单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-09-23	Single-cell profiling of long non-coding RNAs in the hematopoietic system 2025-Dec, Blood science (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/BS9.0000000000000240 PMID:40979441	研究论文	通过整合9个单细胞RNA测序数据集构建了包含207,113个细胞的造血系统lncRNA图谱	首次在单细胞水平系统描绘造血系统中长链非编码RNA的表达谱，并发现白血病中lncRNAs与氧反应和免疫调控的关联	研究主要基于生物信息学分析，实验验证仅针对部分lncRNAs	揭示lncRNAs在正常和异常造血过程中的功能作用	造血干细胞和祖细胞、中性粒细胞、单核细胞、B细胞、T/NK细胞等造血细胞	生物信息学	白血病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	207,113个细胞（来自30名健康供体）
2	2025-09-23	Microfluidic chip-integrated vascularized endometrial complexes: Mitochondrial function and paracrine crosstalk enhance regenerative potential 2025-Dec, Bioactive materials IF:18.0Q1 DOI:10.1016/j.bioactmat.2025.08.035 PMID:40980506	研究论文	本研究开发了一种集成微流控芯片的血管化三重细胞子宫内膜复合体，用于增强子宫内膜损伤修复能力	首次在微流控芯片中构建包含上皮类器官、基质细胞和内皮细胞的三重细胞血管化子宫内膜复合体，并揭示其细胞间旁分泌互作机制	研究仅在免疫缺陷小鼠模型中进行验证，缺乏人类临床试验数据	开发具有生理相关性的子宫内膜修复模型并研究其再生机制	子宫内膜上皮类器官、基质细胞、内皮细胞及其相互作用	组织工程与再生医学	子宫内膜损伤	微流控芯片技术、单细胞RNA测序、复合水凝胶培养	NA	基因表达数据、细胞功能实验数据	免疫缺陷小鼠子宫内膜损伤模型
3	2025-09-23	Peripartum dapagliflozin improves late-life maternal cardiovascular outcomes in a murine model of superimposed preeclampsia 2025-Oct, American journal of obstetrics and gynecology IF:8.7Q1 DOI:10.1016/j.ajog.2025.03.035 PMID:40164294	研究论文	本研究探讨了在慢性高血压叠加子痫前期的小鼠模型中，围产期使用达格列净对母体远期心血管结局的改善作用	首次在叠加子痫前期动物模型中验证SGLT2抑制剂在妊娠期和产后的心血管保护作用，并结合空间转录组学揭示其抗纤维化机制	研究局限于小鼠模型，结果需在人类临床试验中进一步验证	评估达格列净在妊娠期和产后对叠加子痫前期模型心血管结局的干预效果	BPH/2J妊娠小鼠模型（慢性高血压叠加子痫前期）	心血管疾病研究	子痫前期/心血管疾病	超声心动图、空间转录组学、Masson三色染色、遥测血压监测	动物模型（BPH/2J小鼠）	生理参数、分子标记、组织病理学数据	BPH/2J妊娠小鼠分组对照研究（具体数量未明确说明）
4	2025-09-23	Blood Single-Cell Transcriptomic and Proteomic Signatures of Paradoxical Eczema in Patients with Psoriasis Treated with Biologics 2025-Oct, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2025.02.153 PMID:40157420	研究论文	通过单细胞转录组和蛋白质组技术研究银屑病患者接受生物制剂治疗后出现矛盾性湿疹的分子特征	首次在单细胞水平揭示矛盾性湿疹的炎症特征，并发现其与趋化因子和TNF通路基因遗传易感性的独立关联	样本来源和规模可能限制结论的普适性，机制验证需要进一步实验	探究生物制剂治疗银屑病过程中出现矛盾性湿疹的发病机制	接受TNF和IL-17/23轴靶向生物制剂治疗的银屑病患者	生物医学	银屑病/湿疹	单细胞RNA测序、质谱流式细胞术	NA	单细胞转录组数据、蛋白质组数据、基因型数据	包含矛盾性湿疹病例组和匹配银屑病对照组的队列样本
5	2025-06-20	Spatial Transcriptomics of Hirschsprung Disease Resection Margins Marks Differential Gene Expression in Myenteric Plexus 2025-Oct, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2025.06.012 PMID:40532828	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
6	2025-09-23	Targeting ribosomes reprograms the tumour microenvironment and augments cancer immunotherapy 2025-Oct, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-025-03109-y PMID:40646287	研究论文	本研究通过靶向核糖体生物合成重塑肿瘤微环境并增强癌症免疫治疗效果	首次揭示核糖体生物合成阻断对肿瘤微环境中免疫细胞的调控作用，发现对免疫治疗敏感的关键免疫细胞亚群	NA	探索核糖体生物合成阻断对肿瘤免疫微环境的重编程作用及其增强免疫治疗的机制	免疫活性体内模型、人类单细胞RNA测序数据、临床样本	肿瘤免疫学	癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、核糖体靶向治疗	NA	基因表达数据、临床样本数据	NA
7	2025-09-23	Gene Therapy Targeting Pkp2 Deficiency Attenuates Cardiac Fibrosis: Insights From Single-Cell Transcriptomics in Pkp2-Knockout Rats 2025-Oct, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.70392 PMID:40979216	研究论文	本研究通过单细胞转录组学揭示PKP2缺失导致心脏纤维化的机制，并验证AAV9介导的PKP2基因疗法可逆转病理性纤维化	首次发现PKP2是成纤维细胞活化的关键调控因子，并利用单细胞RNA测序揭示PTPRC介导的细胞重编程机制	研究主要基于动物模型，尚未进行临床验证	探索PKP2缺失在心力衰竭纤维化中的作用及基因治疗策略	PKP2基因敲除大鼠、心力衰竭小鼠模型、人诱导多能干细胞来源的心脏类器官	基因治疗	心血管疾病	单细胞RNA测序、腺相关病毒(AAV9)基因治疗、生物信息学分析	动物模型（大鼠/小鼠基因敲除）	转录组数据	PKP2敲除大鼠模型和心力衰竭小鼠模型
8	2025-09-23	Conjugated bile acid-driven CD14+CD16+ monocyte infiltration promotes cholestatic liver injury by enhancing hepatocyte necroptosis 2025-Oct, JHEP reports : innovation in hepatology IF:9.5Q1 DOI:10.1016/j.jhepr.2025.101517 PMID:40980164	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示CD14+CD16+单核细胞通过TNFα和FASL激活RIPK1-RIPK3-MLKL轴促进胆汁淤积性肝损伤的新机制	首次发现结合胆汁酸驱动的CD14+CD16+单核细胞浸润通过促进肝细胞坏死性凋亡加剧胆汁淤积性肝损伤，并阐明JNK/c-Jun-CCL2/CCL3信号通路机制	样本量有限（人类样本n=5-20，小鼠实验n=5），且主要聚焦于单核细胞亚群的作用	探究单核细胞在胆汁淤积性肝病中的作用机制	梗阻性胆汁淤积患者肝组织、小鼠模型、CD14+CD16+单核细胞	肝脏病理学	胆汁淤积性肝病	单细胞RNA测序、多重免疫荧光、流式细胞术、RT-qPCR、Western blotting	动物模型	基因表达数据、蛋白质数据、病理图像	人类肝组织样本5-20例，小鼠实验每组5只，PBMC样本3例
9	2025-09-23	Harnessing Machine Learning and Multiomics to Construct a Tumor-Specific T Cell Signature for Prognostic Assessment and Precision Medicine in Lung Adenocarcinoma 2025-Sep-22, Annals of surgical oncology IF:3.4Q1 DOI:10.1245/s10434-025-18330-5 PMID:40976828	研究论文	本研究通过机器学习和多组学方法构建了肺腺癌特异性T细胞相关基因预后标志物	整合单细胞RNA测序和空间转录组学数据，开发了新型T细胞相关基因预后指标（TRGPI）	NA	开发肺腺癌预后评估和精准医疗的生物标志物	肺腺癌患者	机器学习	肺腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学、加权基因共表达网络分析	RSF + Ridge机器学习框架	转录组数据、临床数据	来自TCGA和GEO数据库的肺腺癌患者样本
10	2025-09-23	Polyethylene terephthalate microplastics exposure enhances the risk of ulcerative colitis: insights from multi-omics integration, machine learning, and molecular docking reveal intestinal toxicity mechanisms 2025-Sep-22, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000003476 PMID:40981471	研究论文	通过多组学整合与机器学习方法揭示PET微塑料暴露通过调控关键基因表达加剧溃疡性结肠炎风险的分子机制	首次整合多组学数据与机器学习算法系统筛选PET微塑料诱导溃疡性结肠炎的关键靶基因，并结合单细胞测序与分子对接验证毒性机制	研究主要基于公共数据库和动物模型，人类临床验证尚待完善	探究PET微塑料暴露与溃疡性结肠炎发病风险的分子关联机制	PET微塑料、溃疡性结肠炎相关基因靶点、DSS诱导的小鼠模型	生物信息学	溃疡性结肠炎	多组学整合分析、机器学习算法、单细胞测序、分子对接、Western blot	三种机器学习算法筛选+八种算法验证（SHAP分析）、风险预测列线图模型	基因组数据、蛋白质表达数据、分子对接数据	公共数据库数据+DSS诱导的小鼠肠道组织样本
11	2025-09-23	DiSTect: a Bayesian model for disease-associated gene discovery and prediction in spatial transcriptomics 2025-Sep-22, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf530 PMID:40981505	研究论文	提出一种名为DiSTect的贝叶斯模型，用于在空间转录组学数据中发现和预测疾病相关基因	通过自回归项整合组织点的空间相关性，采用分层结构分析多个相关样本，并针对不同规模数据集开发两种计算框架	NA	开发能够识别疾病指示基因的统计模型	HER2+乳腺癌和阿尔茨海默病的空间转录组数据	生物信息学	乳腺癌, 阿尔茨海默病	空间转录组学	贝叶斯收缩模型	空间基因表达数据	NA
12	2025-09-23	CLUEY enables knowledge-guided clustering and cell type detection from sinlge-cell omics data 2025-Sep-22, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf528 PMID:40981522	研究论文	提出CLUEY知识引导框架，用于单细胞组学数据的细胞类型检测和聚类分析	将先验生物学知识整合到聚类过程中，为最佳聚类数量提供指导	NA	解决单细胞组学数据聚类分析中的主观性问题	单细胞组学数据（scRNA-seq、scATAC-seq等）	生物信息学	NA	单细胞组学技术（scRNA-seq、scATAC-seq、CITE-seq、SHARE-seq）	知识引导聚类框架	单细胞组学数据	NA
13	2025-09-23	HyperDiffuseNet: A Deep Hyperbolic Manifold Learning Method for Dimensionality Reduction in Spatial Transcriptomics 2025-Sep-22, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology IF:1.4Q2 DOI:10.1177/15578666251377097 PMID:40982255	研究论文	提出一种基于双曲流形学习的深度几何学习框架HyperDiffuseNet，用于空间转录组数据降维	首次将双曲潜在空间与变分自编码器结合，通过图卷积网络学习多尺度空间依赖关系，并在闵可夫斯基空间中进行线性混合扩散信息	论文未明确说明方法计算复杂度及在大规模数据集上的可扩展性	解决空间转录组数据高维度和复杂空间层次结构的降维表示问题	空间转录组数据	机器学习	NA	空间转录组技术	变分自编码器、图卷积网络、双曲流形学习	空间转录组数据	多个空间转录组数据集（未指定具体样本数量）
14	2025-09-23	Single-cell RNA sequencing identifies CD8Teff cell activation as a predictive biomarker in triple-negative breast cancer immunotherapy 2025-Sep-19, Molecular biomedicine IF:6.3Q1 DOI:10.1186/s43556-025-00306-2 PMID:40971094	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析三阴性乳腺癌免疫微环境，发现CD8效应T细胞的活化可作为免疫治疗疗效的预测生物标志物	首次将CD8Teff细胞活化和CXCL13信号识别为TNBC免疫治疗响应的关键预测因子，并开发了基于病理图像的人工智能识别模型	样本量相对有限，需要更大规模的前瞻性研究验证生物标志物的临床适用性	探索三阴性乳腺癌免疫微环境特征并开发免疫治疗疗效预测生物标志物	三阴性乳腺癌患者肿瘤样本中的免疫细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、转录组分析	人工智能模型（具体类型未明确说明）	单细胞RNA测序数据、病理图像数据	包含训练队列和验证队列（具体样本数未明确说明）
15	2025-09-23	A dynamic model for Waddington's landscape accounting for cell-to-cell communication 2025-Sep-19, Mathematical biosciences IF:1.9Q3 DOI:10.1016/j.mbs.2025.109537 PMID:40976482	研究论文	提出一个考虑细胞间通讯的动态模型，扩展了Waddington的发育景观概念	首次将细胞间通讯机制整合到Waddington景观的数学模型中，通过耦合偏微分方程和常微分方程系统描述细胞状态	模型验证仅基于单细胞转录组数据，需要更多实验数据支持	建立能够准确描述细胞发育和成熟过程的数学模型	细胞发育过程、细胞间通讯机制	计算生物学	NA	单细胞转录组学分析、微分方程建模	耦合偏微分方程-常微分方程系统	单细胞转录组数据	NA
16	2025-09-23	Epac1 deletion attenuates Müller glial pathological activation and mitigates retinal neurodegeneration in ischemia-induced retinopathy 2025-Sep-19, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2025.09.031 PMID:40976555	研究论文	本研究通过基因敲除技术探讨Epac1在缺血性视网膜病变中对Müller胶质细胞病理激活和视网膜神经变性的调控作用	首次揭示Epac1通过调节Müller细胞中VEGF信号通路促进视网膜神经变性的新机制	研究仅限于小鼠OIR模型，尚未在人类疾病中得到验证	探究Epac1在缺血性视网膜病变中的作用及其分子机制	氧诱导视网膜病变（OIR）小鼠模型和原代Müller细胞	眼科疾病研究	缺血性视网膜病变（包括早产儿视网膜病变和增殖性糖尿病视网膜病变）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫染色、qPCR、Western blot、邻近连接分析	基因敲除小鼠模型	基因表达数据、蛋白质数据、组织形态学数据	使用小鼠OIR模型进行研究，具体样本数量未明确说明
17	2025-09-23	Mechanistic insights into iguratimod action in asthma-COPD overlap through multi-omics and in-silico modelling 2025-Sep-18, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2025.152673 PMID:40976228	研究论文	通过多组学和计算机模拟研究艾拉莫德在哮喘-慢阻肺重叠综合征中的作用机制	首次整合批量与单细胞RNA测序数据，结合分子对接和动力学模拟揭示艾拉莫德在ACO中的多靶点作用机制	研究基于生物信息学预测，需要实验验证；样本来源限于GEO数据库	阐明艾拉莫德治疗哮喘-慢阻肺重叠综合征的分子机制	哮喘-慢阻肺重叠综合征相关基因和蛋白质靶点	生物信息学	哮喘-慢阻肺重叠综合征	批量RNA测序、单细胞RNA测序、分子对接、分子动力学模拟	计算机模拟模型	基因表达数据	从GEO数据库获取的转录组数据集（具体样本数未明确说明）
18	2025-09-23	Multi-omics Approaches to CCAAT/Enhancer-Binding Protein Beta in Oral Squamous Cell Carcinoma: Crosstalk Between Tumor Cells and Tumor-Associated Macrophages Driving Disease Progression 2025-Sep-18, Current cancer drug targets IF:2.3Q3 DOI:10.2174/0115680096387374250823190214 PMID:40976901	研究论文	本研究通过多组学方法揭示CEBPB通过激活GAS6转录促进口腔鳞癌中肿瘤细胞与巨噬细胞相互作用及疾病进展的机制	首次整合H3K27ac ChIP-seq、bulk RNA-seq和scRNA-seq数据，发现CEBPB通过调控GAS6增强子驱动肿瘤细胞-巨噬细胞互作的新机制	研究主要基于公共数据库和体外实验，缺乏体内动物模型验证	探讨CEBPB在口腔鳞癌肿瘤微环境中调控肿瘤细胞与免疫细胞相互作用的表观遗传机制	口腔鳞癌细胞、肿瘤相关巨噬细胞（THP-1细胞系）	肿瘤生物学	口腔鳞状细胞癌	RNA-seq、ChIP-seq、scRNA-seq、ChIP-qPCR、ELISA、Transwell实验	细胞共培养模型	基因组学数据、表观遗传学数据、单细胞测序数据	TCGA和GEO数据库中的口腔鳞癌样本（具体数量未明确说明）
19	2025-09-23	Unraveling the Role of Perivascular Macrophages in Alzheimer's Disease: Insights from the Crosstalk between Immunometabolism and Ferroptosis 2025-Sep-18, Current neuropharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.2174/011570159X417328250908080404 PMID:40976895	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析阿尔茨海默病患者血管周巨噬细胞，揭示免疫代谢与铁死亡相互作用在疾病中的关键作用	首次在AD中系统研究PVMs通过免疫代谢-铁死亡串扰的分子机制，发现8个具有因果关联的关键基因	研究基于生物信息学分析，需要实验验证；样本来源限于公共数据库	探讨血管周巨噬细胞通过免疫代谢与铁死亡相互作用在阿尔茨海默病发病机制中的作用	阿尔茨海默病患者和对照组的血管周巨噬细胞	生物信息学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序、孟德尔随机化分析、免疫细胞浸润分析	NA	基因表达数据	来自GEO数据库的AD患者和对照组单细胞RNA测序数据
20	2025-09-23	SOX2 commands LIM homeobox transcription factors in choroid plexus development and tumorigenesis 2025-Sep-17, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noaf085 PMID:40128799	研究论文	本研究揭示转录因子SOX2通过调控LIM同源盒转录因子在脉络丛发育和肿瘤发生中的关键作用	首次发现SOX2通过结合LMX1A/LMX1B基因维持脉络丛肿瘤祖细胞特性，并利用空间转录组学验证人类肿瘤中的异常表达	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证相对有限	探究SOX2在脉络丛发育和肿瘤发生中的分子机制	脉络丛肿瘤模型小鼠和人类肿瘤样本	癌症生物学	脑肿瘤	单细胞转录组学、表观遗传学、空间转录组学、多组学整合分析	小鼠肿瘤模型	基因组学数据、转录组数据	未明确具体样本数量，包含小鼠模型和人类肿瘤样本