单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-06-30	PIK3R1 and G0S2 are human placenta-specific imprinted genes associated with germline-inherited maternal DNA methylation 2025-Dec, Epigenetics IF:2.9Q2 DOI:10.1080/15592294.2025.2523191 PMID:40568952	研究论文	本研究发现了两个人类胎盘特异性印记基因PIK3R1和G0S2，这些基因与种系遗传的母源DNA甲基化相关	发现了两个新的胎盘特异性印记基因，并揭示了它们的多态性印记特征和细胞类型特异性	未发现这些基因在宫内生长受限或先兆子痫样本与对照组之间的差异，表明它们与这些疾病无关	扩展胎盘特异性印记基因的列表并研究其特性	人类胎盘中的印记基因PIK3R1和G0S2	基因组学	NA	全基因组甲基化测序、单细胞RNA-seq	NA	甲基化数据、RNA-seq数据	多种体细胞组织、胎盘样本（包括复杂妊娠样本）
2	2025-06-30	Development and Validation of a Flow-Dependent Endothelialized 3D Model of Intracranial Atherosclerotic Disease 2025-Aug, Translational stroke research IF:3.8Q2 DOI:10.1007/s12975-024-01310-4 PMID:39537986	研究论文	开发并验证了一种依赖于血流的3D颅内动脉粥样硬化疾病模型	创建了患者特异性的颅内动脉模型，能够内皮化并模拟血流动力学，用于研究颅内动脉粥样硬化疾病	模型依赖于影像学数据，可能无法完全模拟体内复杂的生理环境	开发新的颅内动脉粥样硬化疾病模型以研究其机制并开发治疗方法	颅内动脉粥样硬化疾病（ICAD）患者的中脑动脉（MCA）	数字病理学	心血管疾病	CT血管造影、单细胞RNA测序、共聚焦显微镜	3D模型	影像数据、基因表达数据	使用SAMMPRIS临床试验的影像数据
3	2025-02-17	Comprehensive analysis of cytokine and chemokine gene expression in IgG4-related disease by spatial transcriptomics 2025-Jul, Allergology international : official journal of the Japanese Society of Allergology IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.alit.2024.12.010 PMID:39952877	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
4	2025-06-30	Cadmium exposure following early-life respiratory syncytial virus infection promotes lung fibrosis through autophagy inhibition 2025-Jul-01, Toxicological sciences : an official journal of the Society of Toxicology IF:3.4Q2 DOI:10.1093/toxsci/kfaf054 PMID:40268749	研究论文	研究探讨了早期呼吸道合胞病毒（RSV）感染后镉暴露通过抑制自噬促进肺纤维化的机制	揭示了mTORC1激活-自噬抑制通路在镉暴露后加剧炎症反应和肺纤维化中的关键作用，并提出了雷帕霉素作为潜在治疗策略	研究仅使用小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究mTORC1在慢性低剂量镉暴露后RSV感染引起的肺纤维化中的作用	小鼠模型	呼吸系统疾病研究	肺纤维化	代谢组学分析、单细胞RNA测序	小鼠模型	代谢组数据、基因表达数据	未明确说明具体样本量，但实验持续16周
5	2025-06-30	Amelioration of Liver Fibrosis via In Situ Hepatic Stellate Cell Conversion Through Co-Inhibition of TGF-β and GSK-3 Signalling 2025-Jul, Liver international : official journal of the International Association for the Study of the Liver IF:6.0Q1 DOI:10.1111/liv.70187 PMID:40575954	研究论文	本研究评估了一种针对肝星状细胞(HSCs)的联合疗法，通过抑制TGF-β和GSK-3信号通路来改善肝纤维化并促进肝脏修复	提出了一种新型小分子鸡尾酒疗法SBCH，不仅能抑制HSC活化和纤维化活性，还能诱导活化的HSCs转化为肝细胞样细胞(ciHeps)，实现肝脏组织修复和功能恢复	研究仅在三种动物模型中进行，尚未进行人体临床试验	探索治疗肝纤维化和肝硬化的新型治疗策略	肝星状细胞(HSCs)和肝纤维化动物模型	肝脏疾病治疗	肝纤维化/肝硬化	单细胞RNA测序、体内示踪技术	NA	分子生物学数据、组织学数据	三种肝纤维化动物模型(CCl4诱导、胆管结扎(BDL)和非酒精性脂肪性肝炎(NASH)联合二乙基亚硝胺(DEN)诱导)
6	2025-06-30	Role of stem-like cells in chemotherapy resistance and relapse in pediatric T-cell acute lymphoblastic leukemia 2025-Jun-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61222-1 PMID:40579412	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了儿童T细胞急性淋巴细胞白血病（T-ALL）复发中干细胞样细胞在化疗耐药和复发中的作用	首次在T-ALL中通过单细胞RNA测序发现具有干细胞特征的耐药细胞亚群，并证实其在诊断时的存在与治疗失败风险相关	样本量相对较小（18例），且仅针对儿科患者	探究T-ALL复发和化疗耐药的分子机制	儿童T-ALL患者的诊断和复发样本	数字病理学	白血病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	18例儿科T-ALL患者样本（13例复发患者和5例非复发患者的匹配样本）
7	2025-06-30	Single-cell and spatial analyses of the GDF family in tumors, with a focus on the prognostic and biological role of GDF15 in hepatocellular carcinoma 2025-Jun-27, Cell & bioscience DOI:10.1186/s13578-025-01431-9 PMID:40579699	研究论文	本研究通过单细胞和空间转录组学分析，全面评估了GDF家族在多种肿瘤中的作用，特别关注了GDF15在肝细胞癌中的预后和生物学功能	首次基于单细胞和空间转录组学对GDF亚家族进行系统性泛癌分析，并揭示了GDF15在肝细胞癌微环境中的新作用机制	研究主要基于转录组数据，缺乏蛋白质水平的验证	探究GDF家族在肿瘤中的作用及其在肝细胞癌中的生物学功能和临床应用价值	33种癌症类型（重点研究肝细胞癌）	肿瘤生物学	肝细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学、功能获得和功能缺失实验	NA	转录组数据	33种癌症类型的数据（未明确样本数量）
8	2025-06-30	Uncovering minimal pathways in melanoma initiation 2025-Jun-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60742-0 PMID:40571713	research paper	该研究揭示了黑色素瘤起始过程中的最小通路，通过小鼠模型和单细胞转录组学分析，发现了一种类似神经嵴的细胞类型，可能是恶性细胞的前体	研究发现仅携带Braf突变的小鼠也能产生类似肿瘤，揭示了肿瘤发生中的随机事件，并鉴定出一种新的细胞类型作为恶性前体	未能找到可以解释大多数肿瘤发生的从头突变或结构变异	探索黑色素瘤起始的分子机制和细胞起源	小鼠模型和人类黑色素瘤	癌症生物学	黑色素瘤	单细胞转录组学	小鼠模型	基因表达数据	NA
9	2025-06-30	Oral immunotherapy directs systemic transcriptomic changes in children with hen's egg allergy 2025-Jun-22, Asian Pacific journal of allergy and immunology IF:2.3Q3 DOI:10.12932/AP-011124-1965 PMID:40544372	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了鸡蛋过敏儿童在口服免疫治疗（HE-OIT）前后的系统性免疫表型和转录组变化	首次在鸡蛋过敏儿童中揭示了HE-OIT引起的系统性免疫细胞转录组变化及其与治疗效果的关联	样本量较小（仅16名儿童），且缺乏长期随访数据	探究鸡蛋过敏儿童在HE-OIT过程中的系统性免疫变化机制	3-12岁被诊断为鸡蛋过敏的儿童	免疫学	食物过敏	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	16名3-12岁鸡蛋过敏儿童（中位年龄4.5岁）
10	2025-06-30	Multi-omics analyses of the heterogenous immune microenvironment in triple-negative breast cancer implicate UQCRFS1 potentiates tumor progression 2025-Jun-16, Experimental hematology & oncology IF:9.4Q1 DOI:10.1186/s40164-025-00672-1 PMID:40524231	研究论文	通过多组学分析三阴性乳腺癌(TNBC)中异质性免疫微环境，揭示UQCRFS1在肿瘤进展中的作用	首次在TNBC中系统分析了免疫微环境的异质性，并建立了基于关键基因的恶性细胞指数(MCI)模型，同时验证了UQCRFS1在TNBC进展中的功能	样本量较小(仅9例初治TNBC患者)，需要更大样本验证研究结果	阐明TNBC免疫微环境异质性及其与肿瘤进展的关系	三阴性乳腺癌(TNBC)患者的肿瘤免疫微环境	肿瘤免疫学	乳腺癌	单细胞RNA测序、空间转录组、蛋白质组学、qRT-PCR、Western blotting	LASSO-Cox回归模型(MCI模型)	单细胞RNA测序数据、空间转录组数据、蛋白质组数据	9例初治TNBC患者的单细胞RNA测序数据，多个TNBC队列验证
11	2025-06-30	A multi-omics resource of B cell activation reveals genetic mechanisms for immune-mediated diseases 2025-Jun-14, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2025.05.22.25328104 PMID:40475139	研究论文	该研究通过多组学方法分析了B细胞激活状态，揭示了免疫介导疾病的遗传机制	首次全面研究了B细胞在多种激活条件下的基因调控动态，并构建了一个交互式浏览器共享数据	样本量较小（26名健康女性捐赠者），且仅针对体外刺激条件进行研究	阐明B细胞激活状态在免疫介导疾病中的遗传机制	26名健康女性捐赠者的B细胞	免疫学	自身免疫性疾病	RNA-seq, 单细胞RNA-seq (CITE-seq), ATAC-seq	NA	基因组数据	26名健康女性捐赠者的B细胞
12	2025-06-30	Next generation genetic screens in kinetoplastids 2025-Jun-06, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf515 PMID:40530689	综述	本文综述了动质体寄生虫中的遗传筛选技术及其在编码和非编码基因组区域的应用	结合基于图像和单细胞测序技术的遗传筛选方法，为细胞功能和调控机制提供前所未有的见解	NA	探讨遗传筛选技术在动质体寄生虫基因组研究中的应用及其潜力	动质体寄生虫的编码和非编码基因组区域	遗传学	寄生虫感染	CRISPR-Cas, 单细胞测序, 图像分析	NA	基因组数据, 图像数据	NA
13	2025-06-30	Macrophage polarization, inflammatory monocytes, and impaired MDSCs are associated with murine and human immune aplastic anemia 2025-Jun-04, Journal of leukocyte biology IF:3.6Q2 DOI:10.1093/jleuko/qiaf073 PMID:40411822	research paper	该研究探讨了骨髓衰竭（BMF）中髓系细胞的作用，特别是巨噬细胞极化、炎症性单核细胞和功能受损的MDSCs在免疫性再生障碍性贫血（AA）中的关联	研究揭示了CSF-1R抑制在小鼠模型中加剧BMF的机制，以及JAK抑制剂baricitinib对BMF的缓解作用，同时在人类AA样本中发现了M1样单核细胞表型的转变	研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，可能无法完全反映人类AA的复杂性	探索髓系细胞在免疫性骨髓衰竭中的作用及其潜在治疗策略	小鼠模型和人类免疫性再生障碍性贫血（AA）患者	免疫学	再生障碍性贫血	流式细胞术、细胞因子分析、单细胞RNA测序	小鼠BMF模型	基因表达数据、细胞群分析数据	CByB6F1小鼠和人类AA患者样本
14	2025-06-30	Single-Cell Analysis of Host Responses in Bovine Milk Somatic Cells (bMSCs) Following HPAIV Bovine H5N1 Influenza Exposure 2025-Jun-03, Viruses DOI:10.3390/v17060811 PMID:40573402	研究论文	通过单细胞RNA测序分析牛乳体细胞对H5N1禽流感病毒暴露的宿主免疫反应	首次在单细胞水平上揭示了牛乳腺对H5N1病毒暴露的免疫反应动态变化，并识别了10个不同的细胞簇	未在单细胞RNA测序数据中观察到病毒读数，免疫反应可能仅由病毒成分暴露引起而非生产性感染	理解牛乳腺对H5N1病毒暴露的宿主免疫反应机制	体外暴露于H5N1病毒的牛乳体细胞(bMSCs)	免疫学	禽流感	单细胞RNA测序(scRNA-seq), qRT-PCR	NA	RNA测序数据	来自感染奶牛场的H5N1分离株暴露的牛乳体细胞样本
15	2025-06-30	DiSC: a statistical tool for fast differential expression analysis of individual-level single-cell RNA-seq data 2025-Jun-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf327 PMID:40444783	research paper	介绍了一种名为DiSC的统计工具，用于快速分析个体水平单细胞RNA测序数据的差异表达	DiSC通过提取多个分布特征、联合测试它们与感兴趣变量的关联，并使用灵活的置换测试框架控制假发现率，提高了统计功效和计算效率	虽然DiSC是为scRNA-seq数据开发的，但其在其他类型单细胞数据中的应用仍需进一步验证	开发一种高效且统计功效强大的方法，用于分析个体水平的单细胞RNA测序数据的差异表达	单细胞RNA测序数据	生物信息学	COVID-19, 阿尔茨海默病	scRNA-seq, 细胞飞行时间技术	NA	单细胞RNA测序数据	NA
16	2025-06-30	Plin2 Coordinates Immune and Metabolic Reprogramming in Lacrimal Gland Aging 2025-Jun-02, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.6.79 PMID:40569117	研究论文	本研究通过转录组分析和单细胞RNA测序技术，识别了泪腺衰老的核心分子调控因子Plin2，并阐明了其在免疫失衡和代谢功能障碍中的作用	首次将Plin2确定为泪腺免疫代谢衰老的主调控因子，揭示了其与炎症衰老和代谢重编程的关联	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	识别泪腺衰老的核心分子调控机制及其在年龄相关眼病中的作用	年轻和老年C57BL/6小鼠的泪腺组织	生物医学	干眼症	bulk转录组分析、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、CIBERSORT算法	最小绝对收缩和选择算子回归、支持向量机-递归特征消除	RNA测序数据	年轻和老年C57BL/6小鼠的泪腺组织样本
17	2025-06-30	Cellular hierarchies of embryonal tumors with multilayered rosettes are shaped by oncogenic microRNAs and receptor-ligand interactions 2025-Jun, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-025-00964-9 PMID:40419763	研究论文	本研究通过单细胞转录组学和多重空间成像技术，分析了11例胚胎性多层玫瑰花结肿瘤（ETMR）样本，揭示了其细胞层次结构及C19MC微RNA簇在其中的作用	首次揭示了ETMR中由C19MC微RNA簇控制的细胞层次结构，并识别了可靶向治疗的致癌信号通路	样本量较小（仅11例），且仅在临床前模型和1例患者中验证了靶向治疗的效果	探索ETMR的细胞层次结构和致癌机制，为开发更有效的靶向治疗提供理论基础	胚胎性多层玫瑰花结肿瘤（ETMR）	肿瘤生物学	儿科脑肿瘤	单细胞转录组学、多重空间成像	NA	转录组数据、成像数据	11例ETMR患者样本
18	2025-06-30	scRepertoire 2: Enhanced and efficient toolkit for single-cell immune profiling 2025-Jun, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012760 PMID:40577285	research paper	介绍scRepertoire 2，一个用于分析和可视化单细胞免疫受体数据的R软件包的重大更新	引入了改进的克隆型追踪工作流程、受体多样性指标和新颖的可视化模块，支持纵向和比较研究，并与Seurat和SingleCellExperiment等单细胞分析框架无缝集成	未明确提及具体限制	提升单细胞免疫受体数据分析的深度和广度，支持健康和疾病状态下的免疫动态研究	单细胞免疫受体数据	生物信息学	NA	scAIRR-seq, scRNA-seq	NA	单细胞测序数据	未明确提及具体样本量
19	2025-06-30	Single-cell RNAseq of Angiotensin II-induced abdominal aortic tissue identifies aneurysm-associated cell clusters in C57BL/6J mice 2025-May-28, Bioscience reports IF:3.8Q2 DOI:10.1042/BSR20241235 PMID:40440080	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究血管紧张素II诱导的腹主动脉组织中与动脉瘤相关的细胞群	识别了一种由内皮细胞转化的特殊细胞群（恶性ECs），并发现Cxcl12-Cxcr4/Ackr3轴可能在动脉瘤形成中发挥作用	研究仅基于C57BL/6J小鼠模型，未在人类样本中验证	探究腹主动脉瘤（AAA）形成过程中特定细胞群的作用	C57BL/6J小鼠的腹主动脉组织	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列数据	14周龄小鼠（1.44和2.16 mg/kg/day剂量组）、20周龄小鼠（21只）、32周龄小鼠（7只）
20	2025-06-30	Viral tropism in plants, reproductive tissues, and seeds 2025-May-23, Archives of microbiology IF:2.3Q3 DOI:10.1007/s00203-025-04353-9 PMID:40404962	综述	本文综述了植物病毒趋向性的分子和细胞决定因素，包括病毒如何针对生殖器官、分生组织和种子，以及宿主因素如何影响病毒分布	探讨了超分辨率显微镜、单细胞转录组学和蛋白质组学在解析病毒-宿主相互作用中的新应用，揭示了病毒积累的新机制	NA	理解植物病毒趋向性的分子和细胞机制，以改善作物抗性和设计综合疾病管理策略，并探索植物病毒在靶向传递和生物技术应用中的潜力	植物病毒及其在特定细胞类型、组织或宿主中的感染和复制能力	植物病理学	植物病毒感染	超分辨率显微镜、单细胞转录组学、蛋白质组学	NA	NA	NA