单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-08-09	Tumor-infiltrating B cells produce tumor-specific antibodies and may contribute to suppressing tumor in head and neck squamous cell carcinoma 2025-Dec, Oncoimmunology IF:6.5Q1 DOI:10.1080/2162402X.2025.2543019 PMID:40778950	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序等技术，揭示了头颈部鳞状细胞癌中肿瘤浸润B细胞的作用及其产生的肿瘤特异性抗体在抗肿瘤免疫中的潜在贡献	首次证明扩增的肿瘤浸润B细胞能产生抗体，并通过激活肿瘤免疫参与头颈部鳞状细胞癌组织的肿瘤清除	研究主要基于68例样本，样本量相对有限，且机制研究仍需进一步验证	阐明肿瘤浸润B细胞在头颈部鳞状细胞癌中的免疫作用	头颈部鳞状细胞癌患者的肿瘤组织和肿瘤浸润B细胞	肿瘤免疫学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序、B细胞受体库分析、多重免疫荧光染色、空间转录组学分析	NA	单细胞RNA测序数据、免疫荧光图像、蛋白质微阵列数据	68例头颈部鳞状细胞癌切除标本
2	2025-08-09	Multi-omics integrative analysis reveals novel genetic loci and candidate genes for ischemic stroke 2025-Sep-09, Molecular therapy. Nucleic acids DOI:10.1016/j.omtn.2025.102633 PMID:40777745	研究论文	本研究通过整合多组学数据，揭示了缺血性中风的新遗传位点和候选基因	发现了124个新的与缺血性中风相关的遗传位点，并开发了基于大语言模型的智能助手StrokeGene	NA	探索缺血性中风的遗传基础，为精准医疗策略提供依据	缺血性中风相关的遗传位点和候选基因	基因组学	缺血性中风	GWAS, eQTL, pQTL, 单细胞RNA测序	大语言模型(LLMs)	基因组数据	三个大规模GWAS数据集(GWAS Catalog, MEGASTROKE, Open GWAS)
3	2025-08-09	Current insight into HIV-1 persistence from single-cell transcriptome profiling in acutely treated cohorts of infection 2025-Sep-01, Current opinion in HIV and AIDS IF:4.5Q1 DOI:10.1097/COH.0000000000000962 PMID:40638066	综述	本文综述了利用单细胞转录组学技术研究急性HIV-1感染队列中病毒持久性的最新进展	利用单细胞RNA测序技术揭示HIV-1感染急性期治疗队列中细胞的异质性，发现新的限制和潜伏因子，并识别携带病毒的细胞标志物和病毒库大小	NA	探讨HIV-1病毒库细胞的特性及其在抗逆转录病毒治疗中断后病毒反弹中的作用	HIV-1感染急性期治疗队列中的单细胞	生物医学	HIV-1感染	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	数十万个单细胞
4	2025-08-09	CAR-engineered cytolytic Tregs reverse pulmonary fibrosis and remodel the fibrotic niche with limited CRS 2025-Aug-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.182050 PMID:40627450	研究论文	本研究开发了一种靶向FAP1的CAR-cTregs细胞疗法，用于治疗特发性肺纤维化(IPF)，并展示了其在逆转纤维化和重塑纤维化微环境中的潜力	首次将CAR-T细胞的靶向杀伤优势与Tregs的免疫抑制功能相结合，开发出CAR-cTregs用于治疗IPF	研究主要基于博来霉素诱导的肺纤维化模型，尚未在人类IPF患者中进行验证	开发一种新型细胞疗法用于治疗特发性肺纤维化	FAP1+肺泡成纤维细胞和CAR-cTregs细胞	细胞免疫治疗	特发性肺纤维化	单细胞转录组分析、CAR-T细胞工程技术	博来霉素诱导的肺纤维化小鼠模型	基因表达数据、病理学数据	未明确说明具体样本量，使用小鼠模型进行研究
5	2025-08-09	Regulation of cortical neurogenesis by MED13L via transcriptional priming and its implications for MED13L syndrome 2025-Aug-08, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08532-8 PMID:40775066	研究论文	本研究通过基因敲除小鼠模型揭示了MED13L在皮质神经发生中的转录调控作用及其对MED13L综合征的影响	首次发现MED13L通过转录启动调控关键发育基因的表达，揭示了MED13L综合征的分子机制	研究仅在小鼠模型中进行，人类MED13L综合征的病理机制仍需进一步验证	探究MED13L在皮质神经发生中的分子机制及其与MED13L综合征的关系	MED13L基因敲除小鼠模型	神经发育生物学	神经发育障碍	单细胞转录组学、免疫荧光、多组学整合分析	基因敲除小鼠模型	基因表达数据、图像数据	MED13L基因敲除小鼠胚胎及成年小鼠
6	2025-08-09	S100A8/A9 Promotes Fibrosis in Iatrogenic Laryngotracheal Stenosis 2025-Aug-08, The Laryngoscope DOI:10.1002/lary.70008 PMID:40776636	research paper	该研究探讨了S100A8/A9在医源性喉气管狭窄(iLTS)发病机制中的作用	首次通过单细胞RNA测序和免疫荧光技术揭示了S100A8/A9在iLTS中的表达增加及其促纤维化作用	研究仅在小鼠模型中进行验证，尚未在人体临床试验中证实	阐明S100A8/A9在iLTS发病机制中的作用	医源性喉气管狭窄(iLTS)患者和小鼠模型	病理学	喉气管狭窄	单细胞RNA测序, 免疫荧光	小鼠模型	基因表达数据, 组织切片图像	人类iLTS标本和小鼠模型
7	2025-08-09	Spatial transcriptomics exploration of the primary neuroblastoma microenvironment in archived FFPE samples unveils novel paracrine interactions 2025-Aug-08, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.6457 PMID:40778592	研究论文	利用空间转录组学探索存档FFPE样本中原发性神经母细胞瘤微环境，揭示了新的旁分泌相互作用	首次在存档的FFPE样本中应用空间转录组学技术，识别了神经母细胞瘤微环境中的新空间信号轴	研究仅基于两名患者的样本，样本量较小	探索高风险神经母细胞瘤微环境的空间异质性和局部信号动态	高风险神经母细胞瘤患者的存档FFPE组织样本	数字病理学	神经母细胞瘤	空间转录组学	NA	空间转录组数据	两名患者的FFPE组织样本
8	2025-08-09	Inflammatory, transcriptomic, and cell fate responses underlying the mammalian transmission of avian influenza viruses 2025-Aug-08, Journal of virology IF:4.0Q2 DOI:10.1128/jvi.00647-25 PMID:40778772	研究论文	该研究通过分析雪貂鼻上皮对H1N1禽流感病毒的反应，揭示了与病毒空气传播表型相关的宿主反应	首次识别出与禽流感病毒空气传播相关的宿主反应特征，包括干扰素反应、细胞命运通路等	研究仅在雪貂模型中进行，尚未在人类中验证	探究禽流感病毒在哺乳动物中传播的宿主决定因素	H1N1禽流感病毒和雪貂鼻上皮组织	病毒学	禽流感	单细胞转录组学	NA	转录组数据	使用一组H1N1禽流感病毒感染的雪貂鼻上皮样本
9	2025-08-09	Targeting SPATS2 in lung adenocarcinoma: implications for prognosis and immune-based therapy 2025-Aug-08, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03179-7 PMID:40779087	研究论文	本研究探讨了SPATS2在肺腺癌中的表达模式及其与临床特征、预后的关联，并评估了其在肿瘤微环境中的作用	首次系统评估SPATS2在肺腺癌中的表达及其与免疫浸润和线粒体功能的关系，提出其作为预后生物标志物和治疗靶点的潜力	研究主要基于公共数据库和体外实验，缺乏体内实验验证和更大规模的临床样本验证	探究SPATS2在肺腺癌中的功能角色及其临床意义	肺腺癌组织和细胞系	肿瘤生物学	肺腺癌	转录组分析、单细胞RNA测序、siRNA敲除实验	NA	转录组数据、单细胞RNA测序数据、体外实验数据	来自TCGA、GTEx和GEO数据库的转录组数据，TISCH数据库的单细胞RNA测序数据(GSE131907)，以及A549细胞系
10	2025-08-09	Emodin Alleviates Sepsis-Induced Multiorgan Damage by Inhibiting NETosis through Targeting Neutrophils BCL-10 2025-Aug-08, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202417129 PMID:40779122	研究论文	本研究探讨了大黄素通过靶向中性粒细胞BCL-10抑制NETosis，从而减轻脓毒症引起的多器官损伤	发现大黄素通过靶向BCL-10抑制NETosis，调节BCL-10/MALT1复合物功能，进而抑制NF-κB信号通路激活	研究未涉及大黄素在其他疾病模型中的应用效果	探索大黄素在脓毒症治疗中的作用机制	脓毒症模型中的中性粒细胞及其NETs形成	医学研究	脓毒症	蛋白质微阵列、表面等离子共振(SPR)、pull-down实验、分子对接分析、单细胞测序	NA	实验数据	NA
11	2025-08-09	Integrating single-cell RNA sequencing and spatial transcriptomics reveals the therapeutic effect of nitazoxanide in head and neck squamous cell carcinoma 2025-Aug-08, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03372-8 PMID:40779144	研究论文	通过整合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了硝唑尼特在头颈鳞状细胞癌中的治疗作用	首次探索硝唑尼特通过调节自噬在头颈鳞状细胞癌中的作用，并利用多种生物信息学方法验证其机制	研究主要基于体外实验，缺乏体内实验验证	探索硝唑尼特在头颈鳞状细胞癌治疗中的潜力及其作用机制	头颈鳞状细胞癌（HNSCC）	数字病理学	头颈鳞状细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学、差异表达分析、功能富集分析、风险预后模型、L1000FWD分析	风险预后模型、nomogram模型	RNA测序数据、空间转录组数据	NA
12	2025-08-09	CREBBP Mutation as a Culprit for Negative SSTR2 PET in Neuroendocrine Tumors 2025-Aug-08, Molecular imaging and biology IF:3.0Q2 DOI:10.1007/s11307-025-02040-1 PMID:40779286	研究论文	本研究旨在探讨导致神经内分泌肿瘤（NETs）中68Ga-DOTATATE PET成像阴性的分子和遗传因素	通过整合全外显子测序（WES）和单细胞RNA测序（scRNA-seq），揭示了68Ga-DOTATATE PET阴性结果与NETs中基因突变之间的关联，特别是CREBBP突变的作用	样本量较小（18例患者），且为回顾性研究	阐明NETs中68Ga-DOTATATE PET成像阴性的分子机制	18例肺部、回肠或胰腺NETs患者	肿瘤学	神经内分泌肿瘤	全外显子测序（WES）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单细胞体细胞变异分析	NA	基因测序数据、PET/CT影像数据	18例患者
13	2025-08-09	Endothelial-like cancer-associated fibroblasts facilitate pancreatic cancer metastasis via vasculogenic mimicry and paracrine signalling 2025-Aug-07, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-333638 PMID:40122596	research paper	该研究识别了一种新型的前肿瘤性癌症相关成纤维细胞亚型，通过血管生成拟态和旁分泌信号促进胰腺癌转移	发现了FAPα+CD144+内皮样CAFs（endoCAFs）亚型，揭示了其通过CD144-β-catenin-STAT3信号轴的双重作用机制，并开发了靶向siRNA递送纳米系统	研究主要基于PDAC模型，对其他癌症类型的适用性尚不明确	识别并研究一种新型的前肿瘤性CAF亚型在胰腺癌转移中的作用	胰腺导管腺癌（PDAC）中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）	肿瘤生物学	胰腺癌	单细胞RNA测序、mIHC、细胞因子阵列分析、RNA测序、IP质谱、ChIP和荧光素酶分析	KPC小鼠模型（LSL-KrasG12D/+, LSL-Trp53R172H/+和Pdx1-Cre）	基因表达数据、蛋白质数据	未明确说明具体样本数量，但涉及细胞系、类器官、原位肿瘤模型和KPC小鼠模型
14	2025-08-09	Longitudinal single-cell analysis of glucagon-like peptide-2 treatment in the patients with short bowel syndrome 2025-Aug-07, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.194497 PMID:40773292	研究论文	本研究通过纵向单细胞RNA测序分析，探讨了GLP-2类似物治疗短肠综合征患者时肠道上皮细胞和免疫细胞的动态变化	首次使用纵向单细胞RNA测序技术结合微生物组分析，揭示了GLP-2类似物如何重塑肠道免疫和微生物环境	样本量较小（仅5名男性患者），且缺乏对照组	阐明GLP-2类似物治疗短肠综合征的分子机制	短肠综合征患者	单细胞组学	短肠综合征	scRNA-seq, 微生物组分析	NA	单细胞RNA测序数据, 微生物组数据	5名男性短肠综合征患者
15	2025-08-09	Molecular Mechanisms of Human Pancreatic Islet Dysfunction Under Overnutrition Metabolic Stress 2025-Aug-07, Diabetes IF:6.2Q1 DOI:10.2337/db24-1038 PMID:40773375	研究论文	本研究探讨了过度营养代谢压力下人类胰腺胰岛功能障碍的分子机制	首次在单细胞水平上全面描述了过度营养压力下胰岛细胞的基因表达变化，并揭示了α细胞和β细胞对葡萄糖脂毒性的不同敏感性	研究仅关注了葡萄糖和棕榈酸的特定浓度组合，可能无法完全反映体内复杂的代谢环境	阐明过度营养代谢压力导致胰岛功能障碍的分子机制	人类胰腺胰岛细胞	分子生物学	2型糖尿病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	人类胰岛细胞样本（具体数量未提及）
16	2025-08-09	Mouse cortical cellular diversification through lineage progression of radial glia 2025-Aug-07, Genes & development IF:7.5Q1 DOI:10.1101/gad.352826.125 PMID:40774817	research paper	研究通过时间序列单细胞RNA测序和核染色质可及性测序，揭示了小鼠皮层放射状胶质细胞在胚胎和出生后阶段分化为锥体神经元和胶质细胞的细胞内在程序	构建了反映细胞谱系进展的全面分子图谱，发现染色质可及性通过限制广泛表达的转录因子到特定阶段和细胞类型来驱动皮层细胞多样化	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他哺乳动物的皮层发育	探究皮层细胞多样化的细胞内在程序	小鼠皮层放射状胶质细胞及其分化的中间神经元祖细胞和中间胶质祖细胞	发育生物学	NA	scRNA-seq, snATAC-seq	NA	单细胞RNA测序数据, 核染色质可及性数据	小鼠皮层祖细胞在胚胎和出生后多个阶段的样本
17	2025-08-09	Mendelian randomization analysis of inflammatory biomarkers and hepatocellular carcinoma risk: genetic causality and single-cell transcriptomics 2025-Aug-07, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03357-7 PMID:40775116	research paper	该研究通过孟德尔随机化分析和单细胞转录组学验证，探讨了炎症生物标志物与肝细胞癌风险之间的因果关系	结合孟德尔随机化分析和单细胞转录组学方法，首次系统评估了多种炎症生物标志物与肝细胞癌风险的因果关系	样本量相对较小（仅4个HCC样本的单细胞数据），且仅基于遗传变异分析因果关联	阐明炎症生物标志物与肝细胞癌发生风险的因果关系	炎症生物标志物和肝细胞癌风险	生物信息学	肝细胞癌	孟德尔随机化分析（MR），单细胞RNA测序	MR Egger, 加权中位数, 逆方差加权等统计方法	遗传变异数据（SNPs），单细胞转录组数据	4个HCC样本（BT1306, BT1307, scrSOL004, scrSOL006）的单细胞数据，20-30个SNPs作为工具变量
18	2025-08-09	Integrative multi-omics reveals a regulatory and exhausted T-cell landscape in CLL and identifies galectin-9 as an immunotherapy target 2025-Aug-07, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61822-x PMID:40775219	research paper	该研究通过整合多组学数据揭示了慢性淋巴细胞白血病（CLL）中T细胞的调控和耗竭状态，并确定galectin-9作为免疫治疗靶点	首次在CLL淋巴结中发现T细胞的不同耗竭状态，并利用predicTCR分类器预测CLL反应性T细胞的富集，同时发现galectin-9作为潜在免疫治疗靶点	研究主要基于小鼠模型和有限的患者样本，临床转化仍需进一步验证	探索CLL中T细胞耗竭的机制并寻找新的免疫治疗靶点	CLL患者的血液、骨髓和淋巴结中的T细胞，以及CLL小鼠模型	digital pathology	chronic lymphocytic leukemia	single-cell RNA sequencing, mass cytometry, tissue imaging	predicTCR classifier	omics data, imaging data	CLL患者和小鼠模型的T细胞样本
19	2025-08-09	Analysis of individual patient pathway coordination in a cross-species single-cell kidney atlas 2025-Aug-07, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-025-02285-0 PMID:40775269	研究论文	通过创建跨物种单细胞肾脏图谱并开发计算工具CellSpectra，分析个体患者和跨物种间的细胞类型特异性分子变化	开发了CellSpectra计算工具，用于量化跨细胞功能的基因表达协调变化，并创建了包含超过100万个细胞的跨物种单细胞肾脏图谱	研究主要聚焦于肾脏和肺癌数据，可能不适用于其他疾病类型	推动单细胞方法在临床精准医学中的应用，帮助选择最接近患者样本特征的啮齿动物模型	人类和啮齿动物模型的肾脏细胞	数字病理学	肾脏疾病, 肺癌	单细胞RNA测序	CellSpectra	单细胞RNA测序数据	140个样本中的超过100万个细胞
20	2025-08-09	Multi-omics data reveal that SAA1 + fibroblasts exacerbate periodontitis by regulating macrophage inflammation and chemotaxis 2025-Aug-07, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06925-1 PMID:40775345	research paper	该研究通过多组学技术揭示了SAA1+成纤维细胞通过调节巨噬细胞炎症和趋化作用加剧牙周炎的机制	首次系统性地描述了SAA1+成纤维细胞在牙周炎中的促炎作用及其通过NF-κB信号通路调控巨噬细胞极化的分子机制	研究主要基于小鼠模型和细胞实验，尚未在人类临床样本中得到验证	探究牙周炎微环境中关键细胞群间的相互作用网络并寻找治疗靶点	牙周组织中的SAA1+成纤维细胞和巨噬细胞	digital pathology	periodontitis	scRNA-seq, spatial transcriptomics, bulk transcriptome analysis	NA	transcriptomic data, spatial transcriptomic data	65,979个牙周组织细胞