单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-05-02	RORγt eTACs mediate oral tolerance and Treg induction 2025-Aug-04, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20250573 PMID:40298935	research paper	该研究揭示了RORγt eTACs在口服耐受和Treg诱导中的关键作用	首次证实RORγt eTACs是口服耐受诱导的必要细胞群体，并发现其独特的Itgb8表达特征	研究主要基于小鼠模型，人类中的相关性尚需验证	阐明口服耐受的细胞机制和关键调控细胞	RORγt谱系抗原呈递细胞（包括ILC3s、树突状细胞和R-eTACs）	免疫学	自身免疫疾病	谱系追踪、单细胞测序	小鼠基因敲除模型	基因表达数据、细胞表型数据	未明确说明具体样本数量，使用基因工程小鼠模型
2	2025-05-02	Taurine ameliorates liver fibrosis by repressing Fpr2-regulated macrophage M1 polarization 2025-Jun-15, European journal of pharmacology IF:4.2Q1 DOI:10.1016/j.ejphar.2025.177614 PMID:40216178	研究论文	本研究探讨了牛磺酸通过抑制Fpr2调控的巨噬细胞M1极化来改善肝纤维化的机制	揭示了牛磺酸通过SLC6A6转运体和Fpr2/NF-κBp65通路调控巨噬细胞极化状态的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	阐明牛磺酸在肝纤维化中的保护作用机制	人类纤维化肝组织样本和两种不同的小鼠肝纤维化模型	肝脏病理学	肝纤维化	氨基酸代谢组学、基因表达微阵列分析、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	SLC6A6野生型和敲除小鼠模型	基因表达数据、单细胞转录组数据	人类纤维化肝组织样本和两种小鼠模型
3	2025-05-02	Integrating Bulk RNA and Single-Cell Sequencing Data Unveils Efferocytosis Patterns and ceRNA Network in Ischemic Stroke 2025-Jun, Translational stroke research IF:3.8Q2 DOI:10.1007/s12975-024-01255-8 PMID:38678526	研究论文	本研究通过整合大量RNA和单细胞测序数据，揭示了缺血性中风中的细胞凋亡清除模式和ceRNA网络	首次整合大量RNA和单细胞测序数据，识别出与细胞凋亡清除相关的关键基因和转录因子，并验证了miR-125b-5p作为缺血性中风的治疗靶点	研究主要基于生物信息学分析，实验验证仅限于小鼠模型，未涉及人类临床试验	探讨缺血性中风后炎症和细胞凋亡清除的分子机制及其对脑损伤和恢复的影响	缺血性中风患者和小鼠模型的基因表达数据	生物信息学	缺血性中风	RNA测序、单细胞测序、GSEA、GO、KEGG分析	LASSO、ceRNA网络	基因表达数据	多个GEO数据集（GSE137482-3m、GSE137482-18m、GSE30655、GSE174574、GSE56267、GSE122709、GSE215212、GSE231431）和小鼠MCAO模型
4	2025-05-02	Single-Cell Transcriptomics Revealed White Matter Repair Following Subarachnoid Hemorrhage 2025-Jun, Translational stroke research IF:3.8Q2 DOI:10.1007/s12975-024-01265-6 PMID:38861152	研究论文	通过单细胞转录组学揭示蛛网膜下腔出血后白质修复的机制	首次在SAH模型小鼠中识别出修复性小胶质细胞在白质富集区域的浸润和克隆扩增，并发现小胶质细胞相关多效蛋白（PTN）通过mTOR信号通路调控少突胶质前体细胞（OPCs）	研究仅基于小鼠模型，未涉及人类样本	探究蛛网膜下腔出血后急性期和亚急性期脑细胞亚群在白质损伤修复中的作用	SAH模型小鼠的脑细胞亚群	神经科学	蛛网膜下腔出血	单细胞RNA测序、基因集富集分析、CellChat软件包分析、磁共振成像、免疫荧光双染色、Western blot	SAH小鼠模型	单细胞转录组数据、影像数据、蛋白质数据	SAH模型小鼠的脑组织样本
5	2025-05-02	Single-cell sequencing reveals a regulatory role of WT1 in mast cell proliferation in endometrial polyps 2025-May-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202500116R PMID:40304994	研究论文	通过单细胞RNA测序和批量RNA-seq分析子宫内膜息肉中的细胞组成和转录动态，揭示了WT1在肥大细胞增殖中的调控作用	首次在单细胞分辨率下揭示了子宫内膜息肉中肥大细胞的增加和激活，并识别了WT1作为关键的转录调节因子	研究样本可能有限，且未涉及其他潜在调控机制的探索	探究子宫内膜息肉的细胞异质性和分子机制	子宫内膜息肉(EPs)及邻近的正常子宫内膜组织(EUs)	单细胞测序	子宫内膜息肉	单细胞RNA测序, 批量RNA-seq	NA	RNA-seq数据	子宫内膜息肉及邻近正常组织样本
6	2025-05-02	Single-cell transcriptomics in a child with coenzyme Q10 nephropathy: potential of single-cell RNA sequencing in pediatric kidney disease 2025-May, Pediatric nephrology (Berlin, Germany) DOI:10.1007/s00467-024-06611-2 PMID:39805995	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析了一名辅酶Q10肾病患儿的肾脏活检样本，揭示了该疾病在细胞水平上的基因表达变化	首次在辅酶Q10肾病中应用单细胞RNA测序技术，揭示了跨细胞类型的线粒体基因表达下调特征	研究仅基于单个病例样本，结果需要更大样本验证	阐明辅酶Q10肾病在单个细胞水平的基因表达变异	5岁男性辅酶Q10肾病患儿的肾脏活检组织	数字病理学	肾脏疾病	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	1例患儿肾脏活检样本
7	2025-05-02	Single-Nucleus RNA Sequencing and Spatial Transcriptomics for Squamous Cell Carcinoma Arising From Ovarian Mature Teratoma 2025-May, Cancer science IF:4.5Q1 DOI:10.1111/cas.70022 PMID:39948701	研究论文	通过单核RNA测序和空间转录组学技术研究卵巢成熟畸胎瘤中鳞状细胞癌的分子病理学特征	首次应用单核RNA测序和空间转录组学技术分析SCC-MT的基因表达特征，并发现KLF5在癌细胞中的关键作用	研究样本量有限，且仅使用了一个细胞系进行功能验证	探索卵巢成熟畸胎瘤中鳞状细胞癌的分子机制并寻找潜在治疗靶点	卵巢成熟畸胎瘤中的鳞状细胞癌(SCC-MT)样本	数字病理学	卵巢癌	单核RNA测序(snRNA-seq), 空间转录组学	NA	RNA测序数据, 空间转录组数据	临床SCC-MT样本和一个细胞系(NOSCC-1)
8	2025-05-02	T-type calcium channels regulate medulloblastoma and can be targeted for therapy 2025-May, Journal of neuro-oncology IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s11060-025-04967-5 PMID:39961940	研究论文	本研究探讨了T型钙通道在髓母细胞瘤中的作用及其作为治疗靶点的潜力	首次对T型钙通道在髓母细胞瘤中的多组学特征进行了全面表征，并提供了将米贝地尔重新用作治疗策略的临床前数据	研究主要基于体外和动物模型，尚未进行临床试验	研究T型钙通道在髓母细胞瘤中的作用及其治疗靶向性	髓母细胞瘤（一种常见且致命的儿童脑肿瘤）	癌症研究	髓母细胞瘤	RNA-seq, 单细胞RNA-seq, RPPA, hdWGCNA	NA	RNA-seq数据, 蛋白质组数据	超过30%的髓母细胞瘤肿瘤样本及动物模型
9	2025-05-02	Spatial Transcriptomics of Intraductal Papillary Mucinous Neoplasms Reveals Divergent Indolent and Malignant States 2025-May-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-1529 PMID:39969959	研究论文	该研究通过空间转录组学技术揭示了导管内乳头状黏液性肿瘤(IPMN)的惰性和恶性状态差异	首次使用数字空间RNA分析(DSP-RNA)技术定义了与癌症风险相关的三种转录组状态	样本量较小(仅10个IPMN标本)	改善IPMN的风险分层和预测高风险疾病	导管内乳头状黏液性肿瘤(IPMN)	数字病理学	胰腺癌	全转录组数字空间RNA分析(DSP-RNA)	NA	RNA表达数据	10个IPMN标本
10	2025-05-02	Novel CHI3L1-Associated Angiogenic Phenotypes Define Glioma Microenvironments: Insights From Multi-Omics Integration 2025-May, Cancer science IF:4.5Q1 DOI:10.1111/cas.70028 PMID:39989140	研究论文	通过多组学整合分析，提出了一种新的CHI3L1相关血管表型分类，用于定义胶质瘤微环境	首次提出CHI3L1相关血管表型分类，并通过机器学习算法构建血管相关风险（VR）评分	研究依赖于多组学数据的整合，可能存在数据异质性和样本偏差	探究CHI3L1信号通路在胶质瘤血管生成和肿瘤微环境中的作用	胶质瘤及其微环境中的血管表型和免疫特征	数字病理学	胶质瘤	多组学整合分析（包括单细胞转录组、基因组学、数字病理学和临床数据）	机器学习算法	转录组数据、基因组数据、数字病理图像和临床数据	多个数据集中的胶质瘤样本（具体数量未提及）
11	2025-05-02	Decoding functional hematopoietic progenitor cells in the adult human lung 2025-May-01, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024027884 PMID:40014797	research paper	该研究揭示了成人肺中存在功能性造血祖细胞，这些细胞具有增殖和移植能力，并在免疫、巨核细胞/血小板和红细胞相关通路中表现出更高的基线激活	首次在成人肺中鉴定出功能性造血祖细胞，并发现其基因特征与骨髓中的造血祖细胞不同，具有独特的免疫和造血相关通路激活	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类肺中造血祖细胞的实际功能和在人体内的作用仍需进一步验证	探索成人肺中是否存在功能性造血祖细胞及其特征	成人肺中的造血祖细胞	NA	NA	空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
12	2025-05-02	Differential cellular origins of the extracellular matrix of tumor and normal tissues according to colorectal cancer subtypes 2025-May, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-025-02964-z PMID:40032993	研究论文	通过整合定量蛋白质组学和单细胞RNA测序数据，研究结直肠癌肿瘤微环境中细胞外基质(ECM)的异质性	首次系统鉴定了正常组织和肿瘤组织中ECM蛋白的差异细胞来源，并建立了细胞-基质组数据库，揭示了与特定成纤维细胞亚型相关的间充质亚型特异性分子	样本量较小(24个组织样本来自21名患者)，且主要依赖公共数据集进行单细胞RNA测序分析	全面理解结直肠癌进展中肿瘤微环境的异质性，为靶向治疗开发提供依据	结直肠癌患者肿瘤组织和相邻正常组织的ECM蛋白	肿瘤微环境研究	结直肠癌	TMT质谱分析、单细胞RNA测序(scRNA-Seq)、TCGA bulk RNA-seq数据反卷积	NA	蛋白质组数据、RNA测序数据	24个组织样本(来自21名CRC患者)及相邻正常组织
13	2025-05-02	Macrophage-mediated IL-6 signaling drives ryanodine receptor-2 calcium leak in postoperative atrial fibrillation 2025-May-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI187711 PMID:40048254	研究论文	本文探讨了术后心房颤动（poAF）的细胞和分子机制，特别是巨噬细胞介导的IL-6信号传导在驱动ryanodine受体-2钙泄漏中的作用	揭示了STAT3与CaMKII介导的ryanodine受体-2（RyR2）-Ser(S)2814磷酸化之间的新联系，并证实了IL-6-STAT3-CaMKII信号传导在poAF发展中的关键作用	研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，可能需要在更广泛的人类群体中进行验证	探究术后心房颤动（poAF）的发病机制	小鼠和人类患者的心房非肌细胞和心肌细胞	心血管疾病研究	心房颤动	单细胞RNA-seq、伪时间轨迹分析、共聚焦成像	小鼠模型	RNA-seq数据、生化数据、功能数据	小鼠模型和人类心包液样本
14	2025-05-02	Single-cell transcriptomic analysis reveals distinct plasma cell populations in chronic thromboembolic pulmonary hypertension 2025-May, Journal of thrombosis and haemostasis : JTH IF:5.5Q1 DOI:10.1016/j.jtha.2025.02.010 PMID:39965671	research paper	通过单细胞转录组分析揭示了慢性血栓栓塞性肺动脉高压（CTEPH）中浆细胞的不同群体	识别了CTEPH中浆细胞的改变表型和分化模式，发现了新的浆细胞亚群（AHNAK和IGLC3）	样本量相对较小（5例CTEPH患者和6例正常肺动脉），且仅关注了浆细胞	研究CTEPH中浆细胞的表型和分化模式	CTEPH患者的肺动脉组织和血清免疫球蛋白	单细胞转录组学	慢性血栓栓塞性肺动脉高压（CTEPH）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和蛋白电泳	NA	RNA测序数据和蛋白质数据	5例CTEPH患者和6例正常肺动脉组织，273例CTEPH患者、259例IPAH患者和251例健康对照的血清样本
15	2025-05-02	Claudin18.2-positive gastric cancer-specific changes in neoadjuvant chemotherapy-driven immunosuppressive tumor microenvironment 2025-May, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-025-02981-y PMID:40128286	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和多重免疫荧光技术，分析了CLDN18.2阳性胃癌在化疗后肿瘤微环境中的特异性变化	揭示了CLDN18.2阳性胃癌在化疗后肿瘤微环境中独特的免疫抑制性变化，包括NK细胞、Tregs和TAMs的特定基因表达和细胞间相互作用	样本量较小（37例GC样本，其中11例CLDN18.2阳性），可能影响结果的普遍性	探究CLDN18.2阳性胃癌在化疗后肿瘤微环境的特异性变化	37例胃癌样本（11例CLDN18.2阳性）	肿瘤免疫学	胃癌	单细胞RNA测序，多重免疫荧光	NA	基因表达数据，免疫荧光图像	37例胃癌样本（11例CLDN18.2阳性）
16	2025-05-02	Micro-region transcriptomics profiling of cerebral organoids using a capillary-based microdissection system 2025-May-01, Analytical methods : advancing methods and applications IF:2.7Q1 DOI:10.1039/d5ay00277j PMID:40211824	研究论文	本文介绍了一种基于毛细管的组织微切割系统（CMS），用于高效获取培养的脑类器官中的微区域（mROIs）进行mRNA测序（CMS-seq），以研究空间转录组学	开发了一种新型的毛细管组织微切割系统（CMS），能够高效获取脑类器官中的微区域（mROIs）进行mRNA测序，并构建了mROIs的细胞类型空间注释图	未提及样本量是否足够大，以及该方法在其他类型组织中的适用性	研究脑类器官中细胞命运的空间转录组学	培养的脑类器官中的微区域（mROIs）	空间转录组学	NA	mRNA测序（CMS-seq），基因本体（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析	NA	mRNA测序数据	未明确提及具体样本量，但涉及20天和60天的脑类器官样本
17	2025-05-02	Systemic inflammation impairs myelopoiesis and interferon type I responses in humans 2025-May, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-025-02136-4 PMID:40251340	研究论文	该研究通过LPS诱导的系统性炎症模型，揭示了急性高炎症期和晚期免疫抑制期的机制，并提出了IFNβ治疗作为潜在干预手段	发现了一个炎症性单核细胞样亚群infMono，并揭示了IFNβ可以恢复I型干扰素反应和促炎细胞因子产生	研究基于LPS诱导的模型，可能与实际临床情况存在差异	理解系统性炎症的急性高炎症期和晚期免疫抑制期的机制	人类系统性炎症反应	免疫学	细菌性败血症和冠状病毒病	单细胞RNA测序	LPS诱导的系统性炎症模型	基因表达数据	NA
18	2025-05-02	Dissecting the Single-Cell Diversity and Heterogeneity Underlying Cervical Precancerous Lesions and Cancer Tissues 2025-May, Reproductive sciences (Thousand Oaks, Calif.) DOI:10.1007/s43032-024-01695-5 PMID:39354287	research paper	研究宫颈癌前病变到宫颈鳞状细胞癌(CSCC)的细胞多样性和异质性	整合四个单细胞数据集进行疾病阶段分析，利用scCODA揭示细胞类型组成变化，并通过ATAC-seq分析将表观遗传改变与基因表达谱关联	未明确提及研究的局限性	探索宫颈癌前病变到宫颈鳞状细胞癌的细胞多样性和异质性	正常组织、癌旁组织、癌前病变和宫颈肿瘤的单细胞数据	digital pathology	cervical cancer	single-cell sequencing, ATAC-seq, RT-qPCR, IHC	logistic regression	single-cell data, bulk sequencing data	四个单细胞数据集(具体样本数量未明确提及)
19	2025-05-02	Restoring mitochondrial function promotes hematopoietic reconstitution from cord blood following cryopreservation-related functional decline 2025-May-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI183607 PMID:40036065	研究论文	研究探讨了冷冻保存对脐带血造血干细胞功能的影响及其机制，并提出了改善策略	首次构建了冷冻保存不同年限脐带血造血干细胞和祖细胞的单细胞转录组图谱，并发现冷冻保存导致线粒体功能受损，提出萝卜硫素作为改善策略	研究主要基于体外实验和动物模型，临床转化效果需要进一步验证	探究冷冻保存对脐带血造血干细胞功能的影响及其机制	脐带血中的CD34+造血干细胞和祖细胞(HSPCs)以及单核细胞(MNCs)	再生医学	血液系统疾病	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	冷冻保存1年、5年、10年和19年的脐带血样本
20	2025-05-02	Microglia-driven inflammation induces progressive tauopathies and synucleinopathies 2025-May-01, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-025-01450-z PMID:40307569	research paper	该研究探讨了小胶质细胞驱动的炎症如何引发和传播神经退行性疾病中的蛋白质病变	首次证明小胶质细胞驱动的炎症可以独立触发神经退行性疾病的全部病理特征，并且这些病理变化可以扩散到更大的脑区	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探究小胶质细胞驱动的炎症在神经退行性疾病中的作用	小胶质细胞、tau蛋白、α-突触核蛋白	神经科学	阿尔茨海默病、帕金森病	单细胞RNA测序	小鼠模型	RNA测序数据、行为数据	未明确说明小鼠数量