单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-04-29	Broflanilide induces zebrafish neurobehavioral defects by interfering with synaptic homeostasis 2025-Jun, Aquatic toxicology (Amsterdam, Netherlands) DOI:10.1016/j.aquatox.2025.107355 PMID:40209298	研究论文	研究溴虫氟苯双酰胺对斑马鱼神经行为缺陷的影响及其突触稳态干扰机制	首次揭示了溴虫氟苯双酰胺通过干扰突触稳态导致斑马鱼神经行为缺陷的跨细胞类型转录调控机制	研究仅针对斑马鱼模型，结果外推至其他生物需谨慎	探究溴虫氟苯双酰胺对水生生物神经健康的长期风险及其作用机制	成年斑马鱼	神经毒理学	神经退行性病变	单细胞RNA测序、靶向代谢组学分析	斑马鱼神经行为模型	行为学数据、转录组数据、代谢组数据	暴露于5和25 μg/L溴虫氟苯双酰胺30天的斑马鱼
2	2025-04-29	Spatially resolved multi-omics reveals the renal cortex-metabolic reprogramming of Shenhua Tablet for intervention on IgA nephropathy 2025-Jun, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.156742 PMID:40233505	研究论文	通过空间多组学策略探讨肾华片（SHT）干预IgA肾病（IgAN）的分子机制	利用空间多组学策略，首次在空间背景下全面解析SHT治疗IgAN的分子机制，包括代谢重编程和基因表达调控	研究仅基于大鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索SHT干预IgAN的分子机制	IgA肾病大鼠模型	数字病理学	IgA肾病	空间代谢组学、空间转录组学、质谱成像	大鼠模型	代谢物、mRNA	IgA肾病大鼠模型及SHT治疗组
3	2025-04-29	Discovering governing equations of biological systems through representation learning and sparse model discovery 2025-Jun, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqaf048 PMID:40290314	研究论文	提出了一种名为CLERA的新型端到端计算框架，用于从单细胞RNA测序数据中发现简约的动态模型并识别活跃的基因程序	通过将监督自编码器架构与稀疏非线性动力学识别相结合，CLERA能够同时提取相关的低维表示并揭示驱动过程的潜在动态系统	NA	理解复杂生物系统的调控规则	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	监督自编码器架构与稀疏非线性动力学识别（SINDy）	基因表达数据	合成数据和生物数据
4	2025-04-29	ScRNA-Seq reveals T cell immunity in COVID-19 patients and implications for immunotherapy 2025-May-16, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114663 PMID:40233451	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在揭示COVID-19患者T细胞免疫异质性及其对免疫治疗影响方面的应用	利用scRNA-seq技术揭示了COVID-19患者中T细胞的异质性和功能障碍，为免疫治疗和疫苗开发提供了新见解	当前针对T细胞的治疗策略效果不一致，需要组合方法	阐明T细胞异质性如何影响COVID-19疾病严重程度	COVID-19患者的T细胞，包括常规T细胞（CD8、CD4 T细胞）和非常规T细胞（NKT细胞、MAIT细胞和γδT细胞）	生物医学	COVID-19	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	NA
5	2025-04-29	Therapeutic and prognostic values of ferroptosis signature in glioblastoma 2025-May-16, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114597 PMID:40239336	research paper	探讨铁死亡特征在胶质母细胞瘤中的治疗和预后价值	利用单细胞RNA测序揭示胶质母细胞瘤的分子特征及其肿瘤微环境，引入铁死亡相关生物标志物通路和耐药机制	铁死亡与GBM免疫景观的关系复杂，可能产生积极或消极影响	研究铁死亡在胶质母细胞瘤中的影响，以提供肿瘤生物学和潜在治疗策略的重要知识	胶质母细胞瘤细胞及其肿瘤微环境	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
6	2025-04-29	Characterization of the Biochemical Recurrence Prediction Ability and Progression Correlation of Peroxiredoxins Family in Prostate Cancer Based on Integrating Single-Cell RNA-Seq and Bulk RNA-Seq Cohorts 2025-May, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.70855 PMID:40281661	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和大规模RNA测序数据，探讨了过氧化物还原酶家族（PRDXs）在前列腺癌（PCa）中的预后和治疗反应预测能力	首次发现PRDX5与前列腺癌进展密切相关，并开发了一个整合PRDX5表达与临床特征的列线图，用于预测PCa患者的临床结果，优于30个已发表的签名	研究主要基于公共数据集，需要进一步实验验证PRDX5在前列腺癌中的具体作用机制	探讨PRDXs家族在前列腺癌预后和治疗反应中的潜在作用	前列腺癌患者和去势抵抗性前列腺癌（CRPC）细胞系	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、大规模RNA测序（bulk RNA-seq）、免疫组织化学、体外细胞增殖实验、ROS测定实验、凋亡实验	NA	RNA测序数据、临床数据、细胞实验数据	2个单细胞RNA数据集和8个大规模RNA数据集
7	2025-04-29	Role of different Lyl1 transcripts in zebrafish primitive hematopoiesis 2025-May, Yi chuan = Hereditas DOI:10.16288/j.yczz.24-288 PMID:40287790	research paper	本研究探讨了斑马鱼原始造血过程中不同Lyl1转录本的作用	发现了斑马鱼和人类中存在Lyl1的长短转录本，并揭示了它们在原始髓系造血中的不同调控作用	未深入探讨长短转录本调控造血的具体分子机制	阐明Lyl1不同转录本在原始造血过程中的功能差异	斑马鱼原始造血细胞	发育生物学	NA	scRNA-seq, 5'RACE, Morpholino敲低	NA	单细胞RNA测序数据	斑马鱼造血干细胞/祖细胞
8	2025-04-29	Myeloid deficiency of Z-DNA binding protein 1 restricts septic cardiomyopathy via promoting macrophage polarisation towards the M2-subtype 2025-May, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70315 PMID:40289345	研究论文	本研究揭示了Z-DNA结合蛋白1（ZBP1）在脓毒症心肌病中的作用机制，发现其通过促进巨噬细胞向M2亚型极化而加剧心肌功能障碍	发现了STAT1-ZBP1轴在巨噬细胞中促进脓毒症心肌病的新机制，并验证了ZBP1作为治疗靶点的潜力	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索脓毒症心肌病的分子机制并寻找潜在治疗靶点	LPS处理的小鼠心肌组织、内皮细胞、成纤维细胞和巨噬细胞	心血管疾病	脓毒症心肌病	scRNA-seq, snRNA-seq, 免疫荧光, 超声心动图	小鼠脓毒症模型	mRNA测序数据、影像数据	LPS处理的小鼠（具体数量未明确说明）
9	2025-04-29	cGAS/STING signalling in macrophages aggravates obliterative bronchiolitis via an IFN-α-dependent mechanism after orthotopic tracheal transplantation in mice 2025-May, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70323 PMID:40292672	research paper	本研究探讨了cGAS/STING信号通路在巨噬细胞中通过IFN-α2依赖性机制加重小鼠原位气管移植后闭塞性细支气管炎(OB)的作用	首次揭示了cGAS/STING信号通路在巨噬细胞中通过IFN-α2依赖性机制加重OB的分子机制，并证明STING抑制可增强CTLA4-Ig的治疗效果	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证	探究cGAS/STING信号通路在OB发病机制中的作用	小鼠原位气管移植模型和巨噬细胞	免疫学	闭塞性细支气管炎	RNA测序、单细胞RNA测序、免疫荧光染色、qRT-PCR、流式细胞术	小鼠基因敲除模型	基因表达数据、组织病理学数据	未明确说明具体样本数量的小鼠模型
10	2025-04-29	Deciphering of intra-tumoural heterogeneity and the interplay between metastasis-associated meta-program and myofibroblasts in gastric cancer 2025-May, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70319 PMID:40292733	research paper	该研究通过单细胞和空间转录组学揭示了胃癌的肿瘤内异质性，并阐明了转移相关元程序MP7与肌成纤维细胞（myCAFs）之间的相互作用机制	鉴定了胃癌中七个具有不同生物学意义和空间分布的元程序（MP1-MP7），特别是揭示了MP7与myCAFs之间的双向调控环路及其在免疫抑制微环境形成中的作用	研究主要基于体外实验和患者来源类器官模型，需要在更大规模的临床样本中进一步验证	解析胃癌的肿瘤内异质性及其与肿瘤微环境中细胞互作的关系	胃癌细胞和肿瘤微环境中的基质细胞（特别是myCAFs和CD8 T细胞）	肿瘤生物学	胃癌	单细胞转录组学、空间转录组学、患者来源类器官模型（PDOs）	NA	单细胞RNA测序数据、空间转录组数据	未明确说明样本数量，但使用了临床样本和患者来源类器官模型
11	2025-04-29	Elevated KIF2C Expression Drives Osteosarcoma Progression by Modulating the Wnt/β-Catenin Signaling Pathway and Contributing to an Immunosuppressive Tumor Microenvironment 2025-May, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.70915 PMID:40292920	研究论文	本研究探讨了KIF2C在骨肉瘤(OS)中的作用及其与炎症微环境的关联	首次揭示了KIF2C通过调节Wnt/β-catenin信号通路促进骨肉瘤进展，并发现其与免疫抑制肿瘤微环境的关系	研究主要基于公共数据集和体外实验，需要更多临床样本验证	阐明KIF2C在骨肉瘤发生发展中的作用机制	骨肉瘤细胞及肿瘤微环境	肿瘤生物学	骨肉瘤	KEGG富集分析、GSVA、ssGSEA、ESTIMATE算法、单细胞测序、分子对接和分子动力学	NA	基因表达数据、单细胞测序数据	公共数据集中的骨肉瘤样本及体外实验数据
12	2025-04-29	Target Screening and Single Cell Analysis of Diabetic Retinopathy and Hepatocarcinoma 2025-May, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70521 PMID:40293350	研究论文	本研究通过单细胞分析筛选糖尿病视网膜病变和肝癌之间的共享基因和通路，以发现潜在的治疗靶点	首次揭示了铁蛋白吞噬相关基因在糖尿病视网膜病变和肝癌中的共同作用机制，并构建了具有高诊断效能的机器学习模型	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏体内实验验证	探索糖尿病视网膜病变和肝癌之间的共同病理调控通路	肝癌和糖尿病视网膜病变患者的单细胞RNA测序数据	生物信息学	肝癌和糖尿病视网膜病变	单细胞RNA测序、qRT-PCR	机器学习模型	单细胞RNA测序数据	GEO数据集GSM7494113、GSE209872和GSE160306
13	2025-04-29	LAMA4+ CD90+ eCAFs provide immunosuppressive microenvironment for liver cancer through induction of CD8+ T cell senescence 2025-Apr-28, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-025-02162-7 PMID:40289085	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和空间转录组数据，揭示了LAMA4+ CD90+ eCAFs通过诱导CD8+ T细胞衰老为肝癌提供免疫抑制微环境的机制	鉴定了与不良预后相关的CD90 eCAFs亚型，并揭示了其通过LAMA4介导的DNA损伤信号通路诱导CD8+ T细胞衰老的新机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类肝癌患者中的验证仍需进一步研究	阐明肿瘤细胞与肿瘤微环境之间的双向信号传导机制及其在肝癌进展中的作用	肝癌相关成纤维细胞(CAFs)亚型和CD8+ T细胞	肿瘤生物学	肝癌	单细胞RNA测序、空间转录组、siRNA转染、Western blot、流式细胞术	自发小鼠肝细胞癌(HCC)模型	基因表达数据、蛋白质表达数据、细胞功能数据	未明确说明样本数量，但使用了泛肝癌数据集和小鼠模型
14	2025-04-29	Transcriptomic characterization of transitioning cell types in the skin of Atlantic salmon 2025-Apr-28, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-025-02196-w PMID:40289111	研究论文	本研究通过单核测序和空间转录组学技术，描述了大西洋鲑鱼皮肤中假定的间充质基质细胞在健康状态和伤口愈合过程中的转录组特征	首次绘制了伤口愈合过程中假定的分化间充质基质细胞亚群的转录组活动图谱，揭示了不同亚群的空间生态位	研究仅限于大西洋鲑鱼，结果可能不适用于其他鱼类或哺乳动物	探究大西洋鲑鱼皮肤细胞在伤口愈合过程中的转录组变化	大西洋鲑鱼的皮肤间充质基质细胞	转录组学	NA	单核测序, 空间转录组学	NA	转录组数据	未明确说明样本数量，但涉及健康组织和伤口愈合过程中的组织
15	2025-04-29	Suppression of the Prostaglandin I2-Type 1 Interferon Axis Induces Extramedullary Hematopoiesis to Promote Cardiac Repair After Myocardial Infarction 2025-Apr-28, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.124.069420 PMID:40289806	研究论文	本研究探讨了前列腺素I2-1型干扰素轴在心肌梗死后脾脏髓外造血中的作用及其对心脏修复的影响	揭示了PGI2-IFN轴在心肌梗死后脾脏髓外造血中的新机制，为治疗缺血性心脏损伤提供了新的治疗靶点	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	探究脾脏髓外造血在心肌梗死后心脏修复中的作用及其调控机制	心肌梗死小鼠模型及脾脏造血干细胞/祖细胞	心血管疾病	心肌梗死	流式细胞术、液相色谱-串联质谱、单细胞RNA测序	Tcf21CreER Scfflox/flox心肌梗死小鼠模型	转录组数据、脂质组数据	未明确说明具体样本数量，使用eGFP小鼠和Tcf21CreER Scfflox/flox小鼠
16	2025-04-29	Splenic CD169+Tim4+ Marginal Metallophilic Macrophages Are Essential for Wound Healing After Myocardial Infarction 2025-Apr-28, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.124.071772 PMID:40289811	研究论文	本研究揭示了脾脏CD169+Tim4+边缘金属亲和性巨噬细胞在心肌梗死后伤口愈合中的关键作用	首次发现脾脏CD169+Tim4+ MMMs通过循环进入心脏，对中性粒细胞清除、炎症抑制和修复性巨噬细胞表型诱导具有不可或缺的作用	研究主要基于小鼠模型，人类数据仅涉及循环细胞表型分析	阐明心肌梗死后伤口愈合的细胞机制	脾脏CD169+Tim4+边缘金属亲和性巨噬细胞(MMMs)及其在心肌梗死修复中的作用	心血管疾病	心肌梗死	流式细胞术、单细胞RNA测序、谱系追踪、细胞追踪、脾切除术、联体共生、细胞过继转移	小鼠心肌梗死模型	流式细胞数据、单细胞RNA测序数据	人类ST段抬高型心肌梗死患者与稳定型冠心病对照患者
17	2025-04-29	Single-cell multi-dimensional data analysis decodes RNF19A-mediated drug resistance in rheumatoid arthritis fibroblast-like synoviocytes: mechanisms and biological insights 2025-Apr-28, Cellular and molecular life sciences : CMLS IF:6.2Q1 DOI:10.1007/s00018-025-05707-8 PMID:40293542	研究论文	通过单细胞多维数据分析揭示了RNF19A介导的类风湿关节炎成纤维样滑膜细胞药物抗性的机制和生物学见解	首次强调了RNF19A在RA FLS中介导药物抗性的关键作用，阐明了潜在的生物学过程，为RA药物开发提供了新的实验基础	NA	研究类风湿关节炎(RA)成纤维样滑膜细胞(FLS)中药物抗性的机制	类风湿关节炎和骨关节炎滑膜组织的单细胞转录组数据	生物医学	类风湿关节炎	单细胞转录组学	NA	转录组数据	公共单细胞转录组数据（具体样本数量未提及）
18	2025-04-29	FOXM1 could serve as a bridge mediating prognosis and immunity for clear cell renal cell carcinoma via single-cell and bulk RNA-sequencing 2025-Apr-28, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02438-x PMID:40293585	研究论文	本研究通过单细胞和批量RNA测序，探讨了FOXM1在透明细胞肾细胞癌(ccRCC)预后和免疫中的桥梁作用	首次通过单细胞和批量RNA测序验证FOXM1在ccRCC中的预后价值和免疫调节作用	研究主要基于公共数据库数据，需要进一步实验验证	探讨FOXM1在ccRCC预后和免疫治疗中的作用机制	透明细胞肾细胞癌(ccRCC)组织和患者	癌症基因组学	肾细胞癌	RNA测序(批量RNA-seq和单细胞RNA-seq), qRT-PCR, 免疫组化	Cox回归模型	RNA测序数据, 临床数据	TCGA数据库中的ccRCC样本(具体数量未明确说明)
19	2025-04-29	Mapping immune cell dynamics and macrophage plasticity in breast cancer tumor microenvironment through single-cell analysis 2025-Apr-28, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02419-0 PMID:40293603	研究论文	通过单细胞分析技术研究乳腺癌肿瘤微环境中免疫细胞动态变化和巨噬细胞可塑性	利用单细胞RNA测序技术和多种计算工具，首次全面分析了乳腺癌中的免疫细胞亚群和巨噬细胞亚型，揭示了它们的功能特征及与肿瘤细胞的相互作用机制	研究主要基于单细胞RNA测序数据，可能缺乏蛋白质水平和功能实验验证	探索乳腺癌肿瘤微环境中免疫细胞与肿瘤细胞的相互作用机制	乳腺癌肿瘤微环境中的免疫细胞亚群和巨噬细胞亚型	数字病理	乳腺癌	单细胞RNA测序	Sc-Type, infercnv, CellChat, CytoTRACE, Monocle	单细胞RNA测序数据	未明确说明样本数量
20	2025-04-29	CCR5 + T cells as a potential biomarker for primary Sjögren's disease based on bioinformatics analysis 2025-Apr-28, Clinical rheumatology IF:2.9Q2 DOI:10.1007/s10067-025-07460-6 PMID:40293619	研究论文	通过生物信息学分析识别并验证原发性干燥综合征(pSjD)的潜在生物标志物CCR5 + T细胞，并探讨其分子免疫机制	首次将CCR5 + T细胞鉴定为pSjD的关键生物标志物，并证实其在诊断中的高准确性	研究主要基于生物信息学分析，需要更多实验验证	探索原发性干燥综合征的生物标志物及其免疫机制	原发性干燥综合征患者	生物信息学	干燥综合征	生物信息学分析、WGCNA、PPI网络分析、CIBERSORT、scRNA-seq	NA	基因表达数据	从GEO数据库下载的pSjD数据集及患者样本