单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-07-13	Single-cell spatial transcriptomics reveals pathogenic mechanism of renal fibrosis in imiquimod-induced lupus nephritis in mice 2025-Sep, Biochemistry and biophysics reports IF:2.3Q3 DOI:10.1016/j.bbrep.2025.102087 PMID:40641741	研究论文	利用单细胞空间转录组学技术揭示咪喹莫特诱导的小鼠狼疮性肾炎肾纤维化的致病机制	首次应用空间转录组学技术在小鼠狼疮性肾炎模型中揭示肾纤维化的细胞和分子病理学途径，并发现了一种促纤维化的巨噬细胞亚型Lyz2巨噬细胞	研究仅限于小鼠模型，结果是否适用于人类需要进一步验证	深入理解狼疮性肾炎肾纤维化的细胞和分子机制，为疾病评估和新治疗策略开发提供依据	咪喹莫特诱导的狼疮性肾炎小鼠模型	数字病理学	狼疮性肾炎	空间转录组学	NA	转录组数据	狼疮性肾炎和对照小鼠肾脏样本
2	2025-07-13	Quantification of transcript isoforms at the single-cell level using SCALPEL 2025-Jul-11, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61118-0 PMID:40640129	研究论文	介绍了一种名为SCALPEL的基于Nextflow的工具，用于从标准的3'单细胞RNA测序数据中量化和表征转录本异构体	SCALPEL在合成数据中表现出比其他工具更高的敏感性和特异性，并在真实数据集中揭示了使用单细胞基因表达数据无法检测到的新细胞群体	未明确提及具体局限性	探索单细胞水平的转录后基因调控机制	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	合成数据和真实数据集
3	2025-07-13	Decoding sexual dimorphism of the sex-shared nervous system at single-neuron resolution 2025-Jul-11, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adv9106 PMID:40644535	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究成年雄性和雌雄同体个体中共享神经元的转录组，揭示神经系统在单神经元水平上的性别二态性	首次在单神经元分辨率上揭示了神经系统广泛的分子二态性，特别是在触觉受体等先前未被识别的神经元类型中，并发现神经肽和信号相关基因表现出强烈的性别偏向表达	研究仅关注了成年个体的神经元，未涉及发育过程中的变化，且样本类型有限	理解遗传性别如何塑造神经系统的分子结构，以及这些差异如何导致性别特异性行为	成年雄性和雌雄同体个体的共享神经元	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	成年雄性和雌雄同体个体的神经元样本
4	2025-07-13	PLIN2 promotes colorectal cancer progression through CD36-mediated epithelial-mesenchymal transition 2025-Jul-10, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07836-1 PMID:40640171	研究论文	本研究揭示了PLIN2通过CD36介导的上皮-间质转化促进结直肠癌进展的分子机制	首次发现PLIN2通过稳定CD36蛋白表达促进结直肠癌细胞的增殖、迁移和侵袭，并揭示了PLIN2/CD36轴在EMT过程中的关键作用	研究主要基于体外实验和小鼠模型，临床样本验证仍需扩大	探究结直肠癌进展的关键分子机制并构建可靠的预后预测模型	结直肠癌细胞和患者样本	肿瘤学	结直肠癌	WGCNA、scRNA-seq、空间转录组、免疫共沉淀、免疫荧光	LASSO回归模型、Cox回归模型	基因表达数据、临床数据	120个免疫细胞表达谱、临床标本和组织芯片
5	2025-07-13	PIP4K2C inhibition reverses autophagic flux impairment induced by SARS-CoV-2 2025-Jul-10, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61759-1 PMID:40640184	研究论文	研究发现小分子抑制剂RMC-113通过抑制PIP4K2C和PIKfyve脂质激酶，有效抑制SARS-CoV-2等多种RNA病毒的复制	揭示了PIP4K2C在SARS-CoV-2进入、RNA复制和组装/释放中的作用，并验证其作为抗病毒靶点的潜力	研究主要基于人类肺类器官模型，尚未在更复杂的生物体中进行验证	寻找广谱抗病毒药物并研究其作用机制	SARS-CoV-2等多种RNA病毒	病毒学	COVID-19	脂质组学分析、蛋白质组学、单细胞转录组学	人类肺类器官模型	分子生物学数据	NA
6	2025-07-13	Mineralocorticoid receptor knockout alters hippocampal CA2 neurons to become like those in CA1 2025-Jul-10, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08378-0 PMID:40640339	研究论文	研究探讨了矿物皮质激素受体（MR）在小鼠海马CA2区神经元中的作用及其对神经元特性的影响	发现MR敲除后，CA2神经元获得类似CA1的分子表型，揭示了MR在控制CA2神经元状态中的关键作用	研究主要关注发育过程中的变化，未涉及成年期或老年期的MR影响	理解矿物皮质激素受体（MR）在海马CA2区神经元中的作用及其对神经元特性的影响	小鼠海马CA2区神经元	神经科学	NA	空间转录组学	NA	分子表型数据	NA
7	2025-07-13	Exploration and validation of the prognostic value of mitophagy and mitochondrial dynamics-related genes in cervical cancer 2025-Jul-10, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-09310-6 PMID:40640353	研究论文	本研究探索并验证了线粒体自噬和线粒体动力学相关基因在宫颈癌中的预后价值	首次结合孟德尔随机化(MR)和101种机器学习模型识别宫颈癌中线粒体自噬和线粒体动力学相关的预后基因，并构建风险模型	风险模型的AUC值仅超过0.6，预测准确性有待提高	评估线粒体自噬和线粒体动力学在宫颈癌中的预后意义	宫颈癌患者	数字病理学	宫颈癌	孟德尔随机化(MR)、机器学习、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	多种机器学习模型(未指定具体模型)	基因表达数据	未明确说明样本数量
8	2025-07-13	Single cell RNA sequencing analysis of mice hindlimb muscles identifies transcriptional heterogeneity in aging and physical frailty 2025-Jul-10, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-10421-3 PMID:40640360	研究论文	通过单细胞RNA测序分析小鼠后肢肌肉，揭示了衰老和身体虚弱中的转录异质性	首次在单细胞水平上研究了衰老相关和年龄无关的虚弱机制，并鉴定了B细胞和卫星细胞在虚弱过程中的关键作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探索衰老和身体虚弱的分子机制	小鼠后肢肌肉细胞	单细胞转录组学	老年疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), SMART-sequencing	NA	RNA测序数据	年轻和老年小鼠分组(非虚弱年轻/老年组和虚弱老年组)
9	2025-07-13	Unveiling the therapeutic potential of senescence-related IQGAP2 in pancreatic Cancer through post-GWAS genomic and scRNA-seq analyses 2025-Jul-10, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03078-x PMID:40640432	研究论文	通过后GWAS基因组和scRNA-seq分析揭示衰老相关基因IQGAP2在胰腺癌中的治疗潜力	首次结合孟德尔随机化(MR)和单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术，发现IQGAP2与胰腺癌风险的显著关联，并验证其作为治疗靶点的潜力	研究主要基于基因组和转录组数据，缺乏体内外功能实验验证	探索衰老相关基因在胰腺癌发生发展中的作用机制	胰腺癌相关衰老基因(SAGs)，特别是IQGAP2基因	癌症基因组学	胰腺癌	孟德尔随机化(MR)，单细胞RNA测序(scRNA-seq)，HEIDI检验，共定位分析	NA	基因组数据，单细胞转录组数据	未明确说明样本量，使用公开GWAS和scRNA-seq数据集
10	2025-07-13	Multimodal evaluation of cerebrospinal fluid from breast cancer leptomeningeal metastases using circulating tumor cell detection, single-cell sequencing, and proteomics 2025-Jul-10, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06671-4 PMID:40640833	研究论文	通过多模态分子分析脑脊液中的细胞，评估乳腺癌软脑膜转移的治疗反应	结合循环肿瘤细胞检测、单细胞测序和蛋白质组学技术，对脑脊液进行多模态分析，为中枢神经系统疾病监测提供非侵入性方法	研究仅基于一名患者的样本，样本量较小	评估乳腺癌软脑膜转移患者的治疗反应并探索耐药机制	乳腺癌软脑膜转移患者的脑脊液样本	数字病理学	乳腺癌	循环肿瘤细胞检测、单细胞RNA测序、细胞因子分析	NA	分子数据（RNA、蛋白质）	一名41岁女性患者的系列脑脊液样本
11	2025-07-13	Temporal dynamics of the multi-omic response reveals the modulation of macrophage subsets post-myocardial infarction 2025-Jul-10, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06726-6 PMID:40640882	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和蛋白质组学数据，全面分析了心肌梗死后巨噬细胞的异质性和动态蛋白质水平变化，并描述了巨噬细胞中的翻译后修饰	首次整合scRNA-seq和蛋白质组学数据，全面揭示心肌梗死后巨噬细胞的异质性和动态蛋白质水平变化，并鉴定翻译后修饰	研究未涉及这些蛋白质变化如何具体影响心肌梗死的病理过程	研究心肌梗死后巨噬细胞的异质性和动态蛋白质水平变化	心肌梗死后巨噬细胞	生物信息学	心血管疾病	scRNA-seq, 蛋白质组学	NA	基因表达数据, 蛋白质数据	未明确说明样本数量，但涉及多个时间点（3天、7天、28天）的巨噬细胞数据
12	2025-07-13	Biomarkers and therapeutic strategies targeting microglia in neurodegenerative diseases: current status and future directions 2025-Jul-10, Molecular neurodegeneration IF:14.9Q1 DOI:10.1186/s13024-025-00867-4 PMID:40640892	review	本文综述了神经退行性疾病中靶向小胶质细胞的生物标志物和治疗策略的现状与未来方向	讨论了新兴的治疗靶点和生物标志物，以及单细胞组学、空间转录组学和AI驱动的多模态数据整合等新兴技术	许多生物标志物仍局限于临床前研究，面临物种特异性差异、缺乏标准化和临床异质性等转化挑战	探讨神经退行性疾病中小胶质细胞功能障碍的机制及其治疗策略	小胶质细胞及其在神经退行性疾病中的作用	神经科学	神经退行性疾病（如阿尔茨海默病、肌萎缩侧索硬化症、帕金森病和额颞叶痴呆）	单细胞组学、空间转录组学、AI驱动的多模态数据整合	NA	血液、脑脊液(CSF)和影像数据	NA
13	2025-07-13	Machine learning identifies lipid-associated genes and constructs diagnostic and prognostic models for idiopathic pulmonary fibrosis 2025-Jul-10, Orphanet journal of rare diseases IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s13023-025-03876-0 PMID:40640934	研究论文	本研究通过机器学习识别与脂质代谢相关的基因，并构建了特发性肺纤维化（IPF）的诊断和预后模型	首次将脂质代谢相关基因与IPF发病机制联系起来，并利用机器学习构建了诊断和预后模型，同时通过单细胞测序和功能实验验证了KLF4的潜在致病作用	研究样本可能有限，且KLF4的具体作用机制需要进一步验证	探索脂质代谢在IPF发病中的作用，并构建相关诊断和预后模型	特发性肺纤维化（IPF）患者样本和人类肺泡II型上皮细胞	机器学习	特发性肺纤维化	WGCNA、单细胞测序、机器学习算法	诊断和预后模型	基因表达数据、单细胞测序数据	多个数据集中的IPF样本
14	2025-07-13	Treg activation during allograft tolerance induction requires mitochondrial-induced TGFβ1 in type 1 conventional dendritic cells 2025-Jul-10, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI178960 PMID:40644411	研究论文	研究探讨了1型常规树突状细胞（cDC1）在实体器官同种异体移植耐受诱导中的作用及其分子机制	首次揭示了cDC1在移植耐受中的关键作用及其通过线粒体代谢诱导TGF-β1表达以促进抗原特异性调节性T细胞生成的分子机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探索延长同种异体移植物存活的策略	1型常规树突状细胞（cDC1）和CD4+CD25+FoxP3+ T细胞	免疫学	器官移植	单细胞RNA测序和代谢分析	小鼠模型	基因表达数据和代谢数据	NA
15	2025-07-13	Duchenne Muscular Dystrophy Patient iPSCs-Derived Skeletal Muscle Organoids Exhibit a Developmental Delay in Myogenic Progenitor Maturation 2025-Jul-07, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14131033 PMID:40643552	研究论文	该研究利用3D骨骼肌类器官系统，通过DMD患者来源的iPSCs培养，揭示了肌源性祖细胞成熟发育延迟的现象	首次使用3D骨骼肌类器官系统模拟DMD患者的肌源性祖细胞发育过程，并发现其成熟延迟	研究仅使用了三个DMD患者来源的iPSC系，样本量较小	研究Duchenne肌营养不良症（DMD）患者骨骼肌再生能力下降的机制	DMD患者来源的iPSCs和3D骨骼肌类器官	干细胞与再生医学	Duchenne肌营养不良症	3D类器官培养、scRNA-seq	3D骨骼肌类器官模型	单细胞RNA测序数据	三个DMD患者来源的iPSC系和两个健康对照的SMO培养物
16	2025-07-13	Single-Cell Analysis of Alternative Splicing and Gene Regulatory Network Reveals Remarkable Expression and Regulation Dynamics During Human Early Embryonic Development 2025-Jul, FASEB bioAdvances IF:2.5Q3 DOI:10.1096/fba.2025-00075 PMID:40641848	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，系统研究了人类早期胚胎发育中的基因表达动态，包括可变剪接、异构体转换和基因调控网络	整合基因表达水平、可变剪接、异构体转换和基因调控网络，全面揭示人类早期胚胎发育中的基因动态特征	研究仅覆盖了E3到E7阶段的胚胎发育，未涉及更早期或更晚期的发育阶段	探究人类早期胚胎发育过程中的基因表达动态变化	人类早期胚胎（E3到E7阶段）	基因组学	NA	scRNA-seq	NA	RNA-seq数据	未明确提及具体样本数量，但涉及E3到E7阶段的胚胎
17	2025-07-13	Prognostic Value of TBC1D1 and Its Relationship With the Tumor Microenvironment in Pancreatic Cancer: A Study Based on Single-Cell Sequencing 2025-Jul, FASEB bioAdvances IF:2.5Q3 DOI:10.1096/fba.2025-00092 PMID:40641846	研究论文	本研究评估了TBC1D1在胰腺癌中的预后价值及其与肿瘤微环境的相关性	首次揭示了TBC1D1在胰腺癌中的独立预后作用及其通过调节肿瘤微环境促进癌症进展的机制	样本量相对较小（168例患者），且缺乏功能实验验证TBC1D1的具体作用机制	评估TBC1D1在胰腺癌中的预后价值及其与肿瘤微环境的关系	胰腺癌患者（168例）及其肿瘤组织	数字病理学	胰腺癌	免疫组织化学、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据、单细胞测序数据	168例胰腺癌患者
18	2025-07-13	Defining Keypoints to Align H&E Images and Xenium DAPI-Stained Images Automatically 2025-Jun-30, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14131000 PMID:40643521	research paper	提出了一种名为Xenium-Align的关键点识别方法，用于自动生成Xenium Explorer软件中图像配准所需的关键点文件	开发了Xenium-Align方法，能够自动生成关键点文件，减少人工操作，提高图像配准效率	方法在运行时间效率和可用性方面仍有优化空间	解决Xenium数据分析中H&E图像和空间转录组图像配准的关键点定义问题	人类肾脏样本和皮肤Xenium样本	digital pathology	NA	spatial transcriptomics	NA	image	14个人类肾脏样本和1个人类皮肤Xenium样本
19	2025-07-13	PhytoCluster: a generative deep learning model for clustering plant single-cell RNA-seq data 2025-Jun, aBIOTECH IF:4.6Q1 DOI:10.1007/s42994-025-00196-6 PMID:40641652	研究论文	介绍了一种名为PhytoCluster的无监督深度学习算法，用于聚类植物单细胞RNA测序数据	提出了一种新的无监督深度学习算法PhytoCluster，能够有效处理高维度、稀疏性和生物噪声的单细胞RNA测序数据，并在聚类准确性、噪声去除和信号保留方面优于其他方法	未提及具体局限性	开发一种能够有效聚类植物单细胞RNA测序数据的算法	植物单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	scRNA-seq	深度学习	单细胞RNA测序数据	四个模拟数据集和五个真实scRNA-seq数据集
20	2025-07-13	Insights into human melanocyte development and characteristics through pluripotent stem cells combined with single-cell sequencing 2025-May-16, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112373 PMID:40641554	研究论文	通过多能干细胞结合单细胞测序技术，研究人类黑色素细胞的发育过程及其特性	利用人类多能干细胞和单细胞测序技术，揭示了黑色素细胞发育过程中的细胞异质性、动态变化及信号通路相互作用	研究主要依赖于体外模型，可能无法完全模拟体内黑色素细胞的发育环境	探索人类黑色素细胞的发育过程及其特性，为色素相关疾病的研究提供新工具	人类多能干细胞衍生的黑色素细胞及正常人类黑色素细胞	发育生物学	色素相关疾病	单细胞测序	NA	单细胞测序数据	NA