略	研究主要基于体外和动物模型，临床样本验证仍需进一步扩大	探索卵巢癌细胞如何通过EVs调控巨噬细胞和脂肪细胞，促进网膜转移的机制	卵巢癌细胞、巨噬细胞、脂肪细胞	癌症生物学	卵巢癌	单细胞转录组学、蛋白质组学、定量脂质组学、免疫组织化学	NA	转录组数据、蛋白质组数据、脂质组数据、临床样本数据	临床标本和体外实验数据
17	2025-07-29	Comparing Xenium 5K and Visium HD data from identical tissue slide at a pathological perspective 2025-Jul-26, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-025-03479-4 PMID:40713820	research paper	比较Xenium 5K和Visium HD在相同组织切片上的数据，从病理学角度进行技术对比	首次在相同组织切片上对比Visium-HD和Xenium-5K两种高分辨率空间转录组技术的性能	研究依赖于公开数据集，可能无法涵盖所有组织类型和应用场景	评估和比较两种空间转录组技术在病理学应用中的优缺点	肺组织样本	digital pathology	lung cancer	Visium-HD, Xenium-5K	NA	spatial transcriptomics data	公开可用的肺数据集
18	2025-07-29	Single-cell transcriptomics of ventral forebrain progenitors identifies Evf2 enhancer lncRNA-enhancer gene guidance through direct RNA binding and RNP recruitment domains 2025-Jul-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-62205-y PMID:40715144	研究论文	本研究通过单细胞转录组学揭示了Evf2增强子lncRNA在小鼠胚胎大脑发育中通过直接RNA结合和RNP招募域对基因的远距离调控作用	发现Evf2将chr6分为短程激活基因和长程/超长程抑制基因区域，并鉴定出与成年表型相关的癫痫调控基因	研究仅聚焦于chr6上的基因调控，未全面评估其他染色体上的类似机制	阐明Evf2 lncRNA在增强子-基因引导和转录调控中的直接作用机制	小鼠胚胎大脑腹侧前脑祖细胞	基因组学	神经系统疾病	单细胞转录组学	NA	RNA-seq数据	NA
19	2025-07-29	In vivo efficacy of NRL knockdown with cell-penetrating siRNA in retinal degeneration 2025-Jul-26, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-07299-6 PMID:40715177	研究论文	研究探讨了细胞穿透性不对称小干扰RNA靶向NRL（cp-asiNRL）在视网膜退化疾病中的治疗潜力	首次使用cp-asiNRL诱导杆状细胞向锥状细胞转化，以减轻视网膜退化	在RP小鼠模型中功能改善相对有限，可能反映了疾病晚期阶段	探索NRL基因沉默对视网膜退化疾病的治疗效果	C57BL/6J野生型、新生血管性AMD和RP（Rho）小鼠模型	视网膜疾病治疗	视网膜退化疾病（如视网膜色素变性和年龄相关性黄斑变性）	细胞穿透性不对称小干扰RNA（cp-asiNRL）技术	小鼠模型	基因表达水平、电生理评估和单细胞RNA测序数据	C57BL/6J野生型、nAMD和RP小鼠模型
20	2025-07-29	Single-cell antigen receptor sequencing in pigs with influenza 2025-Jul-26, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08507-9 PMID:40715353	研究论文	本研究开发了猪特异性T细胞受体（TCR）和B细胞受体（BCR）富集引物，用于单细胞RNA测序（scRNAseq）和免疫受体分析，以研究猪在流感病毒感染后的免疫反应	开发了与10× Genomics VDJ测序协议兼容的猪特异性TCR和BCR富集引物，首次在猪中实现了高通量单细胞TCR和BCR测序	研究仅针对流感病毒感染后的猪免疫反应，可能不适用于其他疾病或物种	研究自然杀伤T（NKT）细胞对猪肺部TCR和BCR受体库的影响，并追踪流感病毒感染后T细胞的克隆扩增	表达CD1D和CD1D缺陷的猪在流感A病毒（IAV）感染后的肺部细胞，以及IAV疫苗接种和感染后猪的肺液T细胞	免疫学	流感	单细胞RNA测序（scRNAseq），10× Genomics VDJ测序	NA	单细胞RNA测序数据	冷冻保存的猪肺部细胞和纵向采样的肺液T细胞