单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-06-08	mitoXplorer 3.0, A Web Tool for Exploring Mitochondrial Dynamics in Single-cell RNA-seq Data 2025-Aug-01, Journal of molecular biology IF:4.7Q1 DOI:10.1016/j.jmb.2025.169004 PMID:40133780	研究论文	介绍了一个名为mitoXplorer 3.0的网页工具，用于在单细胞RNA-seq数据中探索线粒体动态	mitoXplorer 3.0新增了针对单细胞测序数据的分析功能，包括生成仅包含线粒体相关基因的单细胞表达矩阵，以及用于识别基于线粒体基因的细胞亚群的新交互界面	NA	研究线粒体功能和动态在单细胞分辨率下的变异性	线粒体在单细胞中的动态和功能	生物信息学	脊髓小脑共济失调1型	单细胞RNA-seq	NA	单细胞转录组数据	NA
2	2025-06-08	Single-cell transcriptomics and metabolomics reveal the potential role of ASRGL1 in metabolic reprogramming and invasion of nasopharyngeal carcinoma cells 2025-Aug, The international journal of biochemistry & cell biology DOI:10.1016/j.biocel.2025.106788 PMID:40320045	研究论文	本研究通过单细胞转录组学和代谢组学分析，探讨了ASRGL1在鼻咽癌细胞代谢重编程和侵袭中的潜在作用	首次揭示了ASRGL1在鼻咽癌中的表达特征及其在代谢重编程和上皮-间质转化(EMT)中的功能作用	研究主要基于体外细胞实验和公共数据集分析，缺乏体内实验验证	探究ASRGL1在鼻咽癌发生发展中的作用机制	鼻咽癌细胞(C666-1细胞系)	肿瘤生物学	鼻咽癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 氨基酸代谢组学, GC-MS顶空代谢组学	NA	基因表达数据, 代谢组数据	公共数据集GSE150430及C666-1细胞系实验
3	2025-06-08	TCREMP: A Bioinformatic Pipeline for Efficient Embedding of T-cell Receptor Sequences from Immune Repertoire and Single-cell Sequencing Data 2025-Aug-01, Journal of molecular biology IF:4.7Q1 DOI:10.1016/j.jmb.2025.169205 PMID:40368275	research paper	介绍了一个名为TCREMP的生物信息学流程，用于从免疫库和单细胞测序数据中高效嵌入T细胞受体序列	提出了TCREMP流程，通过将TCR氨基酸序列数字化，基于与常见观察序列的相似性，为比较分析提供参考点，并有助于解码抗原特异性预测	NA	开发一个生物信息学流程，用于处理TCR测序数据并追踪抗原特异性	T细胞受体（TCR）序列	bioinformatics	NA	high-throughput sequencing, single-cell sequencing	NA	sequence data	NA
4	2025-06-08	Delivery of Itgb1-siRNA by triptolide-modified and anti-Flt1 peptide-guided ionizable cationic LNPs for targeted therapy of corneal neovascularization 2025-Jul-10, Journal of controlled release : official journal of the Controlled Release Society IF:10.5Q1 DOI:10.1016/j.jconrel.2025.113811 PMID:40324532	研究论文	本研究开发了一种新型的离子化阳离子脂质纳米颗粒（icLNPs）递送系统，用于靶向治疗角膜新生血管（CoNV）	首次将Itgb1-siRNA与抗Flt1肽导向的icLNPs结合，并引入具有抗炎特性的雷公藤甲素，显著提高了CoNV的靶向治疗效果	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体临床试验中验证	开发一种新型非侵入性治疗方法，用于治疗角膜新生血管	角膜新生血管（CoNV）	生物医学工程	眼科疾病	siRNA递送技术、单细胞测序	NA	NA	小鼠模型
5	2025-06-08	Intercellular communication after myocardial infarction: Macrophage as the centerpiece 2025-Jul, Ageing research reviews IF:12.5Q1 DOI:10.1016/j.arr.2025.102757 PMID:40320153	综述	本文综述了心肌梗死后巨噬细胞作为核心的细胞间通讯及其在损伤修复中的作用	总结了巨噬细胞亚群的动态变化及其为中心的细胞间通讯，提出了新的靶向治疗策略和免疫代谢调控的见解	NA	探讨心肌梗死后巨噬细胞在损伤修复和重塑中的核心作用及其治疗潜力	巨噬细胞及其与其他心脏细胞的相互作用	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞测序	NA	基因表达谱	NA
6	2025-06-08	Single-cell transcriptomic analyses provide insights into the tumor microenvironment heterogeneity and invasion phenotype in retinoblastoma 2025-Jul, Pathology, research and practice DOI:10.1016/j.prp.2025.156009 PMID:40378583	research paper	该研究通过单细胞转录组分析揭示了视网膜母细胞瘤（RB）肿瘤微环境（TME）的异质性及其与侵袭表型的关系	首次系统描绘了RB中TME的异质性景观，并揭示了TME相关细胞群间的细胞间通讯与RB侵袭性进展的潜在关联	研究样本量有限，且未进行实验验证	探究视网膜母细胞瘤肿瘤微环境的异质性及其与肿瘤侵袭表型的关系	视网膜母细胞瘤（RB）的肿瘤微环境	digital pathology	retinoblastoma	single-cell sequencing, CellChat, Monocle, CIBERSORT, CIBERSORTx	NA	single-cell transcriptomic data, microarray data	NA
7	2025-06-08	Crosstalk between kidney and bones: New perspective for modulating osteoporosis 2025-Jul, Ageing research reviews IF:12.5Q1 DOI:10.1016/j.arr.2025.102776 PMID:40389172	综述	本文综述了肾脏与骨骼之间的相互作用及其在骨质疏松症中的调控作用	提出了肾脏与骨骼之间相互作用的新视角，并探讨了多种调控因子及创新方法在研究中的应用	NA	探讨肾脏与骨骼之间的相互作用及其在骨质疏松症中的调控机制	肾脏与骨骼的相互作用及其相关疾病（如慢性肾病伴骨密度异常、肾性骨营养不良和骨质疏松症）	NA	骨质疏松症	细胞共培养、器官芯片、单细胞测序、空间转录组学	NA	NA	NA
8	2025-06-08	stDGAC: A novel identifying spatial domains method via graph attention contrastive network for spatial transcriptomics data 2025-Jul, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110280 PMID:40403639	研究论文	提出了一种名为stDGAC的新方法，通过结合去噪自编码器和图注意力对比网络，更准确地识别空间转录组数据中的空间域	首次联合使用去噪自编码器和图注意力对比网络进行空间转录组数据分析，提高了空间域识别的准确性	未提及方法在特定组织类型或数据规模下的性能表现	开发更准确的空间转录组数据空间域识别方法	空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组测序	去噪自编码器(DAE)、图注意力对比网络(GACN)	空间转录组数据	NA
9	2025-06-08	Integrating AI/ML and multi-omics approaches to investigate the role of TNFRSF10A/TRAILR1 and its potential targets in pancreatic cancer 2025-Jul, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110432 PMID:40424767	研究论文	本文通过整合AI/ML和多组学方法，研究了TNFRSF10A/TRAILR1在胰腺癌中的潜在作用及其靶点	采用多层次的系统生物学和药物发现流程，结合深度学习驱动的QSAR建模，预测并验证了TNFRSF10A作为胰腺癌的潜在治疗靶点	研究依赖于计算模型预测，需要进一步的实验验证	研究胰腺癌的治疗靶点和潜在药物	胰腺导管腺癌（PDAC）及其微环境中的癌细胞	数字病理	胰腺癌	多组学分析（基因组学、单细胞空间转录组学、蛋白质组学）、ceRNA网络分析、QSAR建模	深度学习（SELFormer）	基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据	NA
10	2025-06-08	Integrating multi-omics data with artificial intelligence to decipher the role of tumor-infiltrating lymphocytes in tumor immunotherapy 2025-Jul, Pathology, research and practice DOI:10.1016/j.prp.2025.156035 PMID:40435910	综述	本文综述了人工智能在评估肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）中的应用进展，包括自动化定量、亚群识别和空间分布模式分析	整合人工智能与多组学数据，自动化评估TILs，探索其在肿瘤免疫治疗中的临床效用	未提及具体研究样本量或数据集的局限性	阐明TILs在多种癌症中的预后价值及其对免疫治疗和新辅助治疗反应的预测能力	肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）	数字病理学	肿瘤	单细胞测序、多重免疫荧光、空间转录组学	CNN	图像、多组学数据	NA
11	2025-06-08	Integrating Ambient Ionization Mass Spectrometry Imaging and Spatial Transcriptomics on the Same Cancer Tissues to Identify RNA-Metabolite Correlations 2025-Jun-10, Angewandte Chemie (International ed. in English) DOI:10.1002/anie.202502028 PMID:40216587	研究论文	本文提出了一种结合解吸电喷雾电离质谱成像（DESI-MSI）空间代谢组学和Visium空间转录组学的新方法，用于在同一组织切片上识别RNA与代谢物的相关性	首次在同一组织切片上整合DESI-MSI空间代谢组学和Visium空间转录组学技术，克服了相邻连续切片间变异性的问题	仅在人乳腺癌和肺癌组织中进行了验证，尚未在其他癌症类型中测试	开发一种整合空间代谢组学和空间转录组学的方法，以更全面地理解生物问题	人乳腺癌和肺癌组织	空间组学	乳腺癌, 肺癌	DESI-MSI, Visium空间转录组学	NA	质谱成像数据, 转录组数据	人乳腺癌和肺癌组织样本（具体数量未提及）
12	2025-06-08	Unlocking novel T cell-based immunotherapy for hepatocellular carcinoma through neoantigen-driven T cell receptor isolation 2025-Jun-06, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-334148 PMID:39832892	研究论文	本研究通过分析肝细胞癌（HCC）患者的肿瘤、肝脏冲洗液和肝脏引流淋巴结中的T细胞反应，探索了基于新抗原驱动的T细胞受体分离的新型免疫治疗方法	首次在HCC免疫抑制微环境中鉴定出反应性T细胞群体，并发现肝脏冲洗液和引流淋巴结中的T细胞可作为免疫治疗的潜在来源	研究样本量较小（仅7名患者），且未进行体内功能验证	探索HCC微环境中反应性T细胞的特性及其在免疫治疗中的应用潜力	肝细胞癌患者的肿瘤组织、肝脏冲洗液和肝脏引流淋巴结	肿瘤免疫学	肝细胞癌	单细胞RNA测序、T细胞受体测序（TCR-seq）、共培养实验	NA	转录组数据、蛋白质组数据	7名HCC患者的临床样本
13	2025-06-08	Glucocorticoid receptor suppresses GATA6-mediated RNA polymerase II pause release to modulate classical subtype identity in pancreatic cancer 2025-Jun-06, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-334374 PMID:39884837	研究论文	本研究揭示了糖皮质激素受体（GR）激动剂通过抑制GATA6介导的RNA聚合酶II暂停释放来调控胰腺癌经典亚型身份的转录调控机制	发现了GR激动剂通过干扰GATA6功能来抑制经典亚型转录程序的新机制，并揭示了GATA6通过启动子近端暂停释放调控亚型特异性转录的分子机制	研究主要基于体外实验和动物模型，需要进一步验证在人体内的效果	揭示控制胰腺导管腺癌（PDAC）亚型身份的转录调控机制	胰腺导管腺癌（PDAC）的经典和基底亚型	癌症生物学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、ATAC-seq、ChIP-seq、HiChIP、PRO-seq、dCas9基因编辑	NA	基因组学数据、转录组学数据、表观遗传学数据	NA（未明确说明样本数量，但使用了患者来源的异种移植模型和原发肿瘤样本）
14	2025-06-08	Habitual Exercise Modulates Neuroimmune Interaction to Mitigate Aortic Stiffness 2025-Jun-06, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.325656 PMID:40304034	research paper	研究探讨了习惯性运动如何通过调节神经免疫相互作用来减轻主动脉硬化	揭示了运动通过调节交感神经与免疫细胞的相互作用减轻主动脉硬化的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证	探究运动对主动脉硬化中神经免疫相互作用的调节作用	C57BL/6小鼠	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞RNA测序，免疫组化，基因敲除	小鼠模型	基因表达数据，免疫组化数据	未明确说明具体数量，使用C57BL/6小鼠进行实验
15	2025-06-08	Dissection of the immune landscape in psoriatic arthritis defines immunoproteasome up-regulation in treatment resistance 2025-Jun-06, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adu0284 PMID:40478933	研究论文	通过单细胞RNA测序分析银屑病关节炎患者的滑液免疫景观，揭示了治疗抵抗性患者中免疫蛋白酶体和MHC I类基因表达上调的现象	首次在治疗抵抗性银屑病关节炎患者中发现免疫蛋白酶体和MHC I类基因表达上调，并通过体内外实验验证了选择性免疫蛋白酶体抑制剂的治疗效果	样本量相对较小（41例PsA患者和9例OA对照），且研究结果需要在更大规模队列中验证	探索银屑病关节炎治疗抵抗性的免疫学机制并寻找新的治疗靶点	银屑病关节炎患者和骨关节炎对照患者的滑液免疫细胞	免疫学	银屑病关节炎	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	41例银屑病关节炎患者和9例骨关节炎对照
16	2025-06-08	A spatially organized Cd24a+/Pax9+ stem cell core governs postnatal tooth establishment 2025-Jun-06, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adu5653 PMID:40479070	research paper	本研究揭示了Cd24a+/Pax9+干细胞核心在哺乳动物出生后牙齿建立中的空间组织作用	发现了Cd24a+/Pax9+干细胞核心在牙齿发育过程中的空间组织及其在牙根形成中的关键作用	研究主要关注小鼠模型，人类牙齿中的发现需要进一步验证	探究出生后牙齿建立的细胞机制	小鼠和人类的牙齿干细胞	发育生物学	NA	单细胞RNA测序, CUT&Tag, 空间映射	NA	基因表达数据, 空间组织数据	NA
17	2025-06-08	Deficient FANCL Predisposes Endothelial Damage: A New Therapeutic Target for Pulmonary Hypertension 2025-Jun-06, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 PMID:40479584	research paper	该研究探讨了FANCL缺陷与肺动脉高压（PAH）之间的关系，并提出了FANCL作为治疗PAH的新靶点	首次揭示了FANCL缺陷通过DNA损伤和BMP/TGF-β信号通路失衡促进PAH的机制，并提出了基因补充和药物干预的治疗策略	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，临床转化仍需进一步验证	阐明FA通路、DNA损伤与PAH之间的相互作用机制	FANCL基因缺陷小鼠模型、PAH患者肺组织和肺动脉内皮细胞、野生成年小鼠肺微血管内皮细胞	分子病理学	肺动脉高压	单细胞RNA测序、腺相关病毒介导的基因过表达	基因敲除小鼠模型	基因表达数据、细胞功能实验数据	临床PAH患者样本、小鼠模型和体外培养细胞
18	2025-06-08	An erythroid-biased FOShi hematopoietic multipotent progenitor subpopulation contributes to adaptation to chronic hypoxia 2025-Jun-05, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2025.03.010 PMID:40220764	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了模拟长期高海拔缺氧的高海拔红细胞增多症小鼠模型中的造血干细胞和祖细胞及红细胞，发现了一个独特的红细胞偏向性多能祖细胞亚群FOS MPP	发现了一个新的红细胞偏向性多能祖细胞亚群FOS MPP，该亚群在缺氧条件下扩增，并具有独特的干扰素信号响应性	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探索缺氧适应和适应不良的细胞和分子机制	造血干细胞和祖细胞及红细胞	分子生物学	高海拔红细胞增多症	单细胞RNA测序	小鼠模型	RNA测序数据	NA
19	2025-06-08	3D reconstruction of a human Carnegie stage 9 embryo provides a snapshot of early body plan formation 2025-Jun-05, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2025.04.007 PMID:40345192	research paper	通过空间转录组学技术，对Carnegie stage 9人类胚胎进行3D重建，揭示了早期身体计划形成的转录组和空间复杂性	首次利用空间转录组学技术对完整的人类CS9胚胎进行详细分析，重建了3D模型并识别了多种细胞类型和发育轨迹	研究仅基于一个胚胎样本，可能无法完全代表所有CS9胚胎的变异性	探索人类早期胚胎发育过程中的转录组和空间组织特征	Carnegie stage 9人类胚胎	发育生物学	NA	空间转录组学	3D重建模型	空间转录组数据	1个人类胚胎（75个横断面冷冻切片）
20	2025-06-08	Transmembrane emp24 domain-containing protein 3 promotes the malignant progression of glioma by regulating the ZBTB7A signaling axis 2025-Jun-05, Molecular biomedicine IF:6.3Q1 DOI:10.1186/s43556-025-00274-7 PMID:40471367	研究论文	本研究探讨了跨膜emp24结构域蛋白3（TMED3）在胶质母细胞瘤（GBM）恶性进展中的作用及其通过调控ZBTB7A信号轴的潜在机制	首次揭示了TMED3通过调控ZBTB7A信号轴促进GBM恶性进展的机制	未涉及TMED3在其他类型癌症中的作用机制	探索GBM的新治疗靶点	胶质母细胞瘤（GBM）	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤	TCGA数据库分析、单细胞RNA测序、体外和体内实验、免疫共沉淀	NA	基因表达数据、实验数据	未明确提及具体样本数量