单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-06-19	Single-cell transcriptomic profiling of the whole colony of Botrylloides diegensis: insights into tissue specialization and blastogenesis 2025-Oct-15, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.204265 PMID:40406997	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术对Botrylloides diegensis整个群体进行了转录组分析，揭示了细胞异质性并鉴定了细胞和组织标记	首次对整个B diegensis群体进行单细胞转录组测序，鉴定了29个主要细胞簇，并揭示了胃上皮特定区域的分子标记	NA	解析B diegensis群体的细胞异质性，鉴定细胞和组织标记，理解其发育和组织功能	Botrylloides diegensis群体（包括个体、芽体和血管被膜）	发育生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)，原位杂交	NA	单细胞转录组数据	整个B diegensis群体（具体数量未明确说明）
2	2025-06-19	A dual-targeting strategy to inhibit colorectal cancer liver metastasis via tumor cell ferroptosis and cancer-associated fibroblast reprogramming 2025-Oct, Bioactive materials IF:18.0Q1 DOI:10.1016/j.bioactmat.2025.05.025 PMID:40530415	研究论文	本文提出了一种双靶向策略，通过诱导肿瘤细胞铁死亡和重编程癌症相关成纤维细胞来抑制结直肠癌肝转移	利用单细胞转录组学鉴定关键驱动因素，并设计双靶向纳米系统实现肿瘤细胞铁死亡和CAFs重编程的双重协同效应	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	开发一种新型治疗策略以克服结直肠癌肝转移的治疗挑战	结直肠癌细胞和癌症相关成纤维细胞	肿瘤学	结直肠癌	单细胞转录组学	NA	转录组数据	临床结直肠癌样本和多种小鼠模型（原位、肝转移和患者来源的肿瘤异种移植人源化免疫小鼠模型）
3	2025-06-19	Integrating scRNA-seq to explore offspring neurodevelopmental toxicity induced by Cyfluthrin exposure during pregnancy: A fate decision for NSCs 2025-Jul-15, Journal of hazardous materials IF:12.2Q1 DOI:10.1016/j.jhazmat.2025.138205 PMID:40209410	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术探索了孕期暴露于氟氯氰菊酯对子代神经发育的毒性机制	首次构建了孕期暴露于氟氯氰菊酯的子代大脑海马单细胞图谱，揭示了神经干细胞命运改变是导致发育毒性的主要原因	研究仅在大鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探究孕期氟氯氰菊酯暴露对子代神经发育的毒性作用机制	孕期暴露于氟氯氰菊酯的大鼠及其子代	神经毒理学	神经发育障碍	scRNA-seq	NA	基因表达数据	不同年龄段的子代大鼠
4	2025-06-19	TMEM55A-mediated PI5P signalling regulates alpha cell actin depolymerisation and glucagon secretion 2025-Jul, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-025-06411-9 PMID:40140059	研究论文	本文揭示了TMEM55A通过调控细胞内PI5P和F-肌动蛋白网络来调节α细胞胞吐作用和胰高血糖素分泌的新途径	发现TMEM55A通过PI5P信号通路调控α细胞F-肌动蛋白解聚和胰高血糖素分泌的新机制	研究主要基于体外实验，需要更多体内实验验证	验证TMEM55A及其潜在信号分子在α细胞功能和胰高血糖素分泌中的作用	人和小鼠的胰岛α细胞	细胞生物学	糖尿病	膜片钳电生理学、单细胞RNA测序、共聚焦显微镜	NA	电生理数据、RNA测序数据、显微镜图像数据	人类和小鼠胰岛细胞
5	2025-06-19	RFX3 is essential for the generation of functional human pancreatic islets from stem cells 2025-Jul, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-025-06424-4 PMID:40263183	研究论文	本研究探讨了调控因子X3（RFX3）在人类胰腺胰岛发育中的功能，使用诱导多能干细胞（iPSCs）衍生的胰岛类器官	首次揭示了RFX3在人类胰岛细胞分化中的关键作用及其在抑制肠嗜铬细胞（ECs）定向中的功能	研究主要基于体外模型，未涉及体内实验验证	探究RFX3在人类胰岛发育中的调控机制	人类诱导多能干细胞（iPSCs）衍生的胰岛类器官	干细胞与再生医学	糖尿病	CRISPR/Cas9基因编辑、单细胞RNA-seq、批量RNA-seq	基因敲除（KO）和过表达模型	基因表达数据	未明确提及具体样本数量，但使用了多个iPSC系
6	2025-06-19	Increased inflammation as well as decreased endoplasmic reticulum stress and translation differentiate pancreatic islets from donors with pre-symptomatic stage 1 type 1 diabetes and non-diabetic donors 2025-Jul, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-025-06417-3 PMID:40457096	研究论文	通过蛋白质组学方法研究无症状1型糖尿病前期患者胰岛中蛋白质变化及其潜在机制	首次应用无偏蛋白质组学方法揭示1型糖尿病前期患者胰岛中蛋白质变化及其功能影响	样本量较小（n=3），统计分析的可靠性可能受限	识别与β细胞功能障碍相关的胰岛通路	胰岛自身抗体阳性器官捐赠者的胰岛组织	蛋白质组学	1型糖尿病	MS-based蛋白质组学、激光显微切割、无标记定量	NA	蛋白质组数据	5例自身抗体阳性捐赠者（其中3例多抗体阳性）和5例非糖尿病对照
7	2025-06-19	Analysis of Hyperexpanded T Cell Clones in SARS-CoV-2 Vaccine-Associated Liver Injury by Spatial Proteomics and Transcriptomics 2025-Jul, Liver international : official journal of the International Association for the Study of the Liver IF:6.0Q1 DOI:10.1111/liv.70172 PMID:40522253	research paper	通过空间蛋白质组学和转录组学分析SARS-CoV-2疫苗相关肝损伤中的超扩增T细胞克隆	使用新型组合多重免疫荧光(mIF)-RNA原位杂交(RISH)方法和单细胞空间转录组学技术，在单细胞水平定位和表征超扩增CD8+ T细胞克隆	研究仅基于一名严重SVALI患者的肝脏样本，样本量有限	表征SARS-CoV-2疫苗相关肝损伤(SVALI)中的免疫浸润特征	一名严重SVALI患者的肝脏样本中的T细胞克隆	digital pathology	liver injury	T cell receptor sequencing, multiplex immunofluorescence (mIF)-RNA in situ hybridisation (RISH), single cell spatial transcriptomics (Xenium in situ platform)	NA	spatial proteomics and transcriptomics data	1名患者的肝脏样本
8	2025-06-19	Sp140L functions as a herpesvirus restriction factor suppressing viral transcription and activating interferon-stimulated genes 2025-Jun-24, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2426339122 PMID:40526717	研究论文	该研究揭示了Sp140L作为一种疱疹病毒限制因子，通过抑制病毒转录和激活干扰素刺激基因来发挥作用	首次发现Sp140L作为一种限制因子，能够连接病毒DNA的感知和转录抑制，与干扰素无关的先天免疫反应相关	研究主要关注EBV病毒，对其他疱疹病毒的普遍性需要进一步验证	探究疱疹病毒如何逃避宿主防御机制，特别是EBNA-LP蛋白在其中的作用	EBV病毒感染的B细胞	病毒学	多发性硬化症	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	EBNA-LP敲除（LPKO）感染的B细胞
9	2025-06-19	[Integrating single-cell analysis and epharmalib reverse virtual screening to predict novel vascular endothelial cell targets of dapagliflozin in treating diabetic cardiomyopathy] 2025-Jun-24, Zhonghua xin xue guan bing za zhi DOI:10.3760/cma.j.cn112148-20250213-00102 PMID:40528600	研究论文	本研究通过整合单细胞分析和ePharmaLib反向虚拟筛选技术，预测达格列净在治疗糖尿病心肌病中的血管内皮细胞新靶点	结合单细胞RNA测序和反向虚拟筛选技术，首次系统性地探索了达格列净在糖尿病心肌病中对内皮细胞异质性的影响及其潜在治疗靶点	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，人类临床相关性需要进一步验证	探究糖尿病心肌病中内皮细胞异质性并鉴定达格列净在心脏血管内皮细胞中的潜在治疗靶点	糖尿病心肌病小鼠模型和人脐静脉内皮细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序、ePharmaLib反向虚拟筛选、微阵列芯片分析、Western blot、实时逆转录聚合酶链反应	NA	基因表达数据、蛋白质相互作用数据	野生型小鼠和db/db小鼠（糖尿病心肌病模型）的单细胞RNA测序数据，高脂饮食并接受达格列净治疗的小鼠心脏组织芯片数据，人脐静脉内皮细胞体外实验
10	2025-06-19	Ginsenoside Compound K Mitigates Mitochondrial Fission Through Bile Acid Receptors/YAP Signaling to Counteract Podocyte Injury in Lupus Nephritis 2025-Jun-18, Phytotherapy research : PTR IF:6.1Q1 DOI:10.1002/ptr.8492 PMID:40528637	研究论文	本研究探讨了人参皂苷化合物K（CK）通过胆汁酸受体/YAP信号通路减轻线粒体分裂，从而对抗狼疮性肾炎中的足细胞损伤	揭示了CK通过调节胆汁酸受体-YAP轴来抑制线粒体过度分裂的新机制，为狼疮性肾炎提供了潜在的治疗策略	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人类临床试验中验证	探究CK在狼疮性肾炎中保护足细胞的分子机制	MRL/lpr小鼠和体外培养的足细胞	分子生物学与肾脏病学	狼疮性肾炎	单细胞RNA测序、代谢组学分析、体外实验	NA	基因表达数据、代谢物数据	MRL/lpr小鼠（具体数量未明确说明）和体外培养的足细胞
11	2025-06-19	Splenic CD169+Tim4+ Marginal Metallophilic Macrophages Are Essential for Wound Healing After Myocardial Infarction 2025-Jun-17, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.124.071772 PMID:40289811	研究论文	本研究揭示了脾脏CD169+Tim4+边缘金属性巨噬细胞在心肌梗死后伤口愈合中的关键作用	首次证明脾脏CD169+Tim4+边缘金属性巨噬细胞对心肌梗死后促消退和修复反应的必要性，并展示了其治疗潜力	研究主要基于小鼠模型，人类数据仅涉及循环单核细胞的观察	探究心肌梗死后伤口愈合的细胞机制	脾脏CD169+Tim4+边缘金属性巨噬细胞及其在心肌梗死后的功能	心血管疾病研究	心血管疾病	流式细胞术、单细胞RNA测序、谱系追踪、细胞追踪、脾切除术、联体共生、细胞过继转移	小鼠心肌梗死模型	流式细胞数据、单细胞RNA测序数据、功能表征数据	小鼠模型和人类ST段抬高型心肌梗死患者与稳定型冠心病对照组的血液样本
12	2025-06-19	Rescue of naïve porcine circovirus type 3 and its pathogenesis in CD pigs 2025-Jun-17, Journal of virology IF:4.0Q2 DOI:10.1128/jvi.00341-25 PMID:40353661	研究论文	本研究成功拯救了原始猪圆环病毒3型（PCV3）并研究了其在剖腹产猪（CD猪）中的致病机制	首次通过透射电子显微镜（TEM）观察到PCV3，并阐明了其在CD猪中的免疫抑制机制	由于病毒分离失败，原始PCV3在猪中的致病机制尚未准确阐明	研究PCV3的致病机制及其在CD猪中的免疫抑制效应	原始猪圆环病毒3型（PCV3）及剖腹产猪（CD猪）	病毒学	猪圆环病毒感染	免疫荧光检测（IFA）、Western blotting、透射电子显微镜（TEM）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	病毒颗粒、细胞荧光、组织样本	剖腹产猪（CD猪）及PK-15细胞
13	2025-06-19	Dissection of the global responses of mandarin fish pyloric cecum to an acute ranavirus (MRV) infection reveals the formation of serositis and then ascites 2025-Jun-17, Journal of virology IF:4.0Q2 DOI:10.1128/jvi.02308-24 PMID:40366173	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了急性MRV感染对鳜鱼幽门盲肠的影响，特别是浆膜层的病变及其与腹水形成的关系	首次在单细胞分辨率下分析了鳜鱼幽门盲肠对急性MRV感染的响应，揭示了病毒驱动的浆膜炎是导致严重腹水的根本原因	研究主要关注急性感染阶段，对慢性感染的影响未进行探讨	探究MRV感染鳜鱼幽门盲肠的病理机制及其与腹水形成的关系	鳜鱼幽门盲肠	鱼类病理学	病毒感染	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	NA
14	2025-06-19	Unraveling the cross-talk between a highly virulent PEDV strain and the host via single-cell transcriptomic analysis 2025-Jun-17, Journal of virology IF:4.0Q2 DOI:10.1128/jvi.00555-25 PMID:40396761	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示高致病性PEDV毒株与宿主之间的相互作用	发现PEDV可在B和T淋巴细胞中启动复制但无法产生感染性子代，并揭示了IFN-γ和IL-10信号在免疫平衡和组织稳态中的关键调控作用	未明确说明样本的具体来源和实验设计的细节	探究PEDV与宿主的相互作用及其对疾病进展和组织再生的影响	猪流行性腹泻病毒(PEDV)及其感染的仔猪空肠细胞	病毒学	猪流行性腹泻	单细胞测序	NA	转录组数据	19,612个空肠细胞（来自PEDV感染和对照仔猪）
15	2025-06-19	ECT2+ cell group acts as cancer stem cell in malignant pleomorphic adenoma 2025-Jun-17, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-00974-x PMID:40523903	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术构建了唾液腺多形性腺瘤癌(CXPA)的单细胞图谱，并鉴定了ECT2+细胞群作为CXPA中的癌症干细胞(CSC)	首次在CXPA中鉴定了ECT2+细胞群作为CSC，并证实其与肿瘤侵袭性和预后的关联	CXPA中CSC的研究仍处于初步阶段，需要更多样本验证	探究CXPA的肿瘤异质性和癌症干细胞特征	唾液腺多形性腺瘤癌(CXPA)患者肿瘤组织	癌症生物学	唾液腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	CXPA患者肿瘤组织(具体数量未明确说明)
16	2025-06-19	Single-cell transcriptomics analysis of the healing process of ligament rupture 2025-Jun-17, Bone & joint research IF:4.7Q1 DOI:10.1302/2046-3758.146.BJR-2024-0307.R3 PMID:40525225	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究韧带断裂愈合过程中的细胞和遗传学特征	首次在韧带组织中明确识别出肌腱细胞和成纤维细胞，并发现人类前交叉韧带组织中存在十种细胞群体	样本量较小（仅6例），且仅针对前交叉韧带组织进行研究	探索韧带断裂修复和愈合过程中的细胞和遗传学机制	健康个体和韧带断裂患者的前交叉韧带组织	单细胞转录组学	韧带损伤	scRNA-seq, 免疫组织化学技术	NA	单细胞基因表达数据	6例（3例健康个体和3例韧带断裂患者），共83,195个细胞
17	2025-06-19	Single-cell dissection of prognostic architecture and immunotherap response in Helicobacter pylori infection-associated gastric cancer 2025-Jun-17, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.99337 PMID:40525824	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示幽门螺杆菌感染相关胃癌的分子异质性和免疫治疗反应的关键细胞和分子通路	揭示了幽门螺杆菌感染相关胃癌中恶性上皮细胞、血管生成相关肿瘤相关巨噬细胞和炎症性癌症相关成纤维细胞的分子特征及其相互作用	样本量较小（24例），且未进行体外或体内功能验证实验	解析幽门螺杆菌感染相关胃癌的分子特征并开发新的治疗策略	幽门螺杆菌感染相关胃癌患者（当前感染、既往感染和无感染）及健康对照	数字病理学	胃癌	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	24例（9例当前感染、3例既往感染、6例无感染胃癌患者及6例健康对照）
18	2025-06-19	Multidimensional bioinformatics analysis of chondrosarcoma subtypes and TGF-β signaling networks using big data approaches 2025-Jun-17, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02931-3 PMID:40526169	研究论文	通过单细胞RNA测序和生物信息学分析，研究软骨肉瘤的细胞亚型、信号网络及基因表达模式，以发现潜在治疗靶点	利用单细胞RNA测序技术揭示软骨肉瘤的细胞异质性，识别关键的TGF-β信号网络和细胞间通讯机制	研究样本可能有限，且未涉及大规模临床验证	解析软骨肉瘤的分子机制并识别潜在治疗靶点	软骨肉瘤的临床和实验样本	生物信息学	软骨肉瘤	scRNA-seq, UMAP/t-SNE, GSEA	机器学习模型	基因表达数据	临床和实验软骨肉瘤样本（具体数量未明确说明）
19	2025-06-19	Exploring genetic causal relationships between spinal cord injury and glioma: a Mendelian randomization study 2025-Jun-17, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02919-z PMID:40526188	research paper	本研究利用孟德尔随机化方法探索脊髓损伤与胶质瘤之间的遗传因果关系	首次应用孟德尔随机化方法研究脊髓损伤与胶质瘤的遗传关联，并结合多种统计方法和多组学数据进行验证	样本量有限，仅使用四个SNP作为工具变量，且不同统计方法结果存在不一致性	探究脊髓损伤与胶质瘤之间潜在的遗传因果关系	脊髓损伤患者和胶质瘤患者的遗传数据	genetic epidemiology	glioma	Mendelian Randomization, RNA-sequencing, single-cell RNA sequencing	MR Egger regression, Inverse Variance Weighted (IVW), Weighted mode	genetic data, RNA-seq data	FinnGen R11 release数据集和TCGA/GEO数据库样本
20	2025-06-19	Single-cell and bulk transcriptome analysis identifies B-cell subpopulations and associated cancer subtypes with distinct clinical and molecular characteristics 2025-Jun-17, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands) DOI:10.1007/s13402-025-01082-5 PMID:40526246	研究论文	该研究通过单细胞和批量转录组分析，识别了B细胞亚群及其相关的癌症亚型，并揭示了这些亚群在临床和分子特征上的差异	整合了14个单细胞RNA测序数据集，识别了8个B细胞亚群，并构建了预测癌症预后和免疫治疗反应的模型	研究仅基于转录组数据，未涉及蛋白质水平或其他功能实验验证	研究B细胞亚群在泛癌中的临床和分子特征及其对癌症预后和免疫治疗反应的影响	B细胞亚群及其相关的癌症亚型	生物信息学	癌症	scRNA-seq, 空间转录组分析	预测模型	转录组数据	102,504个细胞来自424名患者，涵盖15种癌症类型