单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-08-08	Roadmap for spatial transcriptomics of HIV in tissues 2025-Sep-01, Current opinion in HIV and AIDS IF:4.5Q1 DOI:10.1097/COH.0000000000000961 PMID:40626838	review	本文综述了空间转录组学在HIV组织持久性研究中的应用及其技术平台和工作流程	空间转录组学以高分辨率（<1μm）捕获RNA分子，实现近单细胞水平的全基因组分析，并揭示了HIV感染细胞与周围微环境的相互作用	靶向RNA捕获在增加目标数量的同时可能降低灵敏度，且需避免报告未知生物学意义的特征	探讨HIV在组织中的持久性机制并为治疗策略提供信息	HIV感染细胞及其周围微环境	空间转录组学	HIV感染	空间转录组学平台、ATAC-seq、蛋白质捕获、T细胞受体测序	NA	RNA分子数据	NA
2	2025-08-08	Current insight into HIV-1 persistence from single-cell transcriptome profiling in acutely treated cohorts of infection 2025-Sep-01, Current opinion in HIV and AIDS IF:4.5Q1 DOI:10.1097/COH.0000000000000962 PMID:40638066	综述	本文综述了利用单细胞转录组学技术研究HIV-1急性感染期患者中病毒储存细胞的最新进展	利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术，揭示了HIV-1急性感染期患者免疫反应的纵向变化，发现了新的限制和潜伏因子，并鉴定了携带病毒的细胞标志物和储存库大小	NA	探讨HIV-1病毒储存细胞的特性及其在抗逆转录病毒治疗中断后病毒反弹中的作用	HIV-1急性感染期患者的单细胞	生物医学	HIV感染	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	数十万单细胞
3	2025-08-08	Single cell analyses of the HIV reservoir in the CNS and CSF: recent insights and implications 2025-Sep-01, Current opinion in HIV and AIDS IF:4.5Q1 DOI:10.1097/COH.0000000000000958 PMID:40742782	review	本文综述了单细胞组学技术在理解中枢神经系统（CNS）和脑脊液（CSF）中HIV病毒库的最新进展	应用单细胞和单核RNA-seq、ATAC-seq、CITE-seq、AIRR-seq、多组学平台和空间转录组学技术，揭示了HIV在CNS中的持续存在机制	研究主要基于尸检脑组织和CSF样本，可能无法完全反映活体动态	探讨HIV在CNS和CSF中的病毒库特性及其对治疗策略的影响	中枢神经系统（CNS）和脑脊液（CSF）中的HIV病毒库	生物医学研究	HIV感染	单细胞RNA-seq、ATAC-seq、CITE-seq、AIRR-seq、多组学平台、空间转录组学	NA	单细胞组学数据	尸检脑组织和CSF样本
4	2025-08-08	Single-cell sequencing technologies: a multiomics toolbox for investigating HIV-1 persistence 2025-Sep-01, Current opinion in HIV and AIDS IF:4.5Q1 DOI:10.1097/COH.0000000000000966 PMID:40772512	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
5	2025-08-08	HDGF derived from Müller cells enhances the activation of microglia in diabetic retinopathy 2025-Aug-25, Journal of biomedical research IF:2.2Q3 DOI:10.7555/JBR.38.20240386 PMID:40770862	研究论文	本研究探讨了肝细胞瘤衍生生长因子（HDGF）在糖尿病视网膜病变（DR）中介导炎症的作用	首次揭示了HDGF在DR中主要由Müller细胞产生并靶向小胶质细胞，促进其激活和炎症反应	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未进行人体临床试验	阐明HDGF在糖尿病视网膜病变炎症反应中的作用机制	Müller细胞和小胶质细胞	眼科疾病研究	糖尿病视网膜病变	ELISA、qPCR、western blot、荧光免疫染色	动物模型（DR小鼠）	RNA测序数据、蛋白质表达数据	未明确说明样本数量，涉及体外培养细胞和DR小鼠模型
6	2025-08-08	Coordinated regulation of self-renewal and cell cycle during human lympho-myeloid lineage restriction 2025-Aug-07, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024026936 PMID:40258184	研究论文	本研究开发了支持早期B淋巴细胞分化的大量和克隆培养系统，揭示了人类淋巴-髓系限制过程中自我更新和细胞周期的协调调控机制	开发了新型培养系统支持早期人类淋巴分化，揭示了增殖控制的共享机制及B和NM谱系限制过程中的生物学和转录异质性	研究主要基于体外培养系统，可能无法完全反映体内情况	阐明人类淋巴-髓系限制过程中自我更新和细胞周期的调控机制	CD34+人类脐带血细胞	细胞生物学	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	人类脐带血CD34+细胞
7	2025-08-08	Unlocking the secret of glioblastoma multiforme: the role of lactylation in tumor progression, drug resistance and immune microenvironment 2025-Aug-07, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-025-03933-5 PMID:40770332	研究论文	本研究探讨了乳酸化修饰在胶质母细胞瘤（GBM）恶性进展、替莫唑胺耐药和免疫微环境中的作用	首次系统分析了乳酸化相关基因（LRGs）与GBM恶性生物学行为、替莫唑胺耐药和免疫微环境的关系，并建立了基于TMZR-LRGs的风险预测模型	研究主要基于公共数据库的scRNA-seq数据，实验验证仅限于UBE2E1基因敲除对乳酸化水平的影响	阐明乳酸化修饰在GBM肿瘤进展中的作用机制并开发预后预测工具	胶质母细胞瘤（GBM）细胞和患者样本	肿瘤表观遗传学	胶质母细胞瘤	scRNA-seq、差异基因表达分析、基因敲除实验	风险预测模型	单细胞RNA测序数据	公共数据库中的scRNA-seq数据，具体样本量未明确说明
8	2025-08-08	Empagliflozin targeted the immune-related gene PIK3CA in type 2 diabetes mellitus treatment: network pharmacology analysis and experimental evidence 2025-Aug-07, Diabetology & metabolic syndrome IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s13098-025-01895-2 PMID:40770763	研究论文	本研究探讨了empagliflozin在2型糖尿病治疗中的免疫调节机制，特别是通过靶向PIK3CA基因	首次揭示了empagliflozin通过靶向免疫相关基因PIK3CA在2型糖尿病治疗中的潜在免疫调节作用	研究主要基于体外实验和生物信息学分析，缺乏临床验证	探究empagliflozin在2型糖尿病治疗中的免疫相关机制	2型糖尿病患者和RAW264.7巨噬细胞	药理学	2型糖尿病	分子对接、GSEA、单细胞RNA测序分析、CCK-8、荧光检测、qRT-PCR、Western blotting	NA	基因表达谱、单细胞RNA测序数据	109个免疫相关差异表达基因(IRDEGs)和RAW264.7巨噬细胞
9	2025-08-08	Insight into pericytes in glioblastoma angiogenesis: In vivo tracking by two-photon microscopy and proteomic profiling 2025-Aug-07, Animal models and experimental medicine IF:3.8Q2 DOI:10.1002/ame2.70073 PMID:40772404	研究论文	本研究通过双光子显微镜和蛋白质组学分析，探讨了胶质母细胞瘤血管生成中周细胞的动态变化和分子重编程	揭示了周细胞在胶质母细胞瘤血管生成中的时空角色和分子变化，并开发了集成的成像-蛋白质组学框架	研究主要基于转基因小鼠模型，人类样本验证有限	探究胶质母细胞瘤血管生成中周细胞的作用和分子机制	胶质母细胞瘤中的周细胞和血管系统	数字病理学	胶质母细胞瘤	双光子显微镜、LC-MS/MS蛋白质组学、scRNA-seq	转基因小鼠模型	图像、蛋白质组数据、单细胞RNA测序数据	转基因小鼠模型和人类胶质母细胞瘤样本
10	2025-08-08	Single-cell sequencing reveals potential novel insights into appendage-patterning and joint-development in a spider 2025-Aug-07, Developmental dynamics : an official publication of the American Association of Anatomists IF:2.0Q3 DOI:10.1002/dvdy.70069 PMID:40772585	研究论文	通过单细胞测序技术研究蜘蛛胚胎中附肢模式和关节发育的潜在新遗传因子	发现了与附肢模式和关节发育相关的新基因，如dysfusion (dysf)、spätzle3 (spz3)和seven-up (svp)，并研究了这些基因在远缘螯肢动物中的进化起源	研究仅基于蜘蛛和螯肢动物的胚胎数据，未涉及其他节肢动物或更广泛的物种比较	理解节肢动物附肢模式和关节发育的基因调控网络	蜘蛛Parasteatoda tepidariorum和螯肢动物Phalangium opilio的胚胎	发育生物学	NA	单细胞测序(SCS)	NA	基因表达数据	蜘蛛和螯肢动物的胚胎细胞群
11	2025-08-08	Paired single-cell and spatial transcriptional profiling reveals a central osteopontin macrophage response mediating tuberculous granuloma formation 2025-Aug-07, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mbio.01559-25 PMID:40772762	研究论文	通过单细胞和空间转录组测序揭示了结核性肉芽肿形成的核心机制，特别是富含骨桥蛋白的巨噬细胞的作用	首次结合单细胞和空间转录组技术全面解析结核性肉芽肿的细胞组成、空间结构及关键调控基因SPP1的作用	研究主要基于活检样本，可能无法完全反映活体动态过程；斑马鱼模型与人类疾病的直接相关性有待进一步验证	阐明结核性肉芽肿的细胞组成和形成机制	结核病患者肉芽肿活检样本及斑马鱼感染模型	单细胞组学	结核病	单细胞RNA测序、空间转录组测序	NA	转录组数据	结核病患者肉芽肿活检样本（具体数量未明确）及斑马鱼模型
12	2025-08-08	N-Oxide-Driven Heme-Activatable Biomolecule Labeling for Visualization of Labile Heme in Living Cells and Mouse Brain 2025-Aug-06, Journal of the American Chemical Society IF:14.4Q1 DOI:10.1021/jacs.5c04990 PMID:40720736	研究论文	开发了一种新型化学探针，用于活细胞、固定样本和体内模型中不稳定血红素的检测	利用N-氧化物驱动的血红素可激活生物分子标记策略，首次实现了在活细胞和小鼠脑中对不稳定血红素的荧光成像和3D组织可视化	未提及该方法在其它组织或更复杂生物系统中的适用性	研究不稳定血红素在生理和病理过程中的作用	不稳定血红素（原卟啉IX与铁离子复合物）	化学生物学	NA	荧光成像、3D组织可视化、蛋白质组学、单细胞RNA测序	NA	图像、组学数据	活细胞和小鼠脑组织
13	2025-08-08	Unveiling the Role of Sdc4+ Monocytes in NASH: A Single-Cell RNA Sequencing Study 2025-Aug-06, Immunological investigations IF:2.9Q3 DOI:10.1080/08820139.2025.2544180 PMID:40768295	研究论文	通过单细胞RNA测序研究揭示了Sdc4+单核细胞在非酒精性脂肪性肝炎(NASH)中的作用	首次使用单细胞RNA测序技术揭示了NASH中单核细胞的异质性和功能转化，特别是Sdc4+单核细胞的促炎作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究NASH中单核细胞的亚群及其在疾病进展中的作用	NASH小鼠和患者的肝脏非实质细胞，特别是单核细胞亚群	单细胞组学	非酒精性脂肪性肝炎	scRNA-seq, 转染, 共培养, 免疫荧光, qPCR	NA	单细胞转录组数据	NASH和对照小鼠的肝脏非实质细胞，部分人类样本
14	2025-08-08	Regulatory KIR+CD8+ T cells are elevated during human pregnancy 2025-Aug-06, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adm7697 PMID:40768597	研究论文	研究探讨了在人类妊娠期间，表达抑制性杀伤细胞免疫球蛋白样受体（KIRs）的CD8 T细胞作为调节性亚群的作用	首次发现KIR+CD8+ T细胞在妊娠期间频率增加，尤其是在怀有男性胎儿的孕妇中，并揭示了这些细胞在调节母胎耐受性中的作用	研究主要基于外周血和体外实验，对母胎界面KIR+CD8+ T细胞的具体作用机制仍需进一步研究	探讨KIR+CD8+ T细胞在妊娠期间的作用及其与妊娠相关疾病的关联	孕妇外周血和蜕膜组织中的CD8 T细胞	免疫学	妊娠相关疾病（自然流产和子痫前期）	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	孕妇外周血和蜕膜组织样本
15	2025-08-08	Microglia-neuron crosstalk via Hex-GM2-MGL2 maintains brain homeostasis 2025-Aug-06, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09477-y PMID:40769205	research paper	该研究揭示了小胶质细胞与神经元之间通过Hex-GM2-MGL2途径维持大脑稳态的新机制	发现了一种以前未知的小胶质细胞与神经元相互作用模式，即小胶质细胞通过传递溶酶体酶Hex来降解神经元中的GM2神经节苷脂	研究主要基于小鼠模型，人类患者数据有限	探究小胶质细胞与神经元之间的相互作用机制及其在神经退行性疾病中的作用	小胶质细胞、神经元、GM2神经节苷脂	神经科学	神经退行性疾病（如Sandhoff病）	无偏脂质组学、高分辨率空间脂质成像、深度单细胞转录组分析	小鼠模型	脂质组数据、转录组数据、影像数据	小鼠模型和部分人类患者数据
16	2025-08-08	Function of chemokines in embryo implantation 2025-Aug-06, Placenta IF:3.0Q2 DOI:10.1016/j.placenta.2025.07.092 PMID:40769846	综述	本文综述了趋化因子在胚胎植入过程中的功能及其在维持母胎免疫稳态中的作用	整合了趋化因子网络在关键植入过程中的作用，并强调了单细胞测序、微流控和人工智能在解码趋化因子介导的调控中的应用	未提及具体实验数据或样本量，可能缺乏实证支持	探讨趋化因子在胚胎植入过程中的功能及其机制	胚胎植入过程中的趋化因子网络及其调控机制	生殖免疫学	NA	单细胞测序、微流控、人工智能	NA	NA	NA
17	2025-08-08	IgG autoantibodies in bullous pemphigoid induce a pathogenic MyD88-dependent pro-inflammatory response in keratinocytes 2025-Aug-06, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-62495-2 PMID:40769980	研究论文	本研究探讨了自身抗体在大疱性类天疱疮(BP)中通过激活角质形成细胞的MyD88依赖性促炎反应对疾病病理的贡献	首次揭示了BP患者IgG通过MyD88通路激活角质形成细胞的促炎和蛋白水解反应，并证实该反应在BP病理中的关键作用	研究主要基于体外实验和动物模型，需要进一步临床验证	阐明自身抗体在BP发病机制中对角质形成细胞的影响	BP患者的IgG自身抗体和角质形成细胞	免疫学	大疱性类天疱疮	多重免疫分析、RNA-seq、空间转录组学、scRNA-seq	Krt14特异性Myd88敲除小鼠模型	转录组数据	未明确说明具体样本数量，使用了BP患者IgG处理的原代角质形成细胞和疾病皮肤样本
18	2025-08-08	Aging affects reprogramming of pulmonary capillary endothelial cells after lung injury in male mice 2025-Aug-06, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-62431-4 PMID:40769983	研究论文	研究老年雄性小鼠肺损伤后肺毛细血管内皮细胞（PCEC）的转录组重编程差异	首次通过纵向单细胞RNA-seq和空间转录组学比较年轻与老年小鼠肺纤维化过程中的PCEC亚群转录组动态变化，并发现老年PCEC呈现促纤维化和促炎症特征	仅使用雄性小鼠模型，未探讨性别差异；人类样本仅验证部分标志物	探究衰老如何影响肺损伤后组织再生机制	年轻与老年雄性小鼠的肺毛细血管内皮细胞（PCEC）及特发性肺纤维化患者样本	单细胞转录组学	肺纤维化	单细胞RNA-seq、空间转录组学	NA	转录组数据	年轻与老年雄性小鼠的肺组织（3个时间点）、特发性肺纤维化患者样本
19	2025-08-08	The role of cellular heterogeneity in thyroid cancer: a multi-modal analysis approach with Mendelian randomization 2025-Aug-06, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03348-8 PMID:40770155	研究论文	本研究通过孟德尔随机化和单细胞RNA测序技术，探讨了炎症蛋白基因与甲状腺癌风险的因果关系以及肿瘤微环境中的细胞异质性	结合孟德尔随机化和单细胞RNA测序技术，首次揭示了AXIN1等炎症蛋白基因与甲状腺癌风险的因果关系，并详细描述了甲状腺癌微环境中的细胞组成和分化轨迹	样本量可能有限，且仅针对特定炎症蛋白基因进行研究，未涵盖所有可能的遗传因素	探究炎症蛋白基因与甲状腺癌风险的因果关系，并分析甲状腺癌微环境中的细胞异质性	甲状腺癌患者样本	生物医学研究	甲状腺癌	孟德尔随机化(MR), 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	多种MR方法(MR Egger, 加权中位数, 逆方差加权, 简单模式, 加权模式)	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，但涉及甲状腺癌样本的单细胞RNA测序分析
20	2025-08-08	Fibro-NPC: a pathogenic subtype identified at single-cell resolution with secreted SFRP4 as a biomarker in intervertebral disc degeneration 2025-Aug-06, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06798-4 PMID:40770348	研究论文	通过单细胞测序技术识别了椎间盘退变中的致病亚型Fibro-NPC，并发现SFRP4作为其生物标志物	首次在单细胞分辨率下识别了椎间盘退变中的致病亚型Fibro-NPC，并确定SFRP4为其核心致病蛋白	样本量较小（仅5个退变椎间盘），需进一步扩大验证	探究椎间盘退变的分子机制并寻找诊断治疗新靶点	退变椎间盘组织中的髓核细胞（NPCs）	数字病理学	椎间盘退变	单细胞测序, 质谱分析, WGCNA, 机器学习	CellChat算法	单细胞RNA测序数据, 蛋白质组数据	5个退变椎间盘组织