单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-10-01	Illuminating lymphoid tissue HIV reservoirs: advanced assays and their relevance to achieving an HIV cure 2025-Nov-01, Current opinion in HIV and AIDS IF:4.5Q1 DOI:10.1097/COH.0000000000000974 PMID:40891589	综述	本文综述了用于可视化和表征淋巴组织HIV病毒库的先进检测技术及其在实现HIV治愈中的意义	整合了活体显微镜、空间转录组学、新一代测序和多重单细胞分析等创新技术，首次系统揭示HIV病毒库的异质性和病毒潜伏逆转动态	作为综述文章，未涉及原始实验数据，主要基于现有研究进展进行分析和总结	探讨先进检测技术在HIV病毒库研究中的应用及其对治愈策略开发的指导意义	淋巴组织中的HIV病毒库	传染病研究	HIV/艾滋病	活体显微镜、空间转录组学、新一代测序、多重单细胞分析	NA	图像数据、测序数据、单细胞数据	NA
2	2025-10-01	Decoding chicken growth regulation through multi-omics insights and emerging genetic tools for growth optimization 2025-Oct, Poultry science IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.psj.2025.105542 PMID:40652768	综述	本文系统综述了鸡生长性状的遗传调控机制，整合多组学数据和新兴基因工具以促进精准育种	强调单细胞RNA测序在解析生长相关组织细胞异质性中的应用，结合CRISPR/Cas9基因组编辑技术开辟精准育种新途径	现有遗传变异发现尚未充分应用于可持续家禽生产，关键知识空白仍需填补	解析鸡生长性状的遗传调控网络，开发精准育种策略以提升家禽生产效率	鸡的生长性状（体重和生长）及其遗传调控机制	基因组学与生物信息学	NA	多组学（基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、CRISPR/Cas9基因组编辑、GWAS、QTL定位	NA	基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据、代谢组数据	NA
3	2025-10-01	Infiltrating macrophages replace Kupffer cells and play diverse roles in severe alcohol-associated hepatitis 2025-Oct, Cellular & molecular immunology IF:21.8Q1 DOI:10.1038/s41423-025-01343-1 PMID:40962953	研究论文	本研究揭示严重酒精相关性肝炎中浸润巨噬细胞替代库普弗细胞并发挥多种作用	首次通过单细胞RNA测序鉴定sAH中独特的C1Q巨噬细胞亚群，并发现其在清除凋亡中性粒细胞中的补偿作用	实验模型与人类疾病存在物种差异，需要进一步验证这些发现	探究严重酒精相关性肝炎中单核源性巨噬细胞的功能和作用机制	酒精性肝硬化患者和严重酒精相关性肝炎患者的肝脏移植样本，以及酒精性肝损伤实验小鼠模型	病理学	酒精性肝病	单细胞RNA测序	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	人类肝脏移植样本（sAH和AC患者）和基因敲除小鼠模型
4	2025-10-01	Plasma proteome correlations with liver stiffness in pediatric cholestasis implicate epithelial to mesenchymal transition 2025-Oct-01, Hepatology communications IF:5.6Q1 DOI:10.1097/HC9.0000000000000796 PMID:41021277	研究论文	本研究通过分析儿童胆汁淤积性肝病患者的血浆蛋白质组与肝脏硬度测量值的相关性，揭示了疾病特异性蛋白质特征及其与上皮-间质转化的关联	首次在多种儿童胆汁淤积性疾病中系统分析血浆蛋白质组与肝脏硬度的相关性，并发现上皮-间质转化通路在所有三种疾病中均显著富集	样本量相对有限（总187例），且为横断面研究无法确定因果关系	探索儿童胆汁淤积性肝病患者血浆蛋白质组与肝脏硬度测量值的相关性及其临床意义	胆道闭锁（93例）、α-1抗胰蛋白酶缺乏症（31例）、Alagille综合征（46例）患儿及健康儿童对照（17例）	数字病理学	肝胆疾病	慢解离率修饰适体扫描分析、振动控制弹性成像、单细胞转录组学	弹性网络回归、机器学习模型	蛋白质组数据、临床参数、转录组数据	187名儿童（93例胆道闭锁、31例α-1抗胰蛋白酶缺乏症、46例Alagille综合征、17例健康对照）
5	2025-10-01	Platelet-derived growth factor signaling in porcine testicular tubular somatic cells 2025-Oct, Cell and tissue research IF:3.2Q3 DOI:10.1007/s00441-025-04004-x PMID:40839115	研究论文	本研究探讨血小板衍生生长因子信号在猪睾丸管状体细胞中的作用及其对细胞功能和形态发生的影响	首次在高等哺乳动物猪模型中系统研究PDGF信号通路在睾丸体细胞间的通讯机制，并发现PDGF抑制通过影响细胞骨架和初级纤毛调控睾丸形态发生	初级纤毛调控的PDGF信号在睾丸中的具体作用机制尚未明确	阐明PDGF信号通路在猪睾丸体细胞相互作用和形态发生中的功能	1周龄幼猪睾丸管状体细胞	细胞生物学	NA	scRNA-seq，睾丸类器官培养	NA	单细胞转录组数据，形态学数据	幼猪睾丸组织样本
6	2025-10-01	Mechanisms of dexamethasone-induced bone toxicity in developing bone: a single-cell perspective 2025-Oct, JBMR plus IF:3.4Q2 DOI:10.1093/jbmrpl/ziaf146 PMID:41025095	研究论文	本研究通过单细胞转录组学揭示地塞米松对发育中骨骼的毒性机制	首次从单细胞层面系统揭示地塞米松对发育骨骼中成骨细胞、软骨细胞和B细胞谱系的影响	研究仅使用雄性小鼠模型，未考虑性别差异；剂量反应关系需进一步验证	阐明地塞米松诱导发育骨骼毒性的分子机制	骨骼未成熟的C57BL/6JRj雄性小鼠	骨骼发育生物学	骨骼发育障碍	单细胞RNA测序、微计算机断层扫描	NA	基因表达数据、影像数据	未明确说明具体样本数量的雄性小鼠群体
7	2025-10-01	LAG3 as a Tumor Suppressor and Immune Regulator in Cervical Cancer: From Functional Validation to Therapeutic Strategy 2025-Oct, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.71278 PMID:41025546	研究论文	本研究系统分析宫颈癌中焦亡相关基因特征并验证LAG3的肿瘤抑制和免疫调节功能	首次建立基于焦亡相关基因的预后模型，并通过多组学分析和功能实验证实LAG3在宫颈癌中的双重作用	研究主要基于公共数据库数据，临床样本验证有待进一步加强	系统表征宫颈癌中焦亡相关基因特征并探索其预后和治疗价值	宫颈癌患者和宫颈癌细胞系	肿瘤免疫学	宫颈癌	多组学分析、单细胞RNA测序、Western blot、CCK-8、集落形成、transwell实验、皮下肿瘤模型	LASSO-Cox回归模型、共识聚类	基因组数据、转录组数据、单细胞测序数据、实验数据	TCGA和GEO数据库的宫颈癌多组学数据，包含单细胞数据集GSE171894和GSE168652
8	2025-10-01	Comparative single-cell genomics of two uncultivated Naegleria species harboring Legionella cobionts 2025-Sep-30, mSphere IF:3.7Q2 DOI:10.1128/msphere.00352-25 PMID:40862623	研究论文	本研究通过单细胞基因组测序分析两种携带军团菌共生体的未培养耐格里属阿米巴原虫	首次从单个细胞中同时获得高度完整的真核和细菌共生体基因组组装，并鉴定出类似植物病原菌TAL效应蛋白的新型军团菌效应蛋白	研究仅针对两种未培养的耐格里属物种，样本来源单一	探索环境中原生动物与细胞内细菌病原体的共生关系及其进化机制	从英国利姆河分离的两种未培养耐格里属阿米巴原虫及其携带的军团菌共生体	基因组学	传染病	单细胞基因组测序	NA	基因组数据	两个单细胞样本（分别来自两种耐格里属物种）
9	2025-10-01	[Single-cell transcriptomic analysis reveals immune dysregula-tion and macrophage reprogramming in diabetic foot ulcers] 2025-Sep-30, Zhejiang da xue xue bao. Yi xue ban = Journal of Zhejiang University. Medical sciences DOI:10.3724/zdxbyxb-2025-0464 PMID:41025297	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了糖尿病足溃疡中免疫失调和巨噬细胞重编程的机制	首次构建了糖尿病足溃疡的单细胞图谱，揭示了巨噬细胞在COMPLEMENT和SPP1通路中的关键信号调控作用	样本量相对有限，需要更大规模的研究验证	阐明糖尿病足溃疡中巨噬细胞介导的炎症和组织损伤机制	糖尿病足溃疡患者和非溃疡糖尿病足患者的皮肤组织样本	单细胞转录组学	糖尿病足溃疡	单细胞RNA测序	无偏聚类分析	单细胞转录组数据	79,272个高质量细胞转录组
10	2025-10-01	Transcriptome Analysis Identified SPP1-Positive Monocytes as a Key in Extracellular Matrix Formation in Thrombi 2025-Sep-30, Journal of the American Heart Association IF:5.0Q1 DOI:10.1161/JAHA.125.044299 PMID:41025474	研究论文	本研究通过转录组分析发现SPP1阳性单核细胞在血栓细胞外基质形成中起关键作用	首次识别出SPP1高表达的单核/巨噬细胞亚群在血栓成熟过程中的核心作用，并揭示其与成纤维细胞的密切通讯	样本量有限（3例血栓用于RNA分析，66例用于验证），且主要基于脑血管血栓研究	探究血栓成熟的分子机制，特别是细胞外基质形成过程	人类血栓样本（来自脑血管和肺动脉）	生物信息学	脑血管疾病	RNA测序、单细胞RNA测序、免疫组织化学、通路富集分析、蛋白质-蛋白质相互作用分析	NA	基因表达数据、单细胞测序数据、组织染色图像	3例脑血管血栓用于RNA分析，66例脑血管血栓用于免疫组化验证，另使用肺动脉血栓单细胞测序数据
11	2025-10-01	YBX1&YBX3 as novel targets to potentiate immune checkpoint blockade response in gliomas 2025-Sep-30, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noaf227 PMID:41025501	研究论文	本研究揭示了CHK2-YBX1&YBX3调控枢纽在胶质瘤免疫逃避中的关键作用，并提出靶向该枢纽可增强免疫检查点阻断疗法的疗效	首次发现CHK2-YBX1&YBX3形成相互正调控枢纽，并证明靶向该枢纽可解除促炎基因表达抑制，增强抗原呈递和CD8⁺ T细胞增殖	研究主要基于临床前胶质瘤模型，尚未在人体临床试验中验证	探究胶质瘤内在免疫逃避机制并开发联合免疫治疗策略	人源和小鼠胶质瘤细胞系及临床前胶质瘤模型	肿瘤免疫学	胶质母细胞瘤	免疫共沉淀-质谱联用、磷酸化蛋白质组学、RNA测序、ChIP-seq、单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	蛋白质相互作用数据、转录组数据、表观遗传数据、单细胞测序数据	人源和小鼠胶质瘤细胞系及临床前动物模型
12	2025-10-01	Single cell RNA-sequencing reveals no evidence for meiotic sex chromosome inactivation in the threespine stickleback fish 2025-Sep-29, PLoS genetics IF:4.0Q1 DOI:10.1371/journal.pgen.1011875 PMID:41021609	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示三刺棘鱼在精子发生过程中不存在减数分裂性染色体失活现象	首次在三刺棘鱼中发现性染色体在减数分裂期间保持基因表达活性，未观察到MSCI特征	研究仅针对单一物种，需在其他鱼类物种中进一步验证	探究三刺棘鱼是否发生减数分裂性染色体失活及其对Y染色体演化的影响	三刺棘鱼(Gasterosteus aculeatus)的性染色体和精子发生过程	基因组学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、免疫荧光	NA	基因表达数据、图像数据	未明确样本数量，但涉及多个精子发生阶段的分析
13	2025-10-01	Scproca: A Cross-Attention-Enhanced Deep Generative Model for Single-Cell Transcriptomics and Proteomics Integration and Imputation 2025-Sep-29, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1 DOI:10.1109/JBHI.2025.3615771 PMID:41021958	研究论文	提出一种基于交叉注意力机制的深度生成模型scProca，用于单细胞转录组学和蛋白质组学数据的整合与填补	通过交叉注意力机制整合细胞间关系，能够处理异质性输入数据，在高度蛋白质稀疏性下仍保持稳健性能	NA	开发能够整合单细胞转录组学和蛋白质组学数据的深度学习方法	单细胞RNA测序数据和转录组学-蛋白质组学共分析数据	机器学习	复杂疾病	scRNA-seq, 转录组学和蛋白质组学共分析	深度生成模型, 交叉注意力机制	单细胞转录组数据, 蛋白质组数据	NA
14	2025-10-01	Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix Domain Containing 1 Promotes Hepatocellular Carcinoma Progression by Regulating Transforming Growth Factor Beta Receptor 1 in the Tumor Immune Microenvironment 2025-Sep-29, Genetic testing and molecular biomarkers IF:1.1Q4 DOI:10.1177/19450265251384161 PMID:41022542	研究论文	本研究探讨线粒体蛋白CHCHD1通过调控TGF-β1信号通路促进肝细胞癌进展的机制	首次揭示CHCHD1在肝细胞癌肿瘤免疫微环境中的作用机制，发现其通过调控TGF-β受体1影响免疫逃逸	研究主要基于细胞系实验，缺乏体内动物模型验证	探究CHCHD1在肝细胞癌进展中的分子机制及免疫调控功能	肝细胞癌组织和SMMC-7721细胞系	癌症生物学	肝细胞癌	转录组分析、单细胞RNA测序、基因集富集分析、免疫浸润分析、Transwell迁移/侵袭实验、Western blotting	NA	基因表达数据、蛋白质数据、临床数据	272例肝细胞癌组织和50例正常肝组织
15	2025-10-01	Hypothesis-generating evaluation of multi-armoured oncolytic HSV-1 (VG161) in intrahepatic cholangiocarcinoma: pooled insights from multicentre studies 2025-Sep-29, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2025-335904 PMID:41022576	研究论文	评估多效溶瘤病毒VG161在肝内胆管癌中的安全性和疗效，并探索其免疫机制	首次在晚期肝内胆管癌患者中评估表达IL-12、IL-15和PD-L1拮抗剂的多效溶瘤HSV-1病毒VG161，通过多组学分析揭示肿瘤微环境免疫重塑机制	样本量较小（24例患者），需要更大规模试验验证结果	探索新型溶瘤病毒疫苗VG161在晚期肝内胆管癌患者中的安全性、疗效和免疫机制	晚期肝内胆管癌患者	肿瘤免疫治疗	肝内胆管癌	多组学分析、单细胞转录组学、空间转录组学、超声引导肿瘤内注射	NA	临床数据、肿瘤活检样本、多组学数据	24例晚期肝内胆管癌患者
16	2025-10-01	GM-CSF-dependent CD301b+ mouse lung dendritic cells confer tolerance to inhaled allergens 2025-Sep-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-63547-3 PMID:41022687	研究论文	本研究识别了小鼠肺脏中具有Treg诱导活性的CD301b+ cDC2亚群，并揭示GM-CSF通过维持该亚群数量来促进吸入性过敏原的免疫耐受	首次发现肺脏定居的CD301b+ cDC2亚群具有强大的Treg诱导能力，并阐明其在过敏致敏过程中的动态转化机制	研究主要基于小鼠模型，人类中的相关性尚需验证	探究特定cDC亚群在调节过敏性哮喘免疫平衡中的作用机制	小鼠肺脏树突状细胞亚群和T细胞	免疫学	过敏性哮喘	单细胞RNA测序、过继转移实验	NA	基因表达数据、细胞表型数据	NA
17	2025-10-01	Brain-cervical lymph node crosstalk contributes to brain injury induced by subarachnoid hemorrhage in mice 2025-Sep-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-63544-6 PMID:41022690	研究论文	本研究揭示颈淋巴结通过淋巴内皮细胞吞噬红细胞并分泌组织蛋白酶S加剧蛛网膜下腔出血后脑损伤的机制	首次发现颈淋巴结中淋巴内皮细胞通过吞噬外渗红细胞并上调组织蛋白酶S表达促进神经炎症	研究仅限于小鼠模型，临床转化价值需进一步验证	阐明颈淋巴结在蛛网膜下腔出血诱导脑损伤中的具体作用机制	小鼠蛛网膜下腔出血模型及颈淋巴结细胞	神经科学	脑血管疾病	单细胞RNA测序、转基因小鼠模型、药理学抑制	动物疾病模型	基因表达数据、行为学数据、病理学数据	小鼠模型（具体数量未明确说明）
18	2025-10-01	mcRigor: a statistical method to enhance the rigor of metacell partitioning in single-cell data analysis 2025-Sep-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-63626-5 PMID:41022768	研究论文	提出一种统计方法mcRigor来检测和优化单细胞数据中元细胞划分的可靠性	开发了基于特征相关性的统计量来测量元细胞异质性，并采用双重置换方案推导零分布	NA	提高单细胞数据分析中元细胞划分的严谨性	单细胞RNA-seq和多组学(RNA+ATAC)数据	生物信息学	NA	单细胞RNA-seq, 多组学分析	统计方法	单细胞测序数据	NA
19	2025-10-01	The pericardium forms as a distinct structure during heart formation 2025-Sep-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-63599-5 PMID:41022776	研究论文	本研究揭示了心包膜在心脏形成过程中作为独立结构的发育起源	发现心包膜起源于侧板中胚层中专门的间皮祖细胞，这些细胞与经典心场不同，且其形成过程独立于心脏形成	研究主要基于斑马鱼模型，在哺乳动物中的验证仍需进一步研究	解析心包膜的发育起源及其在心脏形态发生中的作用	斑马鱼胚胎、哺乳动物模型、新生大鼠	发育生物学	小儿扩张型心肌病	单细胞转录组学、光片成像、机器学习辅助细胞追踪、遗传扰动	机器学习	图像、转录组数据	斑马鱼胚胎、哺乳动物模型和新生大鼠样本
20	2025-10-01	Dynamic cell fate plasticity and tissue reintegration drive functional adult synovial joint regeneration after complete resection 2025-Sep-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-63596-8 PMID:41022785	研究论文	本研究开发了成年斑马鱼单侧全关节切除模型，揭示了成年骨骼中潜在的分子和细胞程序能够驱动功能性滑膜关节的再生	首次发现成年脊椎动物骨骼中存在能够再生复杂滑膜关节的多能神经嵴衍生细胞群体	研究基于斑马鱼模型，在哺乳动物中的适用性需要进一步验证	探索如何刺激原生滑膜关节组织再生的机制	成年斑马鱼的滑膜关节	再生医学	关节疾病	microCT、组织学、活体成像、单细胞RNA测序(scRNAseq)	NA	影像数据、基因表达数据	成年斑马鱼关节切除模型