单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-07-16	Unique Cell Type-Specific Signaling Patterns Define Cholesteatoma 2025-Aug-01, Otology & neurotology : official publication of the American Otological Society, American Neurotology Society [and] European Academy of Otology and Neurotology IF:1.9Q2 DOI:10.1097/MAO.0000000000004455 PMID:40062383	研究论文	通过单细胞RNA测序技术鉴定胆脂瘤中的细胞类型和信号通路	首次利用单细胞RNA测序技术揭示胆脂瘤与正常鼓膜在细胞组成和信号通路上的差异	研究基于体外样本，未进行体内功能验证	鉴定驱动胆脂瘤发展的细胞类型和信号通路	人类胆脂瘤样本和正常鼓膜组织	单细胞组学	胆脂瘤	scRNA-seq, 免疫组化	CellChat算法	RNA测序数据	未明确说明样本数量（人类胆脂瘤标本）
2	2025-07-16	BMP-2 generates a functional bone marrow niche by inducing the differentiation of local mesenchymal cells into CAR cells 2025-Jul-22, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2024014062 PMID:40080674	研究论文	研究BMP-2诱导的异位骨髓（BMP-eBM）是否能够提供与天然骨髓相似的功能性骨髓微环境	首次证实BMP-eBM能够支持功能性造血干细胞和CAR细胞，并可作为独立的造血器官进行移植	研究主要在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证其效果	探究BMP-2诱导的异位骨髓是否具有功能性骨髓微环境	小鼠模型中的异位骨髓	生物医学	骨髓相关疾病	单细胞RNA测序和移植模型	NA	RNA测序数据和移植实验结果	小鼠模型中的异位骨髓样本
3	2025-07-16	Genomic and Single-Cell Analyses Characterize Patient-Derived Tumor Organoids to Enable Personalized Therapy for Head and Neck Squamous Cell Carcinoma 2025-Jul-15, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-2850 PMID:40261963	研究论文	本研究利用患者来源的肿瘤类器官(PDO)模型，结合基因组和单细胞分析，为头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)的个性化治疗提供新见解	首次在HNSCC PDO模型中证实了混合上皮-间质转化样ITH程序与顺铂耐药性的关联，并发现amphiregulin作为潜在调控因子	样本量相对较小(31例患者)，需要更大规模验证	开发个性化治疗方案并理解HNSCC治疗耐药机制	头颈部鳞状细胞癌患者来源的肿瘤类器官	肿瘤学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序，bulk RNA测序	患者来源肿瘤类器官(PDO)模型	基因组数据，单细胞转录组数据	31例HNSCC患者
4	2025-07-16	A Machine Learning-Based Strategy Predicts Selective and Synergistic Drug Combinations for Relapsed Acute Myeloid Leukemia 2025-Jul-15, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-3840 PMID:40354625	研究论文	本研究开发了一种基于机器学习的策略，用于预测复发/难治性急性髓系白血病（AML）的选择性和协同药物组合	利用单细胞转录组学和单药反应谱，结合机器学习，为每位患者个性化预测靶向组合药物，以针对治疗耐药的白血病细胞	初步实验仅在临床试验样本中进行，需要进一步验证	改善复发/难治性急性髓系白血病（AML）患者的治疗效果	复发/难治性急性髓系白血病（AML）患者	机器学习	急性髓系白血病	单细胞转录组学	NA	转录组数据	临床试验样本（具体数量未提及）
5	2025-07-16	Spatial Transcriptomics Advances the Use of Canine Patients in Cancer Research: Analysis of Osteosarcoma-Bearing Pet Dogs Enrolled in a Clinical Trial 2025-Jul-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-25-0687 PMID:40392977	研究论文	本研究首次应用GeoMx犬类癌症图谱对参与骨肉瘤临床试验的犬类患者样本进行空间转录组学分析	首次将GeoMx犬类癌症图谱应用于犬类骨肉瘤研究，揭示了与疾病无进展间隔相关的基因和通路	样本量较小（高DFI组和低DFI组各8例）	探索犬类骨肉瘤模型在人类癌症研究中的应用价值	参与骨肉瘤临床试验的犬类患者	数字病理学	骨肉瘤	GeoMx Digital Spatial Profiler	NA	空间转录组数据	16例犬类骨肉瘤样本（高DFI组8例，低DFI组8例）
6	2025-07-16	Mechanism of Initial Favorable Response to Decitabine in TP53-Mutated MDS/AML and Potential Mechanisms of Subsequent Relapse 2025-Jul-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-3192 PMID:40397797	研究论文	本研究探讨了TP53突变骨髓增生异常综合征和急性髓系白血病对地西他滨初始反应及随后复发的机制	通过整合靶向骨髓组测序、纳米孔DNA甲基化测序和单细胞转录组学，揭示了白血病和免疫细胞群体之间的动态变化	样本量有限且仅针对TP53突变患者，结果可能不适用于其他类型白血病	阐明TP53突变患者对地西他滨治疗反应及复发的分子机制	骨髓增生异常综合征和急性髓系白血病患者	肿瘤学	白血病	靶向骨髓组测序、纳米孔DNA甲基化测序、单细胞转录组学	NA	基因组数据、转录组数据	II期临床试验中接受地西他滨治疗的患者系列样本
7	2025-07-16	Chemotaxis overrides the killing response in alloreactive CTLs, providing vascular immune privilege during cellular rejection 2025-Jul-15, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI155191 PMID:40435228	研究论文	本文探讨了在细胞排斥过程中，趋化作用如何覆盖杀伤反应，从而为同种异体反应性细胞毒性T淋巴细胞（CTLs）提供血管免疫特权	挑战了传统的细胞内在免疫特权观点，提出了一种细胞外在机制，即趋化作用在T细胞介导的排斥反应中保护移植物血管	研究主要基于小鼠模型和人类肾移植样本，可能不适用于所有类型的移植或病理条件	揭示在T细胞介导的排斥反应中，血管免疫特权的机制	同种异体反应性细胞毒性T淋巴细胞（CTLs）和移植物内皮细胞（ECs）	免疫学	移植排斥	转录组学分析、内皮-间充质转化评估、活体显微镜检查、单细胞RNA测序	NA	转录组数据、显微镜图像、RNA测序数据	小鼠肾移植模型和人类肾移植样本
8	2025-07-16	Pan-Cancer Spatial Profiling Reveals Conserved Subtypes and Niches of Cancer-Associated Fibroblasts 2025-Jul-15, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-25-2181 PMID:40440095	研究论文	该研究通过泛癌空间分析揭示了癌症相关成纤维细胞(CAF)的保守亚型和微环境	首次利用空间多组学数据定义了四种基于空间组织和细胞邻域的CAF亚型，建立了空间环境与CAF身份之间的联系	NA	系统理解肿瘤微环境中恶性、基质和免疫状态对治疗反应的影响	多种癌症类型的肿瘤微环境	数字病理学	癌症	单细胞空间多组学分析	NA	空间多组学数据	多种癌症类型的广泛数据集
9	2025-07-16	Deciphering the role of CAPZA2 in neurodevelopmental disorders: insights from mouse models 2025-Jul-15, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08385-1 PMID:40659881	研究论文	本研究通过小鼠模型探讨CAPZA2基因在神经发育障碍中的作用	首次揭示了CAPZA2基因在神经发育障碍中的具体作用机制，包括对突触结构和功能的影响	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探究CAPZA2基因在神经发育障碍中的作用	CAPZA2基因杂合敲除小鼠和杂合点突变小鼠	神经科学	神经发育障碍	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据、行为数据	CAPZA2基因编辑小鼠
10	2025-07-16	Blocking calcium-MYC regulatory axis inhibits early dedifferentiation of chondrocytes and contributes to cartilage regeneration 2025-Jul-15, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-025-04483-3 PMID:40660304	研究论文	本研究通过单细胞测序和转座酶可及染色质测序技术，揭示了软骨细胞体外扩增过程中的去分化现象及其机制，并提出通过抑制钙-MYC调控轴来促进软骨再生的新策略	首次发现钙内流增加与软骨细胞早期去分化密切相关，并证实抑制钙信号可逆转细胞表型促进软骨再生	研究主要基于体外实验，尚未在体内模型中验证	阐明软骨细胞去分化机制并优化软骨再生系统	耳廓软骨细胞	组织工程	软骨缺损	单细胞测序, 转座酶可及染色质测序	NA	基因组数据, 表观遗传数据	不同传代次数的软骨细胞(P3和P6)
11	2025-07-16	Vagal Stimulation Rescues HFpEF by Altering Cardiac Resident Macrophage Function 2025-Jul-15, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.125.326236 PMID:40662221	research paper	本研究探讨了经皮迷走神经刺激（tVNS）通过改变心脏驻留巨噬细胞功能来改善保留射血分数心力衰竭（HFpEF）的机制	揭示了tVNS通过调节CCR2+心脏驻留巨噬细胞的Spp1表达和TLF+/MHC2+巨噬细胞的Igf1表达来改善HFpEF的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体验证	探究tVNS改善HFpEF的巨噬细胞介导机制	HFpEF小鼠模型	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞RNA测序、流式细胞术、超声心动图	小鼠HFpEF模型	基因表达数据、心脏功能数据	对照组、HFpEF+假刺激组和HFpEF+tVNS组小鼠
12	2025-07-16	Network-Guided Sparse Subspace Clustering on Single-Cell Data 2025-Jul-15, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology IF:1.4Q2 DOI:10.1177/15578666251359688 PMID:40662619	研究论文	本文提出了一种名为NetworkSSC的网络引导稀疏子空间聚类方法，用于单细胞RNA测序数据的细胞类型识别	NetworkSSC方法在传统稀疏子空间聚类的基础上，整合了基因网络拉普拉斯矩阵的正则化项，以捕捉基因间的功能关联	方法在部分单细胞RNA测序数据集上的表现可能仍有提升空间	解决单细胞RNA测序数据高维性导致的传统聚类方法效果不佳的问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	稀疏子空间聚类(SSC)	基因表达数据	九个scRNA-seq数据集
13	2025-07-16	Integrative Single-Cell Analysis Decodes Gene Expression and Chromatin Accessibility in the Developing Human Fetal Brain 2025-Jul-15, Molecular neurobiology IF:4.6Q1 DOI:10.1007/s12035-025-05184-x PMID:40663269	研究论文	通过整合单细胞RNA测序和单细胞染色质可及性测序，研究人类胎儿大脑发育过程中的基因表达和染色质可及性	构建了单细胞转录组和表观基因组图谱，揭示了神经细胞增殖、分化和功能成熟的关键信号通路，并预测了神经发生过程中的潜在调控元件	研究仅涵盖了8至17周妊娠期的人类胎儿脑组织，可能无法全面反映整个发育过程的动态变化	深入理解胎儿大脑发育、细胞异质性、谱系关系和转录调控网络	人类胎儿脑组织	基因组学	神经发育障碍	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞测序数据	8至17周妊娠期的人类胎儿脑组织
14	2025-07-16	Testis Molecular Pathways in CAIS Unveil Testosterone/Estradiol on Germ Cell Tumor Risk in Non-Obstructive Azoospermia 2025-Jul-14, The Journal of clinical endocrinology and metabolism DOI:10.1210/clinem/dgaf404 PMID:40658795	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探索了非梗阻性无精子症（NOA）患者睾丸体细胞中的分子通路，揭示了睾酮/雌二醇比例对生殖细胞肿瘤风险的预测价值	首次在CAIS患者睾丸体细胞中鉴定出与NOA相关的分子通路，并发现睾酮/雌二醇比例对非遗传性NOA患者睾丸生殖细胞癌的预后作用	样本量有限，特别是CAIS患者仅1例，需要更大样本验证	探索NOA不同亚型睾丸体细胞的分子特征及其与睾丸生殖细胞癌风险的关系	非梗阻性无精子症患者（包括CAIS和KS患者）的睾丸体细胞	生殖医学	男性不育症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	752例男性（120例生育能力正常，155例不育，116例NOA，18例KS，343例TGCC）
15	2025-07-16	A novel multislice framework for precision 3D spatial domain reconstruction and disease pathology analysis 2025-Jul-14, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.280281.124 PMID:40659497	研究论文	提出了一种名为STMSC的多切片联合分析框架，用于精确的三维空间域重建和疾病病理分析	STMSC框架引入了预校正机制，能够精确识别复杂的空间域，并通过图注意力自编码器平衡不同层次的生物信息，提高了空间转录组学分析的准确性	未明确提及具体的数据集规模或实验验证的广泛性	开发一种能够全面捕捉多层生物异质性的三维空间域重建方法，以深入理解组织成分和机制	组织切片和病理数据集	数字病理	癌症	空间转录组学(ST)、H&E成像	图注意力自编码器	图像、空间转录组数据	NA
16	2025-07-16	Atlas of amnion development during the first trimester of human pregnancy 2025-Jul-14, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-025-01696-9 PMID:40659869	研究论文	通过单细胞转录组学技术，研究人类妊娠早期羊膜的细胞类型和亚型，揭示其动态重塑过程及细胞间通讯机制	首次系统鉴定人类妊娠早期羊膜的主要细胞类型和亚型，发现上皮-间质和上皮-免疫细胞间的动态转换，揭示BMP4和TGF-β信号通路在羊膜形态发生中的协调作用	研究仅关注妊娠早期羊膜发育，未涉及妊娠中晚期的变化	阐明人类羊膜在妊娠早期的发育过程及其细胞组成和相互作用	人类妊娠早期的羊膜组织	发育生物学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	未明确说明样本数量，涉及人类、非人灵长类和体外干细胞模型
17	2025-07-16	Gene regulatory networks and essential transcription factors for de novo-originated genes 2025-Jul-14, Nature ecology & evolution IF:13.9Q1 DOI:10.1038/s41559-025-02747-y PMID:40659874	研究论文	该研究通过计算方法和单细胞RNA测序数据，鉴定了调控新生基因表达的关键转录因子	首次揭示了新生基因表达的调控程序，并识别了特定转录因子在调控新生基因中的关键作用	研究主要基于果蝇模型，可能不适用于所有物种	探索新生基因表达的调控机制	新生基因及其调控转录因子	基因组学	NA	单细胞RNA测序	计算模型	RNA测序数据	NA
18	2025-07-16	CD8+GZMK+CD27+CCR7+ T cells mobilized by splenic sympathetic nerves aggravate brain ischemia‒reperfusion injury via CCL19-positive endothelial cells 2025-Jul-14, Cellular & molecular immunology IF:21.8Q1 DOI:10.1038/s41423-025-01311-9 PMID:40659887	研究论文	本研究探讨了脾交感神经活动对缺血性中风后外周免疫的调控作用，并揭示了脾-脑-免疫轴通讯的新机制	发现了一种新型的GZMK+CD8+CD27+CCR7+ T细胞亚群（Tsa细胞），并阐明了脾交感神经系统通过ADRB2信号和CCL19-CCR7趋化轴促进Tsa细胞动员和脑浸润的机制	研究主要基于小鼠模型，在人类患者中的验证仍需进一步研究	探究脾交感神经活动在缺血性中风后免疫反应中的作用及其治疗潜力	急性缺血性中风患者和小鼠模型	神经免疫学	缺血性中风	单细胞RNA测序，脾交感神经切除术（SDN），短暂性大脑中动脉闭塞（tMCAO）模型	小鼠tMCAO模型	RNA测序数据，临床数据	急性缺血性中风患者和小鼠模型样本
19	2025-07-16	Single-cell and spatial transcriptomics map senescent vascular cells in arterial remodeling during atherosclerosis in mice 2025-Jul-14, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-025-00889-z PMID:40660002	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，系统性地研究了动脉粥样硬化中衰老血管细胞的异质性	揭示了动脉粥样硬化中血管细胞衰老的转录组特征，并验证了这些特征在衰老过程中的富集	研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证仅限于体外实验	探索动脉粥样硬化中血管细胞衰老的异质性及其转录组特征	小鼠主动脉的血管平滑肌细胞、成纤维细胞和T细胞	生物医学	心血管疾病	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	RNA测序数据、空间转录组数据	小鼠主动脉样本及体外培养的人血管平滑肌细胞
20	2025-07-16	Human adipose-derived mesenchymal stem cell-derived exosomes induce epithelial remodeling and anti-scar healing revealed by single-cell RNA sequencing 2025-Jul-14, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s12951-025-03548-y PMID:40660260	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了人脂肪来源间充质干细胞外泌体（hADSC-Exos）在无疤痕愈合中的作用机制	首次利用单细胞RNA测序技术解析hADSC-Exos如何通过调控上皮细胞和成纤维细胞促进无疤痕愈合，并发现14-3-3 zeta-YAP-Hippo信号通路的关键作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体临床试验中验证	探究hADSC-Exos在伤口无疤痕愈合中的分子机制	野生型和hADSC-Exos处理的小鼠伤口组织	再生医学	伤口愈合障碍	单细胞RNA测序	动物模型（小鼠）	RNA测序数据	未明确说明样本数量，使用术后第14天的小鼠伤口组织