单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-07-01	Organelle symphony: Nuclear factor erythroid 2-related factor 2 and nuclear factor-kappa B in stroke pathobiology 2026-Apr-01, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-01404 PMID:40146002	综述	本文综述了核因子红细胞2相关因子2（Nrf2）和核因子κB（NF-κB）在缺血性和出血性中风病理生物学中的作用	强调了Nrf2和NF-κB在中风后氧化应激、炎症和神经保护中的关键作用，并探讨了单细胞测序和空间转录组学在中风研究中的新应用	未提及具体实验数据或临床研究样本量	探讨Nrf2和NF-κB在中风病理生理学中的作用机制	核因子红细胞2相关因子2（Nrf2）和核因子κB（NF-κB）	神经科学	中风	单细胞测序、空间转录组学	NA	NA	NA
2	2025-07-01	PIK3R1 and G0S2 are human placenta-specific imprinted genes associated with germline-inherited maternal DNA methylation 2025-Dec, Epigenetics IF:2.9Q2 DOI:10.1080/15592294.2025.2523191 PMID:40568952	研究论文	本研究发现了两个人类胎盘特异性印记基因PIK3R1和G0S2，它们与种系遗传的母源DNA甲基化相关	发现了两个新的胎盘特异性印记基因，并揭示了它们与种系遗传的母源DNA甲基化的关联	未能发现这些基因在宫内生长受限或先兆子痫样本与对照组之间的差异	扩展胎盘特异性印记基因的列表并研究其特性	人类胎盘特异性印记基因PIK3R1和G0S2	基因组学	NA	全基因组筛查、单细胞RNA测序、甲基化分析	NA	甲基化数据、RNA-seq数据	多种体细胞组织、胎盘样本
3	2025-07-01	Development and Validation of a Flow-Dependent Endothelialized 3D Model of Intracranial Atherosclerotic Disease 2025-Aug, Translational stroke research IF:3.8Q2 DOI:10.1007/s12975-024-01310-4 PMID:39537986	研究论文	开发并验证了一种基于流动依赖的内皮化3D颅内动脉粥样硬化疾病模型	通过患者特异性神经影像数据创建可内皮化的中脑动脉模型，结合计算流体动力学和单细胞RNA测序技术，揭示了流动依赖的内皮基因表达和细胞亚群	模型依赖于特定患者的影像数据，可能无法完全覆盖所有ICAD病例的多样性	开发用于研究颅内动脉粥样硬化疾病(ICAD)的实验模型，以促进新疗法的开发	颅内动脉粥样硬化疾病(ICAD)和中脑动脉(MCA)	数字病理学	心血管疾病	CT血管造影, 计算流体动力学, 单细胞RNA测序, 共聚焦显微镜	3D生物模型	影像数据, 基因表达数据	使用SAMMPRIS临床试验的影像数据
4	2025-07-01	Mature megakaryocytes acquire immune characteristics in a mouse model of aplastic anemia 2025-Jul-08, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2024015621 PMID:40086077	研究论文	该研究通过小鼠模型揭示了成熟巨核细胞在再生障碍性贫血中获得的免疫特性及其对造血干细胞的影响	发现成熟巨核细胞在再生障碍性贫血中表现出免疫激活特性，并具有抗原呈递细胞的功能	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究巨核细胞在再生障碍性贫血中的免疫调节作用	小鼠模型中的巨核细胞及再生障碍性贫血患者样本	血液学	再生障碍性贫血	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 电子显微镜	小鼠免疫性骨髓衰竭模型	基因表达数据, 显微图像	未明确说明具体数量的小鼠模型和人类患者样本
5	2025-07-01	Cancer stem cells-derived exosomal TSPAN8 enhances non-stem cancer cells stemness and promotes malignant progression in PDAC 2025-Jul, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-025-03412-1 PMID:40251391	研究论文	本研究探讨了胰腺导管腺癌(PDAC)中癌症干细胞(CSC)通过分泌富含TSPAN8的外泌体增强非干细胞癌细胞(NSCC)的干性，并促进恶性进展的机制	首次揭示了CSC通过TSPAN8富集的外泌体激活Sonic Hedgehog信号通路，增强NSCC干性并促进PDAC恶性进展的新机制	未探讨TSPAN8富集外泌体的具体产生机制及其在其他癌症类型中的普适性	阐明PDAC中CSC通过外泌体介导细胞间通讯促进肿瘤恶性进展的分子机制	胰腺导管腺癌(PDAC)中的癌症干细胞(CSC)和非干细胞癌细胞(NSCC)	肿瘤生物学	胰腺癌	单细胞RNA测序、外泌体分析	NA	RNA测序数据、外泌体蛋白数据	未明确说明样本数量，但涉及PDAC患者样本和体内外实验模型
6	2025-07-01	An Efficient Organoid Cutting Method for Long-Term Culture and High-Throughput Analyses 2025-Jul, Tissue engineering and regenerative medicine IF:4.4Q2 DOI:10.1007/s13770-025-00731-y PMID:40522442	研究论文	本文介绍了一种高效的类器官切割方法，旨在提升长期培养和高通量分析的效率	利用3D打印技术制造切割夹具，优化了类器官的切割效率和一致性，同时提出了基于模具的类器官阵列制备方法	未明确提及该方法在不同类型类器官中的普适性验证	解决类器官长期培养中的缺氧和营养限制问题，提升高通量分析能力	人类多能干细胞（hPSC）衍生的类器官	生物医学工程	NA	3D打印技术、类器官培养技术	NA	生物样本数据	未明确说明具体样本数量，但涉及多种类器官切割夹具的对比优化
7	2025-07-01	CD38 ligation in sepsis promotes nicotinamide phosphoribosyltransferase-mediated IL-6 production in kidney stromal cells 2025-Jun-30, Nephrology, dialysis, transplantation : official publication of the European Dialysis and Transplant Association - European Renal Association DOI:10.1093/ndt/gfae269 PMID:39568061	研究论文	本研究探讨了CD38连接在脓毒症中的作用，发现其通过NAMPT信号通路促进肾脏基质细胞产生IL-6，并提出了NAMPT作为治疗严重脓毒症的新靶点	首次揭示了CD38连接通过NAMPT信号通路促进肾脏基质细胞产生IL-6的机制，并验证了这一机制在人类和小鼠中的一致性	研究主要基于LPS诱导的脓毒症模型，可能无法完全代表所有类型的脓毒症	阐明CD38连接在脓毒症中的作用机制，并寻找新的治疗靶点	小鼠腹膜免疫细胞、LPS诱导的脓毒症小鼠模型、人类脓毒症组织	免疫学	脓毒症	scRNA-seq、snRNA-seq	LPS诱导的脓毒症小鼠模型	RNA测序数据、组织学数据	小鼠模型和人类脓毒症组织样本
8	2025-07-01	Infiltrative classical monocyte-derived and SPP1 lipid-associated macrophages mediate inflammation and fibrosis in ANCA-associated glomerulonephritis 2025-Jun-30, Nephrology, dialysis, transplantation : official publication of the European Dialysis and Transplant Association - European Renal Association DOI:10.1093/ndt/gfae292 PMID:39694817	research paper	该研究通过单细胞转录组分析揭示了ANCA相关性肾小球肾炎中巨噬细胞亚群的多样性和功能	首次在ANCA相关性肾小球肾炎中鉴定出经典单核细胞来源巨噬细胞和SPP1脂质相关巨噬细胞亚群，并阐明它们在炎症和纤维化中的作用	样本量较小（仅5例活动期AGN患者），且缺乏长期随访数据	探究ANCA相关性肾小球肾炎中肾脏巨噬细胞的异质性及其在疾病进展中的作用机制	ANCA相关性肾小球肾炎患者的肾脏CD45+免疫细胞和外周血单核细胞	digital pathology	ANCA相关性肾小球肾炎	单细胞转录组分析、免疫组化、流式细胞术	NA	单细胞RNA测序数据、流式细胞数据、免疫组化图像	5例活动期AGN患者、1例狼疮性肾炎和1例肾切除对照的25,485个肾脏CD45+免疫细胞
9	2025-07-01	Role of stem-like cells in chemotherapy resistance and relapse in pediatric T-cell acute lymphoblastic leukemia 2025-Jun-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61222-1 PMID:40579412	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了儿童T细胞急性淋巴细胞白血病中干细胞样细胞在化疗抵抗和复发中的作用	首次在T-ALL中通过单细胞RNA测序发现具有干细胞特征的耐药细胞亚群，并证实其在诊断时比例虽小但在复发时显著扩增	样本量相对较小（13对匹配样本和5个非复发样本），且仅针对儿科患者	探究T-ALL复发和化疗抵抗的分子机制	儿童T细胞急性淋巴细胞白血病患者样本	肿瘤生物学	T细胞急性淋巴细胞白血病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	18个样本（13对匹配诊断/复发样本+5个非复发诊断样本）
10	2025-07-01	Single-cell and spatial analyses of the GDF family in tumors, with a focus on the prognostic and biological role of GDF15 in hepatocellular carcinoma 2025-Jun-27, Cell & bioscience DOI:10.1186/s13578-025-01431-9 PMID:40579699	研究论文	本研究通过单细胞和空间转录组学分析GDF家族在肿瘤中的作用，特别关注GDF15在肝细胞癌中的预后和生物学作用	首次基于单细胞和空间转录组学对GDF亚家族进行系统性泛癌分析，并重点揭示了GDF15在肝细胞癌肿瘤微环境中的功能和免疫治疗适用性	研究主要基于转录组数据，缺乏蛋白质水平的验证，且功能实验仅限于肝细胞癌细胞系	探究GDF亚家族在多种癌症中的表达模式及其与预后的关系，特别关注GDF15在肝细胞癌中的作用机制	33种癌症类型（重点研究肝细胞癌）的转录组数据和肝细胞癌细胞系	肿瘤生物学	肝细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学、功能获得和功能缺失实验	NA	转录组数据、单细胞数据、空间转录组数据	33种癌症类型（具体样本量未明确说明）
11	2025-07-01	Uncovering minimal pathways in melanoma initiation 2025-Jun-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60742-0 PMID:40571713	研究论文	本文探讨了黑色素瘤起始过程中的最小通路，特别是在仅携带Braf突变的小鼠模型中观察到的肿瘤发生机制	发现仅Braf突变即可导致黑色素瘤发生，并鉴定出一种类似神经嵴的细胞类型作为恶性细胞的前体	未能找到解释大多数肿瘤发生的de novo突变或结构变异	揭示黑色素瘤起始的分子机制和细胞起源	小鼠黑色素瘤模型和人类黑色素瘤	肿瘤生物学	黑色素瘤	单细胞转录组学	小鼠遗传模型	基因表达数据	未明确说明样本数量的小鼠模型
12	2025-07-01	ETMR stem-like state and chemo-resistance are supported by perivascular cells at single-cell resolution 2025-Jun-25, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60442-9 PMID:40562749	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了胚胎性多层玫瑰花结肿瘤（ETMR）的肿瘤微环境异质性和细胞间通讯	揭示了PDGFRβ周细胞作为肿瘤微环境中的关键通讯伙伴，通过细胞外基质介导的相互作用支持肿瘤干细胞信号传导	研究主要基于体外模型和小鼠模型，人类样本的临床转化需要进一步验证	探究ETMR肿瘤的异质性及其与微环境的相互作用机制	人类和小鼠的原代ETMR肿瘤细胞、体外培养细胞及3D前脑类器官模型	肿瘤生物学	脑肿瘤	单细胞RNA测序、免疫组化、空间转录组学	3D类器官模型	单细胞转录组数据、空间转录组数据	约25万个原代人类和小鼠ETMR细胞
13	2025-07-01	Integrating single-cell RNA-seq, bulk RNA-seq, and Mendelian randomization to elucidate the role of HLA-DPA1 expression levels and non-classical monocytes in the pathogenesis of idiopathic pulmonary arterial hypertension 2025-Jun-20, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.145284 PMID:40545078	研究论文	通过整合单细胞RNA测序、全基因组关联研究、表达数量性状位点和单细胞eQTL数据，研究HLA-DPA1表达水平及非经典单核细胞在特发性肺动脉高压发病机制中的作用	首次整合多种组学数据揭示HLA-DPA1在非经典单核细胞中的表达与特发性肺动脉高压的因果关系	研究样本量未明确说明，且机制研究仍需进一步实验验证	阐明HLA-DPA1表达水平及非经典单核细胞在特发性肺动脉高压发病中的作用机制	特发性肺动脉高压患者的单核细胞亚群	数字病理学	肺动脉高压	scRNA-seq, GWAS, eQTL, sc-eQTL, bulk RNA-seq	NA	基因表达数据	未明确说明（包含IPAH患者和健康对照的PBMC及肺组织样本）
14	2025-07-01	Reduction of NFX1-123 and HPV 16 E6 and E7 Decreased Telomerase and CENP-F in Cervical Cancer Cell Lines 2025-Jun-19, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17122044 PMID:40563693	研究论文	研究NFX1-123与HPV 16 E6和E7在宫颈癌细胞系中对端粒酶和CENP-F的调控作用	首次探讨NFX1-123在HPV相关癌症中对端粒酶活性的调控作用	研究仅基于细胞系和TCGA数据库，未涉及体内实验	揭示NFX1-123与HPV 16致癌基因在RNA调控、细胞周期和致癌途径中的共同作用	宫颈癌细胞系CaSki和SiHa	癌症研究	宫颈癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	CaSki和SiHa细胞系及TCGA数据库中的原发性肿瘤样本
15	2025-07-01	Spatial Transcriptomics Reveals Regional and Temporal Dynamics of Gene Expression in the Mouse Brain Across Development and Aging 2025-Jun-18, Biology DOI:10.3390/biology14060717 PMID:40563967	研究论文	本研究利用空间转录组学技术分析了小鼠大脑在三个关键时间点的基因表达动态，揭示了大脑发育和衰老过程中区域特异性的基因表达变化	首次直接比较了大脑发育和衰老过程中的分子变化，并提供了空间转录组学的参考数据	研究仅基于小鼠模型，结果可能不完全适用于人类	探究健康发育和衰老过程中大脑的转录组变化及其分子机制	小鼠大脑	空间转录组学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	三个时间点的小鼠大脑样本（P21、3个月、28个月）
16	2025-07-01	Multi-omics analyses of the heterogenous immune microenvironment in triple-negative breast cancer implicate UQCRFS1 potentiates tumor progression 2025-Jun-16, Experimental hematology & oncology IF:9.4Q1 DOI:10.1186/s40164-025-00672-1 PMID:40524231	研究论文	通过多组学分析三阴性乳腺癌（TNBC）异质性免疫微环境，发现UQCRFS1促进肿瘤进展	揭示了TNBC中免疫微环境的异质性，鉴定了IL32high Treg在肿瘤逃逸中的作用，并建立了基于五个关键基因的恶性细胞指数（MCI）模型	样本量较小（仅9名TNBC初治患者），需要更大规模的验证	探究TNBC肿瘤免疫微环境的异质性及其与肿瘤进展的关系	三阴性乳腺癌（TNBC）患者的肿瘤免疫微环境	肿瘤免疫学	三阴性乳腺癌	单细胞RNA测序、空间转录组、蛋白质组学、qRT-PCR、Western blotting	LASSO-Cox回归模型	单细胞RNA测序数据、空间转录组数据、蛋白质组数据	9名TNBC初治患者的单细胞RNA测序数据
17	2025-07-01	A multi-omics resource of B cell activation reveals genetic mechanisms for immune-mediated diseases 2025-Jun-14, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2025.05.22.25328104 PMID:40475139	研究论文	本研究通过多组学方法分析了B细胞激活状态，揭示了免疫介导疾病的遗传机制	首次系统性地研究了B细胞在不同激活条件下的基因调控动态，并发现了与免疫介导疾病相关的遗传风险变异	样本量相对较小（26名健康女性捐赠者），且仅针对特定人群	阐明B细胞激活状态在免疫介导疾病中的作用机制	B细胞及其在不同激活条件下的基因表达和染色质可及性	免疫学	自身免疫性疾病	RNA-seq, 单细胞RNA-seq (CITE-seq), ATAC-seq	NA	基因组数据, 转录组数据, 表观遗传数据	26名健康女性捐赠者的B细胞
18	2025-07-01	Single-cell RNA sequencing uncovers cellular geterogeneity of granulosa cells and provides a signature for follicular development in chicken 2025-Jun-11, Poultry science IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.psj.2025.105430 PMID:40516295	研究论文	通过单细胞RNA测序技术揭示鸡颗粒细胞的异质性，并为卵泡发育提供特征标记	首次在鸡中应用单细胞RNA测序技术鉴定颗粒细胞类型，揭示其异质性，并构建了颗粒细胞在卵泡发育过程中的发育轨迹	研究仅针对鸡的颗粒细胞，未涉及其他禽类物种	探究鸡卵泡发育过程中颗粒细胞的功能分化和异质性	鸡的颗粒细胞	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	两个发育阶段的颗粒细胞样本（HF-GC和PHF-GC阶段）
19	2025-07-01	Regulatory TCRαβ+ Double Negative T Cells Suppress γδ T Cells and Alleviate Colitis 2025-Jun-10, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101553 PMID:40505772	research paper	研究调节性TCRαβ+双阴性T细胞（DNT细胞）在结肠炎中的抑制作用及其机制	揭示了DNT细胞通过抑制CD103+ γδ T细胞反应缓解结肠炎的新机制，并提出了DNT细胞过继转移作为炎症性肠病治疗新策略的潜力	研究主要基于小鼠模型，人类DNT细胞的作用机制尚需进一步验证	探究调节性DNT细胞在结肠炎中的免疫调节作用及其治疗潜力	小鼠DNT细胞和γδ T细胞	免疫学	炎症性肠病	单细胞RNA测序、过继转移	NA	RNA测序数据、细胞表型数据	小鼠模型（具体数量未明确说明）
20	2025-07-01	Next generation genetic screens in kinetoplastids 2025-Jun-06, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf515 PMID:40530689	综述	本文综述了动质体寄生虫中进行的遗传筛选技术及其在编码和非编码基因组区域的应用	整合基于图像和单细胞测序技术与遗传筛选，为细胞功能和调控机制提供前所未有的见解	NA	理解基因组功能元素的作用及其破坏对细胞功能的影响	动质体寄生虫的基因组元素	遗传学	寄生虫病	CRISPR-Cas技术、单细胞测序、图像分析	NA	基因组数据、图像数据	NA