单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-07-22	Bulk RNA sequencing combined with single-cell RNA sequencing analysis revealed the ferroptosis immune target of osteoarthritis synovial fibroblasts 2025-Nov, Genes & diseases IF:6.9Q1 DOI:10.1016/j.gendis.2025.101587 PMID:40687616	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
2	2025-07-23	HL-BscPF: Hybrid learning facilitates brain cell auto-identification in multiple pathologies 2025-Sep-15, Life sciences IF:5.2Q1 DOI:10.1016/j.lfs.2025.123751 PMID:40414555	research paper	本文介绍了一种名为HL-BscPF的混合学习框架，用于自动识别脑细胞类型并揭示与疾病相关的通路	HL-BscPF整合了ItClust和TOSICA模型，结合基于自动编码器的降维和transformer架构，提高了预测准确性	NA	开发一种高效的人工智能工具，用于从单细胞转录组数据中提取有意义的见解，以研究脑部疾病	脑部单细胞转录组数据，包括衰老、阿尔茨海默病、术后认知功能障碍和中风等神经病理状态	machine learning	Alzheimer's disease, stroke, geriatric disease	scRNA-seq	autoencoder, transformer	single-cell transcriptomic data	四个脑部特异性单细胞数据集
3	2025-07-23	Development of an electroconductive Heart-on-a-chip model to investigate cellular and molecular response of human cardiac tissue to gold nanomaterials 2025-Sep, Biomaterials IF:12.8Q1 DOI:10.1016/j.biomaterials.2025.123275 PMID:40138961	研究论文	开发了一种电导性心脏芯片模型，用于研究人类心脏组织对金纳米材料的细胞和分子反应	首次开发了具有电导性的3D心脏芯片模型（eHOC），相比非导电模型，该模型表现出增强的收缩功能、改善的钙瞬变以及结构和钙处理基因的表达增加	未明确提及样本量或实验重复次数，可能影响结果的普遍性	构建更接近人体心肌电导特性的体外心脏组织模型，用于药物测试和疾病建模	人类诱导多能干细胞（hiPSCs）衍生的心肌细胞（hiCMs）和心脏成纤维细胞（hiCFs）	生物医学工程	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	3D电导性心脏芯片模型（eHOC）	基因表达数据	NA
4	2025-07-23	Enhancing ovarian cancer prognosis with an artificial intelligence-derived model: Multi-omics integration and therapeutic implications 2025-Sep, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102439 PMID:40580871	研究论文	本研究通过整合多组学数据和人工智能技术，开发了一种名为AIDPI的卵巢癌预后预测模型，并探讨了其治疗意义	开发了基于多组学数据和机器学习算法的AIDPI预后预测模型，识别了MFAP4基因作为潜在治疗靶点	需要进一步临床验证模型的普适性，MFAP4基因的功能机制还需深入研究	提高卵巢癌的预后预测准确性并探索潜在治疗靶点	卵巢癌患者的多组学数据	数字病理学	卵巢癌	RNA测序（包括bulk和单细胞RNA-seq）	机器学习集成算法	转录组数据	来自TCGA、ICGC和GEO数据库的多中心数据集
5	2025-07-23	Identification and validation of synergistic drug strategies targeting macrophage polarization in triple-negative breast cancer via single-cell transcriptomics and deep learning 2025-Sep, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102457 PMID:40580873	研究论文	通过单细胞转录组学和深度学习识别并验证针对三阴性乳腺癌中巨噬细胞极化的协同药物策略	开发了一个基于巨噬细胞分化的分类器（MMDCSS），并发现了非那雄胺作为ZBTB20调节剂能够逆转肿瘤诱导的M2巨噬细胞极化	研究样本量较小，仅包括24名TNBC患者	探索针对三阴性乳腺癌中巨噬细胞极化的治疗策略	三阴性乳腺癌患者的巨噬细胞极化	数字病理学	三阴性乳腺癌	scRNA-seq, 机器学习, 伪时间轨迹映射	深度学习	单细胞转录组数据	24名TNBC患者
6	2025-07-23	Machine learning-guided single-cell multiomics uncovers GDF15-driven immunosuppressive niches in NSCLC: A translational framework for overcoming anti-PD-1 resistance 2025-Sep, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102459 PMID:40582068	研究论文	通过机器学习和单细胞多组学技术揭示了GDF15驱动的免疫抑制微环境在NSCLC中的作用，并提出了克服抗PD-1耐药性的转化框架	开发了Accelerated Oblique Random Survival Forest模型，在预测准确性上优于传统的Cox回归和深度学习方法，并首次将GDF15定位为预测ICB耐药的生物标志物	研究样本量相对较小（n=156），且功能研究仅限于Lewis肺癌细胞，未涵盖其他NSCLC亚型	探索非小细胞肺癌（NSCLC）中免疫检查点阻断（ICB）耐药的机制，并寻找预测ICB疗效的生物标志物	非小细胞肺癌（NSCLC）患者样本和Lewis肺癌细胞	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序、机器学习、非负矩阵分解	Accelerated Oblique Random Survival Forest	单细胞RNA测序数据、临床数据	156例NSCLC患者样本和外部验证的黑色素瘤队列（GSE91061）
7	2025-07-23	Integrated single-cell sequencing for the development of a GJA4-based precision immuno-prognostic model in melanoma 2025-Sep, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102450 PMID:40639089	研究论文	该研究通过整合单细胞测序技术，开发了一个基于GJA4的精准免疫预后模型，用于黑色素瘤的个性化治疗	首次将单细胞测序技术与GJA4基因表达相结合，构建了黑色素瘤的精准免疫预后模型	研究主要基于公共数据库数据，实验验证样本可能有限	探索肿瘤相关内皮细胞与肿瘤的相互作用及其分子机制，开发黑色素瘤预后模型	黑色素瘤患者和胶质瘤患者的RNA-seq、微阵列数据及单细胞RNA测序数据	数字病理学	黑色素瘤	RNA-seq, 微阵列, 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	风险预测模型	基因表达数据	来自TCGA和GEO数据库的公共数据集，具体样本量未明确说明
8	2025-07-23	Novel multi-omics analysis revealing metabolic heterogeneity of breast cancer cell and subsequent development of associated prognostic signature 2025-Sep, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102444 PMID:40639090	研究论文	通过整合单细胞RNA测序、批量RNA测序和临床数据，研究乳腺癌细胞的代谢异质性，并开发相关的预后特征	揭示了乳腺癌细胞中与糖酵解重编程和免疫调节相关的代谢异质性，并构建了一个具有强大预后能力的代谢风险特征	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分仅限于PDCD1基因的功能研究	改善乳腺癌的预后预测和治疗策略	乳腺癌细胞及其肿瘤微环境	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 批量RNA测序, WGCNA, OncoPredict工具	机器学习算法	RNA测序数据, 临床数据	多个队列的乳腺癌患者数据
9	2025-07-23	In-depth patient-specific analysis of tumor heterogeneity in melanoma brain metastasis: Insights from spatial transcriptomics and multi-region bulk sequencing 2025-Sep, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102468 PMID:40669378	research paper	该研究通过整合空间转录组学和多区域批量外显子组、蛋白质组和转录组分析，对黑色素瘤脑转移（MBM）患者的肿瘤异质性进行了深入分析	结合空间转录组学和多组学方法，首次在个体MBM患者水平上详细分析了肿瘤异质性及其与免疫微环境的关联	样本量较小（仅4例患者），可能限制结果的普适性	探究黑色素瘤脑转移瘤的肿瘤异质性特征及其分子机制	黑色素瘤脑转移患者肿瘤组织	digital pathology	melanoma	spatial transcriptomics, bulk exome sequencing, proteomics, transcriptomics	NA	omics data	4例MBM患者样本
10	2025-07-23	POSTN is exclusively activated in cancer-associated fibroblasts and leads to unfavorable prognosis of patients with gastric cancer 2025-Sep, Molecular and clinical oncology IF:1.4Q4 DOI:10.3892/mco.2025.2877 PMID:40692747	research paper	该研究探讨了POSTN在胃癌相关成纤维细胞中的特异性激活及其对患者不良预后的影响	揭示了POSTN作为YAP1/TEAD1共转录因子的直接调控靶点，在成纤维细胞增殖和迁移过程中的重要作用	研究主要基于公共数据库和内部患者队列，可能受到样本来源和数量的限制	研究旨在理解胃癌肿瘤微环境的演变，以改善治疗效果	胃癌患者及其肿瘤微环境中的癌症相关成纤维细胞(CAFs)	肿瘤生物学	胃癌	免疫组织化学染色、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、临床数据	内部胃癌患者队列及公共数据库数据
11	2025-07-23	Identification of hemocyte types and characterization of their immune function in the house fly based on morphological observation and single-cell RNA sequencing 2025-Aug, Insect biochemistry and molecular biology IF:3.2Q1 DOI:10.1016/j.ibmb.2025.104358 PMID:40617446	研究论文	本研究结合形态学观察和单细胞RNA测序技术，对家蝇幼虫的血细胞类型及其免疫功能进行了分类和功能分析	首次在家蝇幼虫中鉴定出五种血细胞类型，并基于形态学、流式细胞术和基因表达谱分析了它们的免疫功能	研究仅针对家蝇幼虫，未涉及其他发育阶段或其他昆虫物种的血细胞比较	深入了解家蝇的免疫机制	家蝇幼虫的血细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 形态学观察, 流式细胞术	NA	基因表达数据, 图像数据	家蝇幼虫血细胞样本
12	2025-07-23	Resolvin D1-mediated cellular crosstalk protects against MASH 2025-Aug, JHEP reports : innovation in hepatology IF:9.5Q1 DOI:10.1016/j.jhepr.2025.101454 PMID:40671835	研究论文	本研究探讨了resolvin D1（RvD1）在代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）中的作用及其机制	揭示了RvD1通过减轻内质网应激介导的细胞凋亡，减少肝细胞死亡和DAMP产生，从而抑制Kupffer细胞、T细胞和肝星状细胞的激活，为MASH治疗提供了新的机制见解	研究中使用的样本量相对较小（小鼠n=4-6，人类n=9-10），可能影响结果的普遍性	确定RvD1介导的细胞间通讯在MASH中的作用和机制	小鼠和人类MASH模型中的肝细胞、Kupffer细胞、T细胞和肝星状细胞	肝脏疾病研究	代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）	bulk RNA测序、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、共培养实验	NA	RNA测序数据、细胞培养数据	小鼠n=4-6，人类n=9-10
13	2025-07-23	Long-Term High-Fat Diet Affected Bone Marrow Microenvironment During Aging at Single-Cell Resolution 2025-Aug, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.70276 PMID:40692664	研究论文	探讨长期高脂饮食（LHA）对衰老过程中骨髓微环境的影响	首次在单细胞分辨率下揭示长期高脂饮食如何改变骨髓微环境，并发现骨髓与大脑之间可能的信号传递轴	研究仅基于小鼠模型，结果是否适用于人类尚需进一步验证	阐明长期高脂饮食如何影响衰老过程中的骨髓和实体器官	长期高脂饮食的衰老小鼠模型	生物医学	骨质疏松症	单细胞转录组学	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明样本数量，但使用了LHA小鼠模型
14	2025-07-23	Molecular mechanism of potently neutralizing human monoclonal antibodies against severe fever with thrombocytopenia virus infection 2025-Jul-22, Journal of virology IF:4.0Q2 DOI:10.1128/jvi.00533-25 PMID:40539781	research paper	该研究通过单细胞RNA测序从SFTS幸存者中获取了几种单克隆抗体，评估了这些抗体的中和效果，并通过X射线晶体学确定了它们与SFTSV-Gn糖蛋白的共晶结构	发现了具有高中和活性的单克隆抗体SD4、SD12和SD22，特别是SD4和SD22对不同病毒基因型表现出32-83 pM的中和活性，并在小鼠模型中显示出100%的保护效果	研究仅在小鼠模型中进行验证，尚未在人体临床试验中证实其安全性和有效性	开发针对严重发热伴血小板减少综合征病毒(SFTSV)的特异性抗病毒疗法	SFTSV病毒及其糖蛋白Gn	病毒学	严重发热伴血小板减少综合征(SFTS)	单细胞RNA-seq, X射线晶体学	NA	分子结构数据	从小鼠模型获得的数据
15	2025-07-23	Lymphoma B cells remodel bone marrow stromal cells into extracellular matrix-producing cancer-associated fibroblasts 2025-Jul-22, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2024015616 PMID:40305664	研究论文	本研究揭示了淋巴瘤B细胞如何重塑骨髓基质细胞，使其转变为产生细胞外基质的癌症相关成纤维细胞	首次发现淋巴瘤B细胞与骨髓基质细胞之间的双向交互作用，导致基质细胞重编程为类似癌症相关成纤维细胞的表型	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人体内验证仍需进一步研究	探究B细胞淋巴瘤中骨髓基质微环境重塑的机制	滤泡性淋巴瘤患者的骨髓样本和淋巴瘤B细胞小鼠模型	肿瘤微环境研究	淋巴瘤	单细胞RNA测序	小鼠异种移植模型	RNA测序数据	滤泡性淋巴瘤患者骨髓样本和小鼠模型
16	2025-07-23	Novel Copper-Responsive Cell Subtypes in Oyster Gills: scRNA-Seq Uncovers Detoxification Strategy and Intraspecific Accumulation Variation 2025-Jul-22, Environmental science & technology IF:10.8Q1 DOI:10.1021/acs.est.5c05244 PMID:40639921	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术构建了牡蛎鳃的首个细胞图谱，揭示了铜积累差异的细胞调控网络	首次在牡蛎鳃中鉴定出铜特异性积累的嗜铜细胞，并确认了嗜铜细胞丰度与铜含量的直接相关性	研究仅关注铜积累机制，未涉及其他重金属的积累过程	研究牡蛎鳃对金属的吸收和解毒机制	牡蛎鳃细胞	单细胞转录组学	NA	scRNA-Seq	NA	单细胞转录组数据	高铜积累和低铜积累牡蛎的鳃组织
17	2025-07-23	TNF drives aberrant BMP signaling to induce endothelial and mesenchymal dysregulation in pulmonary hypertension 2025-Jul-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.174456 PMID:40569693	研究论文	研究TNF信号如何通过异常的BMP信号传导导致肺动脉高压中的内皮细胞和间充质细胞失调	揭示了TNF通过激活内皮NF-κB和SMAD2/3信号传导导致BMP信号传导异常的机制	研究仅基于TNF-Tg小鼠模型，未在人类样本中验证	探究肺动脉高压的发病机制，特别是TNF信号在内皮和间充质细胞互中的作用	野生型和TNF-Tg小鼠的肺内皮细胞和间充质细胞	病理生物学	肺动脉高压	单细胞RNA测序、免疫荧光染色、聚类分析、差异基因表达分析、配体-受体相互作用分析、转录因子结合分析、RNA速度评估	TNF-Tg小鼠模型	RNA测序数据、免疫荧光图像	野生型和TNF-Tg小鼠的肺内皮细胞和间充质细胞
18	2025-07-23	Ripk1 is critical for preserving effector regulatory T cells and the suppressive transcriptional program in regulatory T cells 2025-Jul-22, Cell death and differentiation IF:13.7Q1 DOI:10.1038/s41418-025-01550-3 PMID:40691281	研究论文	本研究揭示了Ripk1在维持调节性T细胞（Treg）数量和功能中的关键作用，及其在免疫稳态中的重要性	发现Ripk1特异性缺失会导致Treg细胞数量系统性减少，进而引发全身性病理变化，并揭示了Ripk1在维持效应Treg细胞转录特征中的必要性	嵌合小鼠模型中细胞数量较少，可能影响部分实验结果的可信度	探究Ripk1在调节性T细胞功能和免疫稳态中的作用机制	调节性T细胞（Treg细胞）	免疫学	免疫失调	单细胞RNA测序、他莫昔芬诱导型基因敲除系统	嵌合小鼠模型	基因表达数据	嵌合小鼠和诱导型基因敲除小鼠的Treg细胞
19	2025-07-23	Spatial transcriptomics mapping of immune cell and TGFβ signalling pathway heterogeneity in testicular germ cell tumours 2025-Jul-22, Andrology IF:3.2Q1 DOI:10.1111/andr.70100 PMID:40693358	research paper	该研究利用空间转录组学技术分析了睾丸生殖细胞肿瘤（TGCTs）中免疫细胞和TGFβ信号通路的异质性	首次在TGCTs中应用空间转录组学技术，揭示了肿瘤及其周围区域的免疫细胞和TGFβ信号通路的异质性	样本量较小（仅4例患者），且仅针对特定类型的TGCTs	探索TGCTs的异质性及其潜在的诊断和治疗靶点	睾丸生殖细胞肿瘤（TGCTs）及其前体细胞（GCNIS）	digital pathology	testicular germ cell tumours	NanoString GeoMx spatial whole transcriptomics workflow, RNA-Seq	NA	spatial transcriptomic data	4例TGCT患者样本（3例非精原细胞瘤，1例精原细胞瘤），超过90个感兴趣区域（ROIs）
20	2025-07-23	Differentiation Trajectory of Virus-Induced Tumour Cells in Rice Revealed by Single-Cell RNA Sequencing 2025-Jul-22, Plant biotechnology journal IF:10.1Q1 DOI:10.1111/pbi.70267 PMID:40693410	研究论文	通过单细胞RNA测序分析，揭示了水稻黑条矮缩病毒（RBSDV）感染引起的水稻叶片鞘细胞转录异质性及肿瘤细胞分化轨迹	首次构建了植物对病毒感染的细胞类型特异性转录组图谱，并鉴定了RBSDV诱导肿瘤细胞分化的关键基因模块和通路	研究仅针对RBSDV一种病毒，未涉及其他植物病毒的类似机制	解析病毒诱导的植物细胞异常分化和发育的分子机制	RBSDV感染的水稻叶片鞘细胞	植物病理学	病毒性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	伪时间分析（pseudotime analysis）	单细胞转录组数据	106,973个细胞