单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-06-14	Anti-tumor effects on tumor-infiltrating natural killer cells by localized ablative immunotherapy and immune checkpoint inhibitors: An integrated and comparative study using scRNAseq analysis 2025-Sep-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217825 PMID:40436260	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析局部消融免疫疗法（LAIT）和免疫检查点抑制剂（ICI）对肿瘤浸润自然杀伤细胞（TINK）的影响，并评估其临床相关性	揭示了LAIT和ICI通过不同但互补的机制增强NK细胞介导的抗肿瘤反应，并构建了基于基因特征的预后模型	研究主要基于小鼠乳腺癌模型，临床相关性需进一步验证	探究LAIT和ICI对肿瘤微环境中NK细胞的调控机制及其临床意义	肿瘤浸润自然杀伤细胞（TINK）	肿瘤免疫学	乳腺癌	scRNAseq, 单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠乳腺癌模型及TCGA数据库中的患者数据
2	2025-06-14	New insights into cancer immune checkpoints landscape from single-cell RNA sequencing 2025-07, Biochimica et biophysica acta. Reviews on cancer DOI:10.1016/j.bbcan.2025.189298 PMID:40088992	review	本文通过单细胞RNA测序技术深入探讨了癌症免疫检查点的异质性及其在免疫检查点阻断疗法中的作用	利用单细胞RNA测序技术高分辨率地描绘了免疫检查点之间以前未被认识的功能性相互作用，并识别了新的免疫检查点作为癌症免疫治疗的潜在靶点	未提及具体样本量或实验设计的局限性	探讨免疫检查点阻断疗法中肿瘤微环境的异质性及其对治疗效果的影响	肿瘤微环境中的免疫细胞和肿瘤细胞	肿瘤免疫学	癌症	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	NA
3	2025-06-14	Snail1 as a key prognostic biomarker of cancer-associated fibroblasts in breast tumors 2025-07, Biochimica et biophysica acta. Reviews on cancer DOI:10.1016/j.bbcan.2025.189316 PMID:40222423	综述	本文总结了乳腺癌患者样本和小鼠模型中癌症相关成纤维细胞（CAFs）的最新研究发现，重点关注通过单细胞RNA测序鉴定的CAF亚型及其对癌症预后的预测价值	揭示了Snail1在CAFs中的表达与恶性肿瘤的关联，并发现了一个新的与Snail1相关的基因特征，具有乳腺癌和其他实体瘤的预后潜力	主要基于现有研究的总结，缺乏新的实验数据验证	探讨CAFs在肿瘤进展中的作用及其作为预后生物标志物的潜力	乳腺癌患者样本和小鼠模型中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
4	2025-06-14	Biomarkers Related to Interferon-γ Pathway in Myocardial Ischemia-Reperfusion Injury and the Potential Molecular Mechanisms 2025-Jul, Cardiovascular toxicology IF:3.4Q2 DOI:10.1007/s12012-025-09999-x PMID:40346414	研究论文	研究干扰素-γ通路在心肌缺血再灌注损伤(MIRI)中的分子机制，并通过挖掘转录组和单细胞测序数据识别相关生物标志物	首次通过整合转录组和单细胞测序数据，识别出Myd88和Trp53作为MIRI中干扰素-γ通路相关的关键生物标志物，并揭示了其调控机制和关键细胞类型	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	阐明干扰素-γ通路在心肌缺血再灌注损伤中的作用机制	心肌缺血再灌注损伤(MIRI)相关的基因和细胞类型	生物信息学	心血管疾病	转录组测序, 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	三个数据集(GSE160516, GSE83472, GSE227088)和182个干扰素-γ通路相关基因
5	2025-06-14	Patient phenotyping for molecular profiling of neck and low back pain - Study protocol 2025 Jul-Dec, Neurobiology of pain (Cambridge, Mass.) DOI:10.1016/j.ynpai.2025.100186 PMID:40501484	研究论文	本文概述了用于分子剖析颈部和腰部疼痛的患者表型研究的方案	应用批量、单细胞和空间转录组学技术研究颈部和腰部疼痛的分子神经生物学和神经免疫学机制	研究依赖于手术获取的组织样本，可能限制了样本的多样性和数量	通过分子剖析揭示颈部和腰部疼痛的机制，以发现治疗靶点	颈部和腰部疼痛患者的手术组织样本及器官捐赠者的对照组织	分子神经生物学	颈部和腰部疼痛	批量、单细胞和空间转录组学	NA	组织样本	颈部和腰部疼痛患者的手术组织样本及器官捐赠者的对照组织
6	2025-06-14	From cells to clinic: Single-cell transcriptomics shaping the future of orthopedics 2025-Jul, Journal of orthopaedic translation IF:5.9Q1 DOI:10.1016/j.jot.2025.05.001 PMID:40510239	综述	本文探讨了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术在骨科研究和临床实践中的潜在影响	scRNA-seq技术能够精细刻画细胞亚群的变化及其在疾病进展中的作用，为骨科疾病研究提供了新的视角	NA	探讨scRNA-seq技术在骨科研究和临床实践中的应用前景	骨关节炎、类风湿性关节炎、椎间盘退变和骨肉瘤等骨科疾病	数字病理学	骨科疾病	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	NA
7	2025-06-14	Single-cell RNA sequencing reveals altered placental microenvironment due to maternal high-fat diet 2025-Jun-26, Placenta IF:3.0Q2 DOI:10.1016/j.placenta.2025.04.011 PMID:40381453	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术揭示了母体高脂饮食对胎盘微环境的改变	首次使用单细胞RNA测序技术详细分析了母体高脂饮食对胎盘细胞组成和功能的影响	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探究母体高脂饮食对胎盘微环境的影响及其与子代代谢疾病的关联	C57BL/6J小鼠的胎盘组织	基因组学	代谢疾病	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	高脂饮食组和对照组小鼠的胎盘组织
8	2025-06-14	New insights into the pharmacological mechanisms of Jinqi Jiangtang Tablets in the treatment of type 2 diabetes mellitus: A multi-omics approach combined with experimental validation 2025-Jun-26, Journal of ethnopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.jep.2025.120020 PMID:40449695	research paper	本研究采用多组学方法结合实验验证，探讨了金芪降糖片治疗2型糖尿病的药理机制	首次结合多组学方法和实验验证，全面解析金芪降糖片的药理活性成分及其在2型糖尿病中的多靶点、多通路作用机制	研究虽然发现了多个潜在靶点和通路，但具体分子机制仍需进一步实验验证	阐明金芪降糖片在2型糖尿病治疗中的药理活性成分和作用机制	金芪降糖片及其在2型糖尿病治疗中的作用	药理学	2型糖尿病	LC-MS, 网络药理学, 单细胞RNA测序, 分子对接, 分子动力学模拟, 代谢组学, 16S rDNA测序	NA	化学分析数据, 基因表达数据, 代谢组数据, 微生物组数据	161种化合物被鉴定, 56种差异代谢物被发现
9	2025-06-14	The Dynamically Evolving Cell States and Ecosystem from Benign Nevi to Melanoma 2025-Jun-13, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-2971 PMID:40094420	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术，揭示了从良性痣到黑色素瘤的动态演变过程中黑色素细胞亚群的四种不同状态及其功能和调控通路的动态变化	首次在单细胞水平上描绘了从痣到黑色素瘤的恶性转化图谱，并识别了关键调控因子和免疫逃逸机制	样本量较小（仅5例患者），且仅针对先天性黑色素细胞痣来源的黑色素瘤	探究从良性痣到黑色素瘤恶性转化的动态变化机制	先天性黑色素细胞痣发展为黑色素瘤的患者组织样本	数字病理学	黑色素瘤	单细胞转录组测序	恶性进展预测模型	RNA测序数据	5例患者的多个配对组织位点
10	2025-06-14	Integrated Metabolomics and Spatial Transcriptomics of Cystic Pancreatic Cancer Precursors Reveals Dysregulated Polyamine Metabolism as a Biomarker of Progression 2025-Jun-13, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-2931 PMID:40184234	研究论文	通过代谢组学和空间细胞转录组学分析胰腺癌前病变，揭示多胺代谢异常作为疾病进展的生物标志物	首次整合代谢组学和空间转录组学技术，识别出多胺代谢途径在胰腺癌前病变恶性转化中的关键作用	样本量相对有限（125例），且未进行长期随访验证生物标志物的预测效能	开发用于评估胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤（IPMN）恶性风险的生物标志物	胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤（IPMN）患者的囊液和组织样本	癌症生物学	胰腺癌	非靶向代谢组学、空间转录组学、单细胞转录组学	NA	代谢组数据、转录组数据	125例患者（低度异型增生/高度异型增生伴或不伴胰腺导管腺癌）
11	2025-06-14	Single-Cell Transcriptomic Landscape Deciphers Intratumoral Heterogeneity and Subtypes of Acral and Mucosal Melanomas 2025-Jun-13, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-3164 PMID:40192737	研究论文	通过单细胞转录组和基因组分析，揭示了肢端黑色素瘤和黏膜黑色素瘤的瘤内异质性、微环境特征及亚型特异性治疗策略	首次在单细胞水平系统比较肢端与黏膜黑色素瘤的进化轨迹，发现亚型特异性间质-免疫互作模式并提出TIGIT/CXCL3+等精准治疗靶点	样本量相对有限（42例），且未验证所有预测靶点的临床转化价值	解析肢端和黏膜黑色素瘤的瘤内异质性及微环境特征，指导精准治疗	28例肢端黑色素瘤、11例黏膜黑色素瘤和3例非肢端皮肤黑色素瘤样本	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序、全外显子测序、体外迁移实验、共培养系统、异种移植模型	NA	单细胞转录组数据、基因组数据	42例黑色素瘤样本（含28 AM, 11 MM, 3非肢端）
12	2025-06-14	Cambridge Neoadjuvant Cancer of the Prostate (CANCAP03): A Window Study into the Effects of Olaparib ± Degarelix in Primary Prostate Cancer 2025-Jun-13, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-1304 PMID:40358364	研究论文	本研究探讨了PARP抑制剂和雄激素抑制联合治疗在原发性前列腺癌中的作用及其生物学机制	在缺乏同源重组修复通路突变的情况下，研究了PARP抑制剂和雄激素抑制联合治疗的临床效果及其生物学机制	样本量较小，且仅针对原发性前列腺癌患者	研究PARP抑制剂和雄激素抑制联合治疗在原发性前列腺癌中的作用及其生物学机制	原发性前列腺癌患者	肿瘤学	前列腺癌	IHC、肿瘤基因测序、突变分析、RNA-seq（包括bulk和single-cell RNA-seq）	NA	组织样本、基因测序数据	参与者接受奥拉帕尼治疗2周后进行前列腺切除术，随机分配或不分配地加瑞克（1:1）
13	2025-06-14	Azacitidine, Venetoclax, and Magrolimab in Newly Diagnosed and Relapsed Refractory Acute Myeloid Leukemia: Phase Ib/II Study and Correlative Analysis 2025-Jun-13, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-25-0229 PMID:40198272	研究论文	评估阿扎胞苷、维奈托克和Magrolimab三联疗法在新诊断和复发难治性急性髓系白血病中的安全性和有效性	首次在临床研究中评估了Magrolimab（一种针对CD47的单克隆抗体）与阿扎胞苷-维奈托克联合使用的效果	三联疗法未带来显著的生存改善	评估三联疗法在急性髓系白血病患者中的安全性和有效性	新诊断（不适合强化化疗）和复发难治性急性髓系白血病成年患者	临床医学	急性髓系白血病	单细胞RNA测序	NA	临床数据	一线队列54名患者（中位年龄70.1岁），复发难治性队列52名患者
14	2025-06-14	Targeted single cell expression profiling identifies integrators of sleep and metabolic state 2025-Jun-13, G3 (Bethesda, Md.) DOI:10.1093/g3journal/jkaf079 PMID:40509864	研究论文	本研究通过单细胞测序技术识别了果蝇中调控睡眠与代谢状态整合的神经元及其转录响应	首次在单神经元水平解析了饥饿状态下调控睡眠的转录变化，并鉴定出多个功能验证的新基因	研究仅针对果蝇的LHLK神经元，哺乳动物系统的普适性有待验证	探究神经元如何整合睡眠与代谢状态的分子机制	果蝇(Drosophila melanogaster)的Lateral Horn Leucokinin (LHLK)神经元	神经生物学	NA	单细胞CEL-Seq测序	NA	单细胞转录组数据	比较喂食与24小时饥饿处理的果蝇LHLK神经元
15	2025-06-14	Plasma Proteomics Reveals Dysregulated Pathways Across the Spectrum LMNA Cardiomyopathy 2025-Jun-13, Circulation. Genomic and precision medicine DOI:10.1161/CIRCGEN.124.004924 PMID:40509996	research paper	通过血浆蛋白质组学研究揭示了LMNA心肌病发展过程中的失调通路	发现了与LMNA DCM相关的多个新蛋白质，并揭示了这些蛋白质在心肌细胞中的差异基因表达	样本量相对较小，且研究结果需要在更大规模的队列中验证	探索LMNA DCM的发病机制和进展过程	LMNA DCM患者、肌节蛋白DCM患者及表型阴性个体	蛋白质组学	心血管疾病	OLINK平台蛋白质组学分析、单细胞测序	NA	血浆蛋白质组数据、RNA表达数据	LMNA DCM患者41例、肌节蛋白DCM患者18例、表型阴性个体55例
16	2025-06-14	Artificial intelligence approaches for tumor phenotype stratification from single-cell transcriptomic data 2025-Jun-13, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.98469 PMID:40511682	研究论文	本文介绍了一种名为SCellBOW的新型计算方法，用于从单细胞转录组数据中识别和可视化肿瘤细胞亚群，并评估其临床风险	SCellBOW是一种受自然语言处理领域文档嵌入技术启发的单细胞RNA测序分析框架，能够有效识别和高质量可视化单细胞亚群，并评估其临床风险	由于癌症表型空间的复杂性和缺乏与肿瘤单细胞RNA测序研究相关的临床注释，评估单个细胞亚群的风险具有挑战性	开发一种计算方法，用于从单细胞转录组数据中识别肿瘤细胞亚群并评估其临床风险	单细胞RNA测序数据中的肿瘤细胞亚群	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	SCellBOW	单细胞转录组数据	包括内部生成的人类脾细胞和匹配的外周血单个核细胞(PBMC)数据集在内的多个scRNA-seq数据集
17	2025-06-14	Differentiable Graph Clustering with Structural Grouping for Single-cell RNA-seq Data 2025-Jun-13, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf347 PMID:40511990	研究论文	提出一种名为DGCSG的新型可微分图聚类方法，用于单细胞RNA测序数据，通过结合图聚类信息优化细胞特征表示	设计了可微分聚类机制，将K-way归一化切割从离散优化问题转化为可微分学习目标，并通过谱松弛联合优化图注意力自编码器	未明确提及具体局限性	优化单细胞RNA测序数据的聚类分析，以支持细胞水平的生物学研究	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	图注意力自编码器(GATE), 自编码器(AE)	基因表达数据	14个scRNA-seq基准数据集
18	2025-06-14	Gene Spatial Integration: enhancing spatial transcriptomics analysis via deep learning and batch effect mitigation 2025-Jun-13, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf350 PMID:40511994	研究论文	本文提出了一种名为Gene Spatial Integration (GSI)的深度学习方法，用于整合和分析空间转录组学数据，特别关注基因的空间分布特征	利用表示学习方法将基因的空间分布特征与基因表达特征整合到同一特征空间，并采用Autoencoder网络提取空间嵌入，有效解决了批次效应问题	目前仅在人类DLPFC数据集上进行了验证，需要更多样本来验证方法的普适性	提升空间转录组学数据分析的准确性和整合能力	空间转录组学数据	生物信息学	NA	空间转录组学(ST)	Autoencoder	基因表达数据和空间分布数据	人类DLPFC数据集(具体样本包括151673和151672)
19	2025-06-14	Early differentiation of committed erythroid cells defined by miR-144/451 expression 2025-Jun-12, Journal of molecular cell biology IF:5.3Q2 DOI:10.1093/jmcb/mjae057 PMID:39777529	研究论文	该研究通过miR-144/451-eGFP敲入小鼠模型，定义了骨髓中共同髓系祖细胞（CMPs）内miR-144/451表达对红细胞早期分化的标志作用	首次利用miR-144/451-eGFP报告基因系统揭示CMPs中红细胞定向祖细胞的早期分化特征，并发现CD53表达缺失与红细胞谱系定向分化相关	研究局限于小鼠模型，尚未在人类造血系统中验证这些发现	阐明红细胞定向祖细胞在髓系祖细胞阶段的早期分化机制	miR-144/451-eGFP敲入小鼠的骨髓造血祖细胞	造血发育生物学	红细胞发育相关疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术	基因敲入小鼠模型	单细胞转录组数据	未明确说明样本量（使用转基因小鼠模型）
20	2025-06-14	Sparse deconvolution of cell type medleys in spatial transcriptomics 2025-Jun-12, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1013169 PMID:40505018	研究论文	本文介绍了一种名为WISpR的机器学习算法，用于在空间转录组学中准确预测细胞类型分布	WISpR算法整合了spot-specific超参数和稀疏驱动建模，克服了现有方法忽略生物学基础约束的局限性	NA	提高空间转录组学中细胞类型分布的预测准确性	空间转录组学数据中的细胞类型分布	空间转录组学	癌症	空间转录组学	WISpR	空间转录组数据	十个数据集