单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-08-30	Ontogeny-specific induction of the KMT2A::AFF1-fusion drives development of a distinct CD24 positive pre-leukemic state 2025-Sep, Leukemia IF:12.8Q1 DOI:10.1038/s41375-025-02665-9 PMID:40646135	研究论文	通过新型小鼠模型揭示KMT2A::AFF1融合基因在胚胎期诱导产生独特CD24阳性前白血病状态的机制	开发了可精确诱导致癌基因的小鼠模型，首次发现胚胎环境中特异性扩增的CD24PreProB亚群具有前白血病干细胞特征	模型虽与人类疾病相关但仍属动物研究，需进一步验证临床转化价值	探究KMT2A::AFF1融合基因在胚胎发育阶段引发白血病的起始机制	小鼠造血干细胞和祖细胞（HSPCs），人类KMT2A::AFF1患者样本	血液肿瘤学	急性淋巴细胞白血病	单细胞转录组学，致癌基因诱导模型	基因工程小鼠模型	基因表达数据，细胞表型数据	未明确样本数量，但涉及小鼠模型和人类患者数据对比
2	2025-08-30	Single-cell immunomics reveals the immunological hallmarks about the onset and different outcomes for ankylosing spondylitis patients 2025-Sep, Clinical rheumatology IF:2.9Q2 DOI:10.1007/s10067-025-07549-y PMID:40665054	研究论文	通过单细胞免疫组学技术揭示强直性脊柱炎发病及不同结局的免疫学特征	首次在单细胞分辨率下系统解析AS不同病程阶段的T/B细胞克隆扩增模式及V(D)J重组特征	样本来源仅限于外周血单核细胞，未涉及病变组织局部免疫微环境	探究强直性脊柱炎发生发展和不同临床结局的免疫学机制	健康供者和不同病程阶段的强直性脊柱炎患者	免疫组学	强直性脊柱炎	单细胞RNA测序、TCR/BCR分析	NA	单细胞转录组数据	健康供者与不同病程阶段患者的外周血单核细胞样本
3	2025-08-30	Semaglutide ameliorates retinal vascular permeability destruction in diabetic retinopathy by AnxA2-mediated MMP-9 activation and basement membrane remodeling 2025-Sep, Biomedicine & pharmacotherapy = Biomedecine & pharmacotherapie DOI:10.1016/j.biopha.2025.118409 PMID:40749340	研究论文	本研究探讨了索马鲁肽通过调节AnxA2介导的MMP-9活化和基底膜重塑改善糖尿病视网膜病变中血管通透性破坏的机制	首次揭示索马鲁肽通过上调内皮细胞AnxA2激活MMP-9降解病理增厚基底膜的葡萄糖非依赖性血管保护机制	研究基于小鼠模型，临床转化需进一步验证；未探讨其他GLP-1RAs的类似效应	阐明索马鲁肽在糖尿病视网膜病变中的保护作用机制	高脂饮食/链脲佐菌素诱导的2型糖尿病小鼠模型及视网膜内皮细胞	糖尿病并发症研究	糖尿病视网膜病变	蛋白质组学、单细胞RNA测序、Western blot、免疫荧光、免疫组化、透射电镜	动物疾病模型	分子生物学数据、组织病理学图像、基因表达数据	未明确样本数量，使用糖尿病小鼠模型进行实验
4	2025-08-30	Multi-omics identification of circulating protein biomarkers for intervertebral disc degeneration using Mendelian randomization and scRNA-seq 2025-Sep, Clinical rheumatology IF:2.9Q2 DOI:10.1007/s10067-025-07606-6 PMID:40745068	研究论文	本研究通过整合多组学方法识别与椎间盘退变因果相关的循环蛋白生物标志物	首次结合孟德尔随机化与单细胞RNA测序技术筛选循环蛋白标志物，并采用机器学习模型评估其分类效能	需进一步体内实验验证临床适用性	鉴定椎间盘退变的循环蛋白生物标志物并探索其机制	人类循环蛋白质与椎间盘组织	生物信息学	椎间盘退变	孟德尔随机化(MR), 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 机器学习	机器学习模型（未指定具体类型）	蛋白质组数据, RNA序列数据	4907种循环蛋白质（FinnGen队列）, 健康与退变椎间盘组织单细胞数据
5	2025-08-30	Immunoregulatory Endothelial Cells Interact With T Cells After Myocardial Infarction 2025-Aug-29, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.125.326145 PMID:40735785	研究论文	本研究揭示了心肌梗死后心脏内皮细胞通过形成免疫调节表型调控T细胞活化的新机制	首次发现CD45+CD11b+Cdh5+免疫调节内皮细胞（IMEC）表型，并证实其通过IFN-γ信号通路诱导T细胞活化	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性尚需进一步验证	探究心肌梗死后内皮细胞的免疫调节功能及其分子机制	小鼠心肌梗死模型中的内皮细胞和T细胞	心血管生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序、空间转录组学、骨髓移植、谱系追踪、体外细胞培养	NA	基因表达数据、空间定位数据	小鼠模型（具体数量未明确说明）
6	2025-08-30	Bacterial Infections Shape Cardiac Macrophages' Response to Ischemia 2025-Aug-29, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.325147 PMID:40735767	研究论文	本研究探讨细菌感染如何诱导心脏巨噬细胞发生持久性改变，并加剧后续心肌缺血损伤中的炎症反应	首次发现细菌感染后心脏巨噬细胞形成两个新亚群，分别具有高代谢活性和过度趋化特性，并证实其介导后续缺血损伤的炎症放大效应	NA	解析细菌感染对心脏先天免疫细胞的长期影响及其在后续缺血损伤中的作用机制	心脏髓系细胞、外周白细胞、造血干细胞与祖细胞	免疫学	心血管疾病	流式细胞术、单细胞RNA测序、纳米颗粒介导的RNA干扰	NA	单细胞转录组数据、流式细胞数据	NA
7	2025-08-30	Integration of phospho-signaling and transcriptomics in single cells reveals distinct Th17 cell fates 2025-Aug-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116006 PMID:40674215	研究论文	开发并应用Vivo-seq平台，在单细胞水平整合转录组和磷酸化信号信息，揭示Th17细胞分化命运	提出Vivo-seq创新平台，首次实现单细胞内转录状态和磷酸化信号状态的同时捕获	NA	解析Th17细胞分化过程中的信号网络和细胞状态决定机制	T辅助17细胞（Th17 cells）	单细胞组学	免疫相关疾病	scRNA-seq, 细胞内转录组和表位索引测序	NA	单细胞转录组数据, 磷酸化信号数据	NA
8	2025-08-30	Immune signaling mediates stromal changes to support epithelial reprogramming in celiac duodenum 2025-Aug-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116039 PMID:40694474	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析乳糜泻十二指肠组织，揭示了免疫信号介导的基质变化支持上皮重编程的机制	构建了迄今最全面的乳糜泻单细胞RNA测序数据集，首次发现成纤维细胞通过NRG1和SMOC2介导上皮干细胞/隐窝细胞比例增加的新机制	样本量相对有限（21例活动性乳糜泻和11例对照），且为观察性研究，需要进一步功能验证	阐明乳糜泻发病过程中细胞间通讯机制及组织水平细胞动态变化	人类十二指肠组织样本	单细胞基因组学	乳糜泻	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	单细胞转录组数据	203,555个细胞，来自21例活动性乳糜泻患者和11例对照的十二指肠样本
9	2025-08-30	A STAT3/integrin axis accelerates pancreatic cancer initiation and progression 2025-Aug-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116010 PMID:40701148	研究论文	本文揭示了STAT3通过调控ITGB3表达加速胰腺癌发生发展的新机制	发现STAT3通过染色质可及性调控ITGB3表达的塑性调控机制，并建立了18基因特征用于生存分层	NA	探究STAT3信号通路在胰腺导管腺癌进展中的调控机制	胰腺导管腺癌（PDAC）细胞	癌症生物学	胰腺癌	ChIP-seq, 单细胞转录组学	NA	基因组数据, 转录组数据	NA
10	2025-08-30	Cancer-associated fibroblast-derived fibulin-5 promotes radioresistance in non-small-cell lung cancer 2025-Aug-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116018 PMID:40711881	研究论文	本研究揭示癌症相关成纤维细胞（CAFs）来源的Fibulin-5通过整合素αVβ5受体激活Src-STAT3通路并抑制铁死亡，促进非小细胞肺癌放疗抵抗	首次发现CAFs来源的Fibulin-5作为放疗抵抗的关键介质，并阐明其通过整合素-Src-STAT3-ACSL4轴抑制辐射诱导的铁死亡机制	NA	鉴定预测放疗疗效的CAFs表达分子并阐明非小细胞肺癌放疗抵抗机制	非小细胞肺癌患者组织、癌症相关成纤维细胞及癌细胞系	肿瘤生物学	肺癌	空间转录组学、单细胞RNA测序、基因敲低	NA	转录组数据、临床组织数据	复发患者组织样本及体外细胞模型
11	2025-08-30	Aggrecan protects against plaque accumulation and is essential for proper microglial responses to plaques 2025-Aug-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116064 PMID:40748756	研究论文	本研究探讨了聚集蛋白聚糖（ACAN）在阿尔茨海默病中对斑块积累的抑制作用及其对小胶质细胞反应的关键调控作用	首次通过基因敲除模型证明ACAN缺失会导致斑块沉积增加、形态异常，并发现其对疾病相关小胶质细胞（DAM）表型的空间转录组学影响	研究基于5xFAD转基因小鼠模型，结果向人类疾病的转化需进一步验证	探究神经元周围网络（PNNs）在阿尔茨海默病病理机制中的作用	5xFAD转基因小鼠模型及ACAN条件性敲除小鼠	神经科学	阿尔茨海默病	条件性基因敲除、单细胞空间转录组学	NA	基因表达数据、组织形态学数据	转基因小鼠模型群体（具体数量未明确说明）
12	2025-08-30	A basophil-fibroblast pro-inflammatory axis fuels type 2 skin inflammation 2025-Aug-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116114 PMID:40782349	研究论文	本研究通过单细胞时空图谱揭示了嗜碱性粒细胞与成纤维细胞之间的促炎轴在2型皮肤炎症中的关键作用	首次发现嗜碱性粒细胞通过分泌OSM和IL-4协同激活促炎性成纤维细胞，形成正反馈循环放大免疫反应	研究基于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证	阐明2型皮肤炎症的细胞调控机制	小鼠皮肤组织细胞	免疫学	特应性皮炎	MERFISH, scRNA-seq	NA	单细胞空间转录组数据	约430,000个细胞
13	2025-08-30	A spatiotemporal atlas of mouse gastrulation and early organogenesis to explore axial patterning and project in vitro models onto in vivo space 2025-Aug-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116047 PMID:40728928	研究论文	构建了一个小鼠原肠胚形成和早期器官发生的时空图谱，用于探索轴向模式并将体外模型投影到体内空间	整合了多个发育时间点的空间转录组和单细胞RNA-seq数据，创建了包含15万多个细胞的高分辨率时空图谱，并开发了计算流程将其他单细胞数据集投影到该框架中	NA	研究小鼠胚胎发育过程中的空间分化模式和细胞命运决定机制	小鼠胚胎（E6.5-E9.5天）	发育生物学	NA	空间转录组学，单细胞RNA-seq	计算投影流程	空间转录组数据，单细胞RNA-seq数据	超过150,000个细胞，涵盖E6.5至E9.5多个发育时间点
14	2025-08-30	Gut commensal microbiota drive tailored macrophage responses 2025-Aug-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116157 PMID:40828655	研究论文	通过单细胞RNA测序分析人类巨噬细胞对不同共生菌的响应，揭示其异质性和菌种特异性	首次大规模使用多重单细胞RNA测序（15种细菌、74,476个巨噬细胞）解析巨噬细胞对共生菌的异质性响应，并发现特定菌种（如具核梭杆菌和地中海杆菌）的相反免疫调节作用	研究使用单核细胞衍生的巨噬细胞，可能与体内原位巨噬细胞存在差异；仅涵盖15种细菌，未覆盖全部肠道微生物	探究人类巨噬细胞如何区分不同共生菌并产生特异性免疫响应	人类单核细胞衍生的巨噬细胞及15种主要共生细菌	免疫学与微生物组学	肠道疾病	多重单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	74,476个人类巨噬细胞，暴露于15种细菌（多为共生菌）
15	2025-08-30	Decoding the Effects of Bexarotene treatment on brain of AD-like model mice: Single-Cell Transcriptomics and Chromatin Accessibility Analysis 2025-Aug-13, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-7201032/v1 PMID:40831503	研究论文	通过单细胞转录组和染色质可及性分析，研究Bexarotene治疗对AD模型小鼠大脑的多层次调控机制	首次整合snATAC-seq、scRNA-seq和ChIP-seq技术解析RXR激活引发的多层级转录级联反应	研究局限于APP/PS1ΔE9小鼠模型，未涉及其他AD模型或人类样本	探究RXR激活对染色质结构和基因表达的调控机制，为神经退行性疾病提供治疗策略	Bexarotene处理的APP/PS1ΔE9转基因AD模型小鼠	生物信息学	阿尔茨海默病	单核ATAC-seq, 单细胞RNA-seq, ChIP-seq, 转录因子足迹分析	NA	基因组学数据，转录组数据，表观遗传数据	APP/PS1ΔE9转基因小鼠样本
16	2025-08-30	LLM-based cell type annotation harmonization across single-cell studies using GCTHarmony 2025-Aug-12, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-7151095/v1 PMID:40831495	研究论文	开发了一种基于LLM的方法GCTHarmony，用于协调单细胞研究中的细胞类型注释不一致问题	利用OpenAI文本嵌入模型将任意细胞类型注释映射到标准化细胞本体术语，并协调不同研究间的注释层次差异	NA	解决单细胞RNA-seq研究中细胞类型注释不一致的整合挑战	单细胞研究中的细胞类型注释	生物信息学	NA	单细胞RNA-seq	LLM（大语言模型）	文本（细胞类型注释）	NA
17	2025-08-30	Profibrotic monocyte-derived alveolar macrophages as a biomarker and therapeutic target in systemic sclerosis-associated interstitial lung disease 2025-Aug-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.07.669006 PMID:40832362	研究论文	本研究探讨了促纤维化单核来源肺泡巨噬细胞（MoAM）在系统性硬化相关间质性肺病（SSc-ILD）中的生物标志物潜力和治疗靶点价值	首次在SSc-ILD患者中发现MoAM与肺纤维化严重程度相关，并通过空间转录组学揭示间质巨噬细胞向肺泡空间的扩展现象	样本量较小（仅9例患者和13例健康对照），需更大规模研究验证	验证MoAM作为SSc-ILD严重程度生物标志物及治疗靶点的可行性	系统性硬化相关间质性肺病患者和健康对照者的支气管肺泡灌洗液及肺移植标本	呼吸病学	间质性肺病/系统性硬化	流式细胞术、单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	分子生物学数据、细胞表型数据	9例SSc-ILD患者和13例健康对照的BAL样本，外加肺移植标本
18	2025-08-30	Ongoing genome doubling shapes evolvability and immunity in ovarian cancer 2025-Aug, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09240-3 PMID:40670783	研究论文	研究全基因组加倍（WGD）在卵巢癌中对体细胞进化和免疫逃逸的影响	在单细胞分辨率下揭示WGD是一个持续的突变过程，并开发了doubleTime方法解析WGD驱动肿瘤进化的模式	研究样本仅限高级别浆液性卵巢癌，可能不适用于其他癌症类型	探究全基因组加倍对肿瘤进化能力和免疫调节的影响	高级别浆液性卵巢癌患者肿瘤样本	癌症基因组学	卵巢癌	单细胞全基因组测序，单细胞RNA测序，高分辨率免疫荧光显微镜	NA	基因组数据，转录组数据，图像数据	41名患者的70个肿瘤样本（共30,260个肿瘤基因组）
19	2025-08-30	NFATC3 enhances osteosarcoma progression by increasing PD-L1 and CXCL2 levels 2025-Jul-29, Medical oncology (Northwood, London, England) DOI:10.1007/s12032-025-02850-x PMID:40728758	研究论文	本研究探讨免疫基因NFATC3在骨肉瘤中的表达及其通过促进PD-L1和CXCL2表达驱动肿瘤进展的机制	首次揭示NFATC3通过调控PD-L1和炎症因子重塑免疫微环境促进骨肉瘤发展的新机制	NA	探究NFATC3在骨肉瘤进展中的功能作用及分子机制	骨肉瘤细胞系（143B、SJSA、HOS、MG63、MNNG）及肿瘤微环境中的T细胞和巨噬细胞	肿瘤免疫学	骨肉瘤	qRT-PCR、单细胞测序、肿瘤细胞与巨噬细胞共培养系统	NA	基因表达数据、单细胞测序数据	多个骨肉瘤细胞系及公共测序数据集
20	2025-08-30	Mapping mesenchymal diversity in the developing human intestine and organoids 2025-Jul-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.22.665939 PMID:40777494	研究论文	本研究构建了人类小肠发育过程中的间充质细胞高分辨率空间图谱，并用于评估干细胞衍生肠道类器官	首次通过单细胞RNA测序和Xenium空间转录组技术系统描绘了人类肠道发育中五种间充质细胞群的空间分布动态	NA	解析人类肠道发育过程中间充质细胞群的时空组织特征	人类发育中小肠组织及多能干细胞衍生的肠道类器官	空间转录组学	NA	单细胞RNA测序, Xenium空间转录组技术	NA	空间转录组数据	NA