单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-08-29	Single-cell RNA sequencing of pig lung transplantation reveals macrophage ferroptosis in lung ischemia-reperfusion injury 2025-Sep, The Journal of heart and lung transplantation : the official publication of the International Society for Heart Transplantation DOI:10.1016/j.healun.2025.04.011 PMID:40262727	研究论文	通过猪肺移植单细胞RNA测序揭示巨噬细胞铁死亡在肺缺血再灌注损伤中的作用	建立猪原位单肺移植模型模拟长时间冷缺血再灌注损伤，并首次通过单细胞测序发现巨噬细胞铁死亡通路的显著富集	研究仅涉及猪模型，样本量和观察时间有限，未进行临床验证	研究肺移植后缺血再灌注损伤的病理机制并开发大型动物模型	猪肺移植模型及移植后的肺组织	digital pathology	lung cancer	single-cell RNA sequencing, transmission electron microscopy	NA	RNA-seq数据，显微图像	猪肺移植模型（具体数量未明确说明）
2	2025-08-29	Persistent and progressive acute lung allograft dysfunction is linked to cell compositional and transcriptional changes in small airways 2025-Sep, The Journal of heart and lung transplantation : the official publication of the International Society for Heart Transplantation DOI:10.1016/j.healun.2025.03.010 PMID:40293382	研究论文	本研究探讨急性肺移植物功能障碍（ALAD）与小气道细胞组成及转录变化之间的关联	首次使用单细胞RNA测序分析ALAD患者小气道细胞组成和转录变化，并发现与疾病进展相关的特定细胞类型变化和基因评分（AI2 score）	样本量较小（总样本数20例），属于初步研究	识别ALAD进展为慢性肺移植物功能障碍（CLAD）的分子标志物	肺移植受者（包括ALAD患者和功能稳定的对照组）	生物医学研究	肺移植相关疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	PERMANOVA统计模型	转录组数据	20例肺移植受者（8例对照，4例恢复型ALAD，5例持续型ALAD，3例进展型ALAD）
3	2025-08-29	Regulation of Collecting Lymphatic Vessel Contractile Function by TRPV4 Channels 2025-Sep, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.124.322100 PMID:40371469	研究论文	本研究探讨TRPV4通道在调控集合淋巴管收缩功能中的作用及其机制	首次揭示表达TRPV4的髓样细胞（包括LYVE1+巨噬细胞）与淋巴管细胞之间的交互作用介导淋巴收缩失调的新机制	NA	探究TRPV4通道在淋巴系统疾病中的功能角色和分子机制	小鼠集合淋巴管及乳腺癌相关淋巴水肿患者活检组织	生物医学	淋巴水肿	单细胞RNA测序、Cre-lox基因敲除、共聚焦显微镜、细胞内钙活性测量	NA	基因表达数据、显微图像、功能实验数据	小鼠模型及人类乳腺癌相关淋巴水肿患者活检样本
4	2025-08-29	Lamin A/C Expression in Hematopoietic Cells Declines During Human Aging and Constrains Atherosclerosis in Mice 2025-Sep, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.124.322893 PMID:40605747	研究论文	本研究探讨了人类衰老过程中造血细胞lamin A/C表达下降及其对小鼠动脉粥样硬化的调控作用	首次揭示血液白细胞中lamin A/C表达随年龄下降的现象，并创建首个lamin A功能增益体内模型证明其调控动脉粥样硬化	研究主要基于小鼠模型，人类数据仅为相关性分析，需进一步验证机制	探究衰老过程中造血细胞lamin A/C表达变化对动脉粥样硬化的影响机制	人类循环白细胞和基因修饰小鼠模型	分子生物学	心血管疾病	流式细胞术、骨髓移植、活体显微镜、单细胞RNA测序	NA	流式细胞数据、显微成像数据、基因表达数据	人类白细胞样本及Ldlr-/-缺陷小鼠模型
5	2025-08-29	Tricuspid Aortic Valve Regurgitation Associates With Ascending Aortic Aneurysm Through Endothelial Activation and Lipoprotein Infiltration 2025-Sep, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.125.323112 PMID:40740135	研究论文	本研究探讨三尖瓣主动脉瓣反流通过内皮细胞激活和脂蛋白浸润促进升主动脉瘤形成的机制	首次揭示主动脉反流（非狭窄）通过双向血流介导的内皮间充质激活和脂蛋白相关免疫细胞浸润驱动动脉瘤起始的新机制	研究主要基于三尖瓣主动脉瓣患者，结果可能不适用于其他瓣膜类型；样本来源和规模可能存在限制	研究主动脉反流与血管激活及炎症的关系，以阐明升主动脉瘤的起始机制	接受择期开胸手术的三尖瓣主动脉瓣患者及器官捐献者的主动脉组织样本	心血管疾病研究	心血管疾病	空间转录组学、免疫组织化学、超声心动图	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据、影像数据	人类主动脉标本（来自手术患者和器官捐献者）及Wistar大鼠实验数据
6	2025-08-29	Cholinergic Waves Have a Modest Influence on the Transcriptome of Retinal Ganglion Cells 2025-Aug-27, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience DOI:10.1523/JNEUROSCI.0165-25.2025 PMID:40695599	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析胆碱能波对野生型和β2KO小鼠视网膜神经节细胞转录组的类型特异性影响	首次在单细胞水平揭示胆碱能波对RGC转录组的调控具有类型特异性且影响程度有限，而非此前认为的广泛统一影响	研究仅关注出生后第一周末的RGC，未涵盖其他发育阶段或更长期的转录组变化	探究β2KO突变对特定功能类型视网膜神经节细胞基因表达的影响	野生型和β2KO小鼠的视网膜神经节细胞（RGCs）	神经科学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、原位杂交、全细胞记录	NA	基因表达数据、电生理数据	野生型和β2KO小鼠（不分性别）在出生后第一周末分离的RGCs
7	2025-08-29	Integrated multi-omics analysis reveals diagnostic biomarkers and therapeutic targets for systemic lupus erythematosus 2025-Aug-15, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000042290 PMID:40826785	研究论文	通过整合多组学分析识别系统性红斑狼疮的诊断生物标志物和治疗靶点	发现载脂蛋白A2、MANSC结构域包含蛋白1和蛋白酶体亚基β5作为关键基因，并构建高精度诊断列线图模型（AUC=0.968）	NA	探究血浆蛋白与系统性红斑狼疮的因果关系并寻找诊断与治疗靶点	系统性红斑狼疮相关基因组数据及血浆蛋白	生物信息学	系统性红斑狼疮	全基因组关联研究、双样本孟德尔随机化分析、单细胞RNA测序、分子对接模拟	列线图诊断模型	基因组数据、蛋白质组数据、单细胞转录组数据	NA
8	2025-08-29	RESCUE: recovery of idiosyncratic expression patterns in spatial transcriptomics 2025-Aug-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.11.669542 PMID:40832184	研究论文	提出一种名为RESCUE的计算方法，用于恢复空间转录组学中被现有分析方法遗漏的特殊表达模式	能够捕获脆弱细胞类型、亚细胞结构（如神经突）和细胞外表达等传统方法易忽略的空间表达模式	NA	提升空间转录组数据分析的鲁棒性和完整性，避免有偏分析和错误生物学解释	空间转录组数据，特别是蜜蜂大脑MERFISH数据及其他复杂组织数据集	生物信息学	NA	空间转录组学（ST），MERFISH	计算方法（未指定具体模型）	基因表达空间数据	多个ST数据集，包括蜜蜂大脑MERFISH数据
9	2025-08-29	Decoding the Effects of Bexarotene treatment on brain of AD-like model mice: Single-Cell Transcriptomics and Chromatin Accessibility Analysis 2025-Aug-13, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-7201032/v1 PMID:40831503	研究论文	通过单细胞转录组和染色质可及性分析，解码Bexarotene治疗对AD模型小鼠大脑的影响	整合snATAC-seq、scRNA-seq和ChIP-seq技术，首次揭示RXR激活通过现有TF网络（而非破坏神经元调控支架）调控多层级转录级联	研究限于APP/PS1ΔE9小鼠模型，未涉及人类样本或其他神经退行性疾病模型	探究RXR激活对染色质结构和基因表达的调控机制，为神经退行性疾病提供治疗策略	Bexarotene处理的APP/PS1ΔE9转基因AD模型小鼠	生物信息学	阿尔茨海默病	单核ATAC-seq (snATAC-seq), 单细胞RNA-seq (scRNA-seq), ChIP-seq, 转录因子足迹分析	NA	基因组学数据（染色质可及性、基因表达、蛋白质-DNA结合）	APP/PS1ΔE9小鼠样本（具体数量未明确说明）
10	2025-08-29	Improving reproducibility of differentially expressed genes in single-cell transcriptomic studies of neurodegenerative diseases through meta-analysis 2025-Aug-12, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-62579-z PMID:40796563	研究论文	通过开发一种非参数元分析方法SumRank，提高神经退行性疾病单细胞转录组研究中差异表达基因的可重复性	提出基于跨数据集相对差异表达排名可重复性的SumRank方法，显著提升差异表达基因的预测能力和生物学可解释性	未明确说明样本规模或数据来源的具体限制，可能受原始数据集质量和异质性影响	提高单细胞RNA测序研究中差异表达基因检测的可重复性和可靠性	帕金森病(PD)、亨廷顿病(HD)、阿尔茨海默病(AD)、精神分裂症(SCZ)和COVID-19的单细胞转录组数据	生物信息学	神经退行性疾病	scRNA-seq, 元分析	非参数统计方法(SumRank)	基因表达数据	NA
11	2025-08-29	A clonally expanded nodal T-cell population diagnosed as T-cell lymphoma after CAR-T therapy 2025-Aug-12, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-62709-7 PMID:40796743	研究论文	报道一例CAR-T治疗后出现T细胞淋巴瘤样克隆性淋巴结病的病例，并通过多组学分析揭示其生物学特征	首次结合基因组测序和单细胞空间转录组学技术，深入解析CAR-T治疗后出现的T细胞克隆增殖现象，并发现其自发消退的独特临床过程	单病例报告，样本量有限，需要更大规模研究验证发现	探讨CAR-T治疗后继发T细胞淋巴增殖性疾病的分子机制和临床管理策略	弥漫性大B细胞淋巴瘤患者接受CAR-T治疗后出现的淋巴结病变	肿瘤学	淋巴瘤	基因组测序，单细胞空间转录组学	NA	基因组数据，转录组数据，空间转录组数据	1例患者
12	2025-08-29	LLM-based cell type annotation harmonization across single-cell studies using GCTHarmony 2025-Aug-12, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-7151095/v1 PMID:40831495	研究论文	开发了一种基于LLM的方法GCTHarmony，用于协调单细胞研究中的细胞类型注释不一致问题	利用OpenAI文本嵌入模型将任意细胞类型注释映射到标准化细胞本体术语，并解决不同研究间注释层次结构的差异	NA	解决单细胞RNA-seq研究整合中细胞类型注释不一致的挑战	单细胞研究中的细胞类型注释	生物信息学	NA	单细胞RNA-seq	LLM（大语言模型）	文本（细胞类型注释）	NA
13	2025-08-29	Galectin-9 inhibition of the MIF-CD74/CD44 pathway suppresses chronic arthritis 2025-Aug-11, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2025.08.016 PMID:40798883	研究论文	研究galectin-9通过抑制MIF-CD74/CD44通路来抑制慢性关节炎的机制	发现MIF亚群并通过sGal-9作为新型抗MIF剂有效抑制RA-FLSs的破坏性表型	NA	探索治疗类风湿关节炎的新靶点和治疗策略	类风湿关节炎成纤维样滑膜细胞(RA-FLSs)和小鼠关节炎模型	NA	类风湿关节炎	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
14	2025-08-29	Profibrotic monocyte-derived alveolar macrophages as a biomarker and therapeutic target in systemic sclerosis-associated interstitial lung disease 2025-Aug-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.07.669006 PMID:40832362	研究论文	本研究探讨了促纤维化单核来源肺泡巨噬细胞（MoAM）在系统性硬化相关间质性肺病（SSc-ILD）中的生物标志物潜力和治疗靶点价值	首次在SSc-ILD患者中发现MoAM与肺纤维化严重程度相关，并通过空间转录组学揭示间质巨噬细胞向肺泡空间的扩展现象	样本量较小（仅9例患者和13例健康对照），需更大规模研究验证	验证MoAM作为SSc-ILD严重程度生物标志物及潜在治疗靶点的可行性	系统性硬化相关间质性肺病患者和健康对照者的支气管肺泡灌洗液及肺移植标本	呼吸病学	间质性肺病/系统性硬化	流式细胞术、单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	生物分子数据（RNA序列）、细胞表型数据	9例SSc-ILD患者和13例健康对照的BAL样本，外加SSc-ILD肺移植标本
15	2025-08-29	Concurrent genetic and non-genetic resistance mechanisms to KRAS inhibition in CRC 2025-Aug-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.05.668666 PMID:40799551	研究论文	本研究通过多组学分析揭示结直肠癌中KRAS抑制剂耐药的双重机制，包括遗传和非遗传适应性反应	首次结合靶向外显子测序和单细胞空间转录组学分析患者匹配样本，发现TBK1作为克服早期炎症适应性耐药的新靶点	样本量有限，耐药机制的长期演化需要进一步验证	探究KRAS抑制剂在结直肠癌中的急性反应和耐药机制	结直肠癌患者活检样本及人源/鼠源类器官模型	癌症生物学	结直肠癌	靶向外显子测序, 单细胞空间转录组学	类器官模型	基因组数据, 转录组数据, 空间转录组数据	多名患者的匹配治疗前、治疗中和进展期活检样本
16	2025-08-29	Human Dermal Microvascular Arterial and Venous Blood Endothelial Cells and Their Use in Bioengineered Dermo-Epidermal Skin Substitutes 2025-Aug, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202401588 PMID:39871784	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析人皮肤微血管内皮细胞标记物，并成功在三维水凝胶中生物工程化动脉和静脉毛细血管	首次在生物工程组织中同时构建动脉、静脉丛及淋巴毛细血管网络，并证明其与宿主血管快速吻合	NA	探索皮肤微血管内皮细胞在再生医学中构建复杂血管网络的应用	人胎儿和青少年皮肤中的动脉和静脉内皮细胞	再生医学	NA	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	转录组数据、蛋白质表达数据	人胎儿和青少年皮肤样本
17	2025-08-29	Identification of Multi-Landscape and Cell Interactions in the Tumor Microenvironment Through High-Coverage Single-Cell Sequencing 2025-Aug, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202500241 PMID:40320868	研究论文	开发了一种创新的Chigene单细胞RNA测序技术，用于在单细胞水平同时分析基因表达、突变和RNA剪接景观	结合oligo-dT引物和随机桥接共标记测序的微流控芯片设计，实现近乎100%的RNA覆盖率和多维度遗传信息分析	NA	开发高性能单细胞测序平台以探索肿瘤微环境中的多景观和细胞相互作用	临床样本中的单细胞（特别关注尿路上皮癌）	单细胞测序技术	尿路上皮癌	scRNA-seq, 随机桥接共标记测序	NA	单细胞RNA测序数据	Chigene V1和V2两个版本（具体临床样本数量未明确说明）
18	2025-08-29	Impact of intercellular adhesion molecule 1-positive dental pulp stem cells in deep caries progression 2025-08, International endodontic journal IF:5.4Q1 DOI:10.1111/iej.14248 PMID:40343788	研究论文	本研究探讨了ICAM1阳性牙髓干细胞在深龋进展中的免疫调节作用及其机制	首次在深龋牙髓组织中鉴定出ICAM1+ DPSCs亚群，并揭示其通过分泌促炎因子增强巨噬细胞炎症活性的新机制	研究主要基于体外实验和动物模型，人类体内验证尚需进一步开展	阐明深龋病变中ICAM1+ DPSCs的免疫调控功能并开发治疗策略	人及小鼠的深龋牙髓组织、牙髓干细胞（DPSCs）和THP-1单核细胞系	干细胞生物学	牙科疾病	单细胞测序、免疫荧光/流式细胞术、RT-qPCR、Western Blot、ELISA、SCENIC、RNA-seq	NA	单细胞转录组数据、蛋白质表达数据、细胞成像数据	人及小鼠的深龋与健康牙髓组织样本（具体数量未明确说明）
19	2025-08-29	Astrocytic AEG-1 drives neuroinflammation and enhances seizure susceptibility 2025-08, Neurobiology of disease IF:5.1Q1 DOI:10.1016/j.nbd.2025.106957 PMID:40383165	研究论文	本研究探讨星形胶质细胞中AEG-1基因在神经炎症和癫痫易感性中的作用及其机制	首次通过单细胞RNA测序揭示表达AEG-1的星形胶质细胞亚群与炎症反应相关，并证实AEG-1通过NF-κB信号通路介导神经炎症和癫痫效应	研究主要基于LPS诱导的小鼠模型和体外培养模型，人类临床相关性尚需进一步验证	探究星形胶质细胞AEG-1在神经炎症和癫痫易感性中的功能及作用机制	小鼠模型和体外星形胶质细胞培养模型	神经科学	神经炎症性疾病	单细胞RNA测序，体外细胞培养	NA	基因表达数据	小鼠模型和体外培养细胞（具体数量未明确说明）
20	2025-08-29	Multi-omics characterization of oncosis in spinal cord injury 2025-08, Neurobiology of disease IF:5.1Q1 DOI:10.1016/j.nbd.2025.106982 PMID:40467009	研究论文	本研究通过多组学方法首次系统描绘了脊髓损伤后oncosis（胀亡）相关基因的时空表达动态和细胞定位	首次在脊髓损伤背景下揭示oncosis的时空基因调控图谱，并发现Trp53、Casp3等关键基因的细胞特异性表达模式	研究主要基于大鼠模型和体外细胞实验，人类临床相关性仍需进一步验证	探究脊髓损伤后oncosis的分子机制和潜在治疗靶点	大鼠脊髓损伤模型和LPS处理的PC12细胞系	生物信息学	脊髓损伤	RNA-seq, 单细胞RNA测序, 空间转录组学, qRT-PCR, 免疫荧光, 透射电镜(TEM)	NA	基因表达数据, 空间转录组数据, 显微镜图像	大鼠脊髓损伤模型（具体数量未明确说明）和PC12细胞系