单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-09-22	Spatially resolved transcriptomics of benign and malignant peripheral nerve sheath tumors 2025-Sep-17, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noaf016 PMID:39847441	研究论文	本研究利用空间转录组学分析良性和恶性外周神经鞘瘤，揭示其空间和生物学异质性	首次将空间转录组学应用于PNSTs，构建了空间细胞分化图谱并整合组织学特征与单细胞数据	初步研究，样本量有限，需进一步验证	确定外周神经鞘瘤的空间和生物学异质性，改善诊断和分类	福尔马林固定石蜡包埋的病变外周神经组织	数字病理学	外周神经鞘瘤	空间转录组学，免疫组织化学，加权相关网络分析	空间聚类分析	转录组数据，图像数据	未明确样本数量，使用FFPE组织样本
2	2025-09-22	SOX2 commands LIM homeobox transcription factors in choroid plexus development and tumorigenesis 2025-Sep-17, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noaf085 PMID:40128799	研究论文	本研究探讨转录因子SOX2在脉络丛发育和肿瘤发生中的作用，特别是其通过调控LIM同源盒转录因子维持祖细胞特性	发现SOX2通过结合并调控LMX1A和LMX1B等LIM同源盒转录因子，维持祖细胞特性并促进肿瘤生长	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证相对有限	解析SOX2在脉络丛发育和肿瘤发生中的分子机制	脉络丛肿瘤细胞和小鼠模型	肿瘤生物学	脑肿瘤	单细胞转录组学、表观遗传学、空间转录组学、多组学整合分析	小鼠肿瘤模型	基因组、转录组、表观遗传数据	未明确说明具体样本数量，涉及小鼠模型和人类肿瘤样本
3	2025-09-22	Embracing the heterogeneity of neural stem cells in the subventricular zone 2025-Sep-09, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102452 PMID:40118056	研究论文	本研究整合多个单细胞RNA测序数据集，分析小鼠脑室下区神经干细胞（NSCs）的异质性及标记物选择偏好	首次系统比较不同NSC标记物对特定细胞状态的筛选偏好，并提供了优化富集策略的框架	研究仅基于已发表数据集，未进行实验验证，且仅针对成年小鼠SVZ区域	评估不同神经干细胞标记物（Gfap、Nestin、Sox2）对特定NSC状态的选择性	成年小鼠脑室下区（SVZ）的神经干细胞	单细胞生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	整合六个已发表数据集（具体样本量未明确说明）
4	2025-09-22	Heterogeneity of mature oligodendrocytes in the central nervous system 2025-May-01, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-00055 PMID:38934385	综述	本文综述了中枢神经系统中成熟少突胶质细胞的异质性，涵盖其形态、功能及分子多样性	挑战了成熟少突胶质细胞功能静态的传统观点，并系统总结了其亚型多样性及动态功能	细胞亚类划分需谨慎，因时空局限性研究可能导致细胞身份结论的过度简化	探讨成熟少突胶质细胞的功能与分子异质性及其在生理和病理条件下的意义	成熟少突胶质细胞	神经科学	多发性硬化、阿尔茨海默病、精神疾病	单细胞/细胞核RNA测序、空间转录组学、单细胞蛋白质组学	NA	分子表达数据	NA
5	2025-09-22	CellSP: Module discovery and visualization for subcellular spatial transcriptomics data 2025-Apr-18, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.12.632553 PMID:39868198	研究论文	提出CellSP计算框架，用于识别、可视化和表征亚细胞空间转录组数据中的功能模块	引入'基因-细胞模块'概念，首次系统识别多细胞中协调的亚细胞转录分布模式	NA	开发工具识别和解释亚细胞转录分布的功能性空间模式	小鼠脑组织、肾癌与健康样本、阿尔茨海默病小鼠模型	空间转录组学	肾癌、阿尔茨海默病	空间转录组学技术	计算框架	mRNA空间分布数据	多种组织和技术条件下的样本（具体数量未明确说明）
6	2025-09-22	Linking transcriptome and morphology in bone cells at cellular resolution with generative AI 2024-Dec-31, Journal of bone and mineral research : the official journal of the American Society for Bone and Mineral Research IF:5.1Q1 DOI:10.1093/jbmr/zjae151 PMID:39303095	观点文章	探讨生成式AI在结合骨细胞转录组与形态学数据方面的应用前景与挑战	提出利用生成式AI整合单细胞测序和空间转录组数据，以细胞分辨率解析骨细胞的生物学过程	存在骨单细胞数据集的技术偏差、重要骨细胞类型缺乏分析以及空间信息不足等问题	推动生成式AI在骨细胞生物学研究中的应用，揭示细胞分化动态和形态-分子关联	骨细胞	计算生物学	NA	单细胞测序, 空间转录组学	生成式AI	组织学图像, 单细胞分子数据, 空间转录组数据	NA
7	2025-09-22	Fate (or state) of CA2 neurons in a mineralocorticoid receptor knockout 2024-Nov-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.29.626110 PMID:39651204	研究论文	本研究通过空间转录组学方法探究了盐皮质激素受体（MR）条件性敲除后海马CA2区神经元的命运变化	首次发现MR缺失会导致CA2神经元获得CA1样分子表型，并改变细胞大小和密度特征	NA	理解MR条件性敲除对海马CA2区神经元命运的影响	小鼠海马CA2区神经元	神经科学	NA	空间转录组学	NA	分子表型数据	NA
8	2025-09-22	Substrate Stiffness Dictates Unique Doxorubicin-induced Senescence-associated Secretory Phenotypes and Transcriptomic Signatures in Human Pulmonary Fibroblasts 2024-Nov-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.18.623471 PMID:39605579	研究论文	研究机械张力通过基质刚度调控人肺成纤维细胞衰老相关分泌表型和转录组特征	揭示机械力通过调控基质刚度影响细胞衰老和SASP的独特机制，并发现高刚度驱动的胶原蛋白富集特征	研究基于体外细胞模型和小鼠模型，人类直接证据仍需进一步验证	探究物理机械刺激对细胞衰老及衰老相关分泌表型的影响	人原代肺成纤维细胞（IMR-90）和小鼠肺纤维化模型	细胞生物学	肺纤维化	质谱分析、单细胞RNA测序、计算元分析	NA	转录组数据、蛋白质组数据	使用三种不同刚度基质（2 kPa、50 kPa、3 GPa）培养的细胞样本
9	2025-09-22	Spatial analysis reveals targetable macrophage-mediated mechanisms of immune evasion in hepatocellular carcinoma minimal residual disease 2024-Oct, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-024-00828-8 PMID:39304772	研究论文	通过空间分析揭示肝细胞癌微小残留病中巨噬细胞介导的免疫逃逸机制	首次结合单细胞高维细胞成像和空间转录组学，发现PD-L1+M2样巨噬细胞通过TGFβ1通路维持干细胞样肿瘤细胞存活的新机制	研究主要基于小鼠模型和有限临床样本，需进一步人类验证	探究肝细胞癌微小残留病的免疫逃逸机制并开发靶向治疗策略	肝细胞癌患者样本（n=108）和转基因小鼠模型	数字病理学	肝细胞癌	单细胞高维细胞成像、空间转录组学	NA	空间多组学数据、影像数据	108例患者，107万个细胞，两种小鼠模型
10	2025-09-22	Spatial Transcriptomics Identifies Cellular and Molecular Characteristics of Scleroderma Skin Lesions: Pilot Study in Juvenile Scleroderma 2024-Aug-23, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25179182 PMID:39273131	研究论文	本研究利用空间转录组学技术首次分析幼年性硬皮病患者皮肤病变的细胞和分子特征	首次应用Visium CytAssist空间转录组学平台研究幼年性硬皮病皮肤病变，结合单细胞RNA测序数据进行验证	初步研究，样本量有限，需进一步扩大验证	探究幼年性硬皮病皮肤病变的细胞和分子机制	幼年性局限性及系统性硬皮病患者的皮肤病变组织	数字病理学	自身免疫性疾病	空间转录组学(ST), 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	空间转录组数据, 单细胞测序数据	幼年性硬皮病患者皮肤病变组织（具体样本数未明确说明）
11	2025-09-22	Optimizing cryopreservation of nasal polyp tissue for cellular functional studies and single-cell RNA sequencing 2024-May, International forum of allergy & rhinology IF:7.2Q1 DOI:10.1002/alr.23275 PMID:37742089	研究论文	本研究比较了不同冷冻保存方法对鼻息肉组织细胞功能和单细胞RNA测序的影响	首次系统评估鼻息肉组织块保存与解离细胞悬液保存对特定细胞类型（肥大细胞和上皮细胞）功能的影响	研究仅针对鼻息肉组织，结果可能不适用于其他组织类型	优化鼻息肉组织的冷冻保存方法以支持细胞功能研究和单细胞RNA测序	鼻息肉组织样本	单细胞测序	鼻息肉病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	未明确说明样本数量
12	2025-09-21	Targeting ribosomes reprograms the tumour microenvironment and augments cancer immunotherapy 2025-Oct, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-025-03109-y PMID:40646287	研究论文	本研究探讨了靶向核糖体生物合成如何重塑肿瘤微环境并增强癌症免疫治疗效果	揭示了核糖体生物合成阻断对免疫抑制性非癌细胞的调控作用，并发现其对免疫检查点阻断疗法的增敏效应	NA	研究核糖体生物合成阻断在肿瘤免疫微环境中的免疫调节作用及其对免疫治疗的增强机制	免疫活性体内模型、人类单细胞RNA测序数据、临床样本	肿瘤免疫学	癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、核糖体生物合成抑制剂CX-5461处理	NA	单细胞RNA测序数据、临床样本数据	免疫活性体内模型及大规模人类scRNA-seq数据（具体数量未明确说明）
13	2025-09-21	Molecular Mechanisms of Human Pancreatic Islet Dysfunction Under Overnutrition Metabolic Stress 2025-Oct-01, Diabetes IF:6.2Q1 DOI:10.2337/db24-1038 PMID:40773375	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析人类胰岛细胞在高糖高脂代谢压力下的分子机制变化	首次在单细胞分辨率下揭示α细胞和β细胞对糖脂毒性的不同耐受性，并发现组蛋白甲基转移酶G9a和GLP在调控β细胞反应中的关键作用	研究仅使用体外培养的人类胰岛细胞，未涉及体内环境验证	探究营养过剩代谢压力下人类胰岛细胞功能异常的分子机制	人类胰岛细胞（包括α细胞和β细胞）	分子生物学	2型糖尿病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），靶向药物筛选	NA	基因表达数据	人类胰岛细胞样本（实验组：25 mmol/L葡萄糖+0.5 mmol/L棕榈酸；对照组：5.1 mmol/L葡萄糖）
14	2025-09-21	Single-cell RNA sequencing analysis of mouse cochlea identifies a novel proinflammatory CD74+CD14+ macrophage subset in mice with age-related and noise-induced hearing loss 2025-Oct, Hearing research IF:2.5Q1 DOI:10.1016/j.heares.2025.109376 PMID:40743638	研究论文	通过单细胞RNA测序分析小鼠耳蜗，在年龄相关性和噪声性听力损失中发现一种新型促炎性CD74+CD14+巨噬细胞亚群	首次在ARHL和NIHL中鉴定出CD74+CD14+巨噬细胞亚群，并揭示其与炎症通路和螺旋神经节神经元退化的增强细胞通讯	研究局限于小鼠模型，人类相关性尚需进一步验证	探究年龄相关性和噪声性听力损失中耳蜗免疫微环境的变化	小鼠耳蜗免疫细胞，特别是巨噬细胞亚群	单细胞组学	听力损失	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	未明确说明样本数量的小鼠耳蜗组织
15	2025-09-21	New Insights Into Diabetes-Induced Cell-Type-Specific Responses in the Neural Retina via Single-Cell Transcriptomics: A Report on Research Supported by Pathway to Stop Diabetes 2025-Oct-01, Diabetes IF:6.2Q1 DOI:10.2337/dbi24-0009 PMID:40794446	研究论文	通过单细胞转录组学技术探讨糖尿病引起的神经视网膜细胞类型特异性反应及其在糖尿病视网膜病变中的作用	利用单细胞或单核转录组技术系统解析糖尿病动物模型中视网膜细胞转录水平变化，识别疾病发展中的特定细胞类型和分子机制	存在未解决的议题和局限性，需进一步研究验证	阐明糖尿病视网膜病变的细胞类型特异性反应和分子机制，以寻找有效治疗策略	神经视网膜细胞（在糖尿病动物模型中）	生物信息学	糖尿病视网膜病变	单细胞或单核转录组测序（scRNA-seq / snRNA-seq）	NA	转录组数据	多种糖尿病动物模型（具体数量未明确说明）
16	2025-09-21	Elucidating cellular origins and TME dynamic evolution in NSCLC through multi-omics technologies 2025-Oct, Biochimica et biophysica acta. Reviews on cancer DOI:10.1016/j.bbcan.2025.189425 PMID:40840819	综述	本文综述了通过多组学技术揭示非小细胞肺癌的细胞起源及肿瘤微环境动态演化机制	整合单细胞和空间转录组学解析SOX2/WNT/YAP通路驱动的谱系可塑性，并鉴定出CXCL13+CD8+T细胞等新型治疗靶点	时空异质性解析存在挑战，需依赖人工智能建模进行精准干预	阐明NSCLC的细胞起源与肿瘤微环境动态演化机制	非小细胞肺癌（NSCLC）特别是肺腺癌（LUAD）	数字病理学	肺癌	多组学技术（单细胞/空间转录组学）	AI-driven modeling	多组学数据	NA
17	2025-09-21	Lymphatic dysfunction is linked to disease pathogenesis in Duchenne muscular dystrophy animal models 2025-Sep-23, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2505656122 PMID:40966282	研究论文	本研究探讨了淋巴系统功能障碍与杜氏肌营养不良症（DMD）动物模型疾病发病机制之间的关联	首次在DMD动物模型中揭示淋巴运输功能受损、收缩异常及炎症性淋巴管生成，并证明基因治疗后淋巴功能改善	研究基于动物模型（小鼠和大），结果尚未在人类DMD患者中验证	探究DMD动物模型中淋巴系统是否失调及其在疾病进展中的作用	DMD小鼠模型、金毛犬肌营养不良症（GRMD）犬模型、小鼠和大鼠淋巴肌细胞（LMCs）	肌肉疾病研究	杜氏肌营养不良症	单细胞RNA测序、显微淋巴管造影、磁共振淋巴管成像、免疫荧光分析	NA	基因表达数据、蛋白质数据、影像数据	D2小鼠模型、GRMD犬模型及对照动物的淋巴肌细胞和组织
18	2025-09-21	Single-cell RNA sequencing reveals transcriptomic landscape and potential targets for large/giant congenital melanocytic nevi 2025-Sep-20, The British journal of dermatology DOI:10.1093/bjd/ljaf360 PMID:40974031	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示大型/巨型先天性黑色素细胞痣（L/GCMN）的转录组景观和潜在治疗靶点	首次在L/GCMN研究中应用单细胞技术，发现TBX2作为核心转录因子特异性表达于GCMN黑色素细胞亚群，并鉴定PTN-PTPRZ1和IGF1-IGF1R信号通路的异常激活	NA	阐明L/GCMN皮肤微环境中细胞的转录组特征，探索黑色素细胞病理变化的关键分子机制及其与其他细胞的相互作用	L/GCMN患者的病变和非病变皮肤样本、健康皮肤样本以及原代痣黑色素细胞	数字病理	皮肤疾病	单细胞RNA测序、bulk RNA测序、Western blotting、qRT-PCR、免疫组化、多重免疫荧光	NA	RNA测序数据、蛋白质表达数据	L/GCMN患者和健康人的皮肤样本
19	2025-09-21	Single-cell profiling of peripheral and local immune compartments reveal unique genotype-independent prognostic immune signatures across IDH-stratified glioma 2025-Sep-20, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noaf206 PMID:40974256	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析IDH突变型和野生型胶质瘤的局部与外周免疫微环境，揭示基因型无关的预后免疫特征	首次在配对肿瘤和PBMC样本中系统比较胶质瘤的局部与外周免疫特征，发现新型GZMH+ CD8+ T细胞群体和具有补体交互特征的微胶质样外周血细胞	样本量较小（仅18例患者），需更大队列验证发现	解析IDH分型胶质瘤的免疫微环境异质性并挖掘预后相关免疫标志物	IDH突变型（6例）和野生型（12例）胶质瘤患者的肿瘤组织及配对外周血单核细胞	肿瘤免疫学	胶质瘤	scRNA-seq（单细胞RNA测序），TCGA转录组反卷积分析	NA	单细胞转录组数据	18例胶质瘤患者（6例IDH突变型，12例野生型）的配对肿瘤组织和PBMC样本
20	2025-09-21	HIF-1α-induced microglia-mediated neuroinflammation is involved in Alzheimer's disease: Evidence from single-cell transcriptomic analysis 2025-Sep-19, Journal of Alzheimer's disease : JAD DOI:10.1177/13872877251378007 PMID:40971318	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示HIF-1α诱导的小胶质细胞介导的神经炎症在阿尔茨海默病中的作用	识别了一个具有炎症-血管生成转录特征的新型小胶质细胞亚群（microglia_2），并发现HIF-1α是其关键调控因子	研究主要基于5×FAD小鼠模型，人类样本验证需进一步扩展	探究阿尔茨海默病中小胶质细胞亚群的多样性及其致病活动的转录调控机制	AD患者和5×FAD小鼠模型的小胶质细胞	生物信息学	阿尔茨海默病	scRNA-seq, bulk RNA测序, SCENIC分析, 伪时间轨迹分析	NA	单细胞转录组数据	AD患者和5×FAD小鼠的脑组织样本