单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-08-01	Developing risk stratification strategies and biomarkers for recurrent hepatocellular carcinoma 2025-Aug, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70410 PMID:40741894	research paper	该研究旨在开发肝细胞癌（HCC）复发风险分层策略和生物标志物，以解决术后高复发率的临床挑战	结合基因组学、转录组学、蛋白质组学和代谢组学生物标志物、液体活检技术以及AI驱动的组织学和放射组学分析，为复发风险分层提供新方法	传统临床和病理预测因子在准确识别高风险患者方面存在不足	优化HCC患者的复发风险分层和围手术期治疗策略	肝细胞癌（HCC）患者	digital pathology	liver cancer	基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学、液体活检、单细胞和空间转录组学	AI-driven analysis	multi-omics data, histological and radiomic data	NA
2	2025-08-01	Single-cell transcriptome analysis of bronchoalveolar lavage during early SARS-CoV-2 infection 2025-Jul-31, Microbiology spectrum IF:3.7Q2 DOI:10.1128/spectrum.02715-24 PMID:40742121	研究论文	通过单细胞RNA测序分析SARS-CoV-2感染早期支气管肺泡灌洗细胞的转录组变化	揭示了SARS-CoV-2感染早期免疫反应的转录组特征，特别是巨噬细胞亚群和树突状细胞的动态变化	研究仅基于非人类灵长类动物模型，结果可能不完全适用于人类	理解SARS-CoV-2感染早期的免疫反应机制	恒河猴的支气管肺泡灌洗细胞	生物医学研究	COVID-19	单细胞RNA测序	非人类灵长类动物模型	RNA序列数据	恒河猴感染后0-3天的支气管肺泡灌洗细胞
3	2025-08-01	Pan-cancer Analyses Refine the Single-Cell Portrait of Tumor-Infiltrating Dendritic Cells 2025-Jul-31, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-3595 PMID:40742316	研究论文	通过整合33种癌症类型中超过2500个样本的单细胞RNA测序数据，建立了人类树突状细胞（DCs）的全面蓝图，揭示了肿瘤浸润DCs的异质性及其功能潜力	发现了肿瘤中罕见的DCs亚群（如AXL+SIGLEC6+ DCs和Langerhans细胞样DCs），并展示了它们的功能潜力及其转录组特征，同时开发了机器学习模型以指导DCs注释	研究主要基于计算分析，需要进一步的实验验证来确认DCs亚群的功能及其在免疫治疗中的应用潜力	探索肿瘤微环境中DCs的异质性及其在抗肿瘤免疫中的作用，为开发基于DCs的免疫疗法提供见解	肿瘤浸润的树突状细胞（DCs）	数字病理学	泛癌	单细胞RNA测序	机器学习模型	RNA测序数据	超过2500个样本，涵盖33种癌症类型
4	2025-08-01	Identification and validation of tricarboxylic acid cycle-related diagnostic biomarkers for diabetic nephropathy via weighted gene co-expression network analysis and single-cell transcriptome analysis 2025-Jul-31, Acta diabetologica IF:3.1Q2 DOI:10.1007/s00592-025-02557-5 PMID:40742465	研究论文	通过加权基因共表达网络分析和单细胞转录组分析，识别并验证了三羧酸循环相关的糖尿病肾病诊断生物标志物	首次将三羧酸循环相关基因作为糖尿病肾病的诊断生物标志物进行研究，并构建了诊断模型	研究依赖于公开数据集，未进行独立队列验证	探索三羧酸循环相关基因在糖尿病肾病诊断中的潜力	糖尿病肾病患者的基因表达数据	生物信息学	糖尿病肾病	加权基因共表达网络分析(WGCNA), 单样本基因集富集分析(ssGSEA), 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	机器学习模型	基因表达数据	GSE131882和GSE30122数据集中的样本
5	2025-08-01	Comparative transcriptomic and genomic analysis of tumor cells in the marginal and center regions of tumor nests in human hepatocellular carcinoma 2025, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2025.1611951 PMID:40741331	研究论文	通过比较人类肝细胞癌肿瘤巢边缘和中心区域的肿瘤细胞的转录组和基因组分析，揭示了肿瘤巢的空间异质性	首次在空间转录组水平上分析了肝细胞癌肿瘤巢边缘和中心区域的基因表达差异，并发现了代谢与免疫相关基因的空间分布模式	样本量较小（仅8名患者的19个样本），且仅针对肝细胞癌进行研究	探究肝细胞癌肿瘤巢边缘和中心区域肿瘤细胞的生物学特性和异质性	肝细胞癌肿瘤巢边缘和中心区域的肿瘤细胞	数字病理学	肝细胞癌	空间转录组学(ST), inferCNV	NA	空间转录组数据, 基因组数据	8名HCC患者的19个空间转录组样本（包含24个肿瘤巢和15个肝纤维化结节）
6	2025-08-01	Bioinformatics-based analysis of the relationship between STC1 expression and immune infiltration in gastric cancer 2025, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2025.1499121 PMID:40741411	研究论文	本研究通过生物信息学方法分析了STC1在胃癌中的表达及其与免疫浸润的关系	首次揭示了STC1表达与胃癌患者预后、免疫浸润及T细胞耗竭的相关性，并验证了其作为免疫治疗靶点的潜力	研究主要基于公共数据库的回顾性分析，缺乏实验验证	评估STC1在胃癌中的表达特征及其作为免疫治疗靶点的潜力	胃癌组织及非癌组织	生物信息学	胃癌	RNA-seq、微阵列、ssGSEA、TIMER、scRNA-seq、GSEA	Cox回归模型	基因表达数据	TCGA_STAD项目、TCGA-GTEx项目和GEO数据库(GSE66229)的数据
7	2025-07-31	Characterization of stem cell landscape and identification of stemness-related gene ENY2 in colorectal cancer by intergrated transcriptomic analysis 2025-Dec, Global medical genetics IF:1.2Q4 DOI:10.1016/j.gmg.2025.100067 PMID:40735504	研究论文	通过整合转录组分析，研究结直肠癌中的干细胞景观并鉴定与干性相关的基因ENY2	首次通过单细胞转录组数据整合分析，鉴定出ENY2作为结直肠癌干细胞的关键标志物，并探索其在肿瘤发生和转移中的潜在作用	研究样本量较小（9个原发性结直肠癌样本），且ENY2在结直肠癌中的具体作用机制仍需进一步实验验证	阐明结直肠癌干细胞的异质性及其潜在机制，为开发有效的治疗方法提供依据	结直肠癌干细胞	数字病理	结直肠癌	scRNA-seq, 生物信息学分析	NA	单细胞转录组数据	9个原发性结直肠癌样本
8	2025-07-31	Single-cell transcriptome analysis of in vivo and in vitro human pancreas development 2025-Nov, Genes & diseases IF:6.9Q1 DOI:10.1016/j.gendis.2025.101573 PMID:40735693	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
9	2025-07-31	Single-Cell RNA Sequencing Reveals the Critical Role of SEC16B in Lung Metastasis of Osteosarcoma 2025-Aug, FASEB bioAdvances IF:2.5Q3 DOI:10.1096/fba.2024-00161 PMID:40735296	研究论文	通过单细胞RNA测序技术揭示了SEC16B在骨肉瘤肺转移中的关键作用	发现了一个可能通过下调SEC16B促进肺转移的新细胞亚群，并揭示了肿瘤微环境中成纤维细胞和内皮细胞在骨肉瘤肺转移中的关键作用	样本量相对较小，仅包含6个原发骨肉瘤样本、2个肺转移样本和4个正常骨组织样本	探究骨肉瘤肺转移的分子机制并寻找潜在治疗靶点	骨肉瘤细胞、肺转移组织、正常骨组织	数字病理学	骨肉瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、qRT-PCR、Transwell实验	hdWGCNA分析	RNA测序数据	6个原发骨肉瘤样本、2个肺转移样本、4个正常骨组织样本
10	2025-07-31	The Critical Role of APOE+ Macrophages in the Immune Microenvironment and Prognosis of Lung Adenocarcinoma 2025-Aug, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70731 PMID:40736341	研究论文	本研究探讨了APOE+巨噬细胞在肺腺癌肿瘤微环境中的免疫调节功能及其临床意义	通过单细胞转录组分析揭示了APOE+巨噬细胞的独特亚群，并开发了一个APOE+巨噬细胞相关风险模型（ARM），在多个公共队列和前瞻性免疫治疗队列中验证了其预测价值	研究未涉及APOE+巨噬细胞与其他免疫细胞相互作用的详细机制	阐明APOE+巨噬细胞在肺腺癌免疫微环境中的作用，并开发个体化预后评估模型	肺腺癌患者和APOE+巨噬细胞	数字病理学	肺癌	单细胞转录组分析、CellChat分析、多重免疫荧光分析	RSF和Ridge结合的机器学习模型	转录组数据、突变数据、免疫荧光图像	七个公共队列和三个前瞻性免疫治疗队列
11	2025-07-31	Immunoregulatory Endothelial Cells Interact With T Cells After Myocardial Infarction 2025-Jul-30, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.125.326145 PMID:40735785	研究论文	本研究揭示了心肌梗死后心脏内皮细胞的一种新型免疫调节功能	发现了一种短暂出现的免疫调节内皮细胞表型(IMEC)，并阐明了其在心肌梗死后通过细胞因子介导的激活机制以及与T细胞的相互作用	研究主要基于小鼠模型，人类中的相关性尚需进一步验证	探究心肌梗死后内皮细胞的免疫调节功能	心肌梗死后小鼠心脏内皮细胞	心血管疾病	心肌梗死	单细胞RNA测序、空间转录组学、骨髓移植和谱系追踪实验	内皮特异性缺失小鼠模型	RNA测序数据、空间转录数据	未明确说明具体样本数量的小鼠模型
12	2025-07-31	Oxidative Stress Links Thyroid Autoimmunity to Cancer: Peroxiredoxin 2 Protection via Genomic and Single-Cell Insights 2025-Jul-30, Cancer biotherapy & radiopharmaceuticals DOI:10.1177/10849785251360744 PMID:40735789	研究论文	本研究通过整合多组学方法，识别了桥本甲状腺炎（HT）与甲状腺癌（TC）之间的共享遗传因素	首次通过孟德尔随机化分析、单细胞RNA测序和机器学习分类模型，揭示了PRDX2作为HT和TC的关键保护因子及其作用机制	样本来源主要基于FinnGen数据库，可能无法代表所有人群	探究桥本甲状腺炎与甲状腺癌之间的遗传关联及其分子机制	桥本甲状腺炎和甲状腺癌患者	基因组学	甲状腺癌	孟德尔随机化分析、单细胞RNA测序、机器学习分类模型	机器学习分类模型	基因组数据、单细胞RNA测序数据	76,243个甲状腺细胞
13	2025-07-31	Comprehensive analysis of cholesterol metabolism-related genes in prostate cancer: integrated analysis of single-cell and bulk RNA sequencing 2025-Jul-30, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03294-5 PMID:40736630	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，构建并验证了一个与胆固醇代谢基因相关的预后特征，用于预测前列腺癌患者的预后	首次整合单细胞和批量RNA测序数据，构建胆固醇代谢基因相关的预后特征，并探索其生物学、临床和治疗意义	研究依赖于公共数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制	构建和验证胆固醇代谢基因相关的预后特征，以预测前列腺癌患者的预后	前列腺癌患者	数字病理	前列腺癌	单细胞RNA测序，批量RNA测序	LASSO	RNA测序数据	TCGA PRAD数据集及三个外部队列
14	2025-07-31	Investigation of the mechanism of Xiaoyin Jiedu Yin in the treatment of psoriasis based on bioinformatics, machine learning 2025, Frontiers in chemistry IF:3.8Q2 DOI:10.3389/fchem.2025.1623449 PMID:40735022	研究论文	本研究基于生物信息学和机器学习探讨了消银解毒饮治疗银屑病的作用机制	首次结合网络药理学、机器学习靶点筛选和单细胞RNA测序技术，揭示了消银解毒饮通过多靶点协同作用治疗银屑病的机制，并鉴定AKR1B10为核心治疗靶点	研究主要基于体外细胞模型，缺乏动物模型或临床试验验证	探究消银解毒饮治疗银屑病的药理机制	银屑病患者皮肤组织样本和IL-17A诱导的HaCaT细胞模型	生物信息学	银屑病	网络药理学、机器学习靶点筛选、scRNA-seq、空间转录组学	机器学习	基因表达数据	未明确说明样本数量，涉及银屑病患者皮肤组织和HaCaT细胞系
15	2025-07-31	High cGAS-STING expression associates with improved efficacy of neoadjuvant chemo-immunotherapy in head and neck squamous cell carcinoma 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1584061 PMID:40735041	研究论文	本研究探讨了头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中cGAS和STING表达与新辅助化疗免疫疗法（NACI）疗效的相关性	首次揭示了cGAS和STING表达与NACI疗效的正相关性，并提出了它们作为预测生物标志物的潜力	样本量较小（仅38例患者），且为回顾性研究	探究cGAS和STING表达与HNSCC患者NACI疗效的关系	头颈部鳞状细胞癌患者	肿瘤免疫学	头颈部鳞状细胞癌	免疫组织化学、bulk RNA-seq、scRNA-seq	NA	基因表达数据、临床数据	38例HNSCC患者
16	2025-07-31	New insights into liver injury and regeneration from single-cell transcriptomics 2025, eGastroenterology DOI:10.1136/egastro-2025-100202 PMID:40735115	综述	本文综述了单细胞转录组学在急性肝损伤（ALI）和肝再生研究中的最新进展及其应用	揭示了肝损伤和再生过程中未被识别的细胞亚群，包括胎儿样和迁移性肝细胞、不同激活状态的肝星状细胞以及区域特异性的内皮细胞反应	NA	探讨单细胞转录组学在急性肝损伤和肝再生研究中的应用及其潜在治疗靶点	肝细胞、肝星状细胞、内皮细胞和巨噬细胞	单细胞转录组学	急性肝损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学	NA	转录组数据	NA
17	2025-07-31	PM2.5 Induces Cell-Specific Transcriptomic Alterations in the Lungs of Juvenile Mice 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S514437 PMID:40735270	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了PM2.5对幼鼠肺部不同细胞类型的转录组影响	首次在幼鼠模型中利用scRNA-seq技术揭示了PM2.5对不同肺部细胞类型的特异性转录组改变	研究仅基于小鼠模型，结果可能需要进一步在人类样本中验证	探究PM2.5对儿童肺部健康的细胞特异性影响及其分子机制	幼鼠肺部细胞	生物医学	呼吸系统疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), GO和KEGG富集分析, 苏木精-伊红染色	幼鼠PM2.5气道暴露模型	基因表达数据, 组织病理学图像	未明确说明数量的幼鼠肺部样本
18	2025-07-31	Disulfidptosis-Related Genes as Novel Biomarkers and Therapeutic Targets in Dilated Cardiomyopathy 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S525114 PMID:40735269	research paper	该研究通过分析扩张型心肌病（DCM）患者与健康对照中24个二硫键死亡相关基因（DiGs）的表达，构建了预测模型并验证了核心基因的作用	首次将二硫键死亡机制与DCM发病联系起来，并鉴定出ACTN4、MYH10、TLN1、DSTN和NCKAP1作为核心预测基因	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分仅限于小鼠模型，需要进一步临床验证	探索二硫键死亡相关基因在扩张型心肌病中的作用机制及治疗靶点	扩张型心肌病患者和小鼠模型	生物信息学	心血管疾病	RNA-seq, 单细胞RNA测序	SVM	基因表达数据	多个GEO数据集中的DCM患者和健康对照样本
19	2025-07-31	Editorial: Single-cell sequencing of the immune microenvironment in cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1660831 PMID:40735316	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
20	2025-07-31	Targeting the KLF5/PI3K/AKT axis as a therapeutic strategy to overcome neoadjuvant chemoresistance in colorectal cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1593639 PMID:40735324	研究论文	本研究探讨了KLF5/PI3K/AKT轴作为克服结直肠癌新辅助化疗耐药性的治疗靶点的潜力	通过单细胞RNA测序分析揭示了KLF5在化疗耐药性中的作用，并提出了KLF5/PI3K/AKT轴作为新的治疗靶点	研究主要基于临床前模型，尚未在人体临床试验中验证	探索克服结直肠癌新辅助化疗耐药性的机制和潜在治疗策略	结直肠癌患者样本和动物模型	肿瘤学	结直肠癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、InferCNV、差异表达基因分析、通路富集分析、细胞通讯分析、SCENIC、高通量药物筛选	动物模型	RNA测序数据	结直肠癌患者样本(具体数量未提及)和动物模型