单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-09-07	EGCG-releasing nanofibrous scaffold enhances wound healing via γδ T cells modulation 2026-Feb, Biomaterials IF:12.8Q1 DOI:10.1016/j.biomaterials.2025.123543 PMID:40682946	研究论文	本研究探讨了EGCG释放纳米纤维支架通过调节γδ T细胞促进伤口愈合的作用	开发了具有定向拓扑结构的EGCG缓释纳米纤维支架，首次揭示其通过AREG-EGFR信号轴调控γδ T细胞促进伤口修复的机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类临床中验证	开发新型伤口管理材料并阐明其促进组织再生的机制	6-8周龄雄性C57BL/6J小鼠和免疫缺陷TCRδ-/-小鼠	组织工程	伤口愈合障碍	单细胞RNA测序，Cellchat分析，单克隆抗体抑制实验	NA	基因表达数据，组织形态学数据	使用C57BL/6J小鼠和TCRδ-/-小鼠的伤口模型
2	2025-09-07	Cancer-associated fibroblasts regulating nanomedicine to overcome sorafenib resistance in hepatocellular carcinoma with portal vein tumor thrombus 2026-Feb, Biomaterials IF:12.8Q1 DOI:10.1016/j.biomaterials.2025.123599 PMID:40774033	研究论文	开发靶向纳米载体通过调控肿瘤微环境克服肝细胞癌门静脉癌栓对索拉非尼的耐药性	首次设计靶向PVTT的纳米载体共递送siRNA和多激酶抑制剂，通过特异性下调CAFs中CXCL12表达重塑肿瘤微环境	研究目前仅限于小鼠模型，尚未进行临床试验验证	克服肝细胞癌门静脉癌栓对索拉非尼的耐药性	肝细胞癌门静脉癌栓模型和癌症相关成纤维细胞	纳米医学	肝细胞癌	单细胞RNA测序，RNA测序，纳米载体技术	NA	基因表达数据，体内实验数据	原位小鼠PVTT模型
3	2025-09-07	Evolution of comparative transcriptomics: biological scales, phylogenetic spans, and modeling frameworks 2025-Oct, Current opinion in genetics & development IF:3.7Q2 DOI:10.1016/j.gde.2025.102387 PMID:40774064	综述	本文讨论比较转录组学领域在技术发展、系统发育覆盖和建模框架三个方向的演变趋势	系统总结了单细胞与空间转录组技术带来的范式转变、更广泛的系统发育覆盖以及机器学习驱动的新建模框架	NA	探讨比较转录组学领域的演进方向和发展趋势	转录组数据与进化生物学研究	生物信息学	NA	RNA测序、单细胞转录组学、空间转录组学	机器学习	转录组数据	NA
4	2025-09-07	Restoring mitochondrial quantity and quality to reverse the Warburg effect and drive neuroblastoma differentiation 2025-Sep-09, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2502483122 PMID:40911595	研究论文	本研究通过恢复线粒体功能，利用视黄酸和线粒体解偶联剂协同促进神经母细胞瘤分化并抑制增殖	提出以线粒体为核心的治疗策略，首次证明通过协同增强线粒体生物合成和呼吸作用可驱动肿瘤分化	研究主要基于神经母细胞瘤模型，在其他肿瘤类型中的适用性尚需验证	探索恢复肿瘤中线粒体数量和质量的方法及其对肿瘤分化的影响	神经母细胞瘤细胞及原位移植瘤模型	肿瘤生物学	神经母细胞瘤	U-C-葡萄糖/谷氨酰胺同位素示踪、单细胞RNA测序、电子传输链抑制	NA	代谢数据、基因表达数据	原位神经母细胞瘤异种移植模型
5	2025-09-07	Inhibition of Macrophage ARID3A Alleviates Myocardial Ischemia-Reperfusion Injury After Heart Transplantation by Reducing THBS1/CD47 Signaling-Mediated Neutrophil Extracellular Traps Formation 2025-Sep-06, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202509952 PMID:40913516	研究论文	本研究探讨巨噬细胞ARID3A通过THBS1/CD47信号通路调控中性粒细胞胞外诱捕网形成，从而影响心脏移植后心肌缺血再灌注损伤的机制	首次揭示M1巨噬细胞通过THBS1/CD47-p38 MAPK轴促进NETosis的新机制，并发现4-OI可通过特异性抑制ARID3A减轻心肌损伤	机制研究主要基于小鼠模型，临床转化价值需进一步验证	探究心脏移植后心肌缺血再灌注损伤的细胞互作机制并寻找治疗靶点	心肌细胞、中性粒细胞、巨噬细胞	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞RNA测序、分子对接分析、基因敲除小鼠模型	NA	基因表达数据、分子相互作用数据	髓系特异性ARID3A敲除小鼠模型
6	2025-09-07	Comment on "Unraveling the role of gut microbiota on the formation of nephrolithiasis: insights from integrated analysis of GWAS, single-cell transcriptomics, bulk RNA sequencing and network pharmacology" 2025-Sep-06, Urolithiasis IF:2.0Q2 DOI:10.1007/s00240-025-01839-5 PMID:40913665	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
7	2025-09-07	Systemic comparison of molecular characteristics in different skin fibroblast senescent models 2025-Sep-05, Chinese medical journal IF:7.5Q1 DOI:10.1097/CM9.0000000000003312 PMID:39329281	研究论文	本研究系统比较了不同皮肤成纤维细胞衰老模型的分子特征，包括转录组差异及其对免疫微环境的影响	首次对四种不同诱导方式（UVB照射、D-半乳糖刺激、阿扎那韦处理、复制衰竭诱导）的衰老模型与天然衰老成纤维细胞进行多维度对比分析	D-半乳糖刺激模型未能清晰呈现衰老特征，模型间存在显著差异可能导致适用范围受限	比较人类原代皮肤成纤维细胞在不同衰老模型中的转录组特征	人类皮肤原代成纤维细胞（来自儿童和老年供体）及四种衰老诱导模型	细胞生物学	皮肤疾病	流式细胞术、免疫荧光染色、实时定量PCR、批量RNA测序、单细胞RNA测序	NA	转录组数据、细胞表型数据	儿童和老年供体的皮肤原代成纤维细胞，以及四种诱导衰老模型
8	2025-09-07	Differential phagocytosis induces diverse macrophage activation states in malignant gliomas 2025-Sep-05, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2025-012211 PMID:40912739	研究论文	本研究探讨放疗和CD47阻断如何协同调节巨噬细胞吞噬活性及其激活状态在恶性胶质瘤中的作用	首次通过单细胞RNA测序揭示吞噬性巨噬细胞的转录异质性，并证明放疗与抗CD47联合治疗可协同诱导促炎性巨噬细胞表型	研究主要基于体外和小鼠模型，临床转化潜力仍需进一步验证	解析恶性胶质瘤中巨噬细胞吞噬作用的调控机制及治疗策略	弥漫中线胶质瘤(DMG)和胶质母细胞瘤(GBM)细胞系及小鼠模型	肿瘤免疫学	脑肿瘤	流式细胞术, ELISA, 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 原位移植瘤模型	NA	基因表达数据, 细胞表型数据	人和小鼠胶质瘤细胞系，以及外周血单核细胞来源和骨髓来源的巨噬细胞
9	2025-09-07	What makes the human brain special - from cellular function to clinical translation 2025-Sep-05, Journal of neurophysiology IF:2.1Q3 DOI:10.1152/jn.00120.2025 PMID:40912899	综述	本文回顾并强调了人类大脑从分子表达到细胞特性及临床转化挑战与前景的专门化研究	采用多模态方法直接研究人类神经元、胶质细胞和皮质回路与其他物种的显著差异，并推动人类组织样本疾病建模的发展	NA	理解人类大脑从细胞到系统水平的独特差异，并克服从动物研究到患者护理的转化鸿沟	人类神经元、胶质细胞、皮质回路及人类组织样本	神经科学	NA	单细胞和网络记录、单细胞转录组学、形态学分析	NA	组织样本、转录组数据、形态数据	NA
10	2025-09-07	Unraveling cellular dynamic changes in tumor evolution induced by long-term low dose-rate radiation 2025-Sep-05, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-025-03128-9 PMID:40913060	研究论文	本研究通过单细胞测序等技术探究长期低剂量率辐射诱导肿瘤演化的细胞动态变化与分子机制	首次揭示长期低剂量率辐射通过ANGPTL4-SDC4配体-受体对增强细胞恶性程度，并系统阐明其促进肺癌早期演化的动态过程	研究主要基于BEAS-2B细胞模型，临床相关性及人体适用性需进一步验证	揭示长期低剂量率辐射对肿瘤恶性演化的生物学影响及分子机制	BEAS-2B细胞系及辐射诱导的肺癌肿瘤细胞	肿瘤生物学	肺癌	scRNA-seq, FACS, 分子对接, 多重免疫组化, qRT-PCR, 免疫共沉淀	细胞轨迹分析模型	单细胞转录组数据, 蛋白互作数据, 基因表达数据	BEAS-2B细胞辐射模型及衍生肿瘤细胞（具体数量未明确说明）
11	2025-09-07	Single-Cell RNA Sequencing Reveals Granzyme K+ CD8+ T Cells as a Target for Mitigating Plaque Instability Following Radiation 2025-Sep-05, Journal of the American Heart Association IF:5.0Q1 DOI:10.1161/JAHA.124.040632 PMID:40913272	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了放疗后斑块不稳定的机制，并识别出GZMK+ CD8+ T细胞的关键作用	首次结合双模态同步OCT-IVUS成像和单细胞转录组学，动态解析放疗诱导的斑块不稳定性与免疫细胞亚群的关联	研究基于兔和小鼠动物模型，人类临床适用性需进一步验证	探究放疗诱发心血管斑块不稳定的分子机制并寻找治疗靶点	ApoE-/-小鼠的动脉粥样硬化病变组织和兔颈动脉斑块	生物医学研究	心血管疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 光学相干断层扫描-血管内超声(OCT-IVUS), 流式细胞术, 基因敲除	NA	基因表达数据, 医学影像数据	ApoE-/-小鼠的三个阶段病变组织（未照射、早期照射、晚期照射）及兔模型系列时间点观测
12	2025-09-07	Single-Cell Transcriptome Profiling Reveals Dynamic Cell Populations and Immune Infiltration in Moyamoya Disease 2025-Sep-05, Journal of the American Heart Association IF:5.0Q1 DOI:10.1161/JAHA.124.041168 PMID:40913267	研究论文	通过单细胞转录组测序揭示烟雾病病理动脉中的细胞组成动态变化和免疫浸润机制	首次构建烟雾病浅颞动脉的单细胞转录组图谱，发现自然杀伤T细胞通过特定通路促进血管细胞增殖和迁移的新机制	样本量较小（2例患者和3例对照），仅分析浅颞动脉而未涉及其他血管类型	解析烟雾病病理动脉的细胞组成和分子改变机制	烟雾病患者和健康对照的浅颞动脉样本	单细胞组学	烟雾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），体外实验验证	NA	单细胞转录组数据	5例样本（2例患者+3例对照），共26,371个细胞
13	2025-09-07	STAMP: Single-cell transcriptomics analysis and multimodal profiling through imaging 2025-Sep-04, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2025.05.027 PMID:40532697	研究论文	开发了一种名为STAMP的可扩展单细胞多模态分析技术，通过成像平台替代测序实现低成本、高通量的细胞转录组和蛋白质组分析	利用成像技术替代传统测序，首次实现同时保留细胞结构和形态的多模态（RNA、蛋白质和H&E）单细胞分析，支持百万级细胞的高效分析	NA	克服单细胞RNA测序的可扩展性限制和高成本问题，开发更经济高效的单细胞分析技术	外周血单个核细胞、细胞系和干细胞	数字病理学	NA	转录组和蛋白质组成像技术	NA	图像、转录组数据、蛋白质组数据	10,962,092个高质量细胞/核和6,030,429,954个转录本
14	2025-09-07	Combination antiretroviral therapy and MCL-1 inhibition mitigate HTLV-1 infection in vivo 2025-Sep-04, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2025.06.023 PMID:40645177	研究论文	本研究探讨了针对HTLV-1c感染的预防和治疗策略，通过人源化小鼠模型验证联合抗逆转录病毒疗法与MCL-1抑制的有效性	首次建立HTLV-1c人源化小鼠模型，发现MCL-1特异性抑制剂（而非其他BCL-2家族抑制剂）可选择性清除感染细胞，并与抗病毒药物协同作用	研究基于小鼠模型，临床转化效果需进一步验证；未探讨长期毒副作用	开发针对HTLV-1c病毒感染的预防和治疗方案	人源化小鼠模型及HTLV-1c感染的细胞	病毒学与免疫治疗	病毒性感染（HTLV-1相关疾病）	scRNA-seq（单细胞RNA测序）、细胞内流式细胞术、BH3模拟化合物药理抑制	NA	基因表达数据、流式细胞数据	人源化小鼠模型（具体数量未明确说明）
15	2025-09-07	Dissecting microbial communities with single-cell transcriptome analysis 2025-Sep-04, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adp6252 PMID:40906858	综述	本文回顾了单细胞转录组分析技术在微生物群落研究中的进展、挑战及应用	将单细胞基因表达分析技术从人类生物学拓展至微生物群落研究，揭示亚群间相互作用和功能异质性	技术应用仍面临挑战（如微生物样本的特殊处理需求），且尚处于发展阶段	解析微生物群落功能及亚群相互作用机制	微生物群落（重点关注人类肠道微生物组）	微生物组学	NA	单细胞转录组分析（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA（综述类文章未指定具体样本量）
16	2025-09-07	Single-cell analysis of human fibrous dysplasia bone reveals a fibrotic transcriptome and GNAS variants in endothelial, perivascular, and stromal cells 2025-Sep-04, American journal of human genetics IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.ajhg.2025.07.018 PMID:40848713	研究论文	通过单细胞RNA测序分析人类纤维性结构不良骨组织，揭示GNAS变异在多种非成骨细胞谱系中的存在及纤维化转录组特征	首次在血管内皮细胞、血管周围细胞和基质细胞中发现GNAS c.602G>A和c.601C>T变异，并鉴定出跨细胞谱系的共同纤维化转录组特征	NA	探究体细胞嵌合现象在纤维性结构不良发病机制中的作用	人类纤维性结构不良骨组织中的非造血细胞	单细胞组学	纤维性结构不良	单细胞RNA测序、GNAS基因分型策略、BaseScope检测	NA	单细胞转录组数据	FD和非FD人类骨样本（具体数量未说明）
17	2025-09-07	Bone marrow immune remodeling in depression: TNF/NF-κB mediated leukocyte redistribution and construction of an interpretable predictive model 2025-Sep-04, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.115487 PMID:40911995	研究论文	本研究通过多组学分析和机器学习模型，揭示了压力诱导抑郁中骨髓免疫重塑的分子机制并开发了预测模型	发现TNF/NF-κB通路介导的白细胞重新分布机制，并首次构建基于外周血多参数的可解释抑郁症预测模型	研究主要基于小鼠模型，临床转化需进一步验证	阐明压力通过神经免疫相互作用导致抑郁的分子机制并开发诊断生物标志物	心理应激小鼠模型和人类外周血参数	机器学习	抑郁症	单细胞RNA测序、转录组学、蛋白质相互作用网络、SHAP分析	随机森林(RF)	外周血多参数数据、单细胞测序数据	小鼠应激模型及对应外周血参数数据集
18	2025-09-07	The food-derived metabolite trimethylamine and trimethylamine-N-oxide promote colorectal cancer progression via SREBF1 2025-Sep-04, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.118996 PMID:40912095	研究论文	研究食物代谢物三甲胺（TMA）和三甲胺-N-氧化物（TMAO）通过SREBF1调控机制促进结直肠癌进展	首次揭示TMA和TMAO通过激活PI3K/AKT信号通路并依赖SREBF1介导促进结直肠癌细胞增殖的机制	机制研究主要基于体外实验和动物模型，人类临床相关性需进一步验证	探究TMA和TMAO对结直肠癌进展的影响及其分子机制	结直肠癌细胞系和小鼠皮下肿瘤模型	肿瘤生物学	结直肠癌	实时PCR、Western blotting、细胞活力与迁移实验、凋亡分析、单细胞RNA测序、肿瘤异种移植模型	NA	分子生物学数据、基因表达数据、体内外实验数据	细胞实验和动物模型（具体样本数量未明确说明）
19	2025-09-07	Essential role of CD56dimNKG2C+ NK cells trained by SARS-CoV-2 vaccines in protecting against COVID-19 2025-Sep-03, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2025.05.031 PMID:40450518	研究论文	本研究揭示了SARS-CoV-2灭活疫苗通过训练CD56dimNKG2C+ NK细胞和巨噬细胞等先天免疫细胞在预防COVID-19中的关键作用	首次阐明灭活COVID-19疫苗训练的特定NK细胞亚群（CD56dimNKG2C+）与M2样巨噬细胞协同保护机制，并发现老年人群体中这些适应性细胞缺陷现象	研究主要基于恒河猴模型，人类数据仍需进一步验证；老年人样本的保护性缺陷机制需要更深入研究	评估SARS-CoV-2疫苗在先天免疫层面的保护效果，为疫苗研发提供新视角	恒河猴模型和人类外周血单个核细胞，重点关注NK细胞、巨噬细胞和T细胞	免疫学	COVID-19	单细胞RNA测序、飞行时间质谱流式细胞术（CyTOF）	NA	单细胞测序数据、流式细胞数据	恒河猴模型和人类参与者（特别包含老年人群）
20	2025-09-07	CRISPR for cystic fibrosis: Advances and insights from a systematic review 2025-Sep-03, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2025.06.021 PMID:40534129	系统综述	本文系统综述了CRISPR基因编辑技术在囊性纤维化治疗中的应用进展，分析了27篇相关研究文章	通过跨研究比较，系统分析了多种CRISPR技术对CFTR基因不同突变的编辑效率、策略设计和功能恢复水平	需要更标准化的编辑效率和功能恢复报告标准，缺乏足够的单细胞RNA测序和体内研究数据	为基于CRISPR的基因编辑方法在囊性纤维化治疗中的进一步探索提供技术见解	囊性纤维化患者CFTR基因的致病突变	基因编辑	囊性纤维化	CRISPR基因编辑技术，包括同源定向修复、碱基编辑和引物编辑	NA	研究文献数据	27篇研究文章，涵盖超过15种CFTR基因突变，其中F508del和W1282X突变研究最为广泛