单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-05-10	Single circulating tumor cell sequencing based on improved high-porosity membranes and nanoporous microchambers 2025-May-15, Biosensors & bioelectronics IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.bios.2025.117263 PMID:39978235	研究论文	本研究开发了两种新型纳米设备——高孔隙率超薄过滤膜和纳米孔微室芯片，用于分离单个循环肿瘤细胞(CTCs)，并建立了一个高效、自动化的单细胞测序工作流程	开发了高孔隙率超薄过滤膜和纳米孔微室芯片，改进了单细胞测序技术，并解决了细胞粘附和细胞活力对测序结果的影响	研究主要基于NCI-H358细胞系和患者来源的CTCs，样本来源和数量可能有限	探索肿瘤进展、异质性和耐药机制	循环肿瘤细胞(CTCs)	数字病理学	肿瘤	单细胞测序(SCS), 纳米孔技术	NA	基因组数据	NCI-H358细胞系和患者来源的CTCs
2	2025-05-10	Loss of ADAP1/CentA1 Protects Against Autoimmune Demyelination 2025-May-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202403078R PMID:40326762	研究论文	本文研究了ADAP1/CentA1在中枢神经系统自身免疫中的作用，发现其缺失可以部分抵抗实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）的发展	揭示了ADAP1/CentA1在中枢神经系统自身免疫中的新功能，特别是在调节Tregs、单核细胞和NK细胞功能方面的作用	研究主要基于小鼠模型，人类相关性的验证尚不充分	探究ADAP1/CentA1在中枢神经系统自身免疫疾病中的机制作用	ADAP1/CentA1缺陷小鼠和实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）模型	神经免疫学	多发性硬化症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	EAE小鼠模型	基因表达数据	NA
3	2025-05-10	Circadian clock-gated cell renewal controls time-dependent changes in taste sensitivity 2025-May-13, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2421421122 PMID:40339128	研究论文	研究探讨了昼夜节律钟调控的细胞更新如何影响小鼠舌上皮中味觉敏感性的时间依赖性变化	揭示了昼夜节律钟通过调控细胞周期进程影响味觉细胞群体动态变化的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探究昼夜节律如何通过细胞更新调控味觉敏感性	小鼠舌上皮细胞和味蕾类器官(TBOs)	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠舌上皮细胞和味蕾类器官
4	2025-05-10	Integrated bioinformatics and experimental verification to dissect the mechanisms and bioactive ingredients of Radix Rehmanniae in treating multiple sclerosis 2025-05-12, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2025.151790 PMID:40233432	研究论文	本研究通过整合生物信息学和实验验证，揭示了地黄治疗多发性硬化症的作用机制和生物活性成分	首次采用网络药理学和单细胞RNA测序技术，结合体外实验验证，系统解析了地黄治疗多发性硬化症的多成分-多靶点作用模式，并鉴定出Echinacoside和Acteoside为主要活性成分	研究主要基于体外实验和生物信息学预测，缺乏体内实验验证	阐明地黄治疗多发性硬化症的机制并鉴定其活性成分	地黄及其活性成分Echinacoside和Acteoside	生物信息学	多发性硬化症	网络药理学、单细胞RNA测序、分子对接	NA	转录组数据、单细胞RNA测序数据	基于GSE数据库的转录组和单细胞RNA测序数据
5	2025-05-10	Single-cell transcriptomics reveals the mechanisms of lung injury induced by galt gene editing in mouse 2025-05-12, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2025.151780 PMID:40233430	研究论文	本研究通过单细胞转录组学揭示了GALT基因编辑在小鼠中引起的肺损伤机制	首次使用CRISPR/Cas9技术构建Galt c.847 + 1G > T突变小鼠模型，并结合单细胞RNA测序技术分析肺组织细胞组成和信号通路变化	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探究Galt c.847 + 1G > T突变对肺组织的影响及其分子机制	GALT基因编辑小鼠的肺组织	分子生物学	半乳糖血症	CRISPR/Cas9基因编辑、单细胞RNA测序、PCR、Western blotting	小鼠模型	基因表达数据、组织病理学数据	基因编辑小鼠的肺组织样本
6	2025-05-10	Allometry of cell types in planarians by single-cell transcriptomics 2025-May-09, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adm7042 PMID:40333969	research paper	研究通过单细胞RNA测序技术探索了涡虫中细胞类型的异速生长关系	首次利用scRNA-seq技术研究涡虫细胞类型的异速生长，揭示了不同大小涡虫中细胞类型比例的变化及其与能量储存的关系	研究仅针对无性繁殖的涡虫，结果可能不适用于其他生物	探索细胞类型异速生长的分子和细胞机制	无性繁殖的涡虫	单细胞转录组学	NA	scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	不同大小的涡虫样本
7	2025-05-10	Integrating HiTOP and RDoC frameworks part II: shared and distinct biological mechanisms of externalizing and internalizing psychopathology 2025-May-09, Psychological medicine IF:5.9Q1 DOI:10.1017/S0033291725000819 PMID:40340892	研究论文	本研究通过多组学方法探讨了HiTOP框架中的外化和内化精神病理学谱系如何映射到RDoC的分析单元	整合HiTOP和RDoC框架，揭示外化和内化精神病理学的共享和独特生物学机制	研究依赖于基因组关联研究和影像数据，可能未涵盖所有相关生物学机制	理解外化和内化精神病理学的生物学基础	外化(EXT)和内化(INT)精神病理学谱系	精神病理学	精神疾病	多组学方法、全基因组关联研究(GWAS)、单细胞RNA测序、磁共振成像(MRI)	NA	基因组数据、表达数据、影像数据	NA
8	2025-05-10	A single cell atlas of the mouse seminal vesicle 2025-May-08, G3 (Bethesda, Md.) DOI:10.1093/g3journal/jkaf045 PMID:40036847	research paper	首次报道了小鼠精囊的单细胞RNA-seq图谱，揭示了精囊分泌细胞和免疫细胞的转录组特征	首次构建了小鼠精囊的单细胞RNA-seq图谱，定义了分泌细胞和免疫细胞的转录组特征	研究仅基于小鼠模型，未涉及人类或其他哺乳动物的精囊组织	研究精囊组织的细胞组成及其在生殖中的作用	小鼠精囊组织	单细胞测序	NA	单细胞RNA-seq	NA	RNA-seq数据	23只不同年龄和饮食条件的小鼠
9	2025-05-10	Defining pathogenic IL-17 and CSF-1 gene expression signatures in chronic graft-versus-host disease 2025-May-08, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024025337 PMID:39977705	研究论文	该研究通过单细胞测序技术在小鼠血液中定义了慢性移植物抗宿主病（cGVHD）中IL-17和CSF-1的基因表达特征，并验证了这些特征在患者中的适用性	首次在小鼠血液单核细胞中定义了非直观的IL-17和CSF-1特征，并验证了这些特征在cGVHD患者中的存在	研究样本量有限，且特征仅在70%的确诊患者和50%的后续发展患者中检测到	开发能够识别cGVHD患者中可药物干预的免疫失调的生物标志物	慢性移植物抗宿主病（cGVHD）患者和小鼠模型	生物医学研究	慢性移植物抗宿主病	单细胞测序	小鼠模型	基因表达数据	小鼠模型和部分cGVHD患者
10	2025-05-10	Single-cell and bulk transcriptome sequencing identifies circadian rhythm disruption and cluster-specific clinical insights in colorectal tumorigenesis 2025-May-08, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02521-3 PMID:40338428	研究论文	通过单细胞和批量转录组测序技术，研究结直肠癌中昼夜节律紊乱及其与临床预后的关系	构建了昼夜节律亚型分类器，开发了昼夜节律评分系统（CRS），并识别了影响结直肠癌预后的潜在基因靶点	研究样本量未明确说明，且昼夜节律与结直肠癌关系的机制仍需进一步探索	探讨昼夜节律紊乱在结直肠癌发生发展中的作用及其临床应用价值	结直肠癌患者及其肿瘤组织	数字病理	结直肠癌	单细胞RNA测序，批量RNA测序	机器学习模型	转录组数据	NA
11	2025-05-10	Isoform-resolution single-cell RNA sequencing reveals the transcriptional panorama of adult Baoshan pig testis cells 2025-May-08, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-025-11636-4 PMID:40340725	研究论文	本研究通过整合长读长（Nanopore）和短读长（Illumina）单细胞RNA测序技术，揭示了成年宝山猪睾丸细胞的转录全景	首次在猪睾丸中应用长读长和短读长单细胞RNA测序技术，全面解析了睾丸细胞的异质性和精子发生的分子调控机制	研究仅针对宝山猪，结果可能不适用于其他猪种或哺乳动物	阐明猪睾丸细胞的异质性和精子发生的分子机制	成年宝山猪睾丸细胞	生殖生物学	NA	Nanopore长读长测序, Illumina短读长测序, 单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	11,520个单细胞和23,402个基因
12	2025-05-10	Single-cell multi-omics delineates the dynamics of distinct epigenetic codes coordinating mouse gastrulation 2025-May-08, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-025-11619-5 PMID:40340740	研究论文	本研究通过单细胞多组学技术描绘了小鼠原肠胚形成过程中不同表观遗传编码的动态变化	揭示了H3K27ac和H3K4me1标记的增强子激活与基因表达之间的'时间滞后'过渡模式，并构建了以关键转录因子为中心的基因调控网络	研究仅关注小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探索表观遗传重编程在小鼠原肠胚形成过程中的分子协调机制	小鼠胚胎在六个连续时间点的表观遗传变化	表观遗传学	先天性疾病	单细胞ChIP-seq, scRNA-seq	NA	表观遗传组数据, 转录组数据	六个时间点的小鼠胚胎样本
13	2025-05-10	Transcriptome-wide analysis reveals potential roles of CFD and ANGPTL4 in fibroblasts regulating B cell lineage for extracellular matrix-driven clustering and novel avenues for immunotherapy in breast cancer 2025-May-08, Molecular medicine (Cambridge, Mass.) DOI:10.1186/s10020-025-01237-y PMID:40340806	研究论文	通过转录组和基因组数据分析乳腺癌中的细胞外基质（ECM）聚类及其对肿瘤微环境的影响，并探讨ANGPTL4+和CFD+成纤维细胞作为免疫治疗潜在生物标志物的作用	首次识别了乳腺癌中三种不同的ECM聚类，并发现ANGPTL4+和CFD+成纤维细胞通过不同信号通路调控B细胞谱系，为免疫治疗提供了新的生物标志物	研究主要依赖于公共数据库的回顾性数据，缺乏实验验证	探索乳腺癌中ECM的组成模式及其生物学功能，并寻找免疫治疗的潜在生物标志物	乳腺癌患者	数字病理学	乳腺癌	转录组分析、单细胞RNA测序、机器学习	NMF、WGCNA	转录组数据、基因组数据	TCGA数据库患者数据及10个独立公共队列（总计n=6,736）
14	2025-05-10	Identification of the "Collagen-Macrophage" sub-category of patients with colorectal cancer as an extension of the CMS4 subtype with THBS2 as a therapeutic target 2025-May-08, BMC gastroenterology IF:2.5Q2 DOI:10.1186/s12876-025-03918-8 PMID:40340827	研究论文	本研究通过整合结肠癌转录组和单细胞转录组数据集，识别出一类富含'胶原-TAMs'的结直肠癌患者亚群，命名为CM类，并探讨了THBS2作为治疗靶点的潜力	提出了一种新的结直肠癌患者分类系统CM类，作为传统CMS分类系统的扩展，并发现THBS2可作为免疫治疗的新潜在联合靶点	研究结果主要基于转录组数据，需要进一步的临床验证	提高结直肠癌的分类准确性和治疗效果	结直肠癌患者及其肿瘤微环境	数字病理学	结直肠癌	转录组测序、单细胞转录组测序	NA	转录组数据、单细胞数据	大规模结肠癌数据集
15	2025-05-10	High-throughput strategies for monoclonal antibody screening: advances and challenges 2025-May-08, Journal of biological engineering IF:5.7Q1 DOI:10.1186/s13036-025-00513-z PMID:40340930	综述	本文综述了高通量单克隆抗体筛选策略的最新进展与挑战	介绍了抗体库展示、单B细胞抗体技术和单细胞测序等新技术，显著降低了抗体开发成本并提高了效率	未具体说明这些新技术在实际应用中可能遇到的具体问题或限制	探讨高通量抗体开发的最新进展及其相对于传统方法的优势	单克隆抗体的高通量筛选技术	生物医学工程	NA	抗体库展示、单B细胞抗体技术、单细胞测序	NA	NA	NA
16	2025-05-10	scMINER: a mutual information-based framework for clustering and hidden driver inference from single-cell transcriptomics data 2025-May-08, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59620-6 PMID:40341143	研究论文	介绍了一个基于互信息的框架scMINER，用于单细胞转录组数据的聚类和隐藏驱动因子推断	scMINER在细胞聚类和网络推断方面表现出更高的准确性，特别是在区分密切相关的细胞群和揭示关键转录因子驱动因子方面优于现有方法	NA	解决单细胞转录组数据由于其固有的随机性和稀疏性带来的聚类和网络推断挑战	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞转录组测序	互信息框架	单细胞转录组数据	NA
17	2025-05-10	The cancer stem cells characteristics analysis of LGR5 + cells that influence lung cancer risk by using single cell RNA-seq analysis 2025-May-08, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-00585-3 PMID:40341189	研究论文	通过单细胞RNA测序分析探讨LGR5+细胞在肺腺癌中的癌症干细胞特性及其对癌症风险的影响	识别了LGR5+干细胞作为肺腺癌进展的主要贡献者，并发现其枢纽基因如HLA-DPB1、CD74、CTSH和HLA-DRB5介导了独特的转录状态	研究样本量有限，且主要基于公共数据库数据，未涉及大规模临床验证	探讨肺腺癌中癌症干细胞的特性及其在癌症进展中的作用	肺腺癌组织和细胞系（BEAS-2B和A549细胞）	数字病理	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、qRT-PCR、Western blotting、伤口愈合实验、Trans-well实验、EdU实验、流式细胞术	NA	单细胞RNA测序数据、免疫组织化学数据	公共数据库GSE149655中的数据，以及BEAS-2B和A549细胞系
18	2025-05-10	Integrated analysis of MIOX gene in prognosis of clear-cell renal cell carcinoma 2025-May-08, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07698-7 PMID:40341358	研究论文	本研究通过整合分析MIOX基因在透明细胞肾细胞癌(ccRCC)预后中的作用，揭示了其在治疗干预中的潜在价值	首次通过单细胞RNA测序和空间转录组分析确定了MIOX在ccRCC中的特异性，并验证了其作为独立预后标志物的价值	研究主要基于TCGA数据库，缺乏外部验证队列	探索铁死亡相关基因对ccRCC患者预后的影响	透明细胞肾细胞癌(ccRCC)患者	癌症基因组学	肾癌	scRNA-seq, 空间转录组分析, Lasso回归, Kaplan-Meier分析	NA	基因表达数据	TCGA数据库中的ccRCC样本与正常组织样本
19	2025-05-10	Impaired ketogenesis in Leydig Cells drives testicular aging 2025-May-07, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59591-8 PMID:40328805	研究论文	该研究揭示了睾丸衰老过程中Leydig细胞酮生成受损的关键作用及其机制	首次发现Leydig细胞中酮生成关键酶Hmgcs2表达随年龄下降，并阐明β-羟基丁酸通过Foxo3a延缓细胞衰老的分子机制	研究主要基于小鼠模型，人类睾丸衰老的类似机制仍需验证	探究睾丸衰老的分子机制并寻找潜在治疗靶点	年轻与老年小鼠的Leydig细胞	生殖生物学	睾丸功能障碍	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	小鼠衰老模型	基因表达数据、代谢物浓度数据	年轻与老年小鼠睾丸组织及Leydig细胞
20	2025-05-10	Mature tertiary lymphoid structures evoke intra-tumoral T and B cell responses via progenitor exhausted CD4+ T cells in head and neck cancer 2025-May-07, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59341-w PMID:40335494	research paper	该研究通过单细胞RNA、抗原受体测序和空间转录组学技术，探讨了头颈鳞状细胞癌中成熟三级淋巴结构（mTLS）通过祖细胞耗竭CD4+ T细胞激活B细胞和CD8+ T细胞的机制	揭示了mTLS通过祖细胞耗竭CD4+ T细胞激活B细胞和CD8+ T细胞的新机制，以及mTLS与患者生存率和免疫检查点阻断反应改善的关联	研究仅限于头颈鳞状细胞癌患者，未涉及其他癌症类型	探讨成熟三级淋巴结构（mTLS）在头颈鳞状细胞癌中促进肿瘤内免疫反应的机制	头颈鳞状细胞癌患者的肿瘤组织	肿瘤免疫学	头颈鳞状细胞癌	单细胞RNA测序、抗原受体测序、空间转录组学	NA	RNA测序数据、空间转录组数据	头颈鳞状细胞癌患者的肿瘤组织样本