单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-05-19	Spatial multi-omics analysis of metabolic heterogeneity in zebrafish exposed to microcystin-LR and its disinfection byproducts 2025-Jul-15, Water research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.watres.2025.123599 PMID:40209558	研究论文	本研究采用空间多组学方法，探究了斑马鱼暴露于微囊藻毒素-LR及其消毒副产物后的代谢异质性	首次将空间多组学技术应用于研究MC-LR和MCLR-DBPs对斑马鱼的代谢干扰，揭示了代谢物和基因空间分布的变化	研究仅针对斑马鱼模型，结果向人类健康的直接外推需谨慎	探究MC-LR及其消毒副产物MCLR-DBPs对生物体的空间代谢干扰机制	斑马鱼	环境毒理学	NA	空间多组学（整合代谢组学、空间代谢组学和空间转录组学）	NA	多组学数据（代谢物和基因表达数据）	NA
2	2025-05-19	TransAnno-Net: A Deep Learning Framework for Accurate Cell Type Annotation of Mouse Lung Tissue Using Self-supervised Pretraining 2025-Jul, Computer methods and programs in biomedicine IF:4.9Q1 DOI:10.1016/j.cmpb.2025.108809 PMID:40315689	research paper	提出了一种名为TransAnno-Net的深度学习框架，用于通过自监督预训练准确注释小鼠肺组织中的细胞类型	结合迁移学习和Transformer架构，利用自监督预训练减少标注成本，并通过随机过采样技术解决细胞类型不平衡问题	主要针对小鼠肺组织，跨器官和跨平台性能虽有验证但可能仍有局限性	开发一种高效且准确的单细胞RNA测序数据细胞类型注释方法	小鼠肺组织的单细胞RNA测序数据	digital pathology	lung cancer	scRNA-seq	Transformer	RNA-seq数据	约100,000个细胞
3	2025-05-19	Single-cell RNA sequencing-derived signatures define response patterns to atezolizumab + bevacizumab in advanced hepatocellular carcinoma 2025-Jun, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2024.12.016 PMID:39709141	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了晚期肝细胞癌患者对atezolizumab和bevacizumab联合治疗的两种不同反应模式	首次通过单细胞RNA测序定义了晚期肝细胞癌对atezo+bev治疗的两种分子亚型（免疫活性型和血管生成驱动型）以及耐药特征	样本量相对有限（n=422），且为回顾性分析	揭示atezo+bev联合治疗晚期肝细胞癌的临床获益与耐药性的细胞学机制	晚期肝细胞癌患者	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	422例晚期肝细胞癌患者样本（其中atezo+bev组317例，atezolizumab单药组47例，索拉非尼组58例）
4	2025-05-19	New insights into tumor microenvironment and HPV integrations in cervical cancer pathogenesis revealed by single-cell transcriptome data 2025-May-17, Human molecular genetics IF:3.1Q2 DOI:10.1093/hmg/ddaf027 PMID:40151001	研究论文	利用单细胞RNA测序技术研究宫颈癌发病机制中肿瘤微环境与HPV整合的关系	开发了一种从scRNA-seq数据中识别HPV整合事件的方法，并发现了新的HPV整合基因	NA	研究宫颈癌发病机制中细胞异质性与HPV整合的关联	正常患者及三个疾病阶段（HSIL、MIC、CSCC）的宫颈组织	数字病理学	宫颈癌	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	正常患者及三个疾病阶段（HSIL、MIC、CSCC）的宫颈组织样本
5	2025-05-19	DNA hypermethylation of PLTP mediated by DNMT3B aggravates vascular dysfunction in diabetic retinopathy via the AKT/GSK3β signaling pathway 2025-May-17, Clinical epigenetics IF:4.8Q1 DOI:10.1186/s13148-025-01874-4 PMID:40380281	研究论文	本研究探讨了磷脂转移蛋白（PLTP）在糖尿病视网膜病变（DR）中血管功能障碍的作用及其DNA甲基化调控机制	首次揭示了DNMT3B介导的PLTP DNA高甲基化通过AKT/GSK3β信号通路加重DR血管功能障碍的分子机制	研究主要基于细胞和小鼠模型，尚未在人体组织中进行验证	阐明PLTP在DR血管功能障碍中的作用及其DNA甲基化调控机制	人视网膜微血管内皮细胞（HRMECs）和链脲佐菌素处理的小鼠	分子病理学	糖尿病视网膜病变	单细胞测序、转录组测序、免疫共沉淀、荧光素酶报告基因检测	NA	基因表达数据、甲基化数据	细胞模型和小鼠模型（具体数量未说明）
6	2025-05-19	Integrating single-cell with transcriptome-proteome Mendelian randomization reveals colorectal cancer targets 2025-May-17, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02636-7 PMID:40381082	研究论文	通过整合单细胞数据、转录组数据、蛋白质组数据和GWAS数据进行MR分析，识别出CTSF、PCSK7、LYZ、LMAN2L作为结直肠癌的潜在靶点	结合单细胞转录组学、转录组学、蛋白质组学和MR的多组学框架，解析结直肠癌发病机制的细胞类型特异性驱动因素	仅从公共数据库中获取数据，未进行实验验证	识别结直肠癌发病机制中的关键基因	结直肠癌相关基因	生物信息学	结直肠癌	单细胞RNA测序、GWAS、eQTL/pQTL分析、MR分析	NA	基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据	公共数据库中的GWAS数据、eQTL数据、pQTL数据和单细胞RNA测序数据
7	2025-05-19	Effects of ER-phagy regulatory genes on the microenvironment of hepatocellular carcinoma: a comprehensive analysis 2025-May-17, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02649-2 PMID:40381129	research paper	该研究通过综合分析方法探讨了ER-phagy调控基因对肝细胞癌微环境的影响	结合单细胞测序数据、孟德尔随机化和生物信息学分析，首次阐明了ER-phagy基因在HCC微环境中的潜在作用，并构建了预后模型	研究未涉及ER-phagy基因调控的具体分子机制	阐明ER-phagy调控基因在肝细胞癌微环境中的作用及其与患者预后的关系	肝细胞癌微环境中的免疫细胞（T细胞、树突状细胞、巨噬细胞和单核细胞）	digital pathology	liver cancer	single-cell sequencing, Mendelian randomization, bioinformatics analysis	prognostic model	genomic data, clinical data	未明确说明样本数量，但涉及MVI+和MVI-两组HCC患者
8	2025-05-19	The Role of Omics Techniques in Diabetic Wound Healing: Recent Insights into the Application of Single-Cell RNA Sequencing, Bulk RNA Sequencing, Spatial Transcriptomics, and Proteomics 2025-May-17, Advances in therapy IF:3.4Q2 DOI:10.1007/s12325-025-03212-9 PMID:40381157	review	本文综述了组学技术在糖尿病足溃疡（DFU）愈合中的最新应用，包括单细胞RNA测序、批量RNA测序、空间转录组学和蛋白质组学	综述了组学技术（如scRNA-seq、bulk RNA-seq、空间转录组学和蛋白质组学）在DFU研究中的最新应用，为靶向治疗提供了新见解	未提及具体研究的样本量或实验设计的局限性	探讨组学技术在糖尿病足溃疡愈合机制研究中的应用	糖尿病足溃疡（DFUs）	digital pathology	diabetes	scRNA-seq, bulk RNA-seq, spatial transcriptomics, proteomics	NA	omics data	NA
9	2025-05-19	Anti-BCL2 therapy eliminates giant congenital melanocytic nevus by senolytic and immune induction 2025-May-16, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-025-02247-2 PMID:40374605	research paper	该研究探讨了抗BCL2疗法通过衰老细胞清除和免疫诱导消除巨大先天性黑色素细胞痣的潜力	首次发现BCL2蛋白在GCMN的衰老和增殖细胞中表达，并证明BCL2抑制剂能有效清除GCMN细胞，同时揭示了免疫细胞在治疗中的关键作用	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未进行大规模临床试验	开发针对巨大先天性黑色素细胞痣(GCMN)的新型治疗方法	巨大先天性黑色素细胞痣(GCMN)患者细胞、异种移植模型和转基因模型	肿瘤治疗	黑色素细胞痣/皮肤肿瘤	单细胞测序、免疫染色、异种移植模型	患者来源异种移植模型(PDX)、Nras突变和Braf突变转基因模型	细胞实验数据、组织学数据、测序数据	GCMN患者细胞样本、多种动物模型
10	2025-05-19	Integrating multi-omics data to identify the role of Aggrephagy-related genes in tumor microenvironment and key tumorigenesis factors of GB from the perspective of single-cell sequencing 2025-May-16, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02431-4 PMID:40377747	研究论文	本研究通过单细胞测序技术探索了聚集自噬相关基因（ARGs）在胶质母细胞瘤（GB）中的作用及其对肿瘤微环境（TME）和肿瘤发生的影响	首次利用单细胞测序技术分析ARGs在GB中的作用，并通过分子对接分析鉴定出TUBA1C和UBB作为潜在治疗靶点	未明确提及样本量大小及具体实验验证过程	探究ARGs在GB肿瘤微环境和肿瘤发生中的关键作用及其预后和治疗潜力	胶质母细胞瘤（GB）及其肿瘤微环境（TME）	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞测序、非负矩阵分解、分子对接分析	NA	单细胞测序数据	NA
11	2025-05-19	Deciphering the interaction between the expression of LRP2 served as a mitochondrial metabolism-related gene and prognosis in colon cancer integrating multi-omics analysis 2025-May-16, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02568-2 PMID:40377809	research paper	该研究通过多组学分析探讨了LRP2基因在结肠癌中的表达及其预后价值，并初步验证了其在患者样本和细胞水平的作用	首次将LRP2作为线粒体代谢相关基因与结肠癌预后关联，并通过单细胞测序和转录组学数据集进行验证	研究样本量有限，且未进行动物模型验证	鉴定结肠癌中的重要生物标志物和治疗靶点	结肠腺癌(COAD)患者和结肠癌细胞系	digital pathology	colon cancer	单细胞测序、转录组学分析、免疫组化(IHC)染色、CCK-8和流式细胞术	NA	基因表达数据、临床病理数据	TCGA数据库中的肿瘤样本和正常组织，以及GEO数据库中的数据集
12	2025-05-19	Sialyltransferase gene signature as a predictor of prognosis and therapeutic response in kidney renal clear cell carcinoma 2025-May-16, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02566-4 PMID:40377806	研究论文	本研究基于唾液酸转移酶相关基因(SRGs)开发了一个预后模型，用于预测肾透明细胞癌(KIRC)患者的预后和治疗反应	首次基于SRGs构建KIRC预后模型，揭示了唾液酸化在KIRC中的关键作用，并发现了两种分子亚型的不同药物敏感性	研究主要依赖TCGA和ICGC数据库的回顾性数据，需要前瞻性临床研究进一步验证	开发预测KIRC患者预后和治疗反应的生物标志物模型	肾透明细胞癌(KIRC)患者	癌症基因组学	肾癌	RNA-Seq, scRNA-seq, 生物信息学分析	Cox回归风险模型	基因表达数据	TCGA和ICGC数据库中的KIRC样本
13	2025-05-19	The critical role of BMP signaling in gastric epithelial cell differentiation revealed by organoids 2025-May-16, Cell regeneration (London, England) DOI:10.1186/s13619-025-00237-x PMID:40377813	研究论文	本研究通过结合单细胞RNA测序和信号通路调控，揭示了BMP信号在胃上皮细胞分化中的关键作用	发现了BMP4信号对胃上皮细胞分化的促进作用，以及Zbtb7b作为新型调控因子控制pit细胞分化	研究主要基于体外器官模型，可能无法完全反映体内复杂环境	揭示胃上皮细胞分化的分子机制及其在小鼠和人类中的异同	小鼠和人类胃器官样体	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	器官样体模型	基因表达数据	NA
14	2025-05-19	SARS-CoV-2 induced immune perturbations in infants vary with disease severity and differ from adults' responses 2025-May-16, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59411-z PMID:40379618	research paper	该研究通过多维方法解析了SARS-CoV-2感染婴儿的免疫反应，并与成人反应进行了比较	首次系统地研究了住院重症婴儿的免疫反应，揭示了婴儿与成人在免疫反应上的显著差异	样本量较小（26名感染婴儿和14名对照），且仅针对住院婴儿进行研究	解析SARS-CoV-2感染婴儿的免疫反应特征及其与成人的差异	SARS-CoV-2感染的婴儿（n=26）和匹配的对照组（n=14）	免疫学	COVID-19	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据和血清细胞因子数据	26名SARS-CoV-2感染婴儿（10名亚急性、11名中度和5名重症）和14名匹配对照
15	2025-05-19	Advances in spatial transcriptomics and its application in the musculoskeletal system 2025-May-16, Bone research IF:14.3Q1 DOI:10.1038/s41413-025-00429-w PMID:40379648	综述	本文总结了空间转录组学的最新进展及其在肌肉骨骼系统中的应用	强调了空间转录组学在揭示肌肉骨骼系统生理机制和疾病研究中的新兴作用	讨论了空间转录组学在技术和应用上的挑战及未来方向	探讨空间转录组学在肌肉骨骼系统研究中的应用和潜力	肌肉骨骼系统在生理和各种病理状态下的细胞和分子空间定位及细胞间相互作用	空间转录组学	肌肉骨骼系统疾病（包括炎症、创伤、退行性和肿瘤性疾病）	空间转录组学技术	NA	基因表达数据和空间信息数据	NA
16	2025-05-19	USP2 inhibition unleashes CD47-restrained phagocytosis and enhances anti-tumor immunity 2025-May-16, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59621-5 PMID:40379682	研究论文	本文研究了USP2抑制如何通过降解CD47重塑肿瘤微环境，从而增强抗PD-1免疫治疗的效果	揭示了USP2通过去泛素化稳定CD47的机制，并证明USP2抑制可增强巨噬细胞吞噬作用和抗肿瘤免疫力	临床数据有限，主要基于小鼠模型	探索CD47的调控机制，以开发更有效的联合治疗方法	肿瘤细胞和肿瘤微环境	肿瘤免疫学	癌症	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	小鼠模型和临床样本
17	2025-05-19	A novel LncRNA risk model for disulfidptosis-related prognosis prediction and response to chemotherapy in acute myeloid leukemia 2025-May-16, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-01730-8 PMID:40379722	研究论文	研究构建了一个与二硫化物凋亡相关的长链非编码RNA风险模型，用于预测急性髓性白血病的预后和化疗反应	首次构建了基于二硫化物凋亡相关长链非编码RNA的预测模型，并验证了其在AML预后预测和化疗反应评估中的实用性	研究样本量可能有限，且需要进一步实验验证模型的临床适用性	探索二硫化物凋亡与急性髓性白血病的关系，并开发预后预测模型	急性髓性白血病患者	生物信息学	急性髓性白血病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), RT-qPCR	Cox比例风险模型, LASSO回归	基因表达数据	来自GEO数据库的AML患者scRNA-seq数据，以及AML患者和健康对照的RT-qPCR数据
18	2025-05-19	scRNA-seq reveals transcriptional plasticity of var gene expression in Plasmodium falciparum for host immune avoidance 2025-May-16, Nature microbiology IF:20.5Q1 DOI:10.1038/s41564-025-02008-5 PMID:40379932	research paper	该研究通过单细胞转录组学技术揭示了疟原虫var基因表达的转录可塑性及其在宿主免疫逃避中的作用	发现疟原虫除了单等位基因var基因表达外，还能同时表达多个var基因或进入几乎不表达var基因的状态，这种转录灵活性增强了寄生虫的适应能力	研究仅使用了3D7和IT4两种克隆寄生虫系，可能无法完全代表自然界中的多样性	探究疟原虫var基因表达的转录可塑性及其在免疫逃避中的机制	恶性疟原虫(Plasmodium falciparum)的var基因家族	基因组学	疟疾	单细胞转录组学(scRNA-seq)、富集探针和便携式微孔系统	NA	转录组数据	3D7和IT4两种克隆寄生虫系
19	2025-05-19	Identifying Key Plasma Proteins in the Onset of Parkinson's Disease: Proteome-Wide Mendelian Randomization and Single-Cell RNA Sequencing Analysis 2025-May-16, Molecular neurobiology IF:4.6Q1 DOI:10.1007/s12035-025-05041-x PMID:40380075	研究论文	通过蛋白质组范围的孟德尔随机化和单细胞RNA测序分析，识别帕金森病发病过程中的关键血浆蛋白	首次结合孟德尔随机化分析和单细胞RNA测序技术，系统性地研究了血浆蛋白与帕金森病的因果关系，并揭示了潜在的治疗靶点	需要进一步的实验验证来确认这些血浆蛋白作为诊断标志物和治疗靶点的潜力	探索帕金森病的发病机制，寻找可及的血浆标志物和靶向治疗药物	帕金森病患者和2923种血浆蛋白	生物医学研究	帕金森病	孟德尔随机化分析、共定位分析、SMR分析、HEIDI测试、单细胞RNA测序、生物信息学分析	NA	蛋白质组数据、单细胞RNA测序数据	UK Biobank中的2923种血浆蛋白
20	2025-05-19	M2-ApoBDs as a therapeutic strategy for systemic lupus erythematosus: targeted macrophage reprogramming and treg differentiation 2025-May-16, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s12951-025-03437-4 PMID:40380199	研究论文	探讨M2巨噬细胞来源的凋亡体（M2-ApoBDs）作为系统性红斑狼疮（SLE）治疗新策略的效果	首次发现M2-ApoBDs能选择性靶向脾脏并重编程巨噬细胞，促进Treg细胞分化，为SLE提供新治疗策略	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体验证	开发针对系统性红斑狼疮的有效靶向治疗方法	系统性红斑狼疮小鼠模型	免疫学	系统性红斑狼疮	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据、免疫学实验数据	SLE小鼠模型