单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 31780 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2025-10-16 |
From Harmony to Discord: Multicellular Coordination in Tissues and Its Rewiring in Cancer
2025-Oct-15, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-25-3155
PMID:40698653
|
评论 | 讨论CoVarNet计算框架如何通过单细胞和空间转录组学解析多细胞模块在组织中的协调作用及其在癌症中的重编程 | 提出从细胞中心生物学向生态系统水平生物学的概念转变，开发可映射跨组织多细胞模块的通用计算框架 | 模块化组织生物学中仍存在未解决的问题 | 研究组织水平的多细胞协调机制及其在癌症中的重编程 | 35种人体组织中的多细胞模块 | 计算生物学 | 癌症 | 单细胞转录组学, 空间转录组学 | CoVarNet | 单细胞数据, 空间转录组数据 | 35种人体组织 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 2 | 2025-10-16 |
Antibiotic treatment limits survival of peripheral and bone marrow B-cell populations
2025-Oct-14, Blood advances
IF:7.4Q1
DOI:10.1182/bloodadvances.2024013694
PMID:40668665
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术分析，揭示了抗生素治疗通过破坏细胞存活信号导致骨髓B细胞耗竭的机制 | 首次发现抗生素治疗会导致骨髓B细胞在所有发育阶段的显著耗竭，并证实这种耗竭与MYC促生存信号通路受损相关 | 研究仅使用小鼠模型，未在人类中验证；未详细探讨不同抗生素类型的影响差异 | 探究抗生素治疗对骨髓造血系统中B细胞群体的影响机制 | 小鼠骨髓造血细胞和外周B细胞群体 | 单细胞生物学 | 免疫系统疾病 | 单细胞RNA测序，流式细胞术，粪便微生物移植 | NA | 单细胞转录组数据，流式细胞数据 | 小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3 | 2025-10-16 |
Distinct follicular T cell subsets regulate lymphoma progression and outcomes
2025-Oct-13, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2025.06.013
PMID:40614737
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研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示了滤泡性淋巴瘤中滤泡T细胞的异质性及其在疾病进展和预后中的作用 | 发现了转录和空间上独特的非T滤泡辅助细胞亚群，这些亚群具有增强的抗肿瘤特性并能独立于现有预后标志物对FL预后进行分层 | NA | 探索滤泡性淋巴瘤中滤泡T细胞的异质性及其在疾病调控中的作用 | 滤泡性淋巴瘤患者的滤泡T细胞 | 单细胞生物学 | 淋巴瘤 | 多组学分析、单细胞转录组测序、空间转录组学、多重蛋白分析 | NA | 单细胞转录组数据、空间转录组数据、蛋白质表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 4 | 2025-10-16 |
Tumor-resident probiotic Clostridium butyricum improves aPD-1 efficacy in colorectal cancer models by inhibiting IL-6-mediated immunosuppression
2025-Oct-13, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2025.07.012
PMID:40780216
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研究论文 | 本研究鉴定出丁酸梭菌作为益生菌可通过抑制IL-6介导的免疫抑制增强抗PD-1疗法在结直肠癌模型中的疗效 | 首次发现丁酸梭菌表面蛋白secD通过结合GRP78受体抑制PI3K-AKT-NF-κB通路，减少免疫抑制因子IL-6分泌，从而增强免疫检查点阻断疗效 | 研究主要基于小鼠模型和类器官共培养系统，尚未在人体临床试验中验证 | 探索增强结直肠癌免疫检查点阻断疗法疗效的新策略 | 结直肠癌模型、丁酸梭菌、免疫细胞 | 肿瘤免疫学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, 类器官共培养 | NA | 基因表达数据 | 多种结直肠癌模型（原位移植瘤、AOM/DSS诱导模型、无菌小鼠、人源化小鼠） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5 | 2025-10-16 |
Mapping Plasmodium transitions and interactions in the Anopheles female
2025-Oct-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.12.623125
PMID:39605504
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示疟疾寄生虫在按蚊中肠内的发育转变和宿主-寄生虫相互作用 | 首次结合单细胞RNA测序和共聚焦显微镜技术系统解析疟原虫在蚊媒中的发育过程，发现寄生虫优先与中肠祖细胞相互作用，并鉴定出SIP2转录因子对肝细胞感染的关键作用 | 研究中涉及的寄生虫-蚊子组合可能无法完全代表所有自然传播情况，部分分子机制仍需进一步验证 | 阐明疟原虫在按蚊体内的发育转变过程和宿主-寄生虫相互作用机制 | 疟原虫寄生虫和按蚊中肠细胞 | 单细胞生物学 | 疟疾 | 单细胞RNA测序，共聚焦显微镜，共享条形码分析 | NA | 单细胞转录组数据，显微镜图像数据 | 多个发育阶段和代谢条件下的寄生虫和蚊子细胞，包括野外来源的寄生虫 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6 | 2025-10-16 |
Single-cell and bulk transcriptome analysis identifies B-cell subpopulations and associated cancer subtypes with distinct clinical and molecular characteristics
2025-Oct, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
DOI:10.1007/s13402-025-01082-5
PMID:40526246
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研究论文 | 通过单细胞和批量转录组分析识别B细胞亚群及其相关的癌症亚型，揭示其独特的临床和分子特征 | 整合14个单细胞RNA测序数据集，首次在泛癌水平系统鉴定8个B细胞亚群并构建预后预测模型 | 样本量相对有限（424例患者），需要更多独立队列验证 | 研究B细胞亚群在癌症中的临床相关性和分子特征 | B细胞亚群和癌症患者 | 生物信息学 | 泛癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 空间转录组学 | 无监督聚类, 轨迹分析, 预测模型 | 转录组数据 | 102,504个细胞来自424例患者，涵盖15种癌症类型 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 7 | 2025-10-16 |
Inhibition of Glutamine Metabolism Attenuates Tumor Progression Through Remodeling of the Macrophage Immune Microenvironment
2025-Oct, Advanced biology
IF:3.2Q3
DOI:10.1002/adbi.202400738
PMID:40653724
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研究论文 | 本研究开发了一种谷氨酰胺拮抗剂前药JHU083，通过重塑巨噬细胞免疫微环境抑制肿瘤进展 | 开发了在癌组织中选择性生物激活的谷氨酰胺拮抗剂前药JHU083，并发现其能特异性抑制免疫抑制性M2样巨噬细胞而不影响促炎性M1样巨噬细胞 | 研究仅使用小鼠肿瘤模型，尚未在人体中进行验证 | 评估谷氨酰胺代谢抑制对肿瘤细胞和免疫微环境的影响 | 两种免疫系统完整的小鼠癌症模型和体外骨髓来源的巨噬细胞 | 癌症免疫治疗 | 癌症 | 单细胞RNA测序，体外巨噬细胞培养 | NA | 基因表达数据，细胞表型数据 | 两种小鼠肿瘤模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 8 | 2025-10-16 |
Fibroblast-derived PI16 enhances tumor immune-suppressive microenvironment via inducing Tregs differentiation
2025-Oct, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
DOI:10.1007/s13402-025-01090-5
PMID:40694273
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研究论文 | 本研究探讨了成纤维细胞来源的PI16通过诱导调节性T细胞分化增强食管鳞癌免疫抑制微环境的作用机制 | 首次发现PI16+成纤维细胞亚群通过DOCK2依赖性机制促进初始CD4+ T细胞向Tregs分化，揭示了肿瘤免疫抑制微环境的新调控机制 | 研究主要聚焦于PI16-DOCK2轴，可能还存在其他未被发现的调控通路；临床样本量有限 | 探究成纤维细胞来源的PI16在食管鳞癌肿瘤微环境中的免疫调节功能 | 食管鳞癌患者样本、成纤维细胞、初始CD4+ T细胞、调节性T细胞 | 肿瘤免疫学 | 食管癌 | 单细胞RNA测序，细胞共培养，免疫沉淀，质谱分析，多重荧光免疫组化 | NA | 单细胞RNA测序数据，蛋白质相互作用数据，免疫组化图像数据 | 公共单细胞RNA测序数据集GSE203115，具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9 | 2025-10-16 |
Single-cell transcriptomics redefines focal neuroendocrine differentiation as a distinct prostate cancer pathology
2025-Oct, Molecular oncology
IF:5.0Q1
DOI:10.1002/1878-0261.70099
PMID:40705968
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研究论文 | 通过单细胞转录组学重新定义局灶性神经内分泌分化为独特的前列腺癌病理类型 | 首次在单细胞水平揭示不同神经内分泌前列腺癌病理亚型具有独特的转录特征和信号通路富集模式 | 研究样本量相对有限（9个患者来源的异种移植模型），需要更大规模验证 | 探究神经内分泌前列腺癌不同病理亚型的转录异质性 | 神经内分泌前列腺癌肿瘤细胞 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 18,632个肿瘤细胞，来自9个患者来源的异种移植模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 10 | 2025-10-16 |
Rigor and Reproducibility of Spatial Transcriptomics Performed on Clinically Sourced Human Tissues
2025-Sep, Laboratory investigation; a journal of technical methods and pathology
DOI:10.1016/j.labinv.2025.104190
PMID:40311874
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研究论文 | 评估临床来源人体组织中空间转录组学技术的严谨性和可重复性 | 首次系统评估数字空间分析技术在临床样本中的技术性能，并比较多细胞与单细胞分辨率平台的差异 | 主要聚焦于数字空间分析技术，仅使用肾脏组织和活检样本作为示例 | 评估空间转录组学技术在临床研究和诊断中的应用可行性 | 临床来源的人类肾脏组织和活检样本 | 空间转录组学 | 肾脏疾病 | 空间转录组学，数字空间分析，单分子成像 | NA | 基因表达空间定位数据 | NA | NA | 空间转录组学，单细胞RNA测序 | NA | 数字空间分析平台，单分子成像仪 |
| 11 | 2025-10-16 |
Defining the host dependencies and the transcriptional landscape of RSV infection and bystander activation
2025-Aug-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.26.645108
PMID:40196489
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研究论文 | 本研究通过CRISPR筛选和单细胞RNA测序技术，揭示了RSV感染细胞与旁观者细胞的转录差异和宿主依赖性 | 首次结合全基因组CRISPR敲除筛选和单细胞RNA测序技术，系统分析RSV感染细胞与旁观者激活细胞的转录差异 | 未在摘要中明确说明研究局限性 | 阐明RSV感染的宿主决定因素和宿主反应机制 | RSV感染细胞和未感染的旁观者细胞 | 基因组学 | 呼吸道病毒感染 | 全基因组CRISPR敲除筛选, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 12 | 2025-10-16 |
Comprehensive multi-omics analysis reveals the core role of glycerophospholipid metabolism in the influence of short-chain fatty acids on the development of sepsis
2025-Aug-09, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-13322-7
PMID:40783504
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研究论文 | 通过多组学分析揭示短链脂肪酸通过甘油磷脂代谢途径影响脓毒症发展的核心机制 | 首次整合代谢组学、转录组学、单细胞测序和孟德尔随机化方法，系统阐明短链脂肪酸通过调节甘油磷脂代谢影响脓毒症发展的因果机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证仍需进一步扩展 | 探究短链脂肪酸在脓毒症发展中的具体作用机制 | C57BL/6小鼠和人类转录组数据 | 多组学分析 | 脓毒症 | 非靶向代谢组学, 转录组学, 单细胞RNA测序, 孟德尔随机化 | SVM-RFE, LASSO回归 | 代谢组数据, 转录组数据, 单细胞数据 | 60只C57BL/6小鼠，多个公共数据库数据集 | NA | 单细胞RNA测序, 转录组测序, 代谢组学 | NA | NA |
| 13 | 2025-10-16 |
Joint representation and visualization of derailed cell states with Decipher
2025-Jul-23, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03682-8
PMID:40702544
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研究论文 | 提出一种名为Decipher的深度生成模型，用于整合单细胞基因组学数据并可视化正常与异常细胞状态间的转变 | 开发首个能联合建模和可视化正常与扰动单细胞RNA-seq数据中基因表达和细胞状态的深度生成模型 | NA | 开发计算工具以整合跨条件的单细胞基因组学数据并表征正常到异常细胞状态的转变 | 单细胞RNA测序数据中的细胞状态 | 机器学习 | 胰腺炎、急性髓系白血病、胃癌 | 单细胞RNA测序 | 深度生成模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 14 | 2025-10-16 |
Multiplexed single-cell transcriptomics reveals diverse phenotypic outcomes for pathogenic SHP2 variants
2025-Jul-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.30.662374
PMID:40631144
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示致病性SHP2变异导致的不同表型结果 | 结合单细胞转录谱分析与蛋白质生物化学、结构分析和细胞生物学，系统解释致病突变如何失调信号传导 | NA | 理解SHP2结构扰动、细胞结果与人类疾病之间的联系 | 表达临床多样性SHP2变异的细胞 | 单细胞组学 | 努南综合征、癌症 | 单细胞转录组分析、蛋白质生物化学、结构分析、细胞生物学 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 15 | 2025-10-16 |
Single-cell and spatial detection of senescent cells using DeepScence
2025-Apr-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.21.568150
PMID:38045252
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研究论文 | 开发基于深度神经网络的DeepScence方法，用于在单细胞和空间转录组数据中检测衰老细胞 | 提出了CoreScence衰老相关基因集，并开发了DeepScence深度学习方法，在多种数据平台上均能准确识别衰老细胞 | NA | 开发准确识别衰老细胞的方法，研究其空间和分子特征 | 衰老细胞 | 数字病理学 | 老年疾病 | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | 深度神经网络 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 16 | 2025-10-16 |
Distinct tumor architectures and microenvironments for the initiation of breast cancer metastasis in the brain
2024-Oct-14, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2024.08.015
PMID:39270646
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研究论文 | 本研究揭示了不同类型乳腺癌脑转移的独特肿瘤结构和微环境特征 | 发现TNBC和HER2+乳腺癌在脑转移过程中形成不同的肿瘤结构，并引发差异性的阿尔茨海默病相关小胶质细胞反应 | 研究主要基于小鼠模型和有限的人类组织样本，需要更大规模临床验证 | 理解乳腺癌脑转移的早期定植机制 | 三阴性乳腺癌和HER2+乳腺癌的脑转移过程 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据，组织样本数据 | 小鼠模型和人类组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 17 | 2025-10-16 |
scEMB: Learning context representation of genes based on large-scale single-cell transcriptomics
2024-Sep-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.24.614685
PMID:39386549
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研究论文 | 开发了一种基于Transformer的深度学习模型scEMB，用于从大规模单细胞转录组数据中学习基因的上下文表示 | 提出创新的分箱策略整合多平台数据，同时保留基因表达层次和细胞类型特异性，在批次整合、聚类和细胞类型注释等下游任务中表现优于现有模型 | NA | 从大规模单细胞转录组数据中挖掘复杂的基因-基因关系 | 单细胞转录组数据中的基因表达模式 | 自然语言处理 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | Transformer | 单细胞转录组数据 | 超过3000万个单细胞转录组 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 18 | 2025-10-16 |
Cortical somatostatin long-range projection neurons and interneurons exhibit divergent developmental trajectories
2024-Feb-21, Neuron
IF:14.7Q1
DOI:10.1016/j.neuron.2023.11.013
PMID:38086373
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研究论文 | 本研究结合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了小鼠大脑皮层中表达生长抑素的抑制性神经元在发育过程中的分化轨迹 | 首次发现SST+抑制性神经元在胚胎阶段就分为长程投射神经元和两种中间神经元类型，并遵循不同的发育轨迹 | 研究仅针对小鼠模型，且中间神经元的多样性可能在出生后早期继续完善 | 探究大脑皮层抑制性神经元的发育多样性和分化机制 | 小鼠大脑皮层中表达生长抑素(SST+)的抑制性神经元 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 空间定位数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 19 | 2025-10-16 |
A Novel Prognostic Pyroptosis-Related Gene Signature Correlates to Oxidative Stress and Immune-Related Features in Gliomas
2023, Oxidative medicine and cellular longevity
DOI:10.1155/2023/4256116
PMID:36778205
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研究论文 | 构建并验证了一个基于焦亡相关基因的胶质瘤预后模型 | 首次将焦亡相关基因与胶质瘤预后关联，并构建了包含9个基因的预后特征 | 研究基于公共数据库数据，需要进一步实验验证 | 开发胶质瘤预后预测工具并探索潜在治疗靶点 | 胶质瘤患者和U87胶质瘤细胞系 | 生物信息学 | 胶质瘤 | 单细胞RNA测序，LASSO-Cox回归，Kaplan-Meier分析，KEGG/GO富集分析 | 预后风险模型 | 基因表达数据，临床数据 | TCGA和CGGA队列的胶质瘤患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq，bulk RNA-seq | NA | NA |
| 20 | 2025-10-16 |
Mouse and human share conserved transcriptional programs for interneuron development
2021-Dec-10, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.abj6641
PMID:34882453
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了人类与小鼠在中间神经元发育过程中共享保守的转录调控程序 | 首次在人类胚胎脑组织中系统表征神经节隆起区域的细胞多样性，并发现与啮齿类动物相似的转录调控机制 | 研究仅关注胚胎发育阶段，未涉及成年期神经元功能验证 | 探究人类GABA能神经元发育的转录调控机制及其进化保守性 | 人类胚胎脑组织中的神经节隆起区域细胞 | 神经科学 | 自闭症、精神分裂症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 人类胚胎脑组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |