单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-09-29	Daytime SHP2 inhibitor dosing, when immune cell numbers are elevated, shrinks neurofibromas 2025-Dec, Life science alliance IF:3.3Q1 DOI:10.26508/lsa.202503359 PMID:40992926	研究论文	本研究探讨SHP2抑制剂在特定给药时间通过靶向单核细胞来源的巨噬细胞缩小神经纤维瘤的机制	发现SHP2抑制剂仅在白天给药时有效缩小肿瘤，揭示了药物疗效与髓系细胞浸润昼夜模式的关联	研究仅在动物模型中进行，尚未验证人类患者的适用性	研究SHP2抑制剂对神经纤维瘤体积和免疫微环境的影响	神经纤维瘤小鼠模型	肿瘤免疫学	神经纤维瘤	流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、细胞计数数据	NA
2	2025-09-29	Lichenoid graft-versus-host disease shows a high interferon score, with IFNAR1 inhibition preventing skin inflammation 2025-Oct, Journal of the European Academy of Dermatology and Venereology : JEADV IF:8.4Q1 DOI:10.1111/jdv.20760 PMID:40439472	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了苔藓样移植物抗宿主病的干扰素特征，并在小鼠模型中验证了IFNAR1抗体治疗的潜力	首次通过单细胞RNA测序揭示lGVHD皮肤的干扰素特征，并证明IFNAR1抗体可预防皮肤炎症	人类样本量较小（n=3），需要更大规模研究验证	解析苔藓样GVHD的免疫机制并评估阻断I型干扰素通路的效果	人类lGVHD皮肤样本和小鼠ccGVHD模型	免疫学	移植物抗宿主病	scRNA-Seq, bulk-RNA-Seq, 定量PCR, 微阵列数据分析	小鼠异基因移植模型	基因表达数据	人类皮肤样本：lGVHD 3例+健康对照4例（单细胞测序），lGVHD 13例+健康对照10例（PCR）；小鼠模型使用公开微阵列数据
3	2025-09-29	The bone marrow immune ecosystem shapes daratumumab acquired resistance in plasma cell myeloma 2025-Oct, Leukemia IF:12.8Q1 DOI:10.1038/s41375-025-02712-5 PMID:40750676	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和数字空间分析技术揭示了多发性骨髓瘤患者对达雷妥尤单抗获得性耐药的骨髓免疫生态系统机制	首次系统性地揭示了骨髓免疫生态系统中IFN-γ通过激活MYC调控网络诱导达雷妥尤单抗获得性耐药的新机制	样本量相对有限，需要更大规模的临床验证	探究多发性骨髓瘤对达雷妥尤单抗产生获得性耐药的免疫学机制	多发性骨髓瘤患者治疗前后的配对样本	肿瘤免疫学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序，数字空间分析，体外和体内实验	单细胞调控网络推断	单细胞RNA测序数据，空间转录组数据	配对治疗前后样本，4个外部验证队列（GSE24080、GSE136337、GSE57317和coMMpass）
4	2025-09-29	SPP1 exacerbates ischemic stroke by promoting ferroptosis induced brain injury 2025-Oct-01, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2025.152627 PMID:40957318	研究论文	本研究揭示SPP1通过PI3K/AKT信号通路加剧铁死亡诱导的脑损伤，从而恶化缺血性卒中	首次发现SPP1通过调控PI3K/AKT信号通路促进脑缺血再灌注损伤中的铁死亡过程	研究主要基于细胞和动物模型，尚未在临床样本中验证	探究SPP1在缺血性卒中中的作用机制及其与铁死亡的关系	HT22细胞系和小鼠MCAO/R模型	分子生物学	缺血性卒中	单细胞测序、Western blot、蛋白组学分析、免疫荧光、电子显微镜	NA	蛋白质表达数据、显微镜图像、活性氧定量数据	HT22细胞系和小鼠模型（具体数量未明确说明）
5	2025-09-29	Computational Analysis of Exosome-Derived Signature in TNBC: Integrating Single-Cell and Bulk Transcriptomics for Prognosis Prediction 2025-Oct, Clinical and translational science DOI:10.1111/cts.70368 PMID:40994257	研究论文	通过整合单细胞和批量转录组数据，开发基于外泌体相关基因的三阴性乳腺癌预后预测模型	首次结合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，从外泌体相关基因构建预后特征，并发现其与肿瘤免疫微环境的关联	需要进一步验证EDPS与外泌体生物学的直接关系	探索外泌体相关基因在三阴性乳腺癌预后预测中的作用	三阴性乳腺癌患者样本	计算生物学	乳腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、批量RNA测序、机器学习	整合机器学习、Cox回归	基因表达数据	10个TNBC样本的31,140个细胞，TCGA和METABRIC队列的批量RNA-seq数据
6	2025-09-29	How Single-Cell Transcriptomics of Hydractinia Is Informing the Evolution of Cnidarian Sensory Systems 2025-Sep-26, Integrative and comparative biology IF:2.2Q1 DOI:10.1093/icb/icaf090 PMID:40504553	综述	本文综述了利用水螅虫单细胞转录组学研究刺胞动物感觉系统的演化	构建了更新的水螅虫单细胞转录组图谱，探索细胞类型特异性标记和再生机制	NA	研究刺胞动物感觉系统的演化和细胞生物学	水螅虫（Hydractinia）的细胞类型和感觉系统	发育生物学	NA	单细胞转录组学、CRISPR/Cas9基因敲除、shRNA敲低、转基因报告系统	NA	转录组数据	两种水螅虫物种（H. symbiolongicarpus和H. echinata）的实验室克隆系
7	2025-09-29	Shedding Light on Patterns of Unconventional Expression of Opsin Genes in Hydra vulgaris 2025-Sep-26, Integrative and comparative biology IF:2.2Q1 DOI:10.1093/icb/icaf100 PMID:40581592	研究论文	本研究通过分析水螅的单细胞RNA测序数据，揭示了视蛋白基因在神经元和非神经元细胞类型中的非常规表达模式	首次系统性地描述了水螅中视蛋白基因在非神经元细胞类型中的广泛表达，并发现其在发育过程中的动态表达模式	研究基于已发表的测序数据，缺乏实验验证视蛋白在非神经元细胞中的具体功能	探究刺胞动物中非神经元细胞视蛋白表达的普遍性及其潜在功能	淡水水螅(Hydra vulgaris)的细胞类型和分化状态	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), ATAC-seq	NA	基因表达数据, 染色质可及性数据	基于已发表的水螅单细胞测序数据集
8	2025-09-29	Integrated single-cell transcriptomics and Mendelian randomization identify neutrophil-associated biomarker genes in colorectal cancer 2025-Sep-25, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03452-9 PMID:40996626	研究论文	本研究通过整合单细胞转录组学与孟德尔随机化分析，识别出结直肠癌中与中性粒细胞相关的关键生物标志物基因PRDX1和FTH1	首次结合单细胞RNA测序、孟德尔随机化和共定位分析系统鉴定中性粒细胞相关基因在结直肠癌中的因果作用	研究主要基于生物信息学分析，实验验证相对有限	揭示中性粒细胞浸润在结直肠癌中的作用机制并识别关键基因	结直肠癌患者的中性粒细胞及相关基因	生物信息学	结直肠癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、孟德尔随机化(MR)、共定位分析(coloc)、免疫组化验证	NA	基因表达数据、eQTL数据	来自GEO数据库(GSE231559)和BioBank Japan(BBJ-a-107)的多个独立队列
9	2025-09-29	Identification of immunosuppressive CD4+ T-cell subtype and construction of prognostic model for hepatocellular carcinoma 2025-Sep-25, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03556-2 PMID:40996677	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序鉴定肝细胞癌中免疫抑制性CD4+ T细胞亚型并构建预后模型	首次识别SPP1+TNFRSF18+ CD4+ T细胞作为肝细胞癌免疫逃逸的关键驱动因素，并构建基于9个基因的预后预测模型	样本量相对有限（16例患者），需要更大规模队列验证	阐明CD4+ T细胞在肝细胞癌免疫逃逸中的作用机制并开发预后预测工具	肝细胞癌患者肿瘤组织中的免疫细胞	生物信息学	肝细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、GSVA、SCENIC、CellChat、LASSO Cox回归、分子对接和动力学模拟	LASSO Cox回归模型	基因表达数据	16例肝细胞癌患者（GSE149614），TCGA-LIHC队列和GSE109211验证队列
10	2025-09-29	Mechanically activated snai1b coordinates the initiation of myocardial delamination for trabeculation 2025-Sep-24, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-62285-w PMID:40993149	研究论文	本研究揭示机械激活的snai1b阳性心肌细胞通过启动分层过程协调心脏肌小梁形成的机制	首次发现snai1b阳性心肌细胞在机械力激活下启动分层过程，且这些细胞不表现典型的上皮-间质转化特征	研究主要基于斑马鱼模型，在哺乳动物中的适用性需进一步验证	探究心肌细胞分层和肌小梁形成的分子机制	斑马鱼胚胎心肌细胞	发育生物学	心血管疾病	CRISPR激活/抑制、单细胞转录组测序、空间转录组学、4-D应变分析	斑马鱼模型	基因表达数据、影像数据	4天受精后斑马鱼心室心肌细胞
11	2025-09-29	Lung NR3C1+ and CXCR6high T cells distinguish immunopathogenesis of human emphysema 2025-Sep-24, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08698-1 PMID:40993192	研究论文	通过单细胞RNA测序分析揭示肺气肿中T细胞亚群的免疫病理特征	首次发现NR3C1+和CXCR6high CD4 T细胞亚群在肺气肿中的特异性分布及其与肺功能的相关性	研究样本量有限，仅基于两个独立单细胞测序数据集	探究T细胞在吸烟者慢性阻塞性肺疾病肺气肿发病机制中的作用	人类肺组织样本中的T细胞亚群	数字病理学	慢性阻塞性肺疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	两个独立的人类肺组织单细胞测序数据集
12	2025-09-29	Amyloid-β-driven Alzheimer's disease reshapes the colonic immune system in mice 2025-Sep-23, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116109 PMID:40885186	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术揭示了阿尔茨海默病小鼠模型中结肠免疫系统的变化及其与大脑的关联	首次在阿尔茨海默病模型中系统揭示肠道免疫系统变化与大脑免疫细胞迁移的关联，并发现菊粉益生元纤维的干预效果	研究基于小鼠模型，人类相关性需进一步验证	探索阿尔茨海默病中肠脑轴的免疫学特征	5XFAD淀粉样蛋白小鼠模型的结肠免疫细胞和大脑组织	免疫学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序，流式细胞术，生物信息学分析	NA	基因表达数据，流式细胞数据	5XFAD阿尔茨海默病小鼠模型
13	2025-09-29	A multi-omic analysis to investigate the causal associations between circulating proteins and risk of spontaneous abortion and their potential implications 2025-Sep-22, JBRA assisted reproduction DOI:10.5935/1518-0557.20250031 PMID:40674570	研究论文	通过孟德尔随机化分析循环蛋白与自然流产风险的因果关系	整合多组学数据（蛋白质组、转录组）探索自然流产的遗传机制和细胞类型特异性表达	排除了性别间差异表达的蛋白质，可能存在遗漏重要生物标志物的风险	探究循环蛋白与自然流产风险的因果关系及潜在治疗靶点	自然流产相关遗传变异和循环蛋白	生物信息学	自然流产	孟德尔随机化、pQTL分析、KEGG通路富集、单细胞转录组分析	NA	遗传数据、蛋白质表达数据、单细胞转录组数据	NA
14	2025-09-29	Piezo1 promotes M1 macrophage polarization and impairs osteogenic differentiation in bone infection 2025-Sep-07, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2025.168042 PMID:40925468	研究论文	本研究探讨Piezo1在骨感染中促进巨噬细胞M1极化并损害成骨分化的机制	首次揭示Piezo1通过介导巨噬细胞与骨髓间充质干细胞的相互作用影响骨感染中的骨再生过程	研究主要基于动物模型和体外实验，人类临床验证尚需进一步研究	探究Piezo1在骨感染过程中对巨噬细胞极化和成骨分化的调控作用	大鼠感染性骨缺损模型、人类感染骨组织、小鼠单核巨噬细胞和骨髓间充质干细胞	骨生物学	骨感染	bulk RNA测序、单细胞RNA测序、间接共培养实验	动物模型、细胞共培养模型	基因表达数据、细胞功能数据	大鼠模型、人类骨组织样本、小鼠细胞系
15	2025-09-29	Dissecting microbial communities with single-cell transcriptome analysis 2025-Sep-04, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adp6252 PMID:40906858	综述	本文综述了单细胞转录组分析技术在微生物群落研究中的应用进展与挑战	将单细胞基因表达分析技术从人类生物学领域扩展到微生物群落研究，揭示微生物亚群间的功能异质性	技术应用仍面临挑战，未明确说明具体技术限制	解析微生物群落功能及其在人类健康与疾病中的作用	微生物群落，特别是肠道微生物群落	微生物组学	肠道相关疾病	单细胞转录组分析，单细胞基因表达分析	NA	基因表达数据	NA
16	2025-09-29	Single-cell analysis of human fibrous dysplasia bone reveals a fibrotic transcriptome and GNAS variants in endothelial, perivascular, and stromal cells 2025-Sep-04, American journal of human genetics IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.ajhg.2025.07.018 PMID:40848713	研究论文	通过单细胞RNA测序分析人类纤维性发育不良骨组织，揭示纤维化转录组特征及GNAS变异在多种细胞类型中的分布	首次在骨骼基质谱系外的内皮细胞和周细胞中发现GNAS c.602G>A和c.601C>T变异，并鉴定出跨FD细胞谱系的共同纤维化转录组特征	样本来源仅限于人类骨组织，未涉及其他组织或动物模型验证	探究体细胞嵌合对纤维性发育不良疾病机制的细胞和分子影响	人类纤维性发育不良和非FD骨组织中的非造血细胞	单细胞基因组学	纤维性发育不良	单细胞RNA测序、GNAS基因分型、BaseScope检测	NA	单细胞转录组数据	FD和非FD人类骨组织样本（具体数量未明确说明）
17	2025-09-29	Tenascin-C Expression in Relation to Tumor-Stroma Interaction in Ameloblastoma 2025-Sep-03, Laboratory investigation; a journal of technical methods and pathology DOI:10.1016/j.labinv.2025.104237 PMID:40912374	研究论文	本研究探讨了细胞外基质糖蛋白Tenascin-C在成釉细胞瘤进展中的作用及其与肿瘤-基质相互关系的关联	首次发现成釉细胞瘤细胞分泌TN-C至基质中，并通过肿瘤-基质相互作用增强TN-C表达，促进肿瘤细胞迁移	研究主要基于体外实验和有限的组织样本，需要更大规模的临床验证	阐明TN-C在成釉细胞瘤进展中的分子机制及其临床意义	成釉细胞瘤组织标本和AM-1细胞系	病理学	成釉细胞瘤	免疫组织化学、RNA原位杂交、共培养实验、空间转录组学	细胞共培养模型	组织图像、基因表达数据	成釉细胞瘤组织标本和细胞系
18	2025-09-29	GreenCells: A comprehensive resource for single-cell analysis of plant lncRNAs 2025-Sep-03, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2025.110678 PMID:40912654	研究论文	开发了专门用于单细胞水平植物lncRNA研究的综合数据库GreenCells	首个专门针对植物lncRNA的单细胞数据库，填补了现有数据库主要关注蛋白质编码基因的空白	NA	研究植物长链非编码RNA在单细胞水平的表达和功能	8种植物物种的单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	整合8种植物物种的scRNA-seq数据，识别2177个lncRNA标记基因和68,869个蛋白质编码标记基因
19	2025-09-29	Glioblastoma shift from bulk to infiltrative growth is guided by plexin-B2-mediated microglia alignment in invasive niches 2025-Sep, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-025-00985-4 PMID:40442367	研究论文	本研究通过免疫活性小鼠模型揭示了胶质母细胞瘤从团块生长向浸润生长转变的机制，发现小胶质细胞通过plexin-B2介导的排列引导肿瘤细胞集体迁移	首次发现小胶质细胞在肿瘤浸润前沿形成'oncostreams'结构引导集体迁移，并鉴定plexin-B2在解决细胞碰撞和细胞外基质重构中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证仍需进一步扩展	探究胶质母细胞瘤浸润生长的细胞机制和微环境调控	胶质母细胞瘤细胞、肿瘤相关小胶质细胞和巨噬细胞(TAMs)	癌症生物学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、免疫组织化学、基因敲除	免疫活性小鼠模型	基因表达数据、组织图像数据	小鼠模型和人类胶质母细胞瘤样本
20	2025-09-29	A Human Immuno-Lung Organoid Model to Study Macrophage-Mediated Lung Cell Senescence Upon SARS-CoV-2 Infection 2025-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202503932 PMID:40712141	研究论文	本研究开发了人源免疫-肺类器官模型，用于研究SARS-CoV-2感染后巨噬细胞介导的肺细胞衰老机制	建立了包含hPSC来源肺泡和气道类器官与巨噬细胞共培养的免疫-肺类器官模型，首次发现THBS1-(ITGA3+ITGB1)信号轴在驱动肺细胞衰老中的作用	NA	研究SARS-CoV-2感染后巨噬细胞介导的肺损伤机制	非COVID和COVID-19肺组织样本、人源免疫-肺类器官模型	数字病理	COVID-19	空间转录组分析(NanoString CosMx)、类器官培养	免疫-肺类器官模型	空间转录组数据、组织样本	非COVID和COVID-19肺组织外植体和尸检样本