单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-07-06	Single-cell sequencing reveals the expansion and diversity of T cell subsets in the bone marrow microenvironment of chronic myeloid leukemia 2025-Sep, Genes & diseases IF:6.9Q1 DOI:10.1016/j.gendis.2025.101626 PMID:40612663	研究论文	通过单细胞测序技术揭示了慢性髓性白血病（CML）患者骨髓微环境中T细胞亚群的扩增和多样性变化	首次在单细胞水平上系统解析了CML患者骨髓T细胞图谱，发现了CD8终末效应（TE）细胞的显著增加及CD4初始T细胞的减少	研究样本量未明确说明，且仅聚焦于T细胞亚群未涵盖其他免疫细胞类型	解析CML骨髓免疫微环境中T细胞亚群的动态变化	慢性髓性白血病患者的骨髓T细胞	单细胞组学	慢性髓性白血病	多层级单细胞测序（含T细胞受体测序）	NA	单细胞转录组数据	未明确（CML患者骨髓样本）
2	2025-07-06	Exploring the untapped potential of single-cell and spatial omics in plant biology 2025-Aug, The New phytologist DOI:10.1111/nph.70220 PMID:40398874	综述	本文探讨了单细胞和空间组学技术在植物生物学中的未开发潜力及其当前应用	强调了单细胞和空间组学技术在植物生物学中的新兴应用及其未来潜力	植物特有的技术挑战如细胞壁复杂性和抗体资源有限	推动植物科学领域的重大发现	植物生物学中的单细胞和空间组学技术	植物生物学	NA	单细胞转录组、染色质可及性分析、空间转录组学、多组学、谱系追踪、分子记录、高通量遗传和化学扰动表型分析	NA	分子和细胞动态数据	多个模型植物物种
3	2025-07-06	Cellular heterogeneity and patterning strategies as revealed by upper respiratory epithelium single cell atlas 2025-Jul-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112845 PMID:40612507	研究论文	通过单细胞RNA测序和空间验证，生成了小鼠上呼吸道上皮细胞的细胞和分子图谱，揭示了18种上皮细胞类型及其空间分布	首次结合单细胞RNA测序和空间验证技术，系统性地描绘了上呼吸道上皮细胞的异质性和空间分布模式	研究仅基于小鼠模型，人类上呼吸道可能存在差异	解析上呼吸道上皮细胞的异质性和空间分布模式	小鼠上呼吸道上皮细胞	单细胞组学	NA	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	NA
4	2025-07-06	Identification of novel macrophages and bone morphogenetic protein signals causing ectopic calcification and impairing muscle regeneration 2025-Jul-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112841 PMID:40612505	研究论文	本文研究了异位钙化的机制，发现F4/80(+)Csf1r(-)巨噬细胞和BMP信号在异位钙化中的作用，并提出BMP抑制剂作为潜在治疗方法	发现了F4/80(+)Csf1r(-)巨噬细胞在钙化肌肉中的特异性增加，并证实BMP信号和内皮-间质转化(EndoMT)在异位钙化中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类临床应用的转化需要进一步验证	探究异位钙化的分子机制并寻找潜在治疗靶点	小鼠肌肉组织中的巨噬细胞和BMP信号通路	分子生物学	肌肉疾病	单细胞测序分析、谱系追踪分析	小鼠模型	基因表达数据	使用notexin和BaCl注射的小鼠模型
5	2025-07-06	Deciphering the tumor immune microenvironment: single-cell and spatial transcriptomic insights into cervical cancer fibroblasts 2025-Jul-05, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-025-03432-5 PMID:40616092	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了宫颈癌中癌症相关成纤维细胞（CAFs）的异质性及其在肿瘤免疫微环境中的作用	整合单细胞RNA测序、空间转录组学和解卷积分析，识别了宫颈癌中成纤维细胞亚型及其在肿瘤免疫微环境中的关键作用，特别是通过MDK-SDC1信号轴	研究主要基于体外实验和有限的临床样本，需要更多体内实验和大规模临床验证	探索宫颈癌中癌症相关成纤维细胞的异质性及其在肿瘤免疫微环境中的作用，寻找潜在的治疗靶点	宫颈癌组织样本和癌症相关成纤维细胞	数字病理学	宫颈癌	scRNA-seq, 空间转录组学, 解卷积分析, FACS, 多重免疫荧光	预后模型	RNA-seq数据, 图像数据	未明确提及具体样本数量，但包括人类宫颈癌组织样本和培养细胞
6	2025-07-06	Single-cell analysis of dup15q syndrome reveals developmental and postnatal molecular changes in autism 2025-Jul-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61184-4 PMID:40615364	研究论文	通过单细胞和单核RNA测序技术，研究dup15q综合征在自闭症谱系障碍中的分子变化	揭示了dup15q综合征在胎儿期器官样发育和青少年-成年期死后大脑中的分子变化，以及与特发性自闭症共享的转录负担模式	研究依赖于死后大脑样本和iPSCs衍生的器官样，可能无法完全反映活体情况	研究dup15q综合征在自闭症谱系障碍中的分子机制	dup15q患者来源的iPSCs皮质器官样和死后大脑样本	遗传学与神经科学	自闭症谱系障碍	单细胞RNA测序、单核RNA测序、空间转录组学	NA	RNA测序数据	dup15q患者来源的iPSCs皮质器官样和死后大脑样本
7	2025-07-06	Reduced somatosensory innervation alters the skeletal transcriptome at a single cell level in a mouse model of type 2 diabetes 2025-Jul-04, Bone research IF:14.3Q1 DOI:10.1038/s41413-025-00436-x PMID:40615376	研究论文	本研究通过高脂饮食（HFD）喂养小鼠，探究了2型糖尿病模型中体感神经减少对骨骼转录组的单细胞水平影响	首次结合单细胞RNA测序（scRNA-Seq）和体外实验，揭示了糖尿病骨骼病变中神经-骨骼信号传导的改变	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	探究糖尿病外周神经病变（DPN）对骨骼代谢的影响机制	高脂饮食诱导的2型糖尿病小鼠模型	糖尿病研究	2型糖尿病	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，使用高脂饮食喂养的小鼠
8	2025-07-06	Divide-and-conquer strategy with engineered ossification center organoids for rapid bone healing through developmental cell recruitment 2025-Jul-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61619-y PMID:40615395	研究论文	本研究通过工程化构建类似骨化中心的器官样体（OCO），采用‘分而治之’策略促进大尺寸骨缺损的快速愈合	创新性地设计了包含内核心骨形态发生和神经营养球体及外壳促血管生成神经营养相的OCO，通过单细胞RNA测序揭示了发育模拟干细胞群的主导作用	研究未明确OCO在长期骨再生中的稳定性和潜在副作用	探索通过工程化器官样体促进大尺寸骨缺损快速再生的新方法	骨缺损修复	组织工程	骨缺损	3D打印、单细胞RNA测序、机器学习	机器学习	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
9	2025-07-06	DOLPHIN advances single-cell transcriptomics beyond gene level by leveraging exon and junction reads 2025-Jul-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61580-w PMID:40615408	研究论文	介绍了一种名为DOLPHIN的深度学习方法，利用外显子和连接读取数据改进单细胞转录组分析	DOLPHIN通过整合外显子水平和连接读取数据，将基因表示为图结构，并使用变分图自编码器改进细胞嵌入，从而在细胞聚类、生物标志物发现和选择性剪接检测方面表现出优越性能	未提及具体的技术实现细节和计算资源需求	改进单细胞转录组分析，提高细胞表征质量和下游分析能力	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞测序	变分图自编码器	单细胞转录组数据	NA
10	2025-07-06	Multi-omics and experimental validation reveal mechanism of compound mylabris capsules in treating diffuse large B-cell lymphoma 2025-Jul-04, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-09767-5 PMID:40615583	研究论文	本研究通过多组学分析和实验验证揭示了复方斑蝥胶囊（CMC）治疗弥漫性大B细胞淋巴瘤（DLBCL）的机制	首次结合多组学分析和实验验证，阐明了CMC中主要成分豆甾醇通过调控CDK1和CDK2等靶点发挥抗DLBCL作用的分子机制	研究主要基于体外实验，缺乏体内动物模型验证	探究复方斑蝥胶囊治疗弥漫性大B细胞淋巴瘤的作用机制	弥漫性大B细胞淋巴瘤（DLBCL）细胞	生物医学	弥漫性大B细胞淋巴瘤	多组学分析（包括单细胞RNA测序）、分子对接、分子动力学模拟、体外细胞实验	NA	基因表达数据、蛋白质相互作用数据	来自GEO和TCGA数据库的DLBCL相关数据集
11	2025-07-06	Combining spatial transcriptomics and AI to enhance brain tumour diagnosis 2025-Jul-04, Nature reviews. Cancer DOI:10.1038/s41568-025-00851-6 PMID:40615732	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
12	2025-07-06	Brain macrophages and pial fibroblasts promote inflammation in a hypomyelination model 2025-Jul-04, Acta neuropathologica communications IF:6.2Q1 DOI:10.1186/s40478-025-02063-3 PMID:40615895	research paper	本研究探讨了在低髓鞘化模型中，脑巨噬细胞和软脑膜成纤维细胞如何促进炎症反应	揭示了脑巨噬细胞和软脑膜成纤维细胞在慢性炎症性神经病变中的关键作用及其相互作用机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类疾病中得到验证	阐明难治性神经系统疾病中慢性进行性神经功能缺损的机制	Pdgfra条件性敲除导致低髓鞘化的新生小鼠大脑皮层	神经科学	神经系统疾病	单细胞RNA测序、组织学分析	小鼠基因敲除模型	基因表达数据、组织学图像	NA
13	2025-07-06	Uncovering key markers and therapeutic targets for renal fibrosis in diabetic kidney disease through bulk and single-cell RNA sequencing 2025-Jul-04, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06554-8 PMID:40615901	研究论文	通过批量RNA测序和单细胞RNA测序，揭示了糖尿病肾病中肾纤维化的关键标志物和治疗靶点	结合WGCNA、ssGSEA、机器学习和单细胞RNA测序技术，构建了FibrosisScore模型，并识别出PROM1和THY1作为肾纤维化的关键基因	研究结果需要在更大规模的临床样本中进行验证，且分子对接筛选的化合物需要进一步的体内外实验验证	识别糖尿病肾病中肾纤维化的关键基因和潜在治疗靶点	糖尿病肾病患者的肾组织样本和STZ诱导的糖尿病肾病小鼠模型	生物信息学	糖尿病肾病	WGCNA, ssGSEA, scRNA-seq, 分子对接	FibrosisScore模型	RNA测序数据	两个DKD数据集和Nephroseq V5数据库的临床数据
14	2025-07-06	The reprogramming impact of SMAC-mimetic on glioblastoma stem cells and the immune tumor microenvironment evolution 2025-Jul-04, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-025-03452-1 PMID:40616096	research paper	本研究探讨了SMAC模拟物Xevinapant对胶质母细胞瘤干细胞（GSCs）和肿瘤微环境（TME）的重编程影响	首次在单细胞水平评估Xevinapant对GBM的抗肿瘤及免疫TME调节作用，并发现其能激活抗肿瘤效应免疫反应	研究主要基于体外和动物模型，临床转化效果尚需进一步验证	开发针对胶质母细胞瘤干细胞同时重编程肿瘤微环境的新型治疗策略	人类和小鼠的胶质母细胞瘤干细胞及肿瘤微环境	肿瘤免疫治疗	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、体外存活实验、原位移植模型	NA	基因表达数据、生存数据	人类和小鼠GSCs样本（具体数量未明确说明）
15	2025-07-06	The impact of T cells on immune-related liver diseases: an overview 2025-Jul-04, Inflammation and regeneration IF:5.0Q1 DOI:10.1186/s41232-025-00387-0 PMID:40616144	综述	本文综述了T细胞在免疫相关肝病中的作用及其生物学机制	利用单细胞RNA测序和空间转录组学等组学技术，揭示了T细胞在肝纤维化进展和恢复中的新作用	免疫相关肝病领域仍存在重大未满足需求	探讨T细胞在非病毒性肝病中的作用及最新治疗策略	T细胞及其在自身免疫性肝炎（AIH）、原发性硬化性胆管炎（PSC）、原发性胆汁性胆管炎（PBC）和代谢相关脂肪性肝炎（MASH）中的作用	免疫学	肝病	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	NA	NA
16	2025-07-06	Unraveling the oxidative stress landscape in diabetic foot ulcers: insights from bulk RNA and single-cell RNA sequencing data 2025-Jul-04, Biology direct IF:5.7Q1 DOI:10.1186/s13062-025-00672-5 PMID:40616164	研究论文	本研究通过生物信息学和初步验证方法揭示了糖尿病足溃疡(DFU)中的氧化应激景观	首次使用单细胞和批量RNA测序数据结合机器学习算法，揭示了DFU中氧化应激相关基因BCL2和FOXP2的诊断标志物潜力，并发现了成纤维细胞在DFU中的新型致病机制	研究结果需要进一步的体内实验验证，且样本量相对有限	揭示糖尿病足溃疡中氧化应激的分子机制并寻找潜在诊断标志物	糖尿病足溃疡患者的RNA测序数据及体外培养的成纤维细胞	生物信息学	糖尿病足溃疡	单细胞RNA测序，批量RNA测序，机器学习算法(SVM-RFE, LASSO, RF)	机器学习模型(SVM, LASSO, 随机森林)	RNA测序数据	31,787个细胞(来自单细胞RNA测序数据)和未明确数量的批量RNA测序样本
17	2025-07-06	Bi-allelic variants in POPDC2 cause an autosomal recessive syndrome presenting with cardiac conduction defects and hypertrophic cardiomyopathy 2025-Jul-03, American journal of human genetics IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.ajhg.2025.04.016 PMID:40409267	研究论文	该研究发现了POPDC2基因的双等位基因变异会导致一种表现为心脏传导缺陷和肥厚型心肌病的常染色体隐性综合征	首次将POPDC2基因的双等位基因变异与人类心脏传导缺陷和肥厚型心肌病联系起来，并通过实验证明这些变异会损害POPDC2与cAMP的结合能力及其对TREK-1钾通道的调节功能	肌肉活检未显示明显的肌病性病变，但POPDC1和POPDC2的丰度显著降低，这一现象的病理机制尚未完全阐明	探究POPDC2基因变异与心脏传导缺陷和肥厚型心肌病之间的关系	四个携带POPDC2双等位基因变异的家族成员	遗传学	心血管疾病	同源建模、体外电生理研究、单细胞RNA测序	NA	基因测序数据、电生理数据、RNA测序数据	四个家族成员及超过100万人的群体遗传数据
18	2025-07-06	Human airway submucosal gland organoids to study respiratory inflammation and infection 2025-Jul-03, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2025.05.013 PMID:40513559	研究论文	利用人类气道粘膜下腺体类器官研究呼吸道炎症和感染	首次利用长期培养的SAE和SMGs类器官模型研究其独特的生理特性，并发现CD13阳性分泌细胞对HCoV-229E的选择性易感性	研究仅关注了HCoV-229E病毒，未涉及其他呼吸道病原体	研究呼吸道炎症和感染的生理机制	人类气道粘膜下腺体(SMGs)和表面气道上皮(SAE)的类器官	生物医学研究	呼吸道感染	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	类器官模型	基因表达数据	NA
19	2025-07-06	Single-cell transcriptome-wide Mendelian randomization and colocalization analyses uncover cell-specific mechanisms in atherosclerotic cardiovascular disease 2025-Jul-03, American journal of human genetics IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.ajhg.2025.06.001 PMID:40555237	研究论文	本研究提出了一种结合单细胞水平上的顺式孟德尔随机化（MR）和共定位分析的单细胞转录组关联研究（TWAS）流程，用于揭示免疫细胞中基因表达对动脉粥样硬化性心血管疾病（ASCVD）风险的影响	开发了一种单细胞TWAS流程，结合了单细胞水平的顺式MR和共定位分析，显著提高了细胞特异性分辨率，发现了440个基因-结果关联，其中88%在批量TWAS中被遗漏	单细胞eQTL数据集的样本量相对较小	揭示免疫细胞中基因表达对动脉粥样硬化性心血管疾病（ASCVD）风险的影响	14种免疫细胞类型	基因组学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫组化	孟德尔随机化（MR）、共定位分析	单细胞转录组数据、GWAS数据	14种免疫细胞类型的单细胞eQTL数据集（样本量较小）
20	2025-07-06	N6-methyladenosine-mediated upregulation of MANF promotes ER stress resistance in renal cell carcinoma 2025-Jul-03, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07798-4 PMID:40603319	研究论文	本研究揭示了MANF通过m6A修饰上调促进肾细胞癌（RCC）中内质网应激抵抗的新机制	首次发现MANF通过m6A修饰调控在RCC进展中的作用，并阐明其通过抑制IRE1α磷酸化缓解内质网应激的具体机制	未涉及MANF靶向治疗在动物模型或临床中的验证	探索肾细胞癌治疗抵抗的新机制并寻找潜在治疗靶点	肾细胞癌（RCC）及其近端小管细胞前体	肿瘤生物学	肾细胞癌	单细胞转录组测序、m6A修饰分析	NA	转录组数据	NA