单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-06-22	FCGR2A contributes to M2 macrophages polarization in HCC through IL-4/JAK/STAT6 axis 2025-Aug, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102429 PMID:40482466	研究论文	本文研究了FCGR2A在肝细胞癌（HCC）中通过IL-4/JAK/STAT6轴促进M2巨噬细胞极化的机制	揭示了FCGR2A通过IL-4/JAK/STAT6轴促进M2巨噬细胞极化的新机制，并提供了针对HCC的巨噬细胞靶向治疗的理论基础	未明确说明样本量及实验设计的详细情况	探究FCGR2A在HCC中M2巨噬细胞极化的具体机制及其对HCC发展的影响	肝细胞癌（HCC）中的巨噬细胞	肿瘤免疫学	肝细胞癌	单细胞测序	NA	基因表达数据	NA
2	2025-06-22	Single-cell transcriptomic atlas reveals the underlying mechanism of indole-3-acetic acid in protecting against acute cholestatic liver injury 2025-Aug, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.156942 PMID:40513326	research paper	该研究通过单细胞转录组图谱揭示了吲哚-3-乙酸（3-IAA）在预防急性胆汁淤积性肝损伤中的潜在机制	首次通过单细胞RNA测序全面绘制了3-IAA缓解急性胆汁淤积性肝损伤的单细胞图谱，并揭示了其通过调节GZMAGZMK效应NK细胞和扩增肝脏抗炎CD59巨噬细胞的免疫机制	研究主要基于大鼠模型，尚未在人体中进行验证	探究3-IAA在急性胆汁淤积性肝损伤中的治疗潜力及其作用机制	急性胆汁淤积性肝损伤大鼠模型	生物医学	肝病	单细胞RNA测序、转录组学、代谢组学	NA	单细胞转录组数据	NA
3	2025-06-22	Novel Cell-to-Cell Communications Between Macrophages and Fibroblasts Regulate Obesity-Induced Adipose Tissue Fibrosis 2025-Jul-01, Diabetes IF:6.2Q1 DOI:10.2337/db24-0762 PMID:40063503	研究论文	本研究探讨了肥胖诱导的脂肪组织纤维化中巨噬细胞和成纤维细胞之间的新型细胞间通讯机制	发现了表达Mincle的巨噬细胞亚群通过分泌Osm调控脂肪组织成纤维细胞胶原基因表达的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类数据验证相对有限	阐明肥胖诱导脂肪组织纤维化的细胞间通讯机制	饮食诱导肥胖小鼠的脂肪组织巨噬细胞和成纤维细胞	细胞生物学	肥胖	单细胞转录组分析、空间转录组学	NA	单细胞RNA测序数据、空间转录组数据	饮食诱导肥胖小鼠模型及人类肥胖脂肪组织样本
4	2025-06-22	TMEM55A-mediated PI5P signalling regulates alpha cell actin depolymerisation and glucagon secretion 2025-Jul, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-025-06411-9 PMID:40140059	研究论文	本文揭示了TMEM55A通过调控细胞内PI5P和F-actin网络来调节α细胞胞吐作用和胰高血糖素分泌的新途径	发现TMEM55A通过PI5P信号通路调控α细胞肌动蛋白解聚和胰高血糖素分泌的新机制	研究主要基于体外实验，需要进一步在体内验证	验证TMEM55A及其潜在信号分子在α细胞功能和胰高血糖素分泌中的作用	人和小鼠的胰岛α细胞	细胞生物学	糖尿病	膜片钳电生理学、单细胞RNA测序、共聚焦显微镜	NA	电生理数据、RNA测序数据、显微镜图像	人类和小鼠胰岛α细胞
5	2025-06-22	RFX3 is essential for the generation of functional human pancreatic islets from stem cells 2025-Jul, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-025-06424-4 PMID:40263183	研究论文	本研究探讨了调控因子X3（RFX3）在人类胰岛发育中的功能，使用诱导多能干细胞（iPSCs）衍生的胰岛类器官进行研究	首次揭示了RFX3在人类胰岛细胞分化中的关键作用及其对肠嗜铬细胞（ECs）分化的抑制作用	研究主要基于体外类器官模型，未涉及体内验证	探究RFX3在人类胰岛发育中的功能及其机制	人类诱导多能干细胞（iPSCs）衍生的胰岛类器官	干细胞生物学	糖尿病	CRISPR/Cas9基因编辑、单细胞RNA测序、批量RNA测序	基因敲除（KO）和过表达模型	基因表达数据	未明确说明样本数量，使用了iPSC衍生的胰岛类器官
6	2025-06-22	Abundance of a metabolically active subpopulation in dedifferentiated adipocytes inversely correlates with body mass index 2025-Jul, Molecular metabolism IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.molmet.2025.102161 PMID:40348015	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术鉴定了人类脂肪细胞中一个具有高代谢活性的亚群，并发现其丰度与体重指数呈负相关	首次在人类去分化脂肪细胞中发现具有肌肉细胞基因特征的高代谢活性亚群，并揭示其与体重指数的负相关性	研究样本量相对有限（11名供体），且机制研究有待深入	探究脂肪组织中不同亚群的细胞组成和功能特性与代谢疾病的关系	人类去分化脂肪细胞（DFAT）和皮下脂肪组织	代谢组学	肥胖症	单细胞RNA测序（10x Genomics）、流式细胞分选（FACS）、批量RNA测序	NA	基因表达数据	11名人类供体的脂肪细胞样本+1759名供体的皮下脂肪组织基因表达数据
7	2025-06-22	The Role of Omics Techniques in Diabetic Wound Healing: Recent Insights into the Application of Single-Cell RNA Sequencing, Bulk RNA Sequencing, Spatial Transcriptomics, and Proteomics 2025-Jul, Advances in therapy IF:3.4Q2 DOI:10.1007/s12325-025-03212-9 PMID:40381157	综述	本文综述了组学技术在糖尿病伤口愈合中的最新应用，包括单细胞RNA测序、批量RNA测序、空间转录组学和蛋白质组学	概述了高通量组学技术在糖尿病足溃疡分子功能和机制研究中的最新进展，为靶向治疗提供了潜力	NA	探讨组学技术在糖尿病伤口愈合研究中的应用，以开发新型、经济高效且个性化的治疗方法	糖尿病足溃疡(DFUs)的分子功能和机制	生物医学	糖尿病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、批量RNA测序(bulk RNA-seq)、空间转录组学、蛋白质组学	NA	分子数据	临床前动物和人类临床研究
8	2025-06-22	Increased inflammation as well as decreased endoplasmic reticulum stress and translation differentiate pancreatic islets from donors with pre-symptomatic stage 1 type 1 diabetes and non-diabetic donors 2025-Jul, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-025-06417-3 PMID:40457096	研究论文	本研究通过蛋白质组学方法比较了无症状1型糖尿病前期患者与非糖尿病捐赠者的胰岛蛋白质变化	首次在人类胰岛素分泌β细胞中发现1型糖尿病前期阶段的分子变化，特别是免疫反应增强与内质网应激及蛋白质翻译减少的差异	样本量较小（mAAb+组n=3，ND组n=3），且存在较大的供体间变异	识别1型糖尿病前期胰岛β细胞功能障碍的分子通路	胰岛自身抗体阳性的器官捐赠者（AAb+）与非糖尿病（ND）对照捐赠者的胰岛组织	蛋白质组学	1型糖尿病	激光显微切割、质谱（MS）蛋白质组学、无标记定量分析	NA	蛋白质组数据	5例AAb+捐赠者与5例ND对照捐赠者（最终分析聚焦于3例mAAb+与3例ND匹配样本）
9	2025-06-22	The co-location of MARCO+ tumor-associated macrophages and CTSE+ tumor cells determined the poor prognosis in intrahepatic cholangiocarcinoma 2025-Jul-01, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001138 PMID:39471066	研究论文	本研究通过空间转录组和单细胞转录组数据，详细分析了肝内胆管癌（ICC）中的免疫浸润模式，并发现MARCO+肿瘤相关巨噬细胞与CTSE+肿瘤细胞的共定位与患者不良预后相关	首次在ICC中鉴定了两种肿瘤内免疫浸润模式（巨噬细胞+和浆细胞+），并揭示了MARCO+ TAMs与CTSE+肿瘤细胞的共定位如何促进免疫抵抗性微环境的形成	样本量相对较小（6个空间转录组样本和35个单细胞样本），且仅在20个ICC样本中通过多重免疫荧光验证了共定位结果	探究肝内胆管癌中免疫细胞的具体表型及其在肿瘤微环境中的空间分布	肝内胆管癌（ICC）患者	数字病理	肝内胆管癌	空间转录组学、单细胞转录组学、多重免疫荧光	NA	转录组数据、图像数据	6个空间转录组样本（29,632个点）、35个单细胞样本（21,158个细胞）、20个ICC验证样本
10	2025-06-22	Deciphering Macrophage-Fibroblast Cross Talk in Obesity-Induced Adipose Tissue Fibrosis: Insights From Single-Cell and Spatial Transcriptomics 2025-Jul-01, Diabetes IF:6.2Q1 DOI:10.2337/db25-0337 PMID:40540667	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
11	2025-06-22	Deciphering the Regulatory Networks of the Migrasome-Associated Cell Subpopulation in Heterotopic Ossification via Multi-Omics Analysis 2025-Jun-30, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202500965R PMID:40540299	研究论文	通过多组学分析揭示异位骨化中迁移体相关细胞亚群的调控网络	首次鉴定出与异位骨化相关的迁移体相关细胞亚群及关键分子Ppib和Tagln，并构建了其调控网络和空间分布模式	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分有待进一步加强	阐明异位骨化的病理机制并发现潜在生物标志物	异位骨化中的迁移体相关细胞亚群及其关键分子	多组学分析	异位骨化	单细胞转录组、批量转录组、空间转录组、hdWGCNA、机器学习	NA	转录组数据	来自GEO数据库的多个数据集及临床样本
12	2025-06-22	Colorectal cancer cell line-derived organoid model with stem cell properties captures the regrowing state of residual cancer cells after neoadjuvant chemotherapy 2025-Jun-20, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-025-02567-w PMID:40537472	研究论文	本研究建立了一种具有干细胞特性的结直肠癌细胞系衍生的类器官模型，用于模拟新辅助化疗后残留癌细胞的再生状态	首次利用患者来源的细胞系建立具有癌症干细胞特性的类器官再生模型，并揭示了残留癌细胞再生的关键信号通路	研究仅基于单一患者来源的细胞系，可能无法完全代表所有结直肠癌患者的异质性	探索针对耐受药物的残留癌细胞的治疗靶点	结直肠癌细胞系衍生的类器官模型	癌症研究	结直肠癌	单细胞RNA测序	类器官模型	基因表达数据	患者来源的细胞系
13	2025-06-22	Integrated spatial omics of metabolic reprogramming and the tumor microenvironment in pancreatic cancer 2025-Jun-20, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112681 PMID:40538442	研究论文	该研究通过整合单细胞转录组学、空间转录组学和空间代谢组学，揭示了胰腺癌中代谢重编程与肿瘤微环境的空间共定位关系	首次在胰腺癌中实现了多组学空间整合分析，揭示了代谢异质性与细胞间相互作用的动态特征	样本量有限，未进行功能性验证实验	探究胰腺癌代谢重编程与肿瘤微环境的相互作用机制	胰腺癌肿瘤样本	空间多组学	胰腺癌	单细胞转录组测序(scRNA-seq)、空间转录组学、空间代谢组学成像	伪时间轨迹分析(pseudotime trajectory)、scMetabolism分析	单细胞基因表达数据、空间基因表达数据、代谢物成像数据	未明确说明具体样本数量（人类胰腺癌组织样本）
14	2025-06-22	NAT10 regulates tumor progression and immune microenvironment in pancreatic ductal adenocarcinoma via the N4-acetylated LAMB3-mediated FAK/ERK pathway 2025-Jun-20, Cancer communications (London, England) DOI:10.1002/cac2.70045 PMID:40540648	研究论文	本研究探讨了NAT10在胰腺导管腺癌（PDAC）中通过N4-乙酰化LAMB3介导的FAK/ERK通路调控肿瘤进展和免疫微环境的作用	首次揭示了NAT10在PDAC中通过乙酰化修饰LAMB3 mRNA稳定性的新机制，并阐明了其对肿瘤微环境中CD8+ T细胞亚群的调控作用	研究主要基于体外和动物模型，临床样本验证相对有限	阐明NAT10在PDAC肿瘤恶性和肿瘤微环境中的作用机制	胰腺导管腺癌细胞和组织	肿瘤免疫学	胰腺癌	乙酰化RNA免疫沉淀、定量PCR、RNA免疫沉淀、Western blotting、单细胞RNA测序、多重免疫荧光、流式细胞术	小鼠皮下肿瘤模型	基因表达数据、蛋白质数据、单细胞测序数据	PDAC组织和细胞系，小鼠模型
15	2025-06-22	Loss of BAP1 defines a unique subtype of TP53-mutated de novo AML and confers sensitivity to BCL-xL inhibitors 2025-Jun-20, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024026417 PMID:40540751	研究论文	该研究确定了BAP1缺失在TP53突变型急性髓系白血病（AML）中的独特亚型，并揭示了其对BCL-xL抑制剂的敏感性	发现BAP1缺失与TP53突变共同存在于AML患者中，且与不良预后相关，揭示了BAP1在AML中的新作用机制及其对BCL-xL抑制剂的敏感性	研究样本量有限，且BAP1缺失在AML中的具体作用机制仍需进一步验证	探究TP53突变型AML中BAP1缺失的作用及其治疗潜力	TP53突变型AML患者及小鼠模型	肿瘤学	急性髓系白血病（AML）	RNA-seq, ChIP-seq	小鼠模型	基因组数据、转录组数据	TP53突变型AML患者及Bap1KO小鼠
16	2025-06-22	Quantitative measurement of phenotype dynamics during cancer drug resistance evolution using genetic barcoding 2025-Jun-20, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59479-7 PMID:40541962	研究论文	本文提出了一种数学框架，通过遗传谱系追踪和种群大小数据推断癌症药物抗性动态，无需直接测量抗性表型	开发了一种无需直接测量抗性表型即可推断药物抗性动态的数学框架，并通过实验验证了其准确性	未明确说明该框架在其他类型癌症或药物中的适用性	研究癌症药物抗性进化的表型动态	结直肠癌细胞系SW620和HCT116	癌症研究	结直肠癌	遗传谱系追踪、scRNA-seq、scDNA-seq	数学框架	遗传数据、表型数据	两种结直肠癌细胞系（SW620和HCT116）
17	2025-06-22	ISCU-p53 axis orchestrates macrophage polarization to dictate immunotherapy response in esophageal squamous cell carcinoma 2025-Jun-20, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07787-7 PMID:40541964	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了食管鳞状细胞癌(ESCC)中肿瘤微环境(TMEs)的异质性，并发现ISCU-p53轴通过调控巨噬细胞极化影响免疫治疗反应	首次发现ISCU通过p53依赖性方式促进M2巨噬细胞极化，并揭示了该机制通过调控xCT和Arg1表达影响巨噬细胞对铁死亡和精氨酸代谢通路的敏感性	研究主要基于单细胞RNA测序数据，需要进一步实验验证ISCU-p53轴的具体分子机制	探索ESCC中免疫治疗反应差异的分子机制	食管鳞状细胞癌患者的肿瘤微环境和免疫细胞	肿瘤免疫学	食管鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	接受PD-1抑制剂治疗(部分响应和疾病稳定)及未接受术前治疗的手术患者的肿瘤样本
18	2025-06-22	A deep generative model for deciphering cellular dynamics and in silico drug discovery in complex diseases 2025-Jun-20, Nature biomedical engineering IF:26.8Q1 DOI:10.1038/s41551-025-01423-7 PMID:40542107	研究论文	介绍了一种名为UNAGI的深度生成神经网络，用于分析时间序列单细胞转录组数据，以揭示疾病进展的复杂细胞动态并促进药物干预的计算机模拟	开发了UNAGI这一深度生成模型，能够捕捉疾病进展中的复杂细胞动态，增强药物扰动建模和筛选能力	虽然展示了在特发性肺纤维化和COVID等疾病中的应用，但未提及对其他类型疾病的适用性验证	开发计算工具以详细分析疾病进展并进行靶向计算机模拟药物干预	特发性肺纤维化患者和COVID患者的单细胞转录组数据	机器学习	特发性肺纤维化	单细胞转录组学	深度生成神经网络	时间序列单细胞转录组数据	NA
19	2025-06-22	The critical role of PDGFRa + Sca1 + fibroblasts in angiogenesis and vascular repair in the corpus cavernosum 2025-Jun-20, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-025-04434-y PMID:40542354	研究论文	本文探讨了PDGFRa + Sca1 + 成纤维细胞在阴茎海绵体血管生成和修复中的关键作用	发现PDGFRa + Sca1 + 成纤维细胞亚群具有分化为内皮细胞和平滑肌细胞的潜力，并参与血管生成和修复	成纤维细胞在勃起功能障碍进展中的具体功能机制尚未完全阐明	研究阴茎海绵体中特定成纤维细胞亚群在血管生成和修复中的作用	糖尿病诱导的勃起功能障碍(DMED)和双侧海绵体神经损伤诱导的勃起功能障碍(CNIED)动物模型	数字病理学	勃起功能障碍	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、空间转录组学、多重免疫荧光	NA	基因表达数据、空间定位数据	两种ED动物模型(具体数量未说明)
20	2025-06-22	Comparison of spatial transcriptomics technologies using tumor cryosections 2025-Jun-20, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03624-4 PMID:40542418	研究论文	比较四种基于成像的空间转录组学技术和一种基于测序的方法在肿瘤冷冻切片上的应用	首次系统比较不同空间转录组学技术在特定肿瘤类型（MBEN）中的应用，并提出改进细胞分割和整合多组学数据的策略	研究仅针对一种特定肿瘤类型（MBEN），结果可能不适用于其他肿瘤类型	评估不同空间转录组学技术的性能并指导方法选择	髓母细胞瘤广泛结节型（MBEN）的冷冻切片	空间转录组学	髓母细胞瘤	RNAscope HiPlex, Molecular Cartography, Merscope, Xenium, Visium	NA	空间转录组数据	MBEN肿瘤冷冻切片（具体数量未明确说明）