单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-08-11	Shared Lineage, Distinct Outcomes: Yap and Taz Loss Differentially Impact Schwann and Olfactory Ensheathing Cell Development Without Disrupting GnRH-1 Migration 2025-Oct, Glia IF:5.4Q1 DOI:10.1002/glia.70057 PMID:40631762	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和基因敲除实验，探讨了Yap和Taz在嗅觉鞘细胞（OECs）和雪旺细胞发育中的作用及其对GnRH-1神经元迁移的影响	揭示了Yap和Taz在OECs和雪旺细胞发育中的不同作用，并发现尽管这些细胞发育受到影响，GnRH-1神经元的迁移仍不受影响	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类或其他哺乳动物中验证	探究Yap和Taz在嗅觉鞘细胞和雪旺细胞发育中的作用及其对GnRH-1神经元迁移的影响	小鼠胚胎鼻部组织中的嗅觉鞘细胞、雪旺细胞和GnRH-1神经元	发育生物学	NA	单细胞RNA测序、基因敲除	Sox10-Cre小鼠模型	RNA测序数据、基因表达数据	小鼠胚胎鼻部组织
2	2025-08-11	Diverse Subpopulations of Reactive Astrocytes Following Chronic Toxoplasma Infection 2025-Oct, Glia IF:5.4Q1 DOI:10.1002/glia.70053 PMID:40635167	research paper	该研究探讨了慢性弓形虫感染后反应性星形胶质细胞的多样亚群及其功能特征	揭示了慢性神经炎症期间反应性星形胶质细胞亚群的动态变化及其功能特征，特别是表达转甲状腺素蛋白（Ttr）的星形胶质细胞在免疫调节中的新作用	研究主要基于小鼠模型，人类慢性神经炎症中的星形胶质细胞亚群可能有所不同	研究慢性神经炎症中反应性星形胶质细胞的多样性和功能演变	慢性弓形虫感染小鼠模型中的反应性星形胶质细胞	神经科学	神经感染性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Lcn2CreERT2报告小鼠模型	基因表达数据	NA
3	2025-08-11	Multi-omics integrative analysis reveals novel genetic loci and candidate genes for ischemic stroke 2025-Sep-09, Molecular therapy. Nucleic acids DOI:10.1016/j.omtn.2025.102633 PMID:40777745	研究论文	本研究通过整合多组学数据，揭示了缺血性中风的新遗传位点和候选基因	发现了124个新的与缺血性中风相关的遗传位点，并通过多种分析方法验证了这些基因在脑血管功能、炎症和代谢中的作用	研究主要依赖于GWAS数据，可能忽略了某些罕见变异的影响	探索缺血性中风的遗传基础，为精准医学策略提供依据	缺血性中风相关的遗传位点和候选基因	遗传学	缺血性中风	GWAS, eQTL, pQTL, 单细胞RNA测序, Mendelian随机化分析	LLM (StrokeGene)	基因组数据, 表达数据, 蛋白质数据	三个大规模GWAS数据集（GWAS Catalog, MEGASTROKE, Open GWAS）
4	2025-08-11	Multi-omics insights of immune cells in the risk and prognosis of idiopathic membranous nephropathy 2025-Aug-10, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08642-3 PMID:40783650	研究论文	该研究利用多组学数据和多种方法评估了731种免疫细胞表型与特发性膜性肾病(IMN)之间的因果关系，发现CD39调节性T细胞(Treg)与IMN风险及预后显著相关	首次通过孟德尔随机化分析发现CD39 Tregs与IMN的因果关系，并构建了107个复合机器学习模型用于MN识别	仅发现CD39 Tregs这一种免疫细胞亚型与IMN显著相关，可能忽略了其他潜在重要免疫细胞类型	探究免疫细胞在特发性膜性肾病(IMN)发病风险和预后中的作用机制	731种免疫细胞表型，重点关注CD39调节性T细胞(Tregs)	生物医学	特发性膜性肾病	多组学分析、孟德尔随机化、多重免疫荧光染色、单细胞转录组分析、流式细胞术、机器学习建模	复合机器学习模型	多组学数据、单细胞转录组数据、流式细胞数据	未明确说明样本量，涉及731种免疫细胞表型分析
5	2025-08-11	Mitochondrial metabolic reprogramming in colorectal cancer: mechanisms of resistance and future clinical interventions 2025-Aug-09, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-025-02670-y PMID:40783392	综述	探讨结直肠癌中线粒体代谢重编程在治疗抵抗中的作用及其临床干预策略	深入分析了线粒体代谢重编程如何通过代谢可塑性、氧化还原平衡和细胞器质量控制促进结直肠癌治疗抵抗，并讨论了相关技术在个体化治疗中的应用	主要聚焦于结直肠癌，对其他癌症类型的适用性有待验证	阐明线粒体代谢重编程在结直肠癌治疗抵抗中的作用机制并探索潜在临床干预手段	结直肠癌细胞及其线粒体代谢过程	肿瘤代谢	结直肠癌	空间转录组学、蛋白质组学、患者来源类器官	NA	NA	NA
6	2025-08-11	Comprehensive multi-omics analysis reveals the core role of glycerophospholipid metabolism in the influence of short-chain fatty acids on the development of sepsis 2025-Aug-09, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-13322-7 PMID:40783504	研究论文	通过多组学分析揭示了短链脂肪酸通过甘油磷脂代谢影响脓毒症发展的核心作用	整合小鼠模型、非靶向代谢组学、人类转录组学、单细胞RNA测序和孟德尔随机化等多种方法，首次系统性地研究了短链脂肪酸在脓毒症中的作用机制	研究主要基于小鼠模型和公共数据库数据，需要进一步临床验证	阐明短链脂肪酸改善脓毒症预后的具体分子机制	脓毒症患者和小鼠模型	多组学分析	脓毒症	非靶向代谢组学、转录组学、单细胞RNA测序、孟德尔随机化	SVM-RFE、LASSO回归	代谢组数据、转录组数据、单细胞数据	60只C57BL/6小鼠和多个公共数据库(GSE185263, GSE54514, GSE167363)
7	2025-08-11	Inhibition of astrocyte signaling leads to sex-specific changes in microglia phenotypes in a diet-based model of cerebral small vessel disease 2025-Aug-09, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-025-03523-2 PMID:40783543	研究论文	研究探讨了在高同型半胱氨酸血症（HHcy）诱导的饮食模型中，星形胶质细胞信号对微胶质细胞表型的性别特异性影响	揭示了星形胶质细胞通过CN/NFATs信号通路对微胶质细胞表型的性别特异性调控机制	样本量较小，需要更多的生物学重复和更严格的统计分析来支持结论	探究星形胶质细胞信号在脑小血管病中对微胶质细胞表型的影响	C57BL/6 J小鼠的星形胶质细胞和微胶质细胞	神经科学	脑小血管病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫组织化学、Western blot	NA	基因表达数据、蛋白质数据	7-8周龄的雄性和雌性C57BL/6 J小鼠
8	2025-08-11	CAR-engineered cytolytic Tregs reverse pulmonary fibrosis and remodel the fibrotic niche with limited CRS 2025-Aug-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.182050 PMID:40627450	研究论文	该研究开发了一种靶向FAP1的CAR-cTregs细胞疗法，用于治疗特发性肺纤维化(IPF)，并在体外和体内模型中验证了其效果	首次将CAR-T细胞的靶向杀伤优势与Treg细胞的免疫抑制功能相结合，开发出CAR-cTregs用于治疗纤维化疾病	研究仅在体外和动物模型中进行验证，尚未进行临床试验	开发一种新型细胞疗法用于治疗特发性肺纤维化	FAP1+肺泡成纤维细胞和CAR-cTregs细胞	细胞免疫治疗	特发性肺纤维化	单细胞转录组分析、CAR-T细胞技术	CAR-cTregs细胞模型	基因表达数据、细胞实验数据	博来霉素诱导的肺纤维化动物模型
9	2025-08-11	Regulation of cortical neurogenesis by MED13L via transcriptional priming and its implications for MED13L syndrome 2025-Aug-08, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08532-8 PMID:40775066	研究论文	本研究通过生成MED13L综合征的基因敲除小鼠模型，揭示了MED13L通过转录启动调控皮质神经发生及其在MED13L综合征中的作用机制	首次揭示了MED13L通过结合核心中介复合物，启动关键发育基因的转录激活，从而调控皮质神经发生的分子机制	研究主要基于小鼠模型，人类MED13L综合征的分子机制可能更为复杂	探究MED13L综合征的发育和分子机制	MED13L基因敲除小鼠模型	神经发育生物学	神经发育障碍	单细胞转录组学、免疫荧光、整合多组学分析	基因敲除小鼠模型	基因表达数据、图像数据	MED13L基因敲除小鼠胚胎及出生后小鼠
10	2025-08-11	A human NK cell progenitor that originates in the thymus and generates KIR+NKG2A- NK cells 2025-Aug-08, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adv9650 PMID:40779632	研究论文	研究揭示了胸腺中存在的thyILC1细胞是KIR+NKG2A- NK细胞的来源，这些细胞具有检测HLA-I单体型下调的独特能力	首次鉴定了胸腺中的thyILC1细胞作为KIR+NKG2A- NK细胞的祖细胞，并揭示了其胸腺依赖性发育途径	研究未详细探讨thyILC1细胞向KIR+NKG2A- NK细胞分化的具体分子机制	探索KIR+NKG2A- NK细胞的发育起源及其与胸腺的关系	胸腺中的thyILC1细胞和循环中的cILC1细胞	免疫学	病毒感染和恶性肿瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	包括健康个体和TBX1单倍体不足患者
11	2025-08-11	Potential function exploration of lncRNAs in idiopathic pulmonary fibrosis: insights from whole transcriptome sequencing data analysis 2025-Aug-08, Clinics (Sao Paulo, Brazil) DOI:10.1016/j.clinsp.2025.100732 PMID:40782499	研究论文	通过全转录组测序数据分析探索lncRNA在特发性肺纤维化中的潜在功能	识别了541个差异表达的lncRNA，并发现这些lncRNA与DEmRNA在表达水平上显著相关，特别是上调的lncRNA与细胞外基质相关的生物学功能有关	样本量较小（12名IPF患者和5名对照），可能影响结果的普遍性	探索lncRNA在特发性肺纤维化中的功能和表达模式	特发性肺纤维化患者和对照组的RNA测序数据	生物信息学	特发性肺纤维化	RNA-seq, scRNA-seq, WGCNA	NA	RNA测序数据	12名IPF患者和5名对照组
12	2025-08-11	Rapid generation of functional vascular organoids via simultaneous transcription factor activation of endothelial and mural lineages 2025-Aug-07, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2025.05.014 PMID:40516530	研究论文	本文提出了一种通过同时激活内皮和壁细胞谱系的转录因子来快速生成功能性血管类器官的方法	利用正交激活ETV2和NKX3.1转录因子的方法，实现了内皮细胞和壁细胞的高效共分化，并在5天内生成功能性3D血管类器官	NA	开发一种快速生成功能性血管类器官的方法，用于血管建模、疾病研究和再生细胞治疗	诱导多能干细胞（iPSCs）	再生医学	血管疾病	Dox诱导系统或modRNA系统	NA	单细胞RNA测序数据	NA
13	2025-08-11	ChemPerturb-seq screen identifies a small molecule cocktail enhancing human beta cell survival after subcutaneous transplantation 2025-Aug-07, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2025.06.002 PMID:40562034	研究论文	该研究结合化学筛选与单细胞RNA测序技术，开发了ChemPerturb-seq方法，用于系统分析小分子处理后人β细胞的分子变化，并发现了一种能增强皮下移植后β细胞存活的小分子混合物	开发了ChemPerturb-seq方法，结合化学筛选与scRNA-seq技术，系统分析小分子处理后的分子变化，并发现了性别特异性增强β细胞存活的小分子混合物	研究发现的小分子混合物在雌性小鼠中效果显著，但在雄性小鼠中效果不明显，存在性别差异的局限性	寻找能增强人β细胞在皮下移植后存活和功能的小分子混合物	人β细胞和原代胰岛	生物医学工程	糖尿病	scRNA-seq, ChemPerturb-seq	AI	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但涉及人β细胞和原代胰岛的移植实验
14	2025-08-11	TET2-mutant myeloid cells mitigate Alzheimer's disease progression via CNS infiltration and enhanced phagocytosis in mice 2025-Aug-07, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2025.06.006 PMID:40609533	research paper	该研究探讨了TET2突变的髓系细胞通过中枢神经系统浸润和增强的吞噬作用减缓阿尔茨海默病（AD）进展的机制	首次揭示了TET2特异性突变在克隆造血（CH）中对AD的保护作用，并阐明了其通过外周髓系细胞浸润介导的机制	研究主要基于小鼠模型和UK Biobank数据，人类样本验证有限	探究克隆造血与阿尔茨海默病之间的相互作用及其机制	TET2突变的髓系细胞、AD小鼠模型、人类诱导多能干细胞（iPSC）衍生的微胶质细胞	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠AD模型	基因测序数据、行为学数据	UK Biobank队列数据、AD小鼠模型
15	2025-08-11	Bacterial ADP-heptose triggers stem cell regeneration in the intestinal epithelium following injury 2025-Aug-07, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2025.06.009 PMID:40651470	研究论文	研究发现细菌代谢物ADP-heptose通过ALPK1-TIFA信号通路触发肠道干细胞再生	揭示了ALPK1-TIFA信号通路在肠道干细胞再生中的作用及其机制	未明确ADP-heptose在其他组织或疾病中的作用	探究ALPK1-TIFA信号通路在肠道干细胞再生中的功能	肠道干细胞和Paneth细胞	细胞生物学	肠道损伤	单细胞转录组学和谱系追踪实验	NA	基因表达数据	小鼠模型
16	2025-08-11	Mendelian randomization analysis of inflammatory biomarkers and hepatocellular carcinoma risk: genetic causality and single-cell transcriptomics 2025-Aug-07, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03357-7 PMID:40775116	research paper	该研究通过孟德尔随机化分析和单细胞转录组学验证，探讨了炎症生物标志物与肝细胞癌风险之间的因果关系	结合孟德尔随机化分析和单细胞转录组学验证，首次系统评估了多种炎症生物标志物与肝细胞癌风险的因果关系	样本量相对较小，仅分析了4个HCC样本的单细胞数据	研究炎症生物标志物与肝细胞癌风险之间的因果关系	炎症生物标志物和肝细胞癌	生物医学	肝细胞癌	孟德尔随机化分析、单细胞RNA测序	MR Egger、加权中位数、逆方差加权等统计方法	基因数据、单细胞转录组数据	4个HCC样本（BT1306、BT1307、scrSOL004、scrSOL006）
17	2025-08-11	Integrative multi-omics reveals a regulatory and exhausted T-cell landscape in CLL and identifies galectin-9 as an immunotherapy target 2025-Aug-07, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61822-x PMID:40775219	research paper	该研究通过整合多组学数据揭示了慢性淋巴细胞白血病（CLL）中T细胞的调控和耗竭状态，并鉴定出galectin-9作为免疫治疗靶点	首次在CLL患者和CLL小鼠模型中，通过单细胞RNA测序、质谱流式细胞术和组织成像技术，全面分析了T细胞的耗竭状态，并发现galectin-9作为TIM3配体在免疫逃逸中的作用	研究主要基于小鼠模型和有限的患者样本，尚未在更大规模的临床试验中验证galectin-9抑制的效果	探究CLL中T细胞耗竭的分子机制并寻找新的免疫治疗靶点	CLL患者的血液、骨髓和淋巴结中的T细胞，以及CLL小鼠模型	digital pathology	chronic lymphocytic leukemia	single-cell RNA sequencing, mass cytometry, tissue imaging	NA	omics data, imaging data	CLL患者和小鼠模型的T细胞样本
18	2025-08-11	Multi-omics data reveal that SAA1 + fibroblasts exacerbate periodontitis by regulating macrophage inflammation and chemotaxis 2025-Aug-07, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06925-1 PMID:40775345	research paper	该研究通过多组学技术揭示了SAA1+成纤维细胞在牙周炎中通过调节巨噬细胞炎症和趋化作用加剧疾病的机制	首次系统性地鉴定了SAA1+成纤维细胞亚群，并阐明了其在牙周炎微环境中促进巨噬细胞浸润和炎症反应的分子机制	研究主要基于小鼠模型，在人体组织中的验证仍需进一步开展	探究牙周炎微环境中关键细胞群间的相互作用网络，寻找治疗靶点	牙周组织中的SAA1+成纤维细胞和巨噬细胞	digital pathology	periodontitis	scRNA-seq, spatial transcriptomics, bulk transcriptome analysis	NA	RNA sequencing data, spatial transcriptomic data	65,979个牙周组织细胞
19	2025-08-11	scTail: precise polyadenylation site detection and its alternative usage analysis from reads 1 preserved 3' scRNA-seq data 2025-Aug-07, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03710-7 PMID:40775355	研究论文	介绍了一种名为scTail的计算方法，用于利用3'单细胞RNA测序数据的第一链读取来精确检测多聚腺苷酸化位点（PAS）并分析其替代使用情况	scTail方法能够利用常被忽略或修剪的第一链读取来精确检测PAS，并结合第二链读取量化其表达，从而实现对替代PAS使用的检测	NA	开发一种计算方法以精确检测多聚腺苷酸化位点并分析其替代使用情况	3'单细胞RNA测序数据的第一链和第二链读取	生物信息学	癌症	3' scRNA-seq	NA	RNA测序数据	NA
20	2025-08-11	A comparative study of manifold learning methods for scRNA-seq with a trajectory-aware metric 2025-Aug-07, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-14301-8 PMID:40775450	研究论文	比较四种降维方法在scRNA-seq数据上的表现，并引入一种新的评估指标TAES	引入了新的评估指标Trajectory-Aware Embedding Score (TAES)，综合考虑聚类准确性和发育轨迹的保持	仅使用了三个基准数据集，可能无法涵盖所有scRNA-seq数据的多样性	比较和评估scRNA-seq数据降维方法的性能	scRNA-seq数据	机器学习	NA	scRNA-seq	PCA, t-SNE, UMAP, Diffusion Maps	基因表达数据	三个基准数据集（PBMC3k, Pancreas, BAT）