单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-07-24	Exploring the comorbidity mechanisms of ITGB2 in rheumatoid arthritis and membranous nephropathy through integrated bioinformatics analysis 2025-Dec, Renal failure IF:3.0Q1 DOI:10.1080/0886022X.2025.2536730 PMID:40697036	研究论文	通过整合生物信息学分析探索ITGB2在类风湿性关节炎和膜性肾病中的共病机制	首次识别ITGB2作为RA和MN的共同致病基因，并揭示其在M1巨噬细胞极化和B细胞成熟中的作用	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步实验验证	探索类风湿性关节炎和膜性肾病的共同发病机制	类风湿性关节炎和膜性肾病患者	生物信息学	类风湿性关节炎和膜性肾病	RNA测序（bulk和单细胞）、随机森林算法、单样本基因集富集分析、分子对接	随机森林	RNA测序数据	NA
2	2025-07-22	Bulk RNA sequencing combined with single-cell RNA sequencing analysis revealed the ferroptosis immune target of osteoarthritis synovial fibroblasts 2025-Nov, Genes & diseases IF:6.9Q1 DOI:10.1016/j.gendis.2025.101587 PMID:40687616	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
3	2025-07-24	Identification and validation of the pivotal role of MANF gene in pancreatic β-cell aging using bioinformatics 2025-Sep, Biochemistry and biophysics reports IF:2.3Q3 DOI:10.1016/j.bbrep.2025.102106 PMID:40688493	研究论文	通过生物信息学分析鉴定并验证MANF基因在胰腺β细胞衰老中的关键作用	首次确立MANF作为β细胞蛋白质稳态的守护者，为糖尿病治疗提供了新的靶点	研究主要基于动物模型和细胞实验，尚未在人体中进行验证	探索胰腺β细胞衰老的分子机制及其与糖尿病的关系	胰腺β细胞	生物信息学	糖尿病	单细胞RNA-seq、微阵列分析	d-半乳糖诱导的衰老小鼠模型、HO处理的MIN6细胞	RNA-seq数据、微阵列数据	年轻和年老的食蟹猴及小鼠的胰腺β细胞数据，D-gal诱导的小鼠模型和HO处理的MIN6细胞
4	2025-07-24	Induction of host genes by nested genes during C. elegans development 2025-Aug-15, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.113021 PMID:40686608	研究论文	本研究分析了在胚胎发育过程中，相反嵌套配置的基因组拓扑结构对转录的影响	揭示了嵌套基因如何影响其宿主基因的表达，特别是在神经元中诱导宿主基因的短版本转录	研究仅关注了线虫的胚胎发育，未涉及其他生物或发育阶段	探究相反嵌套配置的基因对宿主基因转录的影响	线虫（C. elegans）的胚胎发育	基因组学	NA	CRISPR基因组工程、单分子FISH、单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据	数百个蛋白质编码基因的相反嵌套配置，覆盖线虫胚胎发育的单细胞RNA-seq数据
5	2025-07-24	Unraveling asthma through single-cell RNA sequencing in understanding disease mechanisms 2025-Aug, The Journal of asthma : official journal of the Association for the Care of Asthma DOI:10.1080/02770903.2025.2472358 PMID:40014380	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）的基本原理及其在哮喘研究中的应用，旨在增进对哮喘病理生理学的理解并指导未来研究方向	利用scRNA-seq技术揭示了哮喘中免疫细胞亚型的多样性及其在疾病发病机制中的特定作用，为靶向治疗策略的开发提供了理论基础	数据整合方法需要进一步优化，当前发现的临床适用性有限，未来研究应关注这些限制的克服、细胞类型注释的改进以及纵向和临床数据的纳入	阐明scRNA-seq的基本原理并总结其在哮喘研究中的应用，以增进对哮喘病理生理学的理解	哮喘的细胞类型异质性及其功能状态，特别是免疫细胞和气道重塑	数字病理学	哮喘	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列数据	NA
6	2025-07-24	A robust diagnostic model for high-risk MASH: integrating clinical parameters and circulating biomarkers through a multi-omics approach 2025-Aug, Hepatology international IF:5.9Q1 DOI:10.1007/s12072-025-10792-9 PMID:40205303	研究论文	本研究通过多组学方法开发了一个用于高风险MASH的稳健诊断模型	整合了循环生物标志物和临床参数，开发了ABD-LTyG预测模型，并在独立队列中验证了其效能	样本量相对较小，且仅在特定队列中验证	开发一个用于高风险MASH的诊断模型	代谢功能障碍相关脂肪性肝炎(MASH)患者	数字病理学	代谢功能障碍相关脂肪性肝炎	蛋白质组学分析、转录组分析、scRNA-seq、免疫荧光双标记、LASSO回归	ABD-LTyG模型	蛋白质组数据、转录组数据、单细胞数据、临床数据	发现队列144人，验证队列171人
7	2025-07-24	Single-cell transcriptomic profiling reveals dysregulation of B-cell subset function in patients with chronic hepatitis B 2025-Aug, Hepatology international IF:5.9Q1 DOI:10.1007/s12072-025-10846-y PMID:40489024	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了慢性乙型肝炎患者B细胞亚群功能的失调	首次在慢性乙型肝炎患者中鉴定了肝脏组织中富集的非典型B细胞(ABC)和FCRL1+ B细胞亚群，并揭示了它们在免疫耐受和免疫激活阶段的不同基因表达特征	样本量相对较小，特别是慢性恢复期患者仅有3例	研究乙型肝炎病毒(HBV)感染不同阶段B细胞亚群的免疫学特征及其临床意义	25名个体的46份肝脏和血液样本中的23,967个B细胞(包括1,677个浆细胞)	免疫学	乙型肝炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 流式细胞术	NA	单细胞转录组数据	25名个体(6名健康对照，6名免疫耐受期，6名免疫激活期，4名急性恢复期，3名慢性恢复期)，另有验证队列38名个体
8	2025-07-24	Bone marrow tumor microenvironment profiling predicts distinct immunosuppressive phenotypes and immunotherapy potential in AML patients 2025-Aug, Biomedicine & pharmacotherapy = Biomedecine & pharmacotherapie DOI:10.1016/j.biopha.2025.118287 PMID:40555045	研究论文	该研究通过分析急性髓性白血病（AML）的骨髓微环境，预测了不同的免疫抑制表型及其免疫治疗潜力	提出了基于13基因和16基因的多基因标记物来区分AML的不同免疫表型，并通过单细胞RNA测序和共培养实验验证了这些标记物	研究结果需要在大规模临床样本中进一步验证	探索AML的免疫微环境特征及其对免疫治疗的影响	成人及儿童AML患者样本和AML细胞系	肿瘤免疫学	急性髓性白血病	单细胞RNA测序、xCell算法、TIDE分析、共培养实验	NA	RNA测序数据、单细胞数据	成人及儿童AML患者队列和AML细胞系
9	2025-07-24	Bioinspired 3D hydrogel scaffold to mimic tumor microenvironment for investigating into the anoikis resistance mechanisms in colorectal cancer 2025-Aug, Materials today. Bio DOI:10.1016/j.mtbio.2025.102061 PMID:40697318	研究论文	开发了一种仿生复合水凝胶支架，用于模拟肿瘤微环境，研究结直肠癌中的失巢凋亡抵抗机制	开发了一种新型仿生复合水凝胶（GHP），能够更好地模拟肿瘤微环境的复杂性，促进细胞增殖和分化，并揭示了失巢凋亡抵抗的新机制	研究主要基于Caco-2细胞系，可能无法完全反映所有结直肠癌细胞的特性	研究结直肠癌中失巢凋亡抵抗的机制	结直肠癌细胞（Caco-2细胞）	生物医学工程	结直肠癌	单细胞RNA测序、放射组学分析	3D细胞培养模型	基因表达数据、影像数据	使用Caco-2细胞进行实验
10	2025-07-24	Decellularized small intestinal hydrogel-encapsulated BMSCs attenuate dextran sulfate sodium-induced colitis in mice via immunomodulation and tissue repair 2025-Jul-23, Journal of materials chemistry. B DOI:10.1039/d5tb00706b PMID:40566954	研究论文	本研究开发了一种去细胞小肠水凝胶递送系统，用于包裹大鼠骨髓间充质干细胞（rBMSCs），通过直肠靶向给药治疗小鼠结肠炎，展示了其在免疫调节和组织修复方面的显著效果	首次将去细胞小肠（dSI）水凝胶作为递送系统用于增强MSCs的治疗效果，相比传统PLGA-PEG-PLGA水凝胶具有更优的生物活性、生物相容性、可降解性和机械性能	需要进一步研究dSI水凝胶与rBMSCs的相互作用机制，优化给药方案，并利用单细胞RNA测序阐明MSCs在肠道微环境中的免疫调节作用	开发一种有效的炎症性肠病（IBD）治疗策略	小鼠模型中的结肠炎	组织工程与再生医学	炎症性肠病	去细胞化技术、水凝胶封装、单细胞RNA测序（未来研究）	动物模型（小鼠）	实验数据	小鼠模型（具体数量未明确说明）
11	2025-07-24	Melanocytes and photosensory organs share a common ancestry that illuminates the origins of the neural crest 2025-Jul-23, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08502-0 PMID:40696183	研究论文	探讨脊椎动物中黑色素细胞和视网膜色素上皮细胞的共同祖先及其在神经嵴起源中的作用	通过单细胞转录组学、染色质可及性和空间转录组学数据，揭示了黑色素细胞和视网膜色素上皮细胞共同的调控基因表达模块，支持它们同源性的假说	研究主要基于转录组学和生物信息学分析，缺乏实验验证	探索黑色素细胞和视网膜色素上皮细胞的进化关系及其共同祖先	脊椎动物的黑色素细胞、视网膜色素上皮细胞以及被囊动物Ciona的感觉囊中的色素细胞	进化生物学	NA	单细胞转录组学、染色质可及性分析、空间转录组学、系统转录组学	NA	转录组数据	NA
12	2025-07-24	Multi-omic profiling reveals age-specific blood biomarkers and aging-driven B Cell remodeling in osteoarthritis 2025-Jul-23, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000003076 PMID:40696927	研究论文	通过多组学分析揭示了骨关节炎中年龄特异性的血液生物标志物及衰老驱动的B细胞重塑	发现了五个外周血生物标志物用于区分骨关节炎患者与对照组，并揭示了这些标志物在老年与年轻患者中的年龄特异性表达模式，以及衰老驱动的B细胞重塑在老年骨关节炎发病机制中的关键作用	研究样本量虽大，但未明确提及是否覆盖不同种族或地理区域的多样性	探索骨关节炎的非侵入性诊断工具及其发病机制	骨关节炎患者的外周血和关节组织	数字病理学	骨关节炎	转录组分析、WGCNA、scRNA-seq、流式细胞术	机器学习	转录组数据、单细胞RNA测序数据	217,983个关节细胞
13	2025-07-24	From Harmony to Discord: Multicellular Coordination in Tissues and Its Rewiring in Cancer 2025-Jul-23, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-25-3155 PMID:40698653	研究论文	该研究介绍了CoVarNet，一个计算框架，用于通过单细胞和空间转录组学在35个人体组织中绘制可重复的多细胞模块（CMs）	从细胞中心转向生态系统水平的生物学理解，提供了一个通用的框架来整合多模态数据以解析组织水平的协调	未解决的模块化组织生物学问题	研究组织功能如何通过多样细胞类型的协调互动产生，以及这些互动在疾病中如何被重构	35个人体组织中的多细胞模块（CMs）	计算生物学	癌症	单细胞和空间转录组学	CoVarNet	转录组数据	35个人体组织
14	2025-07-24	Precision Medicine in Surgery: Immunomodulation and Cellular Regeneration Strategies for Immunologic and Surgical Diseases 2025-Jul-23, Annals of surgery IF:7.5Q1 DOI:10.1097/SLA.0000000000006849 PMID:40698837	research paper	本文提出了一种研究lacritin肽对β细胞增殖、胰岛存活及免疫调节影响的方法学框架	结合体外和体内模型，研究lacritin肽的免疫调节和细胞再生作用，为免疫和外科疾病的精准医疗提供新策略	研究仍处于临床前阶段，需要进一步验证lacritin肽的治疗潜力	探索lacritin肽在免疫调节和细胞再生中的治疗潜力，为精准医疗策略提供依据	胰腺胰岛、免疫细胞、糖尿病小鼠模型	精准医疗	糖尿病、克罗恩病、心力衰竭、肺纤维化、慢性肾病、神经损伤	质谱流式细胞术(CyTOF)、成像质谱流式细胞术(IMC)、单细胞RNA测序(scRNAseq)	NOD小鼠模型	体外实验数据、体内实验数据	未明确提及具体样本数量，但涉及体外胰岛测试和糖尿病小鼠模型
15	2025-07-24	Subtypes and proliferation patterns of small intestine neuroendocrine tumors revealed by single-cell RNA sequencing 2025-Jul-23, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.101153 PMID:40699214	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示小肠神经内分泌肿瘤的亚型和增殖模式	首次通过单细胞或单核RNA测序技术对小肠神经内分泌肿瘤（SiNETs）进行亚型分类，并发现神经内分泌细胞与非恶性细胞类型的增殖差异，以及混合型肺肿瘤中可能的前体细胞群	样本量较小，仅包括10例低级别小肠神经内分泌肿瘤样本和1例混合型肺肿瘤样本	探索神经内分泌肿瘤的生物学特性，包括其亚型分类、细胞增殖模式及混合型肿瘤的起源	小肠神经内分泌肿瘤（SiNETs）和混合型肺肿瘤	数字病理学	神经内分泌肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）或单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	RNA测序数据	10例低级别小肠神经内分泌肿瘤样本和1例混合型肺肿瘤样本
16	2025-07-24	Chlorpromazine induces hyposalivation by inhibiting muscarinic Ca2+ signaling in salivary glands 2025-Jul-23, Naunyn-Schmiedeberg's archives of pharmacology DOI:10.1007/s00210-025-04438-8 PMID:40699237	研究论文	本研究探讨了氯丙嗪通过抑制唾液腺中的毒蕈碱Ca2+信号传导诱导唾液分泌减少的分子机制	首次揭示了氯丙嗪通过抑制内质网Ca2+释放和储存操纵性Ca2+内流(SOCE)来抑制毒蕈碱受体和组胺受体触发的细胞内Ca2+增加	研究主要基于小鼠模型和人类唾液腺细胞的体外实验，尚未在人体内验证	阐明氯丙嗪抑制唾液腺分泌功能的分子机制	小鼠模型和人类唾液腺细胞	分子药理学	精神分裂症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据和钙信号数据	未明确说明具体样本数量，涉及小鼠模型和人类唾液腺细胞
17	2025-07-24	Pulmonary fibrosis and exosomes: pathways to treatment 2025-Jul-23, Molecular biology reports IF:2.6Q3 DOI:10.1007/s11033-025-10855-y PMID:40699390	综述	本文综述了特发性肺纤维化(IPF)的分子机制，重点关注外泌体在纤维化微环境中的作用及其治疗潜力	强调了外泌体和小细胞外囊泡(sEVs)作为纤维化微环境关键调节因子的作用，并探讨了工程化纳米颗粒-外泌体杂合体的治疗前景	现有动物模型在模拟慢性IPF方面存在局限性	探讨IPF的分子机制及外泌体在治疗中的应用潜力	特发性肺纤维化(IPF)及其相关分子通路	病理学	肺纤维化	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	NA	NA
18	2025-07-24	Molecular mechanism of potently neutralizing human monoclonal antibodies against severe fever with thrombocytopenia virus infection 2025-Jul-22, Journal of virology IF:4.0Q2 DOI:10.1128/jvi.00533-25 PMID:40539781	研究论文	本文研究了针对严重发热伴血小板减少综合征病毒(SFTSV)的高效中和人类单克隆抗体的分子机制	从SFTS幸存者中通过单细胞RNA-seq获得多种单克隆抗体，并发现其中SD4、SD12和SD22具有高中和活性，特别是SD4和SD22对不同病毒基因型表现出32-83 pM的强效中和能力	研究主要基于小鼠模型，尚未进行人体临床试验	开发针对SFTSV的有效治疗性抗体	严重发热伴血小板减少综合征病毒(SFTSV)及其糖蛋白Gn	分子生物学	严重发热伴血小板减少综合征	单细胞RNA-seq、X射线晶体学	NA	分子结构数据、动物实验数据	多种从SFTS幸存者获得的单克隆抗体(包括SD4、SD12、SD22等)
19	2025-07-24	TNF drives aberrant BMP signaling to induce endothelial and mesenchymal dysregulation in pulmonary hypertension 2025-Jul-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.174456 PMID:40569693	研究论文	本研究探讨了肿瘤坏死因子α（TNF）如何通过异常的BMP信号传导导致肺动脉高压（PH）中内皮细胞和间充质细胞的失调	揭示了TNF通过内皮NF-κB激活和SMAD2/3信号传导驱动异常BMP信号级联的新机制	研究主要基于TNF-Tg小鼠模型，人类PH中的相关性需要进一步验证	阐明肺动脉高压发病机制中内皮细胞与间充质细胞间的分子互作	野生型和TNF-Tg小鼠的肺内皮细胞和间充质细胞	病理生物学	肺动脉高压	单细胞RNA测序、免疫荧光染色、配体-受体相互作用分析	TNF转基因小鼠模型	单细胞转录组数据	未明确说明具体样本数量（WT和TNF-Tg小鼠的肺细胞）
20	2025-07-24	Integrative Single-Cell Analysis Reveals Iron Overload-Induced Senescence and Metabolic Reprogramming in Ovarian Endometriosis-Associated Infertility 2025-Jul-22, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202417528 PMID:40693455	研究论文	本研究通过单细胞分析探讨了铁过载对卵巢子宫内膜异位症相关不孕症中卵泡功能的影响	整合单细胞分析揭示了铁过载诱导的衰老和代谢重编程在卵巢子宫内膜异位症相关不孕症中的作用	研究主要基于小鼠模型和人类卵巢样本，可能无法完全反映临床患者的复杂情况	探究铁过载在卵巢子宫内膜异位症相关不孕症中的作用机制	卵巢子宫内膜异位症相关不孕症患者的卵泡液和小鼠卵巢组织	数字病理学	卵巢子宫内膜异位症	单细胞测序、空间转录组学(Stereo-seq)	NA	单细胞数据、空间转录组数据	卵巢子宫内膜异位症相关不孕症患者的卵泡液样本和铁过载小鼠卵巢组织