单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-07-03	Uncovering common transcriptional features shared by mature peripheral blood PMN-MDSCs and tumor-infiltrating neutrophils in humans 2025-Dec, Oncoimmunology IF:6.5Q1 DOI:10.1080/2162402X.2025.2521396 PMID:40590753	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了人类外周血中的成熟PMN-MDSCs与肿瘤浸润中性粒细胞在转录特征上的共同点	首次通过scRNA-seq技术识别出mPMN-MDSCs和TANs共享的特定细胞簇及其转录组特征	研究样本主要来自非小细胞肺癌患者和G-CSF治疗供体，可能限制结果的普适性	探索循环mPMN-MDSCs与肿瘤相关中性粒细胞之间的转录组关系	人类外周血PMN-MDSCs和肿瘤浸润中性粒细胞(TANs)	肿瘤免疫学	非小细胞肺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), bulk RNA测序(RNA-seq)	NA	RNA测序数据	非小细胞肺癌患者和G-CSF治疗供体的样本
2	2025-07-03	Gut microbial Nordihydroguaiaretic acid suppresses macrophage pyroptosis to regulate epithelial homeostasis and inflammation 2025-Dec, Gut microbes IF:12.2Q1 DOI:10.1080/19490976.2025.2518338 PMID:40596758	研究论文	该研究探讨了衰老相关的肠道菌群失调对结肠炎发展的影响，并发现肠道微生物代谢物NDGA通过抑制巨噬细胞焦亡来调节肠道炎症	揭示了肠道微生物代谢物NDGA通过GSDMD/NR4A1/NLRP3轴抑制巨噬细胞焦亡的新机制，为老年相关IBD提供了潜在治疗靶点	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究衰老相关肠道菌群失调如何加剧炎症性肠病(IBD)	野生型和IL-10缺陷小鼠、IBD患者和老年人样本	肠道微生物组学	炎症性肠病(IBD)	粪便微生物移植(FMT)、16S rDNA测序、代谢组学、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	小鼠结肠炎模型	微生物组数据、代谢组数据、单细胞转录组数据	小鼠实验和人类观察性研究(具体数量未明确说明)
3	2025-07-03	Hydroxychloroquine cures autoimmune myocarditis by inhibiting the innate immune system via the C-X-C motif chemokine ligand 16 and C-X-C motif receptor 6 axis between macrophages and T cells 2025-Aug, British journal of pharmacology IF:6.8Q1 DOI:10.1111/bph.70028 PMID:40222951	研究论文	本研究评估了羟氯喹（HCQ）通过抑制先天免疫系统中的CXCL16和CXCR6轴治疗自身免疫性心肌炎的疗效	揭示了HCQ通过抑制YY1转录因子下调CXCL16表达，从而减少Th17和NKT细胞的趋化作用，改善心肌炎的新机制	研究仅基于小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	评估HCQ治疗心肌炎的疗效及其作用机制	实验性自身免疫性心肌炎（EAM）小鼠模型	免疫学	心肌炎	单细胞RNA测序、流式细胞术、Western blotting	小鼠EAM模型	基因表达数据、蛋白质数据、影像数据	未明确提及具体样本数量，使用EAM小鼠模型
4	2025-07-03	Single-Cell RNA Sequencing Reveals Functional Exhaustion of T Cells in Oral Lichen Planus 2025-Aug, Molecular oral microbiology IF:2.8Q3 DOI:10.1111/omi.12495 PMID:40366262	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示口腔扁平苔藓中T细胞的功能耗竭	首次使用单细胞RNA测序技术揭示口腔扁平苔藓中T细胞的组成和异质性，并发现CD8+耗竭T细胞的增加	样本量较小（仅3名患者和3名健康个体），且动物模型可能无法完全模拟人类疾病	研究口腔扁平苔藓的发病机制，特别是T细胞在其中的作用	口腔扁平苔藓患者和健康个体的口腔黏膜组织，以及小鼠慢性炎症模型	单细胞测序	口腔扁平苔藓	scRNA-seq, RT-qPCR, HE染色, 免疫荧光染色	小鼠慢性炎症模型	单细胞RNA测序数据, 基因表达数据, 组织病理学数据	3名口腔扁平苔藓患者和3名健康个体的口腔黏膜组织
5	2025-07-03	Machine learning-based integration develops a hypoxia-derived signature for improving outcomes in glioma 2025-Jul-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112023 PMID:40585359	研究论文	该研究通过机器学习整合开发了一个基于缺氧微环境的特征，用于改善胶质瘤的预后	首次利用单细胞RNA测序分析揭示了缺氧微环境中不同类型细胞间的异质性通讯，并开发了一个11基因特征来预测临床结果	研究结果需要在更大规模的独立队列中进行验证	研究缺氧微环境在胶质瘤中的临床意义并开发预后工具	胶质瘤患者	机器学习	胶质瘤	单细胞RNA测序，RT-qPCR	机器学习	基因表达数据	六个队列的胶质瘤患者样本
6	2025-07-03	Cellular Landscape of Synovial Chondromatosis Synovium Revealed by Single-Cell RNA Sequencing 2025-Jul-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202500034RR PMID:40600952	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示滑膜软骨瘤病滑膜的细胞景观	首次使用单细胞RNA测序技术全面描述了滑膜软骨瘤病（SC）滑膜中的细胞异质性和转录组变化，发现了新的成纤维细胞亚群和巨噬细胞表型转变，以及增殖性免疫细胞（ProIC）的动态分化轨迹	研究样本量较小，且仅关注了滑膜组织，未涉及其他相关组织或更大规模的验证研究	解析滑膜软骨瘤病的细胞基础和发病机制	健康个体和滑膜软骨瘤病患者的滑膜组织	单细胞测序	滑膜软骨瘤病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	健康个体和SC患者的滑膜组织样本（具体数量未明确说明）
7	2025-07-03	Single-Cell and Spatial Transcriptomics Reveal a Tumor-Associated Macrophage Subpopulation that Mediates Prostate Cancer Progression and Metastasis 2025-Jul-02, Molecular cancer research : MCR IF:4.1Q2 DOI:10.1158/1541-7786.MCR-24-0791 PMID:40105746	研究论文	通过单细胞和空间转录组学揭示了一种与前列腺癌进展和转移相关的肿瘤相关巨噬细胞亚群	发现并定义了一种新的肿瘤相关巨噬细胞亚群（SPP1+/TREM2+ TAMs），该亚群在前列腺癌转移中显著富集，并与患者无进展生存期相关	研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，需要更大规模的临床验证	探究肿瘤相关巨噬细胞在前列腺癌进展和转移中的作用	前列腺癌患者样本和小鼠模型中的肿瘤相关巨噬细胞	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序、空间转录组学、多重免疫荧光	NA	转录组数据、空间数据、免疫荧光数据	人类患者样本和小鼠模型
8	2025-07-03	Dissecting FAP+ Cell Diversity in Pancreatic Cancer Uncovers an Interferon-Response Subtype of Cancer-Associated Fibroblasts with Tumor-Restraining Properties 2025-Jul-02, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-3252 PMID:40215177	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析胰腺导管腺癌(PDAC)中表达成纤维细胞激活蛋白-α(FAP)的间充质细胞，揭示了一种新的干扰素反应性癌症相关成纤维细胞(ifCAF)亚型	发现了一种新的干扰素反应性癌症相关成纤维细胞(ifCAF)亚型，并证明其具有抑制肿瘤侵袭性和诱导抗肿瘤表型的能力	研究主要基于体外和动物模型，需要进一步临床验证	解析PDAC中FAP+间质细胞的异质性并探索其治疗潜力	胰腺导管腺癌(PDAC)中的癌症相关成纤维细胞(CAFs)	肿瘤微环境研究	胰腺癌	单细胞RNA测序，类器官共培养模型	NA	单细胞转录组数据	人类PDAC样本(具体数量未明确说明)
9	2025-07-03	NEDDylation Regulates CD8+ T-cell Metabolism and Antitumor Immunity 2025-Jul-02, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-24-0127 PMID:40261130	研究论文	本研究探讨了NEDDylation在CD8+ T细胞介导的抗肿瘤免疫中的作用	揭示了NEDDylation通过调控CD8+ T细胞代谢途径影响其抗肿瘤能力的新机制	研究主要基于小鼠和体外实验，人体内验证仍需进一步研究	阐明NEDDylation在抗肿瘤免疫中的调控作用	CD8+ T细胞	免疫学	癌症	单细胞RNA测序、LC MS/MS蛋白质组学分析	NA	RNA测序数据、蛋白质组数据	小鼠和人类CD8+ T细胞
10	2025-07-03	Combining Spatial Transcriptomics, Pseudotime, and Machine Learning Enables Discovery of Biomarkers for Prostate Cancer 2025-Jul-02, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-25-0269 PMID:40293712	研究论文	本研究结合空间转录组学、伪时间和机器学习技术，发现了前列腺癌的生物标志物	利用空间转录组学和伪时间模型整合肿瘤恶性转化的分子变化，结合机器学习发现可测量的生物标志物	需要在前瞻性研究中进一步验证这些生物标志物的诊断潜力	发现可用于早期诊断前列腺癌的生物标志物	前列腺癌患者和对照组的血清、前列腺组织和尿液样本	数字病理学	前列腺癌	空间转录组学、伪时间分析、机器学习	机器学习预测模型	mRNA、IHC、蛋白质组学数据	超过2000名前列腺癌患者和对照组的样本
11	2025-07-03	Single-cell omics in plant biology: mechanistic insights and applications for crop improvement 2025-Jul-02, Advanced biotechnology DOI:10.1007/s44307-025-00074-8 PMID:40593253	研究论文	本文综述了单细胞组学技术在植物生物学中的应用及其对作物改良的潜在影响	利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单核RNA测序（snRNA-seq）揭示植物细胞异质性和基因调控网络，以及单核ATAC测序（snATAC-seq）在染色质可及性研究中的应用	未提及具体的技术限制或数据样本量限制	探讨单细胞组学技术在植物发育、细胞异质性和环境响应机制研究中的应用，以促进作物改良和育种策略	模式植物如拟南芥以及主要农作物和园艺植物	植物生物学	NA	scRNA-seq, snRNA-seq, snATAC-seq	NA	单细胞组学数据	NA
12	2025-07-03	Unveiling diagnostic biomarkers and therapeutic targets in lung adenocarcinoma using bioinformatics and experimental validation 2025-Jul-02, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-05227-2 PMID:40595823	研究论文	通过生物信息学和实验验证揭示肺腺癌的诊断生物标志物和治疗靶点	整合差异基因表达分析、加权基因共表达网络分析(WGCNA)和机器学习方法，筛选出与临床特征显著相关的基因模块和核心基因，特别是ST14的预测能力和其在免疫细胞浸润中的关联	研究依赖于公共数据库的基因表达数据，实验验证的样本量和范围可能有限	寻找肺腺癌的诊断标志物和治疗靶点	肺腺癌(LUAD)的基因表达数据和临床特征	生物信息学	肺癌	差异基因表达分析、WGCNA、随机森林算法、单细胞RNA测序	随机森林	基因表达数据	来自GEO数据库的基因表达数据及29种细胞亚型的单细胞RNA测序数据
13	2025-07-03	A single-cell atlas of the murine limb skeleton integrating the developmental and adult stages 2025-Jul-02, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-05277-6 PMID:40596066	研究论文	该研究整合了10个小鼠单细胞RNA测序数据集，创建了一个包含133,332个细胞的肢体骨骼细胞图谱，涵盖了从肢体诱导到成年骨形成的39种细胞类型和状态	填补了当前参考图谱项目中骨骼系统代表性不足的空白，首次整合了发育和成年阶段的肢体骨骼细胞数据	仅关注肢体骨骼系统，未涵盖全身骨骼	创建全面的肢体骨骼细胞图谱，促进骨骼生物学、代谢和再生医学研究	小鼠肢体骨骼细胞及其发育前体细胞	单细胞转录组学	NA	scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	133,332个细胞
14	2025-07-03	Genotype-integrated single-cell transcriptome analysis reveals the role of DDX41 pR525H in a patient with myelodysplastic neoplasms 2025-Jul-02, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-06477-w PMID:40596075	research paper	该研究通过整合基因型的单细胞转录组分析，探讨了DDX41 pR525H在骨髓增生异常肿瘤患者中的作用	首次在携带DDX41种系和体细胞变异的骨髓增生异常肿瘤患者中，结合单细胞RNA测序和基因分型技术，揭示了pR525H变异通过诱导G2/M细胞周期阻滞和R-loop积累损害红细胞生成的分子机制	研究仅基于一个病例报告，样本量有限，且未建立能够完全模拟人类疾病表型的细胞或动物模型	阐明DDX41变异在骨髓增生异常肿瘤发病机制中的分子作用	携带DDX41种系和体细胞变异的骨髓增生异常肿瘤患者的原代疾病细胞	digital pathology	myelodysplastic neoplasms	single-cell RNA sequencing, Terminator-Assisted Solid-phase cDNA amplification and sequencing	NA	RNA-seq	1例骨髓增生异常肿瘤患者
15	2025-07-03	Examination of an iPSC model of human eye development reveals progressive emergence of critical embryonic cell types 2025-Jul-02, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-06602-9 PMID:40596144	研究论文	本研究通过多时间点形态学和转录组学分析，探讨了人类iPSC衍生的2D模型在模拟早期全眼发育过程中的表现	提出了一个自我形成的自主多区（SEAM）眼细胞模型，能够模拟人类全眼早期发育的多个阶段，并识别了关键眼细胞类型的动态转录组变化	研究仅基于2D模型，可能无法完全模拟体内三维眼发育的复杂性	建立人类iPSC衍生的眼发育模型，以促进对遗传变异影响人类眼发育的机制研究	人类iPSC衍生的SEAM眼细胞模型	发育生物学	眼发育异常	RNA-seq（包括bulk和单细胞）	iPSC衍生的2D模型	转录组数据	多个时间点（第0、14和28天）的样本分析
16	2025-07-03	Endothelial cells expressing CPE and vWF are involved in the Immunopathogenesis of primary biliary cholangitis 2025-Jul-02, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-07311-z PMID:40596471	研究论文	本研究探讨了表达CPE和vWF的内皮细胞在原发性胆汁性胆管炎（PBC）免疫发病机制中的作用	发现了一种新定义的CPE vWF内皮细胞亚群，并揭示了其通过APP-CD74轴与胆管细胞相互作用的机制	研究中存在一种未明确的内皮细胞类型，其具体作用机制尚未完全阐明	探究肝窦内皮细胞在PBC发病机制中的潜在作用	原发性胆汁性胆管炎患者的内皮细胞和胆管细胞	免疫病理学	原发性胆汁性胆管炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	PBC患者组与对照组（具体样本量未明确说明）
17	2025-07-03	Automated integration of multi-slice spatial transcriptomics data in 2D and 3D using VR-Omics 2025-Jul-02, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03630-6 PMID:40598307	research paper	开发了一个名为VR-Omics的平台无关软件，用于自动化处理和整合多切片空间转录组数据	VR-Omics是首个提供端到端自动化处理多切片数据的解决方案，支持2D和3D格式，且通过用户友好界面简化操作	未提及具体的数据规模或处理速度限制，也未与其他所有现有方法进行详细比较	解决空间转录组学领域多切片数据自动化整合和分析的不足	多切片空间转录组数据	digital pathology	pediatric cardiac rhabdomyomas	spatial transcriptomics	NA	spatial transcriptomics data	NA
18	2025-07-03	BDNF as a Key Mediator in Eosinophilic Inflammation in CRSwNP: Insights From Transcriptomic and Functional Analysis 2025-Jul-02, International forum of allergy & rhinology IF:7.2Q1 DOI:10.1002/alr.23628 PMID:40600933	研究论文	本研究探讨了脑源性神经营养因子（BDNF）在慢性鼻窦炎伴鼻息肉（CRSwNP）中作为嗜酸性炎症关键介质的作用	首次将BDNF定位为CRSwNP中上皮细胞-嗜酸性粒细胞相互作用的关键调控因子，并揭示了其通过Th2通路和JAK/STAT信号传导促进炎症的机制	样本量相对较小（23个鼻黏膜样本和95个鼻腔分泌物），且主要关注嗜酸性CRSwNP亚型	阐明BDNF在CRSwNP发病机制中的作用及其作为治疗靶点的潜力	慢性鼻窦炎伴鼻息肉患者（特别是嗜酸性亚型）的鼻黏膜组织和鼻腔分泌物	免疫病理学	慢性鼻窦炎伴鼻息肉（CRSwNP）	Bulk-RNA测序、ELISA、免疫荧光染色、单细胞RNA测序、流式细胞术、transwell实验	NA	转录组数据、蛋白质定量数据、细胞实验数据	23个鼻黏膜样本和95个鼻腔分泌物样本
19	2025-07-03	Exploring the interconnection between PANoptosis and chronic inflammatory diseases: identifying key targets and therapeutic strategies for periodontitis and ulcerative colitis 2025-Jul-02, Naunyn-Schmiedeberg's archives of pharmacology DOI:10.1007/s00210-025-04320-7 PMID:40600991	研究论文	本研究探讨了PANoptosis与慢性炎症性疾病（如牙周炎和溃疡性结肠炎）之间的关联，并识别了关键靶点和治疗策略	首次将PANoptosis与牙周炎和溃疡性结肠炎联系起来，识别了BAG3、LYN和APOE等核心基因作为潜在治疗靶点	研究主要基于生物信息学分析和小鼠模型，需要进一步临床验证	探索PANoptosis在慢性炎症性疾病中的作用机制并识别潜在治疗靶点	牙周炎(PD)和溃疡性结肠炎(UC)	生物医学	牙周炎, 溃疡性结肠炎	差异表达分析, 加权基因共表达网络分析, GO和KEGG富集分析, LASSO和SVM-RFE算法, 单细胞RNA测序, 分子对接模拟	DSS诱导的UC小鼠模型	基因表达数据	GSE16134(PD)和GSE87466(UC)数据集, 实验小鼠模型
20	2025-07-03	Gene expression and hormonal signaling in osteoporosis: from molecular mechanisms to clinical breakthroughs 2025-Jul, Journal of biomaterials science. Polymer edition DOI:10.1080/09205063.2024.2445376 PMID:39729311	综述	本文综述了骨质疏松症管理中基因表达和激素调控的最新发现，包括单细胞RNA测序和长链非编码RNA等新方法	介绍了骨质疏松症治疗中的最新方法，如单细胞RNA测序、长链非编码RNA研究，以及基于遗传和激素变异的个性化治疗策略	需要进一步研究和科学家与临床医生的合作，以将这些新发现应用于实际医疗中	探讨骨质疏松症的分子机制和临床治疗突破	骨质疏松症的基因表达和激素信号传导	医学研究	骨质疏松症	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA