单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-09-06	Organelle symphony: Nuclear factor erythroid 2-related factor 2 and nuclear factor-kappa B in stroke pathobiology 2026-Apr-01, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-01404 PMID:40146002	综述	本文综述了核因子E2相关因子2（Nrf2）和核因子κB（NF-κB）在缺血性和出血性中风病理生物学中的作用机制	重点探讨了Nrf2与NF-κB在细胞器交互作用中的潜在串扰及其对中风病理生理学的影响，并结合单细胞测序等新技术展望个体化治疗	NA	阐明Nrf2和NF-κB在中风氧化应激、炎症和神经保护中的分子机制	中风相关的转录因子信号通路及细胞器功能	病理生物学	脑血管疾病	单细胞测序、空间转录组学	NA	NA	NA
2	2025-09-06	Construction of a gene-metabolite-microbiome regulatory network reveals novel therapeutic targets in bladder cancer through multi-omics analysis 2025-Dec, Annals of medicine IF:4.9Q1 DOI:10.1080/07853890.2025.2553220 PMID:40908816	研究论文	通过多组学分析构建膀胱癌的基因-代谢物-微生物调控网络，揭示新的治疗靶点	首次整合转录组、外显子组、代谢组和微生物组数据构建膀胱癌调控网络，发现成纤维细胞的关键调控作用及基因-代谢物负相关关系	研究样本量有限，部分发现需在更大队列中验证	阐明膀胱癌的发病机制并识别潜在治疗靶点	膀胱癌患者的肿瘤组织和癌旁组织	多组学分析	膀胱癌	转录组测序、全外显子组测序、代谢组分析、微生物组分析、单细胞测序	NA	基因组数据、代谢组数据、微生物组数据、单细胞数据	膀胱癌患者肿瘤和癌旁组织样本（具体数量未说明）
3	2025-09-06	SGLT2 inhibitors and cardiac fibrosis: A comprehensive review 2025-Oct, Current problems in cardiology IF:3.0Q2 DOI:10.1016/j.cpcardiol.2025.103149 PMID:40769233	综述	本文全面综述了SGLT2抑制剂在心脏纤维化中的作用机制和临床证据	系统整合了SGLT2抑制剂在糖尿病和非糖尿病背景下通过多途径（氧化应激、线粒体功能等）抗纤维化的新机制证据	主要心血管结局试验中缺乏纤维化特异性终点，且缺乏人体组织学验证	探讨SGLT2抑制剂作为心脏纤维化调节剂在不同心血管疾病状态中的作用	心脏纤维化病理机制及SGLT2抑制剂的干预效果	心血管医学	心血管疾病	心脏磁共振评估、血清胶原生物标志物检测、人工智能驱动的纤维化量化	NA	临床数据、实验模型数据、影像数据	NA（综述文章未涉及具体样本量）
4	2025-09-06	Antioxidant functionalized double-net/TA dynamic hydrogel promotes cartilage regeneration through stabilization of chondrocyte phenotype 2025-Oct, Materials today. Bio DOI:10.1016/j.mtbio.2025.102203 PMID:40893359	研究论文	本研究开发了一种抗氧化功能化双网络/TA动态水凝胶，通过稳定软骨细胞表型促进软骨再生	首次发现软骨细胞在扩增过程中代谢模式从糖酵解向氧化磷酸化转变，并设计了一种新型抗氧化DN-TA水凝胶系统通过调节代谢稳定软骨细胞表型	研究主要在裸鼠皮下植入模型中进行，尚未在更复杂的关节环境中验证	探究软骨细胞扩增过程中的代谢重编程机制，并通过代谢调控优化软骨组织工程策略	软骨细胞	组织工程	软骨缺损	单细胞RNA测序，转录组分析	NA	基因表达数据	P3代软骨细胞在裸鼠皮下植入8/12周
5	2025-09-06	RNA-seq dataset of the estrogen-dependent regulation of the transcriptome in mouse mammary gland organoids 2025-Oct, Data in brief IF:1.0Q3 DOI:10.1016/j.dib.2025.111984 PMID:40896136	研究论文	本研究通过RNA测序分析雌激素处理的小鼠乳腺类器官转录组，揭示雌激素信号通路对乳腺上皮基因的调控作用	首次利用乳腺类器官模型结合bulk mRNA-seq技术系统研究雌激素依赖性转录组调控，为单细胞水平研究提供基础数据	仅使用bulk RNA-seq技术，未能解析细胞异质性；研究局限于小鼠模型，需进一步验证人体相关性	探究雌激素信号通路对乳腺上皮细胞转录组的特异性调控机制	小鼠乳腺上皮类器官	转录组学	乳腺癌	RNA-seq, next-generation sequencing	DESeq2	RNA测序数据	雌激素处理的成熟小鼠乳腺类器官（11天处理周期）
6	2025-09-06	Integrated 'omics analysis reveals human milk oligosaccharide biosynthesis programs in human lactocytes 2025-Sep-19, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.113269 PMID:40894860	研究论文	通过整合单细胞RNA测序和HMO浓度数据，揭示人类乳腺细胞中母乳低聚糖生物合成的细胞类型特异性程序	首次在单细胞水平识别HMO合成基因的表达模式，发现新的候选基因和转录因子，并提出HMO合成通过乳细胞亚型特化完成	NA	阐明人类乳腺中母乳低聚糖的生物合成途径和调控机制	人类乳腺上皮细胞	生物信息学	NA	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	基因表达数据、浓度测量数据	NA
7	2025-09-06	Combined endurance and resistance exercise training alters the spatial transcriptome of skeletal muscle in young adults 2025-Sep-19, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.113301 PMID:40894879	研究论文	本研究通过空间转录组学技术结合免疫荧光和计算方法，解析了联合耐力与抗阻运动训练对人类骨骼肌肌纤维和单核细胞群体的分子适应机制	首次采用空间转录组学技术揭示运动诱导的肌纤维类型特异性基因表达变化，并结合单细胞RNAseq数据发现间质细胞群体与血管生成相关的运动诱导转变	研究样本仅限于年轻成年人，未涵盖其他年龄组或特殊人群	全面分析联合耐力与抗阻运动训练引起的骨骼肌分子变化	人类骨骼肌组织中的肌纤维和单核细胞群体	空间转录组学	NA	空间转录组学、免疫荧光、单细胞RNAseq	计算方法（未指定具体模型）	空间转录组数据、单细胞RNAseq数据、图像数据	年轻成年人骨骼肌样本（具体数量未明确说明）
8	2025-09-06	MEK inhibition prevents human skin graft rejection by promoting CD8+TCF1+ over CD8 effector T cells 2025-Sep-19, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.113310 PMID:40894910	研究论文	本研究探讨MEK抑制剂trametinib通过调节CD8+T细胞分化延缓人类皮肤移植排斥反应的机制	首次在人类移植模型中揭示MEK抑制剂通过促进CD8+TCF1+干细胞样T细胞积累而非减少移植物浸润来延长移植物存活	研究基于NSG小鼠重建模型，可能无法完全模拟人类体内免疫环境	评估MEK抑制剂在器官移植中的免疫调节作用	人类皮肤移植模型和重建的免疫系统	移植免疫学	移植排斥	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用NSG小鼠重建第三方人类PBMCs的皮肤移植模型
9	2025-09-06	Systemic comparison of molecular characteristics in different skin fibroblast senescent models 2025-Sep-05, Chinese medical journal IF:7.5Q1 DOI:10.1097/CM9.0000000000003312 PMID:39329281	研究论文	本研究系统比较了不同皮肤成纤维细胞衰老模型的分子特征，包括转录组差异和免疫微环境影响	首次对四种不同诱导方式（UVB照射、D-半乳糖刺激、阿扎那韦处理、复制衰竭）的衰老模型与天然衰老成纤维细胞进行多维度对比分析	D-半乳糖刺激模型未能清晰呈现衰老特征，模型间存在显著差异	比较不同衰老诱导模型与天然衰老成纤维细胞的分子特征相似性	人皮肤原代成纤维细胞（来自儿童和老年人捐赠者）	细胞生物学	皮肤衰老相关疾病	流式细胞术、免疫荧光染色、实时定量PCR、共培养实验、bulk RNA测序、单细胞RNA测序验证	NA	基因表达数据、细胞表型数据	儿童和老年人来源的原代成纤维细胞，四种诱导衰老模型
10	2025-09-06	Screening, Validation, and Machine Learning-Based Evaluation of Serum Protein Biomarkers for Esophageal Squamous Cell Carcinoma Based on Single-Cell Subtype-Specific Genes 2025-Sep-05, Journal of proteome research IF:3.8Q1 DOI:10.1021/acs.jproteome.5c00475 PMID:40799020	研究论文	基于单细胞亚型特异性基因筛选、验证血清蛋白生物标志物，并利用机器学习构建食管鳞状细胞癌诊断模型	整合scRNA-seq、蛋白质组学和ELISA技术，利用成纤维细胞和上皮细胞的异质性相关基因开发诊断流程，并构建了交互式网络诊断工具	模型在验证集的AUC为0.767，性能有待进一步提升	开发食管鳞状细胞癌的早期诊断生物标志物和诊断模型	食管鳞状细胞癌患者、高级别上皮内瘤变病例和正常对照	数字病理学	食管癌	scRNA-seq, 蛋白质组学, ELISA, 机器学习	SVM	蛋白质表达数据	344例ESCC患者、46例HGIN病例和390例正常对照
11	2025-09-06	Patient-Derived Organoids from Multiple Sites of a Single Tumor Recapitulates Intratumoral Heterogeneity in Patients with Gastric Cancer 2025-Sep-05, Gut and liver IF:3.4Q2 DOI:10.5009/gnl250108 PMID:40910272	研究论文	本研究利用单细胞转录组学分析胃癌患者单个肿瘤不同部位来源的类器官，评估其重现肿瘤内异质性的能力	首次在单肿瘤多部位来源的类器官模型中系统揭示神经内分泌标志物上调和热休克蛋白异质性对免疫应答的影响	类器官模型在捕捉肿瘤内异质性方面存在局限，需要更全面的评估方法	评估患者来源类器官模型重现胃癌肿瘤内异质性的能力	胃癌患者单个肿瘤不同部位来源的类器官	肿瘤生物学	胃癌	单细胞转录组学、免疫组织化学染色	患者来源类器官(PDO)模型	基因表达数据、蛋白质表达数据	单个胃癌肿瘤的多部位采样
12	2025-09-06	Cyclic Heptapeptide FZ1 Acts as an Integrin αvβ3 Agonist to Facilitate Diabetic Skin Wound Healing by Enhancing Angiogenesis 2025-Sep-05, Journal of medicinal chemistry IF:6.8Q1 DOI:10.1021/acs.jmedchem.5c01734 PMID:40910702	研究论文	环七肽FZ1作为整合素αvβ3激动剂通过增强血管生成促进糖尿病皮肤伤口愈合	首次发现靶向整合素αvβ3的肽类激动剂，并阐明其通过FAK-AKT/ERK1/2信号轴诱导VEGFC表达的分子机制	NA	开发糖尿病伤口愈合治疗药物并解析调控机制	糖尿病伤口模型和内皮细胞	生物医学	糖尿病并发症	单细胞RNA测序、RNA干扰、表面等离子共振、分子对接	NA	分子相互作用数据、基因表达数据、组织形态学数据	NA
13	2025-09-06	Cuproptosis-Related Gene FDX1 Induces Malignant Progression and Immune Suppression in Triple-Negative Breast Cancer 2025-Sep-05, Biochemical genetics IF:2.1Q3 DOI:10.1007/s10528-025-11242-9 PMID:40911146	研究论文	本研究探讨铜死亡相关基因FDX1在三阴性乳腺癌中的促癌作用及免疫抑制机制	首次发现FDX1通过调控铜死亡途径促进TNBC恶性进展并抑制CD8 T细胞免疫应答	研究主要基于体外实验和小鼠模型，临床样本验证尚不充分	阐明FDX1基因在三阴性乳腺癌发生发展中的作用及免疫调控功能	三阴性乳腺癌细胞系、CD8 T细胞和小鼠模型	癌症生物学	三阴性乳腺癌	scRNA-seq, qPCR, CCK-8, Transwell, CFSE, LDH, ELISA, IHC	NA	基因表达数据、细胞功能实验数据	单细胞RNA测序数据集、体外培养细胞系及小鼠模型
14	2025-09-06	Cutting-edge technologies in neural regeneration 2025-Sep-05, Cell regeneration (London, England) DOI:10.1186/s13619-025-00260-y PMID:40911279	综述	本文综述了推动神经再生领域发展的前沿技术及其未来潜力	聚焦多学科技术融合（如光遗传学、单细胞测序、人工智能等）在神经再生中的创新应用	NA	探讨前沿技术如何促进神经组织修复与功能恢复	中枢神经系统损伤及神经性疾病	神经科学	神经系统疾病	光遗传学、化学遗传学、3D培养模型、基因编辑、单细胞测序、3D成像、AI、高通量体内筛选、脑机接口	NA	多组学数据、成像数据	NA
15	2025-09-06	Dissecting microbial communities with single-cell transcriptome analysis 2025-Sep-04, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adp6252 PMID:40906858	综述	本文回顾了单细胞转录组分析技术在微生物群落研究中的应用进展与挑战	将单细胞基因表达分析技术从人类生物学扩展至微生物群落研究，揭示亚群间相互作用和功能异质性	技术应用仍面临挑战，未具体说明当前方法局限性	解析微生物群落功能及其在人类健康与疾病中的作用	微生物群落（特别是肠道微生物）	微生物组学	NA	单细胞转录组分析	NA	基因表达数据	NA
16	2025-09-06	Spatial Transcriptomics Reveals Transcriptomic and Immune Microenvironment Reprogramming during Thyroid Carcinoma Dedifferentiation 2025-Sep-04, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202506925 PMID:40908584	研究论文	利用空间转录组学技术揭示甲状腺癌去分化过程中的转录组和免疫微环境重编程机制	首次通过空间转录组测序解析甲状腺癌去分化的时空动态过程，发现PDCD4和TYMP作为关键调控因子并揭示TYMP⁺TAMs在免疫抑制微环境形成中的作用	样本量较小（7例样本），需进一步扩大验证	阐明甲状腺癌从分化型向未分化型转变的分子机制	人甲状腺癌组织样本（包含ATC、PDTC和DTC共存区域）	空间转录组学	甲状腺癌	空间转录组测序(spRNAseq), 全外显子测序, inferCNV分析	轨迹分析	空间转录组数据, 基因组数据	7例包含多类型癌区域的组织样本
17	2025-09-06	ROS and Drp1-mediated mitochondrial fission contributes to the hyposalivation caused by Sjögren's disease 2025-Sep-04, Chinese medical journal IF:7.5Q1 DOI:10.1097/CM9.0000000000003727 PMID:40908878	研究论文	本研究探讨了活性氧（ROS）和Drp1介导的线粒体分裂在干燥综合征（SjD）导致唾液分泌减少中的作用，并评估了靶向线粒体分裂的治疗潜力	首次通过单细胞测序揭示SjD下颌下腺氧化应激损伤机制，并证实Drp1及其Ser616位点在介导线粒体功能障碍中的关键作用，以及使用Mdivi-1导管内灌注改善唾液分泌的创新治疗方法	研究主要基于小鼠模型，人类临床适用性尚需验证；治疗方法的长期安全性和有效性有待进一步评估	阐明ROS和线粒体动力学在干燥综合征相关唾液分泌减少中的作用，并探索靶向线粒体分裂的治疗效果	干燥综合征小鼠模型的下颌下腺组织和腺体上皮细胞	NA	干燥综合征	单细胞测序，线粒体功能评估，分子抑制剂治疗	NA	测序数据，生理指标数据，细胞功能数据	干燥综合征小鼠模型（具体数量未明确说明）
18	2025-09-06	Essential role of CD56dimNKG2C+ NK cells trained by SARS-CoV-2 vaccines in protecting against COVID-19 2025-Sep-03, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2025.05.031 PMID:40450518	研究论文	本研究揭示了SARS-CoV-2灭活疫苗通过训练CD56dimNKG2C+ NK细胞和巨噬细胞在先天免疫层面提供COVID-19保护的关键机制	首次阐明灭活COVID-19疫苗训练特定NK细胞亚群（CD56dimNKG2C+）与M2样巨噬细胞协同作用的新型保护途径	发现老年受试者在加强接种后这些适应性细胞存在缺陷，可能导致保护不足	评估疫苗在先天免疫层面的保护机制并促进成功疫苗研发	恒河猴模型和人类外周血单个核细胞	免疫学	COVID-19	单细胞RNA测序、飞行时间质谱流式细胞术（CyTOF）	NA	单细胞测序数据、流式细胞数据	恒河猴模型和人类参与者（特别包含老年群体）
19	2025-09-06	CRISPR for cystic fibrosis: Advances and insights from a systematic review 2025-Sep-03, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2025.06.021 PMID:40534129	系统综述	本文系统综述了基于CRISPR的基因编辑技术在囊性纤维化治疗中的应用进展和见解	通过跨研究比较分析27篇研究文章，全面评估了不同CRISPR策略的设计、编辑效率和功能恢复水平	需要标准化编辑效率和功能恢复的报告标准，需进一步单细胞RNA测序和体内研究以获得临床相关结论	评估CRISPR基因编辑技术在囊性纤维化治疗中的技术进展和应用效果	囊性纤维化致病突变（特别是F508del和W1282X突变）及CFTR基因	基因编辑	囊性纤维化	CRISPR基因编辑技术，包括同源定向修复、碱基编辑和引物编辑	NA	研究文献数据	27篇研究文章的分析
20	2025-09-06	Recognition of molecular clusters and a novel prognostic signature based on natural killer cell-related genes in skin cutaneous melanoma 2025-Sep-03, World journal of surgical oncology IF:2.5Q1 DOI:10.1186/s12957-025-03975-z PMID:40903770	研究论文	基于自然杀伤细胞相关基因识别皮肤黑色素瘤的分子亚型并构建新型预后标志物	首次基于NK细胞相关基因对SKCM进行分子分型，并整合多种机器学习算法构建12基因预后特征	研究基于公共数据库数据，需进一步实验验证	开发皮肤黑色素瘤的预后预测模型	皮肤黑色素瘤患者	生物信息学	皮肤黑色素瘤	RNA-seq，单细胞RNA测序，qPCR	Cox回归分析，多种机器学习算法组合	基因表达数据	来自TCGA、GEO等公共数据库的SKCM样本