单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-04-30	RORγt eTACs mediate oral tolerance and Treg induction 2025-Aug-04, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20250573 PMID:40298935	research paper	该研究揭示了RORγt eTACs在口服耐受性和Treg诱导中的关键作用	首次证明RORγt eTACs是口服耐受性诱导的必要细胞群，并揭示了其独特的Itgb8表达特征	研究主要基于小鼠模型，人类中的相关性尚需进一步验证	阐明口服耐受性的细胞机制	RORγt系抗原呈递细胞（包括ILC3s、RORγt系树突状细胞和R-eTACs）	免疫学	自身免疫性疾病	谱系追踪和单细胞测序	小鼠模型	基因表达数据和细胞表型数据	未明确说明具体样本数量，但涉及多种基因修饰小鼠品系
2	2025-04-30	The mechanism by which MALAT1/CREG1 regulates premature rupture of fetal membrane through autophagy mediated differentiation of amniotic fibroblasts 2025-Aug, Non-coding RNA research IF:5.9Q1 DOI:10.1016/j.ncrna.2025.04.004 PMID:40297152	research paper	本研究探讨了MALAT1/CREG1通过自噬介导的羊膜成纤维细胞分化调节胎膜早破的机制	揭示了MALAT1与CREG1的相互作用及其在自噬和羊膜成纤维细胞分化中的作用	研究主要基于体外实验和临床组织验证，缺乏体内实验验证	探索羊膜修复的科学问题，为胎膜早破的临床治疗提供依据	胎膜组织和羊膜成纤维细胞	分子生物学	胎膜早破	单细胞测序、Sirius染色、荧光染色、拉曼光谱、WB、PCR、RNA Pulldown、RIP、分子对接	NA	组织样本和细胞数据	临床组织和原代成纤维细胞
3	2025-04-30	Uncovering differences in cadmium accumulation capacity of different Ipomoea aquatica cultivars at the level of root cell types 2025-Jun, Horticulture research IF:7.6Q1 DOI:10.1093/hr/uhaf077 PMID:40297020	research paper	该研究通过单细胞RNA测序揭示了不同品种空心菜根系细胞类型在镉积累能力上的差异	首次在单细胞水平上比较了低镉积累和高镉积累空心菜品种的根系细胞类型差异，并发现了与镉固定和运输相关的关键基因表达模式	研究仅针对两个品种的空心菜，可能无法代表所有品种的镉积累特性	探究不同品种空心菜根系细胞类型在镉固定和运输中的作用机制	QLQ(低镉积累)和T308(高镉积累)两个品种的空心菜	植物生理学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 荧光检测	NA	基因表达数据	两个品种的空心菜根系细胞
4	2025-04-30	Microglia aging in the hippocampus advances through intermediate states that drive activation and cognitive decline 2025-Apr-29, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.97671 PMID:40298588	研究论文	本研究探讨了海马区小胶质细胞在衰老过程中的中间状态及其对神经炎症和认知功能下降的影响	揭示了小胶质细胞衰老过程中的中间状态及其功能特性，并证明了这些状态如何促进炎症激活和认知功能下降	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	解析小胶质细胞从稳态到功能障碍的衰老进程及其对认知功能的影响	小鼠海马区小胶质细胞	神经科学	老年性疾病	单细胞RNA测序(single-cell RNA-Seq)、假时间分析(pseudotime analysis)、条件性基因敲除小鼠模型	小鼠模型	基因表达数据	跨成年寿命的小鼠海马区小胶质细胞及异时共生实验模型
5	2025-04-30	Mendelian randomization combined with single-cell sequencing data analysis of chemokines and chemokine receptors and key genes and molecular mechanisms associated with epilepsy 2025-Apr-29, Neuroreport IF:1.6Q4 DOI:10.1097/WNR.0000000000002168 PMID:40298633	研究论文	通过孟德尔随机化和单细胞RNA测序分析，探讨趋化因子及其受体相关基因在癫痫中的功能和潜在调控机制	结合孟德尔随机化和单细胞RNA测序技术，识别了与癫痫相关的关键基因和免疫细胞类型，并预测了潜在的治疗药物	研究依赖于已有的测序数据，未进行实验验证	探索趋化因子及其受体相关基因在癫痫中的功能和调控机制	癫痫患者中的趋化因子及其受体相关基因	生物信息学	癫痫	孟德尔随机化分析, 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	6395个差异表达基因(DEGs)来自6个细胞簇
6	2025-04-30	Comprehensive Integrated Analysis Reveals the Spatiotemporal Microevolution of Cancer Cells in Patients with Bone-Metastatic Prostate Cancer 2025-Apr-09, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13040909 PMID:40299503	研究论文	通过单细胞转录组学系统分析前列腺癌骨转移的异质性和微环境适应性	整合了迄今为止最大的单细胞转录组数据集，揭示了癌症细胞在转移过程中的关键进化轨迹，并发现了一个新的上皮亚群NEndoCs	癌症上皮细胞的显著异质性对传统聚类方法提出了挑战	系统表征前列腺癌骨转移的异质性和微环境适应性	前列腺癌骨转移患者的癌细胞	数字病理学	前列腺癌	单细胞转录组学	无监督聚类	单细胞转录组数据	124个样本（包括原发前列腺肿瘤、骨转移部位和非恶性组织），602,497个高质量单细胞转录组
7	2025-04-30	Immune Regulation and Disulfidptosis in Atherosclerosis Influence Disease Progression and Therapy 2025-Apr-09, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13040926 PMID:40299531	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和生物信息学方法，探讨了免疫调节和二硫键死亡在动脉粥样硬化中的作用及其对疾病进展和治疗的影响	首次将二硫键死亡与动脉粥样硬化发展联系起来，并开发了基于CTSC、TGFBI和GMFG的诊断风险评分模型	研究主要基于单细胞RNA测序数据，需要更多实验验证CTSC作为治疗靶点的效果	阐明动脉粥样硬化发展的分子机制并寻找潜在治疗靶点	动脉粥样硬化斑块中的免疫细胞和平滑肌细胞	生物信息学	心血管疾病	scRNA-seq, WGCNA, 机器学习	诊断风险评分模型	单细胞RNA测序数据	NA
8	2025-04-30	Exploring Immune-Related Ferroptosis Genes in Thyroid Cancer: A Comprehensive Analysis 2025-Apr-08, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13040903 PMID:40299520	research paper	该研究探索了甲状腺癌中免疫相关铁死亡基因（IRFGs），旨在发现新的治疗靶点	整合了bulk和单细胞RNA测序数据，构建了一个稳健的预后模型，并提供了新的治疗靶点	研究样本仅来自TCGA-THCA数据库，可能缺乏外部验证	探索甲状腺癌中免疫相关铁死亡基因（IRFGs）以发现新的治疗靶点	甲状腺癌患者	digital pathology	thyroid cancer	CIBERSORTx, WGCNA, LASSO Cox regression, scRNA-seq, qRT-PCR	prognostic risk score model	RNA sequencing data	来自TCGA-THCA数据库的甲状腺癌样本
9	2025-04-30	Investigating the Prognostic Role of Telomerase-Related Cellular Senescence Gene Signatures in Breast Cancer Using Machine Learning 2025-Mar-30, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13040826 PMID:40299459	研究论文	本研究通过整合bulk RNA测序和单细胞RNA测序数据，建立了一个与端粒维持和细胞衰老相关的基因特征，用于乳腺癌的预后预测	提出了一个包含19个关键端粒和衰老相关基因的新型预后特征，并在多个独立队列中验证了其预测准确性	NA	研究端粒酶相关细胞衰老基因特征在乳腺癌预后中的作用	乳腺癌	机器学习	乳腺癌	bulk RNA测序, 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 免疫组化(IHC)	随机生存森林, ridge回归	RNA测序数据, 单细胞转录组数据	来自TCGA和GEO数据库的数据
10	2025-04-30	Migrasome-Related Genes as Potential Prognosis and Immunotherapy Response Predictors for Colorectal Cancer 2025-Mar-26, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13040799 PMID:40299331	research paper	该研究通过生物信息学分析迁移体相关基因，识别了T1MP1、CXCL8和MGP在结直肠癌预后和免疫治疗反应中的重要作用	首次探讨了迁移体相关基因在结直肠癌预后和免疫治疗反应中的潜在作用，并确定了三个关键基因作为预后生物标志物	研究主要基于生物信息学分析，缺乏实验验证	探索迁移体相关基因在结直肠癌预后和免疫治疗反应中的作用	结直肠癌患者	生物信息学	结直肠癌	RNA-seq, WGCNA, 单细胞RNA-seq	风险模型	基因表达数据	TCGA-CRC数据集和GSE231559单细胞RNA-seq数据集
11	2025-04-30	Migrasome Marker Epidermal Growth Factor Domain-Specific O-GlcNAc Transferase: Pan-Cancer Angiogenesis Biomarker and the Potential Role of circ_0058189/miR-130a-3p/EOGT Axis in Hepatocellular Carcinoma Progression and Sorafenib Resistance 2025-Mar-22, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13040773 PMID:40299340	research paper	本研究系统性地探讨了EGFT在多种癌症中的致癌机制，特别是在肝细胞癌（HCC）进展和索拉非尼耐药中的作用	首次将EOGT确立为泛癌血管生成生物标志物，并揭示其在治疗耐药中的作用通过外泌体circRNA介导的调控机制	研究主要基于TCGA/GTEx数据，实验验证局限于Huh7细胞模型，未涵盖所有癌症类型	系统性地探讨EOGT在多种癌症中的致癌机制，特别是在肝细胞癌（HCC）进展和索拉非尼耐药中的作用	33种癌症类型的TCGA/GTEx数据，10个HCC队列，Huh7细胞模型	cancer biology	hepatocellular carcinoma	multi-omics analysis, RNA sequencing, ceRNA network construction, drug sensitivity analysis, immune microenvironment assessment	NA	genomic data, transcriptomics data, cell models	33种癌症类型的TCGA/GTEx数据，10个HCC队列，Huh7细胞模型
12	2025-04-30	Ocular immune privilege in action: the living eye imposes unique regulatory and anergic gene signatures on uveitogenic T cells 2025-Mar-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.01.640701 PMID:40297507	research paper	该研究探讨了眼部免疫特权如何通过独特的调节和无能基因特征影响视网膜特异性T细胞，以防止自身免疫性葡萄膜炎的发生	通过单细胞转录组学和功能验证揭示了Tregs和无能T细胞的独特表型，并提出了它们共同增殖前体的平行分化路径	研究主要基于体内免疫特权模型，可能无法完全反映人类疾病的所有复杂性	揭示眼部免疫特权的分子机制，并为自身免疫、癌症和慢性感染中的T细胞调控提供新策略	视网膜特异性T细胞，特别是Foxp3+ T-regulatory cells (Tregs)和无能T细胞	免疫学	自身免疫性葡萄膜炎	单细胞转录组学	体内免疫特权模型	基因表达数据	NA
13	2025-04-30	A novel Wnt/β-catenin signaling gene signature for progression and metastasis of gastric cancer 2025, Oncology research IF:2.0Q3 DOI:10.32604/or.2024.054366 PMID:40296906	研究论文	本研究通过分析Wnt/β-catenin信号通路相关基因，建立了一个预测胃癌进展和转移的五基因特征模型	发现了AEBP1和TCF3在细胞核内的协同作用对胃癌转移的促进作用，并提出了一个五基因特征模型用于胃癌预后预测	研究样本量未明确说明，且需要在更大规模的临床队列中验证基因特征的预测效果	探索Wnt/β-catenin信号通路相关基因在胃癌进展和转移中的作用机制	胃癌患者和胃癌细胞	癌症基因组学	胃癌	LASSO回归分析、单细胞RNA测序、双荧光素酶报告基因检测	五基因特征模型	基因表达数据	NA
14	2025-04-29	Broflanilide induces zebrafish neurobehavioral defects by interfering with synaptic homeostasis 2025-Jun, Aquatic toxicology (Amsterdam, Netherlands) DOI:10.1016/j.aquatox.2025.107355 PMID:40209298	研究论文	研究溴虫氟苯双酰胺对斑马鱼神经行为缺陷的影响及其突触稳态干扰机制	首次揭示了溴虫氟苯双酰胺通过干扰突触稳态导致斑马鱼神经行为缺陷的跨细胞类型转录调控机制	研究仅针对斑马鱼模型，结果外推至其他生物需谨慎	探究溴虫氟苯双酰胺对水生生物神经健康的长期风险及其作用机制	成年斑马鱼	神经毒理学	神经退行性病变	单细胞RNA测序、靶向代谢组学分析	斑马鱼神经行为模型	行为学数据、转录组数据、代谢组数据	暴露于5和25 μg/L溴虫氟苯双酰胺30天的斑马鱼
15	2025-04-29	Spatially resolved multi-omics reveals the renal cortex-metabolic reprogramming of Shenhua Tablet for intervention on IgA nephropathy 2025-Jun, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.156742 PMID:40233505	研究论文	通过空间多组学策略探讨肾华片（SHT）干预IgA肾病（IgAN）的分子机制	利用空间多组学策略，首次在空间背景下全面解析SHT治疗IgAN的分子机制，包括代谢重编程和基因表达调控	研究仅基于大鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索SHT干预IgAN的分子机制	IgA肾病大鼠模型	数字病理学	IgA肾病	空间代谢组学、空间转录组学、质谱成像	大鼠模型	代谢物、mRNA	IgA肾病大鼠模型及SHT治疗组
16	2025-04-29	Discovering governing equations of biological systems through representation learning and sparse model discovery 2025-Jun, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqaf048 PMID:40290314	研究论文	提出了一种名为CLERA的新型端到端计算框架，用于从单细胞RNA测序数据中发现简约的动态模型并识别活跃的基因程序	通过将监督自编码器架构与稀疏非线性动力学识别相结合，CLERA能够同时提取相关的低维表示并揭示驱动过程的潜在动态系统	NA	理解复杂生物系统的调控规则	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	监督自编码器架构与稀疏非线性动力学识别（SINDy）	基因表达数据	合成数据和生物数据
17	2025-04-29	ScRNA-Seq reveals T cell immunity in COVID-19 patients and implications for immunotherapy 2025-May-16, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114663 PMID:40233451	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在揭示COVID-19患者T细胞免疫异质性及其对免疫治疗影响方面的应用	利用scRNA-seq技术揭示了COVID-19患者中T细胞的异质性和功能障碍，为免疫治疗和疫苗开发提供了新见解	当前针对T细胞的治疗策略效果不一致，需要组合方法	阐明T细胞异质性如何影响COVID-19疾病严重程度	COVID-19患者的T细胞，包括常规T细胞（CD8、CD4 T细胞）和非常规T细胞（NKT细胞、MAIT细胞和γδT细胞）	生物医学	COVID-19	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	NA
18	2025-04-29	Therapeutic and prognostic values of ferroptosis signature in glioblastoma 2025-May-16, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114597 PMID:40239336	research paper	探讨铁死亡特征在胶质母细胞瘤中的治疗和预后价值	利用单细胞RNA测序揭示胶质母细胞瘤的分子特征及其肿瘤微环境，引入铁死亡相关生物标志物通路和耐药机制	铁死亡与GBM免疫景观的关系复杂，可能产生积极或消极影响	研究铁死亡在胶质母细胞瘤中的影响，以提供肿瘤生物学和潜在治疗策略的重要知识	胶质母细胞瘤细胞及其肿瘤微环境	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
19	2025-04-29	Characterization of the Biochemical Recurrence Prediction Ability and Progression Correlation of Peroxiredoxins Family in Prostate Cancer Based on Integrating Single-Cell RNA-Seq and Bulk RNA-Seq Cohorts 2025-May, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.70855 PMID:40281661	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和大规模RNA测序数据，探讨了过氧化物还原酶家族（PRDXs）在前列腺癌（PCa）中的预后和治疗反应预测能力	首次发现PRDX5与前列腺癌进展密切相关，并开发了一个整合PRDX5表达与临床特征的列线图，用于预测PCa患者的临床结果，优于30个已发表的签名	研究主要基于公共数据集，需要进一步实验验证PRDX5在前列腺癌中的具体作用机制	探讨PRDXs家族在前列腺癌预后和治疗反应中的潜在作用	前列腺癌患者和去势抵抗性前列腺癌（CRPC）细胞系	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、大规模RNA测序（bulk RNA-seq）、免疫组织化学、体外细胞增殖实验、ROS测定实验、凋亡实验	NA	RNA测序数据、临床数据、细胞实验数据	2个单细胞RNA数据集和8个大规模RNA数据集
20	2025-04-29	Role of different Lyl1 transcripts in zebrafish primitive hematopoiesis 2025-May, Yi chuan = Hereditas DOI:10.16288/j.yczz.24-288 PMID:40287790	research paper	本研究探讨了斑马鱼原始造血过程中不同Lyl1转录本的作用	发现了斑马鱼和人类中存在Lyl1的长短转录本，并揭示了它们在原始髓系造血中的不同调控作用	未深入探讨长短转录本调控造血的具体分子机制	阐明Lyl1不同转录本在原始造血过程中的功能差异	斑马鱼原始造血细胞	发育生物学	NA	scRNA-seq, 5'RACE, Morpholino敲低	NA	单细胞RNA测序数据	斑马鱼造血干细胞/祖细胞