单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-08-10	Pan-cancer analysis of acetylcholinesterase (AChE) expression by a data-driven approach: future directions of AChE in cancer neuroscience 2025-Oct-08, Chemico-biological interactions IF:4.7Q1 DOI:10.1016/j.cbi.2025.111647 PMID:40651751	研究论文	通过数据驱动的方法对乙酰胆碱酯酶（AChE）在泛癌中的表达特征进行了全面的生物信息学分析	首次从泛癌角度揭示了AChE表达与癌症发展和预后的相关性，并预测了AChE在GBM进展中的潜在作用	研究结果基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	探究AChE表达与癌症发展和预后的关系	泛癌数据集和GBM患者的单细胞RNA测序数据	癌症神经科学	多种癌症（包括胰腺癌、胶质母细胞瘤等）	生物信息学分析、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	来自TCGA和GTEx数据库的泛癌数据集以及GBM患者的单细胞RNA测序数据
2	2025-08-10	The m5C reader Alyref regulates cardiac remodeling post-myocardial infarction by modulating extracellular matrix protein synthesis in cardiac fibroblasts 2025-Oct, Biochimica et biophysica acta. Molecular cell research DOI:10.1016/j.bbamcr.2025.120011 PMID:40562236	研究论文	本研究探讨了m5C阅读器Alyref在心肌梗死后心脏重塑中的作用，特别是通过调节心脏成纤维细胞中细胞外基质蛋白的合成	首次揭示了Alyref通过调节Fbln1/Loxl1通路影响心脏成纤维细胞的增殖和转分化，进而调控心脏重塑的新机制	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，尚未在人体中进行验证	探究m5C修饰与心肌梗死后心脏重塑的关系	心肌梗死小鼠模型和缺氧诱导的原代新生心脏成纤维细胞	心血管疾病研究	心血管疾病	生物信息学分析、免疫荧光、组织病理学、Western blot、AAV感染	小鼠心肌梗死模型	基因表达数据、蛋白质数据	未明确说明样本数量
3	2025-08-10	Shared Lineage, Distinct Outcomes: Yap and Taz Loss Differentially Impact Schwann and Olfactory Ensheathing Cell Development Without Disrupting GnRH-1 Migration 2025-Oct, Glia IF:5.4Q1 DOI:10.1002/glia.70057 PMID:40631762	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和基因敲除实验，探讨了Yap和Taz转录因子在嗅鞘细胞（OECs）和施万细胞（SCs）发育中的作用及其对GnRH-1神经元迁移的影响	揭示了Yap和Taz在OECs和SCs发育中的不同作用，并发现尽管这些细胞的发育受到影响，GnRH-1神经元的迁移仍不受影响	研究仅在小鼠胚胎鼻组织中进行，尚未在人类或其他模型中验证	探究Yap和Taz在OECs和SCs发育中的作用及其对GnRH-1神经元迁移的影响	小鼠胚胎鼻组织中的嗅鞘细胞（OECs）、施万细胞（SCs）和GnRH-1神经元	神经科学	NA	单细胞RNA测序、基因敲除	Sox10-Cre小鼠	RNA测序数据	小鼠胚胎鼻组织
4	2025-08-10	Diverse Subpopulations of Reactive Astrocytes Following Chronic Toxoplasma Infection 2025-Oct, Glia IF:5.4Q1 DOI:10.1002/glia.70053 PMID:40635167	研究论文	本研究探讨了慢性弓形虫感染后反应性星形胶质细胞的多样性亚群及其功能特征	揭示了慢性神经炎症期间反应性星形胶质细胞亚群的动态变化及其功能特征，特别是发现了表达转甲状腺素的星形胶质细胞在免疫调节中的新作用	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证	探究慢性神经炎症期间反应性星形胶质细胞的亚群多样性及其功能演变	慢性弓形虫感染后的反应性星形胶质细胞	神经科学	神经感染性疾病	单细胞RNA测序	Lcn2CreERT2报告小鼠模型	基因表达数据	NA
5	2025-08-10	Current insight into HIV-1 persistence from single-cell transcriptome profiling in acutely treated cohorts of infection 2025-Sep-01, Current opinion in HIV and AIDS IF:4.5Q1 DOI:10.1097/COH.0000000000000962 PMID:40638066	review	本文综述了利用单细胞转录组学技术研究HIV-1急性感染治疗队列中病毒持久性机制的最新进展	利用scRNA-seq技术揭示HIV-1感染者体内细胞异质性，发现新的限制因子和潜伏因子，并鉴定病毒储存库细胞的标志物	主要基于急性感染治疗队列的研究结果，可能不适用于慢性感染情况	阐明HIV-1病毒储存库的形成和持久性机制	HIV-1感染者的单细胞	基因组学	HIV感染	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据	急性HIV-1感染治疗队列中的数十万个单细胞
6	2025-08-10	CYBB as a potential therapeutic target through influencing ferroptosis and macrophage in ovarian cancer 2025-Aug-09, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02891-8 PMID:40782134	研究论文	本研究探讨了CYBB基因在卵巢癌中通过调节铁死亡和巨噬细胞浸润的作用及其机制	首次发现CYBB基因在卵巢癌中通过调节巨噬细胞极化和铁死亡发挥关键作用，并验证其作为潜在治疗靶点的可能性	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏体内实验验证	探索CYBB基因在卵巢癌进展中的作用机制及其作为治疗靶点的潜力	卵巢癌相关基因CYBB及其对巨噬细胞和铁死亡的影响	肿瘤免疫学	卵巢癌	生物信息学分析、单细胞测序、体外细胞实验	TAMs共培养模型	基因表达数据、单细胞测序数据	4410个免疫相关卵巢基因和483个铁死亡相关基因
7	2025-08-10	CAR-engineered cytolytic Tregs reverse pulmonary fibrosis and remodel the fibrotic niche with limited CRS 2025-Aug-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.182050 PMID:40627450	研究论文	该研究开发了一种靶向FAP1的CAR-cTregs细胞疗法，用于治疗特发性肺纤维化（IPF），并在体外和动物模型中验证了其效果	结合CAR-T细胞的靶向杀伤优势和Tregs的免疫抑制功能，开发了新型CAR-cTregs疗法	研究仅在体外和动物模型中进行，尚未进行人体临床试验	开发针对特发性肺纤维化的新型细胞疗法	FAP1+肺泡成纤维细胞和CAR-cTregs细胞	细胞治疗	特发性肺纤维化	单细胞转录组分析、CAR-T细胞技术	动物模型（博来霉素诱导的肺纤维化模型）	基因表达数据、细胞功能实验数据	NA
8	2025-08-10	A human NK cell progenitor that originates in the thymus and generates KIR+NKG2A- NK cells 2025-Aug-08, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adv9650 PMID:40779632	research paper	该研究揭示了人类NK细胞前体在胸腺中的起源及其生成KIR+NKG2A- NK细胞的能力	首次鉴定出胸腺中的thyILC1前体细胞，并证明其是生成KIR+NKG2A- NK细胞的来源	未明确thyILC1前体细胞向KIR+NKG2A- NK细胞分化的具体分子机制	探究KIR+NKG2A- NK细胞的发育起源	人类NK细胞前体细胞(thyILC1)和KIR+NKG2A- NK细胞	免疫学	病毒感染和恶性肿瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	包括健康人和先天性胸腺发育不全患者样本
9	2025-08-10	Single cell approaches define the murine leptomeninges:cortical brain interface as a distinct cellular neighborhood comprised of neural and nonneural cell types 2025-Aug-08, eNeuro IF:2.7Q3 DOI:10.1523/ENEURO.0046-25.2025 PMID:40780964	研究论文	利用单细胞RNA测序和空间转录组学技术，描述了成年小鼠皮层界面屏障的细胞组成及其相互作用	首次定义了皮层界面屏障由三种主要细胞类型组成，并揭示了这些细胞间的生长因子mRNA富集及相互作用机制	研究仅限于成年小鼠模型，人类或其他物种的适用性尚不明确	阐明大脑表面与相邻脑膜之间界面屏障的细胞组成及其调控机制	成年小鼠皮层界面屏障的细胞类型	神经科学	NA	scRNA-seq, 单细胞空间转录组学, 形态学谱系追踪, 免疫染色	NA	单细胞转录组数据, 空间转录组数据	成年小鼠皮层组织
10	2025-08-10	Durable B-Cell Impairment While Sparing IgA B Cells After Ocrelizumab Therapy in Multiple Sclerosis 2025-Aug-08, Annals of clinical and translational neurology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/acn3.70135 PMID:40781066	research paper	该研究评估了多发性硬化症患者在ocrelizumab治疗前、治疗期间及治疗停止15个月后的早期B细胞谱变化	揭示了ocrelizumab治疗期间部分保留记忆IgA B细胞的现象，并发现治疗后重新出现的B细胞主要为具有炎症和迁移表型的幼稚B细胞	样本量较小，特别是治疗停止后仅分析了3名患者的数据	探究ocrelizumab在多发性硬化症中的作用机制及疾病病理生理学	早期未经治疗的多发性硬化症患者和健康志愿者	免疫学	多发性硬化症	光谱流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	细胞表型数据、基因表达数据	18名多发性硬化症患者和10名健康志愿者，其中3名患者在治疗停止后进行了进一步分析
11	2025-08-10	SWIFT-seq enables comprehensive single-cell transcriptomic profiling of circulating tumor cells in multiple myeloma and its precursors 2025-Aug-08, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-025-01006-0 PMID:40781193	研究论文	本文介绍了一种名为SWIFT-seq的单细胞测序工作流程，用于分析多发性骨髓瘤及其前体中的循环肿瘤细胞（CTCs）	开发了SWIFT-seq单细胞测序工作流程，能够对少量肿瘤细胞进行全面的转录组分析，并提出了基于测序的CTC计数策略和CTC分类器	未明确提及具体局限性	推进基于血液的多发性骨髓瘤诊断、监测和预后评估，并揭示肿瘤扩散的生物学机制	多发性骨髓瘤及其前体中的循环肿瘤细胞（CTCs）	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序，B细胞受体测序	CTC分类器	单细胞转录组数据	101名患者和健康捐赠者的配对骨髓和CTC样本
12	2025-08-10	LSGI: interpretable spatial gradient analysis for spatial transcriptomics data 2025-Aug-08, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03716-1 PMID:40781324	research paper	介绍了一种名为LSGI的计算框架，用于从空间转录组数据中系统识别具有显著且可解释的空间转录组梯度的空间位置	提出了一种新的计算框架LSGI，能够系统地识别和解释空间转录组梯度，揭示了肿瘤生物学中的新见解	未提及具体的样本量或数据集的多样性限制	研究空间转录组梯度在肿瘤异质性中的作用	肿瘤空间转录组数据	digital pathology	肿瘤	空间转录组学	NA	空间转录组数据	NA
13	2025-08-10	Combining single-cell and bulk RNA sequencing to identify CAF-related signature for prognostic prediction and treatment response in patients with melanoma 2025-Aug-08, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-14979-w PMID:40781483	研究论文	结合单细胞和批量RNA测序技术，识别与癌症相关成纤维细胞（CAF）相关的特征，用于黑色素瘤患者的预后预测和治疗反应评估	首次通过单细胞RNA测序数据识别黑色素瘤患者中的CAF，并构建了一个28基因的CAF特征模型，该模型在预测生存率和治疗反应方面表现出色	研究依赖于公开数据集和有限的独立验证队列，可能需要更大样本量的进一步验证	探索CAF在黑色素瘤肿瘤微环境中的作用，并开发预后预测模型	黑色素瘤患者和相关的CAF	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序（ScRNA-seq）、批量RNA测序、免疫组织化学（IHC）、免疫荧光（IF）、定量PCR（qPCR）	LASSO回归	RNA测序数据、临床样本	TCGA数据集和独立验证队列GSE65904，具体样本数量未明确说明
14	2025-08-10	Targeting immune microenvironment in cervical cancer: current research and advances 2025-Aug-08, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06896-3 PMID:40781691	综述	本文全面探讨了宫颈癌肿瘤免疫微环境（TIME）的细胞和分子组成，包括免疫细胞浸润模式、免疫检查点分子和细胞因子/趋化因子网络	重点介绍了通过高分辨率空间映射和单细胞测序技术理解TIME异质性的最新进展，以及针对不同疾病阶段和治疗方法的差异	NA	旨在提供针对TIME的转化视角，以改善宫颈癌患者的治疗效果	宫颈癌的肿瘤免疫微环境	肿瘤免疫学	宫颈癌	高分辨率空间映射、单细胞测序	NA	分子和细胞数据	NA
15	2025-08-10	Single-cell transcriptome profiling reveals blast cell heterogeneity and identifies novel therapeutic target IKZF2 in t(8;21) acute myeloid leukaemia 2025-Aug-08, British journal of haematology IF:5.1Q1 DOI:10.1111/bjh.70077 PMID:40781784	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示了t(8;21)急性髓系白血病中的白血病细胞异质性，并鉴定出IKZF2作为潜在治疗靶点	首次在单细胞水平上揭示了t(8;21)AML的白血病细胞异质性，并发现IKZF2是调控HSC样亚群的主调控因子	研究主要基于单细胞RNA测序数据，需要进一步实验验证IKZF2的临床治疗潜力	探索t(8;21)急性髓系白血病的细胞异质性并寻找新的治疗靶点	t(8;21)急性髓系白血病患者样本和小鼠模型	单细胞组学	急性髓系白血病	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	未明确说明样本数量，包括患者原代样本和小鼠模型
16	2025-08-10	Rapid generation of functional vascular organoids via simultaneous transcription factor activation of endothelial and mural lineages 2025-Aug-07, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2025.05.014 PMID:40516530	研究论文	本文提出了一种通过同时激活内皮细胞和壁细胞转录因子来快速生成功能性血管类器官的方法	使用正交激活ETV2和NKX3.1转录因子的方法，实现了内皮细胞和壁细胞的高效共分化，5天内生成功能性3D血管类器官	未提及具体的技术限制或潜在问题	开发快速生成功能性血管类器官的方法，用于血管建模、疾病研究和再生细胞治疗	诱导多能干细胞(iPSCs)	再生医学	血管疾病	Dox诱导系统或modRNA系统	血管类器官模型	单细胞RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
17	2025-08-10	ChemPerturb-seq screen identifies a small molecule cocktail enhancing human beta cell survival after subcutaneous transplantation 2025-Aug-07, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2025.06.002 PMID:40562034	研究论文	该研究结合化学筛选与单细胞RNA测序技术，开发了ChemPerturb-seq平台，用于系统分析小分子处理后人胰岛β细胞的分子变化，并发现了一种能增强移植后β细胞功能与存活的小分子混合物	开发了ChemPerturb-seq平台，结合化学筛选与单细胞RNA测序技术，系统性分析小分子处理后的分子变化，并发现性别特异性的小分子混合物增强移植效果	发现的小分子混合物在雌性小鼠中有效，但在雄性小鼠中效果有限，需进一步研究性别差异的机制	寻找能增强人胰岛β细胞移植后功能与存活的小分子混合物	人胰岛β细胞和原代胰岛	生物医学工程	糖尿病	scRNA-seq, ChemPerturb-seq	AI	单细胞RNA测序数据	人胰岛β细胞和原代胰岛，移植至雌性和雄性小鼠
18	2025-08-10	Co-development of mesoderm and endoderm enables organotypic vascularization in lung and gut organoids 2025-Aug-07, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2025.05.041 PMID:40592324	研究论文	本研究通过共分化中胚层和内胚层在同一个球体中，利用诱导多能干细胞（iPSCs）实现了肺和肠道类器官的血管化	利用BMP信号调节内胚层与中胚层的比例，生成具有组织特异性的内皮和上皮祖细胞，并通过单细胞RNA测序揭示了内皮和间充质的器官特异性基因特征	研究中使用的类器官移植到小鼠体内后的长期效果和功能整合尚未完全阐明	研究人类器官发生和疾病中复杂的细胞间通讯	肺和肠道类器官	生物医学工程	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
19	2025-08-10	TET2-mutant myeloid cells mitigate Alzheimer's disease progression via CNS infiltration and enhanced phagocytosis in mice 2025-Aug-07, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2025.06.006 PMID:40609533	research paper	该研究探讨了TET2突变的髓系细胞通过中枢神经系统浸润和增强吞噬作用减缓阿尔茨海默病（AD）进展的机制	揭示了TET2突变克隆性造血（CH）与迟发性AD风险降低47%的关联，并阐明了其通过外周髓系细胞浸润介导的保护机制	研究主要基于小鼠模型和UK Biobank数据，人类临床转化需进一步验证	探究克隆性造血与阿尔茨海默病病理进展的相互作用机制	TET2/DNMT3A突变髓系细胞、AD模型小鼠、人类iPSC来源的小胶质细胞	神经退行性疾病研究	阿尔茨海默病	scRNA-seq（单细胞RNA测序）、iPSC分化技术	AD小鼠模型	基因测序数据、行为学数据、病理学数据	UK Biobank人群数据、实验小鼠群体、iPSC衍生细胞系
20	2025-08-10	Bacterial ADP-heptose triggers stem cell regeneration in the intestinal epithelium following injury 2025-Aug-07, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2025.06.009 PMID:40651470	研究论文	研究发现细菌代谢物ADP-heptose通过ALPK1-TIFA信号通路触发肠道上皮干细胞再生	揭示了ALPK1-TIFA信号在肠道干细胞再生中的作用机制，并发现Paneth细胞是revSC诱导的起源细胞	研究主要基于小鼠模型，人体内的相关机制尚不清楚	探究ALPK1-TIFA信号通路在肠道干细胞再生中的作用	肠道上皮干细胞(ISCs)和再生干细胞(revSCs)	细胞生物学	肠道损伤	单细胞转录组学、谱系追踪实验	NA	基因表达数据	小鼠模型