单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-08-31	Persistent and progressive acute lung allograft dysfunction is linked to cell compositional and transcriptional changes in small airways 2025-Sep, The Journal of heart and lung transplantation : the official publication of the International Society for Heart Transplantation DOI:10.1016/j.healun.2025.03.010 PMID:40293382	研究论文	本研究探讨急性肺移植功能障碍（ALAD）与小气道细胞组成及转录变化之间的关联	首次通过单细胞RNA测序分析揭示ALAD进展与特定细胞类型（如基底细胞减少、细胞毒性T细胞扩增）及AI2基因评分变化的关联	样本量较小（n=20），属于初步研究	识别ALAD患者中可能进展为慢性肺移植功能障碍（CLAD）的分子标志物	肺移植受体患者（包括ALAD患者和功能稳定的对照组）	生物医学研究	肺移植相关并发症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	20例患者（8例对照，4例恢复型ALAD，5例持续型ALAD，3例进展型ALAD）
2	2025-08-31	Integrated multidimensional bioinformatics analysis of the molecular mechanisms of ulcerative colitis-associated colorectal cancer and MMP1 as a potential therapeutic target 2025-Sep, Cancer gene therapy IF:4.8Q1 DOI:10.1038/s41417-025-00917-5 PMID:40681672	研究论文	通过整合多组学分析探索溃疡性结肠炎相关结直肠癌的分子机制并识别MMP1作为潜在治疗靶点	首次结合孟德尔随机化分析与单细胞RNA测序揭示MMP1通过免疫微环境调节发挥保护作用，并预测ilomastat作为新型抑制剂	研究依赖于公共数据库数据，需实验验证MMP1机制和ilomastat疗效	解析UC相关CRC的分子机制并寻找治疗靶点	溃疡性结肠炎和结直肠癌的分子数据与基因表达谱	生物信息学	结直肠癌	多组学分析、孟德尔随机化、单细胞RNA测序、分子对接	生物网络分析	基因组、转录组、蛋白质组数据	来自GEO、TCGA和GWAS数据库的多组学数据集
3	2025-08-31	Cholinergic Waves Have a Modest Influence on the Transcriptome of Retinal Ganglion Cells 2025-Aug-27, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience DOI:10.1523/JNEUROSCI.0165-25.2025 PMID:40695599	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析胆碱能波对小鼠视网膜神经节细胞转录组的类型特异性影响	首次在单细胞水平揭示胆碱能波对RGC转录组的调控具有类型特异性且影响程度有限，而非此前认为的广泛统一影响	研究仅关注出生后第一周末的RGC，未涵盖其他发育阶段或更长期的转录组变化	探究β2KO小鼠模型中胆碱能波缺失对功能性RGC类型基因表达的影响	野生型和β2KO小鼠的视网膜神经节细胞（RGCs）	神经科学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、原位杂交、全细胞记录	NA	基因表达数据、电生理数据	野生型和β2KO雌雄小鼠出生后第一周末分离的RGCs
4	2025-08-31	Integration of phospho-signaling and transcriptomics in single cells reveals distinct Th17 cell fates 2025-Aug-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116006 PMID:40674215	研究论文	开发并应用Vivo-seq平台，在单细胞水平整合转录组和磷酸化信号信息，揭示Th17细胞分化命运	提出Vivo-seq创新平台，首次实现单细胞内转录状态和磷酸化信号状态的同时捕获	NA	研究Th17细胞分化过程中的信号网络和细胞状态决定机制	T辅助17细胞（Th17 cells）	单细胞组学	免疫相关疾病	scRNA-seq, 细胞内转录组和表位索引测序	NA	单细胞转录组数据, 磷酸化信号数据	NA
5	2025-08-31	Immune signaling mediates stromal changes to support epithelial reprogramming in celiac duodenum 2025-Aug-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116039 PMID:40694474	研究论文	通过单细胞RNA测序分析乳糜泻十二指肠中免疫信号介导的基质变化以支持上皮重编程	构建了迄今最全面的乳糜泻单细胞RNA测序数据集，揭示了成纤维细胞通过IL-1β和IFN-γ介导支持上皮干细胞重编程的新机制	NA	研究乳糜泻中细胞间通信机制及组织水平细胞动态响应	乳糜泻患者和对照组的十二指肠组织样本	单细胞测序分析	乳糜泻	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	21例活动性乳糜泻和11例对照十二指肠样本，共203,555个细胞
6	2025-08-31	A STAT3/integrin axis accelerates pancreatic cancer initiation and progression 2025-Aug-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116010 PMID:40701148	研究论文	本研究揭示了STAT3通过调控ITGB3表达加速胰腺癌发生发展的新机制	发现STAT3通过染色质可及性调控ITGB3表达的塑性调控机制，并建立了一个18基因特征用于生存分层	NA	探究STAT3信号通路在胰腺导管腺癌进展中的调控机制	胰腺导管腺癌细胞	癌症生物学	胰腺癌	ChIP-seq, 单细胞转录组学	NA	基因组数据, 转录组数据	NA
7	2025-08-31	Cancer-associated fibroblast-derived fibulin-5 promotes radioresistance in non-small-cell lung cancer 2025-Aug-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116018 PMID:40711881	研究论文	本研究探讨癌症相关成纤维细胞（CAFs）来源的Fibulin-5通过抑制铁死亡促进非小细胞肺癌放疗抵抗的机制	首次揭示CAFs通过分泌Fibulin-5激活整合素αVβ5/Src-STAT3通路并抑制ACSL4表达，从而削弱放疗诱导的铁死亡过程	NA	鉴定预测放疗疗效的CAF表达分子并阐明非小细胞肺癌放疗抵抗机制	非小细胞肺癌患者组织样本、癌症相关成纤维细胞及癌细胞系	肿瘤生物学	肺癌	空间转录组学、单细胞RNA测序、基因敲低、临床组织分析	NA	基因表达数据、临床数据	复发患者组织样本（具体数量未明确说明）
8	2025-08-31	Aggrecan protects against plaque accumulation and is essential for proper microglial responses to plaques 2025-Aug-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116064 PMID:40748756	研究论文	本研究探讨了聚集蛋白聚糖（ACAN）在阿尔茨海默病中对斑块积累的抑制作用及其对微胶质细胞反应的关键影响	首次通过基因敲除ACAN证明其缺失导致斑块沉积增加、形态异常及微胶质细胞-斑块关联受损，并利用单细胞空间转录组学发现增强的疾病相关微胶质细胞表型	研究基于5xFAD转基因小鼠模型，结果向人类疾病的转化需进一步验证	探究神经元周围网络（PNNs）在阿尔茨海默病病理中的作用机制	5xFAD转基因小鼠模型及ACAN条件性敲除小鼠	神经科学	阿尔茨海默病	基因敲除技术、单细胞空间转录组学	NA	基因表达数据、组织形态学数据	转基因小鼠模型（具体数量未明确说明）
9	2025-08-31	A basophil-fibroblast pro-inflammatory axis fuels type 2 skin inflammation 2025-Aug-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116114 PMID:40782349	研究论文	本研究通过单细胞时空图谱揭示了嗜碱性粒细胞与成纤维细胞之间的促炎轴在2型皮肤炎症中的关键作用	首次发现嗜碱性粒细胞通过分泌OSM和IL-4协同激活促炎性成纤维细胞，形成正向反馈循环驱动免疫细胞招募	研究基于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证	解析2型皮肤炎症的细胞机制并识别治疗靶点	小鼠皮肤炎症模型（MC903和oxazolone诱导的皮炎）	免疫学	特应性皮炎	MERFISH, scRNA-seq	NA	单细胞空间转录组数据	约430,000个细胞
10	2025-08-31	A spatiotemporal atlas of mouse gastrulation and early organogenesis to explore axial patterning and project in vitro models onto in vivo space 2025-Aug-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116047 PMID:40728928	研究论文	构建了一个包含超过15万个细胞的小鼠原肠胚形成和早期器官发生时空图谱，用于探索轴向模式	整合空间转录组学和单细胞RNA-seq数据，创建了高分辨率时空图谱，并开发了计算流程将体外模型投影到体内空间	NA	研究小鼠胚胎发育过程中的空间分化模式和细胞命运决定机制	小鼠胚胎（E6.5-E9.5天）	发育生物学	NA	空间转录组学，单细胞RNA-seq	计算投影流程	空间转录组数据，单细胞RNA-seq数据	超过150,000个细胞，涵盖E6.5至E9.5天的小鼠胚胎
11	2025-08-31	Gut commensal microbiota drive tailored macrophage responses 2025-Aug-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116157 PMID:40828655	研究论文	通过单细胞RNA测序分析人类巨噬细胞对多种共生菌的响应，揭示其异质性和菌种特异性	首次大规模使用单细胞RNA测序（74,476个细胞）研究人类巨噬细胞对15种共生菌的响应，发现菌种特异性和Gram状态影响的转录簇	研究使用单核细胞衍生的巨噬细胞，可能不完全代表体内原生巨噬细胞行为	探究人类巨噬细胞对不同共生菌的异质性免疫响应机制	人类单核细胞衍生的巨噬细胞和15种主要共生细菌	免疫学	肠道疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	74,476个单核细胞衍生的巨噬细胞，暴露于15种细菌
12	2025-08-31	Cholinergic neuronal activity promotes diffuse midline glioma growth through muscarinic signaling 2025-Aug-21, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2025.05.031 PMID:40541184	研究论文	本研究揭示中脑胆碱能神经元活动通过毒蕈碱信号通路促进弥漫性中线胶质瘤生长	首次发现脑干胆碱能神经元活动通过特定神经环路调控DMG增殖，并证实M1/M3受体在其中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证	探究胆碱能神经元活动对弥漫性中线胶质瘤生长的调控机制	弥漫性中线胶质瘤（DMG）细胞、少突胶质前体细胞（OPCs）、中脑胆碱能神经元	神经肿瘤学	脑胶质瘤	光遗传学刺激、单细胞RNA测序、药理学阻断	动物模型（小鼠）、细胞共培养模型	基因表达数据、电生理数据、细胞增殖数据	DMG荷瘤小鼠模型、原代DMG样本
13	2025-08-31	Quantum Annealing for Enhanced Feature Selection in Single-Cell RNA Sequencing Data Analysis 2025-Aug-15, ArXiv PMID:40832053	研究论文	本研究利用量子退火增强的QUBO方法进行单细胞RNA测序数据的特征选择，以识别与细胞状态转变相关的关键基因	首次将量子退火赋能的QUBO优化方法应用于scRNA-seq数据特征选择，能够发现传统方法可能遗漏的复杂基因表达模式	NA	改进单细胞RNA测序数据分析中的特征选择方法，以更好地理解细胞过程	人类细胞分化系统和抗癌药物耐药性研究中的单细胞RNA测序数据	机器学习	癌症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	QUBO(二次无约束二进制优化)	基因表达数据	NA
14	2025-08-31	FAHD1-mediated pyruvate metabolism in hepatocellular carcinoma: Multi-omics and causal genetic evidence 2025-Aug-14, HGG advances DOI:10.1016/j.xhgg.2025.100494 PMID:40814172	研究论文	本研究通过多组学与因果遗传证据揭示FAHD1介导的丙酮酸代谢在肝细胞癌中的作用机制	首次整合单细胞转录组、空间图谱和遗传因果推断识别丙酮酸高活性上皮亚群，发现FAHD1作为因果驱动因子并揭示其通过ITGB2介导的细胞互作机制	NA	探究肝细胞癌中丙酮酸代谢的因果调控因子及其空间互作机制	肝细胞癌肿瘤微环境中的上皮细胞亚群和癌症相关成纤维细胞	多组学分析	肝细胞癌	单细胞转录组学、空间图谱、孟德尔随机化、分子对接	NA	转录组数据、空间数据、遗传数据	NA
15	2025-08-31	Exosomal gene signature in esophageal carcinoma: Insights from single-cell and bulk RNA sequencing 2025-Aug-14, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102490 PMID:40816225	研究论文	本研究通过整合单细胞和bulk RNA测序数据，开发并验证了一个与食管癌预后和免疫治疗相关的外泌体基因标志	首次结合单细胞和bulk RNA测序数据构建食管癌外泌体相关九基因风险模型，并实验验证HAPLN3的抑癌功能	需在食管癌特异性免疫治疗队列中进一步验证	开发食管鳞状细胞癌的预后生物标志物并探索其免疫治疗指导潜力	食管鳞状细胞癌(ESCA)患者	生物信息学	食管癌	RNA-seq, 单细胞RNA测序, LASSO-Cox回归, 功能实验验证	九基因风险模型	RNA测序数据	TCGA-ESCA、GSE53625、GSE196756等多个队列数据
16	2025-08-31	Colorectal cancer heterogeneity co-evolves with tumor architecture to determine disease outcome 2025-Aug-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.11.669722 PMID:40832253	研究论文	利用深度学习分析结直肠癌组织架构和细胞核形态，揭示肿瘤异质性与组织结构的协同演化关系及其对患者预后的预测价值	开发了亚细胞分辨率的高通量图像分析范式，结合空间转录组学等技术首次发现组织结构与细胞状态间的动态协同演化反馈环路	NA	探究结直肠癌异质性演化机制及其与临床预后的关系	结直肠癌患者组织样本和类器官	数字病理学	结直肠癌	深度学习、空间转录组学、多重免疫组化、患者来源类器官	深度学习	图像、转录组数据	NA
17	2025-08-31	Coxiella burnetii strains elicit distinct inflammatory responses in human macrophages 2025-Aug-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.10.669536 PMID:40832301	研究论文	本研究通过RNA测序分析揭示了不同毒力Coxiella burnetii菌株感染人肺泡巨噬细胞后引发的差异化炎症反应和转录组特征	首次在单细胞水平揭示巨噬细胞对Coxiella burnetii感染的异质性反应，并明确不同菌株特异性引起的免疫应答差异	研究仅关注人肺泡巨噬细胞，未涉及其他细胞类型或体内环境	探究Coxiella burnetii不同菌株与人类巨噬细胞的宿主-病原体相互作用机制	人肺泡巨噬细胞(hAMs)和三种Coxiella burnetii菌株(强毒NMI/G、减毒NMII和无毒Dugway)	感染免疫学	Q热	RNA测序(RNA-seq)，单细胞RNA测序(scRNA-seq)，细胞因子检测	NA	转录组数据，细胞因子数据	人肺泡巨噬细胞样本（具体数量未明确说明）
18	2025-08-31	The urokinase receptor/uPAR is a major effector of p53 gain-of-function mutations in gemcitabine-treated pancreatic ductal adenocarcinoma 2025-Aug-07, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2025.110561 PMID:40759369	研究论文	本研究揭示p53功能获得性突变通过上调uPAR表达促进胰腺导管腺癌化疗耐药和侵袭转移的机制	首次发现TP53 GoF突变通过持续上调PLAUR/uPAR表达介导吉西他滨耐药，并阐明其独立于EGFR的ERK1/2激活新机制	主要基于细胞系实验，临床样本验证仍需扩大；scRNA-seq分析仅显示相关性而非因果性	探究胰腺导管腺癌化疗后侵袭转移能力增强的分子机制	胰腺导管腺癌细胞系（PANC1、MIA PaCa-2）及TCGA数据库中人PDAC样本	肿瘤分子机制研究	胰腺癌	scRNA-Seq、基因沉默、TCGA数据挖掘	NA	基因表达数据、单细胞测序数据	两种PDAC细胞系及TCGA中PDAC患者样本
19	2025-08-31	Biallelic BRF2 mutations disrupt redox homeostasis as etiological factors in syndromic immunodeficiency and developmental disorders 2025-Aug-07, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2025.08.006 PMID:40781771	研究论文	本研究通过鉴定双等位基因BRF2突变，揭示了其通过破坏RNA Pol III转录导致氧化还原稳态失衡，进而引发综合征性免疫缺陷和发育异常的分子机制	首次建立BRF2功能缺陷与氧化还原稳态破坏之间的致病性联系，并发现其对GPX1和GPX4等关键氧化还原调节基因的特异性影响	研究基于单个家族病例，样本规模有限，且分子机制的深入验证仍需进一步实验	阐明BRF2突变相关遗传疾病的分子发病机制及其与多系统异常、恶性肿瘤和原发性免疫缺陷的关联	携带复合杂合BRF2变异的家族病例，表现为多系统异常、恶性肿瘤和原发性免疫缺陷	遗传学与分子病理学	免疫缺陷疾病	全外显子组测序，单细胞RNA测序	NA	基因组数据，转录组数据	1个家族病例（包含先证者及其家系成员）
20	2025-08-31	Human Dermal Microvascular Arterial and Venous Blood Endothelial Cells and Their Use in Bioengineered Dermo-Epidermal Skin Substitutes 2025-Aug, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202401588 PMID:39871784	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序分析人皮肤微血管内皮细胞标记，并成功在3D水凝胶中生物工程化动脉和静脉毛细血管网络	首次实现包含动脉、静脉及淋巴毛细血管网络的生物工程化组织，并证明其与宿主血管系统的快速吻合	NA	开发生物工程化血管网络用于再生医学应用	人胎儿和青少年皮肤中的微血管内皮细胞	再生医学	NA	scRNA-seq, 转录组分析	NA	基因表达数据, 蛋白质表达数据	人胎儿和青少年皮肤样本