单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-09-01	Ontogeny-specific induction of the KMT2A::AFF1-fusion drives development of a distinct CD24 positive pre-leukemic state 2025-Sep, Leukemia IF:12.8Q1 DOI:10.1038/s41375-025-02665-9 PMID:40646135	研究论文	本研究通过新型小鼠模型揭示KMT2A::AFF1融合基因在胚胎期诱导产生的独特CD24阳性前白血病状态	开发了可精确诱导致癌基因的小鼠模型，首次发现胚胎环境中特异性扩增的CD24PreProB细胞亚群具有前白血病干细胞特征	模型虽与人类疾病相关但仍属动物研究，需进一步验证临床转化价值	探究KMT2A::AFF1融合基因在胚胎发育阶段引发白血病的起始机制	小鼠造血干细胞和祖细胞（HSPCs），人类KMT2A::AFF1白血病患者数据	血液肿瘤学	急性淋巴细胞白血病	单细胞转录组学，致癌基因诱导模型	基因工程小鼠模型	基因表达数据，细胞表型数据	未明确样本数量，但涉及小鼠模型和人类患者数据对比
2	2025-09-01	CD8+GZMK+CD27+CCR7+ T cells mobilized by splenic sympathetic nerves aggravate brain ischemia‒reperfusion injury via CCL19-positive endothelial cells 2025-Sep, Cellular & molecular immunology IF:21.8Q1 DOI:10.1038/s41423-025-01311-9 PMID:40659887	研究论文	本研究揭示脾交感神经通过动员特定CD8+ T细胞亚群并经由CCL19-CCR7轴加剧脑缺血再灌注损伤的机制	发现新型中风相关T（Tsa）细胞亚群，阐明脾交感神经-ADRB2信号通路及CCL19-CCR7趋化轴在脑损伤中的新作用	机制研究主要基于小鼠模型，临床转化需进一步验证	探究脾交感神经在脑缺血再灌注损伤中的免疫调节机制及治疗策略	急性缺血性中风患者和小鼠模型（tMCAO）	神经免疫学	缺血性中风	单细胞RNA测序，外科去神经术，CCR7靶向肽干预	NA	基因表达数据，病理数据	急性缺血性中风患者队列及tMCAO小鼠模型
3	2025-09-01	CD38⁺ Endothelial Remodeling Defines Spatially Diverse Vasculopathy Programs in Rapidly Advancing Oral Inflammation 2025-Aug-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.29.667333 PMID:40766487	研究论文	本研究通过微生物分析、单细胞RNA测序和空间蛋白质组学揭示了快速进展性口腔炎症中CD38⁺内皮细胞重塑的空间特异性血管病变模式	首次发现CD38⁺内皮细胞扩张是快速进展性口腔炎症的空间特异性标志，并开发了三重空间分析方法AstroSuite	样本量相对有限（总计59个样本），且主要聚焦于特定炎症类型	探究快速进展性口腔炎症（种植体周围炎和重度牙周炎）的细胞机制和空间结构特征	人类口腔黏膜组织样本，包括种植体周围炎和不同严重程度的牙周炎组织	数字病理学	口腔炎症疾病	scRNA-seq, 空间蛋白质组学, 激光捕获显微切割, 微生物组分析	NA	单细胞转录组数据, 空间蛋白质组数据, 微生物组数据	总计59个样本（36个scRNA-seq样本，15个空间蛋白质组样本，8个配对活检样本），共683,792个细胞
4	2025-09-01	Cholinergic neuronal activity promotes diffuse midline glioma growth through muscarinic signaling 2025-Aug-21, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2025.05.031 PMID:40541184	研究论文	本研究揭示中脑胆碱能神经元活动通过毒蕈碱信号通路促进弥漫中线胶质瘤生长	首次发现脑干胆碱能神经元通过特定神经回路调控胶质瘤增殖，并证实M1/M3受体在其中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证	探究胆碱能神经元活动对弥漫中线胶质瘤生长的调控机制	弥漫中线胶质瘤细胞、少突胶质前体细胞、中脑胆碱能神经元	神经肿瘤学	脑胶质瘤	光遗传学刺激、单细胞RNA测序、药理学阻断	动物模型（小鼠）	基因表达数据、细胞增殖数据	DMG荷瘤小鼠模型及原代DMG样本
5	2025-09-01	Quantum Annealing for Enhanced Feature Selection in Single-Cell RNA Sequencing Data Analysis 2025-Aug-15, ArXiv PMID:40832053	研究论文	本研究利用量子退火驱动的QUBO方法改进单细胞RNA测序数据中的特征选择	将量子退火技术应用于scRNA-seq数据特征选择，相比传统方法能识别更复杂的基因表达模式	NA	提升单细胞RNA测序数据分析中特征选择的效率和准确性	人类细胞分化系统和抗癌药物耐药性研究中的scRNA-seq数据	机器学习	癌症	scRNA-seq	QUBO	基因表达数据	NA
6	2025-09-01	Exosomal gene signature in esophageal carcinoma: Insights from single-cell and bulk RNA sequencing 2025-Aug-14, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102490 PMID:40816225	研究论文	本研究结合单细胞和bulk RNA测序数据，开发并验证了一个与食管癌外泌体相关的九基因风险特征模型	首次整合单细胞和bulk RNA测序数据构建外泌体相关基因特征，并实验验证HAPLN3的肿瘤抑制功能	需要在外泌体特异性免疫治疗队列中进行进一步验证	开发食管鳞状细胞癌的预后生物标志物并探索其免疫治疗指导潜力	食管鳞状细胞癌(ESCA)患者	生物信息学	食管癌	RNA-seq, 单细胞RNA测序, LASSO-Cox回归	九基因风险模型	RNA测序数据	TCGA-ESCA、GSE53625、GSE196756等多个队列数据
7	2025-09-01	CART-GPT: A T Cell-Informed AI Linguistic Framework for Interpreting Neurotoxicity and Therapeutic Outcomes in CAR-T Therapy 2025-Aug-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.08.669387 PMID:40832178	研究论文	开发基于Transformer的CART-GPT模型，利用单细胞RNA测序数据预测CAR-T细胞疗法的治疗效果和神经毒性风险	首个针对CAR-T疗法同时预测治疗反应和ICANS神经毒性风险的AI模型，采用创新的细胞聚合策略将单细胞预测与患者层面指标关联	NA	提高CAR-T细胞疗法疗效预测和神经毒性风险评估的精准度	CAR-T细胞单细胞RNA测序数据及临床结局	自然语言处理	血液系统恶性肿瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	Transformer	基因表达数据	112万个注释临床结局的CAR-T单细胞RNA测序样本
8	2025-09-01	Translating the Transcriptome: A Connectomics Approach for Gene-Network Mapping and Clinical Application 2025-Aug-12, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2025.08.08.25333301 PMID:40832435	研究论文	提出一种结合空间转录组学和规范功能连接性的基因网络映射框架，用于识别与基因表达相关的脑网络	开发了基因网络映射框架，首次将空间转录组数据与功能连接网络整合，能够捕捉单个基因的分布式连接模式并生成疾病网络图谱	NA	研究基因表达如何影响大脑功能连接网络，并开发用于精准医学的网络信息诊断和治疗工具	基因表达模式、大脑功能连接网络、脑部疾病相关基因	神经科学	脑部疾病	空间转录组学、规范功能连接性分析、深部脑刺激(DBS)	NA	基因表达数据、功能连接数据、临床结果数据	深部脑刺激队列患者（具体数量未明确说明）
9	2025-09-01	Coxiella burnetii strains elicit distinct inflammatory responses in human macrophages 2025-Aug-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.10.669536 PMID:40832301	研究论文	研究不同毒力Coxiella burnetii菌株感染人肺泡巨噬细胞后引发的差异化炎症反应	首次通过单细胞RNA测序揭示巨噬细胞对Coxiella burnetii感染的异质性反应，并比较不同毒力菌株的免疫激活特征	研究仅关注体外巨噬细胞模型，未涉及体内免疫应答或临床相关性验证	解析宿主-病原体相互作用机制，为Q热靶向治疗提供理论基础	人肺泡巨噬细胞(hAMs)和三种Coxiella burnetii菌株(NMI, NMII, Dugway)	感染免疫学	Q热	RNA测序，单细胞RNA测序，细胞因子检测	NA	转录组数据	人肺泡巨噬细胞样本（具体数量未明确说明）
10	2025-09-01	Enhanced hematopoietic stem cell self-renewal and engraftment through human lung exosomal communication 2025-Aug-11, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2025.08.020 PMID:40798884	研究论文	研究发现人肺来源的外泌体通过细胞间通讯增强造血干细胞的自我更新和移植能力	首次揭示肺细胞通过外泌体通讯调控造血干细胞稳态，突破传统骨髓微环境单一调控的认知	研究主要基于实验条件，临床转化潜力尚需进一步验证	探究肺源外泌体对造血干细胞功能的调控机制	人造血干细胞和肺小气道上皮细胞	细胞生物学	血液疾病（镰状细胞病、骨髓衰竭）	单细胞外泌体追踪、单细胞RNA测序、外泌体miRNA分析、蛋白质组学、体内移植实验	NA	单细胞测序数据、miRNA数据、蛋白质数据	NA（未明确样本数量，但涉及原代细胞实验和移植研究）
11	2025-09-01	Regulating the cell differentiation trajectory of progenitor cells in adipose tissue fibrosis 2025-Aug-06, Molecular metabolism IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.molmet.2025.102231 PMID:40780446	研究论文	本研究探讨了基质Gla蛋白（MGP）在脂肪组织纤维化中对祖细胞分化轨迹的调控作用	发现了两个新的脂肪源性干细胞群体（ASC1和ASC4），并揭示了MGP缺失通过PDGFRα+; DPP4+细胞导致纤维化分化的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性尚需进一步验证	阐明MGP在白色脂肪组织纤维化中的作用机制	脂肪祖细胞（APCs）和小鼠模型	细胞生物学	代谢性疾病	scRNA-seq, 信号通路研究, 表型特征分析	基因敲除小鼠模型	基因表达数据, 表型数据	使用全局和Pdgfra-Cre介导的Mgp缺失小鼠模型
12	2025-09-01	Identification of a unique subpopulation of mucosal fibroblasts in colorectal cancer with tumor-restraining characteristics 2025-Aug-05, Molecules and cells IF:3.7Q2 DOI:10.1016/j.mocell.2025.100263 PMID:40759242	研究论文	本研究通过多组学数据分析鉴定出结直肠癌中一种具有肿瘤抑制特性的独特黏膜成纤维细胞亚群	首次在结直肠癌中发现并表征表达ADAMDEC1/CXCL14/EDNRB/PROCR的肿瘤抑制性癌症相关成纤维细胞(Tr-CAFs)亚群	NA	探究结直肠癌中肿瘤抑制性癌症相关成纤维细胞的存在及其特征	结直肠癌样本中的成纤维细胞亚群	癌症生物学	结直肠癌	单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, TCGA RNA-seq, 免疫组织化学	NA	基因组数据, 表观遗传数据, 组织学图像	多个结直肠癌数据集（包含单细胞和批量测序数据）
13	2025-09-01	Ongoing genome doubling shapes evolvability and immunity in ovarian cancer 2025-Aug, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09240-3 PMID:40670783	研究论文	通过单细胞分辨率分析全基因组加倍（WGD）对卵巢癌体细胞进化和免疫逃逸的影响	揭示WGD是一个持续突变过程，开发了基于突变的WGD时序方法doubleTime，并发现WGD高低肿瘤在免疫信号通路激活上的差异	研究样本仅限高级别浆液性卵巢癌，未涉及其他癌症类型或更大队列验证	探究全基因组加倍在肿瘤进化与免疫调控中的作用机制	高级别浆液性卵巢癌患者肿瘤样本	癌症基因组学	卵巢癌	单细胞全基因组测序，单细胞RNA测序，高分辨率免疫荧光显微镜	NA	基因组数据，转录组数据，图像数据	41名患者的70个肿瘤样本（共30,260个肿瘤基因组）
14	2025-09-01	High-resolution spatial mapping of cell state and lineage dynamics in vivo with PEtracer 2025-Jul-24, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adx3800 PMID:40705858	研究论文	介绍PEtracer技术，一种基于prime editing的演化谱系追踪方法，用于高分辨率绘制细胞状态和谱系动态	开发了兼容单细胞测序和多模态成像的prime editing谱系追踪技术，可在保留组织空间背景的同时联合分析细胞状态和谱系	NA	绘制发育和疾病中细胞命运决定的时空动态	小鼠肿瘤转移模型中的细胞	生物技术	肿瘤	prime editing, MERFISH空间转录组分析	NA	空间转录组数据，成像数据	NA
15	2025-09-01	Leveraging RNA-seq deconvolution to improve complex in vitro model characterization 2025-Jul-21, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2025.110510 PMID:40701251	研究论文	本研究评估RNA-seq反卷积方法在复杂体外模型（CIVMs）细胞组成分析中的应用与优化	利用公开scRNA-seq数据集通过反卷积方法预测CIVMs的细胞比例，避免传统单细胞分析的压力与成本问题	反卷积方法的准确性存在显著差异，需依赖单细胞参考数据的质量与完整性	开发并验证适用于复杂体外模型表征的新方法，以支持毒理学和药物开发研究	基于干细胞的人肠道类器官CIVM和新生啮齿动物睾丸CIVM	生物信息学	NA	RNA-seq, scRNA-seq, 反卷积分析	NA	基因表达数据（bulk RNA-seq和scRNA-seq）	两个CIVM模型（肠道类器官和睾丸组织）
16	2025-09-01	Spatial isoform sequencing at sub-micrometer single-cell resolution reveals novel patterns of spatial isoform variability in brain cell types 2025-Jun-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.25.661563 PMID:40667010	研究论文	开发并应用高分辨率空间异构体测序技术Spl-ISO-Seq2，揭示小鼠大脑中细胞类型内空间异构体变异的新模式	实现220纳米点大小和500纳米分辨率的亚微米单细胞分辨率空间测序，首次在兴奋性神经元等特定细胞类型中证实空间异构体变异的存在	NA	解析大脑空间转录组中异构体水平的变异模式，区分细胞类型内变异与区域间细胞丰度差异	成年小鼠大脑组织	空间转录组学	NA	Spl-ISO-Seq2, 长读长测序	NA	空间转录组数据	NA
17	2025-09-01	Hepatocyte Apolipoprotein J Accelerates Injury-induced Liver Fibrosis by Activation Signal Transducer and Activator of Transcription 3 Through Ranbp2 Mediated-SUMOylation 2025-Jun-20, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101556 PMID:40545037	研究论文	本研究探讨肝细胞载脂蛋白J通过Ranbp2介导的SUMO化激活STAT3通路，加速损伤诱导的肝纤维化进程	首次揭示ApoJ通过促进STAT3的K679位点SUMO化增强其核转位，激活STAT3通路并驱动肝星状细胞活化的分子机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类临床验证尚需进一步开展	阐明肝细胞ApoJ调控STAT3通路介导肝星状细胞活化的旁分泌信号机制	肝细胞、肝星状细胞、小鼠模型和肝硬化患者单细胞RNA测序数据	分子病理学	肝纤维化	单细胞RNA测序、基因敲除和过表达模型、细胞培养上清处理	NA	基因表达数据、病理学数据	肝硬化患者和健康对照的单细胞RNA测序数据集，以及多种肝纤维化小鼠模型
18	2025-09-01	A novel frameshift mutation in Phosphoinositide 3-kinase regulatory subunit 1 ( PIK3R1 ) causes immunodeficiency and Amyotrophic Lateral Sclerosis (ALS) 2025-May-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.23.655625 PMID:40568112	研究论文	本文报道了一种PIK3R1基因的新型移码突变导致免疫缺陷和肌萎缩侧索硬化（ALS）的机制研究	首次发现PIK3R1 c.1710dup突变通过单倍体不足导致AKT激活、神经元电功能紊乱和凋亡增加，揭示了该突变在神经功能与存活中的新作用	NA	探究PIK3R1基因突变导致免疫缺陷和ALS的分子机制	携带PIK3R1 c.1710dup突变的患者来源iPSC、运动神经元及脑类器官	分子遗传学	肌萎缩侧索硬化	iPSC技术、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、通路分析	NA	基因测序数据、RNA表达数据	1例患者及匹配对照的细胞和类器官模型
19	2025-09-01	Segger: Fast and accurate cell segmentation of imaging-based spatial transcriptomics data 2025-Mar-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.14.643160 PMID:40161614	研究论文	提出基于图神经网络的细胞分割工具Segger，用于成像空间转录组数据中快速准确的转录本-细胞分配	将细胞分割转化为转录本-细胞链接预测任务，利用异构图表示和单细胞RNA-seq信息提升分配准确性	NA	解决成像空间转录组技术中转录本细胞来源分配的准确性问题	成像空间转录组数据中的细胞和转录本	数字病理学	NA	成像空间转录组技术，单细胞RNA-seq	图神经网络(GNN)	空间转录组成像数据	多个Xenium数据集基准测试
20	2025-09-01	Integration of Imaging-based and Sequencing-based Spatial Omics Mapping on the Same Tissue Section via DBiTplus 2024-Dec-11, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5398491/v1 PMID:39711562	研究论文	介绍DBiTplus技术，整合基于测序和成像的空间组学方法在同一组织切片上实现转录组和蛋白质组的空间映射	开发了DBiTplus多模态空间组学方法，首次在同一组织切片上结合测序空间转录组和成像空间蛋白质分析，实现单细胞分辨率细胞分型和基因组尺度通路研究	NA	推进对异质性细胞过程的理解并连接细胞类型与功能	小鼠胚胎、正常人淋巴结、人类淋巴瘤FFPE组织	空间组学	淋巴瘤	空间转录组测序、CODEX高复用蛋白质成像、微流控DNA寡核苷酸递送、RNaseH酶处理	NA	空间转录组数据、蛋白质成像数据	多种组织类型包括小鼠胚胎、人淋巴结和淋巴瘤FFPE样本