单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 39702 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-05-28 |
MDK promotes the mast cell activation and pancreatic fibrosis in mice with chronic pancreatitis via MDK-NCL signaling pathway
2026-Jul-01, Experimental cell research
IF:3.3Q2
DOI:10.1016/j.yexcr.2026.115043
PMID:42031197
|
研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序分析和小鼠模型研究，发现MDK-NCL信号通路促进慢性胰腺炎中胰腺星状细胞与肥大细胞的相互作用及纤维化 | 首次揭示MDK-NCL配体-受体对在慢性胰腺炎中调控胰腺星状细胞与肥大细胞间的相互作用，并验证其促纤维化和炎症的机制 | 未提及具体局限性 | 探究慢性胰腺炎的发病机制，特别是MDK-NCL信号通路在胰腺纤维化和炎症中的作用 | 人类慢性胰腺炎单细胞RNA测序数据（GSE208536）和二丁基二氯化锡诱导的慢性胰腺炎小鼠模型 | 机器学习和数字病理学 | 慢性胰腺炎 | 单细胞RNA测序、流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据 | 人类单细胞RNA测序数据（GSE208536）及小鼠模型样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2 | 2026-05-28 |
Integrating spatial and single-cell transcriptomics via machine learning to characterize efferocytosis in hepatocellular carcinoma prognosis and immunotherapy
2026-Jul, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2026.102801
PMID:42140032
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研究论文 | 通过机器学习整合空间与单细胞转录组学，表征肝癌预后与免疫治疗中的胞葬作用 | 首次将胞葬作用与肝细胞癌的空间微环境特征相结合，利用机器学习构建胞葬相关评分系统（ERG评分），揭示SPP1+巨噬细胞的空间分布与免疫抑制状态的关系 | 研究主要基于公开数据集，临床样本验证有限；体外实验仅验证了核心基因TPI1的表达，未进行体内功能验证 | 探究胞葬作用在肝细胞癌肿瘤微环境中的空间结构特征及对患者预后和免疫治疗的影响 | 肝细胞癌患者的单细胞RNA测序数据、空间转录组数据和批量转录组数据 | 机器学习 | 肝癌 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、批量转录组学、qRT-PCR、Western Blot | 机器学习算法组合（101种算法） | 基因表达数据 | 未明确提及具体样本量，但整合了多个公开数据集 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学、批量RNA测序 | NA | NA |
| 3 | 2026-05-28 |
Multi-omics interrogation identifies IRF4 as a causal transcription factor in monocytes that suppresses colorectal cancer progression by remodeling the immune microenvironment and inhibiting EMT
2026-Jul, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2026.102816
PMID:42140033
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研究论文 | 通过多组学分析，确定IRF4是单核细胞中抑制结直肠癌进展的因果转录因子，其机制涉及重塑免疫微环境和抑制上皮间质转化 | 首次整合单细胞RNA测序、批量转录组数据和孟德尔随机化分析，因果性地识别出单核细胞相关转录因子IRF4在结直肠癌中的关键作用，并通过空间转录组学和体外实验验证其免疫调节功能和预后意义 | 未提及具体局限性 | 阐明结直肠癌进展和免疫逃逸的细胞和分子机制，尤其是识别关键的细胞亚群和转录因子 | 单核细胞及转录因子IRF4在结直肠癌中的作用 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序，批量转录组分析，孟德尔随机化分析，空间转录组学，多重免疫去卷积算法，慢病毒介导的IRF4调控，流式细胞术，ELISA | NA | 基因表达数据，空间转录组数据，免疫细胞浸润数据 | 单细胞RNA测序数据集GSE161277，批量转录组数据来自GEO和TCGA，未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | NA |
| 4 | 2026-05-28 |
Multi-Omics profiling identify NNMT in tumor endothelium as a key regulator of CD8⁺ T cell exhaustion via the TGF signaling pathway
2026-Jul, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2026.102809
PMID:42140035
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研究论文 | 通过多组学分析发现肿瘤内皮细胞中的NNMT通过TGF信号通路调控CD8⁺ T细胞耗竭 | 首次鉴定NNMT在肿瘤相关内皮细胞中特异性过表达，并通过TGF-β信号通路调控CD8⁺ T细胞耗竭，提出NNMT作为ccRCC治疗靶点 | 主要基于体外细胞系和公共数据库分析，缺乏体内动物模型验证 | 探究ccRCC中CD8⁺ T细胞耗竭的机制并识别潜在治疗靶点 | ccRCC肿瘤微环境中的内皮细胞和CD8⁺ T细胞 | 机器学习和数字病理学 | 肾透明细胞癌 | RNA-seq, 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | RNA测序数据, 单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 临床样本数据 | TCGA队列样本 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 5 | 2026-05-28 |
Multiomics reveals CCL3-driving neuronal sensitization in chronic pruritus of unknown origin
2026-Jun, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2025.10.620
PMID:41320115
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研究论文 | 通过多组学分析揭示CCL3驱动不明原因慢性瘙痒中神经元敏化的机制 | 首次利用单细胞RNA测序鉴定出CCL3作为不明原因慢性瘙痒的潜在诊断生物标志物，并阐明CCL3-CCR1轴在慢性瘙痒中的关键神经免疫通路 | CCL3在小鼠中不直接作为瘙痒原，其作用机制需进一步验证；研究中使用的慢性干皮瘙痒模型可能不能完全代表人类疾病 | 探究不明原因慢性瘙痒的潜在机制，寻找诊断生物标志物和治疗靶点 | 不明原因慢性瘙痒患者及健康对照者、小鼠模型 | 数字病理学 | 皮肤疾病 | 单细胞RNA测序 | CNN | 基因表达数据 | 不明原因慢性瘙痒患者和健康对照者外周血单核细胞样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序平台 |
| 6 | 2026-05-28 |
Skin fibroblasts in health and disease: From extracellular matrix remodeling to immune regulation
2026-Jun, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2025.12.002
PMID:41493297
|
综述 | 回顾了皮肤成纤维细胞在健康和疾病中的功能，重点关注其从细胞外基质重塑到免疫调节的转变 | 将成纤维细胞重新定义为动态的免疫调节细胞，并利用单细胞和空间转录组学揭示其异质性和疾病特异性表型 | 关于皮肤成纤维细胞的谱系特性、功能可塑性和表型驱动基因调控网络仍存在知识空白 | 综合当前对皮肤成纤维细胞异质性、可塑性及其在炎症性皮肤病中多样功能的理解 | 皮肤成纤维细胞在自身免疫性、过敏性、纤维化和肿瘤性皮肤病中的功能 | 数字病理学 | 炎症性皮肤病 | 单细胞转录组学， 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序， 空间转录组学 | 10x Chromium， 10x Visium | 用于单细胞和空间转录组学分析的平台 |
| 7 | 2026-05-28 |
A human endometrium-on-chip platform for functional assessment of luminal epithelial receptivity
2026-May-26, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2026.117349
PMID:42068548
|
研究论文 | 建立人子宫内膜芯片模型，用于评估腔上皮细胞接收功能 | 首次构建可受控激素调控的人子宫内膜芯片模型，实现对患者来源腔上皮的囊胚附着定量测量，并揭示单细胞层面持续成熟轨迹与功能黏附的解耦关系 | 文章未明确提及局限性 | 探究子宫内膜腔上皮细胞在胚胎着床中的功能机制，挑战基于标记物的传统接收性定义 | 人子宫内膜腔上皮细胞和囊胚样结构 | 组织工程与微流控 | 不孕症 | 单细胞RNA测序 | 芯片上器官模型 | 基因表达数据 | 患者来源腔上皮样本（具体数量未提及） | 未提及 | 单细胞RNA测序 | 未提及 | 未提及 |
| 8 | 2026-05-28 |
HOXD11-NMDAR signaling drives neuroendocrine prostate cancer and enables potential therapeutic intervention as a target of memantine
2026-May-26, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2026.117330
PMID:42126948
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析TRAMP小鼠的前列腺癌进展阶段，发现HOXD11-NMDAR信号驱动神经内分泌前列腺癌，并揭示美金刚作为潜在治疗干预手段 | 首次发现HOXD11作为神经内分泌转化的关键驱动因子，并揭示其通过激活FOXA2和NMDAR亚基的机制，同时提出美金刚作为NEPC候选治疗策略的临床前和初步临床证据 | 临床观察仅基于一名可评估患者，缺乏更大规模的临床验证 | 探究神经内分泌前列腺癌的驱动机制并寻找潜在治疗靶点 | TRAMP小鼠（从早期腺癌到晚期NEPC的病理阶段）以及人类NEPC样本 | 机器学习 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | TRAMP小鼠跨病理阶段样本及一名化疗失败的NEPC患者 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 9 | 2026-05-28 |
Cooperative response loops enhanced by histamine signaling during tumor-neutrophil crosstalk in pleural mesothelioma
2026-May-26, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2026.117361
PMID:42139053
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序和患者来源异种移植模型，揭示胸膜间皮瘤中肿瘤与中性粒细胞互作中组胺信号增强的协同反馈环 | 首次鉴定中性粒细胞来源的组胺作为肿瘤运动性和炎症信号的关键介质，揭示BAP1突变状态与中性粒细胞富集的临床关联，并建立可重现肿瘤内异质性的PDX模型 | 主要基于体外和PDX模型，临床验证尚不充分；组胺靶向干预的具体机制和转化潜力需进一步验证 | 阐明胸膜间皮瘤中中性粒细胞浸润的分子机制及可靶向通路 | 胸膜间皮瘤患者肿瘤组织、中性粒细胞及PDX模型 | 数字病理学 | 胸膜间皮瘤 | 单细胞RNA测序、CRISPR-Cas9基因敲除 | NA | 单细胞转录组数据 | 胸膜间皮瘤患者样本及匹配PDX模型（具体数量未明确） | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' 试剂盒 |
| 10 | 2026-05-28 |
Oxygen Vacancy-Enriched Platinum Single-Atom Nanozyme Wrapped in Nanoislands: Unlocking Catalytic Activity and Reprogramming Redox Microenvironment for Osteonecrosis Repair
2026-May-26, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.75840
PMID:42189037
|
研究论文 | 本研究开发了一种富氧空位的铂单原子纳米酶（CeO₂/Pt SANI），通过“岛-海”协同效应增强催化活性，用于治疗激素性股骨头坏死 | 首次利用“岛-海”协同效应将单原子铂嵌入二氧化铈纳米岛，通过增强电子转移和调控d带中心优化催化活性，并证明其在重新编程氧化还原微环境中的治疗潜力 | 目前研究可能未详述纳米酶在体内的长期稳定性和生物安全性，且临床转化仍需进一步验证 | 开发高效抗氧化纳米酶以治疗激素性股骨头坏死中的氧化应激损伤 | 激素性股骨头坏死模型中的活性氧积累和骨再生障碍 | 数字病理学 | 股骨头坏死 | 单细胞测序 | 密度泛函理论计算 | 转录组数据 | 未提及 | 未提及 | 单细胞RNA测序 | 未提及 | 未提及 |
| 11 | 2026-05-28 |
Integrating single-cell analysis and digital pathology for risk stratification in pancreatic cancer
2026-May-26, Clinical & experimental metastasis
IF:4.2Q2
DOI:10.1007/s10585-026-10410-4
PMID:42189258
|
研究论文 | 整合单细胞分析与数字病理学用于胰腺癌风险分层 | 首次将单细胞RNA测序衍生的转移相关特征与常规H&E病理图像特征关联，建立基因型到表型的整合分析流程 | 病理模型在内部验证中判别能力低于训练集；外部验证样本量有限，且缺乏独立大规模验证和机制实验 | 探索利用常规病理图像反映胰腺癌转移相关生物学特征，实现风险分层 | 原发性和转移性胰腺导管腺癌（PDAC）组织 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | LASSO | 图像, 转录组数据 | GSE154778数据集、TCGA队列、6个GEO亚组、CPTAC子集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 12 | 2026-05-28 |
Integrative analysis and experimental validation of dioxin-interacting genes reveal diagnostic and prognostic biomarkers in lung adenocarcinoma
2026-May-26, Clinical and experimental medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10238-026-02187-3
PMID:42189270
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研究论文 | 整合分析二恶英相互作用基因并实验验证其在肺腺癌中的诊断和预后生物标志物作用 | 首次通过外泌体-基因组整合分析，结合单细胞RNA测序和多种机器学习算法，系统鉴定二恶英相关基因在肺腺癌中的诊断和预后标志物，并实验验证SLC15A2的肿瘤抑制功能 | 未说明 | 探索二恶英与肺腺癌的分子机制，鉴定诊断和预后生物标志物 | 肺腺癌患者的肿瘤组织和外周血样本 | 机器学习 | 肺癌 | RNA-seq, 单细胞RNA测序 | 机器学习算法 | 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | 多个队列的肿瘤组织和外周血数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 13 | 2026-05-28 |
NEFL⁺NEFM⁺ myeloid-reprogrammed cells promote ccRCC progression through CX3CL1-CX3CR1-mediated Tregs chemotaxis
2026-May-26, Molecular and cellular biochemistry
IF:3.5Q3
DOI:10.1007/s11010-026-05582-2
PMID:42189461
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研究论文 | 本研究揭示了肾透明细胞癌中NEFL⁺NEFM⁺髓系重编程细胞通过CX3CL1-CX3CR1轴招募调节性T细胞促进肿瘤进展的机制 | 首次鉴定出ccRCC中表达神经元结构基因NEFL和NEFM的髓系重编程细胞亚群，并阐明其通过CX3CL1-CX3CR1轴招募Tregs的免疫逃逸新机制 | 研究主要基于公共单细胞数据集和体外功能实验，缺乏体内动物模型验证及临床样本的多中心验证 | 探究ccRCC中肿瘤相关髓系细胞的重编程状态及其通过趋化因子信号促进免疫逃逸和肿瘤进展的机制 | 肾透明细胞癌中的NEFL⁺NEFM⁺神经元样髓系细胞及THP-1细胞模型 | 单细胞转录组学 | 肾透明细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 公开的人类ccRCC单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 14 | 2026-05-28 |
AF9-KLF2 gene regulatory circuit links histone lactylation to metabolic reprogramming and breast cancer progression
2026-May-26, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2026.117429
PMID:42189684
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研究论文 | 揭示AF9-KLF2基因调控回路通过组蛋白乳酰化连接代谢重编程与乳腺癌进展 | 首次发现AF9作为H3K9la的读取器，并与KLF2形成正反馈回路，放大了乳酰化依赖效应，驱动乳腺肿瘤发生 | 未明确说明具体局限性 | 研究组蛋白乳酰化与代谢重编程在乳腺癌进展中的调控机制 | 人类乳腺肿瘤细胞及肿瘤组织 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 空间转录组学, 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | 未明确说明 | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 15 | 2026-05-28 |
Molecular architecture of the tumor microenvironment caused by BRCA1 and BRCA2 somatic mutations in human lung adenocarcinoma
2026-May-26, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.110662
PMID:42189716
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研究论文 | 利用单细胞测序和多组学数据表征BRCA1和BRCA2体细胞突变在人类肺腺癌肿瘤微环境中的分子架构 | 首次通过单细胞测序和多组学数据系统揭示了BRCA1与BRCA2突变在肺腺癌中导致的不同转录和免疫模式，包括特异性的T细胞亚群变化及对抗PD-1/PD-L1免疫治疗反应的潜在预测标志 | 仅提供初步表征，未在更大样本或独立队列中验证，且机制研究局限于细胞系和药物抑制实验 | 探究BRCA1和BRCA2体细胞突变对肺腺癌肿瘤微环境分子和免疫架构的影响 | BRCA1或BRCA2突变型肺腺癌患者的肿瘤样本及临床数据 | 肿瘤免疫学、单细胞组学 | 肺腺癌 | 单细胞测序、多组学分析 | NA | 单细胞转录组、基因组、临床表型数据 | 涉及BRCA1/BRCA2突变型肺腺癌患者，具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 16 | 2026-05-28 |
Dual orexin receptor antagonism with lemborexant enhances microglial clearance of β-amyloid in mice
2026-May-22, Molecular neurodegeneration
IF:14.9Q1
DOI:10.1186/s13024-026-00948-y
PMID:42174655
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研究论文 | 研究lemborexant通过双重食欲素受体拮抗增强小胶质细胞清除β-淀粉样蛋白的作用 | 首次证明FDA批准的DORA药物lemborexant通过增强小胶质细胞吞噬功能而非单纯改善睡眠来减轻淀粉样蛋白病理，且效果优于抗组胺类安眠药 | 未提及 | 比较lemborexant与doxepin对PSAPP小鼠淀粉样蛋白病理和小胶质细胞反应的影响 | PSAPP小鼠 | 机器学习 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | NA | 图像、文本 | 小鼠（具体数量未提及） | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 17 | 2026-05-28 |
Current evidence on the cell of origin of meningiomas disputes the arachnoid cap cell dogma
2026-May-21, Acta neurochirurgica
IF:1.9Q2
DOI:10.1007/s00701-026-06908-1
PMID:42165909
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综述 | 基于单细胞转录组学、空间测序等新证据，质疑脑膜瘤仅起源于蛛网膜帽细胞的传统观点，提出更复杂的细胞起源 | 综合多组学和发育生物学数据，首次系统性地挑战存在一个世纪的蛛网膜帽细胞起源教条，提出脑膜瘤起源于多种祖细胞的异质性模型 | 作为小型综述主要基于已有文献数据，缺乏直接验证实验，且不同研究中使用的技术平台和样本类型存在异质性 | 重新评估脑膜瘤细胞起源的经典假说，提出基于细胞类型和胚胎起源的多样化模型 | 脑膜瘤的细胞起源及相关分子特征 | 数字病理学 | 脑膜瘤 | 单细胞转录组学, 空间测序, 发育生物学, 转基因动物模型, 蛋白质组学 | NA | 基因表达数据, 空间转录组数据, 蛋白质组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 18 | 2026-05-28 |
Protocol for isolating cells from a single cryopreserved gastrointestinal endoscopic biopsy for single-cell RNA sequencing
2026-May-21, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2026.104574
PMID:42166331
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protocol | 提出从单一冷冻保存的胃肠内镜活检组织中分离细胞用于单细胞RNA测序的实验方案 | 首次建立从冷冻保存的十二指肠和结肠标本中回收活性细胞的标准化流程，填补了新鲜肠道组织分离技术之外的方法空白 | 未明确说明该方案在不同组织类型或不同冷冻保存条件下的通用性验证 | 开发从冷冻保存胃肠内镜活检组织中分离活性细胞并应用于单细胞RNA测序的可靠方法 | 冷冻保存的十二指肠和结肠内镜活检组织样本 | 数字病理学 | 消化道疾病 | scRNA-seq | NA | 单细胞转录组数据 | 单一冷冻保存的胃肠内镜活检组织 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Gel Bead-in-Emulsion (GEM) 生成和文库制备 |
| 19 | 2026-05-28 |
Protocol for spatially resolved pathology scores using optimal transport on spatial transcriptomics data
2026-May-20, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2026.104584
PMID:42160174
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研究方案 | 提供了一种利用最优传输在空间转录组数据上量化病理学评分的方案 | 首次利用最优传输方法将疾病与健康组织的空间转录组点对应，从而生成每个点的病理学评分 | 未明确提及限制，可能需要依赖健康组织参考数据 | 开发一种量化空间转录组数据中病理学评分的新协议 | 人类和小鼠的空间转录组数据集 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | 支持向量回归 | 空间转录组数据 | 多个人类和小鼠数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 20 | 2026-05-28 |
A Counterfactual Framework for Directional Cell-Cell Interaction Analysis in Spatial Transcriptomics
2026-May-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.05.716510
PMID:42005861
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研究论文 | 提出一个基于反事实推理的框架，用于空间转录组学中定向细胞-细胞相互作用分析，无需配体-受体先验知识 | 首次将反事实干预框架引入空间转录组学，用于量化细胞间的定向影响，无需依赖配体-受体对先验信息 | 依赖核心级引导决策和模型假设，在极其复杂的组织微环境中可能忽略更细微的相互作用 | 开发一种统计严谨且可扩展的模型化方法，用于空间转录组学中基于反事实的定向依赖分析 | Xenium胆管癌组织微阵列（38个核心）中的肿瘤细胞、免疫细胞和基质细胞 | 数字病理学 | 胆管癌 | 空间转录组学 | 邻域条件图模型 | 空间转录组学数据（Xenium平台） | 38个核心（Xenium胆管癌组织微阵列） | 10x Genomics | 空间转录组学 | Xenium | Xenium组织微阵列（TMA） |