单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 28196 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2025-05-29 |
Using Multi-Encoder Semi-Implicit Graph Variational Autoencoder to Analyze Single-Cell RNA Sequencing Data
2024 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBB.2024.3458170
PMID:39255084
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研究论文 | 提出了一种基于变分图自编码器和图注意力网络的新框架MSVGAE，用于分析单细胞RNA测序数据 | 引入多编码器学习不同尺度的特征并控制非信息特征，通过添加不同噪声促进图结构信息和分布不确定性的传播 | NA | 更好地分析高维度、高稀疏性的单细胞RNA测序数据 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 变分图自编码器(MSVGAE), 图注意力网络 | 基因表达数据 | 24个模拟数据集和8个真实数据集 |
| 2 | 2025-05-28 |
Synergistic effects of mTOR inhibitors with VEGFR3 inhibitors on the interaction between TSC2-mutated cells and lymphatic endothelial cells
2025-Jun, Science China. Life sciences
DOI:10.1007/s11427-024-2760-4
PMID:39862344
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research paper | 本研究探讨了mTOR抑制剂与VEGFR3抑制剂对TSC2突变细胞与淋巴管内皮细胞之间相互作用的协同效应 | 发现雷帕霉素与VEGFR3抑制剂的联合使用不仅增强了雷帕霉素的效果，还抑制了淋巴管相关表现，为LAM及其他TSC2突变疾病的治疗提供了新策略 | 研究仅通过体外实验和小鼠异种移植模型验证，尚未进行临床试验 | 探索LAM细胞与淋巴管内皮细胞的相互作用及雷帕霉素对此的影响，以寻找LAM治疗的新靶点 | TSC2缺失细胞与淋巴管内皮细胞（LECs） | 肿瘤学 | 淋巴管平滑肌瘤病（LAM） | 单细胞测序、异种移植模型 | NA | 细胞培养数据、测序数据 | NA |
| 3 | 2025-05-28 |
Lung endothelial cell heterogeneity in health and pulmonary vascular disease
2025-Jun-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology
DOI:10.1152/ajplung.00296.2024
PMID:39772753
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综述 | 本文探讨了肺内皮细胞在健康和肺血管疾病中的异质性，特别关注单细胞RNA测序技术的新发现 | 利用scRNA-seq技术揭示了肺内皮细胞的异质性，发现了新的细胞类型如aerocytes和general capillary ECs，并识别了与肺动脉高压相关的新通路和机制 | 作为一篇小型综述，可能未涵盖该领域所有最新进展 | 理解肺内皮细胞异质性在肺血管疾病中的作用 | 肺内皮细胞 | 生物医学 | 肺动脉高压 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 4 | 2025-05-28 |
Mechanistic insights into Hippo-YAP pathway activation for enhanced DFU healing
2025-Jun-01, American journal of physiology. Cell physiology
DOI:10.1152/ajpcell.01067.2024
PMID:40261295
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和批量RNA测序，全面探讨了TFAP2A-LIFR-Hippo-YAP信号轴在调节巨噬细胞M2极化及其在糖尿病足溃疡(DFU)伤口愈合中的关键作用 | 揭示了TFAP2A在DFU中的新型免疫调节作用，并提供了治疗慢性糖尿病伤口的有前景的靶点 | NA | 探讨TFAP2A-LIFR-Hippo-YAP信号轴在糖尿病足溃疡愈合中的作用机制 | 巨噬细胞M2极化及其在糖尿病足溃疡(DFU)伤口愈合中的作用 | 生物医学研究 | 糖尿病足溃疡 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 批量RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA |
| 5 | 2025-05-28 |
Pathway Enrichment-Based Unsupervised Learning Identifies Novel Subtypes of Cancer-Associated Fibroblasts in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma
2025-Jun, Interdisciplinary sciences, computational life sciences
DOI:10.1007/s12539-025-00705-7
PMID:40272703
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研究论文 | 提出了一种基于通路富集的无监督学习方法scPathClus，用于识别胰腺导管腺癌中癌症相关成纤维细胞的新亚型 | 开发了scPathClus方法，通过通路富集矩阵和潜在特征矩阵克服单细胞RNA测序数据中基因表达丢失的问题，并发现了两种新的CAF亚型 | 方法的应用仅限于胰腺导管腺癌的scRNA-seq数据，未在其他癌症类型中验证 | 开发一种新的单细胞聚类方法，以更准确地识别癌症相关成纤维细胞的亚型 | 胰腺导管腺癌中的癌症相关成纤维细胞（CAFs） | 生物信息学 | 胰腺癌 | scRNA-seq, 空间转录组分析, 伪时间分析 | 无监督学习, 社区检测 | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据, 批量转录组数据 | 未明确提及具体样本数量，但使用了多个PDAC scRNA-seq数据集 |
| 6 | 2025-05-28 |
Single-cell transcriptomic analysis reveals alterations to cellular dynamics and paracrine signaling in radiation-induced muscle pathology
2025-Jun-01, American journal of physiology. Cell physiology
DOI:10.1152/ajpcell.00115.2025
PMID:40316295
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示了辐射诱导肌肉病理中的细胞动态变化和旁分泌信号改变 | 首次使用scRNA-seq技术描述了辐射暴露后骨骼肌微环境中的转录变化，揭示了FAPs的纤维化和衰老转录组特征 | 研究仅基于小鼠模型，未在人体中进行验证 | 探究辐射治疗引起的骨骼肌萎缩和纤维化的潜在机制 | 小鼠辐射模型中的肌肉干细胞和纤维脂肪祖细胞 | 单细胞转录组学 | 肌肉萎缩和纤维化 | scRNA-seq | NA | 单细胞RNA测序数据 | 辐射后24小时和56天的小鼠肌肉组织样本 |
| 7 | 2025-05-28 |
Stromal heterogeneity in the adult lung delineated by single-cell genomics
2025-Jun-01, American journal of physiology. Cell physiology
DOI:10.1152/ajpcell.00285.2025
PMID:40353369
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review | 本文综述了通过单细胞RNA测序研究揭示的肺基质细胞异质性，并强调了各细胞群的功能特性和位置 | 利用单细胞RNA测序技术揭示了肺基质细胞的异质性及其在空间分布上的独特性 | NA | 探讨肺基质细胞的异质性及其功能特性 | 肺基质细胞 | 单细胞基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA |
| 8 | 2025-05-28 |
Super-resolution imaging informed scRNA sequencing analysis reveals the critical role of GDF15 in rejuvenating aged hematopoietic stem cells
2025-Jun, Blood science (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/BS9.0000000000000236
PMID:40416726
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研究论文 | 本文通过超分辨率成像和单细胞RNA测序分析，揭示了GDF15在衰老造血干细胞再生中的关键作用 | 结合超分辨率显微镜和单细胞RNA测序技术，首次揭示了GDF15在调节线粒体信号和形态以影响造血干细胞命运中的新作用 | 研究样本量相对较小，仅涉及约200个年轻和年老小鼠的造血干细胞 | 探索造血干细胞衰老过程中线粒体形态变化的分子和细胞机制 | 年轻和年老小鼠的造血干细胞 | 数字病理学 | 老年病 | 超分辨率显微镜、单细胞RNA测序 | NA | 图像、RNA序列数据 | 约200个年轻和年老小鼠的造血干细胞 |
| 9 | 2025-05-28 |
Tolerance and heteroresistance to echinocandins in Candida auris: conceptual issues, clinical implications, and outstanding questions
2025-May-27, mSphere
IF:3.7Q2
DOI:10.1128/msphere.00161-25
PMID:40237528
|
review | 本文探讨了耳念珠菌对棘白菌素的耐受性和异质性耐药性，及其对治疗的挑战和临床意义 | 提出了耳念珠菌对棘白菌素的耐受性和异质性耐药性作为治疗失败的新机制，并探讨了其潜在的临床影响 | 这些机制的临床意义尚不明确，且相关数据有限，缺乏与治疗失败的明确关联 | 理解耳念珠菌对棘白菌素的耐受性和异质性耐药性的机制及其对治疗的影响 | 耳念珠菌及其对棘白菌素的耐药性 | 微生物学 | 真菌感染 | 空间转录组学 | NA | NA | NA |
| 10 | 2025-05-28 |
Chaperonin containing TCP1 subunit 5 as a novel pan-cancer prognostic biomarker for tumor stemness and immunotherapy response: insights from multi-omics data, integrated machine learning, and experimental validation
2025-May-27, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-025-04071-7
PMID:40423850
|
研究论文 | 本研究通过多组学数据、集成机器学习和实验验证，揭示了CCT5在泛癌中的预后生物标志物作用及其与肿瘤干细胞性和免疫治疗反应的关系 | 首次全面分析了CCT5在33种癌症类型中的表达模式、预后相关性及其与肿瘤干细胞性和免疫微环境的关系，并开发了一个基于CCT5的机器学习模型（CCT5.Sig）用于预测免疫检查点阻断治疗反应 | 研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分可能不足 | 探究CCT5在泛癌进展中的全面作用、潜在生物学功能及其作为免疫治疗反应预测因子的潜力 | 33种癌症类型的肿瘤组织 | 生物信息学 | 泛癌 | 多组学分析（包括bulk RNA-seq、scRNA-seq和空间转录组学数据） | 机器学习模型（CCT5.Sig） | 多组学数据 | 23个免疫检查点阻断队列（n=1394），涵盖8种癌症类型 |
| 11 | 2025-05-28 |
Efficacy, safety and exploratory analysis of neoadjuvant tislelizumab (a PD-1 inhibitor) plus nab-paclitaxel followed by epirubicin/cyclophosphamide for triple-negative breast cancer: a phase 2 TREND trial
2025-May-26, Signal transduction and targeted therapy
IF:40.8Q1
DOI:10.1038/s41392-025-02254-3
PMID:40414961
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研究论文 | 评估tislelizumab联合nab-paclitaxel和表柔比星/环磷酰胺作为三阴性乳腺癌新辅助治疗的有效性和安全性 | 首次评估tislelizumab联合化疗作为TNBC新辅助治疗的临床活性和耐受性，并探索免疫治疗反应的预测模型 | 单臂II期试验，样本量较小（53例患者），缺乏对照组 | 确定三阴性乳腺癌患者从新辅助免疫治疗中获益的最佳化疗方案和特定人群 | 三阴性乳腺癌患者 | 肿瘤学 | 三阴性乳腺癌 | scRNA-seq, bulk RNA-seq, TCR-seq, cyTOF, WES | 预测免疫治疗反应的模型 | 临床数据、基因组数据 | 53例患者，其中44例完成新辅助治疗 |
| 12 | 2025-05-28 |
Author Correction: Left atrial single-cell transcriptomics reveals amphiregulin as a surrogate marker for atrial fibrillation
2025-May-26, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-08195-5
PMID:40419725
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 13 | 2025-05-28 |
Cellular hierarchies of embryonal tumors with multilayered rosettes are shaped by oncogenic microRNAs and receptor-ligand interactions
2025-May-26, Nature cancer
IF:23.5Q1
DOI:10.1038/s43018-025-00964-9
PMID:40419763
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学和多重空间成像技术，分析了11例ETMR患者的样本，揭示了ETMR的细胞层次结构和致癌机制 | 揭示了C19MC在干细胞样细胞中的主要表达及其对干细胞性和谱系承诺的转录网络的控制，同时发现了成纤维细胞生长因子受体和Notch信号作为致癌通路的新靶点 | 样本量较小（11例ETMR患者样本），可能影响结果的普遍性 | 研究ETMR的细胞层次结构和致癌机制，为更有效的靶向治疗提供理论基础 | ETMR（多层玫瑰花结胚胎性肿瘤）患者的肿瘤样本 | 数字病理学 | 儿科脑肿瘤 | 单细胞转录组学、多重空间成像 | NA | 转录组数据、图像数据 | 11例ETMR患者样本 |
| 14 | 2025-05-28 |
Exploiting the endothelial-immune axis to improve radiotherapy efficacy
2025-May-26, The British journal of radiology
DOI:10.1093/bjr/tqaf114
PMID:40419861
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review | 本文探讨了内皮细胞在放疗中对免疫细胞招募的调控作用及其对治疗效果的影响 | 提出通过靶向内皮细胞来调节免疫反应，以提高放疗的治疗增益 | 需要更多体内实验数据来验证内皮细胞在放疗中的具体作用机制 | 研究内皮细胞在放疗中对免疫细胞招募的调控作用及其对治疗效果的影响 | 内皮细胞、免疫细胞、肿瘤组织和正常组织 | 肿瘤学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 动物模型和人类患者样本 |
| 15 | 2025-05-28 |
Fibroblast reprogramming in the dura mater of NTG-induced migraine-related chronic hypersensitivity model drives monocyte infiltration via Angptl1-dependent stromal signaling
2025-May-26, The journal of headache and pain
IF:7.3Q1
DOI:10.1186/s10194-025-02058-4
PMID:40419944
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research paper | 该研究揭示了NTG通过重编程脑膜成纤维细胞，扩增促炎性成纤维细胞亚型，通过TNF-α/NF-κB信号和Angptl1介导的单核细胞互作驱动偏头痛相关慢性超敏反应 | 发现了NTG诱导的脑膜成纤维细胞重编程及其通过Angptl1介导的基质-免疫细胞互作在偏头痛慢性化中的作用，并确定了Mafk-Angptl1轴作为潜在治疗靶点 | 需要进一步的人类验证 | 探究脑膜基质-免疫细胞互作在偏头痛慢性化中的作用机制 | NTG诱导的偏头痛相关慢性超敏反应模型中的脑膜组织 | 神经科学 | 偏头痛 | scRNA-seq, GWAS整合分析, 细胞互作网络分析, 转录调控分析 | NTG诱导的偏头痛相关慢性超敏反应模型 | 单细胞转录组数据 | 未明确说明样本数量，但涉及Vehicle组和NTG组的比较 |
| 16 | 2025-05-28 |
Revealing a novel Decorin-expressing tumor stromal subset in hepatocellular carcinoma via integrative analysis single-cell RNA sequencing
2025-May-26, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-025-03811-0
PMID:40420150
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研究论文 | 通过整合分析单细胞RNA测序数据，揭示了肝细胞癌中一种新的表达Decorin的肿瘤基质亚群 | 首次在肝细胞癌中发现并描述了一种独特的表达Decorin及其相关硫酸软骨素合成酶的肿瘤基质亚群，并验证了其作为预后标志物的潜力 | 研究主要基于RNA测序数据，需要进一步的体内实验验证Decorin在肿瘤微环境中的具体作用机制 | 探索Decorin在肝细胞癌肿瘤微环境中的作用及其治疗潜力 | 肝细胞癌组织及肿瘤微环境中的基质细胞 | 肿瘤生物学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序、Western blot分析 | NA | RNA测序数据、蛋白质表达数据 | 未明确说明样本数量，但包含肿瘤组织和癌旁组织的测序数据 |
| 17 | 2025-05-28 |
Targeting of the IL-33/Wnt axis restricts breast cancer stemness and metastasis
2025-May-25, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-03260-9
PMID:40414980
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research paper | 该研究探讨了IL-33/Wnt轴在乳腺癌干性和转移中的作用，并提出了AAV介导的ST2沉默作为一种新的治疗策略 | 发现了IL-33通过Wnt/β-catenin信号通路促进乳腺癌干性的新机制，并提出了AAV介导的ST2沉默作为治疗策略 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在临床患者中进行验证 | 研究IL-33/Wnt轴在乳腺癌干性和转移中的作用 | 乳腺癌细胞（4T1和MDA-MB-231）和小鼠模型（orthotopic 4T1和自发MMTV-PyMT） | 癌症研究 | 乳腺癌 | CRISPR/Cas9、单细胞RNA测序、AAV介导的基因沉默 | 小鼠模型 | 基因表达数据、单细胞RNA测序数据 | 小鼠模型和乳腺癌细胞系 |
| 18 | 2025-05-28 |
The antioxidant stress effect of granulin precursor in vitiligo
2025-May-25, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-03486-7
PMID:40415096
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research paper | 该研究探讨了granulin前体在白癜风中的抗氧化应激作用及其机制 | 首次发现granulin-sortilin 1配体-受体在白癜风病变中显著下调，并证实其通过激活细胞内抗氧化系统来抵抗黑色素细胞死亡 | 研究主要基于体外实验，尚未在体内模型中验证 | 探究细胞间信号传递对白癜风皮肤微环境稳态的影响 | 白癜风患者的黑色素细胞和皮肤细胞 | 皮肤病学 | 白癜风 | 单细胞测序和微阵列数据 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 19 | 2025-05-28 |
An inducible mouse model of osteogenesis imperfecta type V reveals aberrant osteogenesis caused by Ifitm5 c.-14C>T mutation
2025-May-24, Journal of bone and mineral research : the official journal of the American Society for Bone and Mineral Research
IF:5.1Q1
DOI:10.1093/jbmr/zjaf022
PMID:39908237
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research paper | 该研究开发了一种可诱导的小鼠模型，用于探索由IFITM5基因c.-14C>T突变引起的V型成骨不全症的致病机制 | 开发了一种可诱导的小鼠模型，克服了以往模型胚胎致死的问题，并利用单细胞RNA测序技术揭示了SOX9异常表达和骨生成、软骨生成及脂肪生成平衡失调的致病机制 | 研究主要基于小鼠模型，结果向人类疾病的转化需要进一步验证 | 探究V型成骨不全症的分子机制 | 携带Ifitm5 c.-14C>T突变的小鼠模型 | 遗传疾病研究 | 成骨不全症 | 单细胞RNA测序 | 可诱导小鼠模型(Ifitm5flox c.-14C>T) | 基因表达数据 | 多种Cre重组酶诱导的突变小鼠模型(Prx1-Cre, Col1a1-Cre, Ocn-Cre) |
| 20 | 2025-05-28 |
Analyses of single-cell RNA sequencing uncover the role of intratumoral Helicobacter pylori in shaping tumor progression and immunity in gastric cancer
2025-May-24, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-025-04048-6
PMID:40411560
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research paper | 该研究通过单细胞RNA测序分析揭示了肿瘤内幽门螺杆菌在胃癌进展和免疫中的作用 | 使用SAHMI流程系统性地恢复和去噪人类临床组织中的微生物信号，并在单细胞转录组水平上研究肿瘤-微生物相互作用 | NA | 探究肿瘤内微生物群在胃癌发生和进展中的作用 | 胃癌组织中的细胞群和幽门螺杆菌 | digital pathology | gastric cancer | single-cell RNA sequencing, fluorescence in situ hybridization, immunohistochemistry | NA | RNA sequencing data, image data | 一个大型胃癌队列中的多个肿瘤和正常样本 |