单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-05-08	The secretomes of bovine mammary epithelial cell subpopulations differentially modulate macrophage function 2025-Dec, The veterinary quarterly DOI:10.1080/01652176.2025.2463338 PMID:39921381	研究论文	研究牛乳腺上皮细胞亚群分泌组对巨噬细胞功能的不同调节作用	首次发现不表达CD73的牛MDEC亚群分泌组能显著增强巨噬细胞的吞噬作用和ROS积累	研究仅针对体外培养的巨噬细胞，未进行体内实验验证	优化牛MDEC分泌组作为乳腺炎治疗方案的生成	牛乳腺上皮细胞亚群分泌组和巨噬细胞	细胞生物学	乳腺炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、荧光激活细胞分选(FACS)	NA	基因表达数据、细胞功能数据	NA
2	2025-05-08	Reading of human acute immune dynamics in omicron SARS-CoV-2 breakthrough infection 2025-Dec, Emerging microbes & infections IF:8.4Q1 DOI:10.1080/22221751.2025.2494705 PMID:40231451	研究论文	本研究通过纵向前瞻性队列研究，探讨了人类对奥密克戎SARS-CoV-2突破性感染的急性免疫动态反应	揭示了突破性感染与初次感染在免疫反应动态上的差异，特别是在细胞因子反应和免疫细胞动态方面	样本量较小（13名参与者），可能限制结果的普遍性	理解人类对SARS-CoV-2突破性感染的免疫反应动态	奥密克戎SARS-CoV-2突破性感染患者	免疫学	COVID-19	转录组测序、单细胞测序、TCR测序、BCR测序、Olink蛋白质组学、抗原-抗体结合实验	NA	血液样本、转录组数据、蛋白质组数据	13名参与者
3	2025-05-08	Identification of CXCL13 as a Promising Biomarker for Immune Checkpoint Blockade Therapy and PARP Inhibitor Therapy in Ovarian Cancer 2025-Jun, Molecular biotechnology IF:2.4Q3 DOI:10.1007/s12033-024-01207-5 PMID:38856873	research paper	该研究识别了CXCL13作为卵巢癌免疫检查点阻断疗法和PARP抑制剂疗法的潜在生物标志物	发现CXCL13在HRD肿瘤中显著上调，并作为反映HRD状态的生物标志物，为卵巢癌ICB治疗提供了新的预后生物标志物视角	研究依赖于公共数据库和独立队列的验证，可能需要更多实验数据进一步确认CXCL13的临床应用价值	探索卵巢癌中免疫检查点阻断疗法和PARP抑制剂疗法的生物标志物	卵巢癌患者	digital pathology	ovarian cancer	基因组测序、免疫组化、单细胞测序	NA	基因组数据、临床数据、单细胞测序数据	来自TCGA、ICGC、GEO等公共数据库的数据，以及独立验证队列
4	2025-05-08	A Case-Driven Multi-Omics Analysis for Longitudinal Ibrutinib Response Evaluation of Patients With Chronic Lymphocytic Leukemia 2025-Jun, European journal of haematology IF:2.3Q2 DOI:10.1111/ejh.14397 PMID:39988467	研究论文	通过多组学方法评估慢性淋巴细胞白血病患者对伊布替尼的纵向反应	利用单细胞转录组学等多组学方法，首次全面评估了伊布替尼治疗期间CLL患者的分子和临床动态变化	研究样本量较小（仅2名患者），可能限制结果的普遍性	探索伊布替尼治疗慢性淋巴细胞白血病时克隆惰性的分子机制	接受伊布替尼单药治疗的慢性淋巴细胞白血病患者	数字病理学	慢性淋巴细胞白血病	单细胞转录组学、多组学分析	NA	DNA和RNA水平的多组学数据	2名患者的血液样本
5	2025-05-08	Phosphodiesterase 5 inactivation in vascular smooth muscle cells aggravates aortic aneurysm and dissection 2025-Jun, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.6411 PMID:40145405	研究论文	本研究探讨了血管平滑肌细胞中磷酸二酯酶5A（PDE5A）的失活如何加剧主动脉瘤和夹层（AAD）的发病机制	揭示了PDE5A在血管平滑肌细胞中的特异性作用及其通过cGMP/PKG信号通路调节主动脉平滑肌松弛的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步扩大	阐明PDE5A在主动脉瘤和夹层发病中的具体作用机制	人类和小鼠的主动脉组织及血管平滑肌细胞	血管病理学	主动脉瘤和夹层	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、Western blotting、免疫荧光、免疫组织化学染色	PDE5A基因敲除和过表达小鼠模型	基因表达数据、组织病理学图像	人类和小鼠的主动脉组织样本
6	2025-05-08	Single-cell dynamics of breakthrough toxicities after anakinra prophylaxis for axicabtagene ciloleucel in lymphoma 2025-May-13, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2024015161 PMID:39928957	研究论文	研究探讨了使用anakinra预防性治疗在淋巴瘤患者接受CAR-T细胞疗法时对细胞因子释放综合征（CRS）和神经毒性（NT）的影响	首次在预防性使用anakinra的背景下，通过单细胞RNA测序技术揭示了突破性CRS和NT的分子免疫信号机制，特别是IFN-γ通路的关键作用	每日一次的anakinra预防性治疗在大多数患者中不足以预防需要住院治疗的毒性反应	探索预防CAR-T细胞疗法相关毒性的策略，以实现门诊治疗和管理	接受axicabtagene ciloleucel治疗的大细胞淋巴瘤患者	数字病理学	淋巴瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但涉及接受CAR-T治疗的患者
7	2025-05-08	Nuclear IL-1α Triggers Pyroptosis in Porcine Intramuscular Preadipocytes 2025-May-07, Journal of agricultural and food chemistry IF:5.7Q1 DOI:10.1021/acs.jafc.5c00112 PMID:40275457	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了核IL-1α在猪肌肉内脂肪前体细胞中触发细胞焦亡的新机制	首次发现核IL-1α通过IRF2-NOCT-ROS途径调控猪肌肉内脂肪前体细胞的焦亡过程	研究仅针对猪模型，人类或其他物种的适用性尚不明确	探究核IL-1α在脂肪生成分化中的功能及其对猪肉品质的影响	猪肌肉内脂肪前体细胞	分子生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	未明确说明样本数量
8	2025-05-08	Single-Cell Transcriptome Reveals the Cellular Response to PEG-Induced Stress in Wheat Leaves 2025-May-07, Journal of agricultural and food chemistry IF:5.7Q1 DOI:10.1021/acs.jafc.4c12749 PMID:40287963	研究论文	通过单细胞转录组分析小麦叶片在PEG诱导胁迫下的细胞响应机制	首次构建小麦叶片细胞图谱，揭示不同类型细胞在干旱响应中的异质性及调控网络	研究仅基于PEG模拟的干旱胁迫，未涉及真实田间干旱条件	探究小麦在干旱胁迫下的细胞水平响应机制	抗旱和非抗旱小麦幼苗叶片细胞	植物分子生物学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	未明确说明样本数量（抗旱/非抗旱小麦幼苗）
9	2025-05-08	Single-cell analysis reveals the implication of vascular endothelial cell-intrinsic ANGPT2 in human intracranial aneurysm 2025-May-06, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvae186 PMID:39187926	research paper	通过单细胞RNA测序揭示血管内皮细胞内在的ANGPT2在人颅内动脉瘤中的意义	首次通过单细胞RNA测序全面分析颅内动脉瘤的细胞组成和血管内皮细胞的转录组变化，并发现ANGPT2在动脉瘤形成中的作用	研究主要基于单细胞RNA测序数据，需要进一步的实验验证	探索颅内动脉瘤的发病机制和潜在治疗靶点	人颅内动脉瘤和对照动脉组织	digital pathology	cardiovascular disease	scRNA-seq	zebrafish model	RNA sequencing data	43,462个细胞的转录组数据
10	2025-05-08	Fate mapping in mouse demonstrates early secretory differentiation directly from Lgr5+ intestinal stem cells 2025-May-05, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.12.023 PMID:39793582	研究论文	通过小鼠模型中的定量命运映射、数学建模和单细胞RNA测序，研究肠道上皮细胞更新的细胞机制	结合三种互补的小鼠模型、数学建模和单细胞RNA测序，提出了基于两个循环群体的隐窝维持模型	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他动物模型	解析肠道上皮细胞更新的细胞机制及干细胞和前体细胞的行为如何确保组织维持	小鼠肠道上皮细胞、Lgr5+肠道干细胞	细胞生物学	NA	定量命运映射、数学建模、单细胞RNA测序	数学建模	单细胞RNA测序数据	三种互补的小鼠模型
11	2025-05-08	Single-cell RNA-seq identifies protracted mouse germline X chromosome reactivation dynamics directed by a PRC2-dependent mechanism 2025-May-05, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.12.028 PMID:39798575	研究论文	通过单细胞RNA测序和染色质分析，研究小鼠原始生殖细胞中X染色体再激活的动态过程及其机制	揭示了X染色体再激活的动力学特征及其与PRC2依赖机制的关联	研究仅基于小鼠模型，未涉及人类或其他物种	探究雌性原始生殖细胞中X染色体再激活的分子机制	小鼠胚胎中的原始生殖细胞	基因组学	NA	单细胞RNA测序、染色质分析	NA	RNA-seq数据、染色质数据	小鼠胚胎从E9.5到E16.5的原始生殖细胞
12	2025-05-08	Comparative spatial transcriptomics reveals root dryland adaptation mechanism in rice and HMGB1 as a key regulator 2025-May-05, Molecular plant IF:17.1Q1 DOI:10.1016/j.molp.2025.04.001 PMID:40195115	研究论文	本研究通过比较旱稻和灌溉稻的根系发育，揭示了旱稻适应旱地条件的分子和发育机制，并发现HMGB1作为关键调控因子促进根系伸长和增厚以增强抗旱性	首次通过空间转录组图谱比较旱稻和灌溉稻的根系发育，发现HMGB1作为关键调控因子促进旱稻根系发育和抗旱性	研究仅聚焦于根系发育的分子机制，未涉及其他可能的抗旱机制	揭示旱稻适应旱地条件的分子和发育机制，为培育抗旱水稻提供遗传资源	旱稻和灌溉稻的根系发育	植物分子生物学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	旱稻和灌溉稻的根系组织
13	2025-05-08	Ibudilast Protects Retinal Bipolar Cells From Excitotoxic Retinal Damage and Activates the mTOR Pathway 2025-May, Glia IF:5.4Q1 DOI:10.1002/glia.24657 PMID:39916387	研究论文	研究伊布地司特在兴奋性毒性视网膜损伤模型中对视网膜神经元的保护作用及其激活mTOR通路的机制	首次发现伊布地司特通过抑制PDE和激活mTOR通路保护视网膜双极细胞，并揭示了双极细胞与Müller胶质细胞之间的旁分泌信号通路在神经保护中的作用	研究仅使用鸡的视网膜损伤模型，未在哺乳动物或人类中进行验证，且mTOR抑制剂雷帕霉素未能减少细胞死亡	探究伊布地司特对视网膜神经元的保护机制及其潜在临床应用价值	鸡视网膜神经元（特别是双极细胞）和Müller胶质细胞	神经保护	视网膜损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、光谱域光学相干断层扫描（SD-OCT）、视网膜电图	兴奋性毒性视网膜损伤模型	基因表达数据、影像数据、电生理数据	未明确说明样本数量，使用鸡视网膜模型
14	2025-05-08	Cancer-associated fibroblasts promote EGFR-TKI resistance via the CTHRC1/glycolysis/H3K18la positive feedback loop 2025-May, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-025-03318-y PMID:40011576	研究论文	本研究揭示了癌症相关成纤维细胞（CAFs）通过CTHRC1/糖酵解/H3K18la正反馈环路促进EGFR-TKI耐药性的机制	首次发现CTHRC1+ CAFs通过TGF-β/Smad3信号通路增强癌细胞糖酵解活性，并通过组蛋白乳酸化形成正反馈环路维持EGFR-TKI耐药性	未明确说明研究样本量及临床前模型的验证范围	探究CAFs在EGFR-TKI耐药性中的作用机制并寻找克服耐药性的策略	肺癌患者肿瘤组织中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）	肿瘤生物学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
15	2025-05-08	Integrating microbial GWAS and single-cell transcriptomics reveals associations between host cell populations and the gut microbiome 2025-May, Nature microbiology IF:20.5Q1 DOI:10.1038/s41564-025-01978-w PMID:40195537	研究论文	该研究通过整合微生物GWAS和单细胞转录组学，揭示了宿主细胞群与肠道微生物组之间的关联	开发了计算框架scBPS，首次系统地整合微生物GWAS和单细胞RNA测序数据，识别与肠道微生物相关的宿主组织和细胞类型	研究依赖于现有的GWAS和单细胞RNA测序数据，可能受限于数据的覆盖范围和深度	探索宿主遗传、肠道微生物组与特定细胞环境之间的联系	人类24个器官的微生物组和254种宿主细胞类型	计算生物学	NA	单细胞RNA测序、微生物GWAS	scBPS	单细胞RNA测序数据、GWAS数据	207种微生物分类群和254种宿主细胞类型
16	2025-05-08	p63 co-opts the skin Krt8-to-Krt5 transition for enamel organ development 2025-Apr-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.11.637463 PMID:39990386	research paper	研究揭示了p63在牙釉质器官发育中通过调控Krt8到Krt5的转变机制	发现p63在牙釉质器官发育中调控Krt8到Krt5的转变，与皮肤发育中的功能相似	研究基于小鼠切牙，可能不适用于其他物种或牙齿类型	探索p63在牙釉质器官发育中的具体作用	小鼠切牙的牙釉质器官	developmental biology	NA	single-cell RNA sequencing, chromatin accessibility analyses	NA	RNA-seq data, chromatin accessibility data	小鼠切牙样本
17	2025-05-08	Splenic CD169+Tim4+ Marginal Metallophilic Macrophages Are Essential for Wound Healing After Myocardial Infarction 2025-Apr-28, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.124.071772 PMID:40289811	研究论文	本研究揭示了脾脏CD169+Tim4+边缘金属性巨噬细胞在心肌梗死后伤口愈合中的关键作用	首次发现并证实脾脏CD169+Tim4+边缘金属性巨噬细胞对心肌梗死后伤口愈合的必要性和充分性	研究主要基于小鼠模型，人类数据有限	探究心肌梗死后伤口愈合的细胞机制	脾脏CD169+Tim4+边缘金属性巨噬细胞和心肌梗死后心脏修复	心血管疾病研究	心血管疾病	流式细胞术、单细胞RNA测序、谱系追踪、细胞追踪、脾切除术、联体共生、细胞过继转移	小鼠心肌梗死模型	流式细胞数据、RNA测序数据	小鼠模型和人类ST段抬高型心肌梗死患者
18	2025-05-08	Investigative needle core biopsies support multimodal deep-data generation in glioblastoma 2025-Apr-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-58452-8 PMID:40295505	研究论文	本文探讨了在胶质母细胞瘤（GBM）中，通过常规立体定向针芯活检进行多组学分析的可行性和应用	展示了从常规立体定向针芯活检中生成深度数据的可能性，并进行了高分辨率的多组学分析，包括单细胞RNA测序、空间转录组学、代谢组学、蛋白质组学等	研究样本量有限，且立体定向活检用于监测治疗反应的效用尚未明确	评估立体定向针芯活检在胶质母细胞瘤治疗反应监测中的可行性和数据生成能力	胶质母细胞瘤（GBM）患者	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、空间转录组学、代谢组学、蛋白质组学、磷酸化蛋白质组学、T细胞克隆型分析、MHC I类免疫肽组学	NA	多组学数据	未明确提及具体样本数量，但使用了标准活检组织
19	2025-05-08	Regional differences in progenitor metabolism shape brain growth during development 2025-Apr-28, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2025.04.003 PMID:40300602	研究论文	研究揭示了哺乳动物前脑发育过程中区域扩张的机制，特别是通过单细胞分辨率的小鼠大脑出生日期图谱和单细胞RNA测序技术	提供了小鼠大脑的单细胞分辨率出生日期图谱，识别了FAM210B作为调控线粒体功能和乳酸产生的关键因子，从而影响前脑神经祖细胞的自我复制分裂	研究主要基于小鼠模型，人类大脑发育的类似机制尚未完全验证	探索哺乳动物大脑区域扩张的发育机制	小鼠大脑的神经祖细胞和神经元	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠大脑的单细胞数据
20	2025-05-08	Adipose-derived leptin and complement factor D mediate osteoarthritis severity and pain 2025-Apr-25, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adt5915 PMID:40279436	research paper	研究肥胖与骨关节炎（OA）严重程度和疼痛之间的关系，特别是脂肪分泌的瘦素和补体因子D的作用	揭示了脂肪分泌的瘦素通过调节补体因子D（adipsin）影响OA的结构和疼痛表型，证实了脂肪与关节之间的系统性交互作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探究肥胖相关脂肪因子（特别是瘦素）在OA发病机制中的具体作用	脂肪分泌的瘦素和补体因子D，以及它们对OA严重程度和疼痛的影响	生物医学	骨关节炎	空间转录组学、全局无监督多组学分析	小鼠模型（脂肪营养不良小鼠）	基因表达数据、蛋白质组数据	小鼠实验模型