单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-05-20	Spatial multi-omics analysis of metabolic heterogeneity in zebrafish exposed to microcystin-LR and its disinfection byproducts 2025-Jul-15, Water research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.watres.2025.123599 PMID:40209558	研究论文	本研究采用空间多组学方法，探究了斑马鱼暴露于微囊藻毒素-LR及其消毒副产物后的代谢异质性	首次将空间多组学技术应用于研究环境污染物对斑马鱼的代谢异质性影响	研究仅针对斑马鱼模型，结果可能无法完全反映对人类的影响	探究微囊藻毒素-LR及其消毒副产物的生物效应	斑马鱼	环境毒理学	NA	空间多组学（包括代谢组学、空间代谢组学和空间转录组学）	NA	代谢组数据和转录组数据	NA
2	2025-05-20	TransAnno-Net: A Deep Learning Framework for Accurate Cell Type Annotation of Mouse Lung Tissue Using Self-supervised Pretraining 2025-Jul, Computer methods and programs in biomedicine IF:4.9Q1 DOI:10.1016/j.cmpb.2025.108809 PMID:40315689	研究论文	提出了一种基于自监督预训练的深度学习框架TransAnno-Net，用于小鼠肺组织中细胞类型的准确注释	利用自监督预训练策略减少标注成本，并采用Transformer架构提高模型效率和可迁移性	需要在小规模标注数据集上进行微调，且在处理细胞类型不平衡问题时采用了随机过采样技术	开发一种高效且准确的单细胞RNA测序数据细胞类型注释方法	小鼠肺组织的单细胞RNA测序数据	数字病理学	肺癌	scRNA-seq	Transformer	基因表达数据	约100,000个细胞
3	2025-05-20	HKDC1 promotes liver cancer stemness under hypoxia through stabilizing β-catenin 2025-Jun-01, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001085 PMID:39250463	研究论文	研究发现HKDC1在缺氧条件下通过稳定β-catenin促进肝癌干细胞特性	首次揭示HKDC1在肝癌转移中的特异性作用及其通过稳定β-catenin增强肝癌细胞干性的分子机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人体临床试验中验证	探究HKDC1在肝癌转移中的作用及其分子机制	肝癌细胞、肝癌小鼠模型和患者肿瘤样本	癌症研究	肝癌	RNA原位杂交、单细胞RNA-seq分析、代谢组学分析	小鼠肝癌模型	RNA-seq数据、代谢组学数据	2种肝癌小鼠模型及HCC和胆管癌患者肿瘤样本
4	2025-05-20	TREM2 macrophages mediate the beneficial effects of bariatric surgery against MASH 2025-Jun-01, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001098 PMID:39292863	research paper	该研究探讨了垂直袖状胃切除术（VSG）通过TREM2巨噬细胞改善代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）的机制	揭示了VSG通过TREM2巨噬细胞介导的免疫调节机制改善MASH，而非仅依赖体重减轻	研究基于小鼠模型，结果在人体中的适用性尚需验证	探究减重手术改善MASH的免疫调节机制	小鼠模型中的TREM2巨噬细胞	免疫学	代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）	单细胞RNA测序	小鼠模型	RNA测序数据	NA
5	2025-05-20	Single-cell RNA sequencing-derived signatures define response patterns to atezolizumab + bevacizumab in advanced hepatocellular carcinoma 2025-Jun, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2024.12.016 PMID:39709141	研究论文	通过单细胞RNA测序技术揭示晚期肝细胞癌对atezolizumab + bevacizumab治疗的响应模式	揭示了两种不同的响应模式（免疫介导和血管生成相关）以及原发性耐药的主要特征，为患者分层提供了分子框架	样本量相对有限，且仅针对晚期肝细胞癌患者	探索atezolizumab + bevacizumab在晚期肝细胞癌中的临床获益与耐药性的细胞过程	晚期肝细胞癌患者	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	422个RNA测序样本（317例接受atezo+bev治疗，47例接受atezolizumab治疗，58例接受sorafenib治疗）
6	2025-05-20	Nanoparticles may influence mast cells gene expression profiles without affecting their degranulation function 2025-Jun, Nanomedicine : nanotechnology, biology, and medicine IF:4.7Q2 DOI:10.1016/j.nano.2025.102818 PMID:40185352	研究论文	开发并验证了一种体外监测纳米颗粒对IgE依赖性肥大细胞脱颗粒影响的方法	首次通过单细胞测序揭示了纳米材料对肥大细胞基因表达谱的影响，而不仅仅是功能性的脱颗粒检测	研究仅限于体外实验，未涉及体内环境的影响	评估纳米颗粒对肥大细胞功能的影响	肥大细胞	免疫学	过敏性疾病	单细胞测序	NA	基因表达数据	七种纳米材料（四种临床级纳米药物和三种商业研究级纳米材料）
7	2025-05-20	Comprehensive immunogenomic landscape analysis unveils CD33 + myeloid cell-driven immunomodulatory signatures in melanoma development 2025-Jun, Pathology, research and practice DOI:10.1016/j.prp.2025.155981 PMID:40300524	研究论文	通过免疫基因组学分析揭示了CD33+髓系细胞在黑色素瘤发展中的免疫调节作用	揭示了CD33+髓系细胞通过补体级联成分和趋化因子信号通路在黑色素瘤发病机制中的关键作用	研究主要基于基因组关联研究和单细胞RNA测序数据，需要进一步的实验验证	探讨免疫细胞亚群与癌症发展之间的因果关系	黑色素瘤样本中的髓系细胞亚群	肿瘤免疫学	黑色素瘤	Mendelian Randomization分析、单细胞RNA测序、计算反卷积分析	NA	基因组关联研究数据、单细胞RNA测序数据	612种免疫细胞特征和91种癌症类型的基因组关联研究数据，以及黑色素瘤样本的单细胞RNA测序数据
8	2025-05-20	Single-cell transcriptomics reveal the effects of chemoimmunotherapy on hypopharyngeal cancer and its tumor microenvironment 2025-Jun, Oral oncology IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.oraloncology.2025.107347 PMID:40319711	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析，探讨了化学免疫疗法对下咽癌及其肿瘤微环境的影响	揭示了肿瘤微环境异质性与治疗反应的关系，并发现S100A2基因在肿瘤细胞中的高表达与化学免疫疗法效果相关	研究样本量有限，且需要进一步验证S100A2基因的功能机制	探索化学免疫疗法对下咽癌的治疗效果及其分子机制	下咽癌患者的活检样本	数字病理学	下咽癌	单细胞转录组学, bulk RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量的下咽癌患者活检样本
9	2025-05-10	Insights and perspectives on the role of APOC1 inhibition in modulating immunotherapy outcomes in HCC: Commentary on Inhibition of APOC1 promotes the transformation of M2 into M1 macrophages via the ferroptosis pathway and enhances anti-PD1 immunotherapy in hepatocellular carcinoma based on single-cell RNA sequencing 2025-Jun, Redox biology IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.redox.2025.103564 PMID:40339430	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
10	2025-05-20	Integration of Bulk RNA and Single-Cell Analyses Reveal Distinct Expression Patterns of Anoikis-Related Genes and the Immunosuppressive Role of NQO1+ Macrophages in Hepatocellular Carcinoma 2025-May-31, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202501310R PMID:40386974	研究论文	本研究通过整合批量RNA和单细胞RNA测序分析，探讨了anoikis相关基因（ARGs）在肝细胞癌（HCC）中的预后价值及其对免疫抑制微环境的影响	建立了一个包含11个ARGs的anoikis相关基因风险评分模型（ARGRS），并通过单细胞RNA测序评估了ARGs在HCC中的异质性，同时揭示了NQO1+巨噬细胞的免疫抑制作用	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏体内实验验证	探讨ARGs在HCC中的预后价值及其对免疫抑制微环境的影响	肝细胞癌（HCC）患者和NQO1+巨噬细胞	数字病理学	肝细胞癌	批量RNA测序和单细胞RNA测序（scRNA-seq）	机器学习模型	RNA测序数据	NA
11	2025-05-20	Cutaneous granulomas: mechanisms, cellular interactions and therapeutic insights 2025-May-19, The British journal of dermatology DOI:10.1093/bjd/ljaf096 PMID:40080709	综述	本文综述了皮肤肉芽肿的形成机制、细胞相互作用及其治疗前景	强调了TREM2+巨噬细胞在肉芽肿形成和维持中的关键作用，以及单细胞RNA测序技术在揭示肉芽肿细胞异质性和分子途径中的应用	肉芽肿形成的精确过程及其功能意义仍不明确	探讨肉芽肿的形成机制及其在疾病中的作用，为开发新的治疗策略提供依据	皮肤肉芽肿及其相关疾病（如结节病、环状肉芽肿、结核和麻风病）	分子生物学与免疫学	皮肤病	单细胞RNA测序	NA	分子与细胞数据	NA
12	2025-05-20	Integration of mass cytometry and single-cell RNA-sequencing of cells in bronchoalveolar lavage 2025-May-19, BioTechniques IF:2.2Q4 DOI:10.1080/07366205.2025.2505347 PMID:40384395	research paper	该研究通过整合质谱流式细胞术和单细胞RNA测序技术，对支气管肺泡灌洗液中的细胞进行了表征	首次在同一健康参与者的支气管肺泡灌洗液样本中同时应用sc-RNA-seq和CyTOF技术，比较了两种平台在细胞亚群水平上的相关性	研究仅针对健康参与者的样本，未涉及疾病状态下的验证	评估单细胞RNA测序与蛋白质检测方法在细胞表征中的互补性	健康参与者支气管肺泡灌洗液中的细胞	单细胞组学	NA	sc-RNA-seq, CyTOF	NA	单细胞RNA测序数据, 蛋白质表达数据	健康参与者的支气管肺泡灌洗液样本
13	2025-05-20	HLA class I-downregulated senescent epidermal basal cells orchestrate skin pathology in cutaneous lupus erythematosus 2025-May-19, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/art.43244 PMID:40386939	research paper	研究衰老表皮基底细胞在皮肤红斑狼疮（CLE）发病机制中的作用	发现衰老表皮基底细胞通过调控HLA-I表达和IFN信号，促进CD8阳性T细胞对正常表皮基底细胞的毒性作用	研究样本量有限，尤其是对照组样本较少	探究衰老表皮基底细胞在CLE发病机制中的作用	皮肤红斑狼疮（CLE）患者和系统性红斑狼疮（SLE）小鼠模型	免疫学	红斑狼疮	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、基因表达分析、药物清除实验	小鼠模型	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	CLE患者68例，对照4例；单细胞RNA测序数据CLE患者7例，对照14例；SLE患者17例
14	2025-05-20	Transcriptomic signatures of host immune responses in aphthous ulcers, the earliest lesions of Crohn's disease, suggest that bacterial uptake, rather than global dysbiosis, is the initiating factor 2025-May-19, Immunology and cell biology IF:3.2Q3 DOI:10.1111/imcb.70031 PMID:40386941	研究论文	本研究通过比较克罗恩病患者与对照组的基因表达，揭示了克罗恩病最早病变的机制	发现克罗恩病最早病变的基因表达特征，提出细菌摄取而非全局菌群失调是疾病起始因素的新观点	研究样本可能有限，且仅关注了最早病变阶段的基因表达	探究克罗恩病最早病变阶段的分子机制	克罗恩病患者的阿弗他溃疡、Peyer斑块、炎症黏膜及正常黏膜	转录组学	克罗恩病	total RNA-seq, 单细胞RNA-seq	NA	RNA测序数据	患者与对照组的黏膜组织样本
15	2025-05-20	Integrating Spatial and Single-Nucleus Transcriptomic Data to Assess the Effects of Intrauterine Hyperglycemia on Fetal Pancreatic Development 2025-May-19, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202411126 PMID:40387171	research paper	该研究整合空间转录组学和单核RNA测序数据，评估宫内高血糖对胎儿胰腺发育的影响	首次结合单核RNA测序和空间转录组学技术，揭示了母体糖尿病对胎儿胰腺细胞功能和细胞间通讯的具体影响	研究仅针对E16.5和E18.5两个时间点的胎儿胰腺，未涵盖更广泛的发育阶段	探究母体糖尿病对胎儿胰腺发育的分子机制	胎儿胰腺（E16.5和E18.5）	digital pathology	diabetes	单核RNA测序, 空间转录组学(ST)	NA	RNA测序数据, 空间转录组数据	E16.5和E18.5两个时间点的胎儿胰腺样本
16	2025-05-20	Visualization of the Spiral Ganglion Neuron in Vivo Using a Novel 177Lu Nuclear Molecule Label 2025-May-19, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202504464 PMID:40387257	研究论文	本研究开发了一种新型的177Lu核分子标记物，用于在体内可视化螺旋神经节神经元（SGNs），为评估耳蜗神经完整性提供了新方法	首次使用放射性核素标记的抗VGLUT1抗体药物在动物水平实现耳蜗SGNs的体内成像	研究仅在动物模型中进行，尚未应用于人体	开发一种能够直接评估耳蜗神经完整性的方法，以改善人工耳蜗植入术前的评估	螺旋神经节神经元（SGNs）	分子影像学	听力损失	核素成像	NA	影像数据	小鼠和猪模型
17	2025-05-20	Activation of HTR2B Suppresses Osteosarcoma Progression through the STAT1-NLRP3 Inflammasome Pathway and Promotes OASL1+ Macrophage Production to Enhance Antitumor Immunity 2025-May-19, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202415276 PMID:40387572	研究论文	本研究探讨了5-羟色胺受体2B（HTR2B）在骨肉瘤进展中的潜在作用及其通过STAT1-NLRP3炎症小体途径和OASL1+巨噬细胞产生增强抗肿瘤免疫的机制	首次揭示了HTR2B通过STAT1-NLRP3炎症小体途径抑制骨肉瘤进展，并通过促进OASL1+巨噬细胞产生增强抗肿瘤免疫的双重作用机制	研究主要基于体外实验和数据库分析，缺乏大规模临床验证	探索HTR2B在骨肉瘤进展中的作用及其治疗潜力	骨肉瘤组织和细胞系	肿瘤学	骨肉瘤	转录组测序分析、单细胞测序	NA	基因表达数据、单细胞数据	TARGET和GEO数据库中的骨肉瘤样本及医院收集的骨肉瘤组织样本
18	2025-05-20	Mucinous breast cancer organoids: an in vitro research model 2025-May-19, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02586-0 PMID:40388071	research paper	该研究首次建立了源自中国女性的黏液性乳腺癌类器官模型，并进行了组织学染色、药物测试和单细胞RNA测序分析	首次报道了黏液性乳腺癌类器官模型，为研究该疾病的异质性和药物筛选提供了新工具	研究仅基于单一患者样本，可能无法完全代表黏液性乳腺癌的多样性	建立有效的体外模型以研究纯黏液性乳腺癌的异质性	黏液性乳腺癌患者来源的类器官	digital pathology	breast cancer	single-cell RNA-Seq, immunohistochemistry	organoid model	RNA sequencing data, histological images	1例64岁中国女性黏液性乳腺癌患者的肿瘤样本
19	2025-05-20	Identification of progression related LncRNAs in colorectal cancer aggressiveness 2025-May-18, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-02096-7 PMID:40383716	研究论文	本研究通过整合TCGA和单细胞RNA测序数据，识别了与结直肠癌进展相关的关键长链非编码RNA（lncRNAs）	开发了一个结合多种进展相关特征的评分系统，识别了198个关键lncRNAs，包括已知和新候选者，并通过实验验证了它们在结直肠癌组织中的表达变化	未提及具体样本量，且实验验证仅限于部分lncRNAs	探索结直肠癌进展的分子机制，并寻找潜在的预后生物标志物和治疗靶点	结直肠癌（CRC）中的长链非编码RNA（lncRNAs）	生物信息学	结直肠癌	转录组数据分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
20	2025-05-20	Identification and verification of a polyamine metabolism-related gene signature for predicting prognosis and immune infiltration in osteosarcoma 2025-May-18, Journal of orthopaedic surgery and research IF:2.8Q1 DOI:10.1186/s13018-025-05716-0 PMID:40383808	research paper	该研究旨在识别与骨肉瘤预后相关的多胺代谢相关基因，并开发预后模型，为骨肉瘤患者的靶向治疗提供新见解	首次识别了与骨肉瘤预后相关的多胺代谢相关基因，并构建了具有预测准确性的风险模型	研究基于公开数据库的数据，可能受限于数据的质量和完整性	研究多胺代谢相关基因在骨肉瘤预后中的作用，并开发预后模型	骨肉瘤患者及其相关基因表达数据	digital pathology	osteosarcoma	RNA-seq, 单细胞RNA测序, 逆转录定量PCR, 蛋白质印迹, 免疫组织化学	LASSO回归, 单样本基因集富集分析	基因表达数据, 临床样本数据	96个候选基因, 8个预后基因, 临床样本验证