单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 30208 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2025-08-02 |
Endothelial Tgfbr2 Deficiency Ameliorate Liver Fibrosis Through Regulating Angiocrine Signalling and Macrophage Accumulation
2025-Sep, Liver international : official journal of the International Association for the Study of the Liver
IF:6.0Q1
DOI:10.1111/liv.70227
PMID:40747899
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研究论文 | 本研究探讨了内皮细胞中TGF-β信号在肝纤维化中的作用及其机制 | 首次揭示了内皮细胞特异性Tgfbr2缺失通过调节血管分泌信号和巨噬细胞积累改善肝纤维化的机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床应用的转化仍需进一步验证 | 探究TGF-β信号在肝窦内皮细胞(LSECs)中对肝纤维化的影响 | 肝窦内皮细胞(LSECs)和肝纤维化过程 | 肝脏病理学 | 肝纤维化 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), RNA测序, qPCR, western blotting, 免疫染色, 流式细胞术 | 内皮细胞特异性Tgfbr2敲除小鼠模型 | 基因表达数据, 组织学数据 | 健康人群和肝硬化患者的scRNA-seq数据集, 基因敲除小鼠模型 |
| 2 | 2025-08-02 |
Tumor Necrosis Factor Receptor Superfamily Member 12A Enhances Retinal Ganglion Cell Survival and Promotes Axon Regeneration
2025-Aug-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202500988RR
PMID:40747811
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析发现Tnfrsf12a（Fn14）在促进视网膜神经节细胞（RGCs）存活和轴突再生中的关键作用 | 首次揭示Fn14在αRGCs/ipRGCs中通过调控轴突再生相关生物过程发挥神经保护和再生作用，并验证其通过下调Socs3实现功能 | 研究仅在小鼠模型中进行，尚未验证其在人类或其他哺乳动物中的适用性 | 探索增强成年哺乳动物视网膜神经节细胞损伤后再生能力的转录调控途径 | 小鼠视网膜神经节细胞（RGCs） | 神经再生 | 视神经损伤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、AAV2病毒载体转染、CTB标记、免疫染色、视网膜电图（ERG） | NA | 转录组数据、图像数据、电生理数据 | 小鼠视神经压伤（ONC）和NMDA诱导视网膜毒性两种损伤模型 |
| 3 | 2025-08-02 |
Surgical and blood-based minimal residual disease in patients with ovarian cancer after frontline therapy: Clinical outcomes and translational opportunities
2025-Aug-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-25-0512
PMID:40748258
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研究论文 | 探讨卵巢癌患者一线治疗后通过二次腹腔镜检查和循环肿瘤DNA检测微小残留病灶的预后和转化价值 | 首次结合手术和血液检测方法评估微小残留病灶，并应用空间多组学技术探索其生物学特征 | 样本量相对有限（95例患者），且空间多组学分析仅在部分患者中进行 | 评估微小残留病灶检测在卵巢癌预后判断和治疗靶点发现中的价值 | 高级别上皮性卵巢癌患者 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 二次腹腔镜检查(SLL), 循环肿瘤DNA(ctDNA)检测, 空间转录组学(GeoMx和Visium), 蛋白质组学(CODEX) | NA | 临床数据, 分子生物学数据 | 95例高级别上皮性卵巢癌患者，其中44例同时接受了SLL和ctDNA检测 |
| 4 | 2025-08-02 |
Glucokinase activators contribute to gastrointestinal disease risks through metabolic-immune interplay in the gut-liver axis: insights from a multi-omics study
2025-Aug-01, Acta diabetologica
IF:3.1Q2
DOI:10.1007/s00592-025-02571-7
PMID:40748365
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研究论文 | 本研究探讨了葡萄糖激酶激活剂（GKAs）通过代谢-免疫相互作用对胃肠道疾病风险的影响 | 揭示了GK-GKRP解离通过代谢-免疫互作增加IBD和MASLD风险的机制，并识别了关键介质和细胞间通讯信号 | 研究基于遗传变异作为代理，可能无法完全反映药物直接作用 | 探究两种GK激活方式对胃肠道疾病的差异化影响机制 | 葡萄糖激酶激活剂（GKAs）及其对胃肠道疾病的影响 | 代谢组学与免疫学 | 炎症性肠病（IBD）和代谢功能障碍相关脂肪性肝病（MASLD） | 孟德尔随机化、多组学分析（包括scRNA-seq和Cellchat） | NA | 遗传变异数据、蛋白质组数据、单细胞转录组数据 | NA（基于公开数据库的遗传和组学数据） |
| 5 | 2025-08-02 |
Artifacts in spatial transcriptomics data: their detection, importance, prevalence, and prevention
2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf306
PMID:40748322
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research paper | 本文介绍了一种名为BLADE的自动化跨平台统计方法，用于检测和去除空间转录组数据中的三种伪影 | 开发了BLADE这一新颖的自动化跨平台统计方法，用于检测和去除空间转录组数据中的伪影 | 未明确提及研究的局限性 | 提高空间转录组数据的质量，防止伪影导致的错误发现 | 空间转录组数据中的伪影 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | 统计方法 | 空间转录组数据 | 37个10x Visium样本（人类和小鼠的肝脏和脂肪组织） |
| 6 | 2025-08-02 |
Towards interpretable molecular and spatial analysis of the tumor microenvironment from digital histopathology images with HistoTME-v2
2025-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.11.658673
PMID:40747415
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research paper | 介绍HistoTME-v2，一种基于AI的深度学习框架，用于从H&E染色的病理切片中预测肿瘤微环境（TME）的细胞类型特异性转录组特征活动 | HistoTME-v2是一种泛癌扩展模型，能够在25种实体瘤类型中预测TME的细胞类型特异性转录组特征活动，无需单个细胞的分割和分类 | 虽然HistoTME-v2在预测TME组成方面表现出高准确性，但其性能可能受到H&E图像质量和注释数据量的限制 | 开发一种成本效益高且易于解释的工具，用于从常规H&E病理切片中分析TME，促进空间生物学在常规病理工作流程中的整合 | 非小细胞肺癌及其他24种实体瘤类型的H&E染色病理切片 | digital pathology | lung cancer | deep learning, spatial transcriptomics, multiplex imaging (CODEX, IHC) | weakly supervised deep learning framework | H&E-stained whole slide images (WSI) | 内部验证：7,586 WSI, 6,901患者, 24种癌症类型；外部验证：5,657 WSI, 1,775患者, 9种癌症类型；空间分析：259 WSI, 154患者, 7种癌症类型 |
| 7 | 2025-08-02 |
Uncovering the molecular mechanisms of Qingdu Zengye Decoction in the treatment of nasopharyngeal carcinoma: an integrative investigation
2025, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2025.1648294
PMID:40746726
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研究论文 | 本研究通过整合计算药理学、功能实验和单细胞转录组分析，揭示了清毒增液汤（QZD）在鼻咽癌治疗中的分子机制 | 首次采用单细胞RNA测序技术揭示QZD在鼻咽癌肿瘤微环境中的空间特异性作用靶点，并发现其通过多靶点调控同时作用于肿瘤细胞凋亡和免疫微环境重编程 | 研究主要基于体外实验和计算模拟，缺乏大规模临床样本验证 | 阐明清毒增液汤治疗鼻咽癌的作用机制 | 鼻咽癌细胞及肿瘤微环境 | 计算药理学与肿瘤学 | 鼻咽癌 | 网络药理学、蛋白质相互作用分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、分子对接 | NA | 转录组数据、蛋白质相互作用数据 | 未明确说明具体样本量（使用鼻咽癌肿瘤样本进行scRNA-seq分析） |
| 8 | 2025-08-02 |
Epiplakin expression is lost in psoriatic skin lesions and is downregulated by IFN-γ in ex vivo skin cultures
2025, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2025.1617737
PMID:40746860
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研究论文 | 本文研究了表皮斑蛋白家族成员epiplakin（EPPK1）在银屑病皮肤病变中的表达及其调控机制 | 首次发现EPPK1在银屑病皮损中特异性下调，并揭示IFN-γ是其下调的主要调控因子 | 研究主要基于体外皮肤培养和小鼠模型，需要进一步人体研究验证 | 探究EPPK1在炎症性皮肤病（银屑病）中的作用机制 | 银屑病患者皮肤组织、健康皮肤组织、小鼠表皮 | 皮肤病学 | 银屑病 | 单细胞RNA测序（scRNAseq）、免疫荧光、细胞因子处理 | NA | RNA测序数据、免疫组化数据 | 银屑病和健康皮肤样本（具体数量未说明） |
| 9 | 2025-08-02 |
Exploring the prognostic significance and therapeutic potential of SUCLG2 in prostate cancer
2025, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2025.1592779
PMID:40747103
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研究论文 | 本研究探讨了SUCLG2在前列腺癌中的预后意义和治疗潜力，构建了一个基于脂质代谢的16基因风险模型 | 首次从脂质代谢角度构建前列腺癌风险模型，并揭示SUCLG2在肿瘤进展和治疗抵抗中的潜在作用 | 研究主要基于生物信息学分析，需要更多实验验证SUCLG2的分子机制 | 开发有效的前列腺癌诊断和治疗策略 | 前列腺癌患者样本和前列腺癌上皮细胞系22Rv1 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 高通量RNA测序、单细胞RNA测序、定量实时PCR、免疫荧光检测 | Cox比例风险回归模型、LASSO回归模型 | RNA测序数据、临床样本数据 | 497例前列腺癌样本(来自TCGA数据库)和前列腺癌细胞系 |
| 10 | 2025-08-01 |
Developing risk stratification strategies and biomarkers for recurrent hepatocellular carcinoma
2025-Aug, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70410
PMID:40741894
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research paper | 该研究旨在开发肝细胞癌（HCC）复发风险分层策略和生物标志物，以解决术后高复发率的临床挑战 | 结合基因组学、转录组学、蛋白质组学和代谢组学生物标志物、液体活检技术以及AI驱动的组织学和放射组学分析，为复发风险分层提供新方法 | 传统临床和病理预测因子在准确识别高风险患者方面存在不足 | 优化HCC患者的复发风险分层和围手术期治疗策略 | 肝细胞癌（HCC）患者 | digital pathology | liver cancer | 基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学、液体活检、单细胞和空间转录组学 | AI-driven analysis | multi-omics data, histological and radiomic data | NA |
| 11 | 2025-08-01 |
Single-cell transcriptome analysis of bronchoalveolar lavage during early SARS-CoV-2 infection
2025-Jul-31, Microbiology spectrum
IF:3.7Q2
DOI:10.1128/spectrum.02715-24
PMID:40742121
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析SARS-CoV-2感染早期支气管肺泡灌洗细胞的转录组变化 | 揭示了SARS-CoV-2感染早期免疫反应的转录组特征，特别是巨噬细胞亚群和树突状细胞的动态变化 | 研究仅基于非人类灵长类动物模型，结果可能不完全适用于人类 | 理解SARS-CoV-2感染早期的免疫反应机制 | 恒河猴的支气管肺泡灌洗细胞 | 生物医学研究 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | 非人类灵长类动物模型 | RNA序列数据 | 恒河猴感染后0-3天的支气管肺泡灌洗细胞 |
| 12 | 2025-08-01 |
Pan-cancer Analyses Refine the Single-Cell Portrait of Tumor-Infiltrating Dendritic Cells
2025-Jul-31, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-3595
PMID:40742316
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研究论文 | 通过整合33种癌症类型中超过2500个样本的单细胞RNA测序数据，建立了人类树突状细胞（DCs）的全面蓝图，揭示了肿瘤浸润DCs的异质性及其功能潜力 | 发现了肿瘤中罕见的DCs亚群（如AXL+SIGLEC6+ DCs和Langerhans细胞样DCs），并展示了它们的功能潜力及其转录组特征，同时开发了机器学习模型以指导DCs注释 | 研究主要基于计算分析，需要进一步的实验验证来确认DCs亚群的功能及其在免疫治疗中的应用潜力 | 探索肿瘤微环境中DCs的异质性及其在抗肿瘤免疫中的作用，为开发基于DCs的免疫疗法提供见解 | 肿瘤浸润的树突状细胞（DCs） | 数字病理学 | 泛癌 | 单细胞RNA测序 | 机器学习模型 | RNA测序数据 | 超过2500个样本，涵盖33种癌症类型 |
| 13 | 2025-08-01 |
Identification and validation of tricarboxylic acid cycle-related diagnostic biomarkers for diabetic nephropathy via weighted gene co-expression network analysis and single-cell transcriptome analysis
2025-Jul-31, Acta diabetologica
IF:3.1Q2
DOI:10.1007/s00592-025-02557-5
PMID:40742465
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研究论文 | 通过加权基因共表达网络分析和单细胞转录组分析，识别并验证了三羧酸循环相关的糖尿病肾病诊断生物标志物 | 首次将三羧酸循环相关基因作为糖尿病肾病的诊断生物标志物进行研究，并构建了诊断模型 | 研究依赖于公开数据集，未进行独立队列验证 | 探索三羧酸循环相关基因在糖尿病肾病诊断中的潜力 | 糖尿病肾病患者的基因表达数据 | 生物信息学 | 糖尿病肾病 | 加权基因共表达网络分析(WGCNA), 单样本基因集富集分析(ssGSEA), 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 机器学习模型 | 基因表达数据 | GSE131882和GSE30122数据集中的样本 |
| 14 | 2025-08-01 |
Comparative transcriptomic and genomic analysis of tumor cells in the marginal and center regions of tumor nests in human hepatocellular carcinoma
2025, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2025.1611951
PMID:40741331
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研究论文 | 通过比较人类肝细胞癌肿瘤巢边缘和中心区域的肿瘤细胞的转录组和基因组分析，揭示了肿瘤巢的空间异质性 | 首次在空间转录组水平上分析了肝细胞癌肿瘤巢边缘和中心区域的基因表达差异，并发现了代谢与免疫相关基因的空间分布模式 | 样本量较小（仅8名患者的19个样本），且仅针对肝细胞癌进行研究 | 探究肝细胞癌肿瘤巢边缘和中心区域肿瘤细胞的生物学特性和异质性 | 肝细胞癌肿瘤巢边缘和中心区域的肿瘤细胞 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 空间转录组学(ST), inferCNV | NA | 空间转录组数据, 基因组数据 | 8名HCC患者的19个空间转录组样本（包含24个肿瘤巢和15个肝纤维化结节） |
| 15 | 2025-08-01 |
Bioinformatics-based analysis of the relationship between STC1 expression and immune infiltration in gastric cancer
2025, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2025.1499121
PMID:40741411
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研究论文 | 本研究通过生物信息学方法分析了STC1在胃癌中的表达及其与免疫浸润的关系 | 首次揭示了STC1表达与胃癌患者预后、免疫浸润及T细胞耗竭的相关性，并验证了其作为免疫治疗靶点的潜力 | 研究主要基于公共数据库的回顾性分析，缺乏实验验证 | 评估STC1在胃癌中的表达特征及其作为免疫治疗靶点的潜力 | 胃癌组织及非癌组织 | 生物信息学 | 胃癌 | RNA-seq、微阵列、ssGSEA、TIMER、scRNA-seq、GSEA | Cox回归模型 | 基因表达数据 | TCGA_STAD项目、TCGA-GTEx项目和GEO数据库(GSE66229)的数据 |
| 16 | 2025-07-31 |
Characterization of stem cell landscape and identification of stemness-related gene ENY2 in colorectal cancer by intergrated transcriptomic analysis
2025-Dec, Global medical genetics
IF:1.2Q4
DOI:10.1016/j.gmg.2025.100067
PMID:40735504
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研究论文 | 通过整合转录组分析，研究结直肠癌中的干细胞景观并鉴定与干性相关的基因ENY2 | 首次通过单细胞转录组数据整合分析，鉴定出ENY2作为结直肠癌干细胞的关键标志物，并探索其在肿瘤发生和转移中的潜在作用 | 研究样本量较小（9个原发性结直肠癌样本），且ENY2在结直肠癌中的具体作用机制仍需进一步实验验证 | 阐明结直肠癌干细胞的异质性及其潜在机制，为开发有效的治疗方法提供依据 | 结直肠癌干细胞 | 数字病理 | 结直肠癌 | scRNA-seq, 生物信息学分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 9个原发性结直肠癌样本 |
| 17 | 2025-07-31 |
Single-cell transcriptome analysis of in vivo and in vitro human pancreas development
2025-Nov, Genes & diseases
IF:6.9Q1
DOI:10.1016/j.gendis.2025.101573
PMID:40735693
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 18 | 2025-07-31 |
Single-Cell RNA Sequencing Reveals the Critical Role of SEC16B in Lung Metastasis of Osteosarcoma
2025-Aug, FASEB bioAdvances
IF:2.5Q3
DOI:10.1096/fba.2024-00161
PMID:40735296
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术揭示了SEC16B在骨肉瘤肺转移中的关键作用 | 发现了一个可能通过下调SEC16B促进肺转移的新细胞亚群，并揭示了肿瘤微环境中成纤维细胞和内皮细胞在骨肉瘤肺转移中的关键作用 | 样本量相对较小，仅包含6个原发骨肉瘤样本、2个肺转移样本和4个正常骨组织样本 | 探究骨肉瘤肺转移的分子机制并寻找潜在治疗靶点 | 骨肉瘤细胞、肺转移组织、正常骨组织 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、qRT-PCR、Transwell实验 | hdWGCNA分析 | RNA测序数据 | 6个原发骨肉瘤样本、2个肺转移样本、4个正常骨组织样本 |
| 19 | 2025-07-31 |
The Critical Role of APOE+ Macrophages in the Immune Microenvironment and Prognosis of Lung Adenocarcinoma
2025-Aug, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70731
PMID:40736341
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研究论文 | 本研究探讨了APOE+巨噬细胞在肺腺癌肿瘤微环境中的免疫调节功能及其临床意义 | 通过单细胞转录组分析揭示了APOE+巨噬细胞的独特亚群，并开发了一个APOE+巨噬细胞相关风险模型（ARM），在多个公共队列和前瞻性免疫治疗队列中验证了其预测价值 | 研究未涉及APOE+巨噬细胞与其他免疫细胞相互作用的详细机制 | 阐明APOE+巨噬细胞在肺腺癌免疫微环境中的作用，并开发个体化预后评估模型 | 肺腺癌患者和APOE+巨噬细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞转录组分析、CellChat分析、多重免疫荧光分析 | RSF和Ridge结合的机器学习模型 | 转录组数据、突变数据、免疫荧光图像 | 七个公共队列和三个前瞻性免疫治疗队列 |
| 20 | 2025-07-31 |
Immunoregulatory Endothelial Cells Interact With T Cells After Myocardial Infarction
2025-Jul-30, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.125.326145
PMID:40735785
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研究论文 | 本研究揭示了心肌梗死后心脏内皮细胞的一种新型免疫调节功能 | 发现了一种短暂出现的免疫调节内皮细胞表型(IMEC)，并阐明了其在心肌梗死后通过细胞因子介导的激活机制以及与T细胞的相互作用 | 研究主要基于小鼠模型，人类中的相关性尚需进一步验证 | 探究心肌梗死后内皮细胞的免疫调节功能 | 心肌梗死后小鼠心脏内皮细胞 | 心血管疾病 | 心肌梗死 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、骨髓移植和谱系追踪实验 | 内皮特异性缺失小鼠模型 | RNA测序数据、空间转录数据 | 未明确说明具体样本数量的小鼠模型 |