单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-06-15	Mechanism of Dihydroartemisinin in activating macrophages to enhance host resistance to malaria 2025-Jul-25, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.156913 PMID:40450979	研究论文	本研究探讨了双氢青蒿素（DHA）在治疗疟疾过程中促进巨噬细胞向M1表型极化的分子机制	首次揭示了DHA通过上调NLRP12表达激活巨噬细胞M1极化的分子机制，并发现NLRP12缺失会导致炎症相关细胞因子分泌减少	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人体中进行验证	阐明DHA增强宿主抗疟疾免疫反应的分子机制	巨噬细胞（小鼠RAW 264.7细胞系和小鼠原代巨噬细胞）	免疫学	疟疾	流式细胞术、单细胞RNA测序、无标记定量蛋白质组学分析	小鼠疟疾模型	基因表达数据、蛋白质组数据	小鼠巨噬细胞系和原代巨噬细胞
2	2025-06-15	Biomarkers Related to Interferon-γ Pathway in Myocardial Ischemia-Reperfusion Injury and the Potential Molecular Mechanisms 2025-Jul, Cardiovascular toxicology IF:3.4Q2 DOI:10.1007/s12012-025-09999-x PMID:40346414	研究论文	研究干扰素-γ通路在心肌缺血再灌注损伤（MIRI）中的分子机制及其潜在生物标志物	通过挖掘转录组和单细胞测序数据，鉴定了与干扰素-γ通路相关的两个关键基因Myd88和Trp53作为MIRI的生物标志物，并揭示了其在细胞通讯和伪时间分析中的作用	研究依赖于公开数据集，未进行实验验证	阐明干扰素-γ通路在心肌缺血再灌注损伤中的分子机制	心肌缺血再灌注损伤（MIRI）	生物信息学	心血管疾病	转录组测序、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	三个数据集（GSE160516、GSE83472、GSE227088）和182个干扰素-γ通路相关基因
3	2025-06-15	From cells to clinic: Single-cell transcriptomics shaping the future of orthopedics 2025-Jul, Journal of orthopaedic translation IF:5.9Q1 DOI:10.1016/j.jot.2025.05.001 PMID:40510239	review	探讨单细胞RNA测序技术（scRNA-seq）在骨科研究和临床实践中的潜在影响	scRNA-seq技术能够精细表征细胞亚群的变化及其在疾病进展中的作用，为骨科疾病研究提供新视角	NA	评估scRNA-seq技术在骨科研究和临床实践中的应用前景	骨关节炎、类风湿性关节炎、椎间盘退变和骨肉瘤等骨科疾病	digital pathology	geriatric disease	scRNA-seq	NA	RNA-seq数据	NA
4	2025-06-15	Antlers on does: An unexpected role of macrophages in deer biology 2025-Jun-17, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2424448122 PMID:40512783	研究论文	该研究揭示了雄激素通过巨噬细胞调控鹿角生长的分子机制	首次发现巨噬细胞在鹿角生成中的关键作用，并证明通过局部注射CCL2、自体巨噬细胞或LPS可诱导雌鹿长角	雄激素调控巨噬细胞募集的具体信号通路尚未完全阐明	探索雄激素调控鹿角再生的分子机制	梅花鹿（雄性和雌性）及裸鼠移植模型	发育生物学	NA	bulk RNA测序、单细胞RNA测序、组织学分析	NA	RNA测序数据、组织学图像	梅花鹿样本及裸鼠移植模型（具体数量未说明）
5	2025-06-15	Refinement of histologic subtypes and identification of biomarkers linked to unfavorable prognosis in cholangiocarcinoma: The ENSCCA registries' framework for digital twin advancement 2025-Jun-16, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001425 PMID:40513068	研究论文	研究胆管癌的组织学亚型细化及与不良预后相关的生物标志物，通过建立欧洲胆管癌组织学注册表框架推进数字孪生技术	通过多中心数字化欧洲胆管癌组织学注册表，识别了PASHIGH LBD iCCA亚型作为独立的不良预后预测因子，并展示了该亚型在空间转录组学和免疫组化中的特定分子特征	样本量相对有限（293例患者），且仅选择了18例进行空间转录组学分析	研究胆管癌的组织学异质性及其临床相关性，识别与不良预后相关的组织生物标志物	胆管癌患者（293例）及其组织样本、CT扫描数据和血清学数据	数字病理学	胆管癌	免疫组化、CT扫描、形态学和放射组学技术、空间转录组学分析	NA	组织样本、CT图像、血清学数据	293例胆管癌患者（其中112例有CT扫描数据，18例进行空间转录组学分析）
6	2025-06-15	Novel Transcriptomic Signatures in Fibrostenotic Crohn's Disease: Dysregulated Pathways, Promising Biomarkers, and Putative Therapeutic Targets 2025-Jun-13, Inflammatory bowel diseases IF:4.5Q1 DOI:10.1093/ibd/izaf021 PMID:39977234	研究论文	本研究探索了克罗恩病纤维狭窄性回肠病变的转录组特征，旨在全面表征肠道纤维化的生物学和细胞机制	发现了81个差异表达基因，并鉴定了与纤维狭窄相关的特定基因和通路，为克罗恩病纤维化提供了新的生物标志物和治疗靶点	样本量较小（仅9名患者），且仅针对回肠病变进行研究	探索克罗恩病纤维狭窄性回肠病变的转录组特征及其潜在机制	克罗恩病患者的纤维狭窄性回肠组织	转录组学	克罗恩病	RNA-seq, scRNA-seq, qPCR	随机森林模型	转录组数据	9名克罗恩病患者的纤维狭窄性回肠组织样本
7	2025-06-15	Single-Cell Transcriptomic Landscape Deciphers Intratumoral Heterogeneity and Subtypes of Acral and Mucosal Melanomas 2025-Jun-13, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-3164 PMID:40192737	研究论文	通过单细胞转录组和基因组分析，揭示了肢端黑色素瘤和黏膜黑色素瘤的瘤内异质性、微环境特征及亚型特异性治疗策略	首次系统比较肢端和黏膜黑色素瘤的单细胞转录组特征，发现亚型特异性间质-免疫互作模式并提出精准治疗靶点（如AM中的TIGIT和MM中的CXCL3+巨噬细胞）	样本量相对有限（42例），且未涵盖所有黑色素瘤亚型	解析肢端和黏膜黑色素瘤的瘤内异质性及微环境特征，指导精准治疗	肢端黑色素瘤（AM）和黏膜黑色素瘤（MM）的肿瘤细胞及微环境组分	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序、全外显子测序、体外迁移实验、共培养系统、异种移植模型	NA	单细胞转录组数据、基因组数据	42例黑色素瘤样本（28例AM，11例MM，3例非肢端皮肤黑色素瘤）
8	2025-06-15	Endothelial CLEC5A drives barrier dysfunction and vascular leakage responsible for lung injury in bacterial pneumonia and sepsis 2025-Jun-13, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adt7589 PMID:40498836	研究论文	研究揭示了CLEC5A在调节内皮屏障功能中的重要性，并指出内皮CLEC5A可作为肺炎或败血症细菌感染的治疗靶点	首次发现内皮CLEC5A在驱动屏障功能障碍和血管渗漏中的作用，并验证其作为治疗靶点的潜力	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探究CLEC5A在内皮屏障功能障碍和血管损伤中的作用	小鼠模型中的内皮细胞和CLEC5A基因	分子生物学	肺炎, 败血症	单细胞RNA测序	小鼠基因敲除模型	基因表达数据	CLEC5A缺陷小鼠和野生型小鼠
9	2025-06-15	Artificial intelligence approaches for tumor phenotype stratification from single-cell transcriptomic data 2025-Jun-13, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.98469 PMID:40511682	研究论文	本文介绍了一种名为SCellBOW的新型计算方法，用于从单细胞转录组数据中识别和可视化肿瘤表型异质性	SCellBOW是一种受NLP领域文档嵌入技术启发的单细胞RNA测序分析框架，能够有效识别单细胞亚群并进行高质量可视化，并评估与各细胞亚群相关的风险	由于癌症表型空间的复杂性和缺乏与肿瘤scRNA-seq研究相关的临床注释，评估单个细胞亚群的风险具有挑战性	开发一种能够从单细胞转录组数据中识别肿瘤表型异质性并进行风险分层的方法	单细胞RNA测序数据，包括人类脾细胞和匹配的外周血单个核细胞数据集	自然语言处理	前列腺癌	scRNA-seq	SCellBOW	单细胞转录组数据	包括内部生成的人类脾细胞和匹配的外周血单个核细胞数据集
10	2025-06-15	Early differentiation of committed erythroid cells defined by miR-144/451 expression 2025-Jun-12, Journal of molecular cell biology IF:5.3Q2 DOI:10.1093/jmcb/mjae057 PMID:39777529	research paper	该研究通过miR-144/451-eGFP敲入小鼠模型，定义了骨髓中共同髓系祖细胞（CMPs）内miR-144/451表达对红细胞早期分化的标志作用	首次利用miR-144/451-eGFP报告基因系统揭示CMPs中红细胞定向祖细胞的早期分化特征，并发现CD53表达缺失与红细胞谱系定向相关	研究仅在小鼠模型中进行，尚未验证人类造血系统中的保守性	阐明红细胞谱系定向祖细胞在髓系发育早期的分子特征	miR-144/451-eGFP敲入小鼠的骨髓祖细胞	造血发育生物学	红细胞发育相关疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、基因敲入模型	转基因小鼠模型	单细胞转录组数据	未明确说明数量的miR-144/451-eGFP+祖细胞
11	2025-06-15	Exploring the molecular mechanisms of lactylation-related biological functions and immune regulation in sepsis-associated acute kidney injury 2025-Jun-12, Clinical and experimental medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s10238-025-01745-5 PMID:40504273	研究论文	探讨乳酸化修饰相关基因在脓毒症相关急性肾损伤中的表达模式及功能作用	首次系统研究乳酸化修饰相关基因在SA-AKI中的表达谱及其与免疫调控的关联，并鉴定出关键基因PECR和TP53I3	研究基于公共数据集GSE232404，缺乏实验验证	阐明乳酸化修饰在SA-AKI发病机制中的作用	脓毒症相关急性肾损伤(SA-AKI)患者样本	生物信息学	急性肾损伤	转录组分析、免疫浸润分析、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	Lasso回归、随机森林算法	转录组数据	GSE232404数据集样本（具体数量未明确说明）
12	2025-06-15	Comprehensive analysis of SELPLG as a potential immunotherapy target and prognostic biomarker in oncology 2025-Jun-12, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02934-0 PMID:40504320	research paper	该研究通过生物信息学分析探讨了SELPLG作为潜在免疫治疗靶点和预后生物标志物在肿瘤学中的作用	首次全面分析了SELPLG在多种癌症类型和阶段的表达模式及其与免疫细胞浸润的关系	研究主要基于生物信息学分析，缺乏实验验证	评估SELPLG作为癌症预后和治疗靶点的潜力	多种癌症类型中的SELPLG表达	生物信息学	多种癌症(包括乳腺癌、胆管癌、食管癌等)	生物信息学分析、单细胞测序、基因集富集分析(GSEA)	Cox比例风险回归模型	基因表达数据、单细胞测序数据	多种癌症类型的肿瘤和正常组织样本
13	2025-06-15	Spatial organization, chromatin accessibility and gene-regulatory programs defining mouse sensory neurons 2025-Jun-11, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08315-1 PMID:40500276	research paper	该研究通过整合单细胞RNA测序数据和空间转录组学技术，揭示了小鼠感觉神经元的空间组织、染色质可及性及其基因调控程序	首次提供了包含超过44,000个神经元的综合图谱，发现了先前未被识别的神经元类型，并揭示了神经元和非神经元细胞的空间分区	研究仅针对小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	解析感觉神经元异质性的调控机制	小鼠背根神经节神经元	基因组学	NA	scRNA-seq, MERSCOPE空间转录组学	NA	基因表达数据, 空间转录组数据	超过44,000个神经元
14	2025-06-15	Loss of LAPTM4A inhibits M2 polarization of tumor-associated macrophages in glioblastoma, promoting immune activation and enhancing anti-PD1 therapy 2025-Jun-11, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08147-z PMID:40500284	研究论文	本研究探讨了LAPTM4A缺失对肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）极化的影响及其在调节抗肿瘤免疫中的作用	发现LAPTM4A促进TAMs的M2极化，而LAPTM4A缺失则导致M1巨噬细胞表型转变，增强免疫激活和对PD-1治疗的敏感性	研究仅使用了C57BL/6雄性小鼠模型，可能限制了结果在人类或其他性别中的适用性	探索LAPTM4A在调节TAMs极化和抗肿瘤免疫中的作用，以改善胶质母细胞瘤的治疗	胶质母细胞瘤和肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）	肿瘤免疫学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、流式细胞术、体外共培养系统和体内抗PD-1治疗实验	NA	RNA测序数据、流式细胞数据	C57BL/6雄性小鼠建立的胶质瘤模型
15	2025-06-15	Mechanisms of organotropism in breast cancer and predicting metastasis to distant organs using deep learning 2025-Jun-11, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02905-5 PMID:40500539	研究论文	本研究探讨了乳腺癌的器官趋向性机制，并利用深度学习预测乳腺癌向远处器官转移	整合单细胞RNA测序、批量RNA测序、ChIP-seq数据和深度学习技术，开发了深度神经网络模型识别器官特异性转移基因	研究仅关注了乳腺癌向骨、脑、肝和肺四种器官的转移，未涵盖其他可能的转移部位	探索乳腺癌器官趋向性机制并预测转移风险	乳腺癌及其向骨、脑、肝和肺的转移	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序、批量RNA测序、ChIP-seq、深度学习	DNN	基因组数据、转录组数据	未明确说明样本数量
16	2025-06-15	Single-cell transcriptome reveals the reprogramming of immune microenvironment during the transition from MASH to HCC 2025-Jun-11, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-025-02370-2 PMID:40500691	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术揭示了免疫微环境在MASH向HCC转变过程中的重编程机制	首次详细描绘了MASH驱动HCC过程中的免疫景观变化，并发现ApoE在MASH相关HCC中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证不足	阐明MASH向HCC转变过程中的免疫微环境变化及关键致病基因	MASH驱动HCC小鼠模型中的CD45+免疫细胞	数字病理学	肝癌	scRNA-seq, 流式细胞术, 多重免疫组化	STAM小鼠模型	单细胞转录组数据	31,822个细胞（来自正常饮食、MASH和HCC小鼠的肝脏组织）
17	2025-06-15	OTUD1 exacerbates sepsis-associated encephalopathy by promoting HK2 mitochondrial release to drive microglia pyroptosis 2025-Jun-11, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-025-03480-w PMID:40500776	research paper	该研究揭示了OTUD1通过促进HK2从线粒体释放来驱动小胶质细胞焦亡，从而加剧脓毒症相关脑病的机制	首次阐明了OTUD1-HK2轴作为SAE的新型调控通路，为脓毒症相关认知障碍提供了潜在治疗靶点	研究主要基于小鼠模型，临床样本验证相对有限	探究OTUD1在脓毒症相关脑病(SAE)发病机制中的作用	小胶质细胞、HK2蛋白、OTUD1去泛素化酶	神经免疫学	脓毒症相关脑病	单细胞RNA测序、分子对接、3D共聚焦显微镜、免疫共沉淀	OTUD1基因敲除小鼠模型	基因表达数据、蛋白质相互作用数据、行为学数据	实验小鼠（野生型和OTUD1敲除型）、原代小胶质细胞和BV2细胞系、临床样本
18	2025-06-15	Elucidating Cellular Senescence-related Genes in Benign Prostatic Hyperplasia Through Mendelian Randomization and Single-cell RNA Sequencing 2025-Jun-10, The journals of gerontology. Series A, Biological sciences and medical sciences DOI:10.1093/gerona/glaf073 PMID:40269514	研究论文	通过孟德尔随机化和单细胞RNA测序技术，识别与良性前列腺增生（BPH）因果相关的细胞衰老基因，并分析这些基因在不同前列腺细胞中的表达及调控网络	首次结合孟德尔随机化和单细胞RNA测序技术，系统地识别与BPH因果相关的细胞衰老基因，并揭示其在不同前列腺细胞中的表达模式和调控网络	研究主要基于数据库分析，缺乏实验验证	阐明细胞衰老相关基因在良性前列腺增生中的作用机制	良性前列腺增生（BPH）患者	生物信息学	前列腺疾病	孟德尔随机化, 单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	来自eQTLGen数据库、FinnGen Consortium和UKB数据库的数据
19	2025-06-15	Iterative transcription factor screening enables rapid generation of microglia-like cells from human iPSC 2025-Jun-10, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59596-3 PMID:40494892	研究论文	本文介绍了一种迭代、高通量的单细胞转录因子筛选方法，用于快速将人类诱导多能干细胞（iPSC）分化为具有转录和功能相似性的微胶质样细胞	开发了一种新的迭代转录因子筛选方法，并成功鉴定了六个转录因子的组合，可在4天内将人类iPSC分化为微胶质样细胞	未提及	探索高效生成特定细胞类型的方法，以研究细胞类型特异性分子机制和功能	人类诱导多能干细胞（iPSC）	细胞生物学	NA	单细胞转录因子筛选、单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
20	2025-06-15	CRABP2 promotes peritoneal metastasis in CRC through TGF-β/Smad-mediated EMT signaling and invadopodia formation 2025-Jun-10, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111927 PMID:40505846	研究论文	本文研究了CRABP2在结直肠癌腹膜转移中的作用及其通过TGF-β/Smad介导的EMT信号和侵袭伪足形成的机制	首次发现CRABP2作为腹膜转移相关差异表达基因，通过调控侵袭伪足形成和TGF-β/Smad信号通路促进结直肠癌转移	研究未涉及CRABP2在临床治疗中的具体应用效果	探索CRABP2在结直肠癌腹膜转移中的分子机制及其临床意义	结直肠癌腹膜转移的分子机制	癌症生物学	结直肠癌	整合生物信息学分析、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	NA