单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-06-20	Single-cell RNA sequencing analysis of intrahepatic cholangiocarcinoma reveals SPP1 facilitates disease progression via interaction with CD4+ T cells 2025-Aug, Oncology letters IF:2.5Q3 DOI:10.3892/ol.2025.15135 PMID:40535101	研究论文	通过单细胞RNA测序分析肝内胆管癌，揭示SPP1通过与CD4+ T细胞相互作用促进疾病进展	首次使用单细胞RNA测序技术揭示SPP1-CD44轴在肝内胆管癌肿瘤微环境中对CD4+ T细胞分化的影响	研究未涉及SPP1-CD44轴的具体作用机制，且样本量有限	探索肝内胆管癌肿瘤微环境中CD4+ T细胞的作用及其与肿瘤进展的关系	肝内胆管癌患者肿瘤组织中的CD4+ T细胞和肿瘤细胞	肿瘤免疫学	肝内胆管癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量
2	2025-06-20	Predictive significance of MPT-driven necrosis-related genes signature in gastric cancer and their impact on the tumor microenvironment 2025-Jul, Clinical & translational oncology : official publication of the Federation of Spanish Oncology Societies and of the National Cancer Institute of Mexico IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12094-024-03832-7 PMID:39690336	research paper	该研究探讨了MPT驱动的坏死相关基因（MPTDNRGs）在胃癌中的预测意义及其对肿瘤免疫微环境的影响	首次揭示了MPTDNRGs在胃癌中的突变率和表达差异，并构建了一个预后风险模型，能够有效预测患者生存期和免疫治疗反应	研究主要基于TCGA和GEO数据库的回顾性数据，需要进一步实验验证	研究MPT驱动的坏死相关基因在胃癌中的预测价值及其对肿瘤免疫微环境的影响	胃癌患者及其肿瘤组织样本	digital pathology	gastric cancer	RNA-seq, scRNA-seq	LASSO regression	RNA sequencing data	来自TCGA和GEO数据库的胃癌患者样本
3	2025-06-20	Circulating monocytes upregulate CD52 and sustain innate immune function in cirrhosis unless acute decompensation emerges 2025-Jul, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2024.12.031 PMID:39818234	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了肝硬化患者循环单核细胞的异质性及其功能变化，特别是CD52在单核细胞中的表达及其对免疫功能的影响	首次发现CD52在肝硬化患者单核细胞中的表达变化，并揭示了其在维持先天免疫功能中的作用及在急性失代偿期的功能丧失机制	研究主要基于体外实验，临床样本量有限，且未探讨CD52稳定化的具体治疗方法	解析肝硬化不同阶段循环单核细胞的异质性及功能变化，探索CD52在免疫抑制中的作用	健康人群及肝硬化患者的循环单核细胞	免疫学	肝硬化	单细胞RNA测序、流式细胞术、体外功能实验	NA	RNA测序数据、流式细胞数据	健康人群及肝硬化患者（补偿期和非急性失代偿期）的单核细胞样本
4	2025-06-20	TMEM55A-mediated PI5P signalling regulates alpha cell actin depolymerisation and glucagon secretion 2025-Jul, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-025-06411-9 PMID:40140059	研究论文	本文研究了TMEM55A通过PI5P信号通路调控α细胞肌动蛋白解聚和胰高血糖素分泌的机制	揭示了TMEM55A通过调控细胞内PI5P和F-肌动蛋白网络来调节α细胞胞吐作用的新途径	研究主要基于体外实验，未涉及体内模型的验证	验证TMEM55A及其潜在信号分子在α细胞功能和胰高血糖素分泌中的作用	人和小鼠的胰岛α细胞	细胞生物学	糖尿病	膜片钳电生理学、单细胞RNA测序、共聚焦显微镜	NA	电生理数据、RNA测序数据、显微镜图像	人类和小鼠的胰岛α细胞
5	2025-06-20	RFX3 is essential for the generation of functional human pancreatic islets from stem cells 2025-Jul, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-025-06424-4 PMID:40263183	研究论文	本研究探讨了调控因子X3（RFX3）在人类胰岛发育中的关键作用，通过CRISPR/Cas9技术生成RFX3敲除的诱导多能干细胞（iPSCs）并分化为胰岛类器官	首次揭示了RFX3在人类胰岛细胞分化中的调控作用及其对抑制肠嗜铬细胞（EC）分化的影响	研究主要基于体外模型，未涉及体内实验验证	探究RFX3在人类胰岛发育中的功能及其对胰岛细胞分化的调控机制	人类诱导多能干细胞（iPSCs）分化的胰岛类器官	干细胞生物学	糖尿病	CRISPR/Cas9, 单细胞RNA测序, 批量RNA测序	RFX3敲除和过表达模型	基因表达数据, 单细胞RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但使用了多组iPSC系进行实验
6	2025-06-20	Increased inflammation as well as decreased endoplasmic reticulum stress and translation differentiate pancreatic islets from donors with pre-symptomatic stage 1 type 1 diabetes and non-diabetic donors 2025-Jul, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-025-06417-3 PMID:40457096	研究论文	通过无偏蛋白质组学方法，研究无症状1型糖尿病前期阶段胰岛与正常胰岛的蛋白质变化及功能障碍机制	首次在人类胰岛素分泌β细胞中，应用无偏蛋白质组学方法识别1型糖尿病前期阶段的分子变化	样本量较小（mAAb+组n=3，ND组n=3），且存在较大的供体间变异	识别与β细胞功能障碍相关的胰岛通路	胰岛自身抗体阳性的器官捐赠者（AAb+）与匹配的非糖尿病（ND）对照捐赠者的胰岛组织	蛋白质组学	1型糖尿病	激光显微切割、质谱（MS）蛋白质组学、无标记定量分析	NA	蛋白质组数据	AAb+组5例，ND组5例（最终分析mAAb+组3例，ND组3例）
7	2025-06-20	The co-location of MARCO+ tumor-associated macrophages and CTSE+ tumor cells determined the poor prognosis in intrahepatic cholangiocarcinoma 2025-Jul-01, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001138 PMID:39471066	研究论文	本研究通过空间转录组学和单细胞转录组学数据，详细分析了肝内胆管癌（ICC）中的免疫浸润模式，并发现MARCO+肿瘤相关巨噬细胞与CTSE+肿瘤细胞的共定位与患者不良预后相关	首次在ICC中鉴定出两种肿瘤内免疫浸润模式（巨噬细胞+和浆细胞+），并揭示了MARCO+ TAMs与CTSE+肿瘤细胞的共定位如何促进免疫抵抗性微环境的形成	样本量相对较小（6个空间转录组样本和35个单细胞样本），且仅在ICC中进行了研究，结果可能不适用于其他癌症类型	探究肝内胆管癌中免疫细胞的具体表型及其在肿瘤微环境中的空间分布	肝内胆管癌（ICC）患者样本	数字病理学	肝内胆管癌	空间转录组学, 单细胞转录组学, 多重免疫荧光	NA	转录组数据, 图像数据	6个空间转录组样本（29,632个点）和35个单细胞样本（21,158个细胞），另用20个ICC样本进行验证
8	2025-06-20	scRNA-Seq and Bulk-Seq Identify Novel Markers Associated With Calcium Regulation and Immunomodulation in Acute Pancreatitis 2025-Jul-01, Pancreas IF:1.7Q3 DOI:10.1097/MPA.0000000000002421 PMID:40536508	研究论文	通过单细胞RNA测序和批量RNA测序分析，识别与急性胰腺炎钙调节和免疫调节相关的新标记物	构建了一个包含6个差异表达lncRNA、38个miRNA和215个差异表达mRNA的ceRNA网络，并识别出5个候选mRNA和5个候选lncRNA	未提及样本量及具体实验设计的局限性	深入理解急性胰腺炎的发病机制并识别新的潜在生物标记物	急性胰腺炎患者或模型中的RNA表达数据	生物信息学	急性胰腺炎	scRNA-seq, Bulk RNA-seq, qRT-PCR	NA	RNA-seq数据	NA
9	2025-06-20	The bone marrow NK-cell profile predicts MRD negativity in patients with multiple myeloma treated with daratumumab-based therapy 2025-Jun-19, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024026455 PMID:40019438	研究论文	本研究通过单细胞转录组学、流式细胞术和功能实验，探讨了多发性骨髓瘤患者骨髓中NK细胞的特征及其与治疗效果的关系	揭示了骨髓中CD16+ NK细胞比例与达雷妥尤单抗治疗效果的相关性，为多发性骨髓瘤免疫治疗提供了新的生物标志物	研究样本来自特定临床试验(CASSIOPEIA)，结果可能不适用于其他治疗方案	探究骨髓NK细胞特征对多发性骨髓瘤免疫治疗效果的影响	多发性骨髓瘤患者	肿瘤免疫学	多发性骨髓瘤	单细胞转录组学, 流式细胞术, 功能实验	NA	转录组数据, 流式细胞数据	CASSIOPEIA临床试验中的患者样本
10	2025-06-20	Elevated 5-HTR7 deteriorates dysregulated megakaryocytopoiesis in immune thrombocytopenic purpura via up-regulating the PKA/Orai1/ERK1/2 pathway 2025-Jun-19, Haematologica IF:8.2Q1 DOI:10.3324/haematol.2024.287287 PMID:40534501	研究论文	本研究探讨了5-HTR7在免疫性血小板减少性紫癜(ITP)中对巨核细胞成熟的影响及其机制	首次揭示了5-HTR7通过PKA/Orai1/ERK1/2通路调控巨核细胞成熟的分子机制，并证实其作为ITP潜在治疗靶点的可能性	研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证治疗效果	阐明ITP中巨核细胞成熟障碍的分子机制并寻找潜在治疗靶点	免疫性血小板减少性紫癜(ITP)患者和小鼠模型中的巨核细胞	血液病学	免疫性血小板减少性紫癜	流式细胞术、免疫荧光、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、Western blot、共聚焦显微镜	NA	细胞生物学数据、基因表达数据	ITP患者和健康对照的巨核细胞样本，以及ITP小鼠模型
11	2025-06-20	T Cells Expressing Ras Homolog Family Member a Display Enhanced Cytotoxicity but are Reduced in Lupus Peripheral Blood 2025-Jun-19, Immunological investigations IF:2.9Q3 DOI:10.1080/08820139.2025.2517364 PMID:40536306	research paper	本研究探讨了系统性红斑狼疮（SLE）患者T细胞亚群中Ras同源家族成员A（RhoA）的表达及其临床相关性	发现RhoA+ T细胞具有增强的细胞毒性潜力，并可能作为SLE早期免疫学标志物	样本量较小，且仅针对新诊断的SLE患者	探索RhoA在SLE患者T细胞亚群中的表达及其临床意义	系统性红斑狼疮（SLE）患者和健康对照者的外周血样本	免疫学	系统性红斑狼疮	流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、受试者工作特征（ROC）曲线分析	NA	外周血样本、scRNA-seq数据	新诊断的SLE患者和年龄性别匹配的健康对照者
12	2025-06-20	FLASH Irradiation Modulates Immune Responses and Accelerates Lung Recovery: A Single-Cell Perspective 2025-Jun-19, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202501797 PMID:40536317	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，比较了FLASH-RT与传统剂量率放射治疗在早期辐射诱导肺损伤中的免疫和细胞反应	首次从单细胞角度揭示了FLASH-RT在调节免疫反应和促进肺组织修复方面的独特机制	研究仅关注了照射后一周内的早期反应，长期效果尚不明确	探究FLASH-RT与传统放射治疗在辐射诱导肺损伤中免疫调节机制的差异	辐射诱导肺损伤过程中的免疫细胞和肺组织细胞	放射治疗	肺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	未明确说明样本数量，但使用了单细胞分辨率的数据
13	2025-06-20	A Study of Skeletal Stem Cell Dynamics and Its Potential Applications in the Design of a Titanium Implant for Senile Osteoporosis 2025-Jun-19, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202506982 PMID:40536323	研究论文	本研究通过整合大鼠单细胞转录组学和人类血清转录组数据，研究骨骼干细胞（SSCs）在衰老过程中的动态变化，并设计了一种针对老年骨质疏松症（A-OP）的钛植入物	利用多组学数据驱动植入物设计，通过逆转MSC衰老和改变其分化方向来打破A-OP的病理循环	研究主要基于大鼠和人类血清数据，尚未在人体中进行临床验证	开发一种针对老年骨质疏松症的靶向钛植入物	骨骼干细胞（SSCs）在衰老过程中的动态变化	生物材料	老年骨质疏松症	单细胞转录组学，转录组分析	NA	转录组数据	NA
14	2025-06-20	Bioactive siRNA-Based Liposomes Promoted Tendon-Bone Healing in Osteoporotic Mice by Recovering the Stemness of CD248+ TSPCs 2025-Jun-19, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202509883 PMID:40536433	研究论文	本研究探讨了CD248在调节肌腱干细胞/祖细胞（TSPCs）干性中的作用，并评估了si-CD248负载脂质体在骨质疏松条件下促进腱骨愈合的治疗潜力	首次揭示了CD248在骨质疏松性腱骨愈合中的负调控作用，并开发了si-CD248负载脂质体作为新型治疗策略	研究仅在骨质疏松小鼠模型中进行，尚未进行人体临床试验	探究骨质疏松条件下腱骨愈合障碍的分子机制并开发新型治疗方法	骨质疏松小鼠模型中的肌腱干细胞/祖细胞（TSPCs）	生物医学工程	骨质疏松症	单细胞RNA测序（scRNA-seq），siRNA干扰技术	动物模型（小鼠）	基因表达数据，组织学数据	骨质疏松小鼠模型（具体数量未明确说明）
15	2025-06-20	WISP2/CCN5 revealed as a potential diagnostic biomarker for endometriosis based on machine learning and single-cell transcriptomic analysis 2025-Jun-19, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-025-01631-z PMID:40536575	研究论文	本文通过机器学习和单细胞转录组分析，揭示了WISP2/CCN5作为子宫内膜异位症潜在诊断生物标志物的可能性	首次将WISP2/CCN5基因表达与子宫内膜异位症的诊断联系起来，并发现其在异位子宫内膜中的表达显著高于在位子宫内膜	研究未涉及大规模临床验证，且生物标志物的具体作用机制仍需进一步研究	寻找子宫内膜异位症的非侵入性诊断生物标志物	子宫内膜组织（在位和异位）	数字病理学	子宫内膜异位症	单细胞转录组分析，机器学习	NA	基因表达数据	未明确说明样本数量
16	2025-06-20	Integrative Proteomics and Genomics Identify Novel Biomarkers and Therapeutic Targets in Vitiligo via Mendelian Randomization 2025-Jun-19, Dermatology and therapy IF:3.5Q1 DOI:10.1007/s13555-025-01448-5 PMID:40536728	研究论文	通过整合蛋白质组学和基因组学，利用孟德尔随机化方法识别白癜风的新型生物标志物和治疗靶点	首次结合蛋白质组范围的孟德尔随机化与转录组测序分析，识别与白癜风风险相关的候选蛋白质标志物和治疗靶点	研究样本主要来自欧洲人群，可能限制结果在其他人群中的普适性	识别白癜风的新型生物标志物和治疗靶点	白癜风患者和对照组的蛋白质和基因数据	基因组学与蛋白质组学	白癜风	孟德尔随机化(MR)、RNA-seq、单细胞RNA-seq、生物信息学分析、分子对接	NA	基因组数据、蛋白质组数据、转录组数据	60例白癜风患者和402,672例对照（EBI数据库），95例白癜风患者和337,064例对照（UK Biobank）
17	2025-06-20	Single-cell transcriptome unveils mesenchymal cell diversity in endometriosis 2025-Jun-18, Human molecular genetics IF:3.1Q2 DOI:10.1093/hmg/ddaf065 PMID:40302519	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术，揭示了子宫内膜异位症中间充质细胞的多样性及其在疾病发病机制中的关键作用	首次构建了子宫内膜异位症的单细胞图谱，鉴定了六个不同的间充质亚群，并阐明了它们在蛋白质合成、细胞粘附和代谢过程中的关键功能	样本量较小（仅3个患病组织和3个正常组织），可能影响结果的普遍性	探究子宫内膜异位症中间充质细胞的多样性和功能	卵巢组织中的间充质细胞	单细胞组学	子宫内膜异位症	scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	3个子宫内膜异位症卵巢组织和3个正常卵巢组织
18	2025-06-20	Sequence Diversity and Encoded Enzymatic Differences of Monocistronic L1 ORF2 mRNA Variants in the Aged Normal and Alzheimer's Disease Brain 2025-Jun-18, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience DOI:10.1523/JNEUROSCI.2298-24.2025 PMID:40368603	研究论文	研究探讨了老年正常大脑和阿尔茨海默病（AD）大脑中单顺反子L1 ORF2 mRNA变体的序列多样性和编码酶活性差异	发现了超过550种编码蛋白质的poly(A) ORF2序列变体，是参考基因组（hg38）中已知的两倍多，并证实了单顺反子ORF2变体在人脑中的内源功能能力	样本量相对较小（31个AD和非疾病大脑），且未探讨这些变体如何具体影响AD的病理过程	探究内源性逆转录酶（RT）活性和L1 mRNA多样性在正常衰老和AD大脑中的差异	31个阿尔茨海默病（AD）和非疾病（ND）大脑的脑皮质样本	基因组学	阿尔茨海默病	PacBio HiFi长读长测序、定量空间转录组学	NA	RNA序列数据	31个AD和非疾病大脑样本
19	2025-06-20	In mice, discrete odors can selectively promote the neurogenesis of sensory neuron subtypes that they stimulate 2025-Jun-18, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.96152 PMID:40531183	research paper	研究发现特定气味能选择性促进小鼠嗅觉感觉神经元亚型的神经发生	揭示了特定气味刺激能选择性加速相应嗅觉感觉神经元亚型的生成，挑战了嗅觉神经发生是随机的传统假设	研究仅在小鼠中进行，尚未验证是否适用于其他哺乳动物	探究嗅觉刺激如何影响嗅觉感觉神经元亚型的神经发生	小鼠的嗅觉感觉神经元(OSNs)	神经科学	NA	scRNA-seq, 亚型特异性OSN出生日期标记	NA	基因表达数据	小鼠嗅觉感觉神经元样本
20	2025-06-20	Unveiling Moxibustion's Impact on AD Mice Learning and Memory: Role of Mitochondrial Respiratory Chain Complex I Subunit in the Hippocampus 2025-Jun-18, Molecular neurobiology IF:4.6Q1 DOI:10.1007/s12035-025-05147-2 PMID:40531365	研究论文	本研究探讨了艾灸对阿尔茨海默病(AD)小鼠学习和记忆能力的影响，重点关注海马线粒体呼吸链复合物I亚基的作用	首次揭示了艾灸通过调节海马线粒体呼吸链复合物I改善AD小鼠能量代谢和突触可塑性的机制	研究仅使用APP/PS1转基因小鼠模型，未涉及其他AD模型或人体试验	阐明艾灸改善AD认知功能障碍的分子机制	APP/PS1转基因AD小鼠	神经科学研究	阿尔茨海默病	空间转录组学、生化检测、透射电子显微镜	NA	基因表达数据、生化指标、电子显微镜图像	未明确说明样本量(使用APP/PS1小鼠)