单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-05-31	Targeting the Epigenetic Regulator CBX5 Promotes Fibroblast Metabolic Reprogramming and Inhibits Lung Fibrosis 2025-Jun, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1 DOI:10.1165/rcmb.2024-0255OC PMID:39642371	研究论文	本研究揭示了表观遗传调控因子CBX5在肺纤维化中的作用，通过调控成纤维细胞的代谢重编程抑制纤维化	首次发现CBX5作为表观遗传调控因子，通过调节代谢重编程影响成纤维细胞的活化状态，进而抑制肺纤维化	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在人体临床试验中验证	探究表观遗传调控因子CBX5在肺纤维化中的作用机制	肺成纤维细胞和特发性肺纤维化(IPF)模型	分子生物学	肺纤维化	单细胞RNA测序、免疫组织化学分析、批量RNA测序	NA	基因表达数据	NA
2	2025-05-31	Elevated Fcy receptor expression augments pro-inflammatory macrophage phagocytosis in systemic sclerosis and associated rheumatic diseases 2025-Jun-01, Rheumatology (Oxford, England) DOI:10.1093/rheumatology/keae688 PMID:39672802	research paper	该研究探讨了系统性硬化症（SSc）及其他风湿性疾病中巨噬细胞的促吞噬表型，揭示了FcγR表达增强的巨噬细胞在驱动吞噬作用和炎症反应中的作用	研究发现SSc患者的巨噬细胞，特别是皮肤中的FCGR3Ahi簇和肺中的FCN1hi巨噬细胞，表现出FcγR基因表达升高和促吞噬途径富集，这一表型在其他风湿性疾病如RA和PsA中也有体现	研究主要基于体外实验和单细胞RNA测序数据，尚未在体内模型中验证这些发现	揭示系统性硬化症及其他风湿性疾病中巨噬细胞促吞噬表型的机制	健康对照者和SSc、RA、PsA及axSpA患者的皮肤和肺巨噬细胞	免疫学	系统性硬化症（SSc）、类风湿性关节炎（RA）、银屑病关节炎（PsA）和轴向脊柱关节炎（axSpA）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、Western blot、RT-qPCR	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据	来自健康对照者和SSc、RA、PsA及axSpA患者的CD14+单核细胞衍生的巨噬细胞（hMDMs）
3	2025-05-31	Endogenous Retroelement Activation is Implicated in Interferon-α Production and Anti-Cyclic Citrullinated Peptide Autoantibody Generation in Early Rheumatoid Arthritis 2025-Jun, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/art.43083 PMID:39681508	research paper	本研究探讨了内源性逆转录元件（EREs）在早期类风湿性关节炎（eRA）中的表达及其与干扰素-α（IFN-α）产生和抗环瓜氨酸肽（anti-CCP）自身抗体生成的关系	首次在eRA中研究了外周血和滑膜组织中ERE的表达，揭示了ERE与IFN-I产生及anti-CCP自身抗体之间的潜在因果关系	样本量相对较小（eRA滑膜组织样本n=22，全血样本n=56），且未进行功能性实验验证ERE的直接作用	探索EREs在eRA发病机制中的作用及其与IFN-I和anti-CCP自身抗体的关系	早期类风湿性关节炎（eRA）患者的外周血和滑膜组织样本	风湿病学	类风湿性关节炎	逆转录聚合酶链反应（RT-PCR）、NanoString技术、流式细胞术、单细胞测序	NA	基因表达数据、蛋白质水平数据	eRA滑膜组织样本22例，全血样本56例，以及早期银屑病关节炎（ePsA）和骨关节炎（OA）患者的样本
4	2025-05-31	Association of Synovial Innate Immune Exhaustion With Worse Pain in Knee Osteoarthritis 2025-Jun, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/art.43089 PMID:39690716	research paper	该研究探讨了膝关节骨关节炎（OA）疼痛与滑膜先天免疫细胞耗竭之间的关联	首次揭示了滑膜先天免疫调节细胞的耗竭和功能障碍与更严重的OA疼痛相关，并提出了其作为潜在治疗靶点的重要性	样本量相对较小（n=122），且未探讨其他可能影响疼痛的因素	识别与膝关节OA更严重疼痛相关的滑膜先天免疫细胞亚群和病理生理机制	122名轻度至重度膝关节OA疼痛患者的滑膜组织活检	免疫病理学	骨关节炎	空间转录组学、蛋白质组学、单细胞RNA测序	NA	组织样本、基因表达数据	122名患者（其中32例进行空间组学分析，8例进行单细胞测序）
5	2025-05-31	The influence of age on cellular senescence in injured versus healthy muscle and its implications on rotator cuff injuries 2025-Jun, Journal of shoulder and elbow surgery IF:2.9Q1 DOI:10.1016/j.jse.2025.02.008 PMID:40057173	研究论文	研究年龄对受伤与健康肌肉中细胞衰老的影响及其在肩袖损伤中的意义	首次在肩袖肌肉组织中识别出六种主要细胞群，并发现老年FAPs中衰老标志物和纤维化炎症相关基因表达增加	样本来源仅限于手术患者，可能无法完全代表一般人群	探究年龄对肩袖损伤中细胞衰老的影响机制	年轻和老年患者的肩袖肌肉组织样本	生物医学	肩袖损伤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	年轻和老年患者的肩袖肌肉组织样本（具体数量未提及）
6	2025-05-31	Lung endothelial cell heterogeneity in health and pulmonary vascular disease 2025-Jun-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology DOI:10.1152/ajplung.00296.2024 PMID:39772753	综述	本文探讨了肺内皮细胞在健康和肺血管疾病中的异质性，特别是通过单细胞RNA测序技术的视角	利用scRNA-seq技术揭示了肺内皮细胞的异质性及其在肺动脉高压发病机制中的作用，发现了新的细胞类型如aerocytes和general capillary ECs	NA	研究肺内皮细胞异质性在肺血管疾病中的作用	肺内皮细胞	生物医学	肺动脉高压	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单核RNA测序、空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
7	2025-05-31	NOTCH1 Mutation and Survival Analysis of Tislelizumab in Advanced or Metastatic Esophageal Squamous Cell Carcinoma: A Biomarker Analysis From the Randomized, Phase III, RATIONALE-302 Trial 2025-Jun, Journal of clinical oncology : official journal of the American Society of Clinical Oncology IF:42.1Q1 DOI:10.1200/JCO-24-01818 PMID:40179324	研究论文	本研究通过RATIONALE-302试验的生物标志物分析，探讨了NOTCH1突变与替雷利珠单抗在晚期或转移性食管鳞状细胞癌中的生存分析关系	首次将NOTCH1突变鉴定为替雷利珠单抗治疗食管鳞状细胞癌的潜在预测生物标志物，并通过单细胞RNA测序揭示了Notch1缺陷如何促进免疫激活的肿瘤微环境	研究样本来自特定的临床试验（RATIONALE-302），可能限制了结果的普遍适用性	探索食管鳞状细胞癌中抗PD-1治疗的预测生物标志物及其潜在分子机制	晚期或转移性食管鳞状细胞癌患者	数字病理	食管鳞状细胞癌	肿瘤基因组分析、转录组测序、单细胞RNA测序	Notch1敲除的ESCC小鼠模型	基因组数据、转录组数据	RATIONALE-302研究中的患者样本
8	2025-05-31	Multi-omics analysis identified and confirmed TNF-α as a key initiator of the inflammatory response following spinal cord injury 2025-Jun, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.143866 PMID:40319972	研究论文	本研究通过多组学分析揭示了锌离子如何通过调节TNF-α信号通路减轻脊髓损伤后的免疫炎症反应	首次整合转录组学、代谢组学和单细胞RNA测序技术，阐明锌离子通过抑制TNF-α信号通路调控脊髓损伤后的免疫炎症反应	锌离子调控TNF-α信号通路的具体分子机制仍需进一步研究	探究锌离子在脊髓损伤后免疫炎症反应中的调控机制	脊髓损伤后的免疫炎症反应及锌离子的调控作用	生物医学	脊髓损伤	多组学分析（转录组学、代谢组学、单细胞RNA测序）	NA	组学数据	人类和小鼠的免疫细胞图谱
9	2025-05-31	Lipopolysaccharide alters cell communication at the maternal-fetal interface revealed by single-cell RNA-sequencing 2025-Jun, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.143939 PMID:40328399	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术探讨了脂多糖（LPS）诱导的炎症对母胎界面细胞组成、细胞间相互作用及关键信号通路的影响	首次利用单细胞RNA测序技术揭示LPS如何改变母胎界面的细胞通讯及信号通路	研究仅关注了LPS诱导的炎症效应，未涉及其他类型感染或炎症的影响	探究LPS诱导的炎症对母胎界面细胞通讯的影响	母胎界面细胞（包括子宫内膜上皮细胞、基质细胞、成纤维细胞等）	生殖医学	妊娠相关疾病	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量，但涉及多种细胞类型（包括15种其他细胞类型）
10	2025-05-31	Immunopipe: a comprehensive and flexible scRNA-seq and scTCR-seq data analysis pipeline 2025-Jun, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqaf063 PMID:40391086	研究论文	介绍了一个名为immunopipe的综合灵活的单细胞RNA测序(scRNA-seq)和单细胞TCR测序(scTCR-seq)数据分析流程	提供了命令行工具和用户友好的网页界面，便于无编程经验的研究者使用，支持scRNA-seq和scTCR-seq数据的整合分析	未提及具体的数据处理速度或计算资源需求，也未说明是否支持其他类型的单细胞测序数据	增强对T细胞介导的免疫的理解，促进免疫治疗的发展	单细胞RNA测序和单细胞TCR测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, scTCR-seq	NA	单细胞测序数据	NA
11	2025-05-31	Dynamics of T Cell-Mediated Immune Signaling Network During Pathogenesis of Chronic Obstructive Pulmonary Disease 2025-Jun, Yonsei medical journal IF:2.6Q1 DOI:10.3349/ymj.2024.0227 PMID:40414827	研究论文	本研究通过RNA测序分析了慢性阻塞性肺病(COPD)从轻度到重度阶段的免疫信号网络动态，并探讨了COPD与COVID-19之间的相关性	首次通过单细胞RNA测序揭示了COPD不同阶段的免疫反应变化，并发现了中度COPD与COVID-19的相似生物学模式	样本量相对较小，特别是严重COPD患者(n=3)和COVID-19患者(n=20)的样本数量有限	识别COPD从轻度到重度进展的特征，并探索COPD与COVID-19之间的相关性	健康个体(43人)、COPD患者(39人)、轻度(7人)/中度(7人)/重度(3人)COPD患者、COVID-19患者(20人)	生物医学研究	慢性阻塞性肺病(COPD)、COVID-19	Bulk RNA测序、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、单核RNA测序(snRNA-seq)	NA	RNA测序数据	总计126个样本(43健康+39 COPD+17不同阶段COPD+7健康+20 COVID-19)
12	2025-05-31	BPIFB1 is a prognostic biomarker and mediated collagen synthesis in idiopathic pulmonary fibrosis 2025-May-30, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000042671 PMID:40441200	research paper	该研究探讨了BPIFB1在特发性肺纤维化(IPF)中的表达及其与预后的关系，揭示了BPIFB1在肺纤维化和胶原合成中的作用	首次发现BPIFB1在IPF中的高表达与不良预后相关，并揭示了其可能通过调节肺成纤维细胞分化和胶原合成影响IPF的机制	研究主要基于生物信息学分析，需要更多实验验证BPIFB1在IPF中的具体分子机制	探究BPIFB1在特发性肺纤维化中的分子作用及其与肺功能的关系	BPIFB1基因及其在IPF患者中的表达模式	生物信息学	特发性肺纤维化	单细胞RNA测序, 转录组分析, 生物信息学分析	NA	基因表达数据	来自Gene Expression Omnibus数据库的IPF患者数据
13	2025-05-31	Single-cell and spatial transcriptome analyses reveal tumor heterogeneity and immune remodeling involved in pituitary neuroendocrine tumor progression 2025-May-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60028-5 PMID:40442104	研究论文	通过单细胞RNA测序和空间转录组学分析，揭示垂体神经内分泌肿瘤的异质性和免疫重塑在肿瘤进展中的作用	首次整合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，全面分析垂体神经内分泌肿瘤的肿瘤异质性和肿瘤微环境重构	样本量相对有限（57个组织样本），且未涉及治疗效果的实验验证	探究垂体神经内分泌肿瘤的进展机制及肿瘤微环境的重构	垂体神经内分泌肿瘤（PitNETs）	数字病理学	垂体神经内分泌肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学	NA	单细胞RNA测序数据、空间转录组数据	57个组织样本，超过177,000个细胞和35,000个位点
14	2025-05-31	Precision targeting of β-catenin induces tumor reprogramming and immunity in hepatocellular cancers 2025-May-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60457-2 PMID:40442146	研究论文	该研究探讨了针对β-catenin的精确靶向治疗在肝细胞癌（HCC）中的效果及其对肿瘤微环境的免疫调节作用	使用新型siRNA（LNP-CTNNB1）靶向β-catenin，在多种免疫活性HCC模型中显示出显著的肿瘤反应，并揭示了肿瘤细胞和免疫微环境的重编程机制	研究主要基于HCC模型，临床效果仍需进一步验证	探索β-catenin靶向治疗在HCC中的疗效及其与免疫检查点抑制剂（ICI）的联合应用潜力	β-catenin突变的肝细胞癌（HCC）模型	肿瘤免疫治疗	肝细胞癌	siRNA技术、单细胞转录组学、空间转录组学	NA	转录组数据	多种β-catenin突变的免疫活性HCC模型
15	2025-05-31	Single-cell analyses identify monocyte gene expression profiles that influence HIV-1 reservoir size in acutely treated cohorts 2025-May-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59833-9 PMID:40442100	research paper	该研究通过单细胞RNA测序分析，探讨了宿主基因表达对HIV-1病毒库大小的影响，并发现单细胞IL1B表达与病毒库大小呈负相关	首次通过单细胞RNA测序技术揭示单细胞IL1B表达与HIV-1病毒库大小的负相关性，并发现IL1B具有潜在的天然潜伏逆转活性	研究样本量较小（14名男性），且仅针对急性感染期开始ART治疗的个体	研究宿主基因表达对HIV-1病毒库大小的影响机制	HIV-1感染者的外周血细胞	生物医学研究	HIV/AIDS	单细胞RNA测序（scRNA-seq），完整前病毒DNA检测（IPDA®）	NA	单细胞RNA测序数据	14名男性（初始队列）和38名男性（验证队列）
16	2025-05-31	Subacute dibutyl phthalate exposure impairs hepatic T cells and facilitates hepatitis B progression in mouse liver 2025-May-28, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.118398 PMID:40440982	research paper	该研究探讨了亚急性邻苯二甲酸二丁酯（DBP）暴露如何通过损害肝脏T细胞功能促进乙型肝炎病毒（HBV）进展	首次揭示了DBP通过诱导T细胞耗竭破坏肝脏免疫微环境，从而加剧HBV感染的机制，并提供了流行病学证据支持这一发现	研究主要基于小鼠模型，人类数据的相关性需要进一步验证	探究亚急性PAEs暴露对肝脏免疫微环境和HBV感染的影响	HBV感染患者和小鼠模型	免疫学	乙型肝炎	单细胞RNA测序、流式细胞术、共培养实验	小鼠模型	基因表达数据、临床指标	HBV感染患者的肝组织样本和尿液样本，以及实验小鼠
17	2025-05-31	Tolerance and heteroresistance to echinocandins in Candida auris: conceptual issues, clinical implications, and outstanding questions 2025-May-27, mSphere IF:3.7Q2 DOI:10.1128/msphere.00161-25 PMID:40237528	review	本文探讨了Candida auris对棘白菌素的耐受性和异质性耐药性及其临床意义	讨论了棘白菌素耐受性和异质性耐药性对治疗的挑战及其潜在的临床影响	这些机制的临床意义尚不明确，且相关数据有限	理解Candida auris对棘白菌素的耐受性和异质性耐药性的机制及其临床影响	Candida auris及其对棘白菌素的反应	微生物学	真菌感染	空间转录组学	NA	NA	NA
18	2025-05-31	Chaperonin containing TCP1 subunit 5 as a novel pan-cancer prognostic biomarker for tumor stemness and immunotherapy response: insights from multi-omics data, integrated machine learning, and experimental validation 2025-May-27, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-04071-7 PMID:40423850	研究论文	本研究通过多组学数据和机器学习方法，揭示了CCT5在泛癌中的预后价值和免疫治疗反应预测作用	首次全面评估CCT5在33种癌症类型中的表达模式，开发了基于CCT5的免疫治疗反应预测模型CCT5.Sig	研究主要基于生物信息学分析，需要更多实验验证	探索CCT5在癌症进展中的作用及其作为免疫治疗反应预测标志物的潜力	33种癌症类型的肿瘤组织和免疫微环境	生物信息学	泛癌研究	多组学分析（包括bulk RNA-seq、scRNA-seq和空间转录组学）、机器学习	机器学习模型（具体类型未明确说明）	多组学数据（转录组、表观遗传组等）	23个免疫检查点阻断队列（n=1394），涵盖8种癌症类型
19	2025-05-31	Comparative analysis of the syncytiotrophoblast in placenta tissue and trophoblast organoids using snRNA sequencing 2025-May-27, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.101170 PMID:40424181	研究论文	通过单核和单细胞RNA测序技术，比较分析胎盘组织和滋养层类器官中的合胞体滋养层（STB）的差异	首次使用单核RNA测序技术捕获STB群体，并揭示了三种核亚型，同时鉴定了类器官培养条件下STB标记物和激素的表达差异	研究未涉及RYBP敲除对STB融合以外的其他功能影响，且样本来源和时间点有限	理解合胞体滋养层（STB）的分化过程及其核异质性	胎盘组织和滋养层类器官（TOs）中的合胞体滋养层（STB）	单细胞测序	NA	单核RNA测序（snRNA-seq）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	胎盘组织（早孕期和足月）及滋养层类器官（TOs）
20	2025-05-31	Longitudinal scRNA-seq of retinal organoids derived from Stargardt disease patient with ABCA4 mutation 2025-May-27, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-025-05079-5 PMID:40425564	research paper	该研究通过从携带ABCA4基因突变的Stargardt病患者诱导多能干细胞（iPSCs）生成视网膜类器官，并进行单细胞RNA测序（scRNA-seq），以研究Stargardt病的发育机制	使用患者来源的iPSCs生成视网膜类器官，并进行纵向scRNA-seq分析，为研究Stargardt病提供了新的模型和数据集	研究仅针对中国STGD患者中最常见的ABCA4变异，可能无法涵盖所有突变类型	研究Stargardt病（STGD）的发育机制和ABCA4基因突变相关的病理变化	视网膜类器官和携带ABCA4突变的iPSCs	digital pathology	Stargardt病	scRNA-seq	视网膜类器官模型	RNA-seq数据	多个发育阶段（40、90、150、200和260天）的视网膜类器官