单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-04-27	Identifying similar populations across independent single cell studies without data integration 2025-Jun, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqaf042 PMID:40276039	研究论文	提出了一种名为ClusterFoldSimilarity（CFS）的新统计方法，用于在不需要数据校正或整合的情况下量化独立数据集间细胞群体的相似性	CFS方法无需数据整合或校正，避免了信息丢失和伪影引入，提供了一种简单、高效且可扩展的解决方案	NA	开发一种方法来识别独立单细胞研究中的相似细胞群体	单细胞RNA测序、ATAC测序、单细胞蛋白质组学等多模态数据中的细胞群体	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、ATAC测序、单细胞蛋白质组学	NA	单细胞多模态数据	成年小鼠的运动皮层和脊髓单核RNA测序数据
2	2025-04-27	Metabolic alterations and immune heterogeneity in gastric cancer metastasis 2025-May-16, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112296 PMID:40276776	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序分析了胃癌及其转移灶中的代谢变化和免疫异质性	首次发现线粒体ATP合成酶亚基ATP5MC2在胃癌早期转移中的独特改变，并构建了与胃癌转移相关的单细胞图谱	样本量相对较小(11个胃癌样本和8个转移灶)，且未涉及其他癌症类型的验证	探究胃癌转移过程中的代谢重编程和免疫微环境变化	胃癌细胞、基质细胞和免疫细胞	肿瘤生物学	胃癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	11个胃癌样本和8个转移灶，共92,842个细胞
3	2025-04-27	Sequencing technologies to measure translation in single cells 2025-May, Nature reviews. Molecular cell biology DOI:10.1038/s41580-024-00822-z PMID:39833532	研究论文	本文讨论了用于在单细胞水平测量翻译的单细胞测序技术	介绍了在单细胞分辨率下测量翻译的最新技术优化和适应方法	技术限制阻碍了对多细胞组织、稀有细胞类型和动态细胞过程中翻译控制的理解	研究单细胞水平上的翻译测量技术	单细胞中的翻译过程	基因组学	NA	单细胞测序、核糖体分析、核糖体亲和纯化、空间翻译组方法	NA	基因组数据	NA
4	2025-04-27	Integration of Single-Cell and Spatial Transcriptomic Data Reveals Spatial Architecture and Potential Biomarkers in Alzheimer's Disease 2025-May, Molecular neurobiology IF:4.6Q1 DOI:10.1007/s12035-024-04617-3 PMID:39543008	研究论文	通过整合单细胞和空间转录组数据，揭示了阿尔茨海默病前额叶皮层的空间结构及潜在生物标志物	首次结合scRNA-seq和空间转录组学技术，构建了AD患者前额叶皮层的细胞图谱和空间结构，并发现Oligodendrocytes在AD中的新作用及PLXDC2作为非侵入性生物标志物的潜力	样本量有限（8个scRNA-seq数据集），且仅聚焦前额叶皮层区域	解析阿尔茨海默病的细胞空间结构与分子机制	阿尔茨海默病患者与正常对照的前额叶皮层组织	数字病理学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学、微阵列验证	CARD工具（空间重构）、无监督聚类	单细胞转录组数据、空间基因表达数据、微阵列数据	8个scRNA-seq数据集（含正常对照与AD患者）
5	2025-04-27	Hypoxia-Driven Neurovascular Impairment Underlies Structural-Functional Dissociation in Diabetic Sudomotor Dysfunction 2025-May, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.70173 PMID:40276644	research paper	该研究探讨了糖尿病患者汗腺功能障碍的机制，揭示了缺氧驱动的神经血管损伤在其中的作用	通过整合转录组和蛋白质组分析，揭示了汗腺微环境对缺氧的反应，并发现了神经血管-汗腺轴在糖尿病病理生理中的关键作用	研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床样本的验证可能不足	阐明糖尿病患者汗腺功能障碍的机制，寻找潜在治疗靶点	糖尿病患者的汗腺功能及神经血管网络	糖尿病研究	糖尿病	转录组分析、蛋白质组分析、单细胞RNA测序、组织清除技术	小鼠糖尿病神经病变模型、体外SGC-NC相互作用模型(SNIM)	基因表达数据、蛋白质数据、组织图像	糖尿病患者和糖尿病小鼠模型的汗腺样本
6	2025-04-27	A specific microbial consortium enhances Th1 immunity, improves LCMV viral clearance but aggravates LCMV disease pathology in mice 2025-Apr-25, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59073-x PMID:40274773	研究论文	本文研究了特定微生物群落（OMM）对小鼠抗病毒免疫反应的影响，发现其能增强Th1免疫反应，促进LCMV病毒清除，但加剧了LCMV引起的疾病病理	揭示了特定低复杂度细菌群落（OMM）而非无菌环境能显著增强抗病毒免疫反应，并通过单细胞RNA测序分析了其机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探讨肠道微生物组对抗病毒免疫反应的影响及其机制	小鼠及其肠道微生物组	免疫学	病毒感染	单细胞RNA测序	小鼠模型	RNA测序数据	使用特定微生物群落（OMM）和无菌小鼠进行实验
7	2025-04-27	Enhanced Translational Activity Is Linked to Lymphatic Endothelial Cell Activation in Cutaneous Leishmaniasis 2025-Apr-25, Lymphatic research and biology IF:1.6Q4 DOI:10.1089/lrb.2024.0080 PMID:40279249	research paper	本研究通过单细胞RNA测序、流式细胞术和嘌呤霉素掺入技术，揭示了皮肤利什曼病中淋巴管内皮细胞（LECs）的转录和翻译活动增强现象	首次发现LECs在皮肤利什曼病病灶中表现出增强的翻译活性和抗原呈递能力，揭示了其在炎症性皮肤病中的潜在免疫调节作用	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需要进一步验证	探究皮肤利什曼病中淋巴管内皮细胞的免疫激活状态及其功能	感染利什曼原虫的小鼠皮肤淋巴管内皮细胞	免疫学	皮肤利什曼病	单细胞RNA测序、流式细胞术、嘌呤霉素掺入技术	NA	转录组数据、蛋白质表达数据	感染小鼠与对照小鼠的皮肤组织样本
8	2025-04-27	TissueViewer: A Web-Based Multiplexed Image Viewer 2025-Apr-25, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf246 PMID:40279289	research paper	开发了一个名为TissueViewer的基于网络的多重图像查看器，用于高效查看和共享空间生物学技术生成的大型数据集	开发了一个易于设置和使用的基于网络的查看器，能够在低带宽需求下高速传输高分辨率图像	上传数据限制为50GB，可能不适合处理超大规模数据集	解决空间生物学技术生成的大型数据集查看和共享的挑战	空间生物学技术生成的多重图像数据集	digital pathology	NA	multiplex immunofluorescence staining, spatial transcriptomics profiling	NA	image	NA
9	2025-04-27	T-B cell cooperation in ectopic lymphoid follicles propagates CNS autoimmunity 2025-Apr-25, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adn2784 PMID:40279405	research paper	该研究探讨了脑膜异位淋巴滤泡样结构在中枢神经系统自身免疫中的作用，通过单细胞RNA测序和活体成像技术揭示了T细胞与B细胞在该结构中的长期抗原特异性接触及其对炎症的促进作用	首次利用单细胞RNA测序和活体成像技术直接观察并证实了T细胞与B细胞在脑膜异位淋巴滤泡中的长期抗原特异性接触及其对自身免疫反应的促进作用	研究基于实验性自身免疫性脑脊髓炎模型，可能无法完全模拟人类多发性硬化症的复杂病理过程	探究脑膜异位淋巴滤泡样结构在中枢神经系统自身免疫中的作用机制	实验性自身免疫性脑脊髓炎模型中的T细胞和B细胞	免疫学	多发性硬化症	单细胞RNA测序, 活体成像	T helper 17 (T17) adoptive transfer experimental autoimmune encephalomyelitis model	RNA测序数据, 影像数据	NA
10	2025-04-27	The P2X7R/NLRP3 inflammasome axis suppresses enthesis regeneration through inflammatory and metabolic macrophage-stem cell cross-talk 2025-Apr-25, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adr4894 PMID:40279432	research paper	本研究揭示了P2X7R/NLRP3炎症小体轴通过炎症和代谢巨噬细胞-干细胞相互作用抑制腱骨结合部再生	首次发现P2X7R/NLRP3炎症小体轴通过调控IL-1β介导的炎症相互作用和抑制DTA代谢相互作用来抑制腱骨结合部再生	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索腱骨结合部再生不良的关键调控机制	腱骨结合部再生过程	再生医学	运动系统疾病	scRNA-seq	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	NA
11	2025-04-27	Adipose-derived leptin and complement factor D mediate osteoarthritis severity and pain 2025-Apr-25, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adt5915 PMID:40279436	研究论文	探讨脂肪分泌的瘦素和补体因子D在骨关节炎严重程度和疼痛中的作用	揭示了瘦素通过调节补体因子D影响骨关节炎的结构和疼痛表型，首次提供了脂肪-关节交互作用的直接证据	研究主要基于小鼠模型，人类相关性尚需进一步验证	阐明肥胖相关脂肪因子在骨关节炎发病机制中的具体作用机制	脂肪组织分泌的瘦素和补体因子D	骨关节疾病研究	骨关节炎	空间转录组学、多组学分析	小鼠脂肪营养不良模型	基因表达数据、蛋白质组数据	脂肪营养不良小鼠模型
12	2025-04-27	The Genomics of Aging at the Single-Cell Scale 2025-Apr-25, Annual review of genomics and human genetics IF:7.7Q1 DOI:10.1146/annurev-genom-120523-024422 PMID:40279573	review	本文综述了单细胞测序技术在研究衰老相关细胞变化中的应用，总结了近期关于衰老对哺乳动物器官中细胞类型特异性群体影响的研究	系统总结了衰老对哺乳动物全身细胞类型特异性群体的影响，填补了衰老相关系统功能障碍细胞基础的知识空白	缺乏对衰老如何影响整个哺乳动物生物体中细胞类型特异性群体的系统性理解	阐明衰老的细胞基础，为衰老及衰老相关疾病提供潜在治疗靶点	哺乳动物器官中的细胞类型特异性群体	基因组学	老年疾病	单细胞测序技术	NA	基因组数据	NA
13	2025-04-27	Integrative analysis of taurine metabolism-related genes prognostic signature with immunotherapy and identification of ABCB1 and GORASP1 as key genes in nasopharyngeal carcinoma 2025-Apr-24, Amino acids IF:3.0Q3 DOI:10.1007/s00726-025-03452-7 PMID:40272558	研究论文	该研究通过整合多个数据库数据，构建了与牛磺酸代谢相关的鼻咽癌预后特征，并验证了ABCB1和GORASP1作为关键基因的作用	首次报道了牛磺酸代谢相关基因在鼻咽癌中的预后作用，并通过多维研究和实验验证揭示了三个关键基因的功能和治疗潜力	研究样本量未明确说明，且需要进一步实验验证这些基因在更大样本中的预后价值	探索牛磺酸代谢相关基因在鼻咽癌中的预后价值及其与免疫治疗的关系	鼻咽癌患者及其相关基因表达数据	生物信息学	鼻咽癌	基因表达分析、Cox回归、LASSO回归、免疫组化、分子对接、单细胞测序	预后特征模型	基因表达数据、临床数据	NA
14	2025-04-27	DOCK9 as a predictive biomarker linked to angiogenesis and immune response in esophageal squamous cell carcinoma 2025-Apr-24, Clinical and experimental medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s10238-025-01653-8 PMID:40272582	研究论文	本研究探讨了DOCK9基因在食管鳞状细胞癌(ESCC)中的预后标志物作用及其对血管生成和免疫反应的影响	发现DOCK9表达与ESCC患者生存率相关，并首次提出DOCK9/CD31比率可作为免疫治疗反应的预测标志物	研究主要基于RNA微阵列和单细胞RNA测序数据，需要进一步临床验证	寻找ESCC的预后生物标志物并探索其治疗潜力	食管鳞状细胞癌(ESCC)组织和人脐静脉内皮细胞	肿瘤生物学	食管癌	RNA微阵列分析、单细胞RNA测序、蛋白表达分析	21基因预后风险模型	RNA测序数据、蛋白质表达数据	未明确说明样本数量，使用公开数据集和ESCC组织样本
15	2025-04-27	Integration of single-cell sequencing and mendelian randomization reveals novel causal pathways between monocytes and hepatocellular carcinoma 2025-Apr-24, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02357-x PMID:40272662	研究论文	该研究通过整合单细胞测序和孟德尔随机化分析，揭示了单核细胞与肝细胞癌之间的新因果通路	首次将单细胞测序技术与孟德尔随机化分析相结合，研究单核细胞与肝细胞癌的关系	NA	探讨单核细胞中差异表达基因与肝细胞癌发展的关联	人类肝脏先天淋巴细胞（ILCs）中的单核细胞亚群及其细胞标记物	生物信息学	肝细胞癌	单细胞转录组分析，孟德尔随机化（MR）分析	NA	转录组数据	NA
16	2025-04-27	Neutrophil single-cell analysis identifies a type II interferon-related subset for predicting relapse of autoimmune small vessel vasculitis 2025-Apr-24, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-58550-7 PMID:40274824	研究论文	通过单细胞转录组和表面蛋白质组分析，识别与自身免疫性小血管炎复发相关的II型干扰素相关中性粒细胞亚群	首次在单细胞水平上识别出与II型干扰素相关的中性粒细胞亚群Neu_T2ISG，并发现其与疾病复发的相关性	研究样本量有限，需要更大规模的队列验证	探索中性粒细胞自身免疫动态及其在ANCA相关性血管炎中的作用	新发显微镜下多血管炎(MPA)患者的外周血白细胞	单细胞分析	自身免疫性小血管炎	单细胞转录组分析、表面蛋白质组分析	NA	单细胞RNA测序数据、蛋白质组数据	新发MPA患者和对照组的白细胞样本
17	2025-04-27	Leveraging TME features and multi-omics data with an advanced deep learning framework for improved Cancer survival prediction 2025-Apr-24, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-98565-0 PMID:40275021	研究论文	本研究通过整合多组学数据和先进的深度学习框架，提高了癌症生存预测的准确性	利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）增强的自归一化网络（Self-Normalizing Network）模型，结合多组学数据，显著提高了胶质瘤预后预测的准确性	研究中使用的样本量相对有限，且仅针对胶质瘤患者，可能限制了模型的泛化能力	提高胶质瘤患者的预后预测准确性并识别潜在的治疗靶点	胶质母细胞瘤（GBM）和低级别胶质瘤（LGG）患者	数字病理学	胶质瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、多组学数据分析	自归一化网络（Self-Normalizing Network）	转录组、拷贝数变异（CNV）、体细胞突变（MUT）、微生物（MIC）、EcoTyper结果数据	620个样本
18	2025-04-27	A signature based on efferocytosis-related genes for the evaluation of prognosis and the tumour microenvironment in gastric cancer 2025-Apr-24, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-99133-2 PMID:40275059	研究论文	本研究基于胞葬作用相关基因（ERGs）构建了一个预测模型，用于评估胃癌患者的预后、肿瘤微环境及对免疫治疗和化疗的反应	首次在单细胞水平上整合scRNA-seq和TCGA数据，分析ERGs在胃癌中的表达和分布，并构建了一个基于ERGs的预后评估模型	研究样本量较小（10个GC样本），且需要在更大规模的独立数据集中进一步验证模型的普适性	探究胞葬作用相关基因在胃癌预后评估和肿瘤微环境中的作用	胃癌（GC）患者	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），TCGA转录组数据分析	LASSO回归结合Cox分析，预后列线图	RNA测序数据	10个GC样本
19	2025-04-27	Integrated multi-omics reveal lactate metabolism-related gene signatures and PYGL in predicting HNSCC prognosis and immunotherapy efficacy 2025-Apr-24, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-13982-8 PMID:40275154	研究论文	该研究通过整合多组学数据，揭示了乳酸代谢相关基因特征及PYGL在预测头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)预后和免疫治疗疗效中的作用	构建了基于乳酸代谢相关基因(LMRGs)的预后多基因特征，并首次系统性地将风险特征与免疫学特性及免疫治疗效果相关联，同时发现PYGL在调节乳酸代谢和免疫抑制中的关键作用	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏临床前动物模型验证和更大规模的临床样本验证	探索乳酸代谢相关基因在HNSCC预后预测和免疫治疗中的作用机制	头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)患者样本及肿瘤微环境	肿瘤代谢与免疫	头颈部鳞状细胞癌	单细胞测序分析、免疫荧光分析、体外实验、AutoDock 4.2药物筛选	预后多基因特征模型	多组学数据(基因组、转录组等)	未明确说明具体样本数量，涉及HNSCC患者队列和单细胞测序数据
20	2025-04-27	Transcriptomics, single-cell sequencing and spatial sequencing-based studies of cerebral ischemia 2025-Apr-24, European journal of medical research IF:2.8Q2 DOI:10.1186/s40001-025-02596-2 PMID:40275374	综述	本文综述了基于转录组学、单细胞测序和空间测序的脑缺血研究进展	整合多层次的转录组学数据（包括转录组学、单细胞转录组学和空间转录组学）来揭示脑缺血的分子机制	NA	全面理解脑缺血的病理生理过程并寻找新的治疗策略	脑缺血的分子机制	转录组学	脑缺血	转录组学、单细胞测序、空间测序	NA	转录组数据	NA