单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-06-12	3D-printed advanced scaffold armed with exosomes derived from human skeletal stem cell identified by single-cell RNA sequencing enhances osteochondral regeneration 2025-Sep, Bioactive materials IF:18.0Q1 DOI:10.1016/j.bioactmat.2025.04.028 PMID:40487240	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序鉴定了来自髌下脂肪垫的骨骼干细胞，并利用其外泌体结合3D打印技术开发了一种新型水凝胶支架，用于增强骨软骨缺损的再生	利用单细胞RNA测序鉴定具有高分化潜能的骨骼干细胞，开发了结合外泌体的3D打印水凝胶支架，显著促进骨软骨同步修复	研究仅在大鼠模型中进行，尚未进行临床试验	开发一种新型骨软骨再生策略	骨骼干细胞及其外泌体、骨软骨缺损	组织工程	骨软骨缺损	单细胞RNA测序(ScRNA-seq)、流式细胞术、3D打印技术	NA	RNA测序数据、细胞实验数据	大鼠骨软骨缺损模型
2	2025-06-12	Abundance of a metabolically active subpopulation in dedifferentiated adipocytes inversely correlates with body mass index 2025-Jul, Molecular metabolism IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.molmet.2025.102161 PMID:40348015	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术鉴定了人类脂肪细胞中的一个代谢活跃亚群，并发现其丰度与体重指数呈负相关	首次在人类脂肪细胞中鉴定出一个具有独特基因表达谱和代谢活性的亚群（C7），并发现其与体重指数和代谢参数的相关性	研究样本量相对较小（11名供体），且机制研究仍需进一步深入	探究脂肪组织中不同亚群的细胞组成和功能特性及其与代谢疾病的关系	人类去分化脂肪细胞（DFAT）和皮下脂肪组织	细胞生物学	肥胖	单细胞RNA测序（10x Genomics）、FACS分选、批量RNA测序	NA	基因表达数据	11名人类供体的脂肪细胞和1759名供体的皮下脂肪组织基因表达数据
3	2025-06-12	Skeletal site-specific variations in myeloid cells: insights from single-cell RNA sequencing of the mandible and femur 2025-Jul, JBMR plus IF:3.4Q2 DOI:10.1093/jbmrpl/ziaf074 PMID:40486046	research paper	通过单细胞RNA测序研究下颌骨和股骨骨髓中CD11b+髓系细胞的差异，揭示下颌骨来源细胞具有独特的炎症基因特征	首次通过单细胞RNA测序揭示下颌骨与股骨骨髓中CD11b+髓系细胞的转录组差异，并发现KLF4基因在下颌骨来源细胞分化中的特异性作用	研究仅使用2月龄C57BL/6小鼠样本，未涉及其他年龄段或品系	探究不同骨骼部位（下颌骨与股骨）髓系细胞群的生物学差异	2月龄C57BL/6小鼠下颌骨和股骨骨髓中的CD11b+髓系细胞	单细胞组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），转座酶可及染色质测序（ATAC-seq），定量逆转录PCR（qRT-PCR）	NA	单细胞转录组数据，表观遗传数据	2月龄C57BL/6小鼠的下颌骨和股骨骨髓样本
4	2025-06-12	Insights into Keratinocyte and Immunologic Landscape in Cutaneous Graft-Versus-Host Disease through Single-Cell Transcriptomics 2025-Jul, JID innovations : skin science from molecules to population health DOI:10.1016/j.xjidi.2025.100373 PMID:40492027	研究论文	通过单细胞转录组学揭示皮肤移植物抗宿主病（GVHD）中角质形成细胞和免疫细胞的复杂反应	首次使用单细胞RNA测序技术比较慢性GVHD与健康对照样本的转录组，揭示了角质形成细胞和免疫细胞的非免疫和免疫变化	样本量较小，且仅针对慢性GVHD，未涉及急性GVHD	探究慢性GVHD皮肤病变的发病机制，特别是角质形成细胞和其他皮肤结构细胞的作用	慢性GVHD患者的皮肤样本和健康对照样本	单细胞转录组学	移植物抗宿主病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	慢性GVHD和健康对照的皮肤样本
5	2025-06-12	Spatial transcriptomics of progression gene signature and tumor microenvironment leading to progression in mycosis fungoides 2025-Jun-24, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2024014495 PMID:40163757	研究论文	本研究通过空间转录组学分析了蕈样肉芽肿（MF）进展过程中的基因特征和肿瘤微环境变化	首次在MF中鉴定出46个与疾病进展持续相关的基因，并揭示了肿瘤微环境（特别是M2巨噬细胞和癌症相关成纤维细胞）在早期MF进展中的作用	样本量相对有限，且为观察性研究，需要更大规模的研究验证发现	探索MF从斑片期向斑块期和肿瘤期进展过程中的转录组学和肿瘤微环境变化	蕈样肉芽肿（MF）患者	数字病理学	皮肤T细胞淋巴瘤	空间转录组学分析，免疫组织化学染色	NA	转录组数据，免疫组织化学数据	未明确说明具体样本数量，但包含不同阶段的MF患者样本
6	2025-06-12	Acquired resistance to immunotherapy by physical barriers with cancer cell-expressing collagens in non-small cell lung cancer 2025-Jun-17, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2500019122 PMID:40498460	研究论文	本研究探讨了非小细胞肺癌中癌细胞表达的胶原蛋白如何通过形成物理屏障导致对免疫治疗的获得性耐药	揭示了肿瘤细胞通过表达胶原蛋白形成物理屏障的固有机制导致免疫治疗耐药，并提出了通过破坏这些屏障来恢复治疗敏感性的潜在策略	研究主要基于小鼠模型和肿瘤类器官，临床转化需要进一步验证	探究非小细胞肺癌对免疫治疗产生获得性耐药的机制	非小细胞肺癌小鼠模型和肿瘤类器官	肿瘤免疫学	非小细胞肺癌	单细胞RNA测序、电子显微镜检测	小鼠肿瘤模型	基因表达数据、显微图像	未明确说明具体样本数量，使用小鼠模型和肿瘤类器官
7	2025-06-12	l-Cysteine Alleviates Peritoneal Fibrosis by Repressing PKM2 in Peritoneal Mesothelial Cells 2025-Jun-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202500229R PMID:40497367	研究论文	本文探讨了l-半胱氨酸通过抑制PKM2减轻腹膜纤维化的机制	揭示了PKM2通过乙酰化组蛋白H3K9促进SNAI2表达，进而促进腹膜纤维化的分子机制，并发现l-半胱氨酸可阻断这一过程	分子机制研究尚未完全阐明，临床转化效果需进一步验证	探究腹膜纤维化的分子机制及潜在治疗策略	腹膜间皮细胞及腹膜纤维化患者	分子生物学	腹膜纤维化	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、免疫共沉淀、染色质免疫沉淀、基因沉默技术	NA	基因表达数据	长期腹膜透析患者的流出液细胞
8	2025-06-12	Engineering CRISPR System-Based Bacterial Outer Membrane Vesicle Potentiates T Cell Immunity for Enhanced Cancer Immunotherapy 2025-Jun-11, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.) DOI:10.1002/adma.202501565 PMID:40495695	研究论文	本研究开发了一种基于CRISPR系统的工程化细菌外膜囊泡(OMV)，用于增强T细胞免疫以改善癌症免疫治疗效果	首次将CRISPR系统与OMV结合，实现了多基因的高效包装和递送，显著增强了T细胞的趋化和激活能力	研究仅在鼠模型和人源化小鼠模型中进行，尚未进行临床试验	开发新型癌症基因治疗平台以克服免疫治疗耐药性	膀胱癌和乳腺癌肿瘤模型	基因治疗	膀胱癌, 乳腺癌	CRISPR系统, 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	鼠MB49和B16F10肿瘤模型, 人源化小鼠模型	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，涉及两种鼠肿瘤模型和人源化小鼠模型
9	2025-06-12	Filtering for Highly Variable Genes and High-Quality Spots Improves Phylogenetic Analysis of Cancer Spatial Transcriptomics Visium Data 2025-Jun-11, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology IF:1.4Q2 DOI:10.1089/cmb.2024.0614 PMID:40495757	research paper	该研究探讨了在Visium空间转录组数据中进行系统发育分析的预处理和建模方法，以提高重建的拓扑关系和分支长度估计的准确性	提出使用高变基因和考虑组织覆盖斑点中RNA捕获异质性的方法，改进了空间转录组数据的系统发育分析	未提及具体样本量或实验验证的详细结果	改进癌症空间转录组数据的系统发育分析方法	Visium空间转录组数据	digital pathology	cancer	spatial transcriptomics, RNA-seq	NA	spatial transcriptomics data	NA
10	2025-06-12	Single-Cell RNA Sequencing Study on Two Synovial Derived Tumors in the Temporomandibular Joint 2025-Jun-11, Oral diseases IF:2.9Q1 DOI:10.1111/odi.70003 PMID:40495754	research paper	通过单细胞RNA测序研究颞下颌关节中两种滑膜来源肿瘤的细胞组成和分化轨迹	首次使用单细胞RNA测序技术分析SC和D-TSGCT的细胞组成、分化轨迹及细胞间通讯，并验证FLS在SC初期的软骨分化潜能	研究仅针对颞下颌关节的两种特定肿瘤，可能不适用于其他部位的类似肿瘤	探究颞下颌关节滑膜软骨瘤病（SC）和弥漫性腱鞘巨细胞瘤（D-TSGCT）的细胞组成及分化轨迹	滑膜软骨瘤病（SC）和弥漫性腱鞘巨细胞瘤（D-TSGCT）	digital pathology	temporomandibular joint tumors	single-cell RNA sequencing, cell culture, morphological experiments	NA	RNA sequencing data, cell morphology data	未明确提及样本数量
11	2025-06-12	C-C Chemokine Receptor 2 is a Tissue Biomarker for Abdominal Aortic Aneurysmal and Occlusive Disease 2025-Jun-11, Annals of surgery IF:7.5Q1 DOI:10.1097/SLA.0000000000006778 PMID:40495781	研究论文	评估CCR2作为主动脉疾病严重程度的组织生物标志物，特别是在腹主动脉瘤（AAA）患者中的应用	首次提出CCR2作为AAA疾病严重程度的组织生物标志物，并通过单细胞RNA测序数据集验证其在人类AAA组织中的表达	样本量较小（42例），且仅针对特定类型的主动脉疾病进行研究	寻找能够监测AAA进展和预测破裂风险的组织生物标志物	腹主动脉瘤（AAA）、破裂腹主动脉瘤（rAAA）、主动脉髂动脉闭塞性疾病（AOD）及正常腹主动脉（NAA）患者	生物标志物研究	腹主动脉瘤	单细胞RNA测序	NA	组织样本、RNA测序数据	42例主动脉组织样本
12	2025-06-12	Novel GABAAR antagonists target networked gene hubs at the leading-edge in high-grade gliomas 2025-Jun-11, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noaf143 PMID:40497637	研究论文	该研究通过基因共表达网络分析识别高级别胶质瘤中的关键离子通道基因，并验证了GABAAR拮抗剂对肿瘤生长的抑制作用	首次发现GABAAR基因在高级别胶质瘤前沿的富集，并验证了GABAAR拮抗剂对肿瘤侵袭和增殖的抑制作用	研究主要基于体外模型（GBOs），未在体内模型中验证药物效果	识别高级别胶质瘤中关键的离子通道基因并寻找靶向药物	高级别胶质瘤（包括弥漫性中线胶质瘤和胶质母细胞瘤）	肿瘤生物学	胶质瘤	RNAseq、scRNA-seq、空间转录组学、免疫组织化学	WGCNA	基因表达数据、组织切片图像	患者来源的胶质母细胞瘤外植体类器官（GBOs）
13	2025-06-12	Patterns of intra- and inter-tumor phenotypic heterogeneity in lethal prostate cancer 2025-Jun-10, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI186599 PMID:40493417	research paper	本研究旨在定义致死性前列腺癌中肿瘤间和肿瘤内表型异质性的模式、程度和后果	结合原位组织学和测序方法，分析了52名mPC患者的630多个肿瘤样本，揭示了患者、转移和细胞水平的表型异质性	样本量相对较小，可能无法完全代表所有mPC患者的异质性	探索致死性前列腺癌的肿瘤间和肿瘤内表型异质性	52名转移性前列腺癌（mPC）患者的630多个肿瘤样本	digital pathology	prostate cancer	in situ tissue-based and sequencing approaches, single-cell sequencing	NA	tissue samples, sequencing data	630 tumor samples from 52 mPC patients
14	2025-06-12	Eutopic macrophages facilitate endometriosis progression via ferroptosis-mediated release of S100A9 2025-Jun-10, Molecular human reproduction IF:3.6Q1 DOI:10.1093/molehr/gaaf027 PMID:40493892	研究论文	本研究探讨了子宫内膜异位症中S100A9+巨噬细胞亚群通过铁死亡介导的S100A9释放促进疾病进展的机制	首次发现子宫内膜异位症患者子宫内膜中S100A9+巨噬细胞亚群比例显著增加，并通过铁死亡机制释放S100A9促进血管生成	研究主要基于小鼠模型，人类临床应用的转化需要进一步验证	阐明子宫内膜异位症发病机制并寻找潜在治疗靶点	子宫内膜异位症患者子宫内膜组织和巨噬细胞	生殖医学	子宫内膜异位症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、体外细胞实验、小鼠模型	子宫内膜异位症小鼠模型	基因表达数据、组织样本	未明确说明样本数量，涉及患者组织和动物模型
15	2025-06-12	Spatial Transcriptomics Unveils the Blueprint of Mammalian Lung Development 2025-Jun-10, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf053 PMID:40493888	研究论文	本研究通过空间转录组学技术，构建了小鼠肺部发育的全景图谱，揭示了从假腺期到肺泡期的基因表达模式和调控机制	整合空间表观基因组数据，发现新的TF-增强子驱动的调节子（eRegulons），并揭示了肺泡AT1和AT2细胞的不同发育轨迹及胶原通路在肺泡形成中的作用	研究仅基于小鼠模型，结果在人类肺部发育中的适用性尚需验证	理解哺乳动物肺部发育过程中复杂的细胞和分子调控机制	小鼠肺部发育过程中的细胞类型和基因表达模式	空间转录组学	NA	空间转录组学	NA	空间基因表达数据	覆盖小鼠肺部从早期假腺期到肺泡期的多个发育阶段
16	2025-06-12	A single-cell RNA-seq dataset of synovial fluid from rheumatoid arthritis treated with TNF-α/JAK inhibitor 2025-Jun-10, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-025-05339-4 PMID:40494845	research paper	该研究通过单细胞RNA测序分析了类风湿关节炎患者滑膜液在TNF-α和JAK抑制剂治疗前后的细胞组成、分子信号通路和功能特性	首次对TNF-α和JAK抑制剂治疗前后的类风湿关节炎患者滑膜液进行单细胞RNA测序分析，填补了该领域的研究空白	研究仅关注滑膜液样本，未与其他组织样本进行比较分析	探索TNF-α和JAK抑制剂对类风湿关节炎的单细胞水平影响，推动精准医疗发展	类风湿关节炎患者的滑膜液样本	digital pathology	rheumatoid arthritis	scRNA-seq	NA	RNA sequencing data	100,387个高质量细胞
17	2025-06-12	Iterative transcription factor screening enables rapid generation of microglia-like cells from human iPSC 2025-Jun-10, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59596-3 PMID:40494892	研究论文	本文介绍了一种迭代、高通量的单细胞转录因子筛选方法，用于识别促进特定细胞分化的转录因子组合，并以人类小胶质样细胞为例进行了验证	开发了一种新的迭代转录因子筛选方法，能够快速生成人类小胶质样细胞，并提出了一种新的计算方法用于构建基因调控网络	该方法在需要复杂转录因子组合的细胞类型工程中仍面临挑战	探索高效生成特定细胞类型的方法，以揭示细胞类型特异性分子机制和功能	人类诱导多能干细胞（iPSCs）和小胶质样细胞	细胞生物学	NA	单细胞转录因子筛选、单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	NA
18	2025-06-12	Multi-omics analysis of canine aging markers and evaluation of stem cell intervention 2025-Jun-10, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08333-z PMID:40494876	研究论文	通过多组学技术分析犬类衰老标志物并评估干细胞干预效果	鉴定出9个与衰老相关的细胞群和9个跨物种保守的CD8+ T细胞衰老特异性标志物，开发了针对衰老犬的定制代谢评估系统和基于血液的评估框架，并证明过表达NMNAT1的间充质干细胞可延缓或逆转犬类衰老	NA	揭示衰老的分子机制并探索干细胞干预的可能性	不同年龄的犬类	生物医学	老年疾病	单细胞RNA测序、多组学技术	NA	RNA测序数据、蛋白质数据、代谢数据	不同年龄的犬类样本（具体数量未提及）
19	2025-06-12	NRF2 modulates WNT signaling pathway to enhance photodynamic therapy resistance in oral leukoplakia 2025-Jun-10, EMBO molecular medicine IF:9.0Q1 DOI:10.1038/s44321-025-00256-w PMID:40494896	研究论文	本研究探讨了NRF2通过调节WNT信号通路增强口腔白斑光动力疗法耐药性的机制	首次揭示了NRF2通过激活WNT信号通路在口腔白斑光动力疗法耐药性中的作用，并提出了NRF2抑制作为增强治疗效果的策略	样本量相对较小（n=117），且机制研究主要在动物模型中进行	探究口腔白斑对光动力疗法产生耐药性的关键调控通路	口腔白斑患者样本和4NQO诱导的小鼠口腔白斑模型	癌症生物学	口腔白斑	单细胞RNA测序	动物模型	RNA测序数据	117例患者样本（3例敏感，3例耐药）和动物模型
20	2025-06-12	Pioneer factor ETV2 safeguards endothelial cell specification by recruiting the repressor REST to restrict alternative lineage commitment 2025-Jun-10, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-025-00660-y PMID:40495012	research paper	研究ETV2如何通过招募抑制因子REST来限制内皮细胞谱系以外的其他细胞命运，从而保护内皮细胞的特异性	揭示了ETV2作为先驱因子通过招募REST抑制非内皮细胞谱系基因的创新机制	研究主要基于体外诱导多能干细胞模型，可能不完全反映体内内皮细胞分化的复杂性	探索ETV2在内皮细胞谱系特异性中的分子机制	人诱导多能干细胞来源的中胚层祖细胞	发育生物学	NA	CUT&RUN, scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞转录组和染色质可及性数据	NA